单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
1941	2025-03-25	Twin study identifies early immunological and metabolic dysregulation of CD8+ T cells in multiple sclerosis 2024-09-27, Science immunology IF:17.6Q1 DOI:10.1126/sciimmunol.adj8094 PMID:39331727	研究论文	该研究通过单细胞RNA测序和T细胞受体分析，比较了多发性硬化症（MS）患者及其同卵双胞胎的CD8+ T细胞克隆，揭示了MS早期免疫和代谢失调的特征	首次在MS患者及其同卵双胞胎中，通过单细胞分析揭示了CD8+ T细胞的免疫和代谢异常，为MS的早期诊断和治疗提供了新靶点	研究样本量有限，且主要基于同卵双胞胎，可能无法完全代表更广泛的人群	探讨CD8+ T细胞在多发性硬化症（MS）病理中的作用及其早期免疫和代谢变化	同卵双胞胎中的CD8+ T细胞克隆，包括血液和脑脊液样本	免疫学	多发性硬化症	高通量单细胞RNA测序，单细胞T细胞受体分析	NA	单细胞RNA测序数据，T细胞受体数据	同卵双胞胎对及独立的MS患者验证队列
1942	2025-03-25	Targeting Fibroblast-Endothelial Interactions in LAM Pathogenesis: 3D Spheroid and Spatial Transcriptomic Insights for Therapeutic Innovation 2024-Sep-06, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.06.12.544372 PMID:37398026	研究论文	本研究探讨了淋巴管平滑肌瘤病（LAM）发病机制中成纤维细胞与内皮细胞的相互作用，并通过3D球体模型和空间转录组学提出了治疗创新	使用空间转录组学技术识别了与肌成纤维细胞相关的激酶信号通路基因簇，并验证了多激酶抑制剂sorafenib在减少LAMF-LEC球体侵袭中的效果优于Rapamycin	研究主要基于体外3D球体模型，尚未进行体内实验验证	探索LAM发病机制中成纤维细胞-内皮细胞相互作用的分子机制并寻找潜在治疗靶点	淋巴管平滑肌瘤病（LAM）患者的肺组织、原代LAM相关成纤维细胞（LAMFs）和淋巴管内皮细胞（LECs）	分子病理学	淋巴管平滑肌瘤病	空间转录组学、3D共培养球体模型、激酶阵列分析	3D球体共培养模型	基因表达数据、细胞表型数据	未明确说明样本数量（使用原代LAMFs和LECs）
1943	2025-03-25	Circulating KLRG1+ long-lived effector memory T cells retain the flexibility to become tissue resident 2024-06-28, Science immunology IF:17.6Q1 DOI:10.1126/sciimmunol.adj8356 PMID:38941479	research paper	该研究揭示了KLRG1+长寿命效应记忆T细胞在二次感染后能够进入非淋巴组织并建立驻留记忆的能力	发现KLRG1+长寿命效应细胞(LLECs)虽然不能分化为其他循环记忆群体，但仍保留进入组织并建立驻留记忆的灵活性	研究主要基于小鼠模型，人类KLRG1+ T细胞是否具有相同特性尚需验证	探究KLRG1+长寿命效应记忆T细胞在二次感染中的行为特征和功能	KLRG1+ CD8 T细胞	免疫学	病毒感染	单细胞RNA测序	小鼠感染模型	基因表达数据	NA
1944	2025-03-25	Harmonized cross-species cell atlases of trigeminal and dorsal root ganglia 2024-Jun-21, Science advances IF:11.7Q1 DOI:10.1126/sciadv.adj9173 PMID:38905344	研究论文	构建了跨物种的背根神经节和半月神经节细胞图谱，以促进不同研究和物种间细胞类型的比较	创建了一个协调的细胞图谱，涵盖了六个物种和31个数据集中的18种神经元和11种非神经元细胞类型，改进了稀疏神经元亚型的注释	研究中未明确指出样本量的具体限制，但跨物种比较可能存在生物学差异的挑战	比较不同物种间背根神经节和半月神经节细胞类型的转录组差异，为未来镇痛药物开发提供指导	背根神经节（DRG）和半月神经节（TG）的神经元和非神经元细胞	生物信息学	NA	单细胞/核RNA测序（scRNA-seq/snRNA-seq）	NA	RNA测序数据	六个物种的31个数据集，包括人类和蝾螈的DRG样本
1945	2025-03-25	Emerging measurements for tumor-infiltrating lymphocytes in breast cancer 2024-Jun-01, Japanese journal of clinical oncology IF:1.9Q3 DOI:10.1093/jjco/hyae033 PMID:38521965	review	本文综述了乳腺癌中肿瘤浸润淋巴细胞的评估方法，从传统病理学方法到人工智能、流式细胞术和多组学分析等新技术	介绍了使用人工智能、流式细胞术和多组学分析等新技术评估肿瘤浸润淋巴细胞的方法	传统方法在标准化方面存在限制，且无法预测免疫检查点抑制剂的反应	探讨乳腺癌中肿瘤浸润淋巴细胞的评估方法及其在个性化医疗中的应用	乳腺癌中的肿瘤浸润淋巴细胞	digital pathology	breast cancer	immunohistochemistry, flow cytometry, multi-omics analyses, single-cell analysis, spatial transcriptomics	NA	image, omics data	NA
1946	2025-03-25	Integrated temporal transcriptional and epigenetic single-cell analysis reveals the intrarenal immune characteristics in an early-stage model of IgA nephropathy during its acute injury 2024, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2024.1405748 PMID:39493754	研究论文	该研究通过纵向单细胞RNA测序和单细胞染色质可及性测序，揭示了IgA肾病早期模型中肾内免疫细胞的动态变化及其与肾实质细胞的相互作用	首次在IgA肾病模型中结合scRNAseq和scATACseq技术，发现具有独特表观遗传特征的巨噬细胞亚群(Nlrp1b Mac)和早期效应T细胞亚群(CX3CR1-transTeff)	研究仅基于小鼠模型，需要在人类样本中进一步验证	阐明IgA肾病急性损伤期肾内免疫细胞的动态变化特征	IgA肾病小鼠模型中的CD45+免疫细胞和肾实质细胞	单细胞组学	IgA肾病	scRNAseq, scATACseq	小鼠疾病模型	单细胞转录组数据、单细胞表观基因组数据	4-5只小鼠/组，共分析72304个单细胞转录组
1947	2025-03-25	Single-Cell and Population Transcriptomics Reveal Pan-epithelial Remodeling in Type 2-High Asthma 2020-07-07, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2020.107872 PMID:32640237	研究论文	通过单细胞RNA测序研究IL-13对人呼吸道上皮细胞的影响，揭示了2型细胞因子高表达哮喘（T2H）中上皮细胞的全域重塑	发现IL-13在所有细胞类型中诱导了一种独特的转录状态，特别是诱导了所有细胞类型的黏液分泌程序，导致黏液和防御分泌细胞转化为具有新生黏蛋白产生和分泌的化生状态	研究主要基于体外细胞培养模型，可能无法完全反映体内复杂的环境	探究IL-13在2型细胞因子高表达哮喘中对上皮细胞的影响	人呼吸道上皮细胞	单细胞转录组学	哮喘	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	NA
1948	2025-03-24	Mini Review: Spatial Transcriptomics to Decode the Central Nervous System 2025-Mar-22, Toxicologic pathology IF:1.4Q4 DOI:10.1177/01926233251325204 PMID:40119776	综述	本文探讨了空间转录组学（ST）在解码中枢神经系统（CNS）中的作用，特别是在神经退行性疾病研究中的应用	空间转录组学通过提供空间分辨的基因表达数据，革新了我们对中枢神经系统的理解，特别是在神经退行性疾病中的应用	当前面临的挑战包括数据解释和分辨率的限制	探索空间转录组学在中枢神经系统研究中的影响，特别是在神经退行性疾病中的应用	中枢神经系统，特别是神经退行性疾病如阿尔茨海默病、帕金森病、多发性硬化和肌萎缩侧索硬化症	数字病理学	神经退行性疾病	空间转录组学（ST）	NA	基因表达数据	NA
