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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1941 | 2025-11-25 |
Dynamic transcriptional immune landscape in response to NK-cell therapy combined with gemcitabine plus S-1 in advanced pancreatic cancer: a phase 1b/2 trial
2025-Nov-21, Signal transduction and targeted therapy
IF:40.8Q1
DOI:10.1038/s41392-025-02488-1
PMID:41266303
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研究论文 | 评估异体NK细胞疗法联合吉西他滨和S-1治疗晚期胰腺癌的安全性、有效性及动态免疫应答特征 | 首次在人体试验中通过纵向单细胞RNA测序揭示NK细胞疗法联合化疗的动态免疫景观变化 | 样本量较小(24例患者),需进一步临床验证 | 探索NK细胞联合化疗治疗晚期胰腺癌的免疫机制和临床效果 | 晚期胰腺癌患者 | 免疫治疗 | 胰腺癌 | 单细胞RNA测序, T细胞受体Vβ组库测序 | NA | 单细胞转录组数据, 免疫组库数据 | 24例患者,19对配对血液样本 | NA | 单细胞RNA-seq, 批量TCR测序 | NA | NA |
| 1942 | 2025-11-25 |
Tripotent Lgr5 stem cells in the posterior tongue generate lingual, taste, and salivary gland lineages
2025-Nov-21, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-025-65140-0
PMID:41271704
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序揭示了小鼠舌后部轮廓乳头和叶状乳头中Lgr5阳性干细胞具有生成味蕾、唾液腺和非味觉舌表面上皮的三向分化潜能 | 首次发现舌后部Lgr5阳性干细胞具有三向分化能力,能够共同生成味觉感受单元中的味蕾和唾液腺细胞 | 研究主要基于小鼠模型,在人类中的适用性需要进一步验证 | 探索舌后部味蕾与唾液腺的发育关系及干细胞起源 | 小鼠舌后部轮廓乳头和叶状乳头组织 | 发育生物学 | NA | 单细胞RNA测序,谱系追踪 | NA | 单细胞转录组数据 | 小鼠舌后部组织样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1943 | 2025-11-25 |
Integrated analysis reveals survival-related genes promoting cholangiocarcinoma progression via G2/M cell cycle, with validation of cyclin B1 in tumor proliferation
2025-Nov-21, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-025-25299-4
PMID:41272097
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研究论文 | 通过整合分析发现促进胆管癌进展的生存相关基因及其在G2/M细胞周期中的作用,并验证了cyclin B1在肿瘤增殖中的功能 | 首次定义了促进胆管癌进展的G2/M期基因模块并绘制了其单细胞动态图谱,揭示了CCNB1作为治疗靶点 | 研究主要基于生物信息学分析,实验验证仅限于细胞系模型 | 识别驱动胆管癌进展的生存相关基因并解析其调控网络 | 胆管癌患者样本和HuCCT1/RBE细胞系 | 生物信息学 | 胆管癌 | RNA-seq, 单细胞RNA-seq, siRNA敲低 | limma, WGCNA, PPI分析 | 转录组数据, 单细胞数据 | TCGA-CHOL和GEO队列的批量转录组数据,GSE138709单细胞数据集 | NA | 单细胞RNA-seq, 批量RNA-seq | NA | NA |
| 1944 | 2025-11-25 |
Towards the Generation of a Laser Capture Microdissection-Based Human Hair Follicle Transcriptome Atlas
2025-Nov-21, The Journal of investigative dermatology
IF:5.7Q1
DOI:10.1016/j.jid.2025.11.006
PMID:41275906
|
