单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
1941	2025-04-15	Understanding the cellular and molecular heterogeneity in colorectal cancer through the use of single-cell RNA sequencing 2025-May, Translational oncology IF:4.5Q1 DOI:10.1016/j.tranon.2025.102374 PMID:40163910	research paper	通过单细胞RNA测序技术研究结直肠癌的细胞和分子异质性	使用单细胞RNA测序技术深入解析结直肠癌的肿瘤微环境，发现新的B细胞亚型及其在免疫调节中的作用，并构建预测模型用于患者生存结果分类	样本量相对较小（51,204个细胞），且仅针对结直肠癌，结果可能不适用于其他癌症类型	揭示结直肠癌的细胞和分子异质性，为靶向治疗和个体化医疗提供新思路	结直肠癌肿瘤微环境中的细胞类型及其相互作用	digital pathology	colorectal cancer	single-cell RNA sequencing (scRNA-seq)	predictive model	RNA-seq data	51,204个细胞
1942	2025-04-15	TriDeNT : Triple deep network training for privileged knowledge distillation in histopathology 2025-May, Medical image analysis IF:10.7Q1 DOI:10.1016/j.media.2025.103479 PMID:40174325	研究论文	提出了一种名为TriDeNT的新型自监督方法，用于利用推理时不可用的特权数据来提高计算病理学模型的性能	TriDeNT是一种创新的自监督方法，能够利用推理阶段不可获取的特权数据（如额外的免疫组化染色和空间转录组学数据）来提升模型性能	未明确提及具体限制	提高计算病理学模型的性能，特别是在处理常规输入时	免疫组化、空间转录组学和专家核注释等多种配对数据	数字病理学	NA	自监督学习	TriDeNT（三重深度网络）	图像、空间转录组数据、专家注释	未明确提及具体样本量
1943	2025-04-15	Discovering genetically-supported drug targets for multisite chronic pain through multi-omics Mendelian randomization and single-cell RNA-sequencing 2025-Apr-19, Neuroscience IF:2.9Q2 DOI:10.1016/j.neuroscience.2025.02.038 PMID:39993665	研究论文	通过多组学孟德尔随机化和单细胞RNA测序技术，发现多部位慢性疼痛的基因支持药物靶点	结合多组学孟德尔随机化和单细胞RNA测序技术，首次鉴定出KLC1和LANCL1作为多部位慢性疼痛的潜在药物靶点，并揭示了其作用机制	研究主要基于UK Biobank的数据，可能受到样本来源和数量的限制	发现多部位慢性疼痛的基因支持药物靶点	多部位慢性疼痛(MCP)患者	生物信息学	慢性疼痛	多组学孟德尔随机化、单细胞RNA测序、蛋白质-蛋白质相互作用分析	孟德尔随机化、贝叶斯共定位、转录组关联研究(TWAS)	基因表达数据、蛋白质丰度数据、单细胞测序数据	UK Biobank的汇总数据
1944	2025-04-15	Identification of Recurrence-associated Gene Signatures and Machine Learning-based Prediction in IDH-Wildtype Histological Glioblastoma 2025-Apr-14, Journal of molecular neuroscience : MN IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12031-025-02345-4 PMID:40227386	研究论文	本研究通过加权基因共表达网络分析(WGCNA)和机器学习方法，识别了IDH野生型组织学胶质母细胞瘤(GBM)复发相关的基因特征，并建立了预测模型	首次鉴定出8个与GBM复发相关的基因(CERS2, EML2等)，并开发了基于随机森林的高精度预测模型	样本量相对有限(n=190和n=111)，且仅在特定亚型GBM中进行验证	探索GBM复发的分子机制并建立预测模型	IDH野生型组织学胶质母细胞瘤患者	数字病理学	胶质母细胞瘤	WGCNA, RT-qPCR, scRNA-seq	随机森林(RF)	转录组数据	CGGA-693队列190例，CGGA-325队列111例，另加两个scRNA-seq数据集
1945	2025-04-15	Identification of a Novel Mitochondrial-Related Gene Signature for BMSCs in Osteoporosis Combining Single-Cell and Bulk Transcriptome Data 2025-Apr-13, Biochemical genetics IF:2.1Q3 DOI:10.1007/s10528-025-11099-y PMID:40221950	研究论文	通过整合单细胞和批量转录组数据，识别骨质疏松症患者骨髓间充质干细胞中线粒体相关基因特征	结合单细胞和批量转录组数据，首次识别出与骨质疏松症相关的线粒体基因特征，并发现DUT基因在其中的关键作用	研究样本量有限，且仅针对骨髓间充质干细胞进行研究	识别骨质疏松症患者骨髓间充质干细胞中线粒体相关基因特征	骨质疏松症患者和健康个体的骨髓间充质干细胞	数字病理学	骨质疏松症	单细胞RNA测序、批量转录组测序、RT-qPCR、Western blot、免疫荧光	LASSO logistic回归、随机森林算法	转录组数据	GSE147287和GSE35956数据集中的样本
