单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
19761	2024-08-05	AE-TPGG: a novel autoencoder-based approach for single-cell RNA-seq data imputation and dimensionality reduction 2023, Frontiers of computer science IF:3.4Q1 DOI:10.1007/s11704-022-2011-y PMID:36320820	研究论文	本文介绍了一种基于自编码器的新方法AE-TPGG，用于单细胞RNA测序数据的插补和降维	提出了一种基于两部分广义伽马分布的自定义自编码器，能够处理单细胞RNA测序数据中的混合离散-连续随机变量	未提及	旨在改善单细胞RNA测序数据的分析，特别是针对掉落事件的处理	单细胞RNA测序数据	数字病理学	NA	自编码器	两部分广义伽马分布模型	RNA测序数据	真实数据集
19762	2024-08-08	Pleural CD14+ monocytes/macrophages of healthy adolescents show a high expression of metallothionein family genes 2023-01, European journal of immunology IF:4.5Q2 DOI:10.1002/eji.202250019 PMID:36321537	研究论文	本文通过腹腔镜技术从健康年轻成人中分离出胸膜单核细胞/巨噬细胞，并进行RNA测序分析，发现这些细胞中金属硫蛋白家族基因的高表达	首次在健康年轻成人的胸膜液中发现高表达金属硫蛋白的巨噬细胞亚群	需要进一步研究高表达金属硫蛋白的巨噬细胞亚群在肺防御、修复和稳态中的具体作用	研究健康年轻成人胸膜单核细胞/巨噬细胞中金属硫蛋白家族基因的表达	健康年轻成人的胸膜单核细胞/巨噬细胞	数字病理学	NA	RNA测序	NA	RNA	健康年轻成人的胸膜单核细胞/巨噬细胞
19763	2024-08-08	Vaeda computationally annotates doublets in single-cell RNA sequencing data 2023-01-01, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btac720 PMID:36342203	研究论文	本文介绍了一种名为Vaeda的新方法，用于计算注释单细胞RNA测序数据中的双细胞	Vaeda结合了变分自编码器和正无标记学习，生成双细胞得分和二进制双细胞调用，表现优于其他基于Python的方法	NA	解决单细胞RNA测序数据中双细胞/多细胞技术伪影的问题	单细胞RNA测序数据中的双细胞/多细胞	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	变分自编码器	RNA测序数据	16个基准数据集
19764	2024-08-08	TREM2 knockdown improves the therapeutic effect of PD-1 blockade in hepatocellular carcinoma 2022-12-25, Biochemical and biophysical research communications IF:2.5Q3 DOI:10.1016/j.bbrc.2022.10.079 PMID:36332476	研究论文	研究通过使用自补体腺相关病毒（scAAV）在体内有效抑制肿瘤相关巨噬细胞（TAMs）中的TREM2表达，发现TREM2敲低能抑制肝细胞癌的生长，并增强PD-1免疫检查点阻断疗法的效果	首次揭示了TREM2在肝细胞癌中肿瘤相关巨噬细胞的表达功能，并发现TREM2敲低能重塑TAMs为免疫刺激状态，增强PD-1阻断疗法的疗效	NA	探讨TREM2在肝细胞癌中的作用及其对PD-1阻断疗法效果的影响	肝细胞癌中的肿瘤相关巨噬细胞（TAMs）	数字病理学	肝癌	单细胞RNA测序	NA	RNA	使用TREM2敲除小鼠和野生型小鼠进行比较研究
19765	2024-08-08	Rethinking the visceral innervation --- Peek into the emerging field of molecular dissection of neural signals 2022-12-10, Biochemical and biophysical research communications IF:2.5Q3 DOI:10.1016/j.bbrc.2022.09.011 PMID:36344152	研究论文	本文探讨了神经系统与内脏之间的交流，特别是内脏神经支配的细胞和分子特性，并介绍了单细胞RNA测序等新兴技术在神经科学中的应用	本文利用单细胞RNA测序等新兴技术，为解决内脏神经支配的未解之谜提供了强大的工具	NA	旨在基于最新的研究进展，深入理解神经系统在维持体内平衡中的整合作用	神经系统与内脏之间的交流及其细胞和分子特性	神经科学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	NA
19766	2024-08-08	Combined PD-L1 and TIM3 blockade improves expansion of fit human CD8+ antigen-specific T cells for adoptive immunotherapy 2022-Dec-08, Molecular therapy. Methods & clinical development DOI:10.1016/j.omtm.2022.09.016 PMID:36320412	研究论文	本文研究了通过结合PD-L1和TIM3阻断剂来改善人类CD8+抗原特异性T细胞的扩增，以用于过继免疫治疗	本文首次提出结合PD-L1和TIM3阻断剂来改善抗原特异性T细胞的扩增，而不引起T细胞功能障碍	研究主要集中在EBV和WT1抗原特异性CD8 T细胞上，可能不适用于所有类型的抗原特异性T细胞	旨在改善抗原特异性T细胞的扩增，以提高过继免疫治疗的效果	人类CD8+抗原特异性T细胞	免疫学	肿瘤	单细胞RNA测序(RNA-seq)和T细胞受体(TCR)谱分析	NA	基因表达数据	具体样本数量未在摘要中明确提及
19767	2024-08-08	In vivo single-cell transcriptomics reveal Klebsiella pneumoniae skews lung macrophages to promote infection 2022-12-07, EMBO molecular medicine IF:9.0Q1 DOI:10.15252/emmm.202216888 PMID:36337046	研究论文	本文揭示了耐药性细菌克雷伯氏肺炎菌如何通过改变肺泡巨噬细胞的极化状态来促进感染的机制	首次发现克雷伯氏肺炎菌通过诱导肺泡巨噬细胞向M(Kp)型极化，利用TLR-I型IFN-IL10-STAT6轴重塑巨噬细胞，这是一种新的克服宿主限制的策略	NA	阐明耐药性细菌克雷伯氏肺炎菌与宿主防御之间的相互作用机制	肺泡巨噬细胞的极化状态及克雷伯氏肺炎菌对其的影响	数字病理学	肺炎	单细胞转录组学	NA	转录组数据	涉及肺泡巨噬细胞和间质巨噬细胞的单细胞转录组数据
19768	2024-08-08	Targeting of Scavenger Receptors Stabilin-1 and Stabilin-2 Ameliorates Atherosclerosis by a Plasma Proteome Switch Mediating Monocyte/Macrophage Suppression 2022-12-06, Circulation IF:35.5Q1 DOI:10.1161/CIRCULATIONAHA.121.058615 PMID:36325910	研究论文	本文研究了通过靶向清道夫受体Stabilin-1和Stabilin-2来减轻动脉粥样硬化的机制，主要通过改变血浆蛋白质组来抑制单核细胞/巨噬细胞的活性	首次全面研究了靶向Stabilin-1和Stabilin-2对动脉粥样硬化的影响，并发现了一种新的治疗动脉粥样硬化的方法	NA	研究靶向Stabilin-1和Stabilin-2对动脉粥样硬化的影响	Stabilin-1和Stabilin-2在动脉粥样硬化中的作用	心血管疾病	动脉粥样硬化	血浆蛋白质组学分析，单细胞RNA测序	NA	蛋白质，RNA	ApoE-KO小鼠，Stab1-KO小鼠，Stab2-KO小鼠，Ldlr-KO小鼠
19769	2024-08-08	Biologic insights from single-cell studies of psoriasis and psoriatic arthritis 2022-12, Expert opinion on biological therapy IF:3.6Q2 DOI:10.1080/14712598.2022.2142465 PMID:36317702	研究论文	本文讨论了单细胞技术在银屑病和银屑病关节炎研究中的应用，特别是单细胞RNA测序技术揭示的细胞异质性和相互作用	通过单细胞RNA测序技术，识别了多种细胞类型在银屑病发病机制中的辅助作用，并展示了机器学习模型在早期诊断中的潜力	文章提到了单细胞研究的局限性和未来挑战，但未具体说明	探讨单细胞技术在银屑病和银屑病关节炎病理机制中的应用	研究对象包括T细胞、髓样细胞、角质形成细胞、先天淋巴细胞和基质细胞	数字病理学	银屑病	单细胞RNA测序	机器学习模型	RNA	22项单细胞研究
19770	2024-08-08	SREBP2/Rab11s/GLUT1/6 network regulates proliferation and migration of glioblastoma 2022-Dec, Pathology, research and practice DOI:10.1016/j.prp.2022.154176 PMID:36327817	研究论文	研究探讨了SREBP2/Rab11s/GLUT1/6网络在胶质母细胞瘤增殖和迁移中的调控作用	首次揭示了SREBP2/Rab11/GLUT网络在胶质母细胞瘤细胞生长中的作用，并识别了潜在的治疗靶点	NA	研究SREBP2/Rab11s/GLUT1/6网络在胶质母细胞瘤进展中的调控作用	胶质母细胞瘤组织和T98G细胞系	数字病理学	脑癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）, 蛋白质印迹（western blotting）, 反转录定量PCR	NA	基因表达数据	胶质母细胞瘤组织和T98G细胞系
