单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 32005 篇文献，本页显示第 19421 - 19440 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 19421 | 2024-08-07 |
zUMIs - A fast and flexible pipeline to process RNA sequencing data with UMIs
2018-06-01, GigaScience
IF:11.8Q1
DOI:10.1093/gigascience/giy059
PMID:29846586
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研究论文 | zUMIs是一个快速灵活的流程，用于处理带有UMIs的RNA测序数据 | zUMIs能够处理已知和随机的BCs，并有效折叠UMIs，还具有自适应降采样功能，有助于处理差异巨大的文库大小 | NA | 开发一个适用于使用BCs和UMIs的主要scRNA-seq协议的数据处理流程 | 单细胞RNA测序数据 | 测序技术 | NA | RNA-seq | NA | 文本 | 数百或数千个细胞 | NA | NA | NA | NA |
| 19422 | 2024-08-07 |
Absence of NEFL in patient-specific neurons in early-onset Charcot-Marie-Tooth neuropathy
2018-Jun, Neurology. Genetics
DOI:10.1212/NXG.0000000000000244
PMID:29888333
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研究论文 | 本研究使用患者特异性神经元培养物，探讨了神经丝轻链（NEFL）隐性无义突变在早发性夏科-马里-图斯（CMT）疾病中的分子遗传机制 | 首次展示了隐性无义突变导致NEFL mRNA几乎完全丢失，进而导致患者培养神经元中NEFL蛋白完全缺失，并提出神经丝积累可能是模拟NEFL缺失的一种机制 | 研究仅基于单一患者样本，可能存在样本代表性不足的问题 | 探究NEFL隐性无义突变在早发性CMT疾病中的分子遗传机制 | 患者特异性神经元培养物 | NA | 神经退行性疾病 | 定量PCR、蛋白质分析、免疫细胞化学、电子显微镜、单细胞转录组学 | NA | mRNA、蛋白质 | 单一患者样本 | NA | NA | NA | NA |
| 19423 | 2024-08-07 |
The Evolution of Gene-Specific Transcriptional Noise Is Driven by Selection at the Pathway Level
2018-01, Genetics
IF:3.3Q2
DOI:10.1534/genetics.117.300467
PMID:29097405
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研究论文 | 本文利用单细胞转录组数据研究了家鼠基因特异性转录噪声的进化驱动力 | 首次揭示了生物途径层面的自然选择对基因特异性转录噪声的影响 | NA | 探讨基因特异性转录噪声的进化驱动力 | 家鼠的单细胞转录组 | NA | NA | 单细胞转录组学 | NA | 转录组数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 19424 | 2024-08-07 |
Bringing Renal Biopsy Interpretation Into the Molecular Age With Single-Cell RNA Sequencing
2018-01, Seminars in nephrology
IF:2.8Q2
DOI:10.1016/j.semnephrol.2017.09.005
PMID:29291760
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综述 | 本文综述了单细胞RNA测序技术在肾活检解释中的应用及其对肾脏疾病研究的影响 | 单细胞RNA测序技术能够同时测量数千个单细胞中的数千个基因表达，为全面描述人类肾脏疾病提供了新的视角 | NA | 探讨单细胞RNA测序技术在肾活检中的应用及其对肾脏疾病理解的潜在影响 | 肾活检样本及其在急性肾损伤、慢性肾脏病和同种异体移植功能障碍中的应用 | 数字病理学 | 肾脏疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞基因表达数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 19425 | 2024-08-07 |
Granatum: a graphical single-cell RNA-Seq analysis pipeline for genomics scientists
2017-Dec-05, Genome medicine
IF:10.4Q1
DOI:10.1186/s13073-017-0492-3
PMID:29202807
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研究论文 | 本文介绍了Granatum，一个基于网络的单细胞RNA测序（scRNA-Seq）分析管道，旨在使分析过程更广泛地适用于研究人员 | Granatum通过提供一个易于使用的图形界面，使没有编程技能的实验室科学家也能进行scRNA-Seq数据分析 | NA | 开发一个用户友好的scRNA-Seq数据分析工具，以促进单细胞RNA测序技术的广泛应用 | 单细胞RNA测序数据分析 | 基因组学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-Seq） | NA | 基因表达数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 19426 | 2024-08-07 |
