单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 31986 篇文献，本页显示第 19561 - 19580 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 19561 | 2024-08-04 |
In situ single-cell profiling sheds light on IFI27 localisation during SARS-CoV-2 infection
2024-Mar, EBioMedicine
IF:9.7Q1
DOI:10.1016/j.ebiom.2024.105016
PMID:38377798
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研究论文 | 本研究利用单细胞空间转录组技术描绘了SARS-CoV-2感染期间的免疫反应 | 首次识别了在感染部位M1巨噬细胞中IFI27的高表达 | NA | 探讨SARS-CoV-2感染下的免疫反应 | 感染部位的M1巨噬细胞 | 数字病理学 | NA | 单细胞空间转录组技术 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 19562 | 2024-08-04 |
PI3K/mTOR is a therapeutically targetable genetic dependency in diffuse intrinsic pontine glioma
2024-Feb-06, The Journal of clinical investigation
IF:13.3Q1
DOI:10.1172/JCI170329
PMID:38319732
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研究论文 | 本文探讨了针对弥漫性内在脑干胶质瘤的治疗靶点和组合疗法的潜力 | 识别了PIK3CA和MTOR作为可靶向的分子依赖性，并提出了paxalisib与二甲双胍及标准放疗联合的临床相关治疗策略 | 研究主要基于小鼠模型，临床应用仍需进一步验证 | 开发有效的针对弥漫性中线胶质瘤的治疗策略 | 研究弥漫性内在脑干胶质瘤患者衍生模型及其针对性治疗效果 | 数字病理学 | NA | CRISPR/Cas9基因删除筛选，空间转录组学，ATAC-Seq | 正交肿瘤模型 | 分子数据 | 多种患者衍生和免疫相容性的异种移植模型 | NA | NA | NA | NA |
| 19563 | 2024-08-05 |
Central role of lung macrophages in SARS-CoV-2 physiopathology: a cross-model single-cell RNA-seq perspective
2023, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2023.1197588
PMID:37350967
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研究论文 | 本研究探讨了肺巨噬细胞在SARS-CoV-2生理病理学中的核心作用 | 通过跨物种单细胞RNA测序分析揭示了细胞因子产生的巨噬细胞与肺泡细胞在病毒转录本中的主要贡献 | 尚未深入理解细胞因子生产的触发和解决机制，以及其与感染细胞之间的关系 | 研究SARS-CoV-2感染中肺巨噬细胞的作用及其与COVID-19严重性之间的关系 | 主要研究Syrian hamsters和African green monkeys中的巨噬细胞和肺泡细胞 | 数字病理学 | 肺炎 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA序列数据 | Syrian hamsters和African green monkeys的样本 | NA | NA | NA | NA |
| 19564 | 2024-08-07 |
A novel DNA damage repair-related gene signature predicting survival, immune infiltration and drug sensitivity in cervical cancer based on single cell sequencing
2023, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2023.1198391
PMID:37449209
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研究论文 | 本研究基于单细胞测序数据，开发了一种与DNA损伤修复（DDR）相关的基因签名，用于预测宫颈癌（CC）的生存、免疫浸润和药物敏感性。 | 构建了一种新的DDR相关基因签名，该签名在预测宫颈癌预后方面表现优于其他临床特征。 | 需要进一步的实验验证ITGB1在宫颈癌细胞DDR能力中的作用机制。 | 开发一种DDR相关基因签名，用于评估宫颈癌的预后。 | 宫颈癌及其相关的DNA损伤修复机制。 | 数字病理学 | 宫颈癌 | 单细胞RNA测序 | LASSO回归分析 | 基因表达数据 | 使用了来自GSE168652和TCGA-CESC队列的数据，具体样本数量未在摘要中明确。 | NA | NA | NA | NA |
| 19565 | 2024-08-07 |
DrImpute: imputing dropout events in single cell RNA sequencing data
2018-06-08, BMC bioinformatics
IF:2.9Q1
DOI:10.1186/s12859-018-2226-y
PMID:29884114
|
