单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
19661	2024-08-08	An IGF1-expressing endometrial stromal cell population is associated with human decidualization 2022-12-08, BMC biology IF:4.4Q1 DOI:10.1186/s12915-022-01483-0 PMID:36482461	研究论文	研究通过单细胞转录组分析，探讨了IGF1+基质细胞在人类蜕膜化过程中的作用	发现了IGF1+基质细胞在启动蜕膜化中的独特作用，并开发了一个系统性的细胞间通讯数据库	NA	深入了解蜕膜化的分子和细胞特征，并为相关疾病的治疗提供平台	子宫内膜基质细胞和早期妊娠的蜕膜细胞	NA	妊娠障碍	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	具体样本数量未在摘要中提及
19662	2024-08-08	Identification of a novel ER-NFĸB-driven stem-like cell population associated with relapse of ER+ breast tumors 2022-12-08, Breast cancer research : BCR IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s13058-022-01585-1 PMID:36482488	研究论文	本文通过单细胞RNA测序和生物信息学方法，鉴定了一种由ER和NFĸB驱动的静止干细胞样细胞群，与ER阳性乳腺癌复发相关	发现了由ER和NFĸB驱动的新的静止干细胞样细胞群，并证实其在ER阳性乳腺癌中的临床相关性	NA	鉴定驱动ER阳性乳腺癌干细胞样细胞特性的基因/通路	ER阳性乳腺癌干细胞样细胞	数字病理学	乳腺癌	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	多个ER阳性乳腺癌模型和患者来源的细胞系
19663	2024-08-08	Expression of CFTR, a hallmark gene of ionocytes, is downregulated in salivary glands of Sjögren's syndrome patients 2022-12-07, Arthritis research & therapy IF:4.4Q1 DOI:10.1186/s13075-022-02959-8 PMID:36476557	研究论文	研究探讨了Sjögren's综合征患者唾液腺中CFTR基因表达的下调及其临床意义	首次发现Sjögren's综合征患者唾液腺中CFTR基因表达水平较低，并揭示了其与干口感、淋巴细胞浸润及特定自身抗体的关联	NA	探究Sjögren's综合征患者唾液腺中CFTR基因表达的变化及其在疾病发生中的作用	Sjögren's综合征患者的唾液腺	NA	自身免疫性疾病	单细胞RNA测序, 免疫荧光检测	NA	RNA, 蛋白质	44名非Sjögren's综合征患者和36名Sjögren's综合征患者
19664	2024-08-08	Multiregional single-cell dissection of tumor and immune cells reveals stable lock-and-key features in liver cancer 2022-12-07, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-022-35291-5 PMID:36476645	研究论文	本研究通过多区域单细胞RNA测序分析，揭示了肝癌中肿瘤细胞与免疫细胞的稳定分子网络特征	本研究首次通过大规模单细胞RNA测序数据，验证了肝癌中肿瘤细胞与免疫细胞间的关键配体-受体相互作用对，为治疗探索提供了新路径	NA	揭示肝癌中肿瘤细胞与免疫细胞的分子网络特征，为治疗探索提供新思路	肝癌患者的肿瘤细胞和免疫细胞	数字病理学	肝癌	单细胞RNA测序 (scRNA-seq)	NA	RNA	7名肝癌患者（4名肝细胞癌，3名肝内胆管癌），以及额外的542名肝细胞癌患者和12名肝内胆管癌患者
19665	2024-08-08	Extracellular traps from activated vascular smooth muscle cells drive the progression of atherosclerosis 2022-12-06, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-022-35330-1 PMID:36473863	研究论文	本研究探讨了活化的血管平滑肌细胞（VSMCs）释放的细胞外DNA陷阱（ETs）在动脉粥样硬化进展中的作用	首次展示了通过AAV8介导的PCSK9突变过表达和Cl-amidine及DNase I处理抑制ETs，从而减轻动脉粥样硬化斑块形成	NA	研究CD68 VSMCs与ETs形成之间的相互作用及其在动脉粥样硬化中的功能	CD68 VSMCs和ETs	NA	心血管疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA	使用了Myh11Pad4雄性小鼠模型
