单细胞与空转测序相关文章

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当前共找到 40432 篇文献，本页显示第 1961 - 1980 篇。

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量	平台公司	平台技术	具体产品	平台详情
1961	2026-05-28	Collection and preprocessing of fine needle aspirate patient samples for single cell profiling and data analysis 2021-06-18, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2021.100581 PMID:34151301	研究论文	本文描述了对皮肤细针穿刺样本进行采集、预处理以用于单细胞RNA测序和数据分析的协议	提出了一种从细针穿刺样本中获取高质量单细胞测序数据的系统方法，包括活细胞生物库建立和预处理流程	未提及具体的局限性	建立细针穿刺样本的单细胞分析方法，实现临床样本中细胞异质性的高通量检测	皮肤细针穿刺样本中的单细胞	机器学习	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	NA
1962	2026-05-28	Charting human development using a multi-endodermal organ atlas and organoid models 2021-06-10, Cell IF:45.5Q1 DOI:10.1016/j.cell.2021.04.028 PMID:34019796	研究论文	通过构建多内胚层器官图谱和类器官模型，描绘人类发育过程中的细胞动态和分子机制	首次整合多器官单细胞转录组图谱与类器官模型，系统揭示呼吸和胃肠道内胚层器官发育的细胞状态、转录因子及间质-上皮互作，并利用图谱作为高维搜索空间评估类器官培养条件	未提及具体限制，可能包括样本数量有限、类器官模型无法完全模拟体内复杂环境等	利用单细胞图谱和类器官技术解析人类内胚层器官发育的细胞多样性和分子调控	内胚层器官的细胞状态、转录因子及器官特异性上皮干细胞和间充质相互作用	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	单细胞转录组数据	多个发育中的人体呼吸和胃肠道内胚层器官样本	10x Genomics	single-cell RNA-seq	10x Chromium	10x Chromium单细胞3'测序
1963	2026-05-28	Naive stem cell blastocyst model captures human embryo lineage segregation 2021-06-03, Cell stem cell IF:19.8Q1 DOI:10.1016/j.stem.2021.04.031 PMID:33957081	研究论文	通过自我组织生成人类胚胎模型（囊胚样结构），模拟自然囊胚的谱系分离	首次通过短暂诱导滋养外胚层在3天内形成具有三种组织层的囊胚样结构，且单细胞转录组分析证实其高保真度模拟人类胚胎	未在摘要中提及模型在长期发育或植入后阶段的适用性及潜在局限性	建立可扩展的体外人类胚胎模型以研究早期谱系分离	人类原始多能细胞	机器学习	NA	单细胞转录组测序	NA	单细胞转录组数据	未在摘要中明确样本数量，但涉及多批次囊胚样结构	NA	单细胞RNA测序	NA	NA
1964	2026-05-28	Dissecting the microenvironment around biosynthetic scaffolds in murine skin wound healing 2021-05, Science advances IF:11.7Q1 DOI:10.1126/sciadv.abf0787 PMID:34039601	研究论文	通过单细胞RNA测序解析生物合成支架周围微环境在小鼠皮肤伤口愈合中的作用	首次利用单细胞RNA测序全面解析不同表面形貌的静电纺丝支架周围的免疫细胞异质性，并发现定向支架促进适应性免疫主导阶段、揭示T细胞调节毛囊再生的新机制	仅在小鼠和大鼠模型中验证，缺乏临床人体数据验证	研究生物材料表面形貌对伤口愈合和免疫调节特性的影响	小鼠和大鼠的背部皮肤全层伤口	数字病理学	皮肤创伤	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	小鼠和大鼠模型样本	10x Genomics	单细胞RNA-seq	10x Chromium	10x Chromium单细胞测序系统
