单细胞与空转测序相关文章

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序号 推送日期 文章 类型 简述 创新点 不足 研究目的 研究对象 领域 病种 技术 模型 数据类型 样本量
19741 2024-08-08
Derivation of nociceptive sensory neurons from hiPSCs with early patterning and temporally controlled NEUROG2 overexpression
2022-11-21, Cell reports methods IF:4.3Q2
研究论文 本研究介绍了一种混合分化方法,用于从人多能干细胞(hPSCs)中高效生产伤害感受性感觉神经元 本研究通过早期模式化和时间控制的NEUROG2过表达,优化了伤害感受性感觉神经元的生产方法 NA 开发一种高效的方法来生产伤害感受性感觉神经元,并提供一个工具来促进慢性疼痛研究 人多能干细胞(hPSCs)分化为伤害感受性感觉神经元 干细胞研究 慢性疼痛 单细胞RNA测序 NA RNA NA
19742 2024-08-08
Multiset multicover methods for discriminative marker selection
2022-11-21, Cell reports methods IF:4.3Q2
研究论文 本文提出了一种用于标记选择的表型覆盖(PC)问题定义及算法,旨在提高标记集的判别能力 定义了表型覆盖问题,并提出了改进标记集判别能力的算法 主要针对大型图谱规模数据集,对于少量非重叠标记集的数据可能不适用 提高标记选择的判别能力,以准确区分数据中的不同表型 标记选择方法及其在不同任务中的应用 生物信息学 NA NA NA 高吞吐量数据 NA
19743 2024-08-08
Single-cell transcriptome analysis of tumor immune microenvironment characteristics in colorectal cancer liver metastasis
2022-Nov, Annals of translational medicine
研究论文 本研究使用单细胞RNA测序技术分析结直肠癌原发灶与肝转移灶之间的细胞和分子异质性,并阐明同步肝转移中肿瘤微环境的特征 首次详细描述了结直肠癌肝转移中肿瘤微环境的免疫抑制特征,并揭示了髓系细胞与其他细胞群体之间的相互作用 研究样本仅限于一例微卫星稳定型乙状结肠癌患者,结果的普遍性有待进一步验证 阐明结直肠癌肝转移中肿瘤微环境的特征及其对疾病进展的影响 结直肠癌原发灶与肝转移灶的细胞和分子异质性 数字病理学 结直肠癌 单细胞RNA测序 NA 转录组数据 一例微卫星稳定型乙状结肠癌患者的原发肿瘤和肝转移组织
19744 2024-08-08
Safety and tolerability of bosutinib in patients with amyotrophic lateral sclerosis (iDReAM study): A multicentre, open-label, dose-escalation phase 1 trial
2022-Nov, EClinicalMedicine IF:9.6Q1
临床试验 本研究是一项多中心、开放标签、剂量递增的1期试验,评估了bosutinib在肌萎缩侧索硬化症(ALS)患者中的安全性和耐受性。 这是首个针对ALS患者的Src/c-Abl抑制剂bosutinib的试验,通过iPSC技术重新定位药物,探索了bosutinib作为ALS分子靶向治疗候选药物的可能性。 本研究为开放标签试验,时间短且患者数量有限,需要进一步的临床试验验证。 评估bosutinib在ALS患者中的安全性和耐受性,并探索其疗效和潜在的生物标志物。 肌萎缩侧索硬化症(ALS)患者。 NA 肌萎缩侧索硬化症 iPSC技术,单细胞RNA测序 NA 血液样本,功能评分 20名患者,其中13名接受bosutinib治疗,12名纳入安全性和疗效分析。
19745 2024-08-08
Single-cell characterization revealed hypoxia-induced metabolic reprogramming of gastric cancer
2022-Nov, Heliyon IF:3.4Q1
研究论文 本研究利用单细胞RNA测序技术,揭示了胃癌中由缺氧诱导的代谢重编程 本研究首次在单细胞水平上描述了胃癌中缺氧诱导的代谢重编程,部分解决了传统测序技术对癌细胞代谢异质性认识不足的问题 NA 探索胃癌相关恶性细胞在单细胞分辨率下的分子特征 胃癌细胞的代谢重编程 数字病理学 胃癌 单细胞RNA测序 NA 基因表达数据 从Gene Expression Omnibus数据库收集的胃癌单细胞RNA测序数据
19746 2024-08-08
