单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 27818 篇文献，本页显示第 19241 - 19260 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 19241 | 2024-08-08 |
More accurate estimation of cell composition in bulk expression through robust integration of single-cell information
2022, Bioinformatics advances
IF:2.4Q2
DOI:10.1093/bioadv/vbac049
PMID:36699374
|
研究论文 | 本文介绍了一种基于协方差的单细胞分解（CSCD）方法，用于通过构建基于单细胞数据的参考表达谱和使用约束线性逆模型学习基因特异性批量表达转换，来估计批量数据中的细胞类型比例 | 本文引入了一种更先进的模型，成功地将scRNA-seq和批量RNA-seq数据集中的协方差结构纳入分析，并通过利用线性收缩估计相应的协方差矩阵来解决共线性问题 | Bisque方法受限于单变量模型，无法将基因间相关性纳入分析 | 提高批量表达数据中细胞成分估计的准确性 | 细胞类型比例的估计 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq）和批量RNA-seq | 约束线性逆模型 | RNA-seq数据 | 使用了多个公开可用的数据集 |
| 19242 | 2024-08-08 |
scMoC: single-cell multi-omics clustering
2022, Bioinformatics advances
IF:2.4Q2
DOI:10.1093/bioadv/vbac011
PMID:36699396
|
研究论文 | 本文提出了一种名为scMoC的单细胞多组学聚类方法，用于从同一细胞的scRNA-seq和scATAC-seq数据中识别细胞聚类 | scMoC通过利用scRNA-seq数据来克服scATAC-seq数据的高稀疏性，并采用RNA引导的插补策略生成信息丰富的scATAC-seq数据，从而实现基于RNA和ATAC信息的生物学上有意义的集成聚类 | NA | 开发一种方法来利用单细胞多组学数据的互补性进行跨模态细胞聚类 | 单细胞的scRNA-seq和scATAC-seq数据 | 生物信息学 | NA | scRNA-seq, scATAC-seq | NA | 数据 | 使用了不同协议和不同数据稀疏性水平的数据集 |
| 19243 | 2024-08-08 |
FlexDotPlot: a universal and modular dot plot visualization tool for complex multifaceted data
2022, Bioinformatics advances
IF:2.4Q2
DOI:10.1093/bioadv/vbac019
PMID:36699406
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研究论文 | 本文介绍了一种名为FlexDotPlot的R包，用于从多方面数据中生成点图，特别是单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据 | FlexDotPlot提供了一个通用且易于使用的解决方案，具有高度的多功能性，并包含一个交互式的R Shiny应用程序，使非R用户也能轻松生成点图 | NA | 开发一种功能更全面、更易用的点图可视化工具 | 多方面数据，特别是单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | scRNA-seq | NA | 数据可视化 | NA |
| 19244 | 2024-08-08 |
Narciclasine inhibits phospholipase A2 and regulates phospholipid metabolism to ameliorate psoriasis-like dermatitis
2022, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2022.1094375
PMID:36700214
|
研究论文 | 本文研究了Narciclasine（Ncs）对磷脂酶A2的抑制作用及其对磷脂代谢的调节，以改善银屑病样皮肤病 | Ncs能够抑制角质形成细胞增殖和减少皮肤中免疫细胞的招募，通过抑制与银屑病相关的炎症介质，并直接抑制Th17细胞极化 | NA | 探索Narciclasine作为银屑病治疗新药的潜力 | Narciclasine对银屑病样小鼠模型的治疗效果及其作用机制 | NA | 银屑病 | 转录组学和脂质组学 | NA | 单细胞测序数据 | 使用IMQ诱导的银屑病样小鼠模型进行实验 |
| 19245 | 2024-08-08 |
Comparative analysis of thoracic and abdominal aortic aneurysms across the segment and species at the single-cell level
2022, Frontiers in pharmacology
IF:4.4Q1
DOI:10.3389/fphar.2022.1095757
PMID:36703732