研究论文 | 本研究利用激光捕获显微切割结合RNA测序技术,构建了人类生长期毛囊八个不同区域的转录组图谱 | 首次系统性地揭示了人类生长期毛囊各区域的转录组特征,发现了新的区域特异性标志物,并构建了目前尚不可用的毛囊转录组图谱 | 研究仅针对生长期VI毛囊,未涵盖其他毛囊周期阶段 | 构建人类毛囊不同区域的转录组图谱,为毛囊疾病治疗提供基础 | 人类生长期VI毛囊的八个特定区域 | 转录组学 | 毛囊疾病 | 激光捕获显微切割, RNA测序, 原位杂交 | PCA, CellChat分析 | 转录组数据 | 人类毛囊八个区域的组织样本 | NA | RNA测序 | NA | NA |
| 1945 | 2025-11-25 |
Epigenetic conservation infers that colorectal cancer progenitors retain the phenotypic plasticity of normal colon
2025-Nov-20, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-025-24703-3
PMID:41266495
|
研究论文 | 本研究通过空间转录组学和DNA甲基化分析探讨结直肠癌前体细胞是否保留正常结肠的表型可塑性 | 提出定量可塑性信号框架,将表观遗传变异性与基因表达变异性相关联 | 仅分析两个结直肠癌样本,样本量有限 | 研究结直肠癌进展过程中是否保留正常结肠的表型可塑性 | 结直肠癌组织和正常结肠组织 | 空间转录组学 | 结直肠癌 | 空间转录组学, DNA甲基化分析, 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据, 表观遗传数据 | 2个结直肠癌样本和多个外部单细胞RNA-Seq数据集 | NA | 空间转录组学, 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1946 | 2025-11-25 |
Machine learning-enhanced discovery of a basement membrane-related gene signature in glioblastoma via single-cell and Spatial transcriptomics
2025-Nov-20, Journal of translational medicine
IF:6.1Q1
DOI:10.1186/s12967-025-06918-0
PMID:41267067
|
研究论文 | 通过单细胞和空间转录组学结合机器学习方法,构建了胶质母细胞瘤中基底膜相关基因特征的风险模型 | 首次通过机器学习组合方法构建基底膜相关基因特征风险模型,并利用单细胞和空间转录组学验证其在胶质母细胞瘤中的表达特征 | 研究样本数量有限,仅包含四个队列的胶质母细胞瘤患者数据 | 探索胶质母细胞瘤与基底膜之间的分子关联,建立预后预测模型 | 胶质母细胞瘤患者样本 | 机器学习 | 胶质母细胞瘤 | 单细胞RNA测序,空间转录组学 | 二元分类机器学习 | 基因表达数据 | 四个患者队列,包含来自17名患者的42个独立验证样本 | NA | 单细胞RNA测序,空间转录组学 | NA | NA |
| 1947 | 2025-11-25 |
Immune cell-specific gene expression and its causal role in osteoporosis and bone mineral density: Insights from single-cell eQTL and GWAS data integration
2025-Nov-14, Medicine
IF:1.3Q2
DOI:10.1097/MD.0000000000045869
PMID:41239652
|
研究论文 | 通过整合单细胞eQTL和GWAS数据,系统研究免疫细胞特异性基因表达与骨质疏松症风险的因果关系 | 首次在免疫细胞亚型水平上探索基因表达与骨质疏松症的因果关联,识别出7个关键基因 | 研究结果需要进一步实验验证,样本量可能限制统计功效 | 探究免疫细胞特异性基因表达在骨质疏松症发病机制中的因果作用 | 骨质疏松症患者和骨矿物质密度相关数据 | 生物信息学 | 骨质疏松症 | 单细胞RNA测序, 全基因组关联分析, 孟德尔随机化 | 孟德尔随机化模型, Steiger方向性检验, 共定位分析 | 基因组数据, 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1948 | 2025-11-25 |
Disease duration impacts intestinal gene expression profiles in Crohn's disease but not in ulcerative colitis
2025-Nov-08, Journal of Crohn's & colitis
DOI:10.1093/ecco-jcc/jjaf179
PMID:41063393
|
