单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
1961	2025-07-22	Improved characterization of 3' single-cell RNA-seq libraries with paired-end avidity sequencing 2024-Dec, NAR genomics and bioinformatics IF:4.0Q1 DOI:10.1093/nargab/lqae175 PMID:39703419	研究论文	本文评估了Element Biosciences的'亲和碱基化学'DNA测序技术在单细胞RNA-seq库中的应用，特别是在通过引物测序和准确配对末端读段对齐方面的能力	使用'亲和碱基化学'DNA测序技术直接测序通过胸腺嘧啶均聚物，实现对多聚腺苷酸化位点的精确量化	与单端对齐相比，该方法并未一致提高读段映射率，且存在低水平的人工产物	改进3'单细胞RNA-seq库的表征，特别是多聚腺苷酸化位点的测量	单细胞RNA-seq库	基因组学	NA	单细胞RNA-seq, 亲和碱基化学DNA测序	NA	DNA序列数据	NA
1962	2025-07-22	Transiently increased coordination in gene regulation during cell phenotypic transitions 2024-Dec, PRX life DOI:10.1103/prxlife.2.043009 PMID:40585428	research paper	该研究通过分析单细胞RNA测序数据，探讨了细胞表型转变过程中基因表达簇的协调切换机制	研究发现细胞表型转变过程中，不同基因调控社区间的相互作用先增强后减弱，揭示了协调全局基因表达重编程的一般原则	研究仅分析了五种细胞转变过程，可能无法涵盖所有类型的表型转变	探究细胞表型转变过程中基因表达簇的协调切换机制	五种不同的细胞转变过程	基因组学	NA	单细胞RNA测序	过渡路径理论框架	基因表达数据	五种不同的细胞转变过程
1963	2025-07-22	OneSC: a computational platform for recapitulating cell state transitions 2024-11-28, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btae703 PMID:39570626	research paper	介绍了一个名为OneSC的计算平台，用于模拟细胞状态转换	OneSC平台通过随机微分方程系统模拟细胞状态转换，优先生成布尔网络，能够忠实模拟细胞状态转换和终端细胞状态	NA	开发一个计算平台，用于模拟细胞状态转换，以支持发育生物学、癌症生物学和细胞命运工程的研究	小鼠骨髓祖细胞单细胞RNA测序数据集	computational biology	NA	scRNA-seq	布尔网络	单细胞RNA测序数据	NA
1964	2025-07-22	Human single cell RNA-sequencing reveals a targetable CD8+ exhausted T cell population that maintains mouse low-grade glioma growth 2024-11-28, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-54569-4 PMID:39609412	研究论文	通过人类单细胞RNA测序发现一种可靶向的CD8+耗竭T细胞群，该细胞群维持小鼠低级别胶质瘤的生长	揭示了CD8+耗竭T细胞在低级别胶质瘤维持中的新功能，并证明免疫检查点抑制治疗通过抑制细胞因子介导的机制而非T细胞介导的细胞毒性来减缓肿瘤增殖	研究主要基于小鼠模型，人类样本的验证可能有限	探究低级别胶质瘤中CD8+耗竭T细胞的作用及其潜在治疗靶点	人类和小鼠的低级别胶质瘤组织	肿瘤免疫学	低级别胶质瘤	单细胞RNA测序	Nf1-OPG小鼠模型	RNA测序数据	多个单细胞RNA测序数据集和小鼠模型
1965	2025-07-22	Childhood-onset lupus nephritis is characterized by complex interactions between kidney stroma and infiltrating immune cells 2024-11-27, Science translational medicine IF:15.8Q1 DOI:10.1126/scitranslmed.adl1666 PMID:39602512	研究论文	本研究利用空间转录组学技术，构建了儿童期狼疮性肾炎（cLN）肾脏组织的单细胞分辨率空间图谱，揭示了肾脏基质与浸润免疫细胞之间的复杂相互作用	首次在单细胞分辨率下结合空间信息解析cLN肾脏组织的细胞互作网络，发现了免疫细胞在特定区域的定位模式以及基因表达的空间依赖性	样本量较小（8名cLN患者和4名对照），且未发现组织学评分与肾小球细胞转录特征之间的显著相关性	探究儿童期狼疮性肾炎的免疫发病机制	儿童期狼疮性肾炎患者的肾脏组织	数字病理学	狼疮性肾炎	空间转录组学	NA	空间转录组数据	8名cLN患者和4名对照个体的肾脏组织样本
