单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 27818 篇文献，本页显示第 19641 - 19660 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 19641 | 2024-08-05 |
Tissue RNA Integrity in Visium Spatial Protocol (Fresh Frozen Samples)
2023, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)
DOI:10.1007/978-1-0716-2756-3_8
PMID:36495450
|
研究论文 | 本文描述了在新鲜冷冻组织上应用Visium空间转录组协议的关键步骤 | 提出了在不需要专门仪器的情况下，如何有效处理新鲜冷冻组织以获得空间转录组数据 | 未提及样本量以及对结果的具体应用限制 | 阐明如何处理新鲜冷冻组织以保持组织形态学质量和mRNA转录本的完整性 | 新鲜冷冻组织样本 | 数字病理学 | NA | 空间转录组学 | NA | 转录组数据 | NA |
| 19642 | 2024-08-05 |
Practical Considerations for Complex Tissue Dissociation for Single-Cell Transcriptomics
2023, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)
DOI:10.1007/978-1-0716-2756-3_19
PMID:36495461
|
研究论文 | 本文探讨了复杂组织解离以进行单细胞转录组学的实践考虑 | 提供了关于组织处理工作流程的关键方面的详细讨论，强调了组织质量检查的重要性 | 讨论了组织冷冻保存的潜在限制 | 建立高效的组织处理方案以实现单细胞RNA测序 | 复杂组织的处理和解离 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA | NA |
| 19643 | 2024-08-05 |
A MATQ-seq-Based Protocol for Single-Cell RNA-seq in Bacteria
2023, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)
DOI:10.1007/978-1-0716-2756-3_4
PMID:36495446
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研究论文 | 本文描述了一种基于MATQ-seq的单细胞RNA-seq实验流程，用于细菌的研究 | 开发了一种针对细菌的单细胞RNA-seq协议，为研究表型异质性提供了新的方法 | 未提及具体的局限性 | 研究细菌在不同环境中表型异质性的转录组特征 | 主要研究了两种人类病原体：沙门氏菌和铜绿色假单胞菌 | 数码病理学 | NA | MATQ-seq | NA | 转录组数据 | 具体样本数量未提及 |
| 19644 | 2024-08-05 |
Plant Single-Cell/Nucleus RNA-seq Workflow
2023, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)
DOI:10.1007/978-1-0716-2756-3_6
PMID:36495448
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研究论文 | 本章提供了植物单细胞RNA测序工作流程的关键信息和实验设计的重要步骤 | 介绍了植物单细胞转录组技术在不同物种和器官的应用，以及其对植物细胞生物功能的解码潜力 | 缺乏针对特定植物细胞和环境应激响应的具体案例研究 | 探索植物单细胞转录组技术的应用及其对植物细胞功能的揭示 | 不同器官和不同物种的植物细胞 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | NA |
| 19645 | 2024-08-05 |
Full-Length Single-Cell RNA-Sequencing with FLASH-seq
2023, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)
DOI:10.1007/978-1-0716-2756-3_5
PMID:36495447
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研究论文 | 本文开发了一种新的全长单细胞RNA测序方法FLASH-seq，能够检测更多基因，并具有较低的操作时间和较强的定制潜力 | FLASH-seq显著提高了基因检测数量，优化了操作流程，并引入了分子识别技术以减少伪影 | FLASH-seq的某些变体仍然不使用独特的分子标识符，这可能限制某些分析的精确度 | 研究开发高效且灵敏的全长单细胞RNA测序技术 | 研究对象为全长单细胞RNA的测序过程及其变体 | 数字病理学 | NA | RNA测序 | NA | NA | NA |
| 19646 | 2024-08-05 |
Using "Galaxy-rCASC": A Public Galaxy Instance for Single-Cell RNA-Seq Data Analysis
2023, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)
DOI:10.1007/978-1-0716-2756-3_16
PMID:36495458
|