19666	2024-08-08	Expression of hub genes of endothelial cells in glioblastoma-A prognostic model for GBM patients integrating single-cell RNA sequencing and bulk RNA sequencing 2022-Dec-06, BMC cancer IF:3.4Q2 DOI:10.1186/s12885-022-10305-z PMID:36474171	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序（scRNA-seq）发现内皮细胞（ECs）的标记基因，并结合传统的高通量RNA测序（bulk RNA-seq）构建胶质母细胞瘤（GBM）患者的预后模型	本研究首次结合单细胞RNA测序和传统RNA测序数据，构建了一个基于四个关键基因表达水平的GBM预后模型	NA	旨在发现内皮细胞的标记基因并构建胶质母细胞瘤患者的预后模型	内皮细胞的标记基因及胶质母细胞瘤患者的预后	数字病理学	脑癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq），高通量RNA测序（bulk RNA-seq）	非负矩阵分解（NMF）算法	RNA序列数据	10个scRNA-seq和bulk RNA-seq数据样本
19667	2024-08-08	Reconstruction of the gastric cancer microenvironment after neoadjuvant chemotherapy by longitudinal single-cell sequencing 2022-12-06, Journal of translational medicine IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s12967-022-03792-y PMID:36474268	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，分析了胃癌患者在接受新辅助化疗前后肿瘤微环境的变化	首次在分子水平上研究了胃癌新辅助化疗后肿瘤微环境的响应，揭示了治疗前后细胞类型和转录程序的变化	研究样本量相对较小，可能影响结果的普遍性	深入理解胃癌新辅助化疗的机制，并推动潜在优化治疗程序和新药的开发	胃癌患者的肿瘤微环境	数字病理学	胃癌	单细胞RNA测序	非负矩阵分解	转录组数据	11名胃癌患者的14个样本，包括4个治疗前样本、4个治疗后样本和3对治疗前后配对样本
19668	2024-08-08	Developmental trajectories of thalamic progenitors revealed by single-cell transcriptome profiling and Shh perturbation 2022-12-06, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2022.111768 PMID:36476860	研究论文	本研究通过单细胞转录组测序和Shh扰动，揭示了丘脑前体细胞、中间前体细胞和有丝分裂后神经元的发展轨迹及其在形成特定丘脑核中的作用	首次应用纵向单细胞RNA测序和区域性Shh取消来绘制丘脑前体细胞的发展轨迹，揭示了丘脑复杂结构的早期胚胎脑发育机制	NA	揭示丘脑发育的关键原则，并提供由丘脑功能障碍引起的神经发育障碍的机制性见解	丘脑前体细胞、中间前体细胞和有丝分裂后神经元的发展轨迹及其在形成特定丘脑核中的作用	NA	婴儿帕金森病	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	NA
19669	2024-08-08	Dental niche cells directly contribute to tooth reconstitution and morphogenesis 2022-12-06, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2022.111737 PMID:36476878	研究论文	本文通过双荧光模型追踪和分析从胚胎到新生阶段的牙细胞，揭示了牙胚发育中的关键细胞动态和牙器官发生的新机制	首次发现牙微环境细胞能直接再生牙乳头细胞，并通过与牙上皮相互作用促进牙齿重建	NA	探究牙器官发生的细胞基础和机制	牙细胞及其在牙齿发育中的作用	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	细胞	NA
19670	2024-08-08	Secuer: Ultrafast, scalable and accurate clustering of single-cell RNA-seq data 2022-12, PLoS computational biology IF:3.8Q1 DOI:10.1371/journal.pcbi.1010753 PMID:36469543	研究论文	介绍了一种名为Secuer的超快速、可扩展且准确的单细胞RNA测序数据聚类算法	Secuer通过采用基于锚点的二分图表示算法，显著减少了运行时间和内存使用，同时在小型和中等基准数据集上实现了与竞争方法相当或更好的准确性	NA	开发一种更高效的单细胞RNA测序数据聚类方法	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	二分图聚类算法	基因表达数据	超过100万个细胞的数据集
