单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 31780 篇文献，本页显示第 1961 - 1980 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1961 | 2025-10-06 |
Single-cell RNA sequencing uncovers cellular heterogeneity of granulosa cells and provides a signature for follicular development in chicken
2025-Sep, Poultry science
IF:3.8Q1
DOI:10.1016/j.psj.2025.105430
PMID:40516295
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序揭示了鸡颗粒细胞的异质性，并构建了卵泡发育过程中颗粒细胞的发育轨迹 | 首次在鸡中应用单细胞RNA测序技术系统解析颗粒细胞异质性，识别了四种颗粒细胞类型及其分化轨迹 | 研究仅针对鸡这一物种，结果在其他禽类中的普适性有待验证 | 探究鸡卵泡发育过程中颗粒细胞的异质性和功能分化 | 鸡的颗粒细胞 | 单细胞组学 | NA | 单细胞RNA测序 | 单细胞调控网络推断和聚类分析 | 单细胞转录组数据 | 两个发育阶段的颗粒细胞样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1962 | 2025-10-06 |
Comprehensive identification of crucial biomarkers and therapeutic targets in cholestasis via integrated single-cell RNA and transcriptome sequencing analysis
2025-Sep, Mammalian genome : official journal of the International Mammalian Genome Society
IF:2.7Q2
DOI:10.1007/s00335-025-10146-8
PMID:40523982
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研究论文 | 通过整合单细胞RNA测序和转录组测序分析，全面鉴定胆汁淤积症的关键生物标志物和治疗靶点 | 首次结合单细胞测序和转录组数据分析胆汁淤积症的细胞通讯网络，鉴定出IL32、CRIP2、ANXA2和VWF等关键基因作为新型生物标志物和治疗靶点 | 样本量相对有限（13例患者和10例对照），需要在更大队列中验证研究结果 | 探索胆汁淤积症的分子机制并识别关键生物标志物和治疗靶点 | 胆汁淤积性肝病（CLD）患者和对照组的肝组织样本 | 生物信息学 | 胆汁淤积症 | 单细胞RNA测序, 转录组测序, Lasso回归分析, 免疫浸润分析, 功能富集分析 | Lasso回归模型 | 单细胞测序数据, 转录组数据 | 13例胆汁淤积性肝病患者和10例对照 | NA | 单细胞RNA测序, 转录组测序 | NA | NA |
| 1963 | 2025-10-06 |
Single-cell and bulk RNA sequencing reveals specific Trem2 positive B cell subtype niche after myocardial infarction in mice
2025-Sep, Mammalian genome : official journal of the International Mammalian Genome Society
IF:2.7Q2
DOI:10.1007/s00335-025-10144-w
PMID:40523981
|
研究论文 | 本研究通过单细胞和bulk RNA测序技术揭示了小鼠心肌梗死后具有Breg特征的Trem2阳性B细胞亚型及其作用机制 | 首次鉴定出心肌梗死后具有调节性B细胞特征的Trem2阳性B细胞亚型，并发现Apoe通过其受体促进Spp1表达的机制 | 仅比较了心肌梗死不同时间点与稳态条件下梗死区域的免疫细胞变化，未涉及其他区域 | 表征小鼠心肌梗死后B细胞亚型并鉴定潜在治疗靶点 | 心肌梗死小鼠模型 | 生物信息学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序, bulk RNA测序, 基因集富集分析, SCENIC分析, Monocle 2, NichNet分析 | NA | RNA测序数据 | 来自GEO数据库的scRNA-seq数据(GSE163129)和bulk RNA-seq数据(GSE19322) | NA | 单细胞RNA测序, bulk RNA测序 | NA | NA |
| 1964 | 2025-10-06 |
Elucidation of novel diagnostic biomarkers and therapeutic targets in colorectal carcinoma: an integrative approach leveraging multi-omics, computational biology, and single-cell sequencing technologies
