单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
19701	2024-08-05	Longitudinal single-cell analysis of SARS-CoV-2-reactive B cells uncovers persistence of early-formed, antigen-specific clones 2023-01-10, JCI insight IF:6.3Q1 DOI:10.1172/jci.insight.165299 PMID:36445762	研究论文	研究了COVID-19感染和疫苗接种后B细胞克隆的持久性和演变	首次长期跟踪分析了特异性B细胞克隆在COVID-19患者中的持续存在与演变	仅针对重症COVID-19患者进行样本收集，样本代表性可能有限	预测新兴病毒变种的免疫反应并优化疫苗	重症COVID-19患者的抗原特异性B细胞	数字病理学	COVID-19	单细胞RNA测序、CITE-Seq、B细胞受体测序（BCR-Seq）	NA	基因组数据	重症COVID-19患者的纵向样本
19702	2024-08-08	Single-cell analysis reveals distinct functional heterogeneity of CD34+ cells in anagen wound and diabetic wound 2023-01-08, Biochemical and biophysical research communications IF:2.5Q3 DOI:10.1016/j.bbrc.2022.11.080 PMID:36463761	研究论文	研究通过单细胞RNA测序分析了正常、生长期和糖尿病伤口中的CD34细胞的表型和功能异质性	首次揭示了CD34细胞在不同类型伤口中的功能异质性及其对伤口愈合的影响	研究仅限于小鼠模型，未来需在人类样本中验证结果	探究CD34细胞在不同类型伤口中的功能异质性及其对伤口愈合的影响	CD34细胞在正常、生长期和糖尿病伤口中的表型和功能	数字病理学	糖尿病	单细胞RNA测序	NA	RNA	从小鼠伤口边缘收集的CD34细胞
19703	2024-08-05	SCExecute: custom cell barcode-stratified analyses of scRNA-seq data 2023-01-01, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btac768 PMID:36448703	研究论文	本文介绍了SCExecute工具，用于分析条形码分层的单细胞RNA测序数据	SCExecute支持用户自定义命令在按条形码分层的单细胞对齐文件上执行，填补了现有工具在细胞特征分析中的不足	该工具的效用可能受限于用户对命令行的熟悉程度和可用计算资源	研究如何使用现有工具对条形码分层的scRNA-seq数据进行定制的细胞水平分析	条形码分层的单细胞RNA测序数据	数字病理学	NA	scRNA-seq	NA	序列数据	使用了10X Genomics Chromium系统的droplet scRNA-seq数据进行示例
19704	2024-08-05	Targeting CCL5 signaling attenuates neuroinflammation after seizure 2023-01, CNS neuroscience & therapeutics IF:4.8Q1 DOI:10.1111/cns.14006 PMID:36440924	研究论文	该研究旨在探讨CCL5信号通路在癫痫后神经炎症中的作用	本研究首次揭示了CCL5/CCR5信号通路在癫痫模型小鼠中的重要性，并展示了通过Maraviroc干预该信号通路的有效性	本研究使用的小鼠模型可能无法完全模拟人类癫痫的复杂性	研究CCL5/CCR5信号通路在癫痫后神经炎症中的潜在靶向作用	癫痫小鼠模型及其海马区域的转录组特征	数字病理学	癫痫	10× Genomics空间转录组学	NA	基因表达数据	癫痫小鼠数目不明
19705	2024-08-05	CD73-generated extracellular adenosine promotes resolution of neutrophil-mediated tissue injury and restrains metaplasia in pancreatitis 2023-01, FASEB journal : official publication of the Federation of American Societies for Experimental Biology IF:4.4Q2 DOI:10.1096/fj.202201537R PMID:36468677	研究论文	本研究探讨了CD73生成的细胞外腺苷在胰腺炎中缓解中性粒细胞介导的组织损伤和抑制化生的作用	该研究首次揭示了CD73在胰腺炎中的关键作用，并提出CD73增益剂作为潜在治疗策略	研究主要基于小鼠模型，结果可能在人类患者中存在差异	研究CD73在急性和慢性胰腺炎中的作用及其机制	CD73敲除小鼠与C57BL/6小鼠（野生型）	数字病理	胰腺炎	免疫组化和单细胞RNA测序（scRNA-seq）	小鼠模型	组织样本	CD73小鼠和C57BL/6小鼠
19706	2024-08-05	Comprehensive visualization of cell-cell interactions in single-cell and spatial transcriptomics with NICHES 2023-01-01, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btac775 PMID:36458905	研究论文	NICHES是一种工具，用于在单细胞水平上探索细胞之间的外部信号传递。	NICHES通过嵌入配体-受体信号代理，保留单细胞原始数据的保真性，能够可视化细胞簇内、细胞簇间及不同实验条件下的异质信号类型。	NA	研究单细胞和空间转录组数据中细胞间的相互作用。	主要关注细胞间的信号传递和微环境传统方法的局限性。	数字病理学	NA	NA	NA	转录组数据	NA
19707	2024-08-05	Renoprotective anti-CD45RB antibody induces B cell production in systemic lupus erythematosus based on single-cell RNA-seq analysis 2023-01, Journal of autoimmunity IF:7.9Q1 DOI:10.1016/j.jaut.2022.102949 PMID:36455384	研究论文	该研究探讨了抗-CD45RB抗体在系统性红斑狼疮中的肾保护作用	使用单细胞RNA测序分析揭示了抗-CD45RB抗体诱导B细胞生成的机制	在小鼠模型中评估，可能无法完全反映人类的病理机制	识别系统性红斑狼疮中肾损伤的机制	分析了系统性红斑狼疮患者外周血单核细胞及NZB/WF1小鼠模型	数字病理学	系统性红斑狼疮	单细胞RNA测序	NA	血液样本	从GEO数据库提取的系统性红斑狼疮患者的外周血单核细胞数据
19708	2024-08-05	Single-Cell Transcriptomics Identifies Brain Endothelium Inflammatory Networks in Experimental Autoimmune Encephalomyelitis 2023-01, Neurology(R) neuroimmunology & neuroinflammation DOI:10.1212/NXI.0000000000200046 PMID:36446612	研究论文	该文章通过单细胞转录组学描绘了实验性自身免疫性脑脊髓炎中大脑内皮细胞的炎症网络	该研究首次揭示了静脉内皮细胞在神经炎症中的重要作用，并提供了神经炎症相关细胞异质性的概貌	该研究主要集中在动物模型中，尚需进一步验证在人类疾病中的相关性	探索自身免疫性脑脊髓炎模型中的神经炎症过程及其分子机制	以实验性自身免疫性脑脊髓炎小鼠为研究对象，鉴定与神经炎症相关的内皮细胞	数字病理学	多发性硬化症	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	使用实验性自身免疫性脑脊髓炎小鼠及人类多发性硬化症脑部切片
19709	2024-08-08	Single-cell atlas reveals a high selection of IgA1- or IgG1-expressing plasma cells in patients with psoriasis 2023-Jan, Molecular immunology IF:3.2Q3 DOI:10.1016/j.molimm.2022.11.015 PMID:36459791	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和单细胞抗原受体序列分析，探讨了银屑病患者中B细胞介导的体液免疫反应的变化	首次揭示了银屑病患者中IgA1和IgG1表达的浆细胞数量显著增加，并发现B细胞受体在CDR和框架区域的强选择压力	研究样本仅包括三名健康捐赠者和三名银屑病患者，样本量较小	探索银屑病对B细胞介导的体液免疫反应的影响	银屑病患者的B细胞及其介导的体液免疫反应	数字病理学	银屑病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）和单细胞抗原受体序列（BCR）测序（scBCR-seq）	NA	细胞数据	三名健康捐赠者和三名银屑病患者的外周血单个核细胞（PBMC）
19710	2024-08-08	Single-cell RNA sequencing highlights the roles of C1QB and NKG7 in the pancreatic islet immune microenvironment in type 1 diabetes mellitus 2023-01, Pharmacological research IF:9.1Q1 DOI:10.1016/j.phrs.2022.106588 PMID:36464147	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术探讨C1QB和NKG7在1型糖尿病胰腺胰岛免疫微环境中的作用机制	首次揭示C1QB和NKG7在1型糖尿病胰腺胰岛免疫微环境中对巨噬细胞和T淋巴细胞的关键影响	研究主要基于数据库数据和构建的动物模型，未来需进一步在人体样本中验证	探讨C1QB和NKG7在1型糖尿病胰腺胰岛免疫微环境中的作用	C1QB和NKG7基因在1型糖尿病胰腺胰岛免疫微环境中的作用	数字病理学	糖尿病	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	RNA-seq数据	大量胰腺胰岛样本，包括14种细胞类型