1965	2026-05-28	In vitro characterization of the human segmentation clock 2020-04, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-019-1885-9 PMID:31915384	研究论文	在体外表征人类分节时钟，发现人类前体节中胚层细胞再现分节时钟的振荡，且其周期是小鼠的两倍	首次在人类体外模型中鉴定出分节时钟的存在，并揭示其振荡周期比小鼠长两倍，同时发现FGF信号调控振荡的相位和周期，扩展了经典'时钟与波前'模型	研究主要基于体外细胞模型，可能无法完全反映体内复杂环境；振荡机制的具体分子细节尚需进一步探索	验证人类是否存在与模式生物类似的分节时钟，并比较其与小鼠的差异	人类和小鼠的前体节中胚层体外分化细胞	数字病理学	脊椎分节缺陷所致疾病	单细胞RNA测序	NA	单细胞转录组数据	人类和小鼠体外前体节中胚层细胞样本	10x Genomics	单细胞RNA测序	10x Chromium	10x Chromium单细胞3'测序平台
1966	2026-05-27	Glia Are Bussin': How Single-Cell and Spatial Transcriptomics Enlighten the Role of Neuroglia in Spinal Cord Injury and Regeneration 2026-06, Glia IF:5.4Q1 DOI:10.1002/glia.70139 PMID:41934089	综述	总结单细胞和空间转录组技术如何揭示神经胶质细胞在脊髓损伤与再生中的作用，并通过荟萃分析提供方法学见解	首次对五个脊髓损伤单细胞时间序列图谱进行荟萃分析，揭示损伤模型、时间进程、样本制备、细胞分类和分析方法对研究解读的影响	NA	综述单细胞和空间基因组技术对神经胶质细胞在脊髓损伤中作用的最新发现，并通过荟萃分析提供方法学警示	神经胶质细胞在脊髓损伤后的表型与分子信号互动	机器学习	脊髓损伤	单细胞RNA测序, 空间转录组学	NA	基因表达数据	五个脊髓损伤单细胞时间序列图谱	NA	单细胞RNA-seq, 空间转录组学	NA	NA
1967	2026-05-27	Granulocyte heterogeneity in immune-mediated and inflammatory diseases: Insights from single-cell transcriptomic analyses 2026-May-26, International immunology IF:4.8Q2 DOI:10.1093/intimm/dxag026 PMID:42186818	综述	通过单细胞转录组分析揭示免疫介导和炎症性疾病中粒细胞异质性的最新进展与当前局限	利用单细胞RNA测序技术突破传统分类，定义基于转录组的粒细胞亚群，揭示多种疾病中粒细胞的异质性，并探讨临床相关生物标志物和靶向治疗策略的开发	疾病相关粒细胞群体在疾病病理生理学中的因果作用尚不明确，缺乏实验验证功能和临床适用的替代标志物	总结免疫介导和炎症性疾病中粒细胞异质性的研究进展与局限，讨论整合性单细胞方法如何支持临床生物标志物和靶向治疗策略的开发	粒细胞（中性粒细胞和嗜酸性粒细胞）及其在各种疾病中的异质性	单细胞转录组学	免疫介导和炎症性疾病（如微观多血管炎、COVID-19、败血症、心血管疾病、过敏性疾病）	单细胞RNA测序、空间转录组学	NA	单细胞转录组数据、空间转录组数据	NA	NA	单细胞RNA测序、空间转录组学	NA	NA
1968	2026-05-27	Toward simultaneous pseudo-space reconstruction and cell-type deconvolution of single-cell spatial transcriptome using SpaDicer 2026-May-25, Cell reports methods IF:4.3Q2 DOI:10.1016/j.crmeth.2026.101465 PMID:42184831	科研论文	介绍SpaDicer，一个统一伪空间重建和细胞类型反卷积的单细胞空间转录组端到端深度学习框架	通过跨域特征解耦提取细胞身份和空间定位的域不变特征，并采用自适应损失加权策略协调多个目标任务	未明确提及局限性	桥接单细胞RNA测序和空间转录组之间的差距，同时实现单细胞伪空间重建和空间点位细胞类型反卷积	模拟数据集和五个真实人类组织样本	机器学习	不适用	空间转录组学，单细胞RNA测序	深度学习	基因表达数据，空间转录组数据	两个模拟数据集和五个真实人类组织样本	不适用	单细胞RNA测序，空间转录组学	不适用	不适用
1969	2026-05-27	Explainable machine learning-guided integrated multiomics analysis reveals macrophage-driven immune suppression in breast cancer 2026-May-25, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-026-73617-9 PMID:42185288	研究论文	本研究利用可解释机器学习管道整合多组学数据分析，揭示了巨噬细胞在乳腺癌中驱动的免疫抑制机制	创新性地结合可解释机器学习与多组学分析（包括成像质谱流式技术和单细胞RNA测序），发现了巨噬细胞浸润与乳腺癌复发风险及化疗反应的矛盾关联，并揭示了HLA-ABC+巨噬细胞通过特定配体-受体相互作用介导免疫抑制的新机制	研究主要基于回顾性数据分析，巨噬细胞驱动免疫抑制的因果关系需进一步实验验证	解析乳腺肿瘤微环境中细胞组成与疾病进展及预后的关联，为改善治疗结局提供潜在靶点	乳腺癌肿瘤微环境中的巨噬细胞、调节性T细胞和耗竭性T细胞	机器学习和数字病理学	乳腺癌	可解释机器学习、成像质谱流式技术（IMC）、单细胞RNA测序（scRNA-seq）、细胞间通讯分析	可解释机器学习模型	基因表达数据、细胞分数数据、成像质谱流式数据、单细胞转录组数据	约5000份患者样本（来自METABRIC和TCGA数据集）	NA	成像质谱流式技术、单细胞RNA测序	NA	NA
