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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 19661 | 2024-08-04 |
Transcriptomics and Spatial Proteomics for Discovery and Validation of Missing Proteins in the Human Ovary
2024-01-05, Journal of proteome research
IF:3.8Q1
DOI:10.1021/acs.jproteome.3c00545
PMID:38085962
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研究论文 | 该研究通过转录组学和空间蛋白组学发现并验证了人类卵巢中缺失的蛋白质 | 首次识别并验证了14种在人类卵巢中缺失的蛋白质,提供了新的研究方向 | 样本数量有限,仅包含7到32岁之间的卵巢皮层样本 | 探索人类卵巢中缺失蛋白质的功能和角色 | 卵巢皮层中的卵母细胞和颗粒细胞 | 数字病理学 | NA | RNA-seq,高分辨率抗体基于蛋白质分析,单细胞转录组学 | NA | 转录组数据 | 四个新RNA-seq样本 | NA | NA | NA | NA |
| 19662 | 2024-08-04 |
Research progress and application of single-cell sequencing in head and neck malignant tumors
2024-01, Cancer gene therapy
IF:4.8Q1
DOI:10.1038/s41417-023-00691-2
PMID:37968342
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研究论文 | 本文系统介绍了单细胞测序在头颈部恶性肿瘤中的最新进展和应用 | 本文提出了单细胞测序在研究头颈部恶性肿瘤发病机制中的应用,提供了新视角 | 由于篇幅限制,可能未能详细覆盖所有相关研究进展 | 探讨单细胞测序在头颈部恶性肿瘤临床诊断和治疗中的应用 | 头颈部恶性肿瘤的单细胞基因组和转录组 | 数字病理学 | 头颈部恶性肿瘤 | 单细胞测序 | NA | 基因组和转录组数据 | 数千个细胞 | NA | NA | NA | NA |
| 19663 | 2024-08-07 |
CILP is a potential pan-cancer marker: combined silico study and in vitro analyses
2024-01, Cancer gene therapy
IF:4.8Q1
DOI:10.1038/s41417-023-00688-x
PMID:37968343
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研究论文 | 本研究主要探讨了CILP在肿瘤发生发展中的作用及其作为潜在泛癌标志物的可能性 | 首次系统研究了CILP在多种肿瘤中的表达及其对肿瘤发生和患者生存预后的影响,并通过细胞实验验证了CILP的功能 | 研究主要基于公共数据库和细胞系实验,未来需要更多临床样本验证CILP的泛癌标志物作用 | 探索CILP在肿瘤中的作用及其作为泛癌标志物的潜力 | CILP在不同肿瘤类型中的表达及其对肿瘤发生和患者生存预后的影响 | NA | 肿瘤 | RNA测序 | NA | 单细胞数据 | 使用了来自UCSC Xena的泛癌数据和GSE152938的单细胞数据,以及人肾细胞癌ACHN和786-O细胞系进行实验验证 | NA | NA | NA | NA |
| 19664 | 2024-08-07 |
Charting the tumor microenvironment with spatial profiling technologies
2023-12, Trends in cancer
IF:14.3Q1
DOI:10.1016/j.trecan.2023.08.004
PMID:37673713
|
综述 | 本文综述了空间分析技术在肿瘤微环境(TME)表征中的应用及其在临床上改善癌症患者诊断和预后的潜力 | 空间分析技术能够捕捉细胞在肿瘤微环境中的复杂空间背景及其密集的相互作用网络 | 传统的单细胞RNA测序(scRNA-seq)由于需要样本解离步骤,无法捕捉细胞的空间信息 | 探讨空间分析技术在肿瘤微环境表征中的应用及其在临床上的潜在价值 | 肿瘤微环境中的细胞组织和相互作用 | NA | NA | 空间分析技术 | NA | 细胞 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 19665 | 2024-08-07 |
