单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
19721	2024-08-08	Macrophages regulate vascular smooth muscle cell function during atherosclerosis progression through IL-1β/STAT3 signaling 2022-12-01, Communications biology IF:5.2Q1 DOI:10.1038/s42003-022-04255-2 PMID:36456628	研究论文	本研究通过scRNA-seq分析人颈动脉斑块的近端相邻（PA）和动脉粥样硬化核心（AC）区域，揭示了巨噬细胞样血管平滑肌细胞（VSMCs）的功能改变及其在动脉粥样硬化进展中的作用。	首次揭示了IL-1β通过STAT3信号通路介导巨噬细胞与巨噬细胞样VSMCs之间的细胞交流，并促进了后者的粘附、炎症和凋亡。	NA	探讨巨噬细胞在动脉粥样硬化进展中对血管平滑肌细胞功能的影响及其分子机制。	人颈动脉斑块中的血管平滑肌细胞和巨噬细胞。	NA	心血管疾病	scRNA-seq	NA	基因表达数据	人颈动脉斑块的近端相邻（PA）和动脉粥样硬化核心（AC）区域样本
19722	2024-08-08	Selective targeting of visceral adiposity by polycation nanomedicine 2022-12, Nature nanotechnology IF:38.1Q1 DOI:10.1038/s41565-022-01249-3 PMID:36456644	研究论文	本文开发了一种基于聚阳离子的纳米药物P-G3，通过腹腔注射选择性靶向内脏脂肪，有效抑制肥胖小鼠的内脏脂肪积累，增加能量消耗，并缓解相关的代谢功能障碍。	P-G3通过调节营养感应信号通路，解偶联脂肪细胞脂质合成与储存和脂肪细胞发育，创造出功能正常但缺乏肥大生长的脂肪细胞。	NA	开发一种新的纳米药物，专门针对内脏脂肪进行治疗，以解决肥胖这一全球性健康问题。	肥胖小鼠的内脏脂肪和相关代谢功能。	NA	肥胖	单细胞RNA测序	NA	RNA	肥胖小鼠
19723	2024-08-08	A phylogenetic approach to inferring the order in which mutations arise during cancer progression 2022-12, PLoS computational biology IF:3.8Q1 DOI:10.1371/journal.pcbi.1010560 PMID:36459515	研究论文	本文提出了一种新方法，利用单细胞测序的噪声数据推断个体肿瘤中体细胞突变的发生顺序	该方法在模型中同时考虑了肿瘤内体细胞突变的进化过程和单细胞测序数据收集过程中的技术误差，通过模拟分析显示其显著优于现有方法	单细胞测序的错误率较高，这使得任务变得复杂	旨在提高突变顺序预测的准确性并量化预测突变顺序的不确定性	研究对象包括结直肠癌和前列腺癌患者	数字病理学	前列腺癌	单细胞测序	NA	数据	具体样本数量未在摘要中提及
19724	2024-08-08	Increased post-mitotic senescence in aged human neurons is a pathological feature of Alzheimer's disease 2022-12-01, Cell stem cell IF:19.8Q1 DOI:10.1016/j.stem.2022.11.010 PMID:36459967	研究论文	研究探讨了阿尔茨海默病（AD）患者大脑中神经元衰老标记物的表达增加及其病理意义	首次揭示了AD患者神经元中存在特定的衰老样状态，并提出了针对这些衰老样神经元的治疗策略	NA	探究阿尔茨海默病中神经元衰老的特征及其对疾病发展的影响	阿尔茨海默病患者的神经元及其衰老标记物	NA	阿尔茨海默病	单细胞转录组学	NA	转录组数据	NA
19725	2024-08-08	A mineralizing pool of Gli1-expressing progenitors builds the tendon enthesis and demonstrates therapeutic potential 2022-12-01, Cell stem cell IF:19.8Q1 DOI:10.1016/j.stem.2022.11.007 PMID:36459968	研究论文	本研究使用单细胞RNA测序技术，分析了小鼠肌腱附着点在出生后不同阶段的发育转录组，并探讨了Gli1表达的前体细胞在肌腱附着点再生中的治疗潜力。	首次通过单细胞RNA测序揭示了肌腱附着点发育过程中的六种常驻细胞类型及其转录因子调节网络和时间调控，并证明了Gli1表达的前体细胞在肌腱附着点再生中的治疗潜力。	NA	探究肌腱附着点的发育机制，并评估Gli1表达的前体细胞在肌腱附着点再生中的治疗效果。	小鼠肌腱附着点的发育过程及其细胞类型。	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	小鼠肌腱附着点在出生后不同阶段的样本