1970	2026-05-27	CNet-Cox for interpretable network biomarker discovery and survival risk scoring in precise breast cancer prognosis 2026-May-25, NPJ digital medicine IF:12.4Q1 DOI:10.1038/s41746-026-02756-6 PMID:42185445	研究论文	提出CNet-Cox框架，一种结合先验网络连接性的正则化Cox比例风险模型，用于在乳腺癌预后中识别具有生物学可解释性的网络生物标志物并进行生存风险评分	将基因共定位关系整合到稀疏特征选择中，发现连接性预后模块，提高了生物标志物的可解释性和临床转化潜力	仅在乳腺癌数据集上验证，虽声称可扩展至其他疾病，但缺乏多疾病泛化性评估	开发一种疾病无关的网络感知生存模型，用于系统性发现连接生物标志物并实现可解释的风险预测	乳腺癌患者的基因表达数据，包括发现数据集（TCGA，n=1080）、内部测试数据集、7个独立批量转录组数据集（GEO，n=1602）和空间转录组数据集（Visium，4992个点）	机器学习和数字病理学	乳腺癌	批量RNA-seq、空间转录组学	Cox比例风险模型	基因表达数据	发现数据集1080个样本，内部测试数据集若干（未具体说明），7个独立数据集共1602个样本，空间转录组数据集4992个点	Illumina	批量RNA-seq、空间转录组学	Illumina NovaSeq、10x Visium	TCGA样本的批量RNA-seq（平台未具体说明）、空间转录组学使用10x Visium平台
1971	2026-05-27	Integrating single-cell and bulk transcriptomic analyses to explore key lactylation-related genes in benign prostatic hyperplasia 2026-May-25, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-026-54516-x PMID:42185567	研究论文	整合单细胞和批量转录组分析，探究良性前列腺增生中关键乳酸化相关基因	首次在单细胞分辨率下描绘良性前列腺增生中乳酸化相关基因的活性图谱，并识别出ANXA2和IFI27作为关键候选基因，揭示了ANXA2与代谢和炎症之间的潜在联系	基于公开数据集和体外细胞实验，缺乏体内验证和更大样本量的确认	探究蛋白质乳酸化在良性前列腺增生发病机制中的作用及相关分子特征	良性前列腺增生组织与正常前列腺组织的单细胞和批量转录组数据，以及BPH-1细胞系	生物信息学	良性前列腺增生	单细胞RNA测序、批量RNA测序	NA	基因表达数据	公开数据集，具体样本数未提及	NA	单细胞RNA测序	NA	NA
1972	2026-05-27	Identifying potential ligand-receptor interactions by integrating LSTM network and the attention mechanism for cell-cell communication prediction 2026-May-25, Journal of translational medicine IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s12967-026-08033-0 PMID:42185831	研究论文	提出CellAL框架，利用LSTM网络和注意力机制从蛋白质序列数据预测配体-受体相互作用，并结合单细胞RNA测序数据推断细胞间通讯	通过整合LSTM网络与注意力机制，直接基于蛋白质序列预测配体-受体相互作用，克服了对静态数据库的依赖，并能够捕获氨基酸的序列依赖性，从而发现新的信号对	未明确说明	开发一个稳健的计算框架，直接从蛋白质序列数据识别潜在配体-受体相互作用，克服对静态数据库的依赖，并发现新的信号对	配体-受体相互作用对、细胞间通讯网络	机器学习	黑色素瘤	单细胞RNA测序	LSTM	序列数据	四个标准配体-受体相互作用数据集和人类黑色素瘤单细胞RNA测序数据	NA	单细胞RNA测序	NA	NA