19671	2024-08-08	K27M in canonical and noncanonical H3 variants occurs in distinct oligodendroglial cell lineages in brain midline gliomas 2022-12, Nature genetics IF:31.7Q1 DOI:10.1038/s41588-022-01205-w PMID:36471070	研究论文	本文通过综合分析116个肿瘤样本，包括单细胞转录组和染色质可及性、3D染色质结构和表观基因组特征，揭示了K27M突变型胶质瘤在发育基因上的染色质配置与解剖学上不同的少突胶质细胞前体细胞（OPCs）一致	本文首次展示了K27M突变型胶质瘤在不同H3变体中的细胞起源差异，并揭示了这些差异与肿瘤发生中的特定脆弱性相关	本文未详细讨论K27M突变对其他类型细胞的影响，以及这些突变在不同环境下的具体作用机制	研究K27M突变在不同H3变体中的细胞起源差异及其对胶质瘤发展的影响	K27M突变型胶质瘤及其在不同H3变体中的细胞起源	数字病理学	脑瘤	单细胞转录组、染色质可及性分析、3D染色质结构分析	NA	基因组数据	116个肿瘤样本
19672	2024-08-08	A two-stage digestion of whole murine knee joints for single-cell RNA sequencing 2022-Dec, Osteoarthritis and cartilage open DOI:10.1016/j.ocarto.2022.100321 PMID:36474787	研究论文	本文介绍了一种两阶段消化协议，用于从整个小鼠膝关节中提取细胞进行单细胞RNA测序	开发了一种快速的两阶段消化协议，以克服在准备适用于单细胞RNA测序的细胞悬液时遇到的技术挑战	NA	研究关节病理学中整个膝关节细胞的单细胞RNA测序应用	小鼠膝关节中的细胞	数字病理学	骨关节炎	单细胞RNA测序	NA	细胞	多个小鼠的膝关节
19673	2024-08-08	[Research Progress of Single-cell Transcriptome Sequencing Technology in Physiological Hematopoiesis--Review] 2022-Dec, Zhongguo shi yan xue ye xue za zhi DOI:10.19746/j.cnki.issn.1009-2137.2022.06.045 PMID:36476925	综述	本文综述了近年来大规模单细胞转录组测序技术在生理性造血领域的研究进展	单细胞转录组测序技术为研究者提供了一个独特的视角，使得绘制生物体造血发育的最详细细胞命运转变图成为可能	由于技术限制，难以追踪造血器官中单细胞的造血活动	探讨单细胞转录组测序技术在生理性造血领域的应用	生理性造血过程中的细胞分化路径	数字病理学	血液肿瘤	单细胞转录组测序	NA	转录组	大规模单细胞
19674	2024-08-08	Evaluation of pulmonary single-cell identity specificity in scRNA-seq analysis 2022-12, Clinical and translational medicine IF:7.9Q1 DOI:10.1002/ctm2.1132 PMID:36495131	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
19675	2024-08-08	ACAP1 Deficiency Predicts Inferior Immunotherapy Response in Solid Tumors 2022-Dec-01, Cancers IF:4.5Q1 DOI:10.3390/cancers14235951 PMID:36497434	研究论文	本研究探讨了ACAP1在淋巴细胞中的表达及其对免疫治疗反应的影响	首次全面分析了ACAP1在肿瘤浸润淋巴细胞中的表达及其对免疫治疗反应的影响	NA	研究ACAP1在淋巴细胞中的功能及其对免疫治疗反应的预测作用	ACAP1在淋巴细胞中的表达及其对免疫治疗反应的影响	数字病理学	肿瘤	RNA测序, 单细胞测序, 免疫治疗队列, 基因集富集分析(GSEA)	NA	基因组数据	多个批量RNA测序数据集, 单细胞测序数据集, 免疫治疗队列