1949	2025-03-24	DARLIN mouse for in vivo lineage tracing at high efficiency and clonal diversity 2025-Mar-21, Nature protocols IF:13.1Q1 DOI:10.1038/s41596-025-01141-z PMID:40119004	研究论文	本文介绍了一种名为DARLIN的小鼠模型，用于在体内进行高效且具有克隆多样性的谱系追踪	DARLIN模型通过结合Cas9和末端脱氧核苷酸转移酶（TdT）来提高每个条形码阵列的编辑多样性，理论上可生成10个不同的谱系条形码，并在单细胞分析中恢复超过70%细胞的谱系条形码	需要熟悉测序文库生成和Linux操作，实验数据收集需要约1周时间，计算分析需要约1天时间	研究细胞在组织发育和稳态过程中的历史和动态	小鼠模型	生物信息学	NA	Cas9和末端脱氧核苷酸转移酶（TdT）	DARLIN小鼠模型	测序数据	NA
1950	2025-03-24	Cancer‑associated fibroblasts: a pivotal regulator of tumor microenvironment in the context of radiotherapy 2025-Mar-20, Cell communication and signaling : CCS IF:8.2Q1 DOI:10.1186/s12964-025-02138-7 PMID:40114180	综述	本文综述了癌症相关成纤维细胞（CAFs）在放射治疗（RT）背景下对肿瘤微环境（TME）的调节作用	详细探讨了CAFs在放射治疗后的表型和功能变化，以及它们与肿瘤细胞和免疫细胞的相互作用	放射治疗对CAFs的影响以及受辐射CAFs对肿瘤进展和TME的影响尚未完全明确	探讨CAFs在放射治疗背景下对肿瘤微环境的调节作用	癌症相关成纤维细胞（CAFs）	肿瘤学	癌症	单细胞测序技术	NA	NA	NA
1951	2025-03-24	Spatially resolved multiomics of human cardiac niches 2023-Jul, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-023-06311-1 PMID:37438528	研究论文	本文结合单细胞和空间转录组学数据，揭示了人类心脏八个区域内的细胞微环境，并绘制了细胞到微观解剖位置的图谱	结合单细胞和空间转录组学数据，揭示了心脏传导系统细胞的独特离子通道、G蛋白偶联受体和调控网络，并引入了新的药物靶点预测工具drug2cell	研究仅限于人类心脏的八个区域，可能无法全面反映整个心脏的复杂性	揭示人类心脏不同区域的细胞微环境及其功能	人类心脏的八个区域及其细胞微环境	数字病理学	心血管疾病	单细胞转录组学、空间转录组学	NA	单细胞数据、空间转录组数据	人类心脏的八个区域
1952	2025-03-23	Spatial transcriptomics of Glomerulo-centric antibody mediated rejection in renal transplants 2025-May, Clinical immunology (Orlando, Fla.) DOI:10.1016/j.clim.2025.110460 PMID:39993695	研究论文	本研究利用数字空间分析技术，对一名患者在急性抗体介导排斥反应治疗前后的四次肾活检样本进行空间转录组学分析	首次在急性抗体介导排斥反应中，通过空间转录组学技术定位了肾小球中的分子特征，揭示了天然免疫细胞和HLA II类抗原在肾小球中的表达变化	研究仅基于一名患者的四次活检样本，样本量较小，可能影响结果的普遍性	探讨急性抗体介导排斥反应中肾小球的分子特征变化及其对足细胞的影响	肾移植患者的肾活检样本	数字病理学	肾脏疾病	数字空间分析（Digital Spatial Profiling）	NA	空间转录组数据	一名患者的四次肾活检样本