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序技术比较分析了胸主动脉瘤和腹主动脉瘤在不同物种和部位的细胞亚结构和转录组特征 | 首次在单细胞水平上比较了胸主动脉瘤和腹主动脉瘤在人类和鼠模型中的细胞类型变化，并识别了保守的平滑肌细胞和巨噬细胞亚群 | 研究主要集中在鼠模型和临床患者样本，未涉及更多物种的比较 | 探讨使用血管紧张素II诱导的鼠模型研究人类主动脉瘤疾病的合理性和实用性 | 胸主动脉瘤和腹主动脉瘤在人类和鼠模型中的细胞亚结构和转录组特征 | 数字病理学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 包括临床患者的胸主动脉瘤和腹主动脉瘤样本以及鼠模型的健康和病变主动脉样本 |
| 19246 | 2024-08-08 |
MIF promotes cell invasion by the LRP1-uPAR interaction in pancreatic cancer cells
2022, Frontiers in oncology
IF:3.5Q2
DOI:10.3389/fonc.2022.1028070
PMID:36703790
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研究论文 | 本文研究了巨噬细胞移动抑制因子（MIF）通过LRP1-uPAR相互作用促进胰腺癌细胞侵袭的机制 | 揭示了MIF与uPAR之间的新关联，并解释了MIF如何增强胰腺癌细胞的侵袭能力 | NA | 探究MIF在胰腺癌进展中的作用及其机制 | 胰腺导管腺癌（PDAC）细胞 | 数字病理学 | 胰腺癌 | 免疫组化染色，空间转录组学，流式细胞术 | NA | 组织，基因表达数据 | 使用PDAC组织和PDAC细胞异种移植模型进行研究 |
| 19247 | 2024-08-08 |
A single-cell atlas reveals the heterogeneity of meningeal immunity in a mouse model of Methyl CpG binding protein 2 deficiency
2022, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2022.1056447
PMID:36703978
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研究论文 | 本研究利用单细胞测序技术分析了Mecp2缺陷小鼠硬脑膜中的免疫细胞，揭示了MeCP2缺乏对脑膜免疫的影响 | 首次详细描述了MeCP2缺乏小鼠脑膜免疫细胞的异质性及其功能变化 | NA | 探讨MeCP2缺乏对脑膜免疫细胞的影响及其在Rett综合征发展中的作用 | Mecp2缺陷小鼠的脑膜免疫细胞 | 数字病理学 | 神经发育障碍 | 单细胞测序 | NA | 细胞 | Mecp2缺陷小鼠和对照小鼠的脑膜免疫细胞 |
| 19248 | 2024-08-08 |
Single-cell RNA sequencing reveals the molecular features of peripheral blood immune cells in children, adults and centenarians
2022, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2022.1081889
PMID:36703979
|
研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序技术分析了不同年龄段（从儿童到百岁老人）外周血单个核细胞的分子特征 | 发现了在不同年龄段中，髓系细胞的比例和状态有显著变化，并鉴定了一种新的CD8CCR7GZMB细胞毒性T细胞亚型 | NA | 探究从儿童到百岁老人外周血免疫细胞的分子特征及其与年龄的关系 | 外周血单个核细胞（PBMCs）及其在不同年龄段的分子特征 | 数字病理学 | 自身免疫疾病 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 基因表达数据 | 包括1-12岁（G1）、20-30岁（G2）、30-60岁（G3）、60-80岁（G4）和超过110岁（G5）的多个年龄段 |
| 19249 | 2024-08-08 |
Perioperative corticosteroid treatment impairs tumor-infiltrating dendritic cells in patients with newly diagnosed adult-type diffuse gliomas
2022, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2022.1074762
PMID:36703985
|
研究论文 | 本研究探讨了围手术期皮质类固醇治疗对新诊断成人型弥漫性胶质瘤患者肿瘤浸润性树突状细胞的影响 | 首次揭示了皮质类固醇治疗对肿瘤浸润性树突状细胞功能障碍的影响 | NA | 研究皮质类固醇治疗对成人型弥漫性胶质瘤患者肿瘤浸润性树突状细胞的影响 | 成人型弥漫性胶质瘤患者的肿瘤浸润性树突状细胞 | 数字病理学 | 脑肿瘤 | 多参数流式细胞术和单细胞RNA测序 | NA | 细胞 | NA |
| 19250 | 2024-08-08 |
The submandibular and sublingual glands maintain oral microbial homeostasis through multiple antimicrobial proteins