1973	2026-05-27	DNA demethylation of ANXA4 is associated with atrial fibrillation risk through myeloid immune mechanisms: evidence from Mendelian randomization and multi-omics analyses 2026-May-25, Clinical epigenetics IF:4.8Q1 DOI:10.1186/s13148-026-02131-y PMID:42185861	研究论文	通过孟德尔随机化和多组学分析，发现ANXA4的DNA去甲基化通过髓系免疫机制与心房颤动风险相关	首次整合孟德尔随机化、DNA甲基化QTL、单细胞转录组学和机器学习，系统揭示ANXA4表观遗传调控在心房颤动发病中的免疫机制	结果主要基于欧洲人群，且mQTL分析的部分位点可能与ANXA4基因无关	探索ANXA4的表观遗传调控及其在心房颤动发病中的机制和诊断价值	心房颤动患者和窦性心律对照者（共130名参与者：77名房颤患者，53名窦性心律对照）	数字病理学	心血管疾病	NGS	机器学习模型	图像	130名参与者（77名房颤患者，53名窦性心律对照）	Illumina	bulk RNA-seq, single-cell RNA-seq	Illumina NovaSeq	NA
1974	2026-05-27	Hallmarks of epithelial-mesenchymal plasticity in cancer 2026-May-25, Molecular cancer IF:27.7Q1 DOI:10.1186/s12943-026-02690-x PMID:42185888	综述	综述了癌症中上皮-间质可塑性的特征及其在肿瘤进化中的核心作用	提出上皮-间质可塑性是肿瘤进化的主要驱动因素，强调其超越传统二元局限制的中间表型谱，并整合代谢重编程、肿瘤微环境和先进模型（如双荧光报告系统、单细胞/空间转录组学）的协同作用	由于冗余性和可塑性，靶向上皮-间质可塑性的治疗面临挑战，且当前组合疗法仍需基于生物标志物和理性模型进一步优化	阐明上皮-间质可塑性在癌症可塑性、异质性和治疗耐药中的机制，为精准干预提供框架	癌症干细胞、肿瘤微环境、代谢通路、高级模型及治疗靶点	机器学习	癌症	单细胞转录组学、空间转录组学、双荧光报告系统、微流控肿瘤芯片、基因工程小鼠模型、生物发光成像、活体显微成像、机器学习、基于代理的建模	机器学习模型	转录组数据、空间数据、图像	不适用	不适用	单细胞转录组学、空间转录组学	不适用	不适用
1975	2026-05-27	CR1(+) tumor-associated macrophages orchestrate an immunosuppressive niche in hepatocellular carcinoma: a genetic and multi-omics dissection 2026-May-25, Journal of translational medicine IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s12967-026-08301-z PMID:42185899	研究论文	利用遗传和多组学框架研究CR1(+)肿瘤相关巨噬细胞在肝细胞癌中形成免疫抑制微环境的作用	首次整合遗传、空间和功能证据，揭示CR1+肿瘤相关巨噬细胞构成肝细胞癌中一个临床相关的免疫调控轴，将补体相关免疫抑制扩展到经典补体级联反应之外	NA	探讨CR1在肝细胞癌中驱动肿瘤相关巨噬细胞功能障碍的遗传决定因素	肝细胞癌患者样本及THP-1来源的巨噬细胞	数字病理学	肝癌	孟德尔随机化、代谢物介导分析、批量转录组学、单细胞RNA测序、空间转录组学	NA	基因表达数据、单细胞转录组数据、空间转录组数据、临床组织样本	21份样本共53,474个高质量单细胞、两个空间剖面的肝细胞癌切片、30对配对的肝细胞癌及癌旁组织	NA	单细胞RNA测序、空间转录组学、批量RNA测序	NA	NA
1976	2026-05-27	Semaglutide targets the Isg15-FUNDC1 axis: suppressing IFN-β overactivation and attenuating blood-brain barrier injury in diabetic intracerebral hemorrhage 2026-May-25, Journal of neuroinflammation IF:9.3Q1 DOI:10.1186/s12974-026-03877-1 PMID:42186030	research paper	本研究利用单细胞RNA测序技术，发现司美格鲁肽通过上调Isg15表达、稳定FUNDC1蛋白、改善线粒体自噬，从而抑制IFN-β过度激活并减轻糖尿病性脑出血后血脑屏障损伤	首次揭示Isg15-FUNDC1-线粒体自噬轴在糖尿病性脑出血后维持血脑屏障稳态中的保护作用，并发现司美格鲁肽通过非ISGylation依赖性方式稳定FUNDC1发挥保护功能	研究结果在雌性动物中的适用性尚需进一步验证	探讨Isg15缺乏在糖尿病性脑出血中线粒体自噬障碍和IFN-β失调中的作用，并评估GLP-1受体激动剂司美格鲁肽的治疗潜力	脑微血管内皮细胞（BMECs）、糖尿病患者并发症中的血脑屏障损伤	machine learning	diabetic intracerebral hemorrhage	single-cell RNA sequencing, 单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	雄性大鼠模型、人脑微血管内皮细胞系hCMEC/D3	10x Genomics	single-cell RNA-seq	10x Chromium	10x Chromium Single Cell 3'