19726	2024-08-08	Cdx1b protects intestinal cell fate by repressing signaling networks for liver specification 2022-12, Journal of genetics and genomics = Yi chuan xue bao DOI:10.1016/j.jgg.2022.11.006 PMID:36460297	研究论文	本文研究了斑马鱼cdx1b基因在肠道发育中的作用，通过RNA测序和单细胞测序揭示了cdx1b缺失导致肠道细胞向肝细胞样细胞转变的现象。	首次在斑马鱼模型中观察到cdx1b缺失导致肠道细胞向肝细胞样细胞转变的现象，并揭示了Cdx1b通过抑制肝脏特异性转录因子和信号通路来维持肠道命运的作用机制。	NA	探究Cdx1b在斑马鱼肠道发育中的作用及其机制。	斑马鱼cdx1b基因及其在肠道发育中的功能。	发育生物学	NA	RNA测序（RNA-seq）和单细胞测序（scRNA-seq）	NA	RNA序列数据	从突变斑马鱼胚胎中分离的肠道样本
19727	2024-08-08	Comparison of cell type distribution between single-cell and single-nucleus RNA sequencing: enrichment of adherent cell types in single-nucleus RNA sequencing 2022-12, Experimental & molecular medicine DOI:10.1038/s12276-022-00892-z PMID:36460793	研究论文	本研究比较了单细胞和单核RNA测序在结肠和肝脏组织中的细胞类型分布差异	发现单核RNA测序在特定细胞类型分析中提供了更多信息	研究仅限于结肠和肝脏组织，未涵盖其他组织类型	探讨单细胞和单核RNA测序方法的特性和差异	结肠和肝脏组织的细胞类型分布	数字病理学	NA	单细胞RNA测序 (scRNA-seq), 单核RNA测序 (snRNA-seq)	NA	RNA	结肠和肝脏组织样本
19728	2024-08-08	Fibronectin 1 derived from tumor-associated macrophages and fibroblasts promotes metastasis through the JUN pathway in hepatocellular carcinoma 2022-Dec, International immunopharmacology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.intimp.2022.109420 PMID:36461607	研究论文	本研究通过多组学分析探索了肿瘤相关巨噬细胞和成纤维细胞衍生的纤连蛋白1（FN1）通过JUN途径促进肝细胞癌（HCC）转移的具体机制	首次揭示了FN1通过JUN-Hippo信号通路影响HCC的转录组特征和转移，并通过泛癌分析验证了该机制的普遍性	NA	探索肿瘤微环境中细胞间通讯对转移的调控机制	肝细胞癌（HCC）及其肿瘤微环境中的细胞间通讯	数字病理学	肝癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、ATAC测序、RNA测序、甲基化测序	神经网络模型	基因组数据	数据来自GEO和TCGA数据库，具体样本数量未详细说明
19729	2024-08-08	Single-Cell Sequencing in Rheumatic Diseases: New Insights from the Perspective of the Cell Type 2022-Dec-01, Aging and disease IF:7.0Q1 DOI:10.14336/AD.2022.0323 PMID:36465169	研究论文	本文探讨了单细胞测序技术在风湿病研究中的应用，特别是从细胞类型的角度提供的新见解	利用单细胞测序技术识别风湿病患者组织中的多种细胞亚型	细胞亚型的异质性使得实现个体化精准医疗仍有很长的路要走	提高风湿病诊断的准确性和治疗的有效性	风湿病患者组织中的细胞亚型及其功能	NA	风湿病	单细胞测序	NA	基因组、转录组、表观遗传学和蛋白质组数据	未具体说明样本数量
19730	2024-08-08	Single-Cell RNA-Seq Reveals a Population of Smooth Muscle Cells Responsible for Atherogenesis 2022-Dec-01, Aging and disease IF:7.0Q1 DOI:10.14336/AD.2022.0313 PMID:36465170	研究论文	本研究利用3S-ASCVD犬模型，结合批量RNA测序和单细胞RNA测序，揭示了参与动脉粥样硬化发展的平滑肌细胞群体	首次在3S-ASCVD犬模型中发现TNC平滑肌细胞在动脉粥样硬化发展中的重要作用，并发现这些细胞在人类动脉粥样硬化易发部位的存在	NA	探究动脉粥样硬化发展的区域倾向性差异及其背后的细胞机制	3S-ASCVD犬模型中的动脉粥样硬化易发和抵抗动脉，以及人类动脉粥样硬化易发部位	数字病理学	心血管疾病	单细胞RNA测序	NA	RNA序列	3S-ASCVD犬模型