2022, Frontiers in cellular and infection microbiology
IF:4.6Q1
DOI:10.3389/fcimb.2022.1057327
PMID:36704102
|
研究论文 | 本研究探讨了下颌下腺和舌下腺通过多种抗菌蛋白维持口腔微生物稳态的功能 | 首次独立移除小鼠的下颌下腺或舌下腺，通过16S rRNA测序和蛋白质组学分析，揭示了这两种腺体在维持口腔微生物稳态中的重要作用 | 研究仅限于小鼠模型，且样本量较小 | 探究下颌下腺和舌下腺在维持口腔微生物稳态中的作用 | 下颌下腺和舌下腺的抗菌蛋白及其对口腔微生物稳态的影响 | NA | NA | 16S rRNA测序、蛋白质组学、单细胞RNA测序 | NA | 微生物组数据、蛋白质数据、RNA数据 | 6只小鼠（3只移除下颌下腺，3只移除舌下腺），3只对照组小鼠 |
| 19251 | 2024-08-08 |
Single cell RNA sequencing research in maternal fetal interface
2022, Frontiers in cell and developmental biology
IF:4.6Q1
DOI:10.3389/fcell.2022.1079961
PMID:36704195
|
研究论文 | 本文分析了母胎界面中单细胞转录组学的最新研究，并提供了理解和治疗各种病理妊娠的新方向 | 使用单细胞测序技术，不同于提供平均数据的批量测序，能够以单细胞分辨率解释细胞和分子景观 | NA | 深入理解母胎界面的异质性及其对生理和病理妊娠的影响 | 母胎界面的细胞和分子景观 | 数字病理学 | NA | 单细胞测序 | NA | 转录组数据 | NA |
| 19252 | 2024-08-08 |
Inferring cell developmental stage-specific lncRNA regulation in the developing human neocortex with CDSlncR
2022, Frontiers in molecular neuroscience
IF:3.5Q2
DOI:10.3389/fnmol.2022.1037565
PMID:36710930
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研究论文 | 本文提出了一种名为CDSlncR的新型计算方法，用于推断人类新皮质发育中特定细胞发育阶段的lncRNA调控 | CDSlncR结合了潜在的lncRNA-目标结合信息与单细胞转录组数据，以推断特定细胞发育阶段的lncRNA调控 | 先前的批量数据驱动方法主要限于探索所有细胞的lncRNA调控，而不是特定于细胞发育阶段的lncRNA调控 | 研究特定细胞发育阶段的lncRNA调控 | 人类新皮质发育中的lncRNA调控 | 生物信息学 | 自闭症谱系障碍 | 单细胞测序 | CDSlncR | 转录组数据 | 涉及人类新皮质不同发育阶段的单细胞转录组数据 |
| 19253 | 2024-08-05 |
Identification of long noncoding RNA NEAT1 as a key gene involved in the extramedullary disease of multiple myeloma by bioinformatics analysis
2023-Dec, Hematology (Amsterdam, Netherlands)
DOI:10.1080/16078454.2022.2164449
PMID:36657019
|
研究论文 | 本研究通过生物信息学分析确定长非编码RNA NEAT1在多发性骨髓瘤的髓外疾病中作为关键基因 | 研究发现长非编码RNA NEAT1可能成为髓外疾病的潜在生物标志物 | 本研究未能确定NEAT1基因表达与多发性骨髓瘤患者的总生存期和无进展生存期的关系 | 探讨长非编码RNA在多发性骨髓瘤髓外疾病中的作用 | 多发性骨髓瘤患者的髓内和髓外细胞样本 | 数字病理学 | 多发性骨髓瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 6个多发性骨髓瘤患者（3对） |
| 19254 | 2024-08-08 |
CTLA-4 inhibition facilitates follicular T and B cell interaction and the production of tumor-specific antibodies
2023-05-01, International journal of cancer
IF:5.7Q1
DOI:10.1002/ijc.34438
PMID:36650700
|
研究论文 | 研究通过单细胞RNA测序分析了CTLA-4抑制剂在小鼠同基因肿瘤移植模型中对免疫细胞景观的影响 | 首次全面展示了CTLA-4抑制后肿瘤内免疫微环境的改变，并揭示了肿瘤特异性B细胞在抗肿瘤免疫中的作用 | NA | 探讨CTLA-4抑制剂对肿瘤内免疫细胞相互作用及肿瘤特异性抗体产生的影响 | 小鼠同基因肿瘤移植模型中的免疫细胞 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 小鼠同基因肿瘤移植模型 |
| 19255 | 2024-08-05 |