研究论文 | 本文介绍了DrImpute算法，用于填补单细胞RNA测序数据中的缺失事件 | DrImpute在区分真实零值和缺失零值方面表现优于现有的填补算法 | NA | 开发一种新的算法来处理单细胞RNA测序数据中的缺失事件 | 单细胞RNA测序数据中的缺失事件 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 九个已发表的单细胞RNA测序数据集 | NA | NA | NA | NA |
| 19566 | 2024-08-07 |
Harnessing single-cell genomics to improve the physiological fidelity of organoid-derived cell types
2018-06-05, BMC biology
IF:4.4Q1
DOI:10.1186/s12915-018-0527-2
PMID:29871632
|
研究论文 | 本文介绍了一种利用大规模并行单细胞RNA测序技术比较体内外细胞类型和状态的方法，并利用这些差异来提高体外模型的生理忠实度 | 提出了一种系统的方法来识别体外模型的局限性并提高其生理忠实度，特别是针对肠道类器官中的潘氏细胞 | 尚未测试类器官衍生的细胞类型在多大程度上重现了体内的对应细胞 | 提高体外模型的生理忠实度，以便更好地进行功能性研究 | 肠道类器官中的潘氏细胞 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组学、细胞学、形态学和蛋白质组学数据 | 大规模并行单细胞RNA测序 | NA | NA | NA | NA |
| 19567 | 2024-08-07 |
Neural lineage tracing in the mammalian brain
2018-06, Current opinion in neurobiology
IF:4.8Q1
DOI:10.1016/j.conb.2017.10.013
PMID:29125960
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综述 | 本文综述了利用基因标记技术在哺乳动物神经系统中追踪神经细胞谱系的应用 | 近期基因编辑和单细胞测序技术的进步使得谱系分析在规模、速度和深度上达到了前所未有的水平 | 对于复杂系统，完全实现单个细胞谱系仍然具有挑战性 | 探讨神经细胞谱系追踪技术在理解大脑发育、组织和功能中的应用 | 哺乳动物大脑中的神经细胞谱系 | NA | NA | 基因编辑和单细胞测序 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 19568 | 2024-08-07 |
UMI-count modeling and differential expression analysis for single-cell RNA sequencing
2018-05-31, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-018-1438-9
PMID:29855333
|
研究论文 | 本文通过多个单细胞RNA测序数据集，揭示了读取计数和唯一分子标识符（UMI）计数在基因表达量化方案中的分布差异，并提出了一种基于负二项模型的差异表达分析算法（NBID）。 | 本文提出了一种新的基于负二项模型的差异表达分析算法（NBID），该算法在UMI计数中能更好地控制错误发现率（FDR）并提高检测能力。 | NA | 研究单细胞RNA测序中基因表达量化的不同方案，并提出新的差异表达分析算法。 | 单细胞RNA测序数据中的读取计数和UMI计数。 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 负二项模型 | 基因表达数据 | 多个单细胞RNA测序数据集 | NA | NA | NA | NA |
| 19569 | 2024-08-07 |
Cell type discovery using single-cell transcriptomics: implications for ontological representation
2018-05-01, Human molecular genetics
IF:3.1Q2
DOI:10.1093/hmg/ddy100
PMID:29590361
|
综述 | 本文综述了利用单细胞和单核RNA测序技术在人类中枢神经和免疫系统中鉴定细胞类型的最新工作，并讨论了这些发现对参考细胞本体（CL）中细胞类型表示的影响 | 提出了一种基于随机森林机器学习的方法，用于识别必要和充分的标记基因集，这些基因可用于组装一致且可重复的细胞类型定义，以便纳入CL | NA | 探讨单细胞转录组学在细胞类型发现中的应用及其对细胞本体表示的影响 | 人类中枢神经和免疫系统中的细胞类型 | 自然语言处理 | NA | 单细胞RNA测序 | 随机森林 | 文本 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 19570 | 2024-08-07 |
An interpretable framework for clustering single-cell RNA-Seq datasets
2018-03-09, BMC bioinformatics
IF:2.9Q1
DOI:10.1186/s12859-018-2092-7
PMID:29523077
|
研究论文 | 本文介绍了一种名为DendroSplit的可解释框架，用于单细胞RNA-Seq数据集的聚类分析 | DendroSplit框架通过特征选择来揭示数据中多个生物学上有意义的层次，强调了聚类的可解释性 | NA | 解决单细胞RNA-Seq数据集聚类分析中的可解释性和主观性问题 | 单细胞RNA-Seq数据集 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA-Seq数据 | 多个标志性单细胞数据集 | NA | NA | NA | NA |