19711	2024-08-08	Naïve B cells with low differentiation improve the immune reconstitution of HIV-infected patients 2022-Dec-22, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2022.105559 PMID:36465118	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析了健康对照组、HIV感染的免疫应答者和非应答者的B细胞受体（BCR）谱和B细胞亚型，发现幼稚B细胞和记忆B细胞的基因片段使用主导，且BCR谱的多样性在免疫非应答者中降低。	研究发现幼稚B细胞的低分化与良好的免疫状态相关，并揭示了B细胞周期中免疫特异性基因IgD细胞在免疫非应答者中的降解机制。	NA	理解HIV感染后B细胞介导的免疫反应在免疫重建中的作用	HIV感染患者的B细胞亚型和BCR谱	免疫学	HIV感染	单细胞RNA测序	NA	RNA	涉及健康对照组、HIV感染的免疫应答者和非应答者的外周血单个核细胞
19712	2024-08-08	B cell expansion hinders the stroma-epithelium regenerative cross talk during mucosal healing 2022-12-13, Immunity IF:25.5Q1 DOI:10.1016/j.immuni.2022.11.002 PMID:36462502	研究论文	本文通过纵向研究肠道损伤和再生过程中的免疫细胞组成，揭示了B细胞在黏膜愈合过程中的作用及其对上皮-间质细胞相互作用的影响	首次通过单细胞RNA测序和空间转录组学技术，揭示了B细胞在肠道黏膜愈合中的具体作用机制	NA	探究影响肠道再生的细胞机制，特别是在黏膜愈合过程中B细胞的作用	肠道黏膜愈合过程中的免疫细胞组成及B细胞的作用	NA	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA	NA
19713	2024-08-08	Robust Graph Regularized NMF with Dissimilarity and Similarity Constraints for ScRNA-seq Data Clustering 2022-Dec-12, Journal of chemical information and modeling IF:5.6Q1 DOI:10.1021/acs.jcim.2c01305 PMID:36459053	研究论文	本文提出了一种新的单细胞RNA测序（ScRNA-seq）数据表示模型，称为具有不相似性和相似性约束的鲁棒图正则化非负矩阵分解（RGNMF-DS），用于ScRNA-seq数据聚类	采用互补的正则化器（相似和不相似正则化器）来指导矩阵分解，并构建图正则化器以发现ScRNA-seq数据中隐藏的局部几何结构，同时采用-范数来测量重建误差，从而提高模型对噪声的鲁棒性	NA	解决直接聚类ScRNA-seq数据时由于其高维度和噪声导致的性能不佳问题	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（ScRNA-seq）	非负矩阵分解（NMF）	基因表达数据	多个ScRNA-seq数据集
19714	2024-08-08	Interferon-dependent SLC14A1+ cancer-associated fibroblasts promote cancer stemness via WNT5A in bladder cancer 2022-12-12, Cancer cell IF:48.8Q1 DOI:10.1016/j.ccell.2022.11.005 PMID:36459995	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析膀胱癌患者样本，发现一种由干扰素信号诱导的、高表达尿素转运蛋白SLC14A1的癌症相关成纤维细胞亚群，该亚群通过WNT5A旁分泌途径促进膀胱癌细胞的干细胞特性	首次报道了SLC14A1+癌症相关成纤维细胞在膀胱癌中的作用及其通过WNT5A途径促进干细胞特性的机制	NA	探讨癌症相关成纤维细胞在膀胱癌治疗反应和患者预后中的作用	膀胱癌患者的癌症相关成纤维细胞及其对癌细胞干细胞特性的影响	数字病理学	膀胱癌	单细胞RNA测序	NA	RNA	膀胱癌患者样本
19715	2024-08-08	Comparison of oocyte vitrification using a semi-automated or a manual closed system in human siblings: survival and transcriptomic analyses 2022-Dec-05, Journal of ovarian research IF:3.8Q1 DOI:10.1186/s13048-022-01064-3 PMID:36464714	研究论文	本研究比较了半自动和手动封闭系统在人类姐妹卵子玻璃化中的存活率和转录组分析	本研究采用了半自动玻璃化系统，并使用单细胞RNA测序技术评估了两种技术的转录组后果	本研究仅在姐妹卵子中进行了比较，且转录组差异较小	评估半自动卵子玻璃化技术的效率及其对转录组的影响	人类姐妹卵子	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	未具体说明样本数量
