单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
1941	2025-03-26	Integrating single-cell and bulk RNA sequencing data to characterize the heterogeneity of glycan-lipid metabolism polarization in hepatocellular carcinoma 2025-Mar-22, Journal of translational medicine IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s12967-025-06347-z PMID:40121455	研究论文	通过整合单细胞和批量RNA测序数据，研究肝细胞癌中糖脂代谢极化的异质性	首次识别出两种异质性代谢亚型（糖-HCC和脂-HCC），并开发了基因特征、放射组学、CEUS和血清生物标志物用于亚型确定	未提及具体样本量限制或技术局限性	揭示肝细胞癌的代谢异质性并开发临床转化策略	肝细胞癌（HCC）患者	生物信息学	肝细胞癌	单细胞RNA测序、批量RNA测序、放射组学、CEUS	NA	RNA测序数据、影像数据、血清生物标志物	内部队列和公共HCC队列（具体数量未提及）
1942	2025-03-26	Single-cell RNA sequencing reveals a new mechanism of endothelial cell heterogeneity and healing in diabetic foot ulcers 2025-Mar-22, Biology direct IF:5.7Q1 DOI:10.1186/s13062-025-00628-9 PMID:40121493	研究论文	利用单细胞RNA测序技术分析糖尿病足溃疡患者皮肤细胞异质性和内皮细胞转录组特征，揭示其与溃疡愈合和进展相关的关键细胞群和基因	发现内皮细胞在糖尿病足溃疡中的转录组差异，特别是与炎症反应和血管生成相关的信号通路，并验证了SH3BGRL3基因在高糖条件下对内皮细胞增殖、迁移和血管生成能力的促进作用	NA	揭示糖尿病足溃疡的发病机制，为开发新的治疗策略提供科学依据	糖尿病足溃疡患者的皮肤细胞和内皮细胞	数字病理学	糖尿病足溃疡	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	NA
1943	2025-03-26	Systems biology of Haemonchus contortus - Advancing biotechnology for parasitic nematode control 2025-Mar-22, Biotechnology advances IF:12.1Q1 DOI:10.1016/j.biotechadv.2025.108567 PMID:40127743	综述	本文综述了Haemonchus contortus的分子生物学、遗传多样性和宿主-寄生虫相互作用的关键进展，强调了其在与自由生活线虫Caenorhabditis elegans的比较研究中的价值	整合了基因组学、转录组学和蛋白质组学技术的最新发展，利用机器学习算法和人工智能驱动的蛋白质结构预测等先进生物信息学工具，以及单细胞测序和空间转录组学技术，深入解析宿主-寄生虫相互作用的分子机制	NA	推动寄生虫线虫控制的生物技术发展，特别是在抗寄生虫药物广泛耐药的情况下，探索新型抗寄生虫药物或疫苗的潜在靶点	Haemonchus contortus（一种反刍动物的吸血线虫）及其与宿主的相互作用	分子寄生虫学	寄生虫感染	基因组学、转录组学、蛋白质组学、单细胞测序、空间转录组学	机器学习算法、人工智能驱动的蛋白质结构预测	基因组、转录组、蛋白质组数据	NA
1944	2025-03-26	Protocol for directly selecting cell type marker genes for single-cell clustering analyses by Festem 2025-Mar-21, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2024.103514 PMID:39700012	研究论文	介绍了一种名为Festem的协议，用于直接选择细胞类型标记基因以进行单细胞RNA测序数据的聚类分析	Festem方法通过期望最大化测试直接选择细胞类型标记基因，简化了下游单细胞RNA测序数据的聚类过程	NA	优化单细胞RNA测序数据的聚类分析	单细胞RNA测序数据中的细胞类型标记基因	生物信息学	NA	scRNA-seq	Festem	基因表达数据	NA
1945	2025-03-26	Protocol for high-resolution 3D spatial transcriptomics using Open-ST 2025-Mar-21, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2024.103521 PMID:39708325	研究论文	介绍了一种使用Open-ST进行高效高分辨率2D/3D空间转录组学的实验方案	将Illumina流动池重新利用为空间条形码捕获区域，并详细描述了生成与组织学数据对齐的2D/3D分子图谱的计算工作流程	未提及具体的实验样本数量或验证结果	开发一种高效高分辨率的空间转录组学方法，以揭示健康和疾病中的分子机制	任何组织，包括临床样本	空间转录组学	NA	Open-ST, Illumina流动池重新利用	NA	分子图谱, 组织学数据	NA