2025-Sep, Mammalian genome : official journal of the International Mammalian Genome Society
IF:2.7Q2
DOI:10.1007/s00335-025-10141-z
PMID:40560225
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研究论文 | 通过整合多组学、计算生物学和单细胞测序技术，阐明结直肠癌的新型诊断生物标志物和治疗靶点 | 首次整合全球疾病负担数据库、转录组学、蛋白质组学和单细胞测序技术，系统揭示VEGFA、ICAM1和IL6R在结直肠癌进展中的关键作用，并通过分子对接和动态模拟为靶向药物开发提供理论基础 | 研究结果需要进一步验证，临床转化潜力尚待探索 | 研究结直肠癌的发病机制、诊断方法和潜在治疗靶点 | 结直肠癌 | 计算生物学 | 结直肠癌 | 多组学分析、单细胞测序、转录组学、蛋白质组学、分子对接、动态模拟 | NA | 多组学数据、流行病学数据、分子数据 | NA | NA | 单细胞测序 | NA | NA |
| 1965 | 2025-10-06 |
Exploration of shared diagnostic genes and mechanisms between crohn's disease and ischemic stroke by integrated comprehensive bioinformatics analysis and machine learning
2025-Sep, Mammalian genome : official journal of the International Mammalian Genome Society
IF:2.7Q2
DOI:10.1007/s00335-025-10145-9
PMID:40588645
|
研究论文 | 通过生物信息学和机器学习方法探索克罗恩病与缺血性卒中之间的共享诊断基因和机制 | 首次整合多种生物信息学分析和机器学习算法系统鉴定CD-IS共病的共享诊断生物标志物和机制 | 基于公共数据库的回顾性分析，需要实验验证 | 识别克罗恩病与缺血性卒中共病的共享诊断基因和潜在机制 | 克罗恩病和缺血性卒中患者基因表达数据 | 生物信息学 | 克罗恩病,缺血性卒中 | 差异表达分析,WGCNA,机器学习,单细胞RNA测序,CIBERSORT,孟德尔随机化,分子对接 | 机器学习算法 | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1966 | 2025-10-06 |
M694I variant of MEFV drives pathogenesis of familial Mediterranean fever through enhanced Th17 cell differentiation
2025-Sep-01, Rheumatology (Oxford, England)
DOI:10.1093/rheumatology/keaf336
PMID:40613718
|
研究论文 | 本研究通过CRISPR/Cas9技术构建MEFV M694I突变小鼠模型，揭示了该突变通过增强Th17细胞分化促进家族性地中海热发病的机制 | 首次利用基因敲入小鼠模型系统阐明MEFV M694I突变通过特异性增强Th17细胞分化驱动家族性地中海热发病的分子机制 | 研究主要基于小鼠模型，人类临床验证仍需进一步研究 | 探究MEFV M694I突变在家族性地中海热发病机制中的作用 | MEFV M694I基因敲入小鼠的脾细胞和血清样本 | 免疫学 | 家族性地中海热 | CRISPR/Cas9基因编辑, 单细胞RNA测序, 流式细胞术, 细胞因子阵列分析 | 基因敲入小鼠模型 | 基因表达数据, 细胞表型数据, 细胞因子数据 | 未明确样本数量，使用基因敲入小鼠模型进行研究 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 使用Seurat和fgsea软件包进行单细胞RNA测序数据分析 |
| 1967 | 2025-10-06 |
Ontogeny-specific induction of the KMT2A::AFF1-fusion drives development of a distinct CD24 positive pre-leukemic state
2025-Sep, Leukemia
IF:12.8Q1
DOI:10.1038/s41375-025-02665-9
PMID:40646135
|
研究论文 | 本研究通过新型小鼠KMT2A::AFF1融合基因模型揭示了胚胎期特异性诱导产生的CD24阳性前白血病状态 | 建立了可精确诱导致癌融合基因的小鼠模型，首次发现胚胎造血环境特异性产生的CD24PreProB前白血病干细胞群体 | 研究基于小鼠模型，人类直接相关性需进一步验证；未涉及临床治疗干预效果评估 | 探究KMT2A::AFF1融合基因在胚胎期诱导前白血病形成的机制 | 小鼠造血干细胞和祖细胞（HSPCs）、CD24PreProB细胞亚群、人类KMT2A::AFF1患者样本 | 血液肿瘤学 | 急性淋巴细胞白血病 | 单细胞转录组测序 | 小鼠基因工程模型 | 基因表达数据、细胞表型数据 | 未明确样本数量 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1968 | 2025-10-06 |