Single-cell RNA sequence presents atlas analysis for chondrocytes in the talus and reveals the potential mechanism in coping with mechanical stress
2022, Frontiers in cell and developmental biology IF:4.6Q1
研究论文 本研究利用单细胞RNA测序技术对健康距骨软骨细胞进行图谱分析,并揭示了软骨细胞应对机械应力的潜在机制 本研究首次对健康距骨软骨细胞进行了单细胞RNA测序图谱分析,并发现了两种新的软骨细胞亚群MirCs和SpCs 研究样本仅来自五名志愿者,可能影响结果的普遍性 旨在深入了解软骨细胞的功能,并为疾病治疗提供潜在的治疗靶点 距骨软骨细胞及其在机械应力下的功能 数字病理学 骨关节炎 单细胞RNA测序 NA 基因表达数据 五名健康志愿者的距骨软骨组织
19747 2024-08-08
The single-cell expression profile of transposable elements and transcription factors in human early biparental and uniparental embryonic development
2022, Frontiers in cell and developmental biology IF:4.6Q1
研究论文 本文通过单细胞RNA测序数据,综合分析了人类早期双亲和单亲胚胎发育中转座元件(TEs)和转录因子(TFs)的表达模式 首次系统地研究了正常和异常人类胚胎发育中TEs和TFs的相互作用 NA 探讨转座元件和转录因子在人类早期胚胎发育中的表达模式及其相互作用 人类早期双亲和单亲胚胎中的转座元件和转录因子 数字病理学 NA 单细胞RNA测序 NA RNA 双亲和单亲胚胎样本
19748 2024-08-08
Identification and validation of a signature based on macrophage cell marker genes to predict recurrent miscarriage by integrated analysis of single-cell and bulk RNA-sequencing
2022, Frontiers in immunology IF:5.7Q1
研究论文 本研究通过综合分析单细胞和批量RNA测序数据,鉴定并验证了基于巨噬细胞标记基因的特征,用于预测复发性流产 首次结合单细胞和批量RNA测序数据,识别出与复发性流产密切相关的七个核心基因,并构建了预测模型 样本量相对较小,需要进一步的大规模验证 寻找复发性流产的有效诊断标记和治疗靶点 复发性流产患者的蜕膜和绒毛组织 NA 复发性流产 RNA测序 LASSO, Random Forest, SVM-RFE RNA 16个蜕膜和绒毛组织样本,包括5个正常患者和3个复发性流产患者
19749 2024-08-08
Integrating RNA-seq and scRNA-seq to explore the biological significance of NAD + metabolism-related genes in the initial diagnosis and relapse of childhood B-cell acute lymphoblastic leukemia
2022, Frontiers in immunology IF:5.7Q1
研究论文 本研究通过整合RNA-seq和scRNA-seq数据,探讨了NAD+代谢相关基因在儿童B细胞急性淋巴细胞白血病初诊和复发中的生物学意义 首次通过机器学习方法识别出NADSYN1、SIRT3和PARP6作为B-ALL的生物标志物,并揭示了这些标志物在单细胞水平上的作用机制 NA 探索NAD+代谢相关基因在儿童B细胞急性淋巴细胞白血病初诊和复发中的生物学意义及其作用机制 儿童B细胞急性淋巴细胞白血病患者的NAD+代谢相关基因 数字病理学 白血病 RNA-seq, scRNA-seq 随机森林算法 转录组数据, 单细胞测序数据 GSE3912和GSE130116数据集中的B-ALL患者样本
19750 2024-08-08
Heparin binding epidermal growth factor-like growth factor is a prognostic marker correlated with levels of macrophages infiltrated in lung adenocarcinoma
2022, Frontiers in oncology IF:3.5Q2
