单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 27574 篇文献，本页显示第 1941 - 1960 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1941 | 2025-04-10 |
Genetic regulation of gene expression across multiple tissues in chickens
2025-Apr-08, Nature genetics
IF:31.7Q1
DOI:10.1038/s41588-025-02155-9
PMID:40200121
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research paper | 该研究通过整合大量RNA测序数据和全基因组序列，构建了鸡28种组织的调控变异图谱，揭示了调控变异对基因表达和转录后修饰的影响 | 首次系统地描述了鸡基因组中的功能变异，并构建了跨组织的调控变异图谱，为理解鸡的复杂性状提供了新资源 | 研究仅基于特定品种的鸡，可能无法完全代表所有鸡种的遗传多样性 | 系统表征鸡基因组中的功能变异，并解析其对复杂性状的调控机制 | 鸡的28种组织 | 基因组学 | NA | RNA-seq, 单细胞RNA-seq, 全基因组测序 | NA | RNA-seq数据, 单细胞RNA-seq数据, 全基因组序列 | 7,015个RNA-seq样本, 127,598个单细胞, 2,869个全基因组序列 |
| 1942 | 2025-04-10 |
Novel insights into kidney disease: the scRNA-seq and spatial transcriptomics approaches: a literature review
2025-Apr-08, BMC nephrology
IF:2.2Q2
DOI:10.1186/s12882-025-04103-5
PMID:40200175
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review | 本文综述了单细胞RNA测序（scRNA-seq）与空间转录组学（ST）在肾脏疾病研究中的应用与发展 | 结合scRNA-seq和ST技术，以前所未有的分辨率解析肾脏疾病中的细胞异质性，识别新的细胞亚群及其在肾脏微环境中的动态相互作用 | NA | 探讨scRNA-seq和ST技术在肾脏疾病研究中的应用及其对肾脏发育、稳态和疾病进展的细胞和分子机制的阐明 | 肾脏疾病中的细胞异质性和空间组织 | digital pathology | kidney disease | scRNA-seq, spatial transcriptomics | NA | RNA-seq data, spatial transcriptomics data | NA |
| 1943 | 2025-04-10 |
Fast Encapsulation of Microbes into Dissolvable Hydrogel Beads Enables High-Throughput Microbial Single-Cell RNA Sequencing of Clinical Microbiome Samples
2025-Apr-08, Advanced materials (Deerfield Beach, Fla.)
DOI:10.1002/adma.202500481
PMID:40200683
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research paper | 介绍了一种名为smGel-seq的高通量单微生物RNA测序方法，用于临床微生物组样本，通过水凝胶珠封装单个微生物以减少微生物损失和输入要求 | 使用新型微通道阵列设备封装单个微生物于可溶性水凝胶珠中，并结合优化的自动化微流控平台实现高通量条形码标记，显著提高了微生物回收率 | NA | 开发一种适用于临床微生物组样本的高通量单微生物RNA测序方法，以提高微生物回收率和降低输入要求 | 临床微生物组样本中的单个微生物 | microbial genomics | NA | single-microbe RNA sequencing (mscRNA-seq), microfluidic platform | NA | RNA-seq data | 临床微生物组样本，微生物输入量比之前方法低20倍 |
| 1944 | 2025-04-10 |
Single-cell transcriptome integrated with genome-wide association study reveals heterogeneity of carotid and femoral plaques and its association with plaque stability
2025-Apr-07, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-025-96434-4
PMID:40189611