研究论文 | rCASC是一个模块化的工作流，为单细胞RNA-seq数据分析提供集成环境 | 将rCASC集成到Galaxy平台，使其可以通过图形用户界面使用，并重构功能以实现与R包的独立性 | 无法在远程服务器上使用Java前端，限制了其应用场景 | 为单细胞RNA-seq数据分析提供一个功能齐全的工具 | rCASC工具及其在Galaxy平台上的实现 | 数字病理学 | NA | RNA-seq | NA | NA | NA |
| 19647 | 2024-08-05 |
BD Rhapsody™ Single-Cell Analysis System Workflow: From Sample to Multimodal Single-Cell Sequencing Data
2023, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)
DOI:10.1007/978-1-0716-2756-3_2
PMID:36495444
|
研究论文 | 介绍了BD Rhapsody™单细胞分析系统的工作流程与数据处理 | 展示了使用BD Rhapsody™系统捕获多模态单细胞信息的创新方法 | 未提及相关的局限性 | 旨在提高对复杂生物系统的理解，特别是在单细胞测序方面 | 单细胞及其多模态信息 | 数字病理学 | 肿瘤学 | 下一代测序 (NGS) | NA | 单细胞测序数据 | 涉及数千个单细胞的样本 |
| 19648 | 2024-08-08 |
Functional-Feature-Based Data Reduction Using Sparsely Connected Autoencoders
2023, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)
DOI:10.1007/978-1-0716-2756-3_11
PMID:36495453
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研究论文 | 本文介绍了一种基于功能特征的数据降维方法，使用稀疏连接的自编码器来改善细胞聚类与其基础细胞生物学之间的联系 | 提出了一种基于功能特征驱动的数据降维方法，以更好地连接细胞聚类与其基础细胞生物学 | NA | 改善单细胞RNA测序数据中细胞聚类与基础生物学之间的联系 | 单细胞RNA测序数据 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | 自编码器 | 文本 | NA |
| 19649 | 2024-08-08 |
Single-Cell RNAseq Clustering
2023, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)
DOI:10.1007/978-1-0716-2756-3_12
PMID:36495454
|
研究论文 | 本文介绍了如何使用多种聚类工具对单细胞RNA测序转录组数据进行聚类分析 | NA | 本文提到了聚类过程中存在的一些限制 | 探讨单细胞RNA测序数据中细胞亚群组织的识别 | 单细胞RNA测序转录组数据 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | 聚类工具 | 转录组数据 | 大量单个细胞 |
| 19650 | 2024-08-08 |
A Guide to Trajectory Inference and RNA Velocity
2023, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)
DOI:10.1007/978-1-0716-2756-3_14
PMID:36495456
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研究论文 | 本文讨论了轨迹推断和RNA速度的概念和理论方面，并展示了如何将这两种方法结合使用，以及在真实数据上的应用案例 | 本文结合了轨迹推断和RNA速度方法，利用未剪接和剪接的mRNA丰度来推断单个细胞的RNA速度 | NA | 探讨从单细胞RNA测序数据中研究细胞动态过程的方法 | 单细胞RNA测序数据中的细胞动态过程，如细胞分化、细胞周期和细胞（去）激活 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 基因表达数据 | NA |
| 19651 | 2024-08-08 |
Integration of scATAC-Seq with scRNA-Seq Data
2023, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)
DOI:10.1007/978-1-0716-2756-3_15
PMID:36495457
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研究论文 | 本文探讨了单细胞RNA测序（scRNA-Seq）与单细胞转座酶可及染色质测序（scATAC-Seq）数据的整合分析方法 | 本文首次聚焦于scRNA-Seq与scATAC-Seq数据的结合，以进行人类胎儿前体细胞的单细胞转录组和染色质可及性的综合分析 | NA | 研究目的是整合多组学数据，以更好地理解细胞异质性和复杂细胞群体的发现 | 研究对象是人类胎儿前体细胞的单细胞转录组和染色质可及性 | 生物信息学 | NA | scRNA-Seq, scATAC-Seq | NA | 转录组数据, 染色质可及性数据 | NA |
| 19652 | 2024-08-08 |
Bringing Cell Subpopulation Discovery on a Cloud-HPC Using rCASC and StreamFlow