研究论文 本文探讨了肝素结合表皮生长因子样生长因子(HB-EGF)在肺腺癌中的表达及其与肿瘤微环境中免疫细胞浸润的关系 首次揭示了HB-EGF在肺腺癌中作为潜在的预后标志物和治疗靶点的作用 研究主要基于公共数据库和单细胞RNA测序数据,可能存在样本选择偏倚 研究HB-EGF在肺腺癌中的表达及其与免疫细胞浸润的相关性 肺腺癌患者及肿瘤微环境中的免疫细胞 数字病理学 肺腺癌 单细胞RNA测序(scRNA-seq) NA 基因表达数据 使用TCGA数据库和Gene Expression Omnibus (GEO)数据库中的数据,具体样本数量未详细说明
19751 2024-08-08
A ferroptosis-related gene signature associated with immune landscape and therapeutic response in osteosarcoma
2022, Frontiers in oncology IF:3.5Q2
研究论文 本研究探讨了铁死亡相关基因在骨肉瘤中的表达及其对患者预后和治疗策略的影响 构建了一个包含8个铁死亡调控因子的预后标志物,能有效预测骨肉瘤患者的免疫景观、预后及化疗放疗策略 NA 阐明铁死亡调控因子在骨肉瘤中的潜在价值,预测患者的预后和治疗策略 骨肉瘤患者的铁死亡调控因子表达及其预后价值 数字病理学 骨肉瘤 基因集变异分析(GSVA),单样本基因集富集分析(ssGSEA),ESTIMATE算法,单细胞RNA测序 NA 转录组数据 NA
19752 2024-08-08
Single-cell RNA-sequencing and microarray analyses to explore the pathological mechanisms of chronic thromboembolic pulmonary hypertension
2022, Frontiers in cardiovascular medicine IF:2.8Q2
研究论文 本研究利用基因芯片和单细胞RNA测序技术探索慢性血栓栓塞性肺动脉高压(CTEPH)的病理机制 首次通过基因芯片和单细胞RNA测序数据分析了CTEPH进展过程中的关键mRNAs、miRNAs和circRNAs及其可能的调控关系 NA 探索慢性血栓栓塞性肺动脉高压的病理机制 CTEPH患者的周围血样和肺动脉内膜切除组织 数字病理学 肺动脉高压 单细胞RNA测序(scRNA-seq)、基因芯片 NA mRNA表达谱、miRNA芯片、circRNA芯片 5名CTEPH患者和5名健康对照者的周围血样,以及5名CTEPH患者的肺动脉内膜切除组织
19753 2024-08-08
Complex interaction and heterogeneity among cancer stem cells in head and neck squamous cell carcinoma revealed by single-cell sequencing
2022, Frontiers in immunology IF:5.7Q1
研究论文 本研究通过单细胞RNA测序分析,揭示了头颈鳞状细胞癌中癌症干细胞的复杂相互作用和异质性及其对肿瘤微环境形成的影响 本研究首次详细描述了头颈鳞状细胞癌中癌症干细胞的转录组图谱,揭示了其功能多样性和在肿瘤进展中的关键作用 研究仅基于公共数据库中的20个头颈鳞状细胞癌组织样本,可能无法完全代表所有病例 确定头颈鳞状细胞癌中癌症干细胞的异质性及其对肿瘤微环境形成的影响 头颈鳞状细胞癌中的癌症干细胞 数字病理学 头颈鳞状细胞癌 单细胞RNA测序 NA 转录组数据 20个头颈鳞状细胞癌组织样本
19754 2024-08-08
Construction of a novel choline metabolism-related signature to predict prognosis, immune landscape, and chemotherapy response in colon adenocarcinoma
2022, Frontiers in immunology IF:5.7Q1
研究论文 本文构建了一种新的胆碱代谢相关特征,用于预测结肠腺癌的预后、免疫景观和化疗反应 首次构建了胆碱代谢相关特征,并验证了其在预测结肠腺癌患者预后、免疫微环境和化疗反应中的应用价值 NA 研究胆碱代谢相关特征在结肠腺癌中的预后预测、免疫微环境和化疗反应中的应用 结肠腺癌患者的预后、免疫微环境和化疗反应 数字病理学 结肠腺癌 单细胞RNA测序(scRNA-seq) NA 基因表达数据 训练集为TCGA-COAD,验证集为GSE17536
19755 2024-08-08
Self-assembly of X-shaped antibody to combine the activity of IgG and IgA for enhanced tumor killing
2022, Theranostics IF:12.4Q1