1966	2025-07-22	Endogenous antigens shape the transcriptome and TCR repertoire in an autoimmune arthritis model 2024-Nov-26, The Journal of clinical investigation IF:13.3Q1 DOI:10.1172/JCI174647 PMID:39589811	研究论文	本研究通过RNA测序和T细胞受体测序技术，探讨了自身免疫性关节炎模型中内源性抗原如何影响转录组和TCR库	揭示了Zap70信号通路缺陷如何导致自身反应性CD4+ T细胞的激活和持续存在，并发现内源性逆转录病毒通过破坏外周耐受促进自身免疫性关节炎的发展	研究仅在小鼠模型中进行，结果是否适用于人类自身免疫性疾病尚需验证	探究自身反应性CD4+ T细胞的发育机制及其在自身免疫性关节炎中的作用	BALB/c-Zap70*W163C (SKG)小鼠的naive CD4+ T细胞	免疫学	自身免疫性关节炎	bulk RNA-Seq, scRNA-Seq, scTCR-Seq	NA	基因表达数据, TCR序列数据	SKG小鼠的CD4+ T细胞
1967	2025-07-22	Cell-specific priors rescue differential gene expression in spatial spot-based technologies 2024-Nov-22, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbae621 PMID:39679437	研究论文	本文探讨了空间转录组学(ST)技术在差异表达基因(DEGs)识别中的性能问题，并提出了一种基于细胞类型特异性先验知识的基因选择方案	揭示了传统DEG算法在ST数据中的性能不足，并提出了一种新的基于细胞类型特异性先验知识的基因选择方法，显著提高了DEG的恢复率和可靠性	研究基于计算机模拟的ST数据，可能无法完全反映真实实验数据的复杂性	评估和改进空间转录组学数据中差异表达基因的识别方法	空间转录组学数据，特别是基于spot的平台(如Visium)生成的数据	生物信息学	NA	空间转录组学(ST)，Visium平台	NA	基因表达数据	基于计算机模拟的数据
1968	2025-07-22	ETV2 transcriptionally activates Rig1 gene expression and promotes reprogramming of the endothelial lineage 2024-11-19, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-024-78115-w PMID:39562637	研究论文	本研究探讨了ETV2通过转录激活Rig1基因表达促进内皮细胞重编程的分子机制	首次揭示了ETV2通过直接激活RIG1来重编程成纤维细胞为内皮细胞的分子机制	研究仅在小鼠胚胎成纤维细胞中进行，尚未在人类细胞中验证	阐明ETV2介导的内皮细胞重编程的分子机制	小鼠胚胎成纤维细胞(MEFs)	细胞重编程	缺血性心脏病	单细胞RNA-seq, ChIP-seq, 电泳迁移率实验, 转录分析	NA	基因表达数据	小鼠胚胎成纤维细胞样本
1969	2025-07-22	Chemokine expression profile of an innate granuloma 2024-Nov-14, eLife IF:6.4Q1 DOI:10.7554/eLife.96425 PMID:39541153	研究论文	本文研究了先天免疫系统中趋化因子在肝脏肉芽肿形成过程中的作用	使用空间转录组学技术揭示了趋化因子及其受体在肉芽肿成熟和消退过程中的动态表达变化	研究仅基于小鼠模型，结果可能无法完全适用于人类	阐明趋化因子在指导免疫细胞形成肉芽肿不同层次中的作用	小鼠肝脏中的先天免疫肉芽肿	免疫学	感染性疾病	空间转录组学	小鼠感染模型	基因表达数据	NA
1970	2025-07-22	PRMT5/WDR77 Enhances the Proliferation of Squamous Cell Carcinoma via the ΔNp63α-p21 Axis 2024-Nov-11, Cancers IF:4.5Q1 DOI:10.3390/cancers16223789 PMID:39594744	研究论文	本研究探讨了PRMT5/WDR77通过ΔNp63α-p21轴促进鳞状细胞癌增殖的机制	首次揭示了PRMT5和WDR77通过ΔNp63α-p21轴协同促进鳞状细胞癌增殖的新机制	研究主要基于TCGA和DepMap数据库及体外实验，临床前模型验证仍需进一步研究	探究PRMT5在鳞状细胞癌中的分子机制及其作为治疗靶点的潜力	鳞状细胞癌（特别是头颈部鳞状细胞癌）	癌症生物学	鳞状细胞癌	单细胞RNA-seq、RT-qPCR、Western blot、MTT实验、流式细胞术	NA	基因表达数据、蛋白质数据、细胞增殖数据	TCGA和DepMap数据库中的患者数据及体外实验模型