19731	2024-08-08	Thymic macrophages consist of two populations with distinct localization and origin 2022-11-30, eLife IF:6.4Q1 DOI:10.7554/eLife.75148 PMID:36449334	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术，详细描述了胸腺巨噬细胞的表面表型、转录组特征及其在胸腺中的分布和起源	首次揭示了胸腺巨噬细胞由两个不同群体组成，分别位于皮质和髓质及其交界处，并具有不同的胚胎和成年造血干细胞起源	NA	研究胸腺巨噬细胞的起源、维持和多样性	胸腺巨噬细胞的表型、转录组特征及其在胸腺中的分布和起源	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	成年胸腺中的巨噬细胞群体
19732	2024-08-08	A single-cell analysis framework allows for characterization of CSF leukocytes and their tissue of origin in multiple sclerosis 2022-11-30, Science translational medicine IF:15.8Q1 DOI:10.1126/scitranslmed.adc9778 PMID:36449599	研究论文	本文通过深度生成模型整合了41个脑脊液和14个中枢神经系统实质的单细胞RNA测序样本，分析了多发性硬化症中脑脊液白细胞及其来源组织的特点	开发了一个基于用户界面的应用程序，用于将新的脑脊液单细胞RNA测序数据映射到细胞身份图谱上	NA	研究多发性硬化症中脑脊液白细胞及其来源组织的特点	脑脊液和中枢神经系统实质的单细胞RNA测序样本	数字病理学	多发性硬化症	单细胞RNA测序	深度生成模型	单细胞RNA测序数据	120,629个细胞
19733	2024-08-08	SRGS: sparse partial least squares-based recursive gene selection for gene regulatory network inference 2022-Nov-30, BMC genomics IF:3.5Q2 DOI:10.1186/s12864-022-09020-7 PMID:36451086	研究论文	本文介绍了一种基于稀疏偏最小二乘（SPLS）的递归基因选择方法SRGS，用于从批量或单细胞表达数据中推断基因调控网络（GRN）	SRGS通过递归选择和评分可能对目标基因有调控作用的基因，并通过对数据进行随机打乱和设置零值来提高处理含有缺失值的基因表达数据的鲁棒性	NA	开发更准确和稳健的基因调控网络建模方法，适用于单细胞表达数据	基因调控网络的推断	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	稀疏偏最小二乘（SPLS）	基因表达数据	包括模拟的批量数据、模拟的单细胞数据（有无缺失值）和实验的单细胞数据
19734	2024-08-08	Next-generation proteomics of serum extracellular vesicles combined with single-cell RNA sequencing identifies MACROH2A1 associated with refractory COVID-19 2022-Nov-30, Inflammation and regeneration IF:5.0Q1 DOI:10.1186/s41232-022-00243-5 PMID:36451245	研究论文	本研究通过下一代血清细胞外囊泡蛋白质组学结合单细胞RNA测序，识别与难治性COVID-19相关的MACROH2A1蛋白	首次通过高覆盖度蛋白质组学和单细胞RNA测序技术，发现MACROH2A1在难治性COVID-19病例中的表达显著升高，并与其疾病严重程度相关	研究样本量较小，需要进一步扩大样本量以验证结果的普遍性	识别难治性COVID-19的潜在血清生物标志物及其相关蛋白	COVID-19患者和健康对照者的血清细胞外囊泡及外周血单核细胞	数字病理学	COVID-19	下一代蛋白质组学、单细胞RNA测序	NA	蛋白质、RNA	12名COVID-19患者和4名健康对照者的血清细胞外囊泡，10名COVID-19患者和5名健康对照者的外周血单核细胞
19735	2024-08-08	Loss of function of CMPK2 causes mitochondria deficiency and brain calcification 2022-Nov-29, Cell discovery IF:13.0Q1 DOI:10.1038/s41421-022-00475-2 PMID:36443312	研究论文	本研究分析了两个脑钙化家族，发现CMPK2基因的双等位变异破坏了线粒体功能，导致脑钙化	首次识别CMPK2基因的双等位变异作为家族性脑钙化的新遗传因素，并阐明了CMPK2缺乏如何改变线粒体结构和功能	NA	探讨CMPK2基因变异与脑钙化的关系及其病理机制	CMPK2基因、线粒体功能、脑钙化病理	NA	脑钙化	转录组分析、原位杂交、单细胞RNA测序	NA	基因、蛋白质	两个脑钙化家族的患者及Cmpk2敲除和敲入小鼠
