单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
1961	2025-05-16	Development of an electroconductive Heart-on-a-chip model to investigate cellular and molecular response of human cardiac tissue to gold nanomaterials 2025-Sep, Biomaterials IF:12.8Q1 DOI:10.1016/j.biomaterials.2025.123275 PMID:40138961	研究论文	开发了一种电导性心脏芯片模型，用于研究人类心脏组织对金纳米材料的细胞和分子反应	开发了具有电导性的3D心脏芯片模型（eHOC），相比非导电模型，其表现出增强的收缩功能、改善的钙瞬变和心脏相关基因表达的增加	NA	构建一种更接近人体心肌电导特性的体外心脏组织模型，用于药物测试和疾病建模	人类诱导多能干细胞（hiPSCs）衍生的心肌细胞（hiCMs）和心脏成纤维细胞（hiCFs）	生物医学工程	心血管疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	3D电导性心脏芯片模型（eHOC）	基因表达数据	NA
1962	2025-05-16	PINK1 link mitochondria-ER contacts controls deposition of intramuscular fat in pigs 2025-May-20, Biochemical and biophysical research communications IF:2.5Q3 DOI:10.1016/j.bbrc.2025.151672 PMID:40138759	研究论文	本研究探讨了PINK1如何通过调节线粒体-内质网相互作用来调控猪肌肉内脂肪沉积	揭示了PINK1在调控猪肌肉内脂肪沉积中的新作用，特别是其通过线粒体-内质网接触调控脂肪沉积的机制	研究主要基于猪模型，结果在人类或其他动物中的适用性尚不明确	探究PINK1在调控猪肌肉内脂肪沉积中的作用及其分子机制	猪的肌肉内脂肪沉积	生物医学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	多个猪品种的肌肉组织样本
1963	2025-05-16	Unraveling the Heterogeneity of CD8+ T-Cell Subsets in Liver Cirrhosis: Implications for Disease Progression 2025-May-15, Gut and liver IF:3.4Q2 DOI:10.5009/gnl230345 PMID:38623058	研究论文	本研究通过转录组和单细胞测序数据分析了肝硬化中CD8+ T细胞的异质性及其对疾病进展的影响	揭示了肝硬化中CD8+ T细胞的八种亚型，特别是效应记忆T细胞（Tem）和耗竭T细胞（Tex），并发现CXCL13+ Tex细胞与疾病严重程度和预后不良相关	研究未涉及这些细胞亚型在肝硬化治疗中的具体应用	阐明CD8+ T细胞在肝硬化中的分子机制及其对疾病进展的影响	肝硬化患者的CD8+ T细胞	免疫学	肝硬化	转录组测序、单细胞测序	NA	RNA-seq数据、单细胞数据	未明确说明样本数量
1964	2025-05-16	Pdgfrβ marks distinct mesenchymal and pericyte populations within the periosteum with overlapping cellular features 2025-May-15, Stem cells (Dayton, Ohio) DOI:10.1093/stmcls/sxaf020 PMID:40237625	研究论文	研究通过单细胞RNA测序和转基因小鼠模型，探讨了骨膜中Pdgfrβ阳性细胞的异质性及其在骨修复中的作用	揭示了骨膜中Pdgfrβ阳性细胞的不同亚群，包括间充质细胞和周细胞，并分析了它们的增殖、迁移和成骨能力	研究主要基于小鼠模型，结果在人类中的适用性尚需验证	探讨骨膜中Pdgfrβ阳性细胞的异质性及其在骨修复中的作用	小鼠长骨骨膜中的Pdgfrβ阳性细胞	细胞生物学	骨疾病	单细胞RNA测序，转基因小鼠模型	Pdgfrβ-CreERT2-mT/mG报告小鼠	基因表达数据，组织学数据	转基因小鼠模型中的Pdgfrβ阳性细胞
1965	2025-05-16	IAP dependency of T-cell prolymphocytic leukemia identified by high-throughput drug screening 2025-May-15, Blood IF:21.0Q1 DOI:10.1182/blood.2024027171 PMID:39869826	研究论文	通过高通量药物筛选发现T细胞前淋巴细胞白血病（T-PLL）对IAP抑制剂的依赖性	首次报道T-PLL对自噬靶向药物、核输出抑制剂和IAP抑制剂的敏感性，并揭示IAP抑制剂诱导的细胞死亡主要为坏死性凋亡且依赖TNF-α	研究样本量较小（30例原代患者样本），且仅限于体外实验	发现T-PLL的新治疗靶点	T细胞前淋巴细胞白血病（T-PLL）细胞	血液肿瘤学	T细胞前淋巴细胞白血病	高通量药物筛选、RNA测序（bulk和单细胞）、光谱流式细胞术	NA	药物敏感性数据、RNA测序数据、流式细胞术数据	30例原代T-PLL患者样本
1966	2025-05-16	Zn-Based Multi-Active Framework Nanoparticles TSA-CAN-Zn Inhibit Skin Glycation via Dual Blockade of HMGB1/RAGE and AGEs/RAGE Pathways 2025-May-15, Advanced healthcare materials IF:10.0Q1 DOI:10.1002/adhm.202500664 PMID:40370206	研究论文	本研究设计了一种基于锌的多活性框架纳米颗粒TSA-CAN-Zn，通过双重阻断HMGB1/RAGE和AGEs/RAGE通路来抑制皮肤糖基化损伤	首次将Theasinensin A (TSA)和L-肌肽(CAN)结合到锌基纳米颗粒中，同时抑制HMGB1/RAGE和AGEs/RAGE两条通路	研究主要基于体外实验和小鼠模型，尚未进行人体临床试验	开发一种新型纳米材料来减轻糖基化引起的皮肤损伤	皮肤糖基化损伤机制及治疗	纳米医学	皮肤疾病	分子对接、单细胞RNA测序	小鼠皮肤糖基化模型	体外实验数据、测序数据	HaCaT细胞系和小鼠模型
1967	2025-05-16	Single-Cell Transcriptomics and Lineage Tracing Unveil Parallels in Lymphatic Muscle and Venous Smooth Muscle Development, Identity, and Function 2025-May-15, Arteriosclerosis, thrombosis, and vascular biology DOI:10.1161/ATVBAHA.125.322567 PMID:40371470	research paper	该研究通过单细胞转录组学和谱系追踪揭示了淋巴肌肉细胞（LMCs）和静脉平滑肌细胞（SMCs）在发育、特性和功能上的相似性	首次揭示了LMCs和静脉SMCs在转录组和功能上的高度相似性，并确定了它们共同的WT1+中胚层祖细胞来源	研究主要基于小鼠模型，结果在人类中的适用性需要进一步验证	探究淋巴肌肉细胞独特的收缩特性的细胞和分子基础	淋巴肌肉细胞（LMCs）和静脉平滑肌细胞（SMCs）	细胞生物学	淋巴水肿	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、遗传谱系追踪、全组织免疫染色、活体成像	NA	单细胞转录组数据、影像数据	小鼠后肢和腹股沟-腋窝区域的LMCs和SMCs
1968	2025-05-16	SM22α-Lineage Perivascular Stromal Cells Contribute to Abdominal Aortic Aneurysm 2025-May-15, Circulation research IF:16.5Q1 DOI:10.1161/CIRCRESAHA.124.325750 PMID:40371535	research paper	该研究探讨了SM22α谱系血管周围基质细胞在腹主动脉瘤（AAA）中的作用及其机制	揭示了SM22α谱系基质细胞中PGC-1α通过调节YAP信号通路影响血管周围脂肪组织（PVAT）的成脂和成肌纤维分化平衡，进而促进动脉瘤发展的新机制	研究主要基于小鼠模型，人类样本验证有限	探究血管周围基质细胞在腹主动脉瘤发病机制中的作用	年轻和老年小鼠的血管周围基质细胞，人类动脉瘤样本	血管生物学	心血管疾病	单细胞RNA测序，功能获得和缺失实验，转录组分析	Ang II诱导和脱氧皮质酮乙酸酯/盐诱导的AAA小鼠模型	RNA测序数据，影像数据	年轻（2-3月龄）和老年（18-20月龄）小鼠，人类动脉瘤样本
1969	2025-05-16	Evidence of secondary Notch signaling within the rat small intestine 2025-May-15, Development (Cambridge, England) DOI:10.1242/dev.204277 PMID:40371707	research paper	该研究探讨了大鼠小肠中一种罕见的上皮细胞群体CFTR高表达细胞（CHEs）的特定形成机制	揭示了CHEs通过Notch信号通路的二次激活从其他分泌细胞中分化出来的新机制	研究主要基于大鼠模型，未在小鼠中发现CHEs，可能限制结果的普遍性	理解小肠分泌细胞谱系的多样性形成机制	大鼠小肠中的CFTR高表达细胞（CHEs）	分子生物学	囊性纤维化	单细胞RNA测序（scRNA-seq），假时间轨迹分析	NA	基因表达数据	NA
1970	2025-05-16	Microglia Single-Cell RNA-Seq Enables Robust and Applicable Markers of Biological Aging 2025-May-15, Aging cell IF:8.0Q1 DOI:10.1111/acel.70095 PMID:40371813	research paper	该研究通过单细胞RNA测序技术开发了基于小胶质细胞的生物年龄标记物	利用单细胞RNA测序数据开发了新的生物年龄计算模型，相比传统批量分析方法能更精确地反映个体生物年龄	研究主要基于小鼠和人类的小胶质细胞数据，可能不适用于其他细胞类型	开发基于小胶质细胞单细胞转录组数据的生物年龄预测模型	人类和小鼠的小胶质细胞	生物信息学	NA	scRNA-seq	无监督频率汇总模型	单细胞转录组数据	三个不同的单细胞数据集
1971	2025-05-16	Single-cell transcriptome analysis profiles cellular and molecular alterations in aortic tissue from patients with Behçet's syndrome 2025-May-15, Rheumatology (Oxford, England) DOI:10.1093/rheumatology/keaf252 PMID:40372706	研究论文	本研究通过单细胞转录组分析，揭示了白塞氏综合征患者主动脉组织中细胞和分子的变化	首次在单细胞水平上分析了白塞氏综合征患者主动脉组织的转录组特征，揭示了细胞亚群分布、功能及细胞间通讯的差异	样本量较小（仅6例参与者），且仅来自单一医疗中心	分析白塞氏综合征患者主动脉组织中不同细胞亚群的表达谱、表型、功能及细胞间通讯	白塞氏综合征患者和动脉粥样硬化患者的主动脉组织	数字病理学	白塞氏综合征	单细胞RNA测序	Seurat, Harmony, CellChat v1.6.1	转录组数据	6例参与者（3例白塞氏综合征患者和3例动脉粥样硬化患者）
1972	2025-05-16	Sequence diversity and encoded enzymatic differences of monocistronic L1 ORF2 mRNA variants in the aged normal and Alzheimer's disease brain 2025-May-14, The Journal of neuroscience : the official journal of the Society for Neuroscience DOI:10.1523/JNEUROSCI.2298-24.2025 PMID:40368603	research paper	该研究通过酶功能测定、靶向PacBio HiFi长读长测序和定量空间转录组学，评估了31名阿尔茨海默病（AD）和非疾病（ND）大脑（两性）的皮质样本中的内源性逆转录酶（RT）活性和L1 mRNA多样性	研究发现大脑中存在大量单顺反子ORF2 mRNA变体，其序列多样性远超人类参考基因组（hg38），并揭示了这些变体在RT和核酸内切酶（EN）活性上的功能差异	研究样本量相对较小（31个大脑），且未涵盖其他神经退行性疾病或更广泛的人群	探究正常衰老和阿尔茨海默病大脑中内源性逆转录酶活性的来源及其与L1 mRNA变体的关系	31名阿尔茨海默病和非疾病人类大脑的皮质样本	分子生物学	阿尔茨海默病	酶功能测定、PacBio HiFi长读长测序、定量空间转录组学	NA	RNA序列数据、酶活性数据	31个大脑样本（包括AD和ND）