Integrative single-cell transcriptome analysis reveals immune suppressive landscape in the anaplastic thyroid cancer
2023-12, Cancer gene therapy
IF:4.8Q1
DOI:10.1038/s41417-023-00663-6
PMID:37679527
|
研究论文 | 本研究通过综合单细胞转录组分析,揭示了间变性甲状腺癌中的免疫抑制微环境 | 首次在单细胞水平上揭示了间变性甲状腺癌与甲状腺乳头状癌的肿瘤免疫微环境及其动态变化 | NA | 深入理解间变性甲状腺癌的肿瘤免疫微环境,以改善癌症治疗和预后 | 间变性甲状腺癌和甲状腺乳头状癌的肿瘤免疫微环境 | 数字病理学 | 甲状腺癌 | 单细胞转录组分析 | NA | 转录组数据 | 间变性甲状腺癌和甲状腺乳头状癌的原发性肿瘤样本 | NA | NA | NA | NA |
| 19666 | 2024-08-07 |
Characterization of the long noncoding RNA transcriptome in human preimplantation embryo development
2023-Dec, Journal of assisted reproduction and genetics
IF:3.2Q2
DOI:10.1007/s10815-023-02951-4
PMID:37770818
|
研究论文 | 本研究通过scRNA-seq和SUPeR-seq数据分析了人类植入前胚胎发育过程中的长非编码RNA(lncRNA)表达谱 | 研究揭示了不同发育阶段特异性和共享的高表达lncRNA,并发现这些lncRNA及其相关的超级增强子和RNA结合蛋白在胚胎发育调控中的重要作用 | NA | 旨在深入了解发育事件的转录基础 | 人类植入前胚胎发育过程中的lncRNA | NA | 不孕症 | scRNA-seq, SUPeR-seq | NA | RNA | 涉及多个发育阶段的人类植入前胚胎样本 | NA | NA | NA | NA |
| 19667 | 2024-08-07 |
Exploration of a screening model for intrahepatic cholangiocarcinoma patients prone to cuproptosis and mechanisms of the susceptibility of CD274-knockdown intrahepatic cholangiocarcinoma cells to cuproptosis
2023-12, Cancer gene therapy
IF:4.8Q1
DOI:10.1038/s41417-023-00673-4
PMID:37828105
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研究论文 | 本研究旨在探索易发生铜死亡的肝内胆管癌患者的筛查模型及CD274敲低肝内胆管癌细胞对铜死亡的易感性机制 | 首次系统全面地探索了肝内胆管癌中的铜死亡现象,构建了针对易发生铜死亡的肝内胆管癌患者的精确诊断和治疗策略 | 需要在大规模前瞻性队列中进一步验证这些结论 | 识别易发生铜死亡的肝内胆管癌患者的新诊断和治疗策略,并探索相关的细胞内和细胞外机制 | 肝内胆管癌患者及细胞 | 数字病理学 | 肝内胆管癌 | 单样本基因集富集分析、机器学习算法 | nomogram模型 | 转录组数据 | 训练数据集255例,验证数据集包括65例、104例、78例和14例 | NA | NA | NA | NA |
| 19668 | 2024-08-07 |
Blockage of EGFR/AKT and mevalonate pathways synergize the antitumor effect of temozolomide by reprogramming energy metabolism in glioblastoma
2023-12, Cancer communications (London, England)
DOI:10.1002/cac2.12502
PMID:37920878
|
研究论文 | 本研究探讨了表皮生长因子受体(EGFR)途径在脂肪酸代谢重编程和能量生成中的功能角色,并通过临床GBM样本的单细胞RNA测序和非靶向代谢组学分析,验证了代谢相关RTK-脂肪酸-基因特征。 | 本研究揭示了EGFR激活的GBM中代谢重编程的机制,并提供了一种组合治疗策略用于临床GBM管理。 | NA | 研究EGFR途径在GBM中的代谢重编程和能量生成的作用。 | 临床GBM样本,包括单细胞RNA测序和代谢组学分析。 | 数字病理学 | 脑瘤 | 单细胞RNA测序,非靶向代谢组学分析 | NA | RNA序列,代谢数据 | 临床GBM样本 | NA | NA | NA | NA |
| 19669 | 2024-08-07 |
Early clonal extinction in glioblastoma progression revealed by genetic barcoding
2023-08-14, Cancer cell
IF:48.8Q1
DOI:10.1016/j.ccell.2023.07.001
PMID:37541243
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研究论文 | 本文通过在鼠脑中转移PDGFB和遗传条形码来启动胶质瘤发生,并直接追踪胶质母细胞瘤从最早可能阶段的演化,揭示了胶质母细胞瘤早期克隆消亡的现象。 | 本文首次观察到胶质母细胞瘤早期阶段的高频率克隆消亡事件和克隆大小的渐进性分歧,并通过计算模型和转录组分析揭示了这些动态变化的原因。 | NA | 研究胶质母细胞瘤在其早期阶段的进展和演化机制。 | 胶质母细胞瘤的早期克隆消亡和演化。 | NA | 脑肿瘤 | 遗传条形码 | 计算模型 | 转录组 | 鼠脑中的胶质瘤样本 | NA | NA | NA | NA |
| 19670 | 2024-08-07 |
Stricturing Crohn's disease single-cell RNA sequencing reveals fibroblast heterogeneity and intercellular interactions
2023-Apr-04, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.04.03.534781
PMID:37066202
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序技术,首次揭示了克罗恩病狭窄部位的纤维母细胞异质性及其细胞间相互作用 | 首次通过单细胞RNA测序技术构建了克罗恩病狭窄肠道的全面图谱,并验证了CDH11作为潜在治疗靶点 | NA | 旨在通过系统层面的研究揭示克罗恩病狭窄形成的病理机制,并发现新的治疗靶点 | 克罗恩病患者的全层肠组织,包括未受累、非狭窄炎症和狭窄段以及正常非克罗恩病肠段 | 数字病理学 | 克罗恩病 | 单细胞RNA测序(scRNAseq) | NA | RNA | 99个组织样本和409,001个细胞 | NA | NA | NA | NA |
| 19671 | 2024-08-07 |
The immune-metabolic crosstalk between CD3+C1q+TAM and CD8+T cells associated with relapse-free survival in HCC
2023, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2023.1033497
PMID:36845133
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序技术探讨了肝细胞癌(HCC)中免疫细胞间的免疫代谢交叉对话,特别是CD3+C1q+肿瘤相关巨噬细胞(TAM)与CD8+ CCL4+T细胞之间的相互作用。 | 本研究首次鉴定了CD3+C1q+TAM这一新群体,并揭示了其通过C1q信号通路诱导的代谢和表观遗传重编程影响T细胞免疫,进而可能影响肿瘤预后。 | NA | 揭示肝细胞癌中免疫细胞间的免疫代谢交叉对话,并提供调控免疫抑制性肿瘤微环境的策略。 | 肝细胞癌(HCC)中的免疫细胞及其相互作用。 | 数字病理学 | 肝癌 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | NA | 组织 | 配对的肿瘤和肿瘤周围组织 | NA | NA | NA | NA |
| 19672 | 2024-08-07 |
Single-cell transcriptomics reveals the identity and regulators of human mast cell progenitors
2022-08-09, Blood advances
IF:7.4Q1
DOI:10.1182/bloodadvances.2022006969
PMID:35500226
|
研究论文 | 本文通过单细胞转录组学分析揭示了人类肥大细胞前体细胞的身份及其调控因子 | 首次展示了FcεRI在肥大细胞前体阶段表达的时间关联,并揭示了外部刺激对肥大细胞前体FcεRI表达的调控作用 | NA | 探讨肥大细胞前体细胞的特征及其在疾病中的作用 | 人类肥大细胞前体细胞及其在过敏性哮喘和系统性肥大细胞增多症中的作用 | 数字病理学 | 过敏性疾病 | 单细胞转录组学分析 | NA | 转录组数据 | 成人外周血中的CD34+造血前体细胞 | NA | NA | NA | NA |
| 19673 | 2024-08-07 |
Single-cell RNA sequencing distinguishes dendritic cell subsets in the rat, allowing advanced characterization of the effects of FMS-like tyrosine kinase 3 ligand
