单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 28877 篇文献，本页显示第 19761 - 19780 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 19761 | 2024-08-05 |
scMCs: a framework for single-cell multi-omics data integration and multiple clusterings
2023-04-03, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btad133
PMID:36929930
|
研究论文 | 提出了一种单细胞数据融合的多重聚类方法scMCs，能够同时建模单细胞转录组学和表观遗传学数据，并探索多种不同的聚类 | scMCs通过挖掘特定于组学和跨组学一致的表示，并将其融合为共同嵌入表示，从而加强了聚类的多样性和质量 | 该方法的局限性在于当前尚未解决所有单细胞数据的噪音和稀疏性问题 | 该研究旨在整合单细胞多组学数据，以揭示不同细胞类型和状态的调控基础 | 研究对象为单细胞转录组学和表观遗传学数据 | 数字病理学 | NA | NA | NA | 单细胞数据 | NA |
| 19762 | 2024-08-05 |
A comparative gene expression matrix in Apoe-deficient mice identifies unique and atherosclerotic disease stage-specific gene regulation patterns in monocytes and macrophages
2023-04, Atherosclerosis
IF:4.9Q1
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研究论文 | 本研究探讨了缺乏载脂蛋白E的小鼠中单核细胞和巨噬细胞在动脉粥样硬化过程中基因表达的变化 | 提供了特定病变和病程阶段的基因调控模式的比较目录，揭示了不同细胞类型的基因调控交汇程度意外地低 | 仅在小鼠模型中进行研究，且数据的广泛适用性尚待验证 | 描述动脉粥样硬化过程中巨噬细胞和单核细胞的基因表达变化 | 模型小鼠中的主动脉巨噬细胞、腹膜巨噬细胞和循环单核细胞 | 数字病理学 | 动脉粥样硬化 | RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 缺乏载脂蛋白E的小鼠样本和动脉粥样硬化斑块来自小鼠和人类 |
| 19763 | 2024-08-08 |
A single-cell transcriptome atlas profiles early organogenesis in human embryos
2023-04, Nature cell biology
IF:17.3Q1
DOI:10.1038/s41556-023-01108-w
PMID:36928764
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研究论文 | 本研究通过分析超过180,000个单细胞转录组，生成了一个包含313个集群的综合图谱，涵盖18个发育系统，并结合空间转录组数据，揭示了人类胚胎早期器官发生中未被充分认识的细胞类型及其分子和空间结构。 | 本研究首次生成了人类胚胎早期器官发生的单细胞转录组图谱，结合空间转录组数据，揭示了先前未被充分认识的细胞类型及其分子和空间结构。 | NA | 揭示人类胚胎早期器官发生的细胞多样性和分子结构。 | 4-6周的人类胚胎及其器官发生过程。 | 发育生物学 | NA | 单细胞转录组测序 | NA | 转录组数据 | 超过180,000个单细胞 |
| 19764 | 2024-08-08 |
A single-cell gene expression atlas of human follicular aspirates: Identification of leukocyte subpopulations and their paracrine factors
2023-04, FASEB journal : official publication of the Federation of American Societies for Experimental Biology
IF:4.4Q2
DOI:10.1096/fj.202201746RR
PMID:36934419
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序技术分析了人类卵泡抽吸物中的基因表达，识别了白细胞亚群及其旁分泌因子 | 首次在人类卵泡中详细描述了白细胞亚群及其与卵泡细胞的相互作用，并揭示了多种白细胞衍生因子对卵泡细胞功能的直接影响 | 研究样本仅来自四名IVF患者，可能限制了结果的普遍性 | 探索人类卵泡中白细胞亚群及其与卵泡细胞的相互作用，以及这些相互作用对卵泡功能的影响 | 人类卵泡抽吸物中的白细胞亚群及其基因表达 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 四名IVF患者的卵泡抽吸物 |
| 19765 | 2024-08-08 |
A Single-Cell RNA-Sequencing Analysis of Distinct Subsets of Synovial Macrophages in Rheumatoid Arthritis
2023-Apr, DNA and cell biology
IF:2.6Q2
DOI:10.1089/dna.2022.0509
PMID:36940312
