单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 30454 篇文献，本页显示第 1921 - 1940 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1921 | 2025-07-17 |
Spatial isoform sequencing at sub-micrometer single-cell resolution reveals novel patterns of spatial isoform variability in brain cell types
2025-Jun-25, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.06.25.661563
PMID:40667010
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研究论文 | 本文开发了一种名为Spl-ISO-Seq2的空间长读技术及其配套软件，用于在亚微米单细胞分辨率下研究小鼠大脑中空间异构体的变异性 | 开发了220nm点大小和500nm分辨率的Spl-ISO-Seq2技术及其配套软件Spl-IsoQuant-2和Spl-IsoFind，首次在单细胞水平揭示了大脑细胞类型中空间异构体的新变异性模式 | 技术尚未达到纳米级分辨率，可能影响对更细微空间变异的检测 | 研究大脑细胞类型中空间异构体的变异性模式 | 成年小鼠大脑中的细胞类型，特别是少突胶质细胞和兴奋性神经元 | 空间转录组学 | NA | Spl-ISO-Seq2, 空间长读技术 | NA | 空间转录组数据 | 成年小鼠大脑样本 |
| 1922 | 2025-07-17 |
MYD88 mutations in clonal hematopoiesis promote inflammation and hematopoietic stem cell expansion
2025-Jun-25, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.06.19.660202
PMID:40667002
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研究论文 | 该研究探讨了MYD88突变在克隆造血中的作用及其对炎症和造血干细胞扩增的影响 | 揭示了MYD88突变在克隆造血中的功能增益作用及其通过激活先天免疫通路促进造血干细胞扩增的机制 | 未明确MYD88突变在不同类型癌症中的具体作用机制 | 研究MYD88突变在克隆造血中的作用及其与炎症和造血干细胞扩增的关系 | 造血干细胞和祖细胞(HSPCs) | 血液学 | 血液系统疾病 | 单细胞RNA测序 | 小鼠模型 | 基因测序数据 | 普通人群和新诊断的实体癌患者血液样本 |
| 1923 | 2025-07-17 |
Tumor Cells Enriched for Interferon and Inflammatory Programs Pre-Exist in High Grade Serous Ovarian Cancer and are Proportionately Significantly Increased Post Chemotherapy
2025-Jun-25, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.06.24.661404
PMID:40667229
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序分析化疗前后高级别浆液性卵巢癌（HGSOC）肿瘤细胞的转录组变化，揭示了干扰素和炎症基因特征在化疗后的显著增加 | 首次在HGSOC中发现了化疗前后干扰素和炎症基因特征的变化，并揭示了这些变化与内源性逆转录转座子LINE1的去抑制和先天免疫激活相关 | 样本量较小（7对匹配肿瘤），且仅关注了HGSOC，未涉及其他类型的卵巢癌 | 探索化疗后HGSOC肿瘤细胞的转录组变化及其潜在的生物学机制 | 高级别浆液性卵巢癌（HGSOC）肿瘤细胞 | 癌症生物学 | 卵巢癌 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq）、多重免疫荧光成像 | NA | 单细胞转录组数据、图像数据 | 7对匹配的化疗前后肿瘤样本，以及超过130个未经治疗的肿瘤样本 |
| 1924 | 2025-07-17 |
A spatial atlas of chemoradiation therapy in pancreatic cancer identifies cellular and microenvironmental determinants of persister populations
2025-Jun-25, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.06.20.660757
PMID:40667350
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研究论文 | 本研究构建了胰腺导管腺癌（PDAC）在放射治疗（RT）下的转录组景观，揭示了细胞亚型和空间解析的微环境，并开发了一种新的统计方法SpaCCI来分析细胞间相互作用 | 开发了SpaCCI方法用于空间数据中细胞类型混合物的分析，揭示了CXCL12/TGFβ驱动的持久性细胞生态位及其对RT的适应性机制 | 样本量相对较小（50例患者样本），且研究结果需要在更大的队列中进行验证 | 阐明PDAC对RT的适应性机制和细胞间相互作用 | 胰腺导管腺癌（PDAC）患者样本 | 数字病理学 | 胰腺癌 | 单细胞RNA测序、空间转录组学 | SpaCCI | 转录组数据 | 50例患者样本（16例纵向匹配的单细胞RNA测序样本和34例空间转录组样本） |
| 1925 | 2025-07-17 |
The transcriptome of playfulness is sex biased in the juvenile rat medial amygdala: A role for inhibitory neurons
2025-Jun-24, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2025.115782
PMID:40478737
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研究论文 | 本研究探讨了幼年大鼠内侧杏仁核中与玩耍行为相关的转录组性别差异，并发现抑制性神经元在这一性别差异中起主要作用 | 首次揭示了幼年大鼠内侧杏仁核中与玩耍行为相关的转录组性别差异，并确定抑制性神经元是驱动这一差异的关键因素 | 研究仅在大鼠中进行，结果是否适用于其他物种尚不清楚 | 探索玩耍行为性别差异的分子机制 | 幼年大鼠的内侧杏仁核 | 神经科学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 未明确说明样本数量，研究对象为幼年大鼠 |
| 1926 | 2025-07-17 |
Immunosuppressive Tumor Microenvironment of Osteosarcoma
2025-Jun-24, Cancers
IF:4.5Q1
DOI:10.3390/cancers17132117
PMID:40647416
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序和空间转录组学分析，揭示了骨肉瘤的免疫抑制微环境及其关键细胞类型和相互作用 | 首次在骨肉瘤中系统描述了免疫抑制微环境的细胞组成和相互作用机制，特别是MDSCs与其他细胞的相互作用导致NF-κB上调 | 样本量较小（12个活检样本），可能需要更大规模的研究验证发现 | 深入理解骨肉瘤的免疫微环境特征及其在肿瘤进展中的作用 | 骨肉瘤肿瘤活检样本 | 肿瘤免疫学 | 骨肉瘤 | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | 细胞-细胞通讯模型 | RNA测序数据 | 12个骨肉瘤活检样本（6个新测序+6个已发表） |
| 1927 | 2025-07-17 |
Developmental Plasticity and Stromal Co-option Shape a Pituitary Neuroendocrine Tumor Transcriptional Continuum
2025-Jun-24, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.06.18.659743
PMID:40666832
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research paper | 该研究通过单核RNA测序和空间转录组学技术，揭示了垂体神经内分泌肿瘤（PitNETs）的细胞起源、分子异质性和微环境相互作用 | 发现了正常和肿瘤组织中多激素神经内分泌细胞的存在，揭示了垂体神经内分泌肿瘤的转录连续性和细胞起源的多样性，挑战了传统的分类方法 | 研究样本量虽大，但可能仍不足以涵盖所有类型的PitNETs，且空间转录组学的分辨率有限 | 解析垂体神经内分泌肿瘤的细胞起源、分子异质性和微环境相互作用 | 人类正常垂体和垂体神经内分泌肿瘤 | digital pathology | pituitary neuroendocrine tumors | 单核RNA测序（snRNA-seq）, 空间转录组学 | NA | RNA序列数据, 空间转录组数据 | 419,874个细胞来自人类正常垂体和PitNETs |
| 1928 | 2025-07-17 |
Spatially defined multicellular functional units in colorectal cancer revealed from single cell and spatial transcriptomics
2025-Jun-24, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2022.10.02.508492
PMID:40667258
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序和空间转录组学技术，揭示了结直肠癌中空间定义的多细胞功能单元 | 结合单细胞RNA-seq、Slide-seq空间转录组学和多重RNA分析，创建了健康和异常结肠细胞生态系统的详细空间图谱，并发现了细胞邻域的组织方式 | 研究主要基于小鼠模型，虽然与人类数据有相关性，但直接应用于人类疾病仍需进一步验证 | 揭示结直肠癌中细胞的空间组织和功能相互作用 | 健康和异常结肠细胞生态系统 | 数字病理学 | 结直肠癌 | 单细胞RNA-seq, Slide-seq空间转录组学, 多重RNA分析 | NA | RNA-seq数据, 空间转录组数据 | 诱导性遗传CRC小鼠模型及人类CRC样本 |
| 1929 | 2025-07-17 |
Cerebellum metastasis model of HER2-positive breast cancer unveils key role of IL34-induced Arg1+ macrophages
2025-Jun-23, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.06.17.660224
PMID:40666928
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研究论文 | 本研究开发了一种HER2阳性乳腺癌小脑转移的同源免疫活性小鼠模型，揭示了IL34诱导的Arg1+巨噬细胞在转移过程中的关键作用 | 首次开发了HER2阳性乳腺癌小脑转移的免疫活性小鼠模型，并发现IL34通过诱导Arg1+巨噬细胞促进转移生长 | 研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类患者中验证 | 探究HER2阳性乳腺癌小脑转移的机制并寻找潜在治疗靶点 | HER2阳性乳腺癌小脑转移 | 肿瘤学 | 乳腺癌 | 空间转录组学、MRI、光学成像 | 小鼠模型 | 影像数据、转录组数据 | 未明确说明小鼠数量 |
| 1930 | 2025-07-17 |
QCatch: A framework for quality control assessment and analysis of single-cell sequencing data
2025-Jun-22, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.06.15.659779
PMID:40667252
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research paper | 介绍了一个名为QCatch的Python命令行工具，用于生成单细胞测序数据的全面交互式QC报告 | QCatch专门针对alevin-fry和simpleaf的输出设计，提供标准化的QC报告，并支持无缝集成到下游分析工作流中 | NA | 提高单细胞测序数据分析的质量控制水平 | 单细胞测序数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞测序 | NA | 测序数据 | NA |
| 1931 | 2025-07-17 |
Spatial Transcriptomics Analysis Uncovers ER stress in MANF-deficient Purkinje Cells Underlying Alcohol-induced Cerebellar Vulnerability in Mice
2025-Jun-21, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.06.19.660571
PMID:40667236
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研究论文 | 本研究通过空间转录组学分析揭示了MANF缺失的小鼠Purkinje细胞在酒精诱导下内质网应激的性别特异性机制 | 首次发现MANF蛋白在酒精诱导的Purkinje细胞ER应激中的保护作用及其性别差异 | 研究仅限于小鼠模型，未在人类样本中验证 | 探究MANF蛋白在酒精诱导的Purkinje细胞ER应激中的保护机制 | MANF敲除小鼠的Purkinje细胞 | 神经科学 | 酒精性神经毒性 | 空间转录组学分析、高通量原位分析 | MANF敲除小鼠模型 | 基因表达数据、行为学数据 | 性别特异性MANF敲除小鼠群体 |
| 1932 | 2025-07-17 |
Combining Machine Learning and Multiplexed, In Situ Profiling to Engineer Cell Type and Behavioral Specificity
2025-Jun-21, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.06.20.660790
PMID:40667316
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研究论文 | 本文介绍了一种结合机器学习和多重原位分析的技术平台ESCargoT，用于加速背侧脊髓中增强子的发现，以实现对神经回路的精确控制 | 开发了ESCargoT平台，结合机器学习引导的增强子优先级排序、模块化AAV组装和多重筛选，实现了对背侧脊髓中多种细胞类型增强子的高效发现和验证 | 研究主要针对背侧脊髓，可能不适用于其他神经区域；增强子的功能特异性在跨物种应用中可能存在差异 | 加速背侧脊髓中增强子的发现，开发针对特定细胞类型的基因靶向工具和基因疗法 | 背侧脊髓中的少突胶质细胞和15种背角神经元亚型 | 机器学习 | 疼痛和瘙痒相关疾病 | 机器学习、多重AAV组装、原位分析 | 机器学习模型 | 染色质可及性数据、空间表达数据 | 27个增强子-AAV文库在小鼠中进行测试 |
| 1933 | 2025-07-17 |