1953	2025-03-23	USP4 depletion-driven RAB7A ubiquitylation impairs autophagosome-lysosome fusion and aggravates periodontitis 2025-Apr, Autophagy IF:14.6Q1 DOI:10.1080/15548627.2024.2429371 PMID:39663592	研究论文	本研究揭示了USP4水平降低介导的RAB7A泛素化如何破坏正常的溶酶体运输和自噬体-溶酶体融合，从而显著促进牙周炎的进展	首次揭示了USP4和RAB7A之间的相互作用在牙周炎中的关键作用，并验证了USP4上调可减轻牙周炎	研究主要基于小鼠模型和临床牙龈样本，尚未在更广泛的人群中进行验证	探讨自噬与牙周炎发病机制之间的精确相互作用	临床牙龈样本和实验性牙周炎小鼠	分子生物学	牙周炎	基因组学分析、组织学分析、蛋白质组学分析	NA	基因组数据、组织样本数据	临床牙龈样本和实验性牙周炎小鼠
1954	2025-03-23	Knowledge of the genetics of human pain gained over the last decade from next-generation sequencing 2025-Apr, Pharmacological research IF:9.1Q1 DOI:10.1016/j.phrs.2025.107667 PMID:39988004	综述	本文综述了过去十年中利用下一代测序（NGS）技术在人类疼痛遗传学领域取得的进展	NGS技术揭示了疼痛相关基因的突变谱、关键剪接事件和单细胞转录组学，开发了基于NGS的疼痛分类器，并发现了与骨关节炎和类风湿性关节炎疼痛相关的新基因	NGS在疼痛研究中面临复杂数据分析和罕见遗传变异功能未知的挑战	探讨NGS技术在疼痛遗传学研究中的应用及其对个性化疼痛管理的潜力	人类疼痛相关基因和遗传变异	基因组学	疼痛相关疾病	下一代测序（NGS）	NA	基因组数据	NA
1955	2025-03-23	Insights into the single-cell transcriptome characteristics of porcine endometrium with embryo loss 2025-Mar-31, FASEB journal : official publication of the Federation of American Societies for Experimental Biology IF:4.4Q2 DOI:10.1096/fj.202402212RR PMID:40105155	研究论文	本研究通过构建猪子宫内膜在胚胎丢失和成功妊娠期间的单细胞转录组图谱，揭示了胚胎丢失子宫内膜组织的分子特征	首次构建了猪胚胎丢失和成功妊娠期间子宫内膜的单细胞转录组图谱，并识别了22种细胞亚群，揭示了胚胎丢失和成功妊娠子宫内膜在细胞类型组成、功能差异及基因表达水平上的显著差异	研究仅关注了猪的子宫内膜，未涉及其他物种或更广泛的生殖障碍机制	研究胚胎丢失和成功妊娠期间猪子宫内膜的分子特征，以揭示生殖障碍的子宫内膜微环境	猪的子宫内膜组织	单细胞转录组学	生殖障碍	单细胞转录组测序	NA	单细胞转录组数据	胚胎丢失和成功妊娠的猪子宫内膜组织样本
1956	2025-03-23	Diversity and heterogeneity in human pancreaticobiliary maljunction revealed by single-cell RNA sequencing 2025-Mar-21, Pediatric surgery international IF:1.5Q3 DOI:10.1007/s00383-025-05997-w PMID:40116982	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术揭示了人类胰胆管连接不良（PBM）中的细胞多样性和微环境差异	首次在单细胞水平上揭示了PBM的细胞组成和功能状态，特别是成纤维细胞在PBM中的核心作用	样本量较小，仅包括6名患者	阐明PBM的病因和发病机制	胰胆管连接不良（PBM）患者和非PBM患者的胆管组织	数字病理学	胰胆管连接不良	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	6名患者（3名PBM患者和3名非PBM患者）