2023, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)
DOI:10.1007/978-1-0716-2756-3_17
PMID:36495459
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研究论文 | 本文介绍了如何利用rCASC和StreamFlow框架在云-HPC基础设施上高效执行细胞亚群发现算法 | 本文引入了新的单细胞RNA测序（scRNA-seq）流程，结合大规模高通量测序，能够在前所未有的分辨率下评估细胞群体和生物系统的基本生物学特性 | NA | 探讨如何在云-HPC基础设施上高效执行细胞亚群发现算法 | 单细胞RNA测序数据和细胞亚群发现算法 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 测序数据 | 每次运行可分析数千个细胞 |
| 19653 | 2024-08-08 |
Versatile, facile and low-cost single-cell isolation, culture and sequencing by optical tweezer-assisted pool-screening
2022-12-20, Lab on a chip
IF:6.1Q2
DOI:10.1039/d2lc00888b
PMID:36477690
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研究论文 | 本文介绍了一种基于光学镊子辅助的池筛选和单细胞分离（OPSI）系统，用于精确、索引式地分离单个细菌、酵母或人癌细胞 | 该系统通过微流控芯片实现可控的静态流场，利用明场、荧光或拉曼成像精确筛选1至40微米大小的细胞，并通过1064 nm光学镊子捕获目标细胞，实现高纯度和高速度的单细胞分离 | NA | 开发一种通用的单细胞分离、培养和测序方法，适用于不同大小的细胞 | 细菌、酵母和人癌细胞 | 数字病理学 | 癌症 | RNA-seq | NA | 图像 | 1至40微米大小的细胞 |
| 19654 | 2024-08-08 |
Mitochondrial dysfunction induces ALK5-SMAD2-mediated hypovascularization and arteriovenous malformations in mouse retinas
2022-12-10, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-022-35262-w
PMID:36496409
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研究论文 | 本文研究了线粒体功能障碍如何通过ALK5-SMAD2信号通路诱导小鼠视网膜血管发育迟缓和动静脉畸形 | 揭示了线粒体功能障碍通过ALK5-SMAD2信号通路诱导视网膜血管畸形的新机制 | NA | 探究线粒体功能障碍对视网膜血管发育的影响及其分子机制 | 小鼠视网膜血管发育 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 三种突变小鼠的视网膜内皮细胞 |
| 19655 | 2024-08-08 |
The establishment of COPD organoids to study host-pathogen interaction reveals enhanced viral fitness of SARS-CoV-2 in bronchi
2022-Dec-10, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-022-35253-x
PMID:36496442
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研究论文 | 本文描述了从健康个体和慢性阻塞性肺疾病（COPD）患者中建立鼻咽和支气管类器官的方法，并研究了宿主-病原体相互作用 | 首次建立了COPD类器官模型，用于研究宿主-病原体相互作用和新兴传染病 | NA | 研究COPD患者中宿主-病原体相互作用，特别是SARS-CoV-2在支气管中的复制能力 | COPD患者的鼻咽和支气管类器官 | 数字病理学 | 慢性阻塞性肺疾病 | 单细胞转录组学 | 类器官 | 细胞 | 健康个体和COPD患者的鼻咽和支气管类器官 |
| 19656 | 2024-08-08 |
Rapid induction and long-term self-renewal of neural crest-derived ectodermal chondrogenic cells from hPSCs
2022-Dec-08, NPJ Regenerative medicine
IF:6.4Q1
DOI:10.1038/s41536-022-00265-0
PMID:36477591
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研究论文 | 本研究报道了从人多能干细胞（hPSCs）通过神经嵴（NC）诱导产生外胚层软骨细胞（ECCs）的双相过程，这些细胞能够长期自我更新并表达颅神经嵴来源的下颌髁软骨标志物 | 首次展示了ECCs能够长期自我更新，并在移植后形成类似下颌髁软骨的结构，为颅软骨损伤的细胞治疗提供了新的可能性 | NA | 开发一种新的细胞治疗方法，用于治疗颅软骨损伤 | 人多能干细胞（hPSCs）诱导产生的神经嵴来源的外胚层软骨细胞（ECCs） | 干细胞研究 | 软骨损伤 | NA | NA | 细胞 | NA |