1946	2025-03-26	Protocol for investigating intracellular microbial diversity using single-cell RNA-seq in immune cells of SARS-CoV-2-positive and recovered patients 2025-Mar-21, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2024.103546 PMID:39786999	研究论文	本文提出了一种利用单细胞RNA测序（scRNA-seq）研究SARS-CoV-2阳性及康复患者免疫细胞中细胞内微生物多样性的详细步骤	提供了一种从样本收集到文库制备的完整工作流程，包括PBMC分离、单细胞标记、盒式芯片准备和细胞裂解等步骤，并详细说明了scRNA-seq数据分析方法	未提及该方法的检测灵敏度和特异性，也未讨论可能的技术限制	开发一种检测免疫细胞中非可培养状态微生物的方法	SARS-CoV-2阳性及康复患者的免疫细胞	数字病理学	COVID-19	scRNA-seq	NA	RNA-seq数据	未明确说明样本数量，但研究对象为SARS-CoV-2阳性及康复患者的PBMC
1947	2025-03-26	Protocol for transcriptomic and epigenomic analyses of tip-like endothelial cells using scRNA-seq and ChIP-seq 2025-Mar-21, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2024.103326 PMID:39799578	研究论文	本文提出了一种用于培养内皮细胞中尖端样细胞的转录组和表观基因组分析的实验方案	该方案结合了单细胞RNA测序（scRNA-seq）和染色质免疫沉淀测序（ChIP-seq），适用于多种组学研究	实验方案的具体执行细节需参考Miyamura等人的完整说明	研究尖端样内皮细胞的转录组和表观基因组特征	人脐静脉内皮细胞（HUVECs）	生物信息学	NA	scRNA-seq, ChIP-seq	NA	转录组数据, 表观基因组数据	NA
1948	2025-03-26	Protocol for the isolation of silk glands from silkworms for snRNA-seq and spatial transcriptomics 2025-Mar-21, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2024.103581 PMID:39804771	研究论文	本文提出了一种从蚕中分离丝腺细胞核并进行空间转录组学分析的实验方案	开发了一种新的实验流程，能够在单细胞分辨率下探索丝腺细胞的空间分布	未提及该方案在非模式蚕种或其他昆虫中的适用性	建立蚕丝腺细胞核分离和空间转录组学分析的标准实验方案	蚕的丝腺组织	空间转录组学	NA	snRNA-seq, 空间转录组学	NA	RNA测序数据	未明确说明样本数量
1949	2025-03-26	Protocol to boost the robustness and accuracy of spatial transcriptomics algorithms using ensemble techniques 2025-Mar-21, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2025.103608 PMID:39879360	研究论文	提出了一种使用加权集成方法（WEST）增强空间转录组学算法稳健性和准确性的协议	使用集成技术提升现有算法的稳健性和准确性，通过相似性矩阵识别空间域并获得新的嵌入	未提及具体实验验证结果或与其他方法的比较	提升空间转录组学算法的稳健性和准确性	空间转录组学数据	数字病理学	NA	空间转录组学	加权集成方法（WEST）	基因表达数据	NA
1950	2025-03-26	Protocol for mitochondrial variant enrichment from single-cell RNA sequencing using MAESTER 2025-Mar-21, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2024.103564 PMID:39817913	研究论文	提出了一种从单细胞RNA测序数据中富集线粒体DNA变体的协议，以同时探究细胞状态和克隆信息	通过富集线粒体DNA变体，同时获取细胞状态和克隆结构信息	未提及具体样本量或实验验证结果	开发一种方法，从单细胞RNA测序数据中同时分析细胞状态和克隆结构	人类原代组织中的细胞状态和克隆动态	单细胞测序	NA	scRNA-seq, mtDNA富集, 配对末端测序	maegatk	单细胞RNA测序数据	NA