Thymic DC2 are heterogenous and include a novel population of transitional dendritic cells
2025-Jun-18, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.06.13.659520
PMID:40666966
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research paper | 该研究通过单细胞转录组学和谱系定义小鼠模型，揭示了胸腺髓系细胞的多样性和发育特性，特别是对DC2亚群的异质性进行了详细描述 | 发现胸腺DC2亚群实际上由4种不同的细胞谱系组成，包括单核细胞来源的DC和巨噬细胞，以及一种新型的CX3CR1+过渡性DC(tDC)群体 | 研究主要基于小鼠模型，结果在人类系统中的适用性需要进一步验证 | 阐明胸腺髓系细胞的起源、发育和稳态，特别是DC2亚群的异质性 | 胸腺髓系细胞，特别是DC2亚群 | 免疫学 | NA | 单细胞转录组学，谱系定义小鼠模型 | NA | 单细胞RNA测序数据 | NA |
| 1934 | 2025-07-17 |
The Human LRRK2-R1441G Mutation Drives Age-Dependent Oxidative Stress and Mitochondrial Dysfunction in Dopaminergic Neurons
2025-Jun-17, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.06.16.660029
PMID:40667152
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研究论文 | 研究LRRK2-R1441G突变如何影响中脑多巴胺神经元的线粒体功能 | 揭示了LRRK2-R1441G突变导致的多巴胺神经元中线粒体功能障碍和氧化应激的年龄依赖性变化 | 研究仅基于转基因小鼠模型，未涉及人类样本 | 探讨LRRK2-R1441G突变在帕金森病发病机制中的作用 | 中脑多巴胺神经元 | 神经科学 | 帕金森病 | 双光子成像、空间转录组学、GeoMx Digital Spatial Profiler | BAC转基因小鼠模型 | 图像、转录组数据 | 3、6和10个月大的转基因小鼠 |
| 1935 | 2025-07-17 |
Single-Cell Profiling of Lichen Planus Reveals Type I IFN Response Triggering the Interface Dermatitis Reaction
2025-Jun-09, The Journal of investigative dermatology
IF:5.7Q1
DOI:10.1016/j.jid.2025.04.043
PMID:40499747
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序技术揭示了扁平苔藓（LP）皮肤病变中I型干扰素（IFN）反应在界面皮炎反应中的关键作用 | 首次在LP病变皮肤中鉴定出I型IFN富集环境，并揭示了IFN对炎症性角质形成细胞和成纤维细胞的独特影响，以及IFN-β在角质形成细胞与CD8 T细胞相互作用中的功能效应 | 研究主要基于体外模型，可能无法完全反映体内复杂环境 | 探究LP的免疫发病机制及驱动界面皮炎反应的潜在机制 | 扁平苔藓患者病变皮肤与健康对照皮肤 | 免疫学 | 皮肤病 | 单细胞RNA测序 | 体外共培养模型 | RNA测序数据 | 未明确说明样本数量（LP患者与健康对照皮肤样本） |
| 1936 | 2025-07-17 |
OrgaCCC: Orthogonal graph autoencoders for constructing cell-cell communication networks on spatial transcriptomics data
2025-Jun, PLoS computational biology
IF:3.8Q1
DOI:10.1371/journal.pcbi.1013212
PMID:40577399
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研究论文 | 提出了一种基于正交图自编码器的方法OrgaCCC，用于在空间转录组数据上构建细胞间通讯网络 | 使用两个正交耦合的变分图自编码器在细胞/点和基因维度上捕获特征，并通过最大化重建特征之间的相似性来结合它们 | 依赖于基因表达谱、空间位置和配体-受体关系的信息，可能受限于这些数据的质量和覆盖范围 | 提高细胞间通讯推断的准确性和可靠性 | 空间转录组数据中的细胞间通讯 | 生物信息学 | NA | 空间转录组学 | 变分图自编码器 | 基因表达数据、空间位置数据 | 五个空间转录组数据集 |
| 1937 | 2025-07-17 |
Mechanisms of Sepsis from a Metabolic Immunology Perspective: A Bidirectional Mendelian Randomization and Single-Cell Sequencing Study of CD39+ Cells
2025-May-27, Shock (Augusta, Ga.)
DOI:10.1097/SHK.0000000000002633
PMID:40663487
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研究论文 | 该研究通过双向孟德尔随机化和单细胞测序技术，探讨了CD39+细胞在脓毒症发病机制中的代谢免疫学作用 | 首次整合双向孟德尔随机化和单细胞转录组学方法，揭示了CD39+CD8+T细胞通过代谢中间体如硫酸雄酮促进脓毒症进展的新机制 | 研究样本量相对有限，且仅分析了特定数据库的单细胞数据 | 阐明免疫表型与代谢物在脓毒症发病中的相互作用机制 | 脓毒症患者和对照组的免疫细胞及代谢物 | 代谢免疫学 | 脓毒症 | 双向孟德尔随机化(MR), 单细胞转录组测序 | NA | 基因组关联研究(GWAS)数据, 单细胞RNA测序数据 | 11,643例脓毒症病例, GSE167363数据库的脓毒症与对照样本 |
| 1938 | 2025-07-17 |
Molecular pathology of acute spinal cord injury in middle-aged mice
2025-May-14, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.05.08.652873
PMID:40463189
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研究论文 | 本研究比较了年轻和中老年小鼠在脊髓损伤后的行为、组织病理学和转录组学结果 | 首次对中老年小鼠脊髓损伤后的转录组学变化进行了全面研究 | 研究仅局限于小鼠模型，结果可能无法完全适用于人类 | 探究年龄对脊髓损伤病理生物学的影响 | 年轻(2-4个月)和中老年(10-12个月)小鼠 | 分子病理学 | 脊髓损伤 | 空间转录组学、单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 年轻和中老年小鼠群体 |
| 1939 | 2025-07-17 |
Long-read sequencing transcriptome quantification with lr-kallisto
2025-Jan-29, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.07.19.604364
PMID:39071335
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研究论文 | 本文介绍了一种名为lr-kallisto的方法，用于长读长测序数据的转录本定量分析 | 开发了lr-kallisto方法，将kallisto的RNA-seq定量方法适配于长读长测序技术，提高了定量分析的准确性和速度 | 未提及具体样本量或实验验证的广泛性 | 解决长读长测序数据中转录本异构体定量分析的生物信息学挑战 | 长读长测序数据中的转录本异构体 | 生物信息学 | NA | ONT长读长测序 | kallisto | RNA-seq数据 | NA |
| 1940 | 2025-07-17 |
Overexpression of CX3CL1-CX3CR1 Signaling in the Stria Vascularis rather than the Basilar Membrane May Be the Trigger for Inflammaging in the Cochlea
2025, ORL; journal for oto-rhino-laryngology and its related specialties
DOI:10.1159/000545134
PMID:40058359
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研究论文 | 探讨CX3CL1-CX3CR1信号通路在耳蜗炎症衰老中的作用 | 首次揭示CX3CL1在耳蜗血管纹基底细胞中的过表达可能是激活老年性听力损失局部炎症微环境的触发点 | 需要进一步的体内干预实验验证 | 研究CX3CL1-CX3CR1信号通路在耳蜗炎症衰老中的角色 | 年轻和老年小鼠的耳蜗 | 生物医学 | 老年性听力损失 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq)、免疫荧光、实时定量PCR、Western blot、迁移实验 | NA | 基因表达数据、蛋白质数据 | 年轻和老年小鼠的耳蜗样本 |