| 19657 | 2024-08-08 |
Dysregulated thrombospondin 1 and miRNA-29a-3p in severe COVID-19
2022-12-08, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-022-23533-x
PMID:36481664
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研究论文 | 研究通过分析外周血单个核细胞（PBMCs）的mRNA和micro-RNA表达谱，探讨了严重COVID-19患者中失调的基因表达情况 | 首次揭示了血栓调节蛋白1（THBS1）和miRNA-29a-3p在严重COVID-19中的失调表达，并预测了它们与IL17RA mRNA 3'-非翻译区的结合 | 研究样本量较小，且仅基于RNA测序数据进行分析，缺乏功能验证实验 | 旨在阐明严重COVID-19患者中基因表达的失调机制 | 严重COVID-19患者的PBMCs | NA | COVID-19 | RNA-Seq, 单细胞RNA-Seq, micro-RNA测序 | NA | mRNA, micro-RNA | 5名COVID-19患者（2名严重，3名轻度）和3名健康对照 |
| 19658 | 2024-08-08 |
A tensor decomposition-based integrated analysis applicable to multiple gene expression profiles without sample matching
2022-12-08, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-022-25524-4
PMID:36481877
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研究论文 | 本文提出了一种基于张量分解的无监督特征提取策略，用于整合多个独立研究中的基因表达谱，无需样本匹配或标签 | 该方法能够在没有样本匹配和共同标签的情况下，整合多个基因表达谱，并应用于阿尔茨海默病相关的单细胞RNA测序数据 | NA | 开发一种新的方法来整合多个基因表达谱，以进行无监督的集成分析 | 多个独立研究中的基因表达谱，特别是阿尔茨海默病相关的单细胞RNA测序数据 | 机器学习 | 阿尔茨海默病 | 张量分解 | 无监督特征提取 | 基因表达谱 | 多个独立研究中的样本，具体数量未提及 |
| 19659 | 2024-08-08 |
Transcriptomic changes underlying EGFR inhibitor resistance in human and mouse models of basal-like breast cancer
2022-12-08, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-022-25541-3
PMID:36482068
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研究论文 | 本研究旨在识别表皮生长因子受体抑制剂（EGFRi）耐药性发展过程中基底样乳腺癌细胞的转录组变化，并识别在EGFRi耐药性发生后具有细胞毒性的药物。 | 研究发现了在EGFRi耐药性基底样乳腺癌中上调的五个基因（IL19, KLK7, LCN2, SAA1, SAA2），其中LCN2的敲除恢复了EGFRi敏感性。 | 研究未探讨这些基因签名在预测患者对EGFRi反应的实际应用，也未深入研究LCN2如何导致EGFRi耐药性的机制。 | 识别基底样乳腺癌细胞在EGFRi耐药性发展中的转录组变化及具有细胞毒性的药物。 | 基底样乳腺癌细胞及其对EGFRi的耐药性。 | 数字病理学 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序，批量RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 使用了来自基底样PDX WHIM2的乳腺肿瘤样本，并在免疫缺陷小鼠中进行了长期erlotinib治疗。 |
| 19660 | 2024-08-08 |
The anterior gradient homologue 2 (AGR2) co-localises with the glucose-regulated protein 78 (GRP78) in cancer stem cells, and is critical for the survival and drug resistance of recurrent glioblastoma: in situ and in vitro analyses
2022-Dec-08, Cancer cell international
IF:5.3Q1
DOI:10.1186/s12935-022-02814-5
PMID:36482387
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研究论文 | 本文研究了前梯度同源物2（AGR2）和葡萄糖调节蛋白78（GRP78）在癌症干细胞中的共定位及其对复发性胶质母细胞瘤生存和药物抗性的影响。 | 首次探讨了AGR2在药物抗性复发性胶质母细胞瘤细胞中的作用及其通过多种途径诱导细胞凋亡的机制。 | NA | 研究AGR2在药物抗性复发性胶质母细胞瘤细胞中的作用。 | AGR2和GRP78在癌症干细胞中的表达及其对胶质母细胞瘤细胞生存和药物抗性的影响。 | 数字病理学 | 脑肿瘤 | 免疫荧光、全外显子测序 | NA | 细胞 | Jed66_GB和Jed41_GB复发性胶质母细胞瘤组织和细胞系 |