IQGAP1 participates in bone marrow-derived macrophage recruitment and involves in liver inflammation/fibrosis
2025-Sep, Journal of molecular medicine (Berlin, Germany)
DOI:10.1007/s00109-025-02573-6
PMID:40682669
|
研究论文 | 本研究探讨了IQGAP1在S1P诱导的骨髓源性巨噬细胞迁移及肝脏炎症/纤维化中的作用机制 | 首次揭示S1P通过S1PR2/3-HuR/miR-455-5p轴调控IQGAP1表达，进而影响巨噬细胞迁移和肝脏纤维化的新机制 | 研究主要基于小鼠模型，人类临床验证尚需进一步开展 | 阐明IQGAP1在肝脏炎症和纤维化过程中的分子机制 | 骨髓源性巨噬细胞和肝纤维化小鼠模型 | 分子生物学 | 肝纤维化 | 单细胞RNA测序, 免疫荧光, RT-qPCR, western blot, Boyden小室迁移实验 | NA | 基因表达数据, 蛋白质数据, 细胞迁移数据 | 小鼠肝纤维化模型（CCl4、BDL、MCDHF饮食诱导） | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1969 | 2025-10-06 |
GraphCellNet: A deep learning method for integrated single-cell and spatial transcriptomic analysis with applications in development and disease
2025-Sep, Journal of molecular medicine (Berlin, Germany)
DOI:10.1007/s00109-025-02575-4
PMID:40690004
|
研究论文 | 提出一种结合单细胞和空间转录组分析的深度学习方法GraphCellNet，用于细胞类型解卷积和空间域识别 | 采用Kolmogorov-Arnold网络层增强非线性特征表示和上下文整合，解决细胞边界模糊和高异质性问题 | NA | 开发集成单细胞和空间转录组分析的计算方法，提升组织结构和功能的理解 | 心肌梗死、果蝇发育、人类心脏发育 | 计算生物学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | 图神经网络, KAN | 基因表达数据, 空间位置数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
| 1970 | 2025-10-06 |
Human fetal kidney organoids model early human nephrogenesis and Notch-driven cell fate
2025-Sep, The EMBO journal
DOI:10.1038/s44318-025-00504-2
PMID:40691416
|
研究论文 | 本研究建立了人类胎儿肾脏来源类器官的长期培养方法，模拟早期人类肾脏发育过程 | 开发了化学限定、无血清的人类胎儿肾脏类器官培养方案，首次在单细胞水平分析Notch信号抑制对肾小管分化的影响 | 需要进一步验证类器官模型与真实人类胎儿肾脏发育的一致性 | 建立可靠的人类肾脏发育模型，研究Notch信号在细胞命运决定中的作用 | 人类胎儿肾脏来源类器官 | 干细胞生物学 | 肾脏发育疾病 | 单细胞RNA测序, 伪时序分析, 免疫染色 | 类器官模型 | 基因表达数据, 图像数据 | 人类胎儿肾脏样本 | NA | 单细胞RNA测序, 批量转录组测序 | NA | NA |
| 1971 | 2025-10-06 |
Optimized Enrichment of CD71+ Reticulocytes From Whole Blood for Single-Cell RNA Sequencing
2025-Sep, Current protocols
DOI:10.1002/cpz1.70203
PMID:40900571
|
研究论文 | 本文优化了从全血中富集CD71+网织红细胞的方法，用于单细胞RNA测序研究 | 开发了高产量和高活力的CD71+网织红细胞富集方法，解决了网织红细胞分离困难的技术难题 | NA | 优化网织红细胞富集方法以支持单细胞转录组学研究 | 人全血中的CD71+网织红细胞 | 单细胞组学 | 血液疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1972 | 2025-10-06 |
Dissecting cross-lineage tumourigenesis under p53 inactivation through single-cell multi-omics and spatial transcriptomics
2025-Sep, Clinical and translational medicine
IF:7.9Q1
DOI:10.1002/ctm2.70461
PMID:40887856
|