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研究论文 | 本研究使用单细胞RNA测序技术分析类风湿性关节炎患者滑膜组织中巨噬细胞的不同亚群及其分子特征 | 首次通过单细胞RNA测序技术识别出类风湿性关节炎滑膜组织中三种巨噬细胞亚群，并分析了它们的分子特征和空间分布 | 研究仅限于分析巨噬细胞的亚群和分子特征，未涉及这些亚群在临床治疗中的具体应用 | 旨在识别类风湿性关节炎滑膜组织中特定的巨噬细胞亚群及其特征，为治疗类风湿性关节炎提供理论基础 | 类风湿性关节炎患者的滑膜组织中的巨噬细胞 | 数字病理学 | 类风湿性关节炎 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 包括类风湿性关节炎和骨关节炎患者的滑膜细胞样本 |
| 19766 | 2024-08-08 |
Evaluate the developmental competence of human 8-cell embryos by single-cell RNA sequencing
2023-04-01, Reproduction & fertility
DOI:10.1530/RAF-22-0119
PMID:36943184
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序技术评估了人类8细胞胚胎的发育能力，分析了基因表达与胚胎发育能力之间的关系 | 首次通过单细胞RNA测序技术详细分析了8细胞胚胎中基因表达与发育能力之间的关联，并识别了324个差异表达基因 | 研究样本量相对较小，且仅限于特定患者群体 | 探讨人类8细胞胚胎的基因表达与发育能力之间的关系 | 人类8细胞胚胎的单个卵裂球 | 生殖医学 | 不孕症 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 20个卵裂球来自7名患者，10个卵裂球来自4名患者 |
| 19767 | 2024-08-08 |
Investigating Thymic Epithelial Cell Diversity Using Systems Biology
2023-04-01, Journal of immunology (Baltimore, Md. : 1950)
DOI:10.4049/jimmunol.2200610
PMID:36947816
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综述 | 本文综述了利用系统生物学方法研究胸腺上皮细胞多样性的最新进展 | 利用单细胞RNA测序技术揭示胸腺上皮细胞的异质性及其在T细胞发育中的作用 | NA | 探讨胸腺上皮细胞的新亚型及其在支持T细胞发育中的多样性 | 胸腺上皮细胞及其在T细胞发育中的作用 | 系统生物学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | NA |
| 19768 | 2024-08-08 |
Single-cell and spatial transcriptomics during human organogenesis
2023-04, Nature cell biology
IF:17.3Q1
DOI:10.1038/s41556-023-01113-z
PMID:36949166
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 19769 | 2024-08-05 |
AllenDigger, a Tool for Spatial Expression Data Visualization, Spatial Heterogeneity Delineation, and Single-Cell Registration Based on the Allen Brain Atlas
2023-Mar-30, The journal of physical chemistry. A
DOI:10.1021/acs.jpca.3c00145
PMID:36926884
|
研究论文 | 本文介绍了一种用于空间基因表达数据可视化和单细胞注册的工具AllenDigger | 开发了一个工具包，可以方便地收集和预处理来自Allen脑图谱的表达数据，并允许可视化和表征大脑的空间异质性 | 本文讨论了一些技术挑战和尚不成熟的数据分析方法 | 研究空间转录组学在生物学中的应用，特别是大脑的空间基因表达 | 研究对象为小鼠大脑在不同发育阶段的基因表达数据 | 数字病理学 | NA | 空间转录组学 | 机器学习方法 | 图像 | NA |
| 19770 | 2024-08-05 |
JAK-STAT activation contributes to cytotoxic T cell-mediated basal cell death in human chronic lung allograft dysfunction
2023-03-22, JCI insight
IF:6.3Q1
DOI:10.1172/jci.insight.167082
PMID:36946463
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研究论文 | 该研究探讨了JAK-STAT信号通路在慢性肺移植物功能障碍中的作用 | 首次确定了JAK-STAT信号传导激活导致气道基底细胞死亡的机制 | 缺乏临床试验数据以支持研究发现 | 阐明慢性肺移植物功能障碍的发病机制 | 人类慢性肺移植物功能障碍患者的肺移植物组织 | 数字病理学 | 肺移植物功能障碍 | 单细胞RNA测序, 空间转录组分析 | NA | 组织样本 | 组成慢性肺移植物功能障碍患者的多个组织样本 |
| 19771 | 2024-08-05 |
YBX1 integration of oncogenic PI3K/mTOR signalling regulates the fitness of malignant epithelial cells
2023-03-22, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-023-37161-0