| 19571 | 2024-08-07 |
Model-based branching point detection in single-cell data by K-branches clustering
2017-Oct-15, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btx325
PMID:28582478
|
研究论文 | 本文提出了一种基于K-Branches聚类的方法，用于在单细胞数据中检测分支点，通过局部拟合半线来表示细胞的分化轨迹 | 引入了一种类似于K-Means的聚类算法，并提出了改进的GAP统计量模型选择方法，以确定最佳描述数据的线数量 | NA | 旨在通过单细胞技术识别细胞群体中的异质性，推断细胞发育和谱系树 | 单细胞RNA-Seq数据、单细胞qPCR数据以及人工数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA-Seq、单细胞qPCR | K-Branches聚类算法 | 单细胞数据 | 包括造血过程中髓系祖细胞的分化、小鼠胚泡发育、人类髓系单核白血病以及人工数据 | NA | NA | NA | NA |
| 19572 | 2024-08-07 |
Amphiregulin switches progenitor cell fate for lineage commitment during gastric mucosal regeneration
2024-Mar-14, Gastroenterology
IF:25.7Q1
DOI:10.1053/j.gastro.2024.03.009
PMID:38492892
|
研究论文 | 研究胃黏膜再生过程中，Amphiregulin如何调控前体细胞的谱系承诺 | 首次揭示了Amphiregulin在胃黏膜再生中对前体细胞谱系承诺的调控作用 | NA | 探讨胃黏膜损伤后前体细胞微环境的调控机制 | 胃黏膜中的Isthmic前体细胞及其在再生过程中的谱系承诺 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 小鼠胃黏膜上皮细胞 | NA | NA | NA | NA |
| 19573 | 2024-08-04 |
BANKSY unifies cell typing and tissue domain segmentation for scalable spatial omics data analysis
2024-Mar, Nature genetics
IF:31.7Q1
DOI:10.1038/s41588-024-01664-3
PMID:38413725
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研究论文 | 本研究提出了一种名为BANKSY的算法，用于统一细胞类型和组织区域的空间聚类问题 | 通过将细胞嵌入到自身和局部邻域转录组的乘积空间中，BANKSY提供了一种新的空间特征增强策略，显著提高了任务性能 | NA | 研究旨在提供一种准确且可扩展的框架，以分析空间分辨的组学数据 | 主要研究对象为细胞类型和组织域在空间组学数据中的聚类 | 数字病理学 | NA | RNA测序，蛋白质成像 | NA | RNA和蛋白质图像数据 | 数百万个细胞数据集 | NA | NA | NA | NA |
| 19574 | 2024-08-07 |
Temporal transcriptomic dynamics in developing macaque neocortex
2024-Feb-28, eLife
IF:6.4Q1
DOI:10.7554/eLife.90325
PMID:38415809
|
研究论文 | 研究描述了猕猴新皮质发育过程中的转录组动态变化 | 首次通过单细胞RNA测序技术，构建了猕猴新皮质发育的转录组图谱，揭示了从干细胞到神经元的分化轨迹 | NA | 探究人类和非人灵长类新皮质神经发生中的转录调控 | 猕猴的顶叶新皮质在不同发育阶段的转录组变化 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 在E40、E50、E70、E80和E90五个时间点采集的猕猴顶叶样本 | NA | NA | NA | NA |
| 19575 | 2024-08-04 |
The E3 ubiquitin ligase MARCH2 protects against myocardial ischemia-reperfusion injury through inhibiting pyroptosis via negative regulation of PGAM5/MAVS/NLRP3 axis
2024-Feb-27, Cell discovery
IF:13.0Q1
DOI:10.1038/s41421-023-00622-3
PMID:38409220
|
研究论文 | 本研究揭示了E3泛素连接酶MARCH2通过负调控PGAM5/MAVS/NLRP3通路抑制心肌细胞焦亡，从而保护心脏免受缺血-再灌注损伤的机制 | 发现MARCH2通过促进PGAM5的K48连接聚泛素化和蛋白酶体降解，抑制心肌细胞中的NLRP3炎症小体激活 | 本研究未涉及在临床试验中的应用及长期效应 | 研究MARCH2在心肌缺血-再灌注损伤中的保护作用及其机制 | 人心脏和小鼠心脏中的MARCH2表达水平及其对心肌细胞的影响 | 心血管疾病 | 心肌缺血 | 单细胞RNA-seq | NA | RNA测序数据 | 人心脏和小鼠心脏的样本 | NA | NA | NA | NA |
| 19576 | 2024-08-04 |
Molecular classification and tumor microenvironment characteristics in pheochromocytomas
2024-Feb-26, eLife
IF:6.4Q1
DOI:10.7554/eLife.87586