研究论文 | 本研究探讨疾病持续时间对克罗恩病和溃疡性结肠炎患者肠道基因表达谱的影响差异 | 首次系统比较疾病持续时间对两种主要炎症性肠病肠道转录组的不同影响,并识别出与疾病持续时间相关的共享基因特征和通路 | 研究主要基于观察性数据,需要进一步实验验证机制 | 理解克罗恩病和溃疡性结肠炎中疾病持续时间相关的肠道转录组变化 | 克罗恩病和溃疡性结肠炎患者的肠道组织 | 生物信息学 | 炎症性肠病 | RNA测序,单细胞RNA测序,差异表达分析,通路分析 | NA | 基因表达数据 | MSCCR队列:498例CD患者和421例UC患者;SPARC IBD队列:777例CD患者和440例UC患者;单细胞RNA测序:18例CD患者 | NA | RNA测序,单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1949 | 2025-11-25 |
Lateral plate mesoderm directs human amnion and ventral skin organoid formation
2025-Nov-06, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.11.05.685987
PMID:41278640
|
研究论文 | 本研究通过调控细胞组成和信号环境,成功构建了模拟腹侧皮肤和人类羊膜组织的类器官模型 | 首次利用侧板中胚层祖细胞生成腹侧皮肤类器官,并通过信号调控将其重编程为羊膜样组织 | NA | 研究人类胚胎-胚外界面发育过程,为先天性皮肤和羊膜疾病提供新见解 | 人类皮肤类器官和羊膜样组织 | 发育生物学 | 先天性皮肤疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1950 | 2025-11-25 |
A Reference Atlas of the Human Dorsal Root Ganglion
2025-Nov-06, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.11.05.686654
PMID:41279342
|
研究论文 | 构建了人类背根神经节的参考细胞图谱,揭示了22种神经元亚型和10种非神经元细胞 | 首次系统构建人类背根神经节单细胞转录组图谱,发现新的神经元亚型并进行跨物种功能比较 | NA | 解析人类背根神经节的细胞和分子组成特征 | 人类背根神经节细胞 | 单细胞生物学 | 慢性疼痛 | 单细胞转录组测序,空间转录组学,显微神经成像 | NA | 单细胞转录组数据,空间转录组数据 | 126名捐赠者的颈段、胸段和腰段背根神经节样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1951 | 2025-11-25 |
CD73 inhibitor AB680 suppresses glioblastoma in mice by inhibiting purine metabolism and promoting P2RY12+ microglia transformation
2025-Nov, Acta pharmacologica Sinica
IF:6.9Q1
DOI:10.1038/s41401-025-01585-9
PMID:40500344
|
研究论文 | 本研究探讨CD73抑制剂AB680通过抑制嘌呤代谢和促进P2RY12+小胶质细胞转化来抑制小鼠胶质母细胞瘤的机制 | 首次揭示AB680通过改变GBM微环境中嘌呤代谢促进P2RY12+小胶质细胞向M1样抗肿瘤表型转化的新机制 | 研究主要基于小鼠模型,人类临床疗效仍需进一步验证 | 研究AB680在胶质母细胞瘤中的抗肿瘤作用及其分子机制 | 胶质母细胞瘤小鼠模型和人类GBM样本 | 肿瘤免疫学 | 胶质母细胞瘤 | 代谢组学分析,单细胞RNA测序,核RNA测序 | NA | 代谢组数据,基因表达数据 | G422-GBM荷瘤小鼠模型和人类GBM样本 | NA | 单细胞RNA测序,核RNA测序 | NA | NA |
| 1952 | 2025-11-25 |
New advances on the interaction between internal and external factors in the tumor microenvironment of solid tumors
2025-Nov, Expert review of clinical immunology
IF:3.9Q2
DOI:10.1080/1744666X.2025.2585349
PMID:41177968
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综述 | 本文综述了实体瘤肿瘤微环境中内外因素相互作用的最新研究进展 | 整合单细胞测序和空间组学技术揭示肿瘤微环境中细胞间相互作用的复杂细节 | NA | 寻求突破实体瘤免疫治疗瓶颈的联合免疫治疗方案 | 实体瘤肿瘤微环境 | 空间转录组学 | 实体瘤 | 单细胞测序, 空间组学技术 | NA | NA | NA | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | NA |
| 1953 | 2025-11-25 |
Cell2Spatial is a computational framework that maps single cells to spatial transcriptomic spots to reconstruct tissue architecture