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组与全基因组关联研究整合，揭示了颈动脉和股动脉斑块的异质性及其与斑块稳定性的关联 | 首次整合单细胞转录组和全基因组关联研究分析颈动脉与股动脉斑块的异质性，并识别与斑块栓塞相关的关键基因和细胞类型 | 未明确说明样本量大小及具体临床特征，可能影响结果的普适性 | 探究颈动脉和股动脉斑块的基因/细胞表达差异及其与斑块栓塞的关系 | 颈动脉和股动脉斑块的细胞和基因 | 数字病理学 | 心血管疾病 | sc-RNA-seq, 批量RNA测序 | 7种机器学习模型（未指定具体类型） | 单细胞转录组数据, 批量RNA数据 | NA |
| 1945 | 2025-04-10 |
Mechanisms of hematopoietic clonal dominance in VEXAS syndrome
2025-Apr-07, Nature medicine
IF:58.7Q1
DOI:10.1038/s41591-025-03623-9
PMID:40195449
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研究论文 | 本研究揭示了VEXAS综合征中造血克隆优势的机制，并提供了用于临床前研究的模型 | 首次揭示了VEXAS综合征中造血克隆优势的机制，并通过碱基编辑技术创建了人源化疾病模型 | 研究样本量较小（仅9名男性患者），且缺乏长期随访数据 | 探究VEXAS综合征中造血克隆优势的致病机制 | VEXAS综合征患者和通过碱基编辑创建的人源化模型 | 血液病学 | VEXAS综合征（一种成人发病的自身炎症性疾病） | 单细胞转录组学、碱基编辑、竞争性移植 | 人源化疾病模型 | 单细胞转录组数据、免疫表型数据 | 9名男性VEXAS综合征患者 |
| 1946 | 2025-04-10 |
A replication study of novel fetal hemoglobin-associated genetic variants in sickle cell disease-only cohorts
2025-Apr-06, Human molecular genetics
IF:3.1Q2
DOI:10.1093/hmg/ddaf015
PMID:39886999
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research paper | 本研究验证了镰状细胞病(SCD)患者中胎儿血红蛋白(HbF)水平与五个新基因位点的关联，并探索了这些位点在调控β-珠蛋白基因表达中的作用 | 首次在独立SCD队列中验证了GWAS发现的五个新HbF相关位点，并利用CRISPR抑制和单细胞转录组学揭示了非编码变异对β-珠蛋白基因表达的调控机制 | 未能发现对HbF水平有显著影响的罕见遗传变异，样本量虽大但仍可能限制对罕见变异的检测能力 | 验证新发现的HbF相关遗传变异在SCD患者中的关联性，并探索其分子机制 | 3740例SCD患者和1354例SCD患者的全外显子组数据 | 遗传学 | 镰状细胞病 | GWAS、CRISPR抑制、单细胞转录组学、全外显子测序 | NA | 基因组数据、转录组数据 | 3740例SCD患者用于验证研究，1354例SCD患者用于全外显子分析 |
| 1947 | 2025-04-10 |
Single-cell transcriptomics reveals liver developmental trajectory during lineage reprogramming of human induced hepatocyte-like cells
2025-Apr-06, Cellular and molecular life sciences : CMLS
IF:6.2Q1
DOI:10.1007/s00018-025-05677-x
PMID:40188417
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研究论文 | 利用单细胞转录组学揭示人类诱导肝细胞样细胞在谱系重编程过程中的肝脏发育轨迹 | 通过单细胞RNA测序技术揭示了两步重编程过程中肝细胞特异性基因调控网络的建立过程，并识别了关键的表面标记物和转录因子 | 研究可能受限于样本数量和重编程效率 | 研究肝细胞特异性基因调控网络的建立过程 | 人类诱导肝细胞（hiHeps） | 单细胞转录组学 | 肝脏疾病 | scRNA-seq | NA | 单细胞RNA测序数据 | NA |
| 1948 | 2025-04-10 |
PRMT5 deficiency in myeloid cells reprograms macrophages to enhance antitumor immunity and synergizes with anti-PD-L1 therapy
2025-Apr-05, Journal for immunotherapy of cancer
IF:10.3Q1
DOI:10.1136/jitc-2024-011299
PMID:40187753
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研究论文 | 本文研究了PRMT5在骨髓细胞中的缺失如何重编程巨噬细胞以增强抗肿瘤免疫，并与抗PD-L1疗法协同作用 | 揭示了PRMT5通过STAT6-PPARγ途径调控脂质代谢和巨噬细胞极化，促进免疫抑制性肿瘤微环境的新机制，并展示了PRMT5缺失与抗PD-L1疗法的协同治疗效果 | 研究主要基于小鼠模型，临床转化效果尚需进一步验证 | 探究PRMT5在巨噬细胞生物学中的作用及其在癌症免疫治疗中的潜在应用 | 骨髓细胞、巨噬细胞和肿瘤微环境 | 癌症免疫治疗 | 癌症 | 单细胞转录组分析、批量转录组学 | 小鼠模型 | 转录组数据 | 未明确说明样本数量，但涉及多癌种单细胞数据分析和小鼠实验 |
