单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
1921	2025-07-21	scRECL: representative ensembles with contrastive learning for scRNA-seq data clustering analysis 2025-Jul-02, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbaf346 PMID:40671174	研究论文	提出了一种名为scRECL的对比集成学习方法，用于scRNA-seq数据的聚类分析	结合对比学习和集成学习，利用Siamese神经网络和多重图筛选噪声和冗余细胞，提高聚类分析的鲁棒性和效率	未提及具体的数据集或实验规模，可能影响方法的普适性验证	提高单细胞RNA测序数据聚类分析的鲁棒性和效率	单细胞RNA测序数据	机器学习	NA	scRNA-seq	Siamese神经网络	基因表达数据	NA
1922	2025-07-21	Anomaly detection in spatial transcriptomics via spatially localized density comparison 2025-Jul-01, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btaf242 PMID:40662796	研究论文	提出了一种名为Sardine的方法，用于检测空间转录组数据中的空间局部异常	Sardine通过空间局部密度估计来识别不同条件下细胞状态的局部空间变化，相比现有方法更准确地捕捉表达变化的空间模式	未明确提及具体局限性	开发一种能够识别空间转录组数据中局部异常变化的方法	空间转录组数据，特别是小鼠大脑皮层损伤前后和小鼠脊髓电疗过程中的数据	数字病理学	NA	空间转录组技术	NA	空间转录组数据	未明确提及具体样本数量，但涉及小鼠大脑皮层和脊髓的数据
1923	2025-07-21	Inactivation of Histone Chaperone HIRA Unmasks a Link Between Normal Embryonic Development of Melanoblasts and Maintenance of Adult Melanocyte Stem Cells 2025-Jul, Aging cell IF:8.0Q1 DOI:10.1111/acel.70070 PMID:40669469	研究论文	本研究探讨了组蛋白伴侣HIRA在小鼠色素系统中的双重作用，揭示了其在胚胎发育和成年黑色素干细胞维持中的关键功能	首次揭示了HIRA在胚胎发育阶段对黑色素细胞谱系特性和成年干细胞维持的长效影响，建立了胚胎发育与成年组织稳态的直接联系	研究仅限于小鼠模型，人类系统中的相关性尚待验证	阐明组蛋白伴侣HIRA在发育生物学和干细胞维持中的双重作用机制	小鼠黑色素细胞谱系（黑色素母细胞和黑色素干细胞）	发育生物学	衰老相关疾病	单细胞RNA测序(scRNA-seq)、ATAC-seq、基因敲除模型	条件性基因敲除小鼠模型	基因表达数据、染色质可及性数据	未明确说明具体样本数量，使用转基因小鼠模型和体外培养的melb-a黑色素母细胞
1924	2025-07-21	Itaconate suppresses neonatal intestinal inflammation via metabolic reprogramming of M1 macrophage 2025-Jul, Clinical and translational medicine IF:7.9Q1 DOI:10.1002/ctm2.70419 PMID:40673634	研究论文	该研究揭示了衣康酸（ITA）通过调控巨噬细胞代谢重编程对新生儿坏死性小肠结肠炎（NEC）的保护作用	首次发现ITA通过调节巨噬细胞代谢重编程（特别是线粒体功能和氧化磷酸化）来抑制M1型巨噬细胞极化，从而缓解NEC的肠道炎症损伤	研究主要基于小鼠模型，临床转化效果需进一步验证	探究ITA在NEC中的免疫调节机制及治疗潜力	新生儿坏死性小肠结肠炎（NEC）患者样本和ACOD1基因修饰小鼠模型	免疫代谢	坏死性小肠结肠炎	免疫荧光染色、液相色谱-质谱联用技术、单细胞测序	ACOD1-/-和ACOD1fl/flLysMcre基因敲除小鼠模型	蛋白质表达数据、代谢组数据、单细胞转录组数据	临床NEC样本（未明确数量）和转基因小鼠模型
1925	2025-07-21	PPARγ controls ESCRT-dependent fibroblast-like synoviocyte exosome biogenesis and alleviates chondrocyte osteoarthritis mediated by exosomal ANXA1 2025-Jul, Journal of orthopaedic translation IF:5.9Q1 DOI:10.1016/j.jot.2025.06.008 PMID:40678612	研究论文	本研究探讨了运动疗法通过PPARγ调控ESCRT依赖的成纤维样滑膜细胞外泌体生物发生，以及外泌体中的ANXA1蛋白如何减轻软骨细胞的骨关节炎	揭示了PPARγ通过ESCRT通路调控外泌体生物发生的新机制，并发现外泌体中的ANXA1蛋白通过抑制ERK磷酸化激活自噬和减少软骨细胞凋亡	研究未涉及PPARγ/ESCRT-FLSs外泌体ANXA1-ERK轴在人体中的验证	探索运动疗法对骨关节炎的治疗机制及外泌体在其中的作用	成纤维样滑膜细胞(FLSs)和软骨细胞	细胞生物学	骨关节炎	单细胞转录组测序、定量蛋白质组学、数据非依赖性采集	NA	转录组数据、蛋白质组数据	NA
1926	2025-07-21	Mesenchymal stem/stromal cell therapy improves immune recovery in a feline model of severe coronavirus infection 2025-Jun-25, Stem cells translational medicine IF:5.4Q1 DOI:10.1093/stcltm/szaf025 PMID:40659357	研究论文	本研究评估了同种异体间充质干细胞/基质细胞（MSC）疗法联合抗病毒治疗在猫传染性腹膜炎（FIP）中的安全性和有效性	首次在猫传染性腹膜炎模型中证明MSC疗法可增强免疫恢复，并通过单细胞RNA测序揭示免疫 rejuvenation的转录组变化	研究结束时仍存在残余细胞因子升高，表明慢性免疫调节异常特征可能未被完全解决	探索MSC疗法对严重冠状病毒感染引起的免疫功能障碍的改善作用	患有渗出性猫传染性腹膜炎的猫	兽医学与转化医学	冠状病毒感染（猫传染性腹膜炎）	单细胞RNA测序，血清细胞因子分析，流式细胞术	NA	转录组数据，细胞因子数据，免疫表型数据	未明确提及具体样本量（猫传染性腹膜炎患猫）
1927	2025-07-21	Regulatory network analysis of Dclk1 gene expression reveals a tuft cell-ILC2 axis that inhibits pancreatic tumor progression 2025-Jun-24, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2025.115734 PMID:40408246	研究论文	本研究通过Dclk1报告小鼠模型和单细胞RNA测序（scRNA-seq）定义了Dclk1表达细胞，揭示了其在胰腺肿瘤进展中的双重作用	揭示了Dclk1在胰腺肿瘤中的双重作用，并发现了一个保护性的tuft细胞-ILC2轴	未提及具体样本量，且研究结果可能仅适用于特定类型的胰腺肿瘤	研究Dclk1基因表达在胰腺肿瘤进展中的作用	Dclk1表达细胞及其在胰腺肿瘤中的功能	分子生物学	胰腺肿瘤	scRNA-seq	Dclk1报告小鼠模型	RNA测序数据	NA
1928	2025-07-21	The glycolytic reaction PGAM restrains Th17 pathogenicity and Th17-dependent autoimmunity 2025-Jun-24, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2025.115799 PMID:40482033	研究论文	本研究探讨了糖酵解反应PGAM如何调控Th17细胞的致病性及其在自身免疫性疾病中的作用	发现PGAM酶与Th17细胞致病性呈负相关，这与其它糖酵解酶的作用相反	研究主要基于小鼠模型，人类Th17细胞的类似机制需要进一步验证	阐明糖酵解反应对Th17细胞致病性的调控机制	Th17细胞及其在实验性自身免疫性脑脊髓炎中的作用	免疫代谢	自身免疫性疾病	单细胞RNA测序, Compass算法分析	实验性自身免疫性脑脊髓炎(EAE)小鼠模型	基因表达数据	NA
1929	2025-07-21	Tumor suppressors in Sox2-mediated lung cancers promote distinct cell-intrinsic and immunologic remodeling 2025-Jun-23, JCI insight IF:6.3Q1 DOI:10.1172/jci.insight.171364 PMID:40327401	研究论文	本研究探讨了肿瘤抑制基因Trp53和Pten在SOX2介导的非小细胞肺癌（NSCLC）中的协同作用及其对肿瘤微环境的影响	揭示了Trp53和Pten在SOX2介导的NSCLC肿瘤进展中的协同作用，以及它们对肿瘤粘蛋白产生和免疫微环境重塑的影响	研究主要基于小鼠模型，结果在人类患者中的适用性需要进一步验证	探究肿瘤抑制基因Trp53和Pten在SOX2介导的NSCLC中的作用机制	小鼠模型中的非小细胞肺癌（NSCLC）	肿瘤生物学	肺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	小鼠遗传模型	基因表达数据	多种遗传背景的小鼠模型（SNL, SNL-Trp53, SNL-Pten, LN2A）
1930	2025-07-21	Spatial Multiomics Toward Understanding Neurological Systems 2025-Jun, Journal of mass spectrometry : JMS IF:1.9Q2 DOI:10.1002/jms.5143 PMID:40360168	research paper	该论文探讨了空间多组学技术在理解神经系统动态生物过程中的应用	结合代谢组学、转录组学和蛋白质组学，提供更全面的分子景观研究	样本制备优化、分子完整性保持以及跨组学数据整合仍存在挑战	通过多模态成像技术增强对神经系统和复杂疾病的理解	大脑中的细胞类型及其相互作用	digital pathology	Alzheimer's disease, autism spectrum disorder	mass spectrometry imaging, spatial transcriptomics, spatial proteomics	NA	image, omics data	NA
1931	2025-07-21	Cell type-specific network analysis in Diversity Outbred mice identifies genes potentially responsible for human bone mineral density GWAS associations 2025-May-29, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.05.20.594981 PMID:38826475	研究论文	利用单细胞转录组学数据，通过细胞类型特异性网络分析，识别与人类骨矿物质密度GWAS关联相关的潜在基因	结合单细胞转录组学数据与GWAS结果，识别出21个网络驱动基因，这些基因可能通过间充质细胞分化调控骨矿物质密度	研究基于小鼠模型，结果在人类中的适用性需要进一步验证	解析骨矿物质密度GWAS关联的遗传变异，识别潜在的致病基因	多样性远交系小鼠的骨髓基质细胞在成骨条件下的单细胞转录组数据	基因组学	骨质疏松症	scRNA-seq, eQTL/sQTL分析	NA	单细胞转录组数据	多样性远交系小鼠的骨髓基质细胞
1932	2025-07-21	Library-based single-cell analysis of CAR signaling reveals drivers of in vivo persistence 2025-May-21, Cell systems IF:9.0Q1 DOI:10.1016/j.cels.2025.101260 PMID:40215972	研究论文	利用单细胞测序技术研究CAR信号传导，揭示驱动体内持久性的因素	首次系统性地研究了不同ICD架构如何通过单细胞测序在分子水平上指导T细胞功能	研究发现的持久性信号特征在实体瘤中不适用	解码CAR信号传导的设计原则，优化下一代ICD架构的体内功能	工程化T细胞及其表达的嵌合抗原受体（CARs）	单细胞分析	肿瘤	单细胞测序	NA	单细胞转录组数据	NA
1933	2025-07-21	Identification of maize genes that condition early systemic infection of sugarcane mosaic virus through single-cell transcriptomics 2025-May-12, Plant communications IF:9.4Q1 DOI:10.1016/j.xplc.2025.101297 PMID:40045576	研究论文	通过单细胞转录组学技术，研究甘蔗花叶病毒（SCMV）早期系统性感染玉米时，病毒积累与细胞内基因表达变化的共变异模式	首次利用单细胞RNA测序技术解析SCMV早期系统性感染过程中玉米细胞的基因表达变化，并鉴定出多个潜在的抗病毒或促病毒因子	研究仅关注早期感染阶段（症状出现前），未涉及感染后期或不同环境条件下的宿主-病毒互作	揭示植物病毒早期系统性感染的分子机制及宿主基因调控网络	甘蔗花叶病毒（SCMV）感染的玉米叶片细胞	植物病理学	植物病毒感染	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	单细胞转录组数据	SCMV感染的玉米叶片细胞（未明确样本数量）
1934	2025-07-21	Genetics- and age-driven neuroimmune and disc changes underscore herniation susceptibility and pain-associated behaviors in SM/J mice 2025-Apr-25, Science advances IF:11.7Q1 DOI:10.1126/sciadv.ado6847 PMID:40267183	研究论文	该研究通过SM/J小鼠模型探讨了遗传背景和老化对自发性椎间盘突出易感性及疼痛相关行为的影响	首次在野生型小鼠中建立了自发性椎间盘突出的病理模型，并揭示了神经免疫和椎间盘变化的分子机制	研究仅使用SM/J小鼠这一特定品系，结果可能不适用于其他遗传背景的小鼠或人类	探究遗传和年龄因素对椎间盘突出易感性及疼痛行为的分子机制	SM/J小鼠的腰椎间盘、背根神经节和脊髓组织	神经生物学	椎间盘疾病	转录组学分析、飞行时间细胞计数、单细胞RNA测序	SM/J小鼠模型	基因表达数据、细胞计数数据	未明确说明具体数量，但涉及SM/J小鼠的多组织分析
1935	2025-07-21	3D spatial transcriptomics reveals the molecular structure of input and output pathways in the mouse olfactory bulb 2025-Apr-23, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.02.19.639192 PMID:40060607	研究论文	利用3D空间转录组学技术重建小鼠嗅球的解剖和分子组织，揭示其对称性结构	首次提供了嗅球的全面分子图谱，揭示了其分子结构如何由上皮基因表达程序指导	研究仅针对小鼠嗅球，未涉及其他物种或脑区	理解嗅球的分子和结构对称性及其与感觉输入和皮层输出通路的关系	小鼠嗅球的分子和结构组织	神经科学	NA	3D空间转录组学	NA	空间转录组数据	近一千个分子上不同的肾小球
1936	2025-07-21	Accessing genetically defined cell types in the superior colliculus with transgenic mouse lines 2025-Apr-18, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2025.112194 PMID:40212591	研究论文	本文通过转基因小鼠品系研究了上丘中具有遗传定义的细胞类型	利用单细胞转录组学数据验证了形态学和转录组学神经元类型的相关性，并确定了用于遗传靶向上丘神经元类型的有用品系	部分测试小鼠中未观察到Cre或荧光表达与特定转录组神经元类型的对应关系	研究上丘中不同神经元亚型的功能	转基因小鼠品系中的上丘神经元	神经科学	NA	单细胞转录组学	NA	转录组数据	10个转基因小鼠品系
1937	2025-07-21	Altered baseline immunological state and impaired immune response to SARS-CoV-2 mRNA vaccination in lung transplant recipients 2025-Apr-15, Cell reports. Medicine DOI:10.1016/j.xcrm.2025.102050 PMID:40187358	研究论文	本研究通过多组学方法探讨了肺移植受者在基线状态和接种SARS-CoV-2 mRNA疫苗后的免疫状态，并与健康对照组进行了比较	揭示了肺移植受者基线免疫状态与严重COVID-19和败血症相似的免疫特征，并发现这些特征与疫苗反应受损相关	研究样本仅限于肺移植受者，可能不适用于其他器官移植患者	评估肺移植受者对SARS-CoV-2 mRNA疫苗的免疫反应及其基线免疫状态	肺移植受者和健康对照者	免疫学	COVID-19	多组学方法，单细胞RNA测序	NA	生物标志物数据，单细胞RNA测序数据	肺移植受者和健康对照者（具体数量未提及）
1938	2025-07-21	Comparative analysis of nuclei isolation methods for brain single-nucleus RNA sequencing 2025-Mar-26, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.03.25.645306 PMID:40196571	研究论文	比较分析用于大脑单核RNA测序的核分离方法	首次系统比较了三种不同机制的核分离方法对核完整性和后续数据质量的影响	研究仅针对大脑组织，未涵盖其他组织类型	评估不同核分离方法对单核RNA测序数据质量的影响	大脑组织中的细胞核	基因组学	NA	单核RNA测序(snRNA-seq)	NA	RNA测序数据	三种不同核分离方法处理的脑组织样本
1939	2025-03-22	Spatial Transcriptomics Reveals Differential Inflammatory Pathways in Discoid Lupus Erythematosus and Lichen Planus 2025-Mar-18, The Journal of investigative dermatology IF:5.7Q1 DOI:10.1016/j.jid.2025.02.148 PMID:40113031	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
1940	2025-07-21	Integrated 'omics analysis reveals human milk oligosaccharide biosynthesis programs in human lactocytes 2025-Mar-18, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.03.17.643803 PMID:40166160	研究论文	通过整合单细胞RNA测序数据和特定HMO浓度测量，揭示了人类乳腺细胞中母乳寡糖（HMO）的生物合成程序	鉴定了已知HMO合成基因在乳腺上皮细胞亚群中的差异表达模式，并提名了几个与HMO浓度变化相关的候选基因，同时发现了可能调控HMO生物合成基因表达的新基因模式和转录因子	研究仅基于单细胞RNA测序数据和有限的HMO浓度测量，未进行实验验证	揭示人类乳腺细胞中HMO的生物合成途径	人类乳腺细胞	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	未明确提及样本数量