19771	2024-08-08	An artificial LAMA2-GelMA hydrogel microenvironment for the development of pancreatic endocrine progenitors 2022-12, Biomaterials IF:12.8Q1 DOI:10.1016/j.biomaterials.2022.121882 PMID:36334352	研究论文	研究开发了一种基于LAMA2-GelMA的混合水凝胶，作为内分泌谱系形成和成熟的仿生载体，用于改善人胚胎干细胞衍生的β细胞的分化效率和功能。	本研究首次开发了LAMA2-GelMA混合水凝胶，通过调节转录因子的表达和整合素-AKT信号传导，显著提高了胰腺内分泌祖细胞的功能和成熟度。	研究主要集中在体外和动物模型中，需要进一步的人体试验来验证其临床应用的可行性。	旨在开发一种基于蛋白质组学和组织工程的胰腺特异性微环境，用于糖尿病的治疗。	研究对象包括胰腺内分泌祖细胞、人胚胎干细胞衍生的β细胞以及LAMA2-GelMA混合水凝胶。	组织工程	糖尿病	单细胞转录组学	NA	蛋白质	使用小鼠模型进行体内实验，具体样本数量未详细说明。
19772	2024-08-08	An improved Fuzzy based GWO algorithm for predicting the potential host receptor of COVID-19 infection 2022-12, Computers in biology and medicine IF:7.0Q1 DOI:10.1016/j.compbiomed.2022.106050 PMID:36334362	研究论文	本文通过改进的模糊聚类技术结合灰狼优化算法（GWO），预测COVID-19感染的潜在宿主受体	提出了一种结合进化算法变异和交叉操作的改进GWO算法，增强了灰狼种群的遗传多样性，并通过消除弱个体提高了算法的探索和开发能力	NA	旨在识别与ACE2和TMPRSS2转录和生物学上相似的新型病毒受体或膜蛋白，以帮助理解COVID-19感染在人类中的趋向性、传播和发病机制	COVID-19病毒的潜在宿主受体	生物信息学	COVID-19	灰狼优化算法（GWO）	模糊聚类	蛋白质表达谱	58种新型病毒受体和816种膜蛋白
19773	2024-08-08	scBPGRN: Integrating single-cell multi-omics data to construct gene regulatory networks based on BP neural network 2022-12, Computers in biology and medicine IF:7.0Q1 DOI:10.1016/j.compbiomed.2022.106249 PMID:36335815	研究论文	提出了一种基于BP神经网络的算法scBPGRN，用于整合单细胞RNA测序数据和DNA甲基化数据构建基因调控网络	使用双权极端相关系数衡量因子间的相关性，并利用神经网络计算广义权重来构建基因调控网络	NA	通过整合单细胞多组学数据构建包含更多组学信息的基因调控网络，以深入理解癌症的发病机制	肝细胞癌（HCC）数据	机器学习	肝癌	单细胞RNA测序, DNA甲基化	BP神经网络	基因调控网络	涉及两个亚群的单细胞数据
19774	2024-08-08	Identification of underexplored mesenchymal and vascular-related cell populations in human skeletal muscle 2022-12-01, American journal of physiology. Cell physiology DOI:10.1152/ajpcell.00364.2022 PMID:36342160	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术研究了人体骨骼肌中的未充分探索的间质细胞群体，特别是血管相关细胞类型。	首次在人体骨骼肌中发现并描述了表达pericyte和pan-endothelial基因的endothelial-like pericytes (ELPCs)，并探讨了其在细胞转化中的潜在作用。	研究仅限于年轻个体的骨骼肌样本，且样本量较小，可能限制了结果的普遍性。	揭示人体骨骼肌中未充分探索的间质细胞群体的特征和功能。	人体骨骼肌中的间质细胞群体，特别是血管相关细胞类型。	数字病理学	NA	单细胞RNA测序 (scRNAseq)	NA	基因表达数据	约2,000个细胞
19775	2024-08-08	Single-cell transcriptome reveals immunopathological cell composition of skin lesions in subacute cutaneous lupus erythematosus 2022-12, Clinical immunology (Orlando, Fla.) DOI:10.1016/j.clim.2022.109172 PMID:36343898	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术分析了亚急性皮肤红斑狼疮（SCLE）皮肤病变中的细胞组成，并与健康对照组进行了比较	首次通过单细胞RNA测序揭示了SCLE中扩展的成纤维细胞和角质形成细胞亚型，以及异常激活的淋巴细胞和炎症性M1巨噬细胞	NA	探究亚急性皮肤红斑狼疮（SCLE）的免疫发病机制	SCLE皮肤病变中的细胞组成	数字病理学	红斑狼疮	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA	SCLE皮肤病变和健康对照组皮肤组织的scRNA-seq数据