| 1949 | 2025-04-10 |
Conformation-sensitive targeting of CD18 depletes M2-like tumor-associated macrophages resulting in inhibition of solid tumor progression
2025-Apr-05, Journal for immunotherapy of cancer
IF:10.3Q1
DOI:10.1136/jitc-2024-011422
PMID:40187756
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research paper | 该研究揭示了新型肽药物偶联物TB511通过靶向M2样肿瘤相关巨噬细胞（TAMs）中的激活CD18蛋白，抑制实体肿瘤进展的机制 | 首次鉴定出激活CD18作为M2-TAMs的特异性靶标蛋白，并阐明了TB511通过结合CD18半胱氨酸富集域诱导M2-TAMs凋亡的作用机制 | 研究主要基于小鼠模型和体外实验，尚未在人体临床试验中验证TB511的安全性和有效性 | 开发靶向肿瘤微环境中M2样巨噬细胞的精准治疗策略 | 结直肠癌（CRC）、非小细胞肺癌（NSCLC）和胰腺导管腺癌（PDAC）小鼠模型中的M2样肿瘤相关巨噬细胞 | 肿瘤免疫治疗 | 结直肠癌、非小细胞肺癌、胰腺癌 | LC-MS/MS分析、表面等离子共振技术、肽-蛋白质相互作用3D建模、空间转录组学 | 小鼠肿瘤模型、人源化小鼠模型 | 蛋白质组学数据、转录组学数据、流式细胞术数据 | 多种实体瘤小鼠模型（具体数量未明确说明） |
| 1950 | 2025-04-10 |
Origin and stepwise evolution of vertebrate lungs
2025-Apr, Nature ecology & evolution
IF:13.9Q1
DOI:10.1038/s41559-025-02642-6
PMID:39953253
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research paper | 该研究通过分析脊椎动物成年和发育中肺部的单细胞RNA测序数据，揭示了肺部细胞组成、发育轨迹和基因表达模式的显著相似性，并探讨了肺部进化的遗传基础 | 研究发现软骨鱼类虽无肺部，但存在大量与肺部相关的基因、共表达模式和增强子，表明颌类脊椎动物共同祖先已具备肺部发育的遗传基础，并识别出哺乳动物特有的肺泡1型细胞和基因 | 研究未涉及肺部功能在进化过程中的具体适应性变化及其生态意义 | 研究脊椎动物肺部的起源和逐步进化过程 | 脊椎动物的成年和发育中肺部 | 进化生物学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA测序数据 | 跨脊椎动物物种的成年和发育中肺部样本 |
| 1951 | 2025-04-10 |
H1-0 is a specific mediator of the repressive ETV6::RUNX1 transcriptional landscape in preleukemia and B cell acute lymphoblastic leukemia
2025-Apr, HemaSphere
IF:7.6Q1
DOI:10.1002/hem3.70116
PMID:40177616
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研究论文 | 本研究揭示了连接组蛋白H1-0在ETV6::RUNX1融合基因诱导的儿童B细胞前体急性淋巴细胞白血病（BCP-ALL）前白血病状态中的关键作用 | 首次发现H1-0是ETV6::RUNX1转录景观的特异性调节因子，并证明HDAC抑制剂Quisinostat与化疗药物联合治疗的潜在协同效应 | 研究主要基于hiPSC模型和体外实验，需要进一步体内验证 | 阐明ETV6::RUNX1+前白血病细胞静默状态的分子机制 | ETV6::RUNX1融合基因阳性的BCP-ALL患者样本和hiPSC模型 | 血液肿瘤学 | B细胞急性淋巴细胞白血病 | CRISPR/Cas9基因编辑、全转录组分析、双荧光素酶报告基因检测、单细胞测序 | hiPSC模型 | 基因表达数据、转录组数据 | 1,727例白血病患者样本 |
| 1952 | 2025-04-10 |
scMUG: deep clustering analysis of single-cell RNA-seq data on multiple gene functional modules
2025-Mar-04, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbaf138
PMID:40188497
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研究论文 | 本文介绍了一种名为scMUG的计算流程，用于增强单细胞RNA测序数据的聚类分析 | 首次将基因功能关联信息整合到单细胞RNA测序聚类分析中，并引入了一种结合局部密度和全局分布的新型相似性度量方法 | 未明确提及具体限制 | 解决单细胞RNA测序数据的高维稀疏性问题，提高聚类分析性能 | 单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | NA | 基因表达数据 | 九个人类单细胞RNA测序数据集 |
| 1953 | 2025-04-10 |
Cellular heterogeneity in metabolism and associated microbiome of a non-model phytoflagellate
2025-Jan-02, The ISME journal
DOI:10.1093/ismejo/wraf046
PMID:40057978
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research paper | 本研究利用单细胞转录组学技术探究了非模型微真核生物Ochromonas triangulata的代谢异质性及其相关微生物组 | 首次在缺乏参考基因组的非模型微真核生物中应用单细胞转录组学，揭示了与不同生长阶段相关的代谢状态和微生物组相互作用 | 研究对象仅限于单一微真核生物物种，未验证在其他非模型生物中的普适性 | 探索非模型微真核生物的代谢异质性和微生物组相互作用 | Ochromonas triangulata微真核生物及其共培养细菌群落 | 单细胞转录组学 | NA | Smart-seq2单细胞转录组测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 单个微真核生物物种及其共培养细菌群落 |
| 1954 | 2025-04-10 |
Single-cell transcriptomics reveals immunosuppressive microenvironment and highlights tumor-promoting macrophage cells in Glioblastoma
2025, PloS one
IF:2.9Q1
DOI:10.1371/journal.pone.0312764
PMID:40193323
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research paper | 该研究通过单细胞转录组学揭示了胶质母细胞瘤中的免疫抑制微环境，并突出了肿瘤促进性巨噬细胞亚型 | 鉴定了五种不同的肿瘤相关巨噬细胞亚型，并发现TAM_MRC1亚型具有明显的M2极化特征，同时识别出一种具有耗竭表型的NK细胞亚型CD56dim_DNAJB1 | 样本量相对较小（24名患者的48个肿瘤片段），且研究仅关注了转录组层面的特征 | 探索胶质母细胞瘤微环境中的细胞异质性和复杂性，以寻找更有效的免疫治疗靶点 | 胶质母细胞瘤患者的肿瘤组织和其中的免疫细胞 | digital pathology | glioblastoma | single-cell transcriptomics | NA | single-cell RNA sequencing data | 48个肿瘤片段（来自24名胶质母细胞瘤患者） |
| 1955 | 2025-04-10 |
The single-cell transcriptional landscape of lung cells from PCV2d-infected mice
2025, Frontiers in microbiology
IF:4.0Q2
DOI:10.3389/fmicb.2025.1554961
PMID:40196036
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序技术分析PCV2d感染小鼠肺组织中10种细胞类型的转录组变化 | 首次系统性地研究了PCV2d感染后小鼠肺组织中不同细胞类型的转录组变化，并建立了全面的标记基因目录 | 研究仅使用BALB/c小鼠模型，可能无法完全反映猪类宿主的感染情况 | 研究PCV2d亚型的生物学特性及其引起的免疫反应机制 | PCV2d感染的小鼠肺组织细胞 | 生物信息学 | 猪圆环病毒感染 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | NA | 转录组数据 | PCV2d感染和未感染的BALB/c小鼠肺组织细胞 |
| 1956 | 2025-04-10 |
Exploring the mechanism of action of succinic acid in ovarian cancer via single-cell sequencing of the tumor immune microenvironment
2025, Frontiers in oncology
IF:3.5Q2
DOI:10.3389/fonc.2025.1535504
PMID:40196737
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研究论文 | 通过单细胞测序技术探索琥珀酸在卵巢癌肿瘤免疫微环境中的作用机制 | 利用单细胞测序技术分析琥珀酸在卵巢癌中的潜在靶点和治疗机制，揭示了关键枢纽基因SPP1、SLPI和CD9的表达模式 | 研究仅基于生物信息学和单细胞测序数据，缺乏体内或体外实验验证 | 探索琥珀酸在卵巢癌中的潜在治疗靶点和作用机制 | 卵巢癌患者的肿瘤免疫微环境 | 数字病理学 | 卵巢癌 | 单细胞测序技术 | NA | 基因表达数据 | 卵巢癌患者和正常个体的单细胞测序数据 |
| 1957 | 2025-04-10 |
Synthetic control removes spurious discoveries from double dipping in single-cell and spatial transcriptomics data analyses
2024-Dec-30, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.07.21.550107
PMID:37546812
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research paper | 本文提出了一种名为ClusterDE的统计方法，用于在单细胞和空间转录组数据分析中识别可靠的细胞类型和空间域标记基因，同时控制假发现率 | ClusterDE通过生成合成零数据作为阴性对照，有效检测并消除由双重分析引起的虚假发现，提高了标记基因的可靠性 | 未明确提及具体局限性 | 解决单细胞和空间转录组数据分析中双重分析导致的假阳性标记基因问题 | 单细胞和空间转录组数据中的细胞类型和空间域标记基因 | 生物信息学 | NA | 单细胞和空间转录组数据分析 | ClusterDE | 单细胞和空间转录组数据 | 未明确提及具体样本量 |
| 1958 | 2025-04-10 |
An integrated single-nucleus and spatial transcriptomics atlas reveals the molecular landscape of the human hippocampus
2024-Dec-11, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.04.26.590643
PMID:38712198
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研究论文 | 通过整合单核和空间转录组学数据，揭示了人类海马的分子景观 | 结合空间分辨转录组学（SRT）和单核RNA测序（snRNA-seq）数据，首次定义了海马细胞类型和空间域的分子特征 | 研究样本仅来自10名成年神经典型供体，可能限制结果的普遍性 | 揭示人类海马体的分子特征及其与空间组织的关系 | 人类海马体组织 | 生物信息学 | NA | 空间分辨转录组学（SRT）、单核RNA测序（snRNA-seq）、非负矩阵分解（NMF） | NMF | 转录组数据 | 10名成年神经典型供体的海马体组织 |
| 1959 | 2025-04-10 |
Mucosal Single-Cell Profiling of Crohn's-Like Disease of the Pouch Reveals Unique Pathogenesis and Therapeutic Targets
2024-Dec, Gastroenterology
IF:25.7Q1
DOI:10.1053/j.gastro.2024.07.025
PMID:39084267
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research paper | 通过单细胞分析研究克罗恩样袋病（CDP）的黏膜细胞，揭示其独特的发病机制和治疗靶点 | 首次使用单细胞RNA测序和质谱流式技术对CDP患者黏膜细胞进行深入分析，发现内质网应激在CDP中的重要作用 | 样本量相对有限（50例患者），且仅针对特定患者群体（有溃疡性结肠炎病史的患者） | 探究克罗恩样袋病（CDP）的发病机制并寻找潜在治疗靶点 | 接受回肠袋-肛门吻合术的50例患者的黏膜细胞（包括正常回肠袋和CDP患者） | digital pathology | inflammatory bowel disease | single-cell RNA sequencing, mass cytometry, immunohistochemistry | NA | single-cell RNA sequencing data, mass cytometry data | 50例接受回肠袋-肛门吻合术的患者（包括正常回肠袋和CDP患者） |
| 1960 | 2025-04-10 |
scRNA-Seq reveals age-dependent microglial evolution as a determinant of immune response following spinal cord injury
2024-12, Brain research bulletin
IF:3.5Q2
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序揭示了脊髓损伤后不同年龄组小胶质细胞的亚型及其功能差异 | 首次系统性地鉴定了脊髓损伤后年龄依赖性小胶质细胞亚型演化及其免疫功能差异 | 研究主要基于生物信息学分析，动物模型验证样本量有限 | 探究年龄因素如何通过小胶质细胞亚型影响脊髓损伤后的免疫反应 | 脊髓损伤后的小胶质细胞 | 生物信息学 | 脊髓损伤 | scRNA-seq, 免疫荧光染色 | 伪时间轨迹分析, CellChat细胞通讯分析 | 基因表达数据 | 整合GEO数据库中多个数据集的小鼠模型样本 |