研究论文 本文开发了一种基于分子自组装原理的X形抗体(X-body),结合了IgG和IgA的活性,有效招募和激活NK细胞、巨噬细胞和中性粒细胞以杀死肿瘤细胞 X-body结合了IgG和IgA的活性,能够有效招募和激活多种免疫细胞,提高肿瘤杀伤效果 NA 开发一种新的肿瘤靶向治疗策略 X形抗体(X-body)及其在肿瘤治疗中的应用 NA 肿瘤 表面等离子体共振、负染色透射电子显微镜、单细胞RNA测序、流式细胞术 NA 细胞 多个同基因小鼠模型中的肿瘤细胞和肿瘤浸润免疫细胞
19756 2024-08-08
Pueraria lobata Potentially Treating Prostate Cancer on Single-Cell Level by Network Pharmacology and AutoDock: Clinical Findings and Drug Targets
2022, Computational and mathematical methods in medicine
研究论文 本研究通过网络药理学和AutoDock技术,探讨了葛根(Pueraria lobata)在单细胞水平上治疗前列腺癌(PCa)的潜在机制 构建了葛根在前列腺癌单细胞水平的药物-活性成分-靶点通路网络,揭示了其通过调节多个生物过程和相关信号通路来干预前列腺癌的发生和发展 NA 探索和改进前列腺癌的新治疗模式 前列腺癌的单细胞序列和葛根的活性成分及靶点 数字病理学 前列腺癌 分子对接 NA 基因表达数据 NA
19757 2024-08-08
Corrigendum: Single-cell transcriptomics reveals the complexity of the tumor microenvironment of treatment-naive osteosarcoma
2022, Frontiers in oncology IF:3.5Q2
correction NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
19758 2024-08-08
Single-cell transcriptomic analysis of the tumor ecosystem of adenoid cystic carcinoma
2022, Frontiers in oncology IF:3.5Q2
研究论文 本研究通过单细胞RNA测序分析了腺样囊性癌(ACC)肿瘤生态系统的转录组特征 首次通过单细胞RNA测序技术揭示了ACC中不同类型上皮细胞的转录组特征,并识别出具有特殊拷贝数变异的癌前细胞 研究样本仅限于三位患者,可能影响结果的普遍性 探究腺样囊性癌的肿瘤生态系统及其生物学行为 腺样囊性癌的肿瘤组织和癌旁组织中的细胞 数字病理学 腺样囊性癌 单细胞RNA测序 NA 转录组数据 49,948个细胞来自三位患者的癌旁组织和肿瘤组织
19759 2024-08-08
SERPINB9 is commonly amplified and high expression in cancer cells correlates with poor immune checkpoint blockade response
2022, Oncoimmunology IF:6.5Q1
研究论文 研究探讨了SERPINB9基因在癌症细胞中的高表达与免疫检查点阻断(ICB)反应不良之间的关系 首次揭示了SERPINB9基因在癌症细胞中的高表达与ICB反应不良的相关性,并探讨了其在免疫治疗抵抗中的潜在作用 研究主要集中在非小细胞肺癌(NSCLC)和黑色素瘤,可能不适用于所有癌症类型 探索SERPINB9基因在癌症细胞中的作用及其对免疫治疗反应的影响 SERPINB9基因在癌症细胞中的表达及其对免疫检查点阻断反应的影响 数字病理学 非小细胞肺癌 单细胞RNA测序 NA RNA 包括NSCLC和黑色素瘤的多个细胞系
19760 2024-08-08
A spatiotemporal steroidogenic regulatory network in human fetal adrenal glands and gonads
2022, Frontiers in endocrinology IF:3.9Q2
research paper 本研究通过10× Genomics单细胞转录组技术和空间转录组学技术,对7至14周孕周的人类胎儿肾上腺和性腺进行了测序,重建了它们的位置信息,并探讨了性激素合成过程中的细胞协调机制。 首次揭示了人类胎儿肾上腺和性腺中脱氢表雄酮(DHEA)合成的重要酶基因表达变化,以及这一变化在性别分化窗口期对DHEA和皮质醇合成的加速作用。 NA 探讨人类胎儿肾上腺和性腺中性激素合成的主要前体脱氢表雄酮(DHEA)的生物学机制。 人类胎儿肾上腺和性腺。 NA NA 10× Genomics单细胞转录组技术,空间转录组学 NA 转录组 7至14周孕周的人类胎儿肾上腺和性腺样本
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