单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
19301	2024-08-08	SimCH: simulation of single-cell RNA sequencing data by modeling cellular heterogeneity at gene expression level 2023-01-19, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbac590 PMID:36575569	research paper	本文提出了一种名为SimCH的新型模拟工具，用于评估单细胞RNA测序（scRNA-seq）分析中的计算方法	SimCH采用高斯Copula框架来保留与细胞异质性相关的实验数据的基因共表达，生成的合成计数矩阵与实验数据高度匹配	NA	开发一种灵活且全面的模拟工具，用于评估scRNA-seq分析中的计算方法	单细胞RNA测序数据分析中的计算方法，包括细胞聚类、差异表达基因发现、轨迹推断、批次校正和插补	digital pathology	NA	scRNA-seq	Gaussian Copula	RNA sequencing data	NA
19302	2024-08-08	Inferring gene regulatory networks from single-cell gene expression data via deep multi-view contrastive learning 2023-01-19, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbac586 PMID:36585783	研究论文	本文提出了一种多视角对比学习模型DeepMCL，用于从多个数据源或时间点的单细胞RNA测序数据中推断基因调控网络	引入深度孪生卷积神经网络和对比损失学习基因对的低维嵌入，并通过注意力机制整合来自不同数据源和邻居基因对的嵌入	NA	推断基因调控网络以理解细胞内复杂的调控机制	单细胞RNA测序数据中的基因表达水平	生物信息学	NA	scRNA-seq	CNN	图像	多个数据源或时间点的单细胞RNA测序数据
19303	2024-08-08	Evaluation of single-cell RNAseq labelling algorithms using cancer datasets 2023-01-19, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbac561 PMID:36585784	研究论文	本文评估了17种基于细胞和9种基于聚类的单细胞RNA测序（scRNA-seq）标记算法在8个癌症数据集上的表现	首次在大规模癌症数据集上全面评估了多种scRNA-seq标记算法，并提供了算法选择建议	聚类方法在标记恶性细胞亚群时存在基因标记不足的问题	评估和比较不同scRNA-seq标记算法在癌症数据集上的性能	17种基于细胞和9种基于聚类的scRNA-seq标记算法	生物信息学	癌症	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	8个癌症数据集
19304	2024-08-08	Genome-wide inference reveals that feedback regulations constrain promoter-dependent transcriptional burst kinetics 2023-01-11, Nucleic acids research IF:16.6Q1 DOI:10.1093/nar/gkac1204 PMID:36583343	研究论文	本文开发了一种可解释且可扩展的推理框架，结合实验数据和机制模型，推断转录爆发动力学（大小和频率）及反馈调控	提出了一个结合单细胞RNA测序数据和机制模型的推理框架，用于分析转录爆发动力学和反馈调控	NA	理解静态启动子结构和动态反馈调控如何在全基因组范围内影响转录爆发	胚胎小鼠成纤维细胞的转录爆发动力学和反馈调控	基因组学	NA	单细胞RNA测序 (scRNA-seq)	NA	基因组数据	胚胎小鼠成纤维细胞
19305	2024-08-05	High-frequency and functional mitochondrial DNA mutations at the single-cell level 2023-01-03, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.2201518120 PMID:36577067	研究论文	本研究开发了一种经济有效的单细胞线粒体DNA定向测序方法，并验证了其在老年人样本中的可行性	提出了单细胞测序技术scSTAMP，能够提高针对线粒体DNA突变的检测效率	当前方法的提高效率仍然受到线粒体DNA目标率低的限制	旨在在单细胞层面量化线粒体DNA突变及其相关的致病效应	研究了来自76岁女性的768个B淋巴细胞和768个单核细胞中的线粒体DNA突变	数字病理	老年疾病	线粒体DNA靶向测序	NA	细胞样本	768个B淋巴细胞和768个单核细胞
19306	2024-08-08	Robotic data acquisition with deep learning enables cell image-based prediction of transcriptomic phenotypes 2023-01-03, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.2210283120 PMID:36577074	研究论文	本文开发了一种多功能机器人系统ALPS，用于基于显微镜观察的单细胞RNA测序，并通过深度学习从细胞图像中非侵入性地预测转录组定义的细胞表型	首次实现了通过细胞图像非侵入性地预测转录组定义的细胞表型，为实时确定活细胞的全转录组提供了一种新方法	NA	开发一种新方法，通过细胞图像非侵入性地预测转录组定义的细胞表型	单细胞转录组分析及细胞图像	机器学习	NA	单细胞RNA测序	深度学习	图像	NA
19307	2024-08-08	A novel molecular classification method for osteosarcoma based on tumor cell differentiation trajectories 2023-Jan-02, Bone research IF:14.3Q1 DOI:10.1038/s41413-022-00233-w PMID:36588108	研究论文	本研究基于单细胞RNA测序数据，提出了一种新的骨肉瘤分子分类方法，通过分析肿瘤细胞的分化轨迹，将骨肉瘤样本分为三个亚型	首次使用单细胞RNA测序技术进行骨肉瘤的分子亚分类，并发现了三种分化轨迹，为精准治疗提供了新的参考	研究样本数量有限，需要进一步扩大样本量以验证分类模型的准确性和普适性	开发一种新的骨肉瘤分子分类方法，以提高治疗选择和癌症患者的反应率	骨肉瘤样本及其肿瘤细胞的分化轨迹	数字病理学	骨肉瘤	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	分析了六个传统骨肉瘤和九个松质骨样本，并通过IHC染色验证了138个骨肉瘤样本
19308	2024-08-05	T cell-related prognostic risk model and tumor immune environment modulation in lung adenocarcinoma based on single-cell and bulk RNA sequencing 2023-01, Computers in biology and medicine IF:7.0Q1 DOI:10.1016/j.compbiomed.2022.106460 PMID:36565482	研究论文	本研究探讨了T细胞标记基因的表达特征，并基于这些基因构建了肺腺癌的预后风险模型	提出了基于T细胞标记基因的新的预后风险模型，能够提出LUAD患者的生存和治疗结果的预测	尚未提及模型的外部验证及在更大样本群体中的适用性	探索肺腺癌中T细胞标记基因的表达特征及其与免疫治疗反应的关系	涉及非小细胞肺癌患者的肺腺癌组织活检样本	数字病理学	肺癌	单细胞RNA测序和批量RNA测序	NA	细胞数据	包含6个组织活检样本，32,108个细胞
19309	2024-08-05	Analysis of Spatial Molecular Data 2023, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.) DOI:10.1007/978-1-0716-2914-7_20 PMID:36587134	研究论文	本文探讨了支持肿瘤异质性和空间分子数据分析的方法	提出了一种深度学习管道，能够从整个病理图像中生成有限的空间转录组学数据，及一个用于量化空间肿瘤异质性的算法	样本大小和数据集的多样性未在摘要中明确说明	旨在分析癌症诊断和治疗中的空间肿瘤异质性	重点研究从H&E全切片图像中提取的分子特征和转录组数据	数字病理学	癌症	深度学习	NA	图像	NA
19310	2024-08-08	Intratumor microbiome features reveal antitumor potentials of intrahepatic cholangiocarcinoma 2023 Jan-Dec, Gut microbes IF:12.2Q1 DOI:10.1080/19490976.2022.2156255 PMID:36563106	研究论文	本研究旨在分析肝内胆管癌（ICC）组织中的细菌群落特征，并探索其抗肿瘤潜力	通过16S rRNA测序和单细胞RNA测序（scRNA-seq）揭示了肿瘤内微生物群的多样性和其在肿瘤微环境中的分布	研究样本量有限，且未详细说明所鉴定细菌的具体种类及其在抗肿瘤机制中的确切作用	研究肝内胆管癌组织中的微生物组特征及其抗肿瘤潜力	肝内胆管癌组织及其微生物群	数字病理学	肝内胆管癌	16S rRNA测序, 单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	微生物DNA, 组织样本	99个组织样本
19311	2024-08-08	Altered phenotypic and metabolic characteristics of FOXP3+CD3+CD56+ natural killer T (NKT)-like cells in human malignant pleural effusion 2023, Oncoimmunology IF:6.5Q1 DOI:10.1080/2162402X.2022.2160558 PMID:36567801	研究论文	研究了人类恶性胸腔积液中FOXP3+CD3+CD56+自然杀伤T（NKT）样细胞的表型和代谢特征变化	首次揭示了FOXP3 NKT样细胞在人类恶性胸腔积液中的表型和代谢特征变化	NA	探讨恶性胸腔积液中NKT样细胞的表型和代谢特征变化	FOXP3+CD3+CD56+自然杀伤T（NKT）样细胞	免疫学	恶性胸腔积液	流式细胞术，免疫荧光染色，单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	细胞	NA
19312	2024-08-08	BCG-activation of leukocytes is sufficient for the generation of donor-independent innate anti-tumor NK and γδ T-cells that can be further expanded in vitro 2023, Oncoimmunology IF:6.5Q1 DOI:10.1080/2162402X.2022.2160094 PMID:36567803	研究论文	本文研究了BCG激活白细胞产生非供体依赖性的天然抗肿瘤NK和γδ T细胞，并能在体外进一步扩增	首次展示了BCG激活的γδ T细胞具有高IFNγ分泌特征和抗肿瘤功能，且能在体外扩增	BCG单独不能刺激纯化的γδ T细胞的扩增	探讨BCG激活白细胞产生抗肿瘤细胞的机制及其在免疫治疗中的应用	BCG激活的NK细胞和γδ T细胞	免疫学	膀胱癌	scRNA-seq, 流式细胞术, 功能性检测	NA	细胞	人类外周血单个核细胞
19313	2024-08-08	Single-cell RNA sequencing reveals resident progenitor and vascularization-associated cell subpopulations in rat annulus fibrosus 2023-Jan, Journal of orthopaedic translation IF:5.9Q1 DOI:10.1016/j.jot.2022.11.004 PMID:36568849	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术揭示了大鼠纤维环中存在的干细胞前体和血管化相关细胞亚群	发现了两个新的功能性纤维环细胞亚群，具有干细胞特性和血管化诱导潜力	NA	鉴定纤维环中的功能性细胞亚群，包括干细胞前体和血管化相关细胞	大鼠和人类的纤维环细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	大鼠和人类的纤维环样本
19314	2024-08-08	SOX4 is a novel phenotypic regulator of endothelial cells in atherosclerosis revealed by single-cell analysis 2023-01, Journal of advanced research IF:11.4Q1 DOI:10.1016/j.jare.2022.02.017 PMID:36585108	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析了动脉粥样硬化中的内皮细胞转录组，揭示了SOX4作为内皮细胞功能障碍的新型表型调节因子	发现SOX4是内皮细胞在动脉粥样硬化中的新型表型调节因子，并揭示了高血脂相关细胞因子和振荡血流作为SOX4的内源性诱导因素	NA	探究动脉粥样硬化中内皮细胞的转录组特征，识别内皮细胞功能障碍的新型调节因子，并提供动脉粥样硬化进展的机制性见解	动脉粥样硬化中的内皮细胞	数字病理学	心血管疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	转录组数据	使用西方饮食喂养的载脂蛋白E缺陷（ApoE-/-）小鼠的主动脉细胞，以及人冠状动脉和肾动脉的动脉粥样硬化组织
19315	2024-08-08	Multiplex immunofluorescence and single-cell transcriptomic profiling reveal the spatial cell interaction networks in the non-small cell lung cancer microenvironment 2023-01, Clinical and translational medicine IF:7.9Q1 DOI:10.1002/ctm2.1155 PMID:36588094	研究论文	本文通过多重免疫荧光技术和单细胞转录组测序，揭示了非小细胞肺癌微环境中细胞间的空间相互作用网络	首次利用多重免疫荧光技术同时检测多个标记物，并结合单细胞RNA测序技术，分析了肿瘤微环境中细胞的空间位置和相互作用	研究样本仅限于553例非小细胞肺癌病例，可能无法完全代表所有非小细胞肺癌患者的情况	研究非小细胞肺癌微环境中细胞的空间相互作用网络	非小细胞肺癌肿瘤切片中的细胞标记物和细胞间的空间关系	数字病理学	肺癌	多重免疫荧光技术，单细胞RNA测序	StarDist深度学习模型	图像，转录组数据	553例非小细胞肺癌肿瘤切片，4例非小细胞肺癌单细胞RNA测序样本
19316	2024-08-08	Benchmarking full-length transcript single cell mRNA sequencing protocols 2022-Dec-29, BMC genomics IF:3.5Q2 DOI:10.1186/s12864-022-09014-5 PMID:36581800	研究论文	本文评估了四种基于板的全长转录单细胞mRNA测序协议的性能	首次对四种不同板基单细胞RNA测序协议进行性能评估，特别是针对高基因检测灵敏度、样本间重复性和最小操作时间	仅评估了四种特定的板基单细胞RNA测序协议，未涉及其他类型的测序技术	评估不同单细胞mRNA测序协议在临床应用中的性能	四种基于板的单细胞RNA测序协议	基因组学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	未具体说明样本数量
19317	2024-08-08	Lack of evidence for increased transcriptional noise in aged tissues 2022-12-28, eLife IF:6.4Q1 DOI:10.7554/eLife.80380 PMID:36576247	研究论文	本文通过开发新的计算工具和分析方法，研究了衰老组织中转录噪音的变化，并发现转录噪音的增加并非衰老的普遍特征	开发了新的计算工具和方法来量化衰老相关的转录噪音，并分析了细胞类型特异性的转录噪音变化	研究仅限于分析已有的单细胞RNA测序数据集，可能未能涵盖所有类型的组织和细胞	探究衰老组织中转录噪音的变化是否为衰老的基本特征	衰老组织中的转录噪音变化及细胞类型特异性的转录噪音变化	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNAseq）	NA	基因表达数据	七个衰老数据集
19318	2024-08-08	Single-cell RNA sequencing revealed the liver heterogeneity between egg-laying duck and ceased-laying duck 2022-Dec-28, BMC genomics IF:3.5Q2 DOI:10.1186/s12864-022-09089-0 PMID:36577943	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术揭示了产蛋期和停蛋期鸭肝脏细胞的异质性	首次通过单细胞RNA测序技术揭示了产蛋期和停蛋期鸭肝脏细胞的异质性，并发现了与产蛋和停蛋相关的特定基因表达模式	NA	探究产蛋期和停蛋期鸭肝脏的分子机制	产蛋期和停蛋期鸭的肝脏细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	约20,000个单细胞
19319	2024-08-08	Dissecting the fate of Foxl2-expressing cells in fetal ovary using lineage tracing and single-cell transcriptomics 2022-Dec-27, Cell discovery IF:13.0Q1 DOI:10.1038/s41421-022-00492-1 PMID:36575161	研究论文	本研究通过谱系追踪和单细胞转录组学分析了胎儿卵巢中表达Foxl2的细胞的命运	首次揭示了Foxl2表达细胞在XX性腺中具有多能性，并且theca-interstitial细胞来源于不同的前体细胞	NA	研究胎儿卵巢中表达Foxl2的细胞在性分化后的命运	胎儿卵巢中表达Foxl2的细胞	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	NA
19320	2024-08-08	Single-cell transcriptomic analysis identifies murine heart molecular features at embryonic and neonatal stages 2022-12-27, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-022-35691-7 PMID:36575170	research paper	本文通过单细胞转录组测序分析，揭示了小鼠心脏在胚胎早期到新生儿晚期的转录特征	首次全面捕捉了小鼠心脏发育过程中各阶段的转录组变化，填补了以往研究的空白	NA	研究小鼠心脏在胚胎和新生儿阶段的分子特征	小鼠心脏的转录组特征	digital pathology	NA	single-cell sequencing	NA	transcriptomic data	涉及小鼠心脏从早期胚胎到晚期新生儿的多个阶段