PMID:36949044
|
研究论文 | 该文章分析了头颈癌中的YBX1与PI3K/mTOR信号通路的关系，对恶性上皮细胞的适应性进行了研究 | 文章首次揭示YBX1如何在不同亚型的头颈癌中调节细胞增殖和转移机制 | 缺乏临床治疗实验验证YBX1作为预后标志物的敏感性 | 研究YBX1集成致癌PI3K/mTOR信号传导如何影响恶性上皮细胞的适应性 | 头颈癌患者的单细胞序列和蛋白组学数据 | 数字病理学 | 头颈癌 | 单细胞测序 | NA | 蛋白组学数据 | NA |
| 19772 | 2024-08-05 |
Localized microglia dysregulation impairs central nervous system myelination in development
2023-03-22, Acta neuropathologica communications
IF:6.2Q1
DOI:10.1186/s40478-023-01543-8
PMID:36949514
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研究论文 | 这篇文章探讨了局部小胶质细胞失调如何影响中枢神经系统的髓鞘形成。 | 揭示了小胶质细胞与成熟少突胶质细胞之间相互作用及干扰素信号在调节人脑发育髓鞘形成中的重要性 | 未详细探讨其他可能影响髓鞘形成的细胞类型和机制 | 研究人类发育髓鞘形成的细胞和分子机制 | 人类发育中的白质 | 数字病理学 | NA | 数字空间转录组学 | NA | NA | 稀有的人类发育白质样本 |
| 19773 | 2024-08-08 |
Identification of diagnostic molecules and potential therapeutic agents for atopic dermatitis by single-cell RNA sequencing combined with a systematic computing framework that integrates network pharmacology
2023-Mar-22, Functional & integrative genomics
IF:3.9Q1
DOI:10.1007/s10142-023-01005-3
PMID:36944896
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研究论文 | 本文通过单细胞RNA测序结合系统计算框架，识别了特应性皮炎的诊断分子和潜在治疗药物 | 结合单细胞RNA测序和网络药理学的系统计算框架，为特应性皮炎的诊断和治疗提供了新的方法 | NA | 深入理解特应性皮炎的病理生物学和分子调控机制，开发更好的治疗方法 | 特应性皮炎的细胞类型、相关基因及潜在治疗药物 | 生物信息学 | 皮肤疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA序列数据 | 包括来自GSE180885的单细胞RNA测序数据和GSE193309的批量RNA测序数据 |
| 19774 | 2024-08-05 |
Single-cell transcriptomic analysis of normal and pathological tissues from the same patient uncovers colon cancer progression
2023-Mar-21, Cell & bioscience
DOI:10.1186/s13578-023-01002-w
PMID:36944972
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组分析揭示了同一患者正常和病理组织中结肠癌的进展轨迹 | 揭示了结肠癌进展过程中的细胞演变轨迹和新的相关基因 | 研究仅基于单一患者的样本，可能无法广泛适用于所有患者 | 阐明正常结肠细胞向腺瘤和癌症的演变轨迹 | 正常结肠、腺瘤和癌症组织的单细胞分析 | 数字病理学 | 结肠癌 | 单细胞测序 | NA | 组织样本 | 同一患者的正常、腺瘤和癌症组织样本 |
| 19775 | 2024-08-05 |
The short isoform of MS4A7 is a novel player in glioblastoma microenvironment, M2 macrophage polarization, and tumor progression
2023-Mar-21, Journal of neuroinflammation
IF:9.3Q1
DOI:10.1186/s12974-023-02766-1
PMID:36944954
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研究论文 | 研究表明MS4A7-s在胶质母细胞瘤微环境中发挥重要作用，并影响M2巨噬细胞的极化和肿瘤进展 | 首次发现短异构体MS4A7-s在胶质母细胞瘤中对M2特异性巨噬细胞的影响，揭示其作为预后标志物的潜力 | 研究主要集中在细胞和动物模型，而不包括临床试验数据 | 探索胶质母细胞瘤微环境中的功能性膜蛋白异构体及其对巨噬细胞极化的影响 | 胶质母细胞瘤患者样本中的短异构体MS4A7-s | 数字病理学 | 胶质母细胞瘤 | 单细胞RNA-seq和RNA-seq | NA | 临床样本 | 胶质母细胞瘤患者队列 |
| 19776 | 2024-08-05 |
Use of machine learning-based integration to develop a monocyte differentiation-related signature for improving prognosis in patients with sepsis
2023-03-20, Molecular medicine (Cambridge, Mass.)