1957	2025-03-23	A Visible-Light Photocatalysis/Hydrolysis Hydrogen-Generating Nanoplatform for Dynamic Inflammation Management via Immune Metabolism Orchestration during Wound Repair 2025-Mar-21, ACS applied materials & interfaces IF:8.3Q1 DOI:10.1021/acsami.5c00667 PMID:40117501	研究论文	本研究介绍了一种可见光光催化/水解产氢纳米平台ISO-ZIF-8@AB，用于动态炎症管理，通过免疫代谢调控促进伤口修复	该研究首次实现了按需可控的氢释放，结合了可见光光催化和水解反应，并揭示了氢治疗的免疫代谢调控机制	研究未详细探讨氢释放的长期效果及其在不同类型伤口中的适用性	开发一种可控氢释放的纳米平台，用于动态炎症管理和伤口修复	炎症管理和伤口修复	纳米技术	慢性伤口	可见光光催化、水解反应、bulk-RNA测序、单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	未明确提及具体样本数量
1958	2025-03-23	Single-cell RNA sequencing of the holothurian regenerating intestine reveals the pluripotency of the coelomic epithelium 2025-Mar-20, eLife IF:6.4Q1 DOI:10.7554/eLife.100796 PMID:40111904	研究论文	本文通过单细胞RNA测序和杂交链反应荧光原位杂交分析，研究了海参再生肠道的细胞组成，揭示了再生原基的细胞多能性	首次使用scRNA-seq和HCR-FISH技术对海参再生肠道的细胞群体进行详细分析，识别出13个不同的细胞群，并发现再生原基的体腔上皮具有多能性	研究局限于海参的再生过程，未涉及其他物种或更广泛的再生机制	研究海参再生肠道的细胞组成及其分子特征	海参再生肠道的细胞群体	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq），杂交链反应荧光原位杂交（HCR-FISH）	NA	RNA测序数据	NA
1959	2025-03-23	Single-cell sequencing reveals tumor microenvironment features associated with the response to neoadjuvant immunochemotherapy in oral squamous cell carcinoma 2025-Mar-19, Cancer immunology, immunotherapy : CII DOI:10.1007/s00262-025-04014-2 PMID:40105941	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析了新辅助化疗免疫治疗（NACI）对口腔鳞状细胞癌（OSCC）肿瘤微环境的影响，旨在优化治疗策略	首次通过单细胞RNA测序揭示了OSCC肿瘤微环境中与新辅助化疗免疫治疗反应相关的特征，并识别了与患者生存率相关的肿瘤细胞亚群	样本量较小，仅包括四名患者，可能影响结果的普遍性	分析NACI对OSCC肿瘤微环境的影响，以优化治疗策略	口腔鳞状细胞癌（OSCC）患者	数字病理学	口腔鳞状细胞癌	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	四名OSCC患者的活检、原发肿瘤、匹配的转移淋巴结和正常淋巴结样本
1960	2025-03-23	Bioinformatic analysis of serpina1 expression in papillary thyroid carcinoma and its potential association with Hashimoto's thyroiditis 2025-Mar-19, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-025-02079-0 PMID:40106166	研究论文	本文通过生物信息学分析探讨了SERPINA1在甲状腺乳头状癌（PTC）中的表达及其与桥本甲状腺炎（HT）的潜在关联	首次结合单细胞转录组数据和细胞间相互作用分析，揭示了SERPINA1在PTC和HT中的复杂作用机制	研究结果需要进一步实验验证，且样本来源局限于TCGA和GEO数据库	探讨SERPINA1基因在PTC中的作用及其与HT的关系	甲状腺乳头状癌（PTC）患者和桥本甲状腺炎（HT）患者	生物信息学	甲状腺癌	转录组数据分析、单细胞转录组分析、CIBERSORT工具、GSVA分析、CellChat分析	NA	转录组数据、单细胞转录组数据	来自TCGA和GEO数据库的PTC患者数据