1973	2025-05-16	Cell-type deconvolution methods for spatial transcriptomics 2025-May-14, Nature reviews. Genetics DOI:10.1038/s41576-025-00845-y PMID:40369312	review	本文综述了空间转录组学中细胞类型解卷积方法的多样性，对比了它们的能力，并总结在一个基于网络的交互式表格中以促进更高效的方法选择	提供了一个基于网络的交互式表格，便于研究者选择和对比不同的细胞类型解卷积方法	NA	探讨空间转录组学中细胞类型解卷积方法的应用和发展	空间转录组学数据中的细胞类型解卷积方法	生物信息学	NA	空间转录组学	NA	空间转录组数据	NA
1974	2025-05-16	Derlin-3 manipulates the endoplasmic reticulum stress and IgG4 secretion of plasma cells in lung adenocarcinoma 2025-May-14, Oncogene IF:6.9Q1 DOI:10.1038/s41388-025-03435-8 PMID:40369338	研究论文	本研究探讨了Derlin-3在肺腺癌肿瘤微环境中的作用及其通过内质网应激调控浆细胞IgG4分泌的机制	首次揭示了Derlin-3通过Hrd1/p38/PRDM1通路调控浆细胞内质网应激和IgG4分泌的机制，并发现其可作为肺腺癌免疫治疗的新靶点	研究主要基于体外实验和动物模型，尚未在人体临床试验中验证	阐明Derlin-3在肺腺癌肿瘤微环境中的生物学机制及其免疫调控功能	肺腺癌组织、B淋巴细胞（特别是浆细胞）、巨噬细胞	肿瘤免疫学	肺腺癌	scRNA-seq（单细胞RNA测序）	NA	基因表达数据、组织样本	NA（未明确说明样本数量）
1975	2025-05-16	Canonical Wnt Pathway Enhanced Dental Pulp Mesenchymal Stem Cells-Mediated Cementum Regeneration 2025-May-14, Journal of oral rehabilitation IF:3.1Q1 DOI:10.1111/joor.14001 PMID:40369784	研究论文	本研究探讨了Wnt信号通路在牙骨质、牙髓和牙周韧带中的表达差异，并阐明了Wnt3a在促进牙髓间充质干细胞（DPSCs）牙骨质再生中的作用	揭示了DPSCs中非经典Wnt信号通路限制牙骨质再生效率的现象，并发现Wnt3a可通过激活经典Wnt通路提高DPSCs介导的牙骨质再生效果	研究未涉及Wnt3a在其他类型干细胞或组织再生中的作用	阐明Wnt信号通路在牙骨质再生中的分子机制，提高DPSCs介导的牙骨质再生效率	牙髓间充质干细胞（DPSCs）	组织工程与再生医学	牙周疾病	RNA Smart转录组测序、单细胞RNA测序、Western blotting	NA	基因表达数据、蛋白质数据	未明确说明样本数量
1976	2025-05-16	Single cell multiome analysis of the bovine placenta identifies gene regulatory networks in trophoblast differentiation† 2025-May-13, Biology of reproduction IF:3.1Q2 DOI:10.1093/biolre/ioaf036 PMID:39987557	研究论文	通过单细胞多组学分析牛胎盘，识别了滋养层细胞分化中的基因调控网络	首次使用10X Genomics多组学平台（snRNA-seq和snATAC-seq）分析了牛胎盘发育过程中的染色质可及性景观，揭示了滋养层细胞分化的候选调控网络	研究仅关注了牛胎盘的两个发育阶段（第40天和第170天），可能无法全面反映整个发育过程的动态变化	理解牛胎盘发育和滋养层细胞分化的分子机制，以探究牛妊娠失败的原因	牛胎盘中的细胞群体，特别是滋养层细胞	基因组学	生殖系统疾病	单细胞RNA测序（snRNA-seq）、单细胞ATAC测序（snATAC-seq）	NA	基因组数据	两个发育阶段的牛胎盘样本（第40天和第170天）