研究论文 | 通过单细胞多组学和空间转录组学技术解析p53失活条件下跨谱系肿瘤发生的机制 | 整合多种单细胞多组学技术构建Trp53功能细胞图谱，并通过深度学习重建p53调控网络 | 使用小鼠模型，结果向人类临床转化的适用性需要进一步验证 | 研究p53失活后细胞稳态破坏和肿瘤发生机制 | Trp53基因敲除小鼠模型中的免疫细胞、基质细胞和上皮细胞 | 生物信息学 | 多种癌症 | 单细胞转录组测序, 单细胞ATAC-seq, 空间转录组学, 全基因组测序, CUT&Tag | 深度学习基因网络模型 | 单细胞多组学数据, 空间转录组数据 | Trp53敲除小鼠模型 | NA | 单细胞RNA-seq, 单细胞ATAC-seq, 空间转录组学, 单细胞多组学 | NA | NA |
| 1973 | 2025-10-06 |
In Vivo and In Vitro Analysis of Cathepsin D in Bone Homeostasis and Osteoporosis
2025-Sep-01, Journal of musculoskeletal & neuronal interactions
IF:1.7Q4
PMID:40889199
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研究论文 | 本研究通过体内外实验分析组织蛋白酶D在骨稳态和骨质疏松中的作用 | 首次系统验证组织蛋白酶D作为骨质疏松潜在生物标志物和治疗靶点的功能 | 研究样本量有限，未涉及其他骨代谢相关蛋白酶的比较分析 | 探索组织蛋白酶D在骨质疏松中的生物学功能和治疗潜力 | 人股骨头组织、人间充质干细胞、卵巢切除小鼠模型 | 生物医学研究 | 骨质疏松 | 单细胞测序, RT-qPCR, 蛋白质印迹, 免疫荧光染色, 茜素红染色 | NA | 基因表达数据, 蛋白质表达数据, 组织染色图像 | 人类股骨头组织样本、人间充质干细胞、小鼠模型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1974 | 2025-10-06 |
Mature and migratory dendritic cells promote immune infiltration and response to anti-PD-1 checkpoint blockade in metastatic melanoma
2025-Sep-01, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-025-62878-5
PMID:40890106
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序分析转移性黑色素瘤肿瘤微环境，发现成熟树突状细胞亚型与免疫治疗反应相关 | 识别出表达免疫调节分子的成熟树突状细胞亚型(mregDC)，并证明其与TCF7+/- CD8 T细胞比率联合可作为免疫检查点抑制剂疗效的预测生物标志物 | 样本量相对有限(36个样本的单细胞RNA-seq)，需要在更大队列中验证 | 探索肿瘤微环境中细胞亚型与免疫检查点抑制剂治疗反应的关系 | 转移性黑色素瘤患者肿瘤样本 | 数字病理学 | 黑色素瘤 | 单细胞RNA测序,单核ATAC测序 | NA | 单细胞转录组数据,表观遗传数据 | 36个转移性黑色素瘤样本(约189,000个细胞)，验证队列318个样本 | NA | 单细胞RNA-seq,单细胞ATAC-seq | NA | NA |
| 1975 | 2025-10-06 |
Longitudinal liquid biopsy identifies an early predictive biomarker of immune checkpoint blockade response in head and neck squamous cell carcinoma
2025-Sep-01, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-025-63538-4
PMID:40890155
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研究论文 | 本研究通过纵向液体活检开发了一种早期预测头颈鳞状细胞癌免疫检查点阻断治疗反应的生物标志物 | 采用时间分辨多组学方法在小鼠模型中表征ICB治疗期间的动态外周免疫反应，发现应答者早期效应记忆T细胞和B细胞库的扩增 | 研究主要基于小鼠模型，人类队列验证需要进一步扩大样本量 | 开发预测免疫检查点阻断治疗反应的生物标志物 | 头颈鳞状细胞癌患者和小鼠模型 | 生物信息学 | 头颈鳞状细胞癌 | 单细胞转录组测序，T/B细胞受体分析 | 小鼠肿瘤模型 | 单细胞RNA测序数据，免疫受体序列数据 | 小鼠HNSCC模型和独立人类HNSCC队列 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1976 | 2025-10-06 |
A spatial transcriptomics dataset of pancreas sections in normal glucose tolerance and type 2 diabetic donors
2025-Sep-01, Scientific data
IF:5.8Q1
DOI:10.1038/s41597-025-05450-6
PMID:40890166
