单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
19401	2024-08-08	Gasdermin D Deficiency in Vascular Smooth Muscle Cells Ameliorates Abdominal Aortic Aneurysm Through Reducing Putrescine Synthesis 2023-02, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202204038 PMID:36567267	研究论文	本研究探讨了血管平滑肌细胞中Gasdermin D缺乏对腹主动脉瘤形成的影响及其机制	首次揭示了Gasdermin D通过调节腐胺合成影响腹主动脉瘤形成的机制	NA	研究血管平滑肌细胞中Gasdermin D缺乏对腹主动脉瘤形成的影响	血管平滑肌细胞和腹主动脉瘤	NA	腹主动脉瘤	单细胞转录组分析，代谢组学分析	NA	转录组数据，代谢数据	使用了载脂蛋白E缺陷小鼠模型
19402	2024-08-08	Conditional deletion of Hspa5 leads to spermatogenesis failure and male infertility in mice 2023-Feb-01, Life sciences IF:5.2Q1 DOI:10.1016/j.lfs.2022.121319 PMID:36574945	研究论文	本研究通过CRISPR/Cas9技术和Cre/Loxp系统生成了Hspa5基因的生殖细胞特异性缺失突变体（Hspa5-cKO），探讨了HSPA5在精子发生中的作用	首次通过条件性敲除Hspa5基因，揭示了HSPA5在精子发生中的关键作用	研究仅限于小鼠模型，尚未在人类中验证HSPA5的作用	探讨HSPA5在精子发生中的功能及其对雄性不育的影响	小鼠的精子发生过程及HSPA5基因的作用	NA	NA	CRISPR/Cas9技术，Cre/Loxp系统，单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA	P10时Hspa5-cKO小鼠和对照组的睾丸样本
19403	2024-08-08	Intermittent fasting reverses the declining quality of aged oocytes 2023-02-01, Free radical biology & medicine DOI:10.1016/j.freeradbiomed.2022.12.084 PMID:36581058	研究论文	研究探讨间歇性禁食（IF）对老年雌性小鼠卵子质量的影响及其机制	发现间歇性禁食能够通过恢复烟酰胺腺嘌呤二核苷酸（NAD+）/Sirt1介导的抗氧化防御系统，改善老年卵子的质量和胚胎发育	NA	研究间歇性禁食对生殖衰老的调节作用及其机制	老年雌性小鼠的卵子	NA	NA	单细胞转录组分析	NA	转录组	老年雌性小鼠
19404	2024-08-08	Comprehensive analysis identifies ARHGEF6 as a potential prognostic and immunological biomarker in lung adenocarcinoma 2023-Feb, Computers in biology and medicine IF:7.0Q1 DOI:10.1016/j.compbiomed.2022.106448 PMID:36586227	研究论文	本研究通过多种生物信息学工具和统计方法，发现ARHGEF6在肺腺癌中的表达显著下调，并具有高诊断价值和与免疫细胞浸润及免疫检查点的正相关性	首次揭示了ARHGEF6在肺腺癌中的潜在生物学作用，并证实其作为预后和免疫生物标志物的潜力	NA	探索ARHGEF6在肺腺癌中的生物学作用及其作为预后和免疫生物标志物的可能性	ARHGEF6在肺腺癌中的表达及其生物学功能	数字病理学	肺腺癌	生物信息学分析	NA	mRNA和蛋白质表达数据	包括A549和PC-9细胞以及正常肺上皮细胞
19405	2024-08-05	Impaired Human Cardiac Cell Development due to NOTCH1 Deficiency 2023-01-20, Circulation research IF:16.5Q1 DOI:10.1161/CIRCRESAHA.122.321398 PMID:36583388	研究论文	本研究探讨了NOTCH1缺失对人类心脏细胞发育的影响	首次揭示了NOTCH1在调节人类心脏谱系决定和心肌细胞增殖中的重要性	研究主要集中于体外实验，缺乏在体内的验证	了解NOTCH1缺失如何影响人类心脏细胞的发展和增殖	使用CRISPR技术删除人类诱导多能干细胞中的NOTCH1	数字病理学	先天性心脏缺陷	CRISPR/Cas9基因编辑	NA	单细胞RNA测序	使用的人类诱导多能干细胞样本数量未具体说明