1977	2025-05-16	Parvalbumin neurons mediate neurological phenotypes of anti-NMDAR encephalitis 2025-May-13, Brain : a journal of neurology IF:10.6Q1 DOI:10.1093/brain/awae374 PMID:40071389	研究论文	本研究通过构建抗NMDAR脑炎动物模型，揭示了小白蛋白神经元在抗NMDAR脑炎神经表型中的作用机制	首次阐明抗NMDAR IgG通过损害小白蛋白神经元导致认知障碍的机制，并发现光遗传学和药理遗传学激活这些神经元可逆转认知缺陷	研究主要聚焦于mPFC区域，虽然发现海马区也有类似变化，但未全面评估其他脑区的影响	探究抗NMDAR脑炎患者认知缺陷的神经病理学机制	抗NMDAR脑炎患者血清提取的IgG处理的小鼠模型	神经科学	自身免疫性脑炎	免疫组化染色、电生理测试、光遗传学、药理遗传学、单细胞测序	动物模型	电生理数据、基因表达数据、行为学数据	未明确说明样本量，使用患者血清提取的IgG和健康对照IgG
1978	2025-05-16	KLHL17 as a Prognostic Indicator and Therapeutic Target in Cervical Cancer: A Comprehensive Analysis 2025-May-13, Combinatorial chemistry & high throughput screening IF:1.6Q3 DOI:10.2174/0113862073378446250417123724 PMID:40370232	research paper	该研究通过生物信息学分析和实验验证，探讨了KLHL17在宫颈癌中的表达模式及其作为预后指标和治疗靶点的潜力	首次全面分析了KLHL17在宫颈癌中的表达模式、临床相关性及其与免疫细胞浸润、免疫检查点基因表达和微卫星不稳定性的关联	研究主要基于TCGA数据库和细胞系实验，缺乏大规模临床样本验证	阐明KLHL17在宫颈癌中的生物学功能和临床意义	宫颈癌患者样本和细胞系	生物信息学	宫颈癌	生物信息学分析、qRT-PCR、单细胞测序	NA	基因表达数据、临床数据	TCGA数据库中的宫颈癌样本和GSE145372数据集
1979	2025-05-16	Conserved spatial subtypes and cellular neighborhoods of cancer-associated fibroblasts revealed by single-cell spatial multi-omics 2025-May-12, Cancer cell IF:48.8Q1 DOI:10.1016/j.ccell.2025.03.004 PMID:40154487	research paper	该研究通过整合分析来自10种癌症类型的超过1400万个细胞的空间转录组学和蛋白质组学数据，揭示了四种保守的癌症相关成纤维细胞（CAFs）空间亚型	发现了四种跨癌症类型和空间组学平台保守的CAF空间亚型，并揭示了它们在空间组织模式、邻近细胞组成、互作网络和转录组特征上的差异	研究涉及10种癌症类型，但未涵盖所有癌症类型，且样本量虽大但可能仍存在某些癌症类型的代表性不足	探索癌症相关成纤维细胞（CAFs）在肿瘤微环境中的空间异质性及其对肿瘤生物学和免疫生物学的影响	癌症相关成纤维细胞（CAFs）	digital pathology	cancer	spatial transcriptomics, proteomics	NA	spatial omics data	超过1400万个细胞，来自10种癌症类型
1980	2025-05-16	Construction of a novel CD8T cell-related index for predicting clinical outcomes and immune landscape in ovarian cancer by combined single-cell and RNA-sequencing analysis 2025-May-12, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-025-02582-4 PMID:40354001	研究论文	通过结合单细胞和RNA测序分析，构建了一个新的CD8T细胞相关指数（CCAI），用于预测卵巢癌的临床结果和免疫景观	开发了一个新的CD8T细胞相关指数（CCAI），能够准确预测卵巢癌患者的预后并区分具有不同免疫景观特征的患者	研究依赖于特定的数据集（如EMTAB8107、TCGA-OV等），可能限制了结果的广泛适用性	探索CD8T细胞相关生物标志物在预测卵巢癌预后和免疫治疗效果中的潜在作用	卵巢癌患者	数字病理学	卵巢癌	单细胞测序、RNA测序	机器学习	测序数据	多个卵巢癌队列（EMTAB8107、TCGA-OV、GSE26712、GSE26193）