19716	2024-08-08	Targeting HER3 or MEK overcomes acquired Trastuzumab resistance in HER2-positive gastric cancer-derived xenograft 2022-Dec-03, Cell death discovery IF:6.1Q1 DOI:10.1038/s41420-022-01259-z PMID:36463209	研究论文	本研究通过建立胃癌PDX模型，探讨了HER2阳性胃癌对Trastuzumab产生耐药性的机制，并验证了联合使用HER3靶向抗体或MEK抑制剂作为克服耐药性的策略。	首次通过单细胞转录组测序、蛋白质组学和基因组变异分析全面描绘了Trastuzumab耐药性的分子机制，并验证了联合治疗策略的有效性。	研究仅限于动物模型，尚未在临床试验中验证。	探讨HER2阳性胃癌对Trastuzumab产生耐药性的机制，并寻找克服耐药性的新策略。	HER2阳性胃癌及其对Trastuzumab的耐药性。	数字病理学	胃癌	单细胞转录组测序	NA	转录组数据	两个PDX模型（176P和176R）
19717	2024-08-08	m6A epitranscriptomic modification regulates neural progenitor-to-glial cell transition in the retina 2022-12-02, eLife IF:6.4Q1 DOI:10.7554/eLife.79994 PMID:36459087	研究论文	本研究使用视网膜特异性条件性敲除小鼠模型，探讨了m6A表观转录组修饰在视网膜神经前体细胞向胶质细胞转变中的作用	揭示了m6A表观转录组修饰通过调控前体细胞转录本的降解，精细调节视网膜前体细胞向Müller胶质细胞的转录组转变	NA	探讨m6A表观转录组修饰在视网膜发育中的功能	视网膜神经前体细胞和Müller胶质细胞	表观遗传学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq），MeRIP-seq	NA	RNA	视网膜特异性条件性敲除小鼠模型
19718	2024-08-08	Personalized health risk assessment based on single-cell RNA sequencing analysis of a male with 45, X/48, XYYY karyotype 2022-12-02, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-022-25308-w PMID:36460769	研究论文	本文报道了一名具有罕见45, X/48, XYYY核型的14岁男孩，通过单细胞RNA测序分析评估其长期健康风险，特别是癌症风险	利用单细胞RNA测序技术首次详细分析了该核型患者的免疫细胞基因表达差异，并通过数字滴液PCR在DNA水平上验证了这些结果	研究样本数量有限，仅基于单一病例	评估具有45, X/48, XYYY核型个体的长期健康风险，特别是癌症风险	具有罕见45, X/48, XYYY核型的14岁男孩	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	单一病例
19719	2024-08-08	Monocytes deposit migrasomes to promote embryonic angiogenesis 2022-12, Nature cell biology IF:17.3Q1 DOI:10.1038/s41556-022-01026-3 PMID:36443426	research paper	研究报告了在鸡胚绒毛尿囊膜中，高迁移性细胞在毛细血管形成区域巡逻并沉积migrasomes，这些细胞被鉴定为单核细胞，其migrasomes富含促血管生成因子，促进胚胎血管生成。	首次发现单核细胞通过沉积富含促血管生成因子的migrasomes来促进胚胎血管生成。	NA	探讨单核细胞在胚胎血管生成中的作用及其机制。	单核细胞、migrasomes、胚胎血管生成。	NA	NA	单细胞测序、定量质谱分析。	NA	细胞、蛋白质。	鸡胚绒毛尿囊膜中的细胞样本。
19720	2024-08-08	A unified computational framework for single-cell data integration with optimal transport 2022-12-01, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-022-35094-8 PMID:36456571	研究论文	本文介绍了一种名为uniPort的统一单细胞数据整合框架，结合了耦合变分自编码器和最小批量不平衡最优传输方法，用于处理异质性单细胞多组学数据和空间转录组数据	uniPort框架能够同时嵌入异质性单细胞多组学数据到一个共享的潜在空间，并提供灵活的标签转移框架来解卷积异质性空间转录组数据	NA	开发一种新的计算框架，用于整合异质性单细胞多组学数据和空间转录组数据	单细胞转录组学、染色质可及性和空间转录组数据	计算机视觉	NA	最优传输	耦合变分自编码器	单细胞多组学数据	多种数据集，包括单细胞转录组学、染色质可及性和空间转录组数据