19776	2024-08-08	BISC: accurate inference of transcriptional bursting kinetics from single-cell transcriptomic data 2022-11-19, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbac464 PMID:36326081	研究论文	本研究开发了一种名为BISC的贝叶斯方法，用于从单细胞转录组数据中准确推断转录爆发动力学参数	BISC基于beta-gamma-Poisson模型，通过建模均值-方差依赖性，实现了从噪声数据中准确估计爆发参数，相比现有方法在低表达基因上表现出更高的准确性和可靠性	NA	探索单细胞转录组数据中的转录爆发动力学	单细胞转录组数据中的转录爆发参数	生物信息学	NA	单细胞转录组学	贝叶斯方法	单细胞转录组数据	包括小鼠胚胎细胞和成纤维细胞数据集、人类免疫细胞数据集和人类胰腺细胞数据集
19777	2024-08-08	IReNA: Integrated regulatory network analysis of single-cell transcriptomes and chromatin accessibility profiles 2022-Nov-18, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2022.105359 PMID:36325073	研究论文	本文开发了集成调控网络分析（IReNA）方法，通过整合单细胞转录组和染色质可及性数据进行网络推断和模块化分析	IReNA方法能够更精确地识别已知调控因子，并优于现有方法	NA	开发一种新的方法来整合单细胞转录组和染色质可及性数据，以进行更精确的调控网络分析	单细胞转录组和染色质可及性数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）和单细胞转座酶可及染色质测序（scATAC-seq）	NA	转录组和染色质可及性数据	使用公开数据集
19778	2024-08-08	Cellular plasticity and immune microenvironment of malignant pleural effusion are associated with EGFR-TKI resistance in non-small-cell lung carcinoma 2022-Nov-18, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2022.105358 PMID:36339256	研究论文	本研究评估了非小细胞肺癌（NSCLC）相关恶性胸腔积液（MPE）在理解肿瘤异质性和识别EGFR酪氨酸激酶抑制剂（TKI）治疗反应因素方面的诊断潜力	研究通过单细胞RNA测序分析，发现EGFR TKI耐药组中肺上皮前体样细胞和过渡效应T细胞、浆细胞样树突状细胞的富集	NA	探讨恶性胸腔积液中的细胞可塑性和免疫抑制微环境与EGFR突变非小细胞肺癌患者TKI反应的关系	非小细胞肺癌患者的恶性胸腔积液	数字病理学	肺癌	单细胞RNA测序	NA	细胞	9名非小细胞肺癌患者（5名耐药，4名敏感）的31,743个细胞
19779	2024-08-08	Single-cell RNA-seq transcriptomic landscape of human and mouse islets and pathological alterations of diabetes 2022-Nov-18, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2022.105366 PMID:36339258	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术，分析了人鼠胰岛细胞的转录组图谱，并探讨了2型糖尿病的病理变化	首次详细描绘了胰岛细胞的完整细胞景观，并发现了2型糖尿病中β细胞的显著异质性和表达变化	NA	深入理解糖尿病的病理机制	人鼠胰岛细胞及2型糖尿病的病理变化	数字病理学	糖尿病	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	控制组和2型糖尿病小鼠的胰岛细胞
19780	2024-08-08	Single-cell RNA sequencing reveals different signatures of mesenchymal stromal cell pluripotent-like and multipotent populations 2022-Nov-18, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2022.105395 PMID:36339265	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析，揭示了人骨髓间充质基质细胞中多能样和多能群体的不同基因表达特征	首次通过单细胞RNA测序技术，详细比较了多能样Muse-MSCs和多能MSCs在基因表达上的差异，并进一步通过无监督聚类分析了这些细胞亚群的基因表达模式	NA	探究维持干细胞特性的必要属性	人骨髓间充质基质细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	多能样Muse-MSCs和多能MSCs的多个样本