DOI:10.1186/s10020-023-00634-5
PMID:36941583
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研究论文 | 本研究利用机器学习整合开发出与单核细胞分化相关的标志物以改善脓毒症患者的预后 | 文章创新性在于构建了基于单核细胞分化相关基因的预后标志物，并使用多种机器学习组合进行 prognostic 签名构建 | 临床验证样本数量较少，可能影响结果的普适性和准确性 | 旨在改善脓毒症患者的早期诊断和预后 | 研究对象为 12 名脓毒症患者的单细胞测序数据 | 机器学习 | 脓毒症 | 单细胞测序 | Lasso + CoxBoost | 细胞数据 | 共 52 个样本，包括 12 名患者的单细胞数据和 40 个临床样本 |
| 19777 | 2024-08-05 |
Robust classification using average correlations as features (ACF)
2023-Mar-20, BMC bioinformatics
IF:2.9Q1
DOI:10.1186/s12859-023-05224-0
PMID:36941542
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研究论文 | 本研究提出了一种通过平均相关性作为特征的分类方法，以应对单细胞转录组学中的缺失值问题 | 提出了一种新的分类方法ACF，通过训练可调的机器学习模型在类间和类内相关性上进行分类，超越了现有的KNN和基于分布的分类方法 | 未提及具体的局限性 | 研究如何利用平均相关性处理单细胞转录组及其他组学技术中的缺失值 | 主要对象是单细胞RNA测序和自下而上的蛋白质组学产生的真实数据集 | 机器学习 | NA | NA | KNN | 数据集 | 使用了真实数据集，但具体样本大小未明示 |
| 19778 | 2024-08-08 |
Application of single-cell RNA sequencing in probing oligodendroglia heterogeneity and neurological disorders
2023-Mar-20, Yi chuan = Hereditas
DOI:10.16288/j.yczz.22-306
PMID:36927646
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综述 | 本文综述了单细胞RNA测序技术在探究少突胶质细胞异质性和神经疾病中的应用 | 介绍了单细胞RNA测序技术作为一种新工具，用于在转录组水平上特异性地识别细胞类型，并探讨其在少突胶质细胞谱系相关问题中的应用 | NA | 总结单细胞RNA测序技术的最新进展及其在少突胶质细胞异质性和神经疾病中的应用 | 少突胶质细胞及其在神经疾病中的作用 | 数字病理学 | 神经疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | NA |
| 19779 | 2024-08-08 |
Single-cell transcriptomic analysis of tumor heterogeneity and intercellular networks in human urothelial carcinoma
2023-Mar-20, Chinese medical journal
IF:7.5Q1
DOI:10.1097/CM9.0000000000002573
PMID:36939254
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组测序分析了人类尿路上皮癌中的肿瘤异质性和细胞间网络 | 本研究首次详细描述了尿路上皮癌中肿瘤细胞和肿瘤微环境的异质性，并揭示了其对治疗反应的影响 | 研究样本仅限于七名患者，可能限制了结果的普遍性 | 旨在深入理解尿路上皮癌中的肿瘤内异质性和免疫抑制性肿瘤微环境，并为开发新型治疗提供基础支持 | 尿路上皮癌患者的肿瘤组织及其匹配的正常组织 | 数字病理学 | 尿路上皮癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 七名尿路上皮癌患者及其肿瘤组织和匹配的正常组织 |
| 19780 | 2024-08-05 |
Spatial transcriptomics using multiplexed deterministic barcoding in tissue
2023-03-18, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-023-37111-w
PMID:36934108
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研究论文 | 本研究提出了在组织中采用多重确定性条形码技术的空间转录组学方法 | 开发了新型微流控芯片，具有高达50µm的空间分辨率，并优化了生化协议，显著提高了每个点的读取和基因计数 | NA | 探索空间转录组学在生物医学研究中的应用 | 五种不同鼠类器官的空间转录组数据 | 数字病理学 | NA | xDBiT | NA | 转录组数据 | 来自五种不同鼠类器官的16个空间转录组数据集 |