2025-Nov, PLoS biology
IF:7.8Q1
DOI:10.1371/journal.pbio.3003477
PMID:41248160
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研究论文 | 开发了一种计算框架Cell2Spatial,可将单细胞数据映射到空间转录组spots以重建组织架构 | 开发了首个能够在不完全匹配的单细胞和空间转录组数据集上实现单细胞分辨率空间映射的计算框架 | NA | 解决单细胞测序缺乏空间信息和空间转录组分辨率有限的挑战 | 小鼠大脑、人类胸腺、小鼠肾脏和人类背外侧前额叶皮层组织 | 计算生物学 | NA | 信息论基因选择、空间加权似然建模、空间热点检测、神经网络引导聚类 | 神经网络、成本最小化分配算法 | 单细胞RNA测序数据、空间转录组数据 | 多个组织类型(包括4种不同组织) | 10x Genomics | 空间转录组学,单细胞RNA测序 | 10x Visium, Xenium In Situ, Visium HD, Slide-seqV2 | 10x Visium空间转录组平台 |
| 1954 | 2025-11-25 |
White and brown adipose tissue share a convergent fibro-adipogenic progenitor population
2025-Nov, EMBO reports
IF:6.5Q1
DOI:10.1038/s44319-025-00591-6
PMID:41062857
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序发现白色和棕色脂肪组织共享一种趋同的纤维-脂肪生成祖细胞群 | 首次在棕色脂肪组织中鉴定出纤维-脂肪生成祖细胞样细胞,扩展了该组织中已知祖细胞群的范围 | 体外培养条件可能影响祖细胞特性,研究结果需在体内进一步验证 | 研究体外培养条件对白色和棕色脂肪祖细胞特性的影响 | 培养的原代白色和棕色前脂肪细胞 | 单细胞生物学 | 代谢疾病 | 单细胞RNA测序 | 轨迹分析、调控网络分析 | 单细胞转录组数据 | 未明确说明样本数量 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1955 | 2025-11-25 |
LogicSR: prior-guided symbolic regression for gene regulatory network inference from single-cell transcriptomics data
2025-Nov-01, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbaf621
PMID:41269283
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研究论文 | 提出一种结合布尔逻辑模型和符号回归的计算框架LogicSR,用于从单细胞转录组数据中推断基因调控网络 | 将布尔逻辑模型的机制可解释性与符号回归的方程发现能力相结合,并整合先验知识到多目标蒙特卡洛树搜索框架中 | NA | 从单细胞基因表达数据中重建基因调控网络 | 基因调控网络、转录因子-靶基因调控关系 | 生物信息学 | NA | 单细胞转录组测序 | 符号回归、蒙特卡洛树搜索(MCTS)、布尔逻辑模型 | 单细胞基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1956 | 2025-11-25 |
Single-Cell Transcriptomics Uncovers Cellular Heterogeneity, Mechanisms, and Therapeutic Targets for Ferroptosis-Related Genes in Parkinson's Disease
2025-Nov, The European journal of neuroscience
DOI:10.1111/ejn.70339
PMID:41276944
|
研究论文 | 本研究通过单细胞转录组学分析揭示了帕金森病中铁死亡相关基因的细胞异质性、作用机制和治疗靶点 | 首次在单细胞水平系统分析帕金森病中铁死亡相关基因的细胞特异性表达模式,并鉴定出内皮细胞为关键细胞类型 | 基于公共数据库的回顾性分析,缺乏实验验证 | 探索铁死亡相关基因在帕金森病中的调控机制和潜在治疗靶点 | 帕金森病患者和健康对照的单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | 帕金森病 | 单细胞RNA测序,基因集富集分析 | NA | 基因表达数据 | 来自GEO数据库的帕金森病相关数据集 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1957 | 2025-11-25 |
Multi-Omics and Molecular Dynamics Analysis for Biomarker Discovery in Chronic Rhinosinusitis With Nasal Polyps