2022-Jul, Scandinavian journal of immunology
IF:4.1Q2
DOI:10.1111/sji.13159
PMID:35285040
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序结合多色光谱流式细胞术,对大鼠模型中的组织驻留树突状细胞进行鉴定和表征,并研究了FMS样酪氨酸激酶3配体(FLT3L)对其的影响。 | 首次将单细胞RNA测序与多色光谱流式细胞术结合,用于鉴定和表征大鼠模型中的组织驻留树突状细胞,并详细研究了FLT3L对其数量和表型的影响。 | 研究主要集中在肝脏、脾脏和肠系膜淋巴结中的树突状细胞,未涉及其他组织或器官。 | 探讨FLT3L对大鼠组织驻留树突状细胞数量和表型的影响。 | 大鼠模型中的组织驻留树突状细胞及其亚型。 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 使用了Lewis大鼠进行体内实验。 | NA | NA | NA | NA |
| 19674 | 2024-08-07 |
Heterogeneity and clonality of kidney-infiltrating T cells in murine lupus nephritis
2022-04-22, JCI insight
IF:6.3Q1
DOI:10.1172/jci.insight.156048
PMID:35271505
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序和TCR测序分析了小鼠狼疮性肾炎中肾脏浸润T细胞的异质性和克隆性 | 发现CD8+和CD4+肾脏浸润T细胞在狼疮性肾炎中的不同分化状态,揭示了肾脏微环境对T细胞的抑制作用 | NA | 探讨狼疮性肾炎中肾脏浸润T细胞的功能状态及其与疾病进展的关系 | 小鼠狼疮性肾炎模型中的肾脏浸润T细胞 | 免疫学 | 自身免疫性疾病 | 单细胞RNA测序, TCR测序 | NA | RNA序列 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 19675 | 2024-08-07 |
Single-cell transcriptome analysis reveals heterogeneity and convergence of the tumor microenvironment in colorectal cancer
2022, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2022.1003419
PMID:36685571
|
研究论文 | 本研究通过单细胞转录组测序数据分析,揭示了结直肠癌肿瘤微环境的异质性和收敛性 | 本研究首次通过追踪分化轨迹,揭示了脂质代谢重塑和免疫功能抑制的关系,并构建了具有良好预后价值的免疫风险模型和临床风险模型 | NA | 探究结直肠癌肿瘤微环境的异质性和收敛性 | 结直肠癌的肿瘤微环境 | 数字病理学 | 结直肠癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 从肿瘤、癌旁组织和外周血中鉴定出8种主要细胞类型和25个亚群 | NA | NA | NA | NA |
| 19676 | 2024-08-07 |
The relevance between hypoxia-dependent spatial transcriptomics and the prognosis and efficacy of immunotherapy in claudin-low breast cancer
2022, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2022.1042835
PMID:36685583
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研究论文 | 本研究通过整合空间转录组学(ST)与免疫荧光技术,探讨了人claudin-低乳腺癌MDA-MB-231移植瘤中与缺氧相关的空间异质性及其对免疫治疗预后和疗效的影响。 | 首次揭示了claudin-低乳腺癌中基于缺氧依赖的空间异质性,并探讨了其作为临床结果和免疫治疗反应预测生物标志物的潜力。 | NA | 探讨缺氧依赖的空间转录组学与claudin-低乳腺癌患者免疫治疗预后和疗效的相关性。 | 人claudin-低乳腺癌MDA-MB-231移植瘤。 | 数字病理学 | 乳腺癌 | 空间转录组学(ST) | NA | 转录组数据 | 1904例乳腺癌样本 | NA | NA | NA | NA |
| 19677 | 2024-08-07 |
Fibrinolysis influences SARS-CoV-2 infection in ciliated cells