1951	2025-03-26	Protocol for interpretable and context-specific single-cell-informed deconvolution of bulk RNA-seq data 2025-Mar-21, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2025.103670 PMID:40042970	研究论文	提出一种从批量RNA测序数据中提取单细胞相关信息的协议	使用PLIER算法从批量RNA测序数据中提取单细胞特征，并训练名为CLIER的模型	临床使用受限，因为单细胞测序成本高且数据复杂	从批量RNA测序数据中提取单细胞相关信息	批量RNA测序数据	生物信息学	NA	RNA-seq	PLIER, CLIER	RNA测序数据	NA
1952	2025-03-26	Roles of TLR4 in macrophage immunity and macrophage-pulmonary vascular/lymphatic endothelial cell interactions in sepsis 2025-Mar-21, Communications biology IF:5.2Q1 DOI:10.1038/s42003-025-07921-3 PMID:40119011	研究论文	本研究探讨了TLR4在脓毒症中调节巨噬细胞免疫和代谢的作用，及其对巨噬细胞与肺血管/淋巴管内皮细胞相互作用的影响	揭示了TLR4通过多种途径在内皮功能障碍中的作用，包括巨噬细胞TLR4介导的炎症损伤和内皮TLR4对脂多糖诱导损伤的直接敏感化	研究主要基于小鼠模型，结果在人类中的适用性需要进一步验证	深入探索TLR4在脓毒症中调节巨噬细胞免疫和代谢的作用，及其对巨噬细胞与内皮细胞相互作用的影响	巨噬细胞、肺血管内皮细胞(ECs)、淋巴管内皮细胞(LECs)	免疫学	脓毒症、急性肺损伤(ALI)	单细胞RNA测序、实验验证	TLR4敲除小鼠模型	基因表达数据	TLR4敲除小鼠
1953	2025-03-26	B cells and energy metabolism in HER2-positive DCIS: insights into breast cancer progression from spatial-omics analyses 2025-Mar-21, Breast cancer research : BCR IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s13058-025-01990-2 PMID:40119362	research paper	研究通过空间转录组学分析HER2阳性DCIS和浸润性乳腺癌的基因表达谱与免疫微环境的关系，探讨B细胞在乳腺癌进展中的潜在保护作用	首次发现B细胞在HER2阳性DCIS导管周围富集，并揭示癌细胞能量代谢基因表达与B细胞丰度的正相关性	研究样本仅限于HER2阳性DCIS和伴随DCIS的浸润性肿瘤，未涵盖其他亚型	探究HER2阳性DCIS向浸润性乳腺癌进展的分子机制	HER2阳性DCIS和伴随DCIS的浸润性乳腺癌组织	digital pathology	breast cancer	spatial transcriptomics	NA	spatial transcriptomic data	未明确说明样本数量（HER2阳性DCIS和浸润性乳腺癌组织）
1954	2025-03-26	scVAEDer: integrating deep diffusion models and variational autoencoders for single-cell transcriptomics analysis 2025-Mar-21, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-025-03519-4 PMID:40119479	研究论文	介绍了一种结合变分自编码器和深度扩散模型的深度学习模型scVAEDer，用于单细胞转录组数据的降维分析	结合变分自编码器和深度扩散模型，学习既能保留全局结构又能捕捉局部变化的低维表示	未提及具体性能比较或计算资源需求	改进单细胞数据的降维表示以提升下游分析效果	单细胞转录组数据	机器学习	NA	scRNA-seq	VAE（变分自编码器）与深度扩散模型结合	基因表达数据	NA
1955	2025-03-26	Single Cell Expression Analysis of Ductal Carcinoma in Situ Identifies Complex Genotypic-Phenotypic Relationships Altering Epithelial Composition 2025-Mar-18, Cancer research IF:12.5Q1 DOI:10.1158/0008-5472.CAN-24-3023 PMID:40101158	研究论文	通过单细胞RNA测序分析导管原位癌（DCIS）的基因表达，揭示了肿瘤内克隆异质性与细胞状态变化的关系	首次在DCIS中应用单细胞RNA测序技术，揭示了肿瘤内克隆异质性与细胞状态变化的复杂关系，并发现基底膜基因的持续转录与侵袭性乳腺癌的转变相关	研究样本量有限，且仅针对DCIS和匹配的正常乳腺组织，未涵盖其他类型的乳腺癌	识别DCIS中导致侵袭性乳腺癌的事件	导管原位癌（DCIS）病变和匹配的正常乳腺组织	数字病理学	乳腺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	DCIS病变和匹配的正常乳腺组织样本