PMID:38407266
|
研究论文 | 本研究对嗜铬细胞瘤的分子特征和肿瘤微环境进行了单细胞转录组分析 | 提出了一种基于单细胞转录组的分子分类和微环境特征分析，为嗜铬细胞瘤的潜在治疗策略提供线索 | CD8 T细胞浸润缺乏的情况限制了对免疫治疗效果的评估 | 探讨嗜铬细胞瘤的细胞分子特征及其免疫微环境 | 对4名散发性未分类嗜铬细胞瘤患者和1名具有冯·希佩尔-林道综合征的遗传性患者的组织进行研究 | 数字病理学 | 嗜铬细胞瘤 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 组织样本 | 16个组织样本，来自5名患者 | NA | NA | NA | NA |
| 19577 | 2024-08-07 |
Quartz-Seq2: a high-throughput single-cell RNA-sequencing method that effectively uses limited sequence reads
2018-03-09, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-018-1407-3
PMID:29523163
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研究论文 | 本文介绍了一种名为Quartz-Seq2的高通量单细胞RNA测序方法，该方法能够有效利用有限的序列读取来分配独特的分子标识符（UMI）计数作为单细胞的基因表达值，并检测更多的基因 | Quartz-Seq2通过改进反应步骤，提高了初始读取转换为UMI计数的效率（30-50%），并能检测更多基因 | NA | 开发一种能够有效利用有限序列读取的高通量单细胞RNA测序方法 | 体外胚胎干细胞和体内基质血管部分的转录组 | 基因测序 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA序列 | 约10,000个转录组样本 | NA | NA | NA | NA |
| 19578 | 2024-08-07 |
The platelet-related genes associated with the prognosis of HCC by regulating cycling T cell and prolif-TAMs
2024-Mar-15, Heliyon
IF:3.4Q1
DOI:10.1016/j.heliyon.2024.e26798
PMID:38486758
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研究论文 | 本研究通过TCGA和ICGC数据库分析了92个与肝细胞癌（HCC）相关的差异表达的血小板相关基因（PRGs），并开发了PRGs预后标志物，揭示了这些基因在HCC中的潜在机制。 | 首次详细探讨了血小板相关基因在HCC中的预后价值及其对免疫微环境的调控作用。 | 研究主要基于数据库分析，需要进一步的实验验证。 | 构建与HCC相关的血小板相关基因风险标志物，并揭示其调控免疫微环境的潜在机制。 | 血小板相关基因在HCC中的表达及其预后价值。 | 数字病理学 | 肝癌 | scRNA-seq | NA | 基因表达数据 | 92个差异表达的血小板相关基因 | NA | NA | NA | NA |
| 19579 | 2024-08-04 |
The HIF-1α/PLOD2 axis integrates extracellular matrix organization and cell metabolism leading to aberrant musculoskeletal repair
2024-Mar-12, Bone research
IF:14.3Q1
DOI:10.1038/s41413-024-00320-0
PMID:38472175
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研究论文 | 本文研究了HIF-1α/PLOD2轴在异常骨骼修复中的作用 | 揭示了HIF-1α在间充质前体细胞中调控胶原蛋白交叉链接的分子机制 | 实验仅在小鼠模型中进行，可能无法完全代表人类情况 | 探讨缺氧信号在肌肉骨骼损伤后细胞命运和细胞外基质组织中的作用 | 研究对象是间充质前体细胞和异位骨化模型 | 数字病理学 | 异位骨化 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq）和空间转录组学分析 | NA | RNA序列数据 | 小鼠模型 | NA | NA | NA | NA |
| 19580 | 2024-08-04 |
Molecular, Metabolic, and Subcellular Mapping of the Tumor Immune Microenvironment via 3D Targeted and Non-Targeted Multiplex Multi-Omics Analyses
2024-Feb-20, Cancers
IF:4.5Q1
DOI:10.3390/cancers16050846
PMID:38473208
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研究论文 | 本研究开发了一种整合多重空间分辨的多组学平台，研究肿瘤免疫微环境的三维映射 | 提出了一种新颖的方法，通过多重组学分析实现了对肿瘤免疫微环境的空间和单细胞分辨率的研究 | 在研究中仅使用了两种妇科肿瘤样本，可能不足以普遍适用于所有类型的肿瘤 | 研究肿瘤免疫微环境中细胞间及细胞与细胞外基质的相互作用 | 两种福尔马林固定石蜡包埋（FFPE）妇科肿瘤样本 | 数字病理学 | NA | 非靶向质谱成像、空间转录组学、靶向seqIF | NA | 图像 | 两种福尔马林固定石蜡包埋（FFPE）样本 | NA | NA | NA | NA |