2021-Jan-08, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2021.01.07.425801
PMID:33442688
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研究论文 | 研究分析了单细胞RNA测序数据,探讨了纤溶酶在SARS-CoV-2感染纤毛细胞中的作用及其与ENaC蛋白的相互作用 | 首次揭示了SARS-CoV-2通过与ENaC纤溶酶网络相互作用,加速病毒侵入易感细胞,并可能导致与ENaC相关的肺水肿呼吸状况 | NA | 探讨SARS-CoV-2感染纤毛细胞的机制及其与ENaC蛋白的相互作用 | 纤溶酶、ENaC蛋白、SARS-CoV-2受体ACE2在不同细胞类型中的表达 | 数字病理学 | COVID-19 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | NA | RNA | 涉及不同类型的上皮细胞和白细胞 | NA | NA | NA | NA |
| 19678 | 2024-08-07 |
Characterizing the replicability of cell types defined by single cell RNA-sequencing data using MetaNeighbor
2018-02-28, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-018-03282-0
PMID:29491377
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研究论文 | 本文介绍了一种名为MetaNeighbor的复制框架,用于量化单细胞RNA测序数据中细胞类型的跨数据集复制程度,并快速识别高度相似的集群 | 提出了MetaNeighbor框架,用于评估和提高单细胞RNA测序数据的复制性 | NA | 研究单细胞RNA测序数据中细胞类型的复制性,并定义最佳实践 | 单细胞RNA测序数据中的细胞类型复制性 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 8个技术性和生物多样性不同的数据集,45个中间神经元亚型中的24个 | NA | NA | NA | NA |
| 19679 | 2024-08-07 |
An Efficient Single-Cell RNA-Seq Approach to Identify Neoantigen-Specific T Cell Receptors
2018-02-07, Molecular therapy : the journal of the American Society of Gene Therapy
IF:12.1Q1
DOI:10.1016/j.ymthe.2017.10.018
PMID:29174843
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研究论文 | 本文提出了一种新的治疗策略,通过遗传修饰自体T细胞与新抗原特异性T细胞受体(TCRs)并将其转移回癌症患者,以提高针对肿瘤特异性突变的T细胞疗法的疗效 | 开发了一种新的方法,通过TILs与TMG转染或肽脉冲的自体抗原呈递细胞(APCs)共培养,并进行单细胞RNA测序分析T细胞,以识别与高表达IFN-γ和IL-2细胞相关的配对TCR序列 | 目前的分离新抗原特异性TCRs的技术耗时且技术挑战大,不适合临床应用 | 提高针对肿瘤特异性突变的T细胞疗法的疗效 | 新抗原特异性T细胞受体(TCRs) | NA | NA | 单细胞RNA测序(RNA-seq) | NA | RNA | 多个TCRs被识别、合成、克隆并转导到供体T细胞中 | NA | NA | NA | NA |
| 19680 | 2024-08-07 |
A stochastic and dynamical view of pluripotency in mouse embryonic stem cells
2018-02, PLoS computational biology
IF:3.8Q1
DOI:10.1371/journal.pcbi.1006000
PMID:29451874
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研究论文 | 本文开发了一个框架,将布尔级别的网络拓扑结构扩展为更高分辨率的网络模型,明确考虑了启动子结构和基因状态切换动力学 | 提出了一个系统的方法,将布尔级别的网络拓扑结构扩展为更高分辨率的网络模型,明确考虑了启动子结构和基因状态切换动力学 | 文章未明确提及现有方法的局限性 | 研究胚胎干细胞多能性状态的动态和分子随机性 | 胚胎干细胞的多能性状态及其调控网络 | 生物医学科学 | NA | 单细胞测序 | 机器学习方法 | 基因网络拓扑结构 | 未明确提及样本数量 | NA | NA | NA | NA |