1946	2025-04-15	Hydroxychloroquine cures autoimmune myocarditis by inhibiting the innate immune system via the C-X-C motif chemokine ligand 16 and C-X-C motif receptor 6 axis between macrophages and T cells 2025-Apr-13, British journal of pharmacology IF:6.8Q1 DOI:10.1111/bph.70028 PMID:40222951	研究论文	本研究评估了羟氯喹（HCQ）通过抑制CXCL16和CXCR6轴在巨噬细胞和T细胞之间的作用，治疗自身免疫性心肌炎的疗效	揭示了HCQ通过抑制YY1转录因子降低CXCL16表达，从而减少Th17和NKT细胞的趋化作用，改善心肌炎的新机制	研究仅基于小鼠模型，尚未进行人体临床试验	评估HCQ治疗心肌炎的疗效及其作用机制	实验性自身免疫性心肌炎（EAM）小鼠模型	免疫学	心肌炎	单细胞RNA测序、流式细胞术、Western blotting	小鼠EAM模型	RNA测序数据、蛋白质表达数据、细胞流式数据	未明确说明小鼠数量
1947	2025-04-15	Identification of the disulfidptosis-related key gene CD2AP as a potential biomarker and new therapeutic target for LUAD patients by comprehensive multi-omics analysis 2025-Apr-11, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-025-02308-6 PMID:40214854	research paper	该研究通过多组学分析探讨了CD2AP在肺腺癌（LUAD）中的功能及其作为生物标志物和治疗靶点的潜力	首次将CD2AP与新型细胞死亡机制disulfidptosis联系起来，并系统评估了其在LUAD中的临床意义及对肿瘤免疫微环境和药物敏感性的影响	研究主要基于公共数据库的回顾性分析，缺乏实验验证和前瞻性临床研究数据	探索CD2AP在肺腺癌中的作用机制及其临床转化价值	肺腺癌患者样本及相关公共数据库数据	digital pathology	lung cancer	多组学分析（转录组学、甲基化分析、免疫浸润分析、空间转录组学）	NA	omics数据、临床数据	TCGA、GEO等公共数据库中的LUAD患者样本
1948	2025-04-15	Integrated single cell and bulk RNA sequencing analyses reveal the impact of tryptophan metabolism on prognosis and immunotherapy in colon cancer 2025-Apr-11, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-85893-4 PMID:40216815	research paper	该研究通过单细胞和批量RNA测序分析，揭示了色氨酸代谢对结肠癌预后和免疫治疗的影响	首次通过整合单细胞和批量RNA测序数据，构建色氨酸代谢风险评分模型，并评估其对免疫治疗反应的预测价值	研究结果需要进一步在更大规模的前瞻性队列中进行验证	分析色氨酸代谢特征对结肠癌预后和免疫治疗反应的影响	结肠癌患者	digital pathology	colon cancer	RNA-seq, single-cell RNA sequencing	random forest	RNA sequencing data	473个肿瘤样本和41个正常组织样本（TCGA训练队列），902名癌症患者（多个GEO数据集验证队列）
1949	2025-04-15	Spatiotemporal transcriptomics reveals key gene regulation for grain yield and quality in wheat 2025-Apr-11, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-025-03569-8 PMID:40217326	research paper	该研究通过时空转录组学揭示了小麦籽粒发育和品质调控的关键基因	首次在小麦籽粒早期发育阶段进行空间转录组学研究，鉴定出192个标记基因和关键转录因子TaABI3-B1	研究仅覆盖了授粉后4至12天的早期发育阶段，未涵盖整个籽粒发育过程	解析小麦籽粒发育和品质形成的分子调控机制	小麦籽粒早期发育阶段的细胞类型和基因表达	植物分子生物学	NA	空间转录组学，WGCNA分析	NA	转录组数据	授粉后4至12天的小麦籽粒样本
1950	2025-04-15	The crucial role of neutrophil extracellular traps and IL-17 signaling in indomethacin-induced gastric injury in mice 2025-Apr-09, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-95880-4 PMID:40204883	研究论文	本研究探讨了中性粒细胞胞外诱捕网（NETs）和IL-17信号在吲哚美辛诱导的小鼠胃损伤中的关键作用	揭示了NETs形成在吲哚美辛诱导胃损伤中的关键作用，并发现IL-17信号可能是NETs形成的关键细胞内机制	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人体验证	探究吲哚美辛诱导胃损伤的分子机制	小鼠胃黏膜损伤模型	病理学	胃溃疡	蛋白质组学分析、ELISA、免疫荧光、TEM、Western blot、实时PCR、scRNA-seq	小鼠胃损伤模型	蛋白质组数据、单细胞RNA测序数据	未明确说明小鼠数量，但涉及体外实验使用200µL、400µL和600µL吲哚美辛处理
