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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 | 
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 19521 | 2024-08-04 | mitoSplitter: A mitochondrial variants-based method for efficient demultiplexing of pooled single-cell RNA-seq 
          2023-09-26, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
          
          IF:9.4Q1
          
         
          DOI:10.1073/pnas.2307722120
          PMID:37725654
         | 研究论文 | 本文开发了一种基于线粒体变体的方法‘mitoSplitter’,用于高效地解混合池化的单细胞RNA-seq数据 | 提出利用线粒体RNA变体进行解混合的新算法,从而克服传统方法的局限 | 在多样本和大规模细胞数据的情况下,仍可能存在一定的挑战与限制 | 旨在提高单细胞RNA-seq数据分析的效率,减少批次效应 | 研究五种非小细胞肺癌细胞系对BET化学降解的反应 | 数字病理学 | 肺癌 | 单细胞RNA-seq | NA | RNA数据 | 10个样本,60000个细胞 | NA | NA | NA | NA | 
| 19522 | 2024-08-07 | A Refined Single Cell Landscape of Haematopoiesis in the Mouse Foetal Liver 
          2023-Mar-23, Journal of developmental biology
          
          IF:2.2Q3
          
         
          DOI:10.3390/jdb11020015
          PMID:37092477
         | 研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序技术,对小鼠胎肝中的造血细胞进行了精细的细胞图谱构建 | 发现了小鼠胎肝中一种类似于人类已知的胎盘中等血红蛋白特征,以及一种先前未被识别的原始红细胞群 | NA | 获得胎肝中造血细胞的精细单细胞图谱 | 小鼠胎肝中的造血细胞 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 包括了比先前数据集更多的细胞的E12.5小鼠胎肝样本 | NA | NA | NA | NA | 
| 19523 | 2024-08-07 | Smoking induces shifts in cellular composition and transcriptome within the bronchial mucus barrier 
          2023-02, Respirology (Carlton, Vic.)
          
         
          DOI:10.1111/resp.14401
          PMID:36414410
         | 研究论文 | 本研究评估了吸烟对支气管黏液屏障细胞组成和基因表达的影响,并探讨了基于单细胞RNA测序的细胞解卷积方法在预测RNA测序数据中细胞类型组成的能力 | 研究首次使用细胞解卷积方法预测RNA测序数据中的细胞类型组成,并验证了该方法的有效性 | 研究样本量相对较小,且仅限于特定的疾病和吸烟状态群体 | 理解吸烟暴露对支气管黏液屏障黏膜损伤的机制 | 支气管黏液屏障的细胞组成和基因表达 | 数字病理学 | 慢性阻塞性肺疾病 | RNA测序, 单细胞RNA测序 | 细胞解卷积 | RNA测序数据 | 共149名参与者,包括56名慢性阻塞性肺疾病患者,77名无慢性阻塞性肺疾病参与者,以及16名停止吸烟一年的参与者 | NA | NA | NA | NA | 
| 19524 | 2024-08-04 | Single-cell and bulk RNA sequencing analysis of B cell marker genes in TNBC TME landscape and immunotherapy 
          2023, Frontiers in immunology
          
          IF:5.7Q1
          
         
          DOI:10.3389/fimmu.2023.1245514
          PMID:38111587
         | 研究论文 | 本研究旨在通过分析三阴性乳腺癌(TNBC)患者的B细胞标记基因来调查其预后特征 | 建立了基于B细胞标记基因的肿瘤微环境预测模型,以预测TNBC患者的预后和免疫治疗反应 | 鉴于样本量仅限于四个TNBC患者,可能限制了结果的普遍适用性 | 探索三阴性乳腺癌患者的预后特征 | 四名TNBC患者的肿瘤组织样本 | 数字病理学 | 三阴性乳腺癌 | RNA测序 | NA | 细胞和基因表达数据 | 参与研究的样本量为四名TNBC患者的22,106个细胞和20,556个基因 | NA | NA | NA | NA | 
| 19525 | 2024-08-07 | Loss of CFTR function in macrophages alters the cell transcriptional program and delays lung resolution of inflammation 
          2023, Frontiers in immunology
          
          IF:5.7Q1
          
         
          DOI:10.3389/fimmu.2023.1242381
          PMID:38035088
         | 研究论文 | 本文研究了囊性纤维化(CF)中CFTR基因功能丧失对巨噬细胞的影响及其对肺部炎症消退的延迟作用 | 首次报道了CFTR功能丧失在巨噬细胞中引起的细胞转录程序改变,以及这种改变对肺部炎症消退的影响 | NA | 探讨CFTR功能丧失与中性粒细胞性炎症之间的关系 | CFTR基因功能丧失对巨噬细胞和肺部炎症的影响 | NA | 囊性纤维化 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 小鼠模型 | NA | NA | NA | NA | 
| 19526 | 2024-08-07 | Single-cell RNA sequencing identifies G-protein coupled receptor 87 as a basal cell marker expressed in distal honeycomb cysts in idiopathic pulmonary fibrosis 
          2022-06, The European respiratory journal
          
         
          DOI:10.1183/13993003.02373-2021
          PMID:35604813
         | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 
| 19527 | 2024-08-07 | Single-Cell Transcriptomics of Regulatory T Cells Reveals Trajectories of Tissue Adaptation 
          2019-02-19, Immunity
          
          IF:25.5Q1
          
         
          DOI:10.1016/j.immuni.2019.01.001
          PMID:30737144
         | 研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序技术,分析了小鼠皮肤和结肠中的CD4调节性T细胞和记忆T细胞,揭示了这些细胞在非淋巴组织中的适应性轨迹 | 首次详细描述了调节性T细胞在非淋巴组织中的亚群及其在不同组织中的适应性轨迹,并通过体内模型验证了预测的基因动力学 | NA | 探讨调节性T细胞在非淋巴组织中的表型和发育 | 小鼠皮肤和结肠中的CD4调节性T细胞和记忆T细胞 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 35,000个CD4调节性T细胞和记忆T细胞 | NA | NA | NA | NA | 
| 19528 | 2024-08-04 | Label-free single-cell analysis in microdroplets using a light-scattering-based optofluidic chip 
          2024-Jun-01, Biosensors & bioelectronics
          
          IF:10.7Q1
          
         
          DOI:10.1016/j.bios.2024.116148
          PMID:38428071
         | 研究论文 | 本研究提出了一种新颖的基于光散射的微滴单细胞分析方法 | 采用光散射技术实现对微滴中单细胞的无标签检测和特征分析 | 未提及具体实验数据和临床应用的验证 | 开发一种高通量、无标签的微滴单细胞分析平台 | 主要研究微滴中单细胞的光散射特性 | 数字病理 | NA | 光散射 | NA | NA | 研究中涉及到的微滴单细胞及其人工合成的胶珠 | NA | NA | NA | NA | 
| 19529 | 2024-08-04 | Identity and nature of neural stem cells in the adult human subventricular zone 
          2024-Apr-19, iScience
          
          IF:4.6Q1
          
         
          DOI:10.1016/j.isci.2024.109342
          PMID:38495819
         | 研究论文 | 本文探讨了成人人体旁脑室区的神经干细胞的存在及其特征 | 本研究首次通过单细胞转录组学揭示了成人旁脑室区存在多种神经干细胞状态并提供了单细胞细胞图谱 | 研究主要基于新鲜的神经外科样本,可能限制了样本的代表性 | 旨在确认成人人体旁脑室区神经干细胞的存在和特性 | 成人旁脑室区的神经干细胞 | NA | NA | 单细胞转录组学 | NA | 细胞转录组数据 | 新鲜的神经外科样本 | NA | NA | NA | NA | 
| 19530 | 2024-08-07 | odd skipped-related 2 as a novel mark for labeling the proximal convoluted tubule within the zebrafish kidney 
          2024-Mar-30, Heliyon
          
          IF:3.4Q1
          
         
          DOI:10.1016/j.heliyon.2024.e27582
          PMID:38496848
         | 研究论文 | 本文通过分析成年斑马鱼肾脏的单细胞转录组数据,发现odd-skipped-related 2(Osr2)在近端卷曲小管(PCT)中的表达,并生成了一种表达增强绿色荧光蛋白(EGFP)的转基因斑马鱼系,用于研究PCT的形态发生。 | 首次识别并利用Osr2作为标记物来标记斑马鱼肾脏中的PCT,并成功生成了一种转基因斑马鱼系,该系可以用于PCT的遗传和化学分析。 | 文章未明确提及研究的具体局限性。 | 研究近端卷曲小管(PCT)的形态发生及其在斑马鱼肾脏中的功能。 | 斑马鱼肾脏中的近端卷曲小管(PCT)。 | NA | NA | 单细胞转录组分析 | NA | 转录组数据 | 成年斑马鱼肾脏的单细胞样本 | NA | NA | NA | NA | 
| 19531 | 2024-08-07 | Temporospatial hierarchy and allele-specific expression of zygotic genome activation revealed by distant interspecific urochordate hybrids 
          2024-Mar-16, Nature communications
          
          IF:14.7Q1
          
         
          DOI:10.1038/s41467-024-46780-0
          PMID:38493164
         | 研究论文 | 本文通过研究两种深度分化(1.2亿年前)的栉水母物种的杂交后代,揭示了合子基因组激活(ZGA)的时空层次结构和等位基因特异性表达 | 本文首次通过单细胞RNA测序技术,揭示了ZGA的两个协调波,分别代表早期发育和管家基因的重新激活,并展示了空间异质性和细胞命运的显著相关性 | NA | 研究合子基因组激活(ZGA)的机制及其在早期胚胎发生中的作用 | 两种深度分化的栉水母物种的杂交后代 | 发育生物学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | NA | NA | NA | NA | NA | 
| 19532 | 2024-08-04 | Holistic exploration of CHGA and hsa-miR-137 in colorectal cancer via multi-omic data Integration 
          2024-Mar-15, Heliyon
          
          IF:3.4Q1
          
         
          DOI:10.1016/j.heliyon.2024.e27046
          PMID:38495181
         | 研究论文 | 本研究通过多组学数据整合,探索了与结直肠癌相关的mRNA-miRNA网络 | 提出了hsa-miR-137和Chromogranin A作为有前景的结直肠癌生物标志物 | 尽管蛋白质组分析未能直接相关,但多方面的方法提供了对结直肠癌复杂调控机制的全面理解 | 揭示与结直肠癌发病机制有关的复杂mRNA-miRNA网络 | 结直肠癌相关转录组和关键基因,其中特别关注Chromogranin A和hsa-miR-137 | 数字病理学 | 结直肠癌 | 微阵列、Bulk RNA-seq、单细胞RNA-seq | WGCNA | 转录组数据 | 多种数据集的综合,具体样本数量未明确提及 | NA | NA | NA | NA | 
| 19533 | 2024-08-07 | Identification of immune characteristic biomarkers and therapeutic targets in cuproptosis for sepsis by integrated bioinformatics analysis and single-cell RNA sequencing analysis 
          2024-Mar-15, Heliyon
          
          IF:3.4Q1
          
         
          DOI:10.1016/j.heliyon.2024.e27379
          PMID:38495196
         | 研究论文 | 本研究通过综合生物信息学分析和单细胞RNA测序分析,识别了铜依赖性细胞死亡(cuproptosis)在脓毒症中的免疫特征生物标志物和治疗靶点 | 首次揭示了cuproptosis在脓毒症免疫特征中的作用,并识别了关键的差异表达cuproptosis相关基因(DECuGs)和潜在的新药 | 研究依赖于已有的公开数据集,未涉及临床试验验证 | 探索cuproptosis在脓毒症中的免疫特征和潜在的治疗靶点 | 脓毒症患者的免疫细胞和cuproptosis相关基因 | 生物信息学 | 脓毒症 | 单细胞RNA测序 | 机器学习 | 基因表达数据 | 两个脓毒症数据集(GSE9960和GSE134347),具体样本数量未详细说明 | NA | NA | NA | NA | 
| 19534 | 2024-08-07 | Tumor-infiltrating CD8+ sub-populations in primary and recurrent glioblastoma: An in-silico study 
          2024-Mar-15, Heliyon
          
          IF:3.4Q1
          
         
          DOI:10.1016/j.heliyon.2024.e27329
          PMID:38495199
         | 研究论文 | 研究分析了原发性和复发性胶质母细胞瘤中肿瘤浸润性CD8+ T细胞的亚群,并探讨了其在肿瘤微环境中的作用 | 提供了原发性和复发性胶质母细胞瘤中CD8+ TILs亚群的详细图谱,为未来的精准免疫治疗提供了概念验证 | NA | 研究CD8+ TILs亚群在原发性和复发性胶质母细胞瘤中的分布及其在肿瘤微环境中的作用 | 原发性和复发性胶质母细胞瘤中的肿瘤浸润性CD8+ T细胞亚群 | 数字病理学 | 脑肿瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | NA | NA | NA | NA | NA | 
| 19535 | 2024-08-07 | Single-cell transcriptomes reveal the heterogeneity and microenvironment of vestibular schwannoma 
          2024-03-04, Neuro-oncology
          
          IF:16.4Q1
          
         
          DOI:10.1093/neuonc/noad201
          PMID:37862593
         | 研究论文 | 本研究使用单细胞RNA测序技术分析了前庭神经鞘瘤的异质性和微环境 | 首次在单细胞水平上揭示了前庭神经鞘瘤的微环境,并发现了与快速生长相关的特定细胞亚群 | 研究仅限于少数样本,可能需要更多样本以验证结果的普遍性 | 探究前庭神经鞘瘤的细胞异质性和微环境,以增进对该疾病临床表型的理解 | 前庭神经鞘瘤及其正常神经样本 | 数字病理学 | 前庭神经鞘瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组 | 7个前庭神经鞘瘤样本和2个正常神经样本 | NA | NA | NA | NA | 
| 19536 | 2024-08-07 | 5 signature genes revealed by single-cell profiling identified unique immune subtypes affecting the prognosis of ovarian cancer 
          2024-Mar, European review for medical and pharmacological sciences
          
         
          DOI:10.26355/eurrev_202403_35618
          PMID:38497886
         | 研究论文 | 本研究通过单细胞测序数据识别出五个与卵巢癌预后相关的标志性基因,并据此将患者分为五个亚型,分析了各亚型的临床预后和治疗反应 | 首次通过单细胞测序数据识别出五个影响卵巢癌预后的标志性基因,并据此进行患者亚型分类,为临床决策提供指导 | NA | 旨在识别预测卵巢癌临床预后的生物标志物,特别是针对免疫治疗和化疗的预后分组 | 卵巢癌患者的基因标志物和预后亚型 | 数字病理学 | 卵巢癌 | 单细胞RNA测序 | 共识聚类 | 基因表达数据 | TCGA-OV数据库中的患者样本 | NA | NA | NA | NA | 
| 19537 | 2024-08-07 | A comprehensive database of exosome molecular biomarkers and disease-gene associations 
          2024-Feb-15, Scientific data
          
          IF:5.8Q1
          
         
          DOI:10.1038/s41597-024-03015-7
          PMID:38360815
         | 研究论文 | 开发了一个综合数据库ExMdb,包含外泌体核酸生物标志物与疾病-基因关联信息 | 首次系统地整合了外泌体核酸生物标志物与疾病-基因关联的数据,并提供了大量的高通量数据支持 | NA | 探索复杂疾病的调控机制并促进诊断和治疗生物标志物的开发 | 外泌体核酸生物标志物及其与疾病基因的关联 | NA | NA | RNA测序(scRNA-seq) | NA | 数据集 | 4,586个实验支持的基因-疾病关联,13,768个诊断和治疗生物标志物,312,049个核酸亚细胞定位,164个高通量数据集 | NA | NA | NA | NA | 
| 19538 | 2024-08-04 | Integrating single-cell transcriptomics with cellular phenotypes: cell morphology, Ca2+ imaging and electrophysiology 
          2024-Feb, Biophysical reviews
          
          IF:4.9Q1
          
         
          DOI:10.1007/s12551-023-01174-2
          PMID:38495444
         | 综述 | 本文回顾了单细胞转录组学与细胞表型结合的最新技术进展 | 提出了一系列新的方法将scRNAseq与生物物理测量结合,为转录组数据与细胞功能之间的联系提供了生理学见解 | 文章中未明确提及具体的技术限制或挑战 | 旨在探讨如何通过结合单细胞转录组学和细胞表型来理解细胞状态及其功能 | 研究对象包括细胞形态、钙信号和电生理学等细胞功能指标 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 (scRNAseq) | NA | 转录组数据与生物物理测量数据 | 强调在具有可兴奋细胞类型的组织中的应用,例如大脑、胰岛和视网膜,但具体样本数未说明 | NA | NA | NA | NA | 
| 19539 | 2024-08-04 | DOT1L promotes expression of CD44 through the Wnt/β-catenin signaling pathway in early gastric carcinoma 
          2024, Journal of Cancer
          
          IF:3.3Q2
          
         
          DOI:10.7150/jca.90170
          PMID:38495505
         | 研究论文 | 本研究评估了DOT1L基因在胃癌组织中的表达及其促进癌症干细胞介导的上皮-间质转化的功能 | 发现DOT1L通过Wnt/β-连环蛋白信号通路促进CD44的表达,揭示了其在胃癌干细胞调节中的重要性 | 样本量相对较小,限制了结果的广泛适用性和外推性 | 研究DOT1L在早期胃癌中的作用及其机制 | 通过单细胞测序分析早期胃癌和低级别上皮内瘤变的组织样本 | 数字病理学 | 胃癌 | 全外显子测序、单细胞测序 | NA | 组织样本 | 24个样本(来自8名患者的3个阶段,其中每个阶段各8个样本) | NA | NA | NA | NA | 
| 19540 | 2024-08-04 | Identification of T-cell exhaustion-related genes and prediction of their immunotherapeutic role in lung adenocarcinoma 
          2024, Journal of Cancer
          
          IF:3.3Q2
          
         
          DOI:10.7150/jca.92839
          PMID:38495503
         | 研究论文 | 本文探讨了与T细胞耗竭相关的基因及其在肺腺癌免疫治疗中的预测作用 | 构建了一个基于T细胞耗竭的模型,用于评估肺腺癌患者的预后和免疫治疗反应 | 未提及具体的实验限制 | 探讨T细胞耗竭对肿瘤微环境的影响及其在肺腺癌中的作用 | 肺腺癌患者的RNA-seq数据 | 数字病理学 | 肺癌 | 单细胞RNA-seq (scRNA-seq),RNA-seq | LASSO-Cox分析 | 基因表达数据 | 来自TCGA和GEO的LUAD患者数据,涉及多个验证队列 | NA | NA | NA | NA |