19736	2024-08-08	Combined single-cell RNA-seq and bulk RNA-seq to analyze the expression and role of TREM2 in bladder cancer 2022-Nov-29, Medical oncology (Northwood, London, England) DOI:10.1007/s12032-022-01885-8 PMID:36445493	研究论文	本研究结合单细胞RNA测序和批量RNA测序分析了TREM2在膀胱癌中的表达、作用及分子机制	首次探讨了TREM2在膀胱癌中的表达和作用，并发现TREM2主要在肿瘤相关巨噬细胞和肿瘤上皮细胞中表达	研究主要集中在TREM2的表达和初步作用机制，未深入探讨其在膀胱癌中的具体分子途径和治疗应用	分析TREM2在膀胱癌中的表达、作用及其分子机制	TREM2在膀胱癌中的表达和作用	数字病理学	膀胱癌	单细胞RNA测序和批量RNA测序	NA	RNA序列	未具体说明样本数量
19737	2024-08-08	scAB detects multiresolution cell states with clinical significance by integrating single-cell genomics and bulk sequencing data 2022-11-28, Nucleic acids research IF:16.6Q1 DOI:10.1093/nar/gkac1109 PMID:36440766	研究论文	提出了一种名为scAB的新型计算方法，该方法通过知识引导和图指导的矩阵分解模型，整合单细胞基因组数据与临床注释的批量测序数据，以检测具有临床意义的多种分辨率的细胞状态	scAB能够提供粗粒度和细粒度的多分辨率视角，揭示以前单细胞基因组学无法观察到的与表型相关的细胞状态和预后标志	NA	旨在通过整合单细胞基因组学和批量测序数据，识别具有临床相关性的细胞亚群，并提高预后和治疗的准确性	癌症和间质细胞的单细胞RNA测序数据，以及黑色素瘤和胶质瘤的单细胞ATAC测序数据	生物信息学	癌症	单细胞RNA测序, 单细胞ATAC测序	矩阵分解模型	基因组数据	多个来自不同癌症类型的单细胞和批量数据集
19738	2024-08-08	mTORC1 links pathology in experimental models of Still's disease and macrophage activation syndrome 2022-11-28, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-022-34480-6 PMID:36443301	研究论文	本研究探讨了mTORC1在Still's病和巨噬细胞活化综合征中的病理作用	首次揭示了mTORC1在Still's病和巨噬细胞活化综合征中的关键作用，并通过单细胞RNA测序和小鼠模型验证了其机制	研究主要基于小鼠模型和患者转录组数据，可能需要更多临床数据验证	探究mTORC1在Still's病和巨噬细胞活化综合征中的病理机制	Still's病和巨噬细胞活化综合征	NA	Still's病	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	小鼠模型和Still's病患者
19739	2024-08-08	Inflammation promotes resistance to immune checkpoint inhibitors in high microsatellite instability colorectal cancer 2022-11-28, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-022-35096-6 PMID:36443332	研究论文	本文研究了炎症条件对高微卫星不稳定性结直肠癌（MSI-H CRC）患者对免疫检查点抑制剂（ICI）反应的影响	首次证实了炎症条件与MSI-H CRC对PD-1阻断反应不佳之间的关联，并提出了炎症条件和高中性粒细胞与淋巴细胞比率作为ICI反应不良的临床特征	研究样本量相对较小，且为回顾性研究，可能影响结果的普遍性	探讨炎症条件对MSI-H CRC患者对ICI反应的影响	高微卫星不稳定性的结直肠癌患者及其对免疫检查点抑制剂的反应	NA	结直肠癌	单细胞RNA测序	NA	临床数据	62名患者
19740	2024-08-08	Assessment of spatial transcriptomics for oncology discovery 2022-11-21, Cell reports methods IF:4.3Q2 DOI:10.1016/j.crmeth.2022.100340 PMID:36452860	研究论文	本文评估了空间转录组学在肿瘤学发现中的应用	利用空间转录组学技术，通过分析40个组织切片和80,024个捕获点，展示了肿瘤深度特征的捕获，并利用空间上下文识别细胞类型的相对位置	NA	评估空间转录组学在肿瘤学发现中的效用	肿瘤异质性及其对肿瘤学药物发现和开发的影响	数字病理学	胰腺腺癌	空间转录组学	NA	转录组数据	40个组织切片，80,024个捕获点