1951	2025-04-15	Development of a fully human glioblastoma-in-brain-spheroid model for accelerated translational research 2025-Apr-04, Journal of advanced research IF:11.4Q1 DOI:10.1016/j.jare.2025.03.055 PMID:40188875	研究论文	开发了一种全人源胶质母细胞瘤-脑球体模型hGliCS，用于加速转化研究	结合患者来源的GBM细胞和诱导多能干细胞来源的成熟人类皮质神经元，克服了现有模型系统的关键限制	NA	研究胶质母细胞瘤生物学和肿瘤-神经元相互作用	胶质母细胞瘤细胞和人类皮质神经元	数字病理学	胶质母细胞瘤	单细胞RNA测序	hGliCS模型	基因表达数据	NA
1952	2025-04-15	Identification of BHLHE40-Expressing CD4+ T Cells Producing GM-CSF in Rheumatoid Arthritis 2025-Apr, International journal of rheumatic diseases IF:2.4Q2 DOI:10.1111/1756-185X.70219 PMID:40223427	research paper	该研究探讨了BHLHE40和CSF2在类风湿性关节炎(RA)患者CD4+ T细胞中的表达及其与疾病的关系	首次在IL-1富集的炎症部位研究了BHLHE40和CSF2在CD4+ T细胞中的表达，并发现这些基因在RA患者滑膜液中的表达显著增加	研究主要依赖于已有的公开数据库数据，缺乏实验验证	研究BHLHE40和CSF2基因在RA发病机制中的作用	类风湿性关节炎患者和健康对照者的外周血和滑膜液中的CD4+ T细胞	免疫学	类风湿性关节炎	scRNA-seq, RNA-seq, 微阵列数据分析	NA	基因表达数据	来自RA患者和健康对照者的外周血和滑膜液样本
1953	2025-04-15	Correlative analysis of metallomic gene expression and metal ion content within the mouse hippocampus 2025-Mar-28, Metallomics : integrated biometal science IF:2.9Q3 DOI:10.1093/mtomcs/mfaf009 PMID:40175292	研究论文	本研究通过多模态模板结合X射线荧光显微镜和空间转录组学，揭示了小鼠海马区金属离子含量与金属组基因表达的相关性	首次将元素映射与空间转录组学结合，揭示了海马区金属离子富集与特定转录本区域富集的分子基础	研究仅局限于小鼠海马区，未涉及其他脑区或物种	探究大脑金属稳态的分子机制及其对神经功能的影响	小鼠海马区及其亚区域的金属离子含量和基因表达	神经科学	神经发育障碍	X射线荧光显微镜, 空间转录组学	NA	元素映射数据, 转录组数据	小鼠海马区样本
1954	2025-04-15	Multi-Manifolds fusing hyperbolic graph network balanced by pareto optimization for identifying spatial domains of spatial transcriptomics 2025-Mar-04, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbaf162 PMID:40220278	research paper	提出了一种基于多流形融合的双曲图网络方法MManiST，用于空间转录组学中的空间域识别	首次在空间转录组学中引入多流形融合和双曲神经网络，通过Pareto优化平衡多种重建损失	未明确说明方法在计算效率方面的表现	开发更有效的空间转录组学空间域识别方法	空间转录组学数据	computational biology	NA	spatial transcriptomics	hyperbolic graph network, attention mechanism	spatial transcriptomics data	multiple benchmark datasets
1955	2025-04-15	Distinct single-cell transcriptional profile in CD4+ T-lymphocytes among obese children with asthma 2025-Mar-01, American journal of physiology. Lung cellular and molecular physiology DOI:10.1152/ajplung.00270.2024 PMID:39868576	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，比较了肥胖与正常体重哮喘儿童的CD4+ T细胞转录组差异	首次在单细胞水平揭示了肥胖哮喘儿童CD4+ T细胞的独特转录特征，发现了与IL-7受体和Rho转录信号通路相关的新机制	样本量较小（仅8名参与者），需要在更大规模队列中验证发现	探究肥胖哮喘儿童CD4+ T细胞的分子特征及其与疾病严重程度的关系	肥胖与正常体重哮喘儿童的CD4+ T细胞	免疫学	哮喘	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	8名匹配的哮喘儿童（肥胖与正常体重各半）