1956	2025-03-26	KMT2D Regulates Tooth Enamel Development 2025-Mar-18, Journal of dental research IF:5.7Q1 DOI:10.1177/00220345251320922 PMID:40103013	研究论文	本文研究了KMT2D基因在牙釉质发育中的具体作用及其机制	首次通过条件性敲除小鼠模型揭示了KMT2D在成釉细胞分化中的直接调控作用，并鉴定了8个KMT2D直接靶向的基因	研究仅限于小鼠模型，人类样本验证不足	阐明KMT2D在牙釉质发育过程中的分子机制	KMT2D基因及其在牙釉质发育中的作用	发育生物学	牙釉质发育不全	条件性基因敲除、micro-CT、扫描电镜、RNA测序、CUT&RUN测序、单细胞RNA测序	条件性敲除小鼠模型	基因表达数据、影像数据、组织学数据	KMT2D条件性敲除小鼠及其对照组
1957	2025-03-26	Identification of RCC2 as a Risk Gene Associated With Basal Cell Carcinoma and Experimental Validation 2025-Mar, Experimental dermatology IF:3.5Q1 DOI:10.1111/exd.70082 PMID:40129067	研究论文	通过多组学分析和体外实验验证，识别出与基底细胞癌风险相关的RCC2基因	首次通过孟德尔随机化研究和多组学分析识别出RCC2基因与基底细胞癌风险相关，并通过体外实验验证其功能	研究主要基于体外细胞实验，尚未进行体内或临床试验验证	探索基底细胞癌的新遗传风险因素和潜在治疗靶点	基底细胞癌相关基因和A431细胞系	生物信息学	皮肤癌	GWAS、eQTL、mQTL、pQTL、单细胞转录组分析	孟德尔随机化分析	多组学数据（基因组、转录组、表观基因组）	GEO数据库中的转录组数据和A431细胞系
1958	2025-03-26	TM4SF1 overexpression in tumor-associated endothelial cells promotes microvascular invasion in hepatocellular carcinoma 2025, Frontiers in oncology IF:3.5Q2 DOI:10.3389/fonc.2025.1526177 PMID:40123905	研究论文	本研究探讨了肿瘤相关内皮细胞（TECs）在肝细胞癌（HCC）微血管侵犯（MVI）中的作用，并发现TM4SF1的高表达通过影响上皮-间质转化（EMT）促进MVI	首次揭示了TM4SF1在TECs中的高表达通过调控EMT促进HCC的微血管侵犯，为HCC治疗提供了新的潜在靶点	样本量较小（仅3例MVI和2例非MVI患者），且未进行体内功能验证实验	探究肿瘤相关内皮细胞在肝细胞癌微血管侵犯中的分子机制	肝细胞癌患者的肿瘤相关内皮细胞	肿瘤生物学	肝细胞癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、空间转录组学（ST）、生物信息学分析	NA	单细胞转录组数据、空间转录组数据、病理标本数据	3例MVI和2例非MVI患者的scRNA-seq数据，5个ST数据集，4例HCC术后病理标本
1959	2025-03-26	Identification and validation of m6A RNA methylation and ferroptosis-related biomarkers in sepsis: transcriptome combined with single-cell RNA sequencing 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1543517 PMID:40124361	research paper	该研究通过转录组和单细胞RNA测序技术，识别并验证了与脓毒症相关的m6A RNA甲基化和铁死亡相关生物标志物	首次结合m6A RNA甲基化和铁死亡相关基因，通过机器学习方法筛选出DPP4和TXN作为脓毒症的生物标志物，并在单细胞水平进行了验证	研究样本量有限，且需要进一步实验验证这些生物标志物的功能机制	探索脓毒症的分子机制并寻找潜在的治疗靶点	脓毒症患者和对照组的转录组数据及临床样本	生物信息学	脓毒症	转录组测序, 单细胞RNA测序, RT-qPCR	WGCNA, 机器学习方法	RNA测序数据, 临床样本数据	公共数据库中的转录组数据集及临床样本
1960	2025-03-26	Integrative analysis of single-cell and bulk RNA sequencing reveals the oncogenic role of ANXA5 in gastric cancer and its association with drug resistance 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1562395 PMID:40124374	研究论文	通过整合单细胞和批量RNA测序数据，揭示了ANXA5在胃癌中的致癌作用及其与耐药性的关联	首次整合单细胞和批量RNA测序数据，识别出MUC5AC+恶性上皮细胞群在胃癌侵袭和EMT中的关键作用，并验证了ANXA5的致癌功能	研究主要基于公共数据库数据，实验验证部分可能样本量有限	探索胃癌进展的分子机制并寻找潜在治疗靶点	胃癌组织样本和细胞系	生物信息学	胃癌	RNA-seq（单细胞和批量）	预后风险模型	基因表达数据	来自TCGA、GEO和OMIX001073数据库的多个数据集