The promise of single-cell RNA sequencing for kidney disease investigation
2017-12, Kidney international
IF:14.8Q1
DOI:10.1016/j.kint.2017.06.033
PMID:28893418
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综述 | 本文综述了单细胞RNA测序（scRNA-seq）技术的发展及其在肾脏疾病研究中的应用前景 | scRNA-seq技术能够在细胞分辨率下生成大量转录组数据，有助于发现新的细胞类型、状态和动态变化 | scRNA-seq数据分析存在计算挑战，且现有软件工具需进一步优化 | 探讨scRNA-seq技术在肾脏发育和疾病研究中的应用潜力 | 单细胞RNA测序技术及其在肾脏疾病研究中的应用 | 数字病理学 | 肾脏疾病 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 转录组数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 19427 | 2024-08-07 |
Comprehensive single-cell transcriptome analysis reveals heterogeneity in endometrioid adenocarcinoma tissues
2017-10-27, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-017-14676-3
PMID:29079795
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研究论文 | 本研究利用新开发的单细胞分析技术，对具有鳞状分化的子宫内膜样腺癌组织中的肌层浸润侧（M侧）和子宫内膜侧（E侧）进行了单细胞转录组分析，并分析了从同一组织中衍生的球状培养物，以识别体内干细胞性的潜在调节因子。 | 本研究首次在单细胞水平上揭示了子宫内膜样腺癌组织中的异质性，特别是E侧的癌细胞具有高度恶性特征，包括高表达与球状体特定肿瘤发生相关的标记物SOX2，以及E侧存在更多的上皮间质转化（EMT）细胞。 | 本研究仅限于对特定子宫内膜样腺癌组织的分析，其结果可能不适用于所有类型的子宫内膜样腺癌。 | 旨在通过单细胞转录组分析揭示子宫内膜样腺癌组织中的异质性，并探讨其对预后的影响。 | 研究对象为具有鳞状分化的子宫内膜样腺癌组织及其衍生的球状培养物。 | 数字病理学 | 子宫内膜样腺癌 | 单细胞分析 | NA | 转录组 | 研究涉及子宫内膜样腺癌组织的肌层浸润侧和子宫内膜侧，以及从同一组织中衍生的球状培养物。 | NA | NA | NA | NA |
| 19428 | 2024-08-07 |
Simultaneous epitope and transcriptome measurement in single cells
2017-Sep, Nature methods
IF:36.1Q1
DOI:10.1038/nmeth.4380
PMID:28759029
|
研究论文 | 本文介绍了一种名为CITE-seq的方法，该方法通过使用寡核苷酸标记的抗体，将细胞蛋白质和转录组测量整合到单细胞读出中 | CITE-seq方法能够同时测量单细胞中的表位和转录组，这是传统单细胞RNA测序所不能提供的 | NA | 开发一种能够同时测量单细胞中表位和转录组的新方法 | 单细胞中的表位和转录组 | 生物技术 | NA | CITE-seq | NA | 转录组数据 | 单细胞 | NA | NA | NA | NA |
| 19429 | 2024-08-04 |
Detailed survey of an in vitro intestinal epithelium model by single-cell transcriptomics
2024-Apr-19, iScience
IF:4.6Q1
DOI:10.1016/j.isci.2024.109383
PMID:38523788
|
研究论文 | 本研究使用单细胞RNA测序详细调查了两种成人结直肠癌细胞系共培养模型的细胞类型异质性 | 本研究通过单细胞转录组分析揭示了肠上皮模型的细胞类型异质性，并与人类生理进行全面比较 | 共培养模型无法完整模拟人类上皮的先天免疫特征 | 探索成人结直肠癌细胞系共培养模型的生物学特性及其与人类生理的相似性 | 两种成人结直肠癌细胞系Caco-2和HT29的共培养系统 | 数字病理学 | 结肠癌 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA-seq数据 | 使用两种结直肠癌细胞系的共培养系统 | NA | NA | NA | NA |
| 19430 | 2024-08-07 |
Mild hypothermia promotes neuronal differentiation of human neural stem cells via RBM3-SOX11 signaling pathway
2024-Apr-19, iScience
IF:4.6Q1
DOI:10.1016/j.isci.2024.109435
PMID:38523796
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研究论文 | 本研究探讨了轻度低温（35°C）对人类神经干细胞（hNSCs）神经元分化的影响 | 发现了轻度低温通过RBM3-SOX11信号通路促进hNSCs神经元分化的机制 | NA | 研究轻度低温对hNSCs神经元分化的影响及其机制 | 人类神经干细胞（hNSCs） | 神经科学 | 脑损伤 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 19431 | 2024-08-07 |
Single-cell and bulk RNA sequencing highlights the role of M1-like infiltrating macrophages in antibody-mediated rejection after kidney transplantation
2024-Mar-30, Heliyon
IF:3.4Q1
DOI:10.1016/j.heliyon.2024.e27865
PMID:38524599
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研究论文 | 本研究通过单细胞和批量RNA测序分析，揭示了肾移植后抗体介导排斥反应中M1样浸润巨噬细胞的作用 | 首次详细描述了肾移植后抗体介导排斥反应中巨噬细胞的亚群及其在病理和预后中的作用 | 研究主要基于已有的数据库和临床数据，未涉及前瞻性临床试验 | 探讨肾移植后抗体介导排斥反应中巨噬细胞的表型、起源和机制 | 肾移植后抗体介导排斥反应中的巨噬细胞 | 数字病理学 | 肾病 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA测序数据 | 五份肾移植后活检样本 | NA | NA | NA | NA |
| 19432 | 2024-08-04 |
Dynamic video recognition for cell-encapsulating microfluidic droplets
2024-Mar-25, The Analyst
DOI:10.1039/d4an00022f
PMID:38441128
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研究论文 | 本研究探讨了在微流体液滴视频识别中应用弱监督细胞计数网络的软件 | 提出了一种实时视频处理方法，能够在没有监督位置信息的情况下准确定位液滴和被包覆的细胞，并显著减少标注工作量 | 未提及研究的具体限制 | 优化液滴微流控技术中的质量控制，并提高基于视频识别的细胞包覆评估 | 主要研究不同微流体结构中包覆六种类型细胞/珠子的液滴 | 数字病理学 | NA | 弱监督细胞计数网络 | NA | 视频 | 六种类型的细胞/珠子液滴 | NA | NA | NA | NA |
| 19433 | 2024-08-04 |
Spatial High-resolution Analysis of Gene Expression Levels in Tendons
2024-Mar-08, Journal of visualized experiments : JoVE
DOI:10.3791/65852
PMID:38526117
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method paper | 本文集中于使用新型原位杂交实验分析肌腱组织中基因表达水平的空间方法 | 提出了一种新的在单细胞水平上检测目标RNA的技术，并增强了对肌腱细胞的分子表征 | 尚未讨论在多种动物模型或人类肌腱组织分析中的潜在局限性 | 研究和分析肌腱中基因表达水平的空间分布 | 肌腱组织中的特定细胞以及其他富含基质的组织如骨、软骨和韧带 | 数字病理学 | NA | 原位杂交 | NA | NA | 不同动物模型和人类肌腱组织的样本 | NA | NA | NA | NA |
| 19434 | 2024-08-04 |
Dynamic YAP expression in the non-parenchymal liver cell compartment controls heterologous cell communication
2024-Mar-04, Cellular and molecular life sciences : CMLS
IF:6.2Q1
DOI:10.1007/s00018-024-05126-1
PMID:38436764
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研究论文 | 该文章探讨了YAP和TAZ在小鼠非实质性肝细胞中的动态表达如何控制细胞间的通信。 | 提出了一种新的机制，说明YAP如何通过影响非实质性细胞的细胞间通信来促进炎症。 | 研究主要集中在小鼠模型，结果是否适用于人类尚不清楚 | 研究YAP和TAZ的失活对肝细胞特征和细胞间通信的影响 | 使用了专门缺失YAP和TAZ的小鼠模型进行观察 | 数字病理学 | 肝脏疾病 | 免疫组化，单细胞测序，蛋白质组学 | NA | 组织样本，血清 | YAPKO和DKO小鼠，具体样本数量未提及 | NA | NA | NA | NA |
| 19435 | 2024-08-07 |
GLIPR2: a potential biomarker and therapeutic target unveiled - Insights from extensive pan-cancer analyses, with a spotlight on lung adenocarcinoma
2024, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2024.1280525
PMID:38476239
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研究论文 | 本研究通过广泛的数据集分析，探讨了GLIPR2在多种人类恶性肿瘤中的表达情况及其作为生物标志物和治疗靶点的潜力，特别关注肺腺癌。 | 首次全面分析GLIPR2在多种癌症中的表达及其与免疫细胞浸润的关系，揭示了其在肺腺癌中的诊断和预后价值。 | NA | 探讨GLIPR2在多种癌症中的表达及其作为生物标志物和治疗靶点的潜力。 | GLIPR2在多种人类恶性肿瘤中的表达及其与免疫细胞浸润的关系。 | 数字病理学 | 肺腺癌 | RNA测序 | NA | 基因组数据 | 多中心队列涵盖多种癌症类型 | NA | NA | NA | NA |
| 19436 | 2024-08-07 |
Coniferyl ferulate alleviate xylene-caused hematopoietic stem and progenitor cell toxicity by Mgst2
2024, Frontiers in pharmacology
IF:4.4Q1
DOI:10.3389/fphar.2024.1334445
PMID:38523643
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序技术，探讨了松脂素阿魏酸酯（CF）通过靶向Mgst2基因减轻二甲苯引起的造血干细胞和祖细胞毒性的作用 | 首次揭示了松脂素阿魏酸酯通过靶向Mgst2基因减轻二甲苯引起的造血干细胞和祖细胞毒性的新机制 | NA | 探讨松脂素阿魏酸酯对二甲苯引起的造血干细胞和祖细胞毒性的缓解作用及其分子机制 | 造血干细胞和祖细胞（HSPCs）及二甲苯引起的毒性 | 数字病理学 | 血液疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 小鼠模型中的骨髓造血干细胞和祖细胞 | NA | NA | NA | NA |
| 19437 | 2024-08-04 |
Distinct mast cell subpopulations within and around lymphatic vessels regulate lymph flow and progression of inflammatory-erosive arthritis in TNF-transgenic mice
2023, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2023.1275871
PMID:38155962
|
研究论文 | 本文探讨了小鼠模型中肥大细胞对淋巴管功能和炎症侵蚀性关节炎的影响 | 首次阐明了不同肥大细胞亚群对关节淋巴流动及炎症-侵蚀性关节炎进展的调控作用 | 研究主要集中在TNF转基因小鼠上，缺乏对其他模型的验证 | 研究肥大细胞在肿瘤坏死因子转基因小鼠中对关节淋巴管功能和炎症-侵蚀性关节炎的作用 | TNF转基因小鼠和各种基因缺失小鼠，用于评估肥大细胞的作用 | 数字病理学 | 炎症性关节炎 | 单细胞RNA测序和免疫荧光显微镜 | TNF转基因小鼠 | 组织学和生物信息学数据 | TNF-tg小鼠、WT小鼠及cKit缺失小鼠共计数十只 | NA | NA | NA | NA |
| 19438 | 2024-08-05 |
The utilization of single-cell sequencing technology in investigating the immune microenvironment of ccRCC
2023, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2023.1276658
PMID:38090562
|
评论 | 本文回顾了单细胞测序技术在研究ccRCC免疫微环境中的应用。 | 文章创新地强调了单细胞测序技术如何揭示肿瘤微环境中特定细胞特征的重要性。 | 以往的先进测序方法忽视了特定较少的细胞特征，可能未能全面反映肿瘤微环境的复杂性。 | 探讨ccRCC中肿瘤微环境的特性及其免疫浸润的最新进展。 | ccRCC中肿瘤微环境和免疫浸润相关的细胞特征。 | 数字病理学 | 肾细胞癌 | 单细胞测序 | NA | 细胞特征数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 19439 | 2024-08-05 |
Identification of drug candidates targeting monocyte reprogramming in people living with HIV
2023, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2023.1275136
PMID:38077315
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研究论文 | 本文探讨了针对HIV感染者单核细胞重编程的药物候选物的识别 | 利用单细胞RNA测序技术识别用于逆转HIV感染者单核细胞转录表型的药物候选物 | 样本数量较小，仅限于200-HIV队列研究的部分参与者 | 评估组学技术在HIV感染者大规模队列中的应用可行性 | HIV感染者和健康对照者中的免疫细胞 | 数字病理学 | HIV | 单细胞RNA-seq、流式细胞术、蛋白质组学、ATAC-seq | NA | 血液样本 | 少量血液样本来自HIV感染者及健康对照者 | NA | NA | NA | NA |
| 19440 | 2024-08-05 |
Comprehensive analysis of mitophagy-related genes in NSCLC diagnosis and immune scenery: based on bulk and single-cell RNA sequencing data
2023, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2023.1276074
PMID:38155968
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研究论文 | 本研究系统分析了线粒体自噬与非小细胞肺癌（NSCLC）之间的关系 | 通过机器学习选择六个与线粒体自噬相关的特征基因并构建了NSCLC的诊断模型 | NA | 探索线粒体自噬在NSCLC中的潜在机制以及其与免疫微环境的关系 | 非小细胞肺癌患者的线粒体自噬相关基因 | 数字病理学 | 非小细胞肺癌 | RNA测序 | 机器学习模型 | 单细胞数据与大规模RNA测序数据 | NA | NA | NA | NA | NA |