1971	2025-07-22	scDOT: optimal transport for mapping senescent cells in spatial transcriptomics 2024-Nov-08, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-024-03426-0 PMID:39516853	研究论文	开发了一种名为scDOT的方法，结合空间转录组学和单细胞RNA测序，以提高重建单细胞分辨率空间图谱和识别衰老细胞的能力	scDOT整合了最优传输和表达反卷积技术，学习细胞与位点之间的非线性耦合关系，并推断细胞位置	NA	提高空间转录组学数据的解析能力，识别衰老细胞及其空间组织	衰老细胞及其邻近细胞	空间转录组学	NA	单细胞RNA测序，空间转录组学	最优传输模型	转录组数据	NA
1972	2025-07-22	Preparation of Frozen Non-Human Primate Fetal Islets for Combined Single Nuclei RNA-Sequencing and ATAC-Sequencing, and Bulk Metabolomics 2024-Nov-08, Journal of visualized experiments : JoVE DOI:10.3791/66849 PMID:39584693	研究论文	本研究提出了一种利用冷冻非人灵长类胎儿胰岛组织进行单核RNA测序、ATAC测序和批量代谢组学分析的方法	开发了一种同时进行单核RNA测序、ATAC测序和代谢组学分析的方法，解决了多组学实验中的批次效应问题	方法依赖于冷冻保存的样本质量，且样本获取不易	开发多组学整合分析方法以研究细胞身份建立中代谢物的作用	非人灵长类胎儿胰岛组织	基因组学	NA	单核RNA测序(snRNA-seq)、ATAC测序、毛细管电泳-质谱(CE-MS)	NA	基因组数据、代谢组数据	两年间收集的冷冻非人灵长类胎儿胰岛样本
1973	2025-07-22	Cellular heterogeneity and dynamics of the human uterus in healthy premenopausal women 2024-Nov-05, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.2404775121 PMID:39471215	研究论文	通过单细胞RNA测序技术，构建了健康绝经前女性子宫的细胞图谱，揭示了子宫细胞异质性和动态变化	首次构建了包含超过16.7万个细胞的正常子宫细胞图谱，提出了39种子细胞亚型的共识注释系统，并鉴定了多种潜在祖细胞	样本量相对有限（5个新样本+15个已发表样本），且仅针对健康绝经前女性	揭示健康绝经前女性子宫的细胞异质性和动态变化	健康绝经前女性的子宫内膜和肌层细胞	单细胞组学	妇科疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	单细胞转录组数据	20个个体（5个新样本+15个已发表样本），超过16.7万个细胞
1974	2025-07-22	Multiomics reveals age-dependent metabolic reprogramming of macrophages by wound bed niche secreted signals 2024-Nov-03, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.10.30.621159 PMID:39553941	研究论文	该研究通过多组学方法揭示了伤口床微环境分泌信号对巨噬细胞代谢的年龄依赖性重编程	首次发现早期伤口巨噬细胞的代谢基因表达而非经典炎症或消退极化标志物定义了其不同群体，并揭示了年龄依赖性代谢重编程机制	研究主要基于小鼠模型，人类样本验证尚待进行	探究组织微环境中控制巨噬细胞代谢的信号分子及其年龄依赖性调控机制	小鼠早期伤口中的巨噬细胞	免疫代谢	炎症性疾病/慢性伤口	单细胞RNA测序(scRNA-seq)、单细胞分泌组学、转录组学	NA	单细胞转录组数据、代谢组数据	未明确提及具体样本量（小鼠伤口巨噬细胞）
1975	2025-07-22	Tracking Rare Single Donor and Recipient Immune and Leukemia Cells after Allogeneic Hematopoietic Cell Transplantation Using Mitochondrial DNA Mutations 2024-Nov-01, Blood cancer discovery IF:11.5Q1 DOI:10.1158/2643-3230.BCD-23-0138 PMID:39236287	研究论文	本研究利用线粒体DNA突变追踪异基因造血干细胞移植后供体和受体的免疫及白血病细胞，以监测治疗反应相关的关键细胞群体	首次结合线粒体DNA突变与单细胞测序技术（ASAP-seq），实现0.1%-1%频率下供受体细胞及其表型的同步检测，并整合表观遗传特征解析白血病细胞表型	当前测序通量限制临床应用，需未来技术升级以实现规模化移植后监测	开发基于单细胞水平的移植后白血病复发监测方法	异基因造血干细胞移植后的供受体嵌合细胞及白血病克隆	单细胞基因组学	白血病	ASAP-seq（单细胞染色质可及性测序）、线粒体DNA突变分析	NA	单细胞多组学数据（DNA突变、表观遗传、表面标记）	未明确样本量，检测灵敏度达0.1%-1%细胞频率