2025-Nov, Chemical biology & drug design
IF:3.2Q3
DOI:10.1111/cbdd.70202
PMID:41277316
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研究论文 | 本研究通过多组学分析和分子动力学模拟探索慢性鼻窦炎伴鼻息肉中的生物标志物 | 首次结合多组学数据、分子对接和动力学模拟鉴定PRKCZ基因作为CRSwNP的潜在治疗靶点 | 研究主要基于数据库分析和体外实验,需要进一步临床验证 | 发现慢性鼻窦炎伴鼻息肉的生物标志物和治疗靶点 | 慢性鼻窦炎伴鼻息肉患者相关基因和信号通路 | 生物信息学 | 慢性鼻窦炎伴鼻息肉 | 多组学分析,分子对接,分子动力学模拟,单细胞测序,qRT-PCR,Western blot,免疫组化,荧光检测 | NA | 基因表达数据,蛋白质结构数据 | 来自GEO数据库的差异表达基因数据集 | NA | 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq | NA | NA |
| 1958 | 2025-11-25 |
Macrophage EHD1 promotes inflammation and stabilizes sortilin to accelerate atherosclerosis
2025-Oct-28, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.10.27.684958
PMID:41279772
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研究论文 | 本研究揭示了巨噬细胞内吞调节因子EHD1通过促进TNFR2-NF-κB信号通路和稳定分拣蛋白sortilin来加速动脉粥样硬化进程的新机制 | 首次发现EHD1通过调控膜运输促进炎症反应和稳定动脉粥样硬化风险因子sortilin的新功能 | 机制研究主要在骨髓来源巨噬细胞中进行,需要更多体内验证 | 探究EHD1在巨噬细胞免疫反应中的作用及其对动脉粥样硬化进展的贡献 | 小鼠和人类动脉粥样硬化斑块中的巨噬细胞 | 细胞生物学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序, 免疫荧光染色, 骨髓移植, 炎症信号分析, 内吞实验 | NA | 基因表达数据, 组织图像数据 | 小鼠模型和人类斑块样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1959 | 2025-11-25 |
Amoeboid-Mesenchymal Transition and the Proteolytic Control of Cancer Invasion Plasticity
2025-Oct-24, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.10.24.684403
PMID:41278919
|
研究论文 | 本研究通过癌症球体-3D基质模型、单细胞RNA测序和人体组织外植体,揭示了MMP14/MT1-MMP在控制间充质与阿米巴样侵袭表型转换中的核心作用 | 意外发现阿米巴样侵袭程序同样依赖基质金属蛋白酶活性,并证明MMP14是维持核完整性和侵袭能力的必需蛋白 | 研究主要基于体外模型和有限的组织样本,未涉及完整的体内肿瘤微环境 | 阐明控制癌症细胞间充质与阿米巴样侵袭表型转换的分子机制 | 癌症细胞系和人类乳腺癌组织外植体 | 癌症生物学 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序, CRISPR/Cas9基因编辑, 空间转录组学, 免疫组织化学 | NA | 基因表达数据, 组织图像 | 未明确指定样本数量 | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | NA |
| 1960 | 2025-11-25 |
Individual Host Variation in Single-cell Responses to Enteroaggregative Escherichia coli Infection Modeled with Human Colon Organoids
2025-Oct-24, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.10.24.684350
PMID:41279052
|
研究论文 | 本研究利用人类结肠类器官和单细胞RNA测序技术,探索个体宿主对肠聚集性大肠杆菌感染的异质性反应 | 首次在单细胞水平揭示人类结肠类器官对EAEC感染的个体特异性反应,发现三种不同的反应表型 | 仅使用三名健康成人供体的类器官样本,样本量有限 | 理解宿主驱动的EAEC感染疾病异质性 | 人类结肠类器官 | 单细胞生物学 | 肠道感染疾病 | 单细胞RNA测序 | 人类结肠类器官感染模型 | 单细胞转录组数据 | 三名健康成人供体 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |