单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
1941	2025-07-22	CSI-GEP: A GPU-based unsupervised machine learning approach for recovering gene expression programs in atlas-scale single-cell RNA-seq data 2025-Jan-08, Cell genomics IF:11.1Q1 DOI:10.1016/j.xgen.2024.100739 PMID:39788105	研究论文	本文提出了一种基于GPU的无监督机器学习方法CSI-GEP，用于在大规模单细胞RNA测序数据中恢复基因表达程序	开发了CSI-GEP方法，显著优于包括基于GPT的神经网络在内的前沿方法，能够在大规模scRNA-seq数据集中恢复真实的基因表达程序	未提及具体限制	改进单细胞RNA测序数据的探索性分析方法，以更好地保留数据的结构	单细胞RNA测序数据	机器学习	NA	scRNA-seq	无监督学习	基因表达数据	220万个小鼠脑细胞及人类肿瘤和细胞系的整合scRNA-seq图谱
1942	2025-07-22	Hypoxia-inducible factor 2 regulates alveolar regeneration after repetitive injury in three-dimensional cellular and in vivo models 2025-Jan-08, Science translational medicine IF:15.8Q1 DOI:10.1126/scitranslmed.adk8623 PMID:39772774	研究论文	研究缺氧诱导因子2（HIF2）在重复损伤后肺泡再生中的调控作用及其在特发性肺纤维化（IPF）治疗中的潜在应用	发现HIF2信号在异常上皮细胞中的持续激活，并通过基因和药物抑制HIF2促进肺泡修复	研究主要基于小鼠模型和体外器官培养，人类临床应用的转化仍需进一步验证	探索HIF2在IPF及其他间质性肺疾病中肺泡修复的分子机制和治疗潜力	特发性肺纤维化（IPF）患者和小鼠模型的肺上皮细胞	分子生物学与病理学	特发性肺纤维化	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、基因谱系追踪、小鼠肺泡器官培养	小鼠模型、人类远端肺器官培养	基因表达数据、转录组数据	IPF患者和小鼠模型的肺组织样本
1943	2025-07-22	YAP Overcomes Mechanical Barriers to Induce Mitotic Rounding and Adult Cardiomyocyte Division 2025-Jan-07, Circulation IF:35.5Q1 DOI:10.1161/CIRCULATIONAHA.123.066004 PMID:39392007	研究论文	研究YAP5SA如何克服机械屏障诱导成年心肌细胞的有丝分裂圆化和分裂	揭示了YAP5SA通过克服心肌微环境的机械约束诱导有丝分裂圆化和细胞分裂的新机制	研究主要基于YAP5SA过表达模型，可能不完全反映生理条件下的情况	探索成年哺乳动物心肌细胞周期停滞的维持机制	成年哺乳动物心肌细胞	细胞生物学	心血管疾病	单细胞RNA测序、克隆分析、标记基因分析	YAP5SA过表达模型	基因表达数据、功能研究数据	未明确说明具体样本数量，使用YAP5SA心肌细胞克隆进行分析
1944	2025-07-22	A single-cell compendium of human cerebrospinal fluid identifies disease-associated immune cell populations 2025-Jan-02, The Journal of clinical investigation IF:13.3Q1 DOI:10.1172/JCI177793 PMID:39744938	研究论文	本文通过单细胞转录组学技术，对人类脑脊液中的免疫细胞进行了全面分析，构建了一个包含多种神经系统疾病的免疫细胞参考数据库	发现了一个新的AREG+树突状细胞亚群，该亚群仅存在于脑脊液中且在多发性硬化症患者中更为丰富	研究依赖于公开数据集和自身研究的整合，可能存在数据异质性问题	阐明神经系统疾病的病理生理学机制	人类脑脊液和血液中的免疫细胞	单细胞转录组学	多发性硬化症、阿尔茨海默病、帕金森病、COVID-19、自身免疫性脑炎	单细胞转录组测序	NA	单细胞RNA测序数据	139名受试者（包括135份脑脊液样本和58份血液样本）
1945	2025-07-22	Spatial differences in gene expression across the dorsal raphe nucleus in a model of early Alzheimer's disease 2025-Jan, Journal of Alzheimer's disease : JAD DOI:10.1177/13872877241299119 PMID:39584353	研究论文	本研究利用空间基因表达技术探索了早期阿尔茨海默病模型中背缝核（DRN）基因表达的空间差异，并发现了与疾病相关的特定基因和亚区域	首次在阿尔茨海默病模型中应用Visium空间基因表达平台，揭示了DRN亚区域在疾病发展中的差异性，并发现长链非编码RNA Map2k3os可能与tau磷酸化调控相关	研究依赖于小鼠模型，可能无法完全反映人类疾病情况，且需要进一步验证Map2k3os的具体作用机制	探索5-HT神经元对阿尔茨海默病病理易感性或抵抗性的潜在遗传因素	人tau过表达小鼠（htau小鼠）的背缝核（DRN）	神经科学	阿尔茨海默病	Visium空间基因表达平台、RNAscope、免疫组织化学评估	htau小鼠模型	空间转录组数据、图像数据	未明确说明，使用htau小鼠作为研究对象
1946	2025-07-22	Refining breast cancer genetic risk and biology through multi-ancestry fine-mapping analyses of 192 risk regions 2025-Jan, Nature genetics IF:31.7Q1 DOI:10.1038/s41588-024-02031-y PMID:39753771	研究论文	通过多祖先精细定位分析192个风险区域，细化乳腺癌遗传风险和生物学	识别了332个独立的乳腺癌风险关联信号，包括131个先前未报告的信号，并对其中50个信号将可信因果变异缩小到单一变异	NA	细化乳腺癌遗传风险和生物学	172,737名女性乳腺癌病例和242,009名对照的基因组关联研究数据	基因组学	乳腺癌	基因组关联研究(GWAS)、单细胞RNA测序、体外实验	NA	基因组数据	172,737名病例和242,009名对照
1947	2025-07-22	Single-Cell RNA Sequencing before and after Light Chain Escape Reveals Intrapatient Multiple Myeloma Subpopulations with Divergent Osteolytic Gene Expression 2025-01-01, Cancer research communications IF:2.0Q3 DOI:10.1158/2767-9764.CRC-24-0170 PMID:39699274	研究论文	通过单细胞RNA测序技术研究多发性骨髓瘤患者轻链逃逸前后的肿瘤亚群及其基因表达差异	首次使用单细胞RNA测序揭示轻链逃逸现象背后的转录组亚群，并发现LAMP5过表达与骨溶解性病变风险相关	研究仅基于一个患者的样本，结果需要更大规模的研究验证	理解多发性骨髓瘤中轻链逃逸现象的生物学基础及其临床意义	多发性骨髓瘤患者的骨髓活检样本	数字病理学	多发性骨髓瘤	单细胞RNA测序(scRNA-seq), 体外药物敏感性测试	NA	RNA测序数据	一个患者的多个时间点骨髓活检样本(诊断时、首次复发、复发/难治阶段)
1948	2025-07-22	Graph-Based 3-Dimensional Spatial Gene Neighborhood Networks of Single Cells in Gels and Tissues 2025, BME frontiers IF:5.0Q1 DOI:10.34133/bmef.0110 PMID:40084126	研究论文	开发了一种名为3D-spaGNN-E的方法，用于发现亚细胞基因邻近关系并识别细胞间通讯中的关键亚细胞模式	结合3D成像空间转录组学和基于图的深度学习，首次在3D空间中解析亚细胞基因邻近关系	NA	研究细胞间通讯中的亚细胞基因邻近关系	间充质干细胞、外周血单核细胞、星形胶质细胞和神经元	空间转录组学	NA	3D成像空间转录组学、MERFISH	图自动编码器	3D空间转录组数据	间充质干细胞水凝胶培养物、MSC-PBMC共培养系统、小鼠下丘脑和皮层组织
1949	2025-07-22	Spatial proteomics and transcriptomics characterization of tissue and multiple cancer types including decalcified marrow 2025-Jan, Cancer biomarkers : section A of Disease markers IF:2.2Q3 DOI:10.1177/18758592241308757 PMID:40109220	研究论文	本研究通过优化空间生物学技术方法，包括开发适用于多种组织和肿瘤类型的分子和蛋白质友好型脱钙协议，以及构建多癌种组织微阵列（TMA），实现了对空间蛋白质组学和转录组学数据的系统性质量评估	开发了一种分子和蛋白质友好型脱钙协议，用于处理FFPE骨髓核心样本，以保留核酸用于有效的空间蛋白质组学和转录组学研究，并构建了多癌种组织微阵列（TMA）	研究中未提及样本量的具体数据，且可能受限于特定技术平台（如PhenoCycler-Fusion和Xenium）的可用性	优化空间生物学技术方法，解决各种组织和肿瘤类型的分析前挑战	多癌种组织微阵列（TMA）和FFPE骨髓核心样本	空间生物学	多癌种	PhenoCycler高多重免疫组化（IHC）、Xenium空间转录组学	NA	空间蛋白质组学和转录组学数据	NA
1950	2025-07-22	Comprehensive sequencing of the lung neuroimmune landscape in response to asthmatic induction 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1518771 PMID:40181989	研究论文	本文通过RNA测序技术研究了哮喘诱导对肺神经免疫转录组的影响	首次全面测序了哮喘诱导下肺神经免疫景观的变化，并揭示了基因在迷走神经节中的空间分布模式	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类样本中验证	探究哮喘诱导如何改变肺神经免疫转录组	小鼠迷走神经节和肺组织	生物医学	哮喘	RNA测序、单核RNA测序、空间RNA测序	NA	RNA测序数据	使用naïve小鼠和经链格孢菌诱导哮喘的小鼠
1951	2025-07-22	Spatial transcriptomic analysis drives PET imaging of tight junction protein expression in pancreatic cancer theranostics 2024-12-30, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-54761-6 PMID:39737976	研究论文	本研究利用空间转录组学和蛋白质组学技术筛选胰腺导管腺癌（PDAC）的分子靶点，并开发了一种针对claudin-4的肽类分子成像剂	首次将空间转录组学和蛋白质组学应用于PDAC分子靶点的筛选，并开发了针对claudin-4的新型分子成像剂	研究仅基于人类手术样本，未涉及动物模型或临床试验验证	开发胰腺导管腺癌的分子成像靶点和诊断方法	胰腺导管腺癌（PDAC）组织和正常胰腺组织	数字病理学	胰腺癌	空间转录组学、蛋白质组学、PET成像	NA	转录组数据、蛋白质组数据、PET成像数据	人类手术样本（具体数量未提及）
1952	2025-07-22	Pulmonary fibroblast activation during Aspergillus fumigatus infection enhances lung defense via immunomodulation and tissue remodeling 2024-Dec-20, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.12.19.629499 PMID:39763713	研究论文	本研究探讨了肺成纤维细胞在烟曲霉感染期间的激活如何通过免疫调节和组织重塑增强肺部防御	揭示了肺成纤维细胞在烟曲霉感染中的新型保护作用及其通过免疫调节和增强ECM分泌能力限制肺部损伤的机制	研究未详细探讨成纤维细胞激活的具体分子机制及其在不同免疫状态下的长期影响	探究肺成纤维细胞在烟曲霉感染中的功能响应及其对宿主防御的作用	烟曲霉感染的肺成纤维细胞	免疫学	侵袭性曲霉病	细胞谱系追踪、靶向细胞消融、单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	免疫正常和免疫抑制宿主的肺组织样本
1953	2025-07-22	BDNF augmentation reverses cranial radiation therapy-induced cognitive decline and neurodegenerative consequences 2024-12-18, Acta neuropathologica communications IF:6.2Q1 DOI:10.1186/s40478-024-01906-9 PMID:39696694	研究论文	研究探讨了利鲁唑（RZ）通过增加BDNF水平逆转颅脑放疗引起的认知功能下降和神经退行性后果的效果	首次证明RZ通过增加BDNF水平逆转放疗引起的认知功能障碍，并揭示了其神经保护机制	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人体试验中验证	探索减轻颅脑放疗引起的认知功能障碍的治疗方法	接受颅脑放疗的小鼠模型	神经科学	脑癌	空间转录组学、双免疫荧光染色、生化评估	小鼠模型	基因表达数据、行为数据	接受9 Gy颅脑放疗的成年小鼠，部分接受RZ治疗（13 mg/kg，饮用水）6-7周
1954	2025-07-22	Molecular and spatial analysis of ganglion cells on retinal flatmounts: diversity, topography, and perivascularity 2024-Dec-17, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.12.15.628587 PMID:39763751	研究论文	本研究通过结合成像空间转录组学和免疫组化共染色技术，分析了视网膜神经节细胞（RGCs）在二维视网膜表面的空间分布及其与局部微环境的关系	首次系统地描述了45种小鼠RGC类型的空间分布特征，并发现部分RGC类型在血管周围富集，这些发现为理解视觉编码和神经退行性反应提供了新视角	研究主要基于小鼠模型，人类RGC的发现虽然相似但仍需进一步验证	探索视网膜神经节细胞类型的空间分布模式及其与局部微环境的关系	小鼠和人类的视网膜神经节细胞（RGCs）	神经科学	神经退行性疾病	成像空间转录组学（MERFISH）、免疫组化共染色	NA	图像、转录组数据	45种小鼠RGC类型及其人类同源细胞
1955	2025-07-22	Chemotherapy induces myeloid-driven spatially confined T cell exhaustion in ovarian cancer 2024-Dec-09, Cancer cell IF:48.8Q1 DOI:10.1016/j.ccell.2024.11.005 PMID:39658541	研究论文	本文通过空间和分子特征分析，揭示了化疗后高级别浆液性卵巢癌（HGSC）中免疫细胞状态的动态变化及骨髓细胞驱动的T细胞耗竭机制	发现了化疗诱导的骨髓细胞网络（Myelonets）通过NECTIN2-TIGIT信号通路驱动T细胞耗竭的空间机制，并验证了靶向该通路可增强免疫检查点阻断疗效	样本量相对有限（117例），且仅针对HGSC亚型	阐明化疗后卵巢癌微环境中免疫适应的空间生物学机制	117例化疗前后配对的HGSC组织样本	肿瘤免疫学	卵巢癌（高级别浆液性亚型）	单细胞转录组测序、空间转录组分析	患者来源的功能性免疫肿瘤学平台	单细胞RNA-seq数据、空间转录组数据	117例配对的化疗前后HGSC样本
1956	2025-07-22	Postischemic inactivation of HIF prolyl hydroxylases in endothelium promotes maladaptive kidney repair by inducing glycolysis 2024-Dec-02, The Journal of clinical investigation IF:13.3Q1 DOI:10.1172/JCI176207 PMID:39621585	研究论文	本研究揭示了内皮细胞中的氧感应脯氨酰羟化酶（PHD）在缺血性急性肾损伤（AKI）后肾脏修复中的关键作用	发现了内皮PHD1、PHD2和PHD3同时失活而非仅PHD2失活会促进肾脏不良修复，并确定了MCT4抑制剂syrosingopine可恢复适应性修复	研究主要基于小鼠模型，人类肾脏数据仅作为观察性验证	探索缺血性AKI向CKD转变的内皮细胞机制	小鼠和人类肾脏内皮细胞	肾脏病理学	急性肾损伤和慢性肾病	scRNA-Seq分析	PHDTiEC小鼠模型	基因表达数据和病理学数据	小鼠模型和人类肾脏样本
1957	2025-07-22	VICTOR: Validation and inspection of cell type annotation through optimal regression 2024-Dec, Computational and structural biotechnology journal IF:4.4Q2 DOI:10.1016/j.csbj.2024.08.028 PMID:39296808	研究论文	介绍了一种名为VICTOR的新方法，用于通过最优回归验证和检查单细胞RNA测序数据中的细胞类型注释	VICTOR采用弹性网络正则化回归与最优阈值来评估细胞注释的置信度，在识别不准确注释方面表现优异	未提及具体局限性	提高单细胞RNA测序数据中细胞类型注释的可靠性评估	单细胞RNA测序数据中的细胞类型注释	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	弹性网络正则化回归	单细胞RNA测序数据	多种单细胞数据集（包括平台内、跨平台、跨研究和跨组学设置）
1958	2025-07-22	A temporal cortex cell atlas highlights gene expression dynamics during human brain maturation 2024-Dec, Nature genetics IF:31.7Q1 DOI:10.1038/s41588-024-01990-6 PMID:39567748	研究论文	通过单核RNA测序构建了人类大脑颞叶的细胞亚型图谱，揭示了大脑成熟过程中的基因表达动态	首次结合儿科和成人样本，构建了包含75种细胞亚型的联合图谱，并利用空间转录组学验证	仅针对颞叶组织进行研究，未涵盖其他脑区	探索人类大脑成熟过程中的细胞类型特异性基因表达动态	人类颞叶组织样本（包括非洲血统样本）	单细胞转录组学	NA	单核RNA测序（snRNA-seq）、空间转录组学	NA	基因表达数据	包含儿科和成人颞叶组织样本（具体数量未明确说明）
1959	2025-07-22	Tumor Expression of CD83 Reduces Glioma Progression and Is Associated with Reduced Immunosuppression 2024-12-01, Cancer research communications IF:2.0Q3 DOI:10.1158/2767-9764.CRC-24-0281 PMID:39601621	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析胶质瘤样本，发现CD83表达与肿瘤生长抑制及免疫微环境改善相关	首次揭示胶质瘤细胞中CD83表达通过调节T细胞功能抑制肿瘤进展的机制	尚未在人体临床试验中验证CD83过表达的治疗效果	探究CD83在胶质瘤免疫抑制微环境中的作用机制	人类和小鼠胶质瘤样本	肿瘤免疫学	胶质瘤	单细胞RNA测序	免疫活性小鼠模型	RNA测序数据	未明确说明样本数量的人类和小鼠胶质瘤样本
1960	2025-07-22	Physical inactivity exacerbates pathologic inflammatory signalling at the single cell level in patients with systemic lupus 2024-Dec, EBioMedicine IF:9.7Q1 DOI:10.1016/j.ebiom.2024.105432 PMID:39531917	研究论文	本研究探讨了体力活动对系统性红斑狼疮(SLE)患者单细胞水平病理炎症信号的影响	首次在单细胞水平揭示了体力活动不足通过改变免疫细胞频率和转录谱加剧SLE患者病理炎症信号的机制	研究依赖于自我报告的体力活动数据，可能存在回忆偏倚	阐明体力活动改善SLE症状的分子机制	123名SLE患者的外周血单个核细胞(PBMC)	免疫学	系统性红斑狼疮	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	基因表达数据	123名SLE患者