1977	2026-05-27	PVNOXT regulates acinar cell-mediated inflammatory response via DMVACh projections to the acinar cell 2026-May-25, Journal of neuroinflammation IF:9.3Q1 DOI:10.1186/s12974-026-03870-8 PMID:42186091	研究论文	本研究揭示了PVNOXT神经元通过DMVACh投射调控胰腺腺泡细胞介导的炎症反应	首次发现下丘脑室旁核中特定催产素神经元亚群通过迷走神经背运动核胆碱能神经元直接支配胰腺腺泡细胞，并鉴定Wdfy1基因在该神经环路中的关键作用	仅在小鼠模型中验证，尚需在人类中验证该神经环路的保守性	探究大脑与胰腺腺泡细胞之间的解剖和功能连接及其在急性胰腺炎中的作用	高甘油三酯血症相关的急性胰腺炎小鼠模型	机器学习	急性胰腺炎	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	NA	10x Genomics	单细胞RNA测序	10x Chromium	10x Chromium单细胞3'试剂盒
1978	2026-05-27	Epithelial YPEL3 Modulates CD8+ T-Cell Infiltration and Tumor Progression Through CREB1-CXCL16 Signaling in HNSCC 2026-May-25, Cancer science IF:4.5Q1 DOI:10.1111/cas.70409 PMID:42186216	研究论文	整合多组学数据揭示YPEL3通过CREB1-CXCL16信号轴调节头颈鳞癌中CD8阳性T细胞浸润与肿瘤进展	首次发现YPEL3在头颈鳞癌中作为肿瘤抑制因子，通过CREB1而非TFAP2C调控CXCL16表达，建立上皮分化状态与抗肿瘤免疫之间的分子联系	未提及	探究YPEL3在头颈鳞癌中的表达、预后价值及免疫调节机制	头颈鳞癌患者肿瘤组织及细胞系，包括上皮细胞和CD8阳性T细胞	机器学习，数字病理学	头颈鳞癌	转录组测序，DNA甲基化测序，单细胞RNA测序，功能实验	NA	转录组数据，DNA甲基化数据，单细胞RNA测序数据，临床病理数据	来自TCGA/GEO数据库的多中心HNSCC队列，具体样本量未提及	Illumina	单细胞RNA测序	Illumina NovaSeq	单细胞RNA测序使用10x Genomics平台，具体配置未详细说明
1979	2026-05-27	Recent Advances in Omics and Genetic Tools in Schistosome Research and Control 2026-May-24, International journal for parasitology IF:3.7Q1 DOI:10.1016/j.ijpara.2026.104880 PMID:42184933	综述	综述组学和遗传工具在血吸虫研究与防控中的最新进展及其对诊断、治疗和可持续控制的启示	系统整合多组学（基因组学、单细胞转录组学、非编码RNA组学、蛋白质组学）与功能遗传工具（RNA干扰、CRISPR/Cas9），并展望人工智能与多组学平台融合的应用前景	未提及基于单细胞数据的空间分辨率不足、多组学整合的计算挑战及临床转化中的伦理问题	总结组学和遗传工具在血吸虫研究中的进展，推动诊断、治疗和疾病控制策略优化	血吸虫（血吸虫属寄生虫）	机器学习	血吸虫病	基因组学、批量转录组学、单细胞转录组学、非编码RNA组学、蛋白质组学、RNA干扰、转基因、CRISPR/Cas9基因组编辑	NA	基因组数据、转录组数据、蛋白质组数据	不适用（综述类文章，涉及文献中报道的多个研究样本）	NA	批量RNA-seq、单细胞RNA-seq、蛋白质组学	NA	NA
1980	2026-05-27	Spatial transcriptomics reveals influence of microenvironment on intrinsic fates in melanoma therapy resistance 2026-May-23, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-026-04112-z PMID:42174697	研究论文	利用空间转录组学和单细胞RNA测序揭示黑色素瘤治疗耐药性中微环境对内在命运的影响	通过共识非负矩阵分解识别细胞系共有的内在耐药程序，并在患者样本中发现这些程序与不同免疫特征共存，结合单细胞分辨率的空间转录组学揭示内在决定和外在影响的耐药命运	未提及具体局限性	研究癌症治疗耐药性中细胞内在因素和微环境因素的相互作用机制	黑色素瘤细胞系、患者样本和异种移植模型	数字病理学	黑色素瘤	空间转录组学, 单细胞RNA测序	共识非负矩阵分解	转录组数据	黑色素瘤细胞系、患者样本和异种移植模型的多重样本	10x Genomics	空间转录组学, 单细胞RNA测序	10x Visium, 10x Chromium	10x Visium空间转录组学平台, 10x Chromium单细胞RNA测序平台