19406	2024-08-08	Single-cell RNA sequencing uncovers dynamic roadmap and cell-cell communication during buffalo spermatogenesis 2023-Jan-20, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2022.105733 PMID:36582818	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术分析了3个月和24个月龄水牛睾丸中的32,000多个细胞，揭示了生殖细胞和体细胞发育的动态基因表达图谱及细胞间通信	首次在水牛模型中揭示了精子发生过程中的动态基因表达图谱和细胞间通信，为家畜优良品种的培育提供了理论基础	NA	揭示水牛精子发生过程中的动态变化和细胞间通信	水牛的生殖细胞和体细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	32,000多个细胞
19407	2024-08-05	Bubble: a fast single-cell RNA-seq imputation using an autoencoder constrained by bulk RNA-seq data 2023-01-19, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbac580 PMID:36567258	研究论文	提出了一种名为Bubble的快速单细胞RNA-seq插补方法	通过将匹配的bulk RNA-seq数据作为约束，减少了假阳性信号的引入	NA	开发一种识别和插补单细胞RNA-seq数据中缺失事件的方法	采用模拟数据和多种真实的scRNA-seq数据集进行验证	数字病理学	NA	RNA-seq	自动编码器	基因表达数据	使用模拟和几种真实的scRNA-seq数据集进行研究
19408	2024-08-08	SimCH: simulation of single-cell RNA sequencing data by modeling cellular heterogeneity at gene expression level 2023-01-19, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbac590 PMID:36575569	research paper	本文提出了一种名为SimCH的新型模拟工具，用于评估单细胞RNA测序（scRNA-seq）分析中的计算方法	SimCH采用高斯Copula框架来保留与细胞异质性相关的实验数据的基因共表达，生成的合成计数矩阵与实验数据高度匹配	NA	开发一种灵活且全面的模拟工具，用于评估scRNA-seq分析中的计算方法	单细胞RNA测序数据分析中的计算方法，包括细胞聚类、差异表达基因发现、轨迹推断、批次校正和插补	digital pathology	NA	scRNA-seq	Gaussian Copula	RNA sequencing data	NA
19409	2024-08-08	Inferring gene regulatory networks from single-cell gene expression data via deep multi-view contrastive learning 2023-01-19, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbac586 PMID:36585783	研究论文	本文提出了一种多视角对比学习模型DeepMCL，用于从多个数据源或时间点的单细胞RNA测序数据中推断基因调控网络	引入深度孪生卷积神经网络和对比损失学习基因对的低维嵌入，并通过注意力机制整合来自不同数据源和邻居基因对的嵌入	NA	推断基因调控网络以理解细胞内复杂的调控机制	单细胞RNA测序数据中的基因表达水平	生物信息学	NA	scRNA-seq	CNN	图像	多个数据源或时间点的单细胞RNA测序数据
19410	2024-08-08	Evaluation of single-cell RNAseq labelling algorithms using cancer datasets 2023-01-19, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbac561 PMID:36585784	研究论文	本文评估了17种基于细胞和9种基于聚类的单细胞RNA测序（scRNA-seq）标记算法在8个癌症数据集上的表现	首次在大规模癌症数据集上全面评估了多种scRNA-seq标记算法，并提供了算法选择建议	聚类方法在标记恶性细胞亚群时存在基因标记不足的问题	评估和比较不同scRNA-seq标记算法在癌症数据集上的性能	17种基于细胞和9种基于聚类的scRNA-seq标记算法	生物信息学	癌症	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	8个癌症数据集
19411	2024-08-08	Genome-wide inference reveals that feedback regulations constrain promoter-dependent transcriptional burst kinetics 2023-01-11, Nucleic acids research IF:16.6Q1 DOI:10.1093/nar/gkac1204 PMID:36583343	研究论文	本文开发了一种可解释且可扩展的推理框架，结合实验数据和机制模型，推断转录爆发动力学（大小和频率）及反馈调控	提出了一个结合单细胞RNA测序数据和机制模型的推理框架，用于分析转录爆发动力学和反馈调控	NA	理解静态启动子结构和动态反馈调控如何在全基因组范围内影响转录爆发	胚胎小鼠成纤维细胞的转录爆发动力学和反馈调控	基因组学	NA	单细胞RNA测序 (scRNA-seq)	NA	基因组数据	胚胎小鼠成纤维细胞
19412	2024-08-05	High-frequency and functional mitochondrial DNA mutations at the single-cell level 2023-01-03, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.2201518120 PMID:36577067	研究论文	本研究开发了一种经济有效的单细胞线粒体DNA定向测序方法，并验证了其在老年人样本中的可行性	提出了单细胞测序技术scSTAMP，能够提高针对线粒体DNA突变的检测效率	当前方法的提高效率仍然受到线粒体DNA目标率低的限制	旨在在单细胞层面量化线粒体DNA突变及其相关的致病效应	研究了来自76岁女性的768个B淋巴细胞和768个单核细胞中的线粒体DNA突变	数字病理	老年疾病	线粒体DNA靶向测序	NA	细胞样本	768个B淋巴细胞和768个单核细胞
19413	2024-08-08	Robotic data acquisition with deep learning enables cell image-based prediction of transcriptomic phenotypes 2023-01-03, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.2210283120 PMID:36577074	研究论文	本文开发了一种多功能机器人系统ALPS，用于基于显微镜观察的单细胞RNA测序，并通过深度学习从细胞图像中非侵入性地预测转录组定义的细胞表型	首次实现了通过细胞图像非侵入性地预测转录组定义的细胞表型，为实时确定活细胞的全转录组提供了一种新方法	NA	开发一种新方法，通过细胞图像非侵入性地预测转录组定义的细胞表型	单细胞转录组分析及细胞图像	机器学习	NA	单细胞RNA测序	深度学习	图像	NA
19414	2024-08-08	A novel molecular classification method for osteosarcoma based on tumor cell differentiation trajectories 2023-Jan-02, Bone research IF:14.3Q1 DOI:10.1038/s41413-022-00233-w PMID:36588108	研究论文	本研究基于单细胞RNA测序数据，提出了一种新的骨肉瘤分子分类方法，通过分析肿瘤细胞的分化轨迹，将骨肉瘤样本分为三个亚型	首次使用单细胞RNA测序技术进行骨肉瘤的分子亚分类，并发现了三种分化轨迹，为精准治疗提供了新的参考	研究样本数量有限，需要进一步扩大样本量以验证分类模型的准确性和普适性	开发一种新的骨肉瘤分子分类方法，以提高治疗选择和癌症患者的反应率	骨肉瘤样本及其肿瘤细胞的分化轨迹	数字病理学	骨肉瘤	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	分析了六个传统骨肉瘤和九个松质骨样本，并通过IHC染色验证了138个骨肉瘤样本
19415	2024-08-05	T cell-related prognostic risk model and tumor immune environment modulation in lung adenocarcinoma based on single-cell and bulk RNA sequencing 2023-01, Computers in biology and medicine IF:7.0Q1 DOI:10.1016/j.compbiomed.2022.106460 PMID:36565482	研究论文	本研究探讨了T细胞标记基因的表达特征，并基于这些基因构建了肺腺癌的预后风险模型	提出了基于T细胞标记基因的新的预后风险模型，能够提出LUAD患者的生存和治疗结果的预测	尚未提及模型的外部验证及在更大样本群体中的适用性	探索肺腺癌中T细胞标记基因的表达特征及其与免疫治疗反应的关系	涉及非小细胞肺癌患者的肺腺癌组织活检样本	数字病理学	肺癌	单细胞RNA测序和批量RNA测序	NA	细胞数据	包含6个组织活检样本，32,108个细胞
19416	2024-08-05	Analysis of Spatial Molecular Data 2023, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.) DOI:10.1007/978-1-0716-2914-7_20 PMID:36587134	研究论文	本文探讨了支持肿瘤异质性和空间分子数据分析的方法	提出了一种深度学习管道，能够从整个病理图像中生成有限的空间转录组学数据，及一个用于量化空间肿瘤异质性的算法	样本大小和数据集的多样性未在摘要中明确说明	旨在分析癌症诊断和治疗中的空间肿瘤异质性	重点研究从H&E全切片图像中提取的分子特征和转录组数据	数字病理学	癌症	深度学习	NA	图像	NA
19417	2024-08-08	Intratumor microbiome features reveal antitumor potentials of intrahepatic cholangiocarcinoma 2023 Jan-Dec, Gut microbes IF:12.2Q1 DOI:10.1080/19490976.2022.2156255 PMID:36563106	研究论文	本研究旨在分析肝内胆管癌（ICC）组织中的细菌群落特征，并探索其抗肿瘤潜力	通过16S rRNA测序和单细胞RNA测序（scRNA-seq）揭示了肿瘤内微生物群的多样性和其在肿瘤微环境中的分布	研究样本量有限，且未详细说明所鉴定细菌的具体种类及其在抗肿瘤机制中的确切作用	研究肝内胆管癌组织中的微生物组特征及其抗肿瘤潜力	肝内胆管癌组织及其微生物群	数字病理学	肝内胆管癌	16S rRNA测序, 单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	微生物DNA, 组织样本	99个组织样本
19418	2024-08-08	Altered phenotypic and metabolic characteristics of FOXP3+CD3+CD56+ natural killer T (NKT)-like cells in human malignant pleural effusion 2023, Oncoimmunology IF:6.5Q1 DOI:10.1080/2162402X.2022.2160558 PMID:36567801	研究论文	研究了人类恶性胸腔积液中FOXP3+CD3+CD56+自然杀伤T（NKT）样细胞的表型和代谢特征变化	首次揭示了FOXP3 NKT样细胞在人类恶性胸腔积液中的表型和代谢特征变化	NA	探讨恶性胸腔积液中NKT样细胞的表型和代谢特征变化	FOXP3+CD3+CD56+自然杀伤T（NKT）样细胞	免疫学	恶性胸腔积液	流式细胞术，免疫荧光染色，单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	细胞	NA
19419	2024-08-08	BCG-activation of leukocytes is sufficient for the generation of donor-independent innate anti-tumor NK and γδ T-cells that can be further expanded in vitro 2023, Oncoimmunology IF:6.5Q1 DOI:10.1080/2162402X.2022.2160094 PMID:36567803	研究论文	本文研究了BCG激活白细胞产生非供体依赖性的天然抗肿瘤NK和γδ T细胞，并能在体外进一步扩增	首次展示了BCG激活的γδ T细胞具有高IFNγ分泌特征和抗肿瘤功能，且能在体外扩增	BCG单独不能刺激纯化的γδ T细胞的扩增	探讨BCG激活白细胞产生抗肿瘤细胞的机制及其在免疫治疗中的应用	BCG激活的NK细胞和γδ T细胞	免疫学	膀胱癌	scRNA-seq, 流式细胞术, 功能性检测	NA	细胞	人类外周血单个核细胞
19420	2024-08-08	Single-cell RNA sequencing reveals resident progenitor and vascularization-associated cell subpopulations in rat annulus fibrosus 2023-Jan, Journal of orthopaedic translation IF:5.9Q1 DOI:10.1016/j.jot.2022.11.004 PMID:36568849	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术揭示了大鼠纤维环中存在的干细胞前体和血管化相关细胞亚群	发现了两个新的功能性纤维环细胞亚群，具有干细胞特性和血管化诱导潜力	NA	鉴定纤维环中的功能性细胞亚群，包括干细胞前体和血管化相关细胞	大鼠和人类的纤维环细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	大鼠和人类的纤维环样本