1956	2025-04-15	BRD4 inhibition rewires cardiac macrophages toward a protective phenotype marked by low MHC class II expression 2025-Feb-01, American journal of physiology. Heart and circulatory physiology DOI:10.1152/ajpheart.00438.2024 PMID:39716819	研究论文	本文研究了BRD4抑制如何通过改变心脏巨噬细胞的表型，从而在心力衰竭模型中发挥保护作用	揭示了BRD4抑制通过调控巨噬细胞的MHC-II表达和NF-κB信号通路，促进心脏修复的新机制	研究主要基于小鼠模型，人类心脏疾病的适用性尚需进一步验证	探索BET抑制剂JQ1改善心脏结构和功能的细胞机制	心脏巨噬细胞和成纤维细胞	心血管疾病	心血管疾病	单细胞RNA测序、批量RNA测序	小鼠缺血/再灌注损伤模型	基因表达数据	小鼠心脏组织样本
1957	2025-04-15	Cohesin rad21 mutation dysregulates erythropoiesis and granulopoiesis output within the whole kidney marrow of adult zebrafish 2025-Jan-01, American journal of physiology. Cell physiology DOI:10.1152/ajpcell.00657.2024 PMID:39548947	研究论文	研究cohesin复合体亚基rad21突变对成年斑马鱼肾脏骨髓中红细胞生成和粒细胞生成的影响	首次在成年斑马鱼模型中揭示了cohesin亚基rad21杂合突变对造血过程的转录调控紊乱和细胞输出改变	未观察到明显的造血细胞形态学异常，突变对造血系统的长期影响尚不明确	探究cohesin基因突变对造血系统发育和功能的影响	携带rad21杂合突变的成年斑马鱼肾脏骨髓造血系统	发育生物学	血液系统恶性肿瘤	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	斑马鱼遗传模型	转录组数据	未明确说明样本量的突变型和野生型斑马鱼
1958	2025-04-15	Single-cell transcriptomics reveal distinctive patterns of fibroblast activation in heart failure with preserved ejection fraction 2024-12, Basic research in cardiology IF:7.5Q1 DOI:10.1007/s00395-024-01074-w PMID:39311911	research paper	该研究通过单细胞转录组学揭示了保留射血分数心力衰竭（HFpEF）中成纤维细胞激活的独特模式	发现了HFpEF特有的成纤维细胞激活特征，包括代谢、缺氧和炎症转录因子及通路的诱导，以及Angiopoietin-like 4（Angptl4）的关键作用	研究主要基于小鼠模型，人类样本验证有限	探究HFpEF中成纤维细胞激活的分子机制	小鼠和人类心肌组织中的间质细胞，特别是成纤维细胞和巨噬细胞	digital pathology	cardiovascular disease	scRNAseq（单细胞RNA测序）	NA	RNA-seq数据	小鼠模型和人类心肌组织样本
1959	2025-04-15	Single-cell transcriptome unveils unique transcriptomic signatures of human organ-specific endothelial cells 2024-12, Basic research in cardiology IF:7.5Q1 DOI:10.1007/s00395-024-01087-5 PMID:39508863	research paper	该研究通过构建一个包含超过21万个内皮细胞的图谱，揭示了人类不同组织中内皮细胞的转录组、表型、代谢和转录调控的显著差异	揭示了毛细血管内皮细胞比其他类型内皮细胞具有更高的异质性，并发现内皮细胞的衰老特性更多由体细胞位置而非组织类型决定	NA	探究人类不同组织中内皮细胞的异质性及其与特定疾病的关联	人类24个组织中38个区域的超过21万个内皮细胞	单细胞转录组学	NA	单细胞转录组测序	NA	单细胞转录组数据	超过21万个内皮细胞，来自24个人类组织的38个区域
1960	2025-04-15	Evaluating cell type deconvolution in FFPE breast tissue: application to benign breast disease 2024-09, NAR genomics and bioinformatics IF:4.0Q1 DOI:10.1093/nargab/lqae098 PMID:40162103	研究论文	评估FFPE乳腺组织中细胞类型去卷积方法的应用，特别是在良性乳腺疾病中的效果	构建了乳腺组织的单细胞RNA-seq参考数据，测试了多种去卷积方法，并发现深度学习为基础的Scaden方法在FFPE伪影影响下表现最佳	FFPE伪影显著影响了去卷积方法的性能，误差范围在0.04至0.17之间	优化从FFPE样本中定义单个细胞类型组成的策略	良性乳腺疾病的FFPE组织样本	数字病理学	乳腺疾病	RNA-seq, 单细胞RNA-seq	深度学习 (Scaden)	RNA-seq数据	62个良性乳腺疾病RNA-seq样本