19676	2024-08-08	Single-cell RNA-sequencing combined with bulk RNA-sequencing analysis of peripheral blood reveals the characteristics and key immune cell genes of ulcerative colitis 2022-Nov-26, World journal of clinical cases IF:1.0Q3 DOI:10.12998/wjcc.v10.i33.12116 PMID:36483809	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序（scRNA-seq）结合批量RNA测序（RNA-seq）分析溃疡性结肠炎（UC）患者的外周血细胞亚型，揭示UC的核心基因及其与免疫细胞的关系	利用scRNA-seq技术精确获取肠道数千个细胞的基因表达模式，结合WGCNA和LASSO分析，识别出与UC相关的核心基因RhoB、CTSD和ZYX	NA	旨在识别能够预测UC患者对特定治疗药物反应的临床表型和生物标志物，从而辅助UC的诊断和治疗	溃疡性结肠炎（UC）患者的外周血细胞亚型及其核心基因	数字病理学	消化系统疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq），批量RNA测序（RNA-seq）	加权基因共表达网络分析（WGCNA），最小绝对收缩和选择算子（LASSO）	基因表达数据	约24340个细胞，17种细胞类型
19677	2024-08-08	Caerin 1.1/1.9 Enhances Antitumour Immunity by Activating the IFN-α Response Signalling Pathway of Tumour Macrophages 2022-Nov-24, Cancers IF:4.5Q1 DOI:10.3390/cancers14235785 PMID:36497272	研究论文	本研究探讨了caerin 1.1/1.9肽通过激活肿瘤巨噬细胞的IFN-α反应信号通路增强抗肿瘤免疫的效果	本研究首次揭示了caerin 1.1/1.9肽通过诱导IL-12分泌的Ly6C+F4/80+巨噬细胞浸润肿瘤，增强IFN-α反应信号，从而清除肿瘤	研究主要基于小鼠移植瘤模型和早期宫颈癌患者的单细胞RNA测序数据，可能需要更多临床数据验证	探讨caerin 1.1/1.9肽在增强抗肿瘤免疫治疗中的作用	肿瘤相关巨噬细胞（TAMs）和小鼠移植瘤模型	免疫学	宫颈癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA	包括小鼠移植瘤模型和早期宫颈癌患者的TAMs
19678	2024-08-08	Single-Cell Sequencing Reveals the Regulatory Role of Maresin1 on Neutrophils during Septic Lung Injury 2022-Nov-23, Cells IF:5.1Q2 DOI:10.3390/cells11233733 PMID:36496993	研究论文	本研究利用单细胞测序技术揭示了Maresin1在脓毒性肺损伤中对中性粒细胞的调控作用	首次在单细胞水平上揭示了Maresin1对中性粒细胞的调控机制，特别是对Neutrophil-Cxcl3亚群的影响	研究仅限于特定的细胞类型和模型，未来需进一步验证在更广泛细胞类型和临床样本中的效果	探讨Maresin1在脓毒性肺损伤中对中性粒细胞的调控机制	中性粒细胞及其在脓毒性肺损伤中的作用	数字病理学	肺损伤	单细胞测序	NA	细胞数据	具体样本数量未在摘要中提及
19679	2024-08-08	Inhibition of the MAPK/c-Jun-EGR1 Pathway Decreases Photoreceptor Cell Death in the rd1 Mouse Model for Inherited Retinal Degeneration 2022-Nov-23, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms232314600 PMID:36498926	研究论文	本研究探讨了早期生长反应因子-1（EGR1）表达对rd1小鼠模型中视网膜色素变性（RP）光感受器细胞死亡的影响及其机制	揭示了通过抑制MAPK/c-Jun通路减少EGR1和PARP1表达，从而防止光感受器细胞死亡的新治疗途径	NA	研究EGR1在光感受器细胞死亡中的作用及机制	rd1小鼠模型中的光感受器细胞	数字病理学	视网膜疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、染色质免疫沉淀（ChIP）、双荧光素酶报告基因分析、蛋白质印迹（western blotting）、免疫荧光染色、TUNEL检测	NA	基因表达数据	rd1小鼠和同源野生型（WT）小鼠
19680	2024-08-08	Preventing Surgery-Induced NK Cell Dysfunction Using Anti-TGF-β Immunotherapeutics 2022-Nov-23, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms232314608 PMID:36498937	研究论文	研究使用抗TGF-β免疫疗法预防手术后NK细胞功能障碍	首次揭示了手术后TGF-β通过调节NK细胞的信号通路导致IFNγ产生减少，并提出使用抗TGF-β免疫疗法可以预防这种功能障碍	研究样本量较小，仅涉及六名结直肠癌患者	探讨手术后NK细胞功能障碍的机制及可能的治疗方法	手术后患者的NK细胞功能及TGF-β对其的影响	免疫学	结直肠癌	单细胞RNA测序	NA	单细胞RNA测序数据	六名结直肠癌患者的外周血单个核细胞