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研究论文 | 本研究提供了正常糖耐量和2型糖尿病患者胰腺组织的空间转录组数据集，并开发了转录渗漏的计算校正方法 | 首次报道人类胰腺在正常和2型糖尿病状态下的空间转录组特征，并开发了针对高丰度基因转录渗漏的概率模型校正方法 | 样本量较小（仅6个供体），仅针对胰腺组织，未验证其他器官的转录渗漏问题 | 研究正常和2型糖尿病状态下胰腺基因表达的空间分布规律 | 人类胰腺组织样本 | 空间转录组学 | 2型糖尿病 | 空间转录组测序 | 概率模型 | 空间基因表达数据 | 6个供体（3个2型糖尿病患者，3个正常糖耐量者） | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 1977 | 2025-10-06 |
AEBP1 drives fibroblast-mediated T cell dysfunction in tumors
2025-Sep-01, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-025-63659-w
PMID:40890191
|
研究论文 | 本研究揭示AEBP1通过癌症相关成纤维细胞驱动T细胞功能障碍的新机制 | 首次发现AEBP1是CAF介导的T细胞功能障碍的关键调节因子，并开发了靶向AEBP1-CKAP4相互作用的抑制剂 | 研究主要基于小鼠模型和有限的人类癌症类型，临床转化仍需进一步验证 | 探究肿瘤微环境中T细胞功能障碍的机制并寻找新的治疗靶点 | 人类结肠腺癌和三阴性乳腺癌组织、小鼠肿瘤模型、癌症相关成纤维细胞 | 肿瘤免疫学 | 结肠癌、乳腺癌 | RNA测序、单细胞RNA测序、分子对接虚拟筛选 | NA | 基因表达数据、单细胞转录组数据 | 人类结肠腺癌和三阴性乳腺癌组织样本 | NA | RNA-seq、单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1978 | 2025-10-06 |
Systemic activation of NRF2 contributes to the therapeutic efficacy of clinically-approved KRAS-G12C anti-cancer drugs
2025-Sep-01, British journal of cancer
IF:6.4Q1
DOI:10.1038/s41416-025-03162-7
PMID:40890297
|
研究论文 | 研究发现临床批准的KRAS-G12C抗癌药物通过激活NRF2通路增强抗癌免疫疗效 | 首次揭示KRAS-G12C抑制剂通过靶向KEAP1半胱氨酸传感器激活NRF2通路，这是抗癌药物正向调控通常被视为致癌蛋白的独特案例 | 未明确说明研究样本量及具体实验模型 | 探索NRF2异常激活对KRASG12C抑制剂临床反应的影响机制 | KRAS突变肺癌患者及KEAP1-NRF2通路共突变 | 癌症生物学 | 肺癌 | 基因敲除、单细胞RNA测序、表面等离子共振 | NA | 基因表达数据、分子相互作用数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1979 | 2025-10-06 |
Spatialsmooth: a spatially-aware convolutional autoencoder framework for enhanced deconvolution of spatial transcriptomics data
2025-Sep-01, BMC genomics
IF:3.5Q2
DOI:10.1186/s12864-025-11959-2
PMID:40890608
|
研究论文 | 提出基于卷积自编码器的空间感知框架Spatialsmooth，用于增强空间转录组数据的反卷积分析 | 整合多种空间反卷积工具，利用位置编码充分挖掘空间位置信息，并通过卷积自编码器优化细胞类型组成的空间分布 | NA | 开发空间转录组数据反卷积方法以提高细胞类型组成推断的准确性和空间一致性 | 胰腺导管腺癌(PDAC)数据集和基准数据 | 空间转录组学 | 胰腺癌 | 空间转录组学 | 卷积自编码器 | 空间基因表达数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 1980 | 2025-10-06 |
Identification of severity related mutation hotspots in SARS-CoV-2 using a density-based clustering approach
2025-Sep-01, BioData mining
IF:4.0Q1
DOI:10.1186/s13040-025-00476-3
PMID:40890768
|
研究论文 | 使用密度聚类方法识别SARS-CoV-2基因组中与疾病严重程度相关的突变热点区域 | 开发Mutclust密度聚类算法识别突变热点，首次发现28个与COVID-19严重程度相关的突变区域并揭示其与NK细胞功能的关联 | 样本量相对有限（387名患者），需要更大规模验证 | 识别SARS-CoV-2基因组中与患者疾病严重程度相关的突变热点 | SARS-CoV-2病毒基因组突变热点与COVID-19患者 | 生物信息学 | COVID-19 | 密度聚类算法，网络传播分析，单细胞RNA测序 | Mutclust聚类算法 | 基因组序列数据，单细胞RNA-seq数据，细胞因子数据 | 387名感染患者 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |