单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 28786 篇文献，本页显示第 19281 - 19300 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 19281 | 2024-08-05 |
Reconstruction of the cell pseudo-space from single-cell RNA sequencing data with scSpace
2023-04-29, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-023-38121-4
PMID:37120608
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研究论文 | 本文提出了一种方法，通过重建细胞的伪空间来识别空间变异的细胞亚群体 | 创新之处在于提出了单细胞空间位置相关的共同嵌入方法，能够基于空间转录组参考重建细胞的空间信息 | 在某些情况下，可能依赖于特定的空间转录组参考数据 | 研究旨在识别细胞的空间变异性及其亚群体 | 研究对象包括不同组织中单细胞RNA测序数据 | 数字病理学 | 癌症（黑色素瘤）和COVID-19 | 单细胞RNA测序 | NA | 生物数据集（模拟和真实数据集） | 涉及多个复杂组织样本如脑皮层、小肠绒毛等 |
| 19282 | 2024-08-08 |
Single-cell RNA sequencing reveals the fragility of male spermatogenic cells to Zika virus-induced complement activation
2023-04-29, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-023-38223-z
PMID:37120617
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析了Zika病毒感染小鼠睾丸细胞的影响，揭示了生精细胞对Zika病毒感染的脆弱性及其与补体系统激活的关系 | 首次揭示了Zika病毒感染通过激活补体系统影响生精细胞，并评估了补体抑制剂和S100A4抑制剂对保护睾丸功能的效果 | NA | 探讨Zika病毒对男性生殖健康的影响及其机制 | Zika病毒感染的小鼠睾丸细胞和北方猪尾猕猴 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 小鼠和北方猪尾猕猴 |
| 19283 | 2024-08-05 |
MASI enables fast model-free standardization and integration of single-cell transcriptomics data
2023-04-28, Communications biology
IF:5.2Q1
DOI:10.1038/s42003-023-04820-3
PMID:37117305
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研究论文 | 本文介绍了一种名为MASI的快速无模型集成方法，旨在对单细胞转录组数据进行标准化和集成。 | MASI方法在细胞类型注释和数据集成速度方面表现优于其他已建立的方法。 | 本研究未明确提及具体的局限性。 | 本研究的目的是提高单细胞转录组数据的研究包容性，通过标准化细胞类型注释和数据集成。 | 研究对象为来自不同研究实验室的单细胞转录组数据集。 | 数字病理学 | NA | NA | NA | 单细胞转录组数据 | 约100万个细胞 |
| 19284 | 2024-08-05 |
Single-cell sequencing analysis fibrosis provides insights into the pathobiological cell types and cytokines of radiation-induced pulmonary fibrosis
2023-Apr-28, BMC pulmonary medicine
IF:2.6Q2
DOI:10.1186/s12890-023-02424-5
PMID:37118713
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研究论文 | 本研究通过单细胞测序分析放射诱导的肺纤维化的细胞类型和细胞因子 | 首次提供了放射诱导肺纤维化中细胞类型和细胞因子变化的具体数据 | 研究仅使用了鼠模型，可能限制了对人类疾病的直接推论 | 揭示放射诱导的肺纤维化的病理生物学机制 | 对照组和接受放射治疗的小鼠肺部细胞进行分析 | 数字病理学 | 肺癌 | 单细胞测序 | NA | 细胞数据 | 小鼠样本，包含对照组（0 Gy）和放射治疗组（20 Gy） |
| 19285 | 2024-08-08 |
An ERK-dependent molecular switch antagonizes fibrosis and promotes regeneration in spiny mice (Acomys)
2023-04-28, Science advances
IF:11.7Q1
DOI:10.1126/sciadv.adf2331
PMID:37126559
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研究论文 | 本文研究了刺鼠（Acomys）中ERK依赖的分子开关如何对抗纤维化并促进组织再生 | 揭示了ERK信号在不同再生能力哺乳动物中的活性差异，并发现了纤维母细胞生长因子和ErbB信号作为再生上游ERK调控因子 | NA | 探索驱动哺乳动物组织再生的核心信号通路 | 刺鼠的皮肤和复杂肌肉骨骼组织的再生机制 | 生物学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | NA |
| 19286 | 2024-08-05 |
Single-cell sequencing of immune cells after marathon and symptom-limited cardiopulmonary exercise
2023-Apr-21, iScience
IF:4.6Q1
DOI:10.1016/j.isci.2023.106532
PMID:37123249
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研究论文 | 本文研究了马拉松和症状限制性的心肺运动对免疫细胞的影响。 | 本文首次通过单细胞RNA测序分析了剧烈运动后外周血单核细胞的反应，揭示了免疫细胞的时序变化。 | 研究主要集中在运动后的短期影响，未深入探讨长期影响。 | 探索剧烈运动对免疫功能的影响及相关机制。 | 外周血单核细胞（PBMCs）在马拉松及心肺运动测试后的变化。 | 数字病理学 | 心血管疾病 | scRNA-seq | NA | 细胞数据 | 所有参与者的PBMC样本 |
| 19287 | 2024-08-05 |
General anesthetic action profile on the human prefrontal cortex cells through comprehensive single-cell RNA-seq analysis
2023-Apr-21, iScience
IF:4.6Q1
DOI:10.1016/j.isci.2023.106534
PMID:37123239
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析了全身麻醉药物对人类前额叶皮层细胞的作用特征 | 提供了麻醉药物在前额叶皮层对不同细胞类型的影响的全面蓝图 | 研究主要集中在胎儿前额叶皮层细胞，可能不完全适用于成人或其他脑区 | 揭示全身麻醉药物对人类前额叶皮层细胞的分子和细胞作用 | 使用的研究对象是人类胎儿前额叶皮层的混合细胞群 | 数字病理 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA |
| 19288 | 2024-08-05 |
Single-cell temporal dynamics reveals the relative contributions of transcription and degradation to cell-type specific gene expression in zebrafish embryos
2023-Apr-21, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.04.20.537620
PMID:37131717
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研究论文 | 该研究揭示了斑马鱼胚胎中转录和降解对细胞特异性基因表达的相对贡献 | 引入动力学模型量化不同细胞类型中mRNA转录和降解的调节速率 | 对在多样化细胞身份下，系统性剖析mRNA转录和降解的调控仍然具有挑战性 | 研究胚胎发育过程中细胞特异性基因表达的调控机制 | 斑马鱼胚胎中的细胞转录组 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | 动力学模型 | 转录组数据 | 斑马鱼胚胎的多个细胞 |
| 19289 | 2024-08-08 |
Multiomic landscape of immune pathogenesis in Kimura's disease
2023-Apr-21, iScience
IF:4.6Q1
DOI:10.1016/j.isci.2023.106559
PMID:37123228
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研究论文 | 本研究通过批量RNA测序和流式细胞术分析，揭示了Kimura病中eosinophils中TMEM176A的高表达和Erk/MAPK信号通路的过度激活，并探讨了S100P在myeloid细胞中促进活性氧（ROS）产生的作用。 | 首次系统研究Kimura病的免疫发病机制，并提出Erk/MAPK信号通路可能是潜在的治疗靶点。 | NA | 探究Kimura病的免疫发病机制及其潜在治疗靶点。 | Kimura病的免疫发病机制及治疗靶点。 | 数字病理学 | 罕见慢性炎症性疾病 | RNA测序 | NA | RNA | Kimura病与健康对照组的eosinophils和myeloid细胞。 |
| 19290 | 2024-08-08 |
Suprabasal cells retaining stem cell identity programs drive basal cell hyperplasia in eosinophilic esophagitis
2023-Apr-20, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.04.20.537495
PMID:37131652
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研究论文 | 本研究探讨了嗜酸性食管炎（EoE）中基底细胞增生（BCH）的分子机制 | 发现EoE中的BCH是由保留干细胞转录程序的非增殖性细胞扩张引起的，这一发现未在胃食管反流病（GERD）中观察到 | 研究仅限于EoE患者，未涉及其他疾病状态的比较 | 揭示嗜酸性食管炎中基底细胞增生的分子驱动因素 | 嗜酸性食管炎患者的食管上皮细胞 | NA | 嗜酸性食管炎 | 单细胞RNA测序 | NA | 细胞 | 所有EoE患者 |
| 19291 | 2024-08-05 |
Insufficient epitope-specific T cell clones are responsible for impaired cellular immunity to inactivated SARS-CoV-2 vaccine in older adults
2023-04, Nature aging
IF:17.0Q1
DOI:10.1038/s43587-023-00379-0
PMID:37117789
|
研究论文 | 本研究揭示了老年人对灭活SARS-CoV-2疫苗的细胞免疫减弱与特异性T细胞克隆不足有关 | 本研究提供了老年人对灭活疫苗反应减弱的机制性见解，特别是在T细胞克隆扩展方面 | 研究可能未涵盖所有影响免疫反应的因素，样本量较小可能影响结果的普遍性 | 探讨老年人对灭活SARS-CoV-2疫苗免疫反应的潜在机制 | 研究对象为接种灭活SARS-CoV-2疫苗的老年人和年轻人 | 免疫学 | 新型冠状病毒肺炎 | 单细胞测序 | NA | 转录组数据 | 老年人和年轻人的捐赠者样本 |
| 19292 | 2024-08-08 |
Depicting pseudotime-lagged causality across single-cell trajectories for accurate gene-regulatory inference
2023-Apr, PNAS nexus
IF:2.2Q1
DOI:10.1093/pnasnexus/pgad113
PMID:37113980
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研究论文 | 本文介绍了DELAY，一种用于推断伪时间排序的单细胞轨迹上基因调控关系的卷积神经网络 | DELAY结合了监督深度学习和伪时间滞后轨迹的联合概率矩阵，克服了普通基于格兰杰因果关系方法的重要局限，如无法推断反馈循环等循环关系 | NA | 准确理解转录因子与其目标基因之间的时间滞后关系，以识别基因调控网络中的因果交互作用 | 单细胞轨迹上的基因调控关系 | 机器学习 | NA | scRNA-seq, scATAC-seq | CNN | 单细胞数据 | NA |
| 19293 | 2024-08-05 |
The EBV Gastric Cancer Resource (EBV-GCR): A Suite of Tools for Investigating EBV-Associated Human Gastric Carcinogenesis
2023-03-27, Viruses
DOI:10.3390/v15040853
PMID:37112833
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研究论文 | 本研究构建了一个名为EBV胃癌资源（EBV-GCR）的在线工具套件，用于研究EBV相关的人类胃癌发生 | 创新性地整合了TCGA和单细胞RNA测序数据，提供了探究EBV在胃癌中的作用的独特机会 | 未明确说明具体的局限性 | 研究EBV在胃癌发生中的作用及EBVaGC和EBVnGC之间的差异 | EBV相关的胃腺癌（EBVaGC）和EBV阴性胃腺癌（EBVnGC） | 数字病理学 | 胃癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组学和基因组学数据 | 包括数千个主要人类癌症样本的公共数据集 |
| 19294 | 2024-08-05 |
[Research progress of single-cell sequencing technology in liver diseases]
2023-Feb-20, Zhonghua gan zang bing za zhi = Zhonghua ganzangbing zazhi = Chinese journal of hepatology
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综述 | 本文主要回顾了单细胞测序技术在肝脏疾病中的研究进展 | 探讨了单细胞测序技术在理解肝脏疾病发病机制中的创新性应用 | 由于肝脏疾病病因复杂，治疗选择相对有限 | 深入研究肝脏疾病的发病机制 | 单细胞测序技术在肝脏疾病中的应用 | 数字病理学 | 肝脏疾病 | 单细胞测序 | NA | 基因组、转录组和表观基因组数据 | NA |
| 19295 | 2024-08-05 |
Single-cell transcriptomics reveals immune infiltrate in sepsis
2023, Frontiers in pharmacology
IF:4.4Q1
DOI:10.3389/fphar.2023.1133145
PMID:37113759
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研究论文 | 本研究探讨了与脓毒症中免疫细胞浸润丰度相关的枢纽基因 | 本研究通过单细胞转录组学揭示了脓毒症中的免疫浸润特征 | 未提及具体的样本来源和实验条件的局限 | 探索脓毒症中免疫细胞浸润的相关基因 | 脓毒症样本与正常样本中的免疫细胞 | 数字病理学 | 脓毒症 | 单细胞转录组学 | t-SNE | 基因表达数据 | 61个脓毒症样本与正常样本 |
| 19296 | 2024-08-05 |
Inferring spatial transcriptomics markers from whole slide images to characterize metastasis-related spatial heterogeneity of colorectal tumors: A pilot study
2023, Journal of pathology informatics
DOI:10.1016/j.jpi.2023.100308
PMID:37114077
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研究论文 | 本研究通过全切片图像推断空间转录组标记，以表征与结直肠肿瘤转移相关的空间异质性 | 提出了一种通过全切片图像推断RNA模式的新的预测转录组数据的方法 | 结果表明变换器和图卷积网络无法超越卷积神经网络，且对相关疾病基因的性能表现不佳 | 研究转录组数据与结直肠肿瘤转移的关系 | 来自4位III期（pT3）匹配结直肠癌患者的组织样本 | 数字病理学 | 结直肠癌 | 空间转录组技术（Visium） | 卷积神经网络、变换器和图卷积网络 | 图像 | 4位III期结直肠癌患者的组织样本 |
| 19297 | 2024-08-05 |
Spatial transcriptomics reveals the heterogeneity and FGG+CRP+ inflammatory cancer-associated fibroblasts replace islets in pancreatic ductal adenocarcinoma
2023, Frontiers in oncology
IF:3.5Q2
DOI:10.3389/fonc.2023.1112576
PMID:37124494
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研究论文 | 本研究利用空间转录组技术揭示了胰腺癌中肿瘤微环境的空间异质性和炎症相关成纤维细胞的特征 | 首次展示了FGG+CRP+炎症相关成纤维细胞在胰腺导管腺癌中替代胰岛的现象 | 仅分析了有限的样本和空间位置，可能无法全面代表所有情况 | 探讨胰腺癌中的肿瘤微环境空间异质性 | 正常胰腺组织、胰腺癌组织、相邻肿瘤组织和肿瘤基质 | 数字病理学 | 胰腺癌 | 空间转录组学 | t-分布随机邻居嵌入 | 基因表达数据 | 分析了18,075个空间点 |
| 19298 | 2024-08-05 |
Construction of cancer- associated fibroblasts related risk signature based on single-cell RNA-seq and bulk RNA-seq data in bladder urothelial carcinoma
2023, Frontiers in oncology
IF:3.5Q2
DOI:10.3389/fonc.2023.1170893
PMID:37124542
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研究论文 | 本研究构建了基于癌症相关成纤维细胞的风险标志，以解读膀胱尿路癌的免疫景观并筛选合适的治疗方案 | 首次结合单细胞RNA测序和大规模RNA测序数据构建膀胱尿路癌的CAFs风险标志 | 尚未在临床环境中验证风险标志的广泛适用性 | 研究膀胱尿路癌中的CAFs特征并建立CAFs风险标志 | 膀胱尿路癌样本及相关CAFs基因 | 数字病理学 | 膀胱癌 | 单细胞RNA测序，RNA-seq | Cox回归，LASSO回归 | 基因数据 | 涉及124个CAF相关基因 |
| 19299 | 2024-08-05 |
Multi-omics analysis reveals a macrophage-related marker gene signature for prognostic prediction, immune landscape, genomic heterogeneity, and drug choices in prostate cancer
2023, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2023.1122670
PMID:37122696
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研究论文 | 本研究揭示了一种与巨噬细胞相关的标记基因签名在前列腺癌预后预测中的应用价值 | 通过多组学分析构建了9个基因的巨噬细胞相关标记基因预后签名，提供了新的视角和理论基础 | 未提及具体的局限性 | 探讨巨噬细胞相关网络在前列腺癌预后和治疗中的价值 | 前列腺癌患者的巨噬细胞相关标记基因 | 数字病理学 | 前列腺癌 | 单细胞测序，LASSO-Cox回归分析 | NA | 基因数据 | 307个巨噬细胞相关标记基因 |
| 19300 | 2024-08-08 |
Gene length is a pivotal feature to explain disparities in transcript capture between single transcriptome techniques
2023, Frontiers in bioinformatics
IF:2.8Q2
DOI:10.3389/fbinf.2023.1144266
PMID:37122996
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研究论文 | 本文比较了三种不同器官（心脏、肺和肾脏）的单细胞和单核转录组技术，探讨了转录组输出差异及其对下游分析的影响 | 首次直接比较单细胞和单核RNA测序技术在转录组输出方面的差异，并发现基因长度和外显子含量是影响捕获效率的关键因素 | 研究仅限于三种器官，且仅比较了两种技术，未涵盖所有可能的技术和器官 | 探讨单细胞和单核RNA测序技术在转录组捕获方面的差异及其对下游分析的影响 | 三种不同器官（心脏、肺和肾脏）的单细胞和单核转录组 | 数字病理学 | NA | RNA测序 | NA | 转录组数据 | 三种器官的单细胞和单核转录组数据 |