单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
1921	2025-03-25	Runx2 drives Schwann cells repair phenotype switch through chromatin remodeling and Sox2 activation after nerve injury 2025-Mar-21, Molecular medicine (Cambridge, Mass.) DOI:10.1186/s10020-025-01142-4 PMID:40119274	research paper	本研究探讨了Runx2通过染色质重塑和Sox2激活调控雪旺细胞修复表型转换的机制	揭示了Runx2通过染色质重塑和转录因子激活调控雪旺细胞表型转换的新机制	研究主要基于大鼠模型，人类细胞中的机制尚需进一步验证	探究Runx2在神经损伤后雪旺细胞表型转换中的表观遗传调控机制	雪旺细胞	分子生物学	神经损伤	qPCR, ATAC测序, CUT&Tag测序, 单细胞RNA测序, 双荧光素酶报告基因检测	NA	转录组数据, 表观遗传数据, 单细胞RNA测序数据	健康成年Sprague-Dawley大鼠(100-150g)
1922	2025-03-25	Exploring cell-to-cell variability and functional insights through differentially variable gene analysis 2025-Mar-20, NPJ systems biology and applications IF:3.5Q1 DOI:10.1038/s41540-025-00507-z PMID:40113778	research paper	本文介绍了一种名为spline-DV的统计框架，用于通过单细胞RNA测序数据进行差异变异性分析，以探索细胞间变异性和功能见解	提出了spline-DV方法，专注于分析单细胞基因表达数据的变异性，而非仅关注平均表达水平	未提及具体的技术限制或数据局限性	开发一种新的统计方法，以更深入地理解细胞系统的变异性	单细胞RNA测序数据中的基因表达变异性	生物信息学	肥胖、纤维化和癌症	scRNA-seq	spline-DV	基因表达数据	NA
1923	2025-03-25	RNA m7G methylation regulators and targets significantly contribute to chronic obstructive pulmonary disease 2025-Mar-20, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-93901-w PMID:40113900	研究论文	本研究首次通过整合生物信息学方法探讨了m7G RNA甲基化调节因子在慢性阻塞性肺疾病(COPD)中的联合作用	首次发现m7G甲基化调节因子及其靶标在COPD中的重要作用，并鉴定出METTL1-CAT轴作为关键调控机制	研究结果需要进一步的实验验证	探讨m7G RNA甲基化在COPD发病机制中的作用	COPD患者和细胞早衰模型	生物信息学	慢性阻塞性肺疾病	生物信息学分析，单细胞测序，qRT-PCR，GSEA	机器学习算法	基因表达数据	未明确说明样本数量
1924	2025-03-25	Intratumoral microbiota-aided fusion radiomics model for predicting tumor response to neoadjuvant chemoimmunotherapy in triple-negative breast cancer 2025-Mar-20, Journal of translational medicine IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s12967-025-06369-7 PMID:40114207	研究论文	本研究开发了一种基于瘤内微生物组和放射组学的融合模型，用于预测三阴性乳腺癌患者对新辅助化疗免疫疗法的病理完全缓解	首次结合瘤内微生物组特征和多时间点MRI放射组学特征构建预测模型，显著提高了预测准确性	样本量相对有限（124例患者），需要更大规模的研究验证	开发预测三阴性乳腺癌患者对新辅助化疗免疫疗法反应的非侵入性工具	早期三阴性乳腺癌患者	数字病理学	乳腺癌	16S rDNA测序、单细胞RNA测序、MRI影像分析	融合放射组学模型	微生物组数据、单细胞RNA测序数据、MRI影像数据	124例患者（训练集88例，验证集36例）
1925	2025-03-25	Periarteriolar niches become inflamed in aging bone marrow, remodeling the stromal microenvironment and depleting lymphoid progenitors 2025-Mar-18, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.2412317122 PMID:40063797	研究论文	该研究通过单细胞RNA测序技术，揭示了衰老骨髓中LepR细胞和内皮细胞的变化及其对造血干细胞微环境的影响	首次发现衰老骨髓中动脉周围微环境炎症化现象，并阐明其通过干扰素依赖性机制重塑基质微环境并耗竭淋巴祖细胞	研究仅基于小鼠模型，未在人类样本中验证	探究骨髓基质细胞在衰老过程中的变化及其对造血功能的影响	小鼠骨髓基质细胞（LepR细胞和内皮细胞）	细胞生物学	衰老相关疾病	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	2月龄、12月龄和24月龄小鼠骨髓基质细胞
1926	2025-03-25	Cell type and region-specific transcriptional changes in the endometrium of women with RIF identify potential treatment targets 2025-Mar-18, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.2421254122 PMID:40063812	研究论文	通过空间转录组学分析，识别了复发性植入失败（RIF）女性子宫内膜中区域和细胞类型特异的基因表达差异，并提出了潜在的治疗靶点	首次使用空间转录组学技术对RIF患者子宫内膜进行区域和细胞类型特异的基因表达分析，并发现不同区域和细胞类型之间存在显著差异	样本量较小（每组8人），且仅针对特定时间点的子宫内膜进行分析	探索复发性植入失败的分子机制并寻找潜在治疗靶点	复发性植入失败（RIF）患者和生育能力正常女性（FC）的子宫内膜组织	生殖医学	不孕症	空间转录组学	NA	基因表达数据	8名RIF患者和8名生育能力正常女性的子宫内膜活检样本
1927	2025-03-25	Integrative single-cell and bulk RNA-seq analysis identifies lactylation-related signature in osteosarcoma 2025-Mar-12, Functional & integrative genomics IF:3.9Q1 DOI:10.1007/s10142-025-01559-4 PMID:40072643	研究论文	通过整合单细胞和批量RNA-seq分析，识别骨肉瘤中与乳酸化相关的基因特征	首次整合单细胞和批量RNA-seq数据，识别与乳酸代谢相关的基因特征，并构建风险模型以预测骨肉瘤患者的预后	研究依赖于公共数据集，未进行实验验证	阐明乳酸化相关基因在骨肉瘤中的作用，以提高预后准确性和增强免疫治疗效果	骨肉瘤患者	生物信息学	骨肉瘤	单细胞RNA-seq, 批量RNA-seq	LASSO算法, uni-Cox回归	RNA-seq数据	公共数据集中的样本（具体数量未提及）
1928	2025-03-25	SENSITIVITY BASED MODEL AGNOSTIC SCALABLE EXPLANATIONS OF DEEP LEARNING 2025-Mar-07, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.02.21.639516 PMID:40093081	research paper	本文介绍了一种名为SensX的模型无关可解释AI框架，用于解释深度学习模型的内部机制	SensX在准确性和计算时间上优于当前最先进的XAI方法，并能扩展到解释具有超过150,000个特征的视觉变换器模型	NA	开发一种可扩展的模型无关解释方法，以揭示深度学习模型从数据中学到的机制关系	深度学习模型（特别是视觉变换器模型和用于单细胞RNA-seq数据注释的DNNs）	machine learning	NA	single-cell RNA-seq	DNNs, ViT	gene expression data, facial images	NA
1929	2025-03-25	Analysis of Head and Neck Cancer scRNA-seq Data Identified PRDM6 Promotes Tumor Progression by Modulating Immune Gene Expression 2025-Mar-07, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.03.04.641548 PMID:40093183	研究论文	通过分析头颈癌单细胞RNA测序数据，发现PRDM6通过调节免疫基因表达促进肿瘤进展	首次揭示了PRDM6在促进肿瘤细胞增殖中的新作用，并发现HPV病毒致癌蛋白上调PRDM6表达	研究样本量有限，未进行大规模临床验证	探索头颈鳞状细胞癌中免疫应答基因的调控机制及其在肿瘤进展中的作用	头颈鳞状细胞癌患者样本	生物信息学	头颈癌	scRNA-seq	IRIS3	单细胞RNA测序数据	NA
1930	2025-03-25	Systematic evaluation of single-cell multimodal data integration for comprehensive human reference atlas 2025-Mar-06, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.03.06.637075 PMID:40093094	research paper	本文系统评估了单细胞多模态数据整合方法，用于构建全面的人类参考图谱	开发了可解释的机器学习工具scOMM，并系统评估了整合策略，提高了细胞类型识别和分辨率	研究主要关注肾脏皮层，可能不适用于所有复杂组织	评估单细胞多模态数据整合方法在构建人类参考图谱中的应用	119,744个高质量核/细胞，来自19名捐赠者的肾脏皮层	single-cell analysis	NA	scRNA-seq, snRNA-seq, snATAC-seq	interpretable machine learning (scOMM)	single-cell multimodal data	119,744个高质量核/细胞，来自19名捐赠者