1976	2025-07-22	The neuroendocrine transition in prostate cancer is dynamic and dependent on ASCL1 2024-11, Nature cancer IF:23.5Q1 DOI:10.1038/s43018-024-00838-6 PMID:39394434	研究论文	该研究介绍了一个多功能体内平台，用于探究前列腺癌进展中的神经内分泌谱系转化	揭示了ASCL1在前列腺癌神经内分泌转化中的动态作用，并提供了一个研究谱系可塑性的新平台	该模型依赖于小鼠移植实验，可能无法完全模拟人类疾病的所有方面	探究前列腺癌进展中神经内分泌转化的机制	移植的小鼠前列腺类器官和神经内分泌前列腺癌(NEPC)	癌症研究	前列腺癌	多重免疫荧光和空间转录组学	小鼠前列腺类器官移植模型	分子和细胞数据	使用特定基因突变(Rb1; Trp53; cMyc或Pten; Trp53; cMyc)的小鼠前列腺类器官
1977	2025-07-22	Egfl6 promotes ovarian cancer progression by enhancing the immunosuppressive functions of tumor-associated myeloid cells 2024-Nov-01, The Journal of clinical investigation IF:13.3Q1 DOI:10.1172/JCI175147 PMID:39312740	研究论文	本研究揭示了Egfl6通过增强肿瘤相关髓系细胞的免疫抑制功能促进卵巢癌进展的机制	首次发现Egfl6通过结合β3整合素并激活p38和SYK信号通路，作为髓系细胞迁移的趋化因子并促进其向免疫抑制状态分化	研究主要基于小鼠模型，人类样本验证仍需进一步扩大	探究Egfl6在卵巢癌免疫抑制微环境中的作用机制	卵巢癌相关髓系细胞（TAMs和MDSCs）	肿瘤免疫学	卵巢癌	scRNA-Seq	NA	基因表达数据、单细胞转录组数据	小鼠模型和人类卵巢癌组织样本
1978	2025-07-22	Oncogenic role of PMEPA1 and its association with immune exhaustion and TGF-β activation in HCC 2024-Nov, JHEP reports : innovation in hepatology IF:9.5Q1 DOI:10.1016/j.jhepr.2024.101212 PMID:39524206	研究论文	本文探讨了PMEPA1在肝细胞癌（HCC）中的致癌作用及其与免疫耗竭和TGF-β激活的关联	首次证明了PMEPA1在HCC中的致癌作用，并揭示了其与TGF-β激活和免疫耗竭的关联	研究主要基于回顾性数据，且小鼠模型的结果需要进一步验证	探索PMEPA1在肝细胞癌中的作用及其与TGF-β信号通路和免疫耗竭的关系	肝细胞癌患者和小鼠模型	肿瘤学	肝细胞癌	qPCR、单细胞RNA测序、基因表达数据分析	基因工程小鼠模型	基因组数据、临床病理数据、单细胞RNA测序数据	1097例HCC肿瘤样本（包括228例发现队列和361例验证队列），54例单细胞水平样本
1979	2025-07-22	Method of moments framework for differential expression analysis of single-cell RNA sequencing data 2024-Oct-31, Cell IF:45.5Q1 DOI:10.1016/j.cell.2024.09.044 PMID:39454576	研究论文	介绍了一种名为Memento的工具，用于对单细胞RNA测序数据进行差异表达分析，包括均值表达、变异性和基因相关性	Memento工具能够区分生物和技术来源的细胞间变异性，并评估细胞群之间定量比较的统计显著性，且可扩展至数百万细胞和数千样本	未明确提及具体限制	开发一种稳健且高效的差异表达分析工具，用于单细胞RNA测序数据	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA测序数据	70,000个气管上皮细胞、160,000个CRISPR-Cas9扰动的T细胞、1.2百万个外周血单个核细胞（PBMCs）、5000万细胞的CELLxGENE Discover数据集
1980	2025-07-22	Stratified analysis identifies HIF-2α as a therapeutic target for highly immune-infiltrated melanomas 2024-Oct-30, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.10.29.620300 PMID:39554029	研究论文	通过分层分析发现HIF-2α是高度免疫浸润黑色素瘤的治疗靶点	研究发现高免疫浸润是联合免疫检查点阻断(ICB)反应的生物标志物，而非单独抗PD-1治疗，并揭示了缺氧相关特征与抗PD-1无反应性的关联	研究样本量相对有限，且仅针对黑色素瘤患者	探索免疫检查点阻断治疗的生物标志物及潜在治疗靶点	接受抗PD-1、抗CTLA-4或联合治疗的黑色素瘤患者	肿瘤免疫学	黑色素瘤	RNA测序、单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	RNA测序数据、临床注释数据	516例患者(抗PD-1治疗290例，抗CTLA-4治疗175例，联合治疗51例)