1931	2025-03-25	Efficient count-based models improve power and robustness for large-scale single-cell eQTL mapping 2025-Mar-05, medRxiv : the preprint server for health sciences DOI:10.1101/2025.01.18.25320755 PMID:40093202	research paper	提出了一种名为jaxQTL的高效单细胞eQTL映射框架，用于分析大规模单细胞转录组数据	jaxQTL使用高效的基于计数的模型，能够识别低表达eGenes，并提高了对远端eQTLs的检测能力	虽然jaxQTL提高了eQTL的检测能力，但尚未完全解决GWAS与eQTLs之间的缺失联系	开发一种高效的单细胞eQTL映射方法，以识别疾病相关的eQTLs	单细胞转录组数据中的eQTLs	生物信息学	类风湿性关节炎	scRNA-seq	负二项模型	单细胞转录组数据	982个样本
1932	2025-03-25	Asymmetric Histone Inheritance Regulates Differential Transcription Re-initiation and Cell Fate Decisions in Mouse Olfactory Horizontal Basal Cells 2025-Mar-04, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.03.02.641101 PMID:40093102	研究论文	本研究探讨了小鼠嗅觉上皮中细胞分裂模式和组蛋白遗传模式，揭示了不对称组蛋白遗传在成年干细胞谱系中的生物学意义	首次在哺乳动物成年干细胞谱系中发现不对称组蛋白遗传现象，并阐明其与组织再生和动物行为的关联	研究仅聚焦于小鼠嗅觉水平基底细胞，其他干细胞系统的适用性尚待验证	探索哺乳动物中表观遗传的机制及其在细胞命运决定中的作用	小鼠嗅觉上皮的水平基底细胞(HBCs)	细胞生物学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	小鼠嗅觉上皮组织
1933	2025-03-25	Decoding neuronal wiring by joint inference of cell identity and synaptic connectivity 2025-Mar-04, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.03.04.640006 PMID:40093165	研究论文	该研究通过整合单细胞RNA测序数据和电子显微镜连接组数据，解码了果蝇腿部运动神经元回路的发育过程	开发了新型计算工具ConnectionMiner，首次实现了通过整合转录组和连接组数据来解析神经回路组装机制	研究仅针对果蝇腿部运动系统，结论在其他神经系统中的普适性有待验证	解析运动神经元回路在发育过程中如何建立连接	果蝇腿部运动神经元和前运动神经元	神经科学	NA	单细胞RNA测序(scRNAseq)，电子显微镜连接组学	ConnectionMiner(新型计算工具)	基因表达数据，神经连接数据	多个时间点的果蝇腿部运动神经元单细胞数据
1934	2025-03-25	MOSim: bulk and single-cell multilayer regulatory network simulator 2025-Mar-04, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbaf110 PMID:40116657	research paper	介绍了一个名为MOSim的R包，用于模拟批量（bulk）和单细胞（single-cell）多组学数据	MOSim能够模拟多种组学数据（如RNA-seq、ATAC-seq等），并支持不同的实验设计，包括基因共表达模式、生物学重复和条件间差异表达	未明确提及具体限制	开发一个工具，用于生成真实且多样化的多组学数据集，以支持方法测试和基准测试	批量（bulk）和单细胞（single-cell）多组学数据	machine learning	NA	RNA-seq, ATAC-seq, miRNA-seq, ChIP-seq, Methyl-seq	NA	multi-omics data	NA
1935	2025-03-25	AttentionGRN: a functional and directed graph transformer for gene regulatory network reconstruction from scRNA-seq data 2025-Mar-04, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbaf118 PMID:40116659	研究论文	提出了一种基于图变换器的新型模型AttentionGRN，用于从单细胞RNA测序数据中重建基因调控网络	利用软编码增强模型表达能力，设计了面向GRN的消息聚合策略，以捕捉有向网络结构信息和功能信息	NA	提高从scRNA-seq数据中推断基因调控网络的准确性	基因调控网络（GRNs）	生物信息学	NA	scRNA-seq	图变换器（graph transformer）	单细胞RNA测序数据	88个数据集
1936	2025-03-25	Machine Learning-Based Glycolipid Metabolism Gene Signature Predicts Prognosis and Immune Landscape in Oesophageal Squamous Cell Carcinoma 2025-Mar, Journal of cellular and molecular medicine IF:4.3Q2 DOI:10.1111/jcmm.70434 PMID:40119618	research paper	利用机器学习方法开发并验证了一种基于糖脂代谢相关基因的食管鳞状细胞癌预后模型	建立了一个稳健的15基因标志物，能有效将患者分为不同的风险组，并揭示了与免疫浸润模式的显著关联	研究依赖于TCGA和GEO数据集，可能受到数据来源的限制	预测食管鳞状细胞癌的预后并探索糖脂代谢与肿瘤免疫的关系	食管鳞状细胞癌患者	machine learning	oesophageal squamous cell carcinoma	machine learning, single-cell RNA sequencing	NA	gene expression data	TCGA和GEO数据集中的样本
1937	2025-03-25	CITEgeist: Cellular Indexing of Transcriptomes and Epitopes for Guided Exploration of Intrinsic Spatial Trends 2025-Feb-17, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.02.15.638331 PMID:40027773	研究论文	介绍了一种名为CITEgeist的新工具，该工具利用抗体捕获技术从同一组织切片中解卷积空间转录组数据	CITEgeist通过直接利用同一组织切片的细胞表面蛋白测量，避免了依赖scRNA-seq参考的限制，提供了一种经济高效且生物学基础坚实的替代方案	未明确提及具体限制，但可能依赖于抗体捕获技术的可用性和质量	开发一种无需scRNA-seq参考的空间转录组数据解卷积方法	空间转录组数据，特别是密集肿瘤微环境中的细胞类型解析	数字病理学	乳腺癌	抗体捕获技术，空间转录组学	数学优化模型	空间转录组数据	模拟数据和来自正在进行临床试验的ER+乳腺癌肿瘤的临床样本
1938	2025-03-25	Adenosine diphosphate stimulates VEGF-independent choroidal endothelial cell proliferation: A potential escape from anti-VEGF therapy 2025-Jan-28, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.2418752122 PMID:39835893	research paper	研究探讨了腺苷二磷酸（ADP）对视网膜脉络膜内皮细胞（EC）增殖的刺激作用及其与抗VEGF疗法逃逸的潜在关联	首次发现ADP能独立于VEGF通路刺激视网膜脉络膜内皮细胞增殖，并揭示了P2Y1受体在这一过程中的关键作用	研究主要基于体外实验和动物模型，尚未在人体临床试验中验证	探究组织特异性内皮细胞对普遍代谢物的血管功能响应机制	牛和人类眼源性内皮细胞（BCEC）	分子生物学	视网膜脉络膜新生血管疾病	单细胞转录组学、生化纯化技术	小鼠脉络膜新生血管模型	基因表达数据、细胞增殖数据	未明确说明样本数量（使用牛/人眼源性EC和小鼠模型）
1939	2025-03-25	Cloning and validating systems for high throughput molecular recording 2025, Methods in enzymology DOI:10.1016/bs.mie.2025.01.015 PMID:40121084	research paper	本文描述了用于构建分子记录谱系追踪系统的优化克隆和验证程序	利用CRISPR-Cas9条形码编辑技术在基因组整合的工程DNA盒中产生突变，通过单细胞RNA测序读取并生成高分辨率谱系树	未提及具体的技术限制或样本量不足的问题	开发和验证高通量分子记录技术，用于细胞历史信息的记录和存储	细胞谱系追踪系统	分子生物学	NA	CRISPR-Cas9条形码编辑, 单细胞RNA测序	NA	DNA序列, RNA序列	未提及具体样本数量
1940	2025-03-25	Proinflammatory immune cells disrupt angiogenesis and promote germinal matrix hemorrhage in prenatal human brain 2024-Nov, Nature neuroscience IF:21.2Q1 DOI:10.1038/s41593-024-01769-2 PMID:39349662	research paper	该研究揭示了产前人类大脑中促炎性免疫细胞如何破坏血管生成并促进生发基质出血的机制	首次展示了小胶质细胞与新生血管的年龄依赖性相互作用，并发现GMH患儿CD45细胞中活化的中性粒细胞和单核细胞通过产生促炎因子破坏血管完整性	研究主要基于小鼠模型和人类样本的体外分析，需要进一步验证这些发现在活体人类大脑中的适用性	探究早产儿生发基质出血(GMH)的发病机制	产前小鼠和人类大脑组织、早产儿CD45免疫细胞	神经发育疾病研究	生发基质出血(GMH)	单细胞转录组学、流式细胞术	NA	基因表达数据、细胞表型数据	未明确说明样本数量，涉及小鼠模型和人类早产儿样本