High-Resolution Analysis of Mononuclear Phagocytes Reveals GPNMB as a Prognostic Marker in Human Colorectal Liver Metastasis
2023-04-03, Cancer immunology research
IF:8.1Q1
DOI:10.1158/2326-6066.CIR-22-0462
PMID:36652202
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研究论文 | 本研究通过对单核吞噬细胞的高分辨率分析，揭示了GPNMB作为人类结直肠肝转移的预后标志物。 | 本研究识别了与结直肠肝转移相关的两种具有不同临床相关性的巨噬细胞标志物，并揭示了它们在免疫基于患者分层工具中的潜在应用。 | 本研究的局限性在于尚未深入探讨这些巨噬细胞标志物的生物学机制。 | 研究的目的在于改善结直肠肝转移患者的分类和治疗效果。 | 研究对象为人类结直肠肝转移中的单核吞噬细胞及其标志物。 | 数字病理学 | 结直肠癌 | 单细胞分析 | NA | NA | 在患者队列中高浸润的SERPINB2+细胞及GPNMB+细胞的分析 |
| 19256 | 2024-08-05 |
Intermittent protein restriction improves glucose homeostasis in Zucker diabetic fatty rats and single-cell sequencing reveals distinct changes in β cells
2023-04, The Journal of nutritional biochemistry
IF:4.8Q1
DOI:10.1016/j.jnutbio.2023.109275
PMID:36669706
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研究论文 | 本文探讨了间歇性蛋白限制（IPR）对Zucker糖尿病肥胖大鼠的糖尿病干预效果 | 研究表明IPR可以改善糖尿病大鼠的血糖调节，并促进β细胞的增殖和保护 | 没有提及具体的临床试验数据或与人类患者的比较 | 研究间歇性蛋白限制在糖尿病管理中的效果 | Zucker糖尿病肥胖（ZDF）大鼠 | 数字病理学 | 糖尿病 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA数据 | 使用了ZDF大鼠的分离胰岛 |
| 19257 | 2024-08-05 |
DIST: spatial transcriptomics enhancement using deep learning
2023-03-19, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbad013
PMID:36653906
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研究论文 | 此文章提出了一种基于深度学习的DIST方法，用于增强空间转录组学的基因表达测量 | 文章创新地利用自监督学习和迁移学习来改善基因表达的表达质量和深度 | 文章未提及特定的限制条件 | 研究旨在通过新的方法提升空间转录组学的基因表达数据的质量 | 研究对象为转录组测量中的基因表达数据 | 数字病理学 | NA | 深度学习 | NA | 基因表达数据 | NA |
| 19258 | 2024-08-08 |
Context-dependent gene regulatory network reveals regulation dynamics and cell trajectories using unspliced transcripts
2023-03-19, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbac633
PMID:36653899
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研究论文 | 本文提出构建基于单细胞RNA测序数据的上下文依赖基因调控网络（CDGRNs），利用剪接和未剪接转录本的表达水平，揭示基因调控动态和细胞分化轨迹 | 本文创新性地将基因调控网络分解为对应不同转录组上下文的子网络，并通过高斯混合模型推断转录因子和目标基因的共识活性调控对 | NA | 研究目的是揭示基因调控网络在不同细胞类型中的动态变化及其与细胞分化的关系 | 研究对象包括基因调控网络、转录因子和目标基因、细胞分化轨迹 | 基因调控 | NA | 单细胞RNA测序 | 高斯混合模型 | 转录本表达数据 | NA |
| 19259 | 2024-08-08 |
Length biases in single-cell RNA sequencing of pre-mRNA
2023-Mar-08, Biophysical reports
IF:2.4Q3
DOI:10.1016/j.bpr.2022.100097
PMID:36660179
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研究论文 | 本文探讨了单细胞RNA测序数据中前体mRNA长度的偏差问题，并提出了一种基于长度的捕获偏差模型来解释这一现象 | 提出了一个基于长度的捕获偏差模型，用于解释单细胞RNA测序数据中前体mRNA长度的偏差 | 需要仔细评估噪声源以进行定量推断 | 研究单细胞RNA测序数据中的前体mRNA长度偏差及其对数据解释的影响 | 单细胞RNA测序数据中的前体mRNA长度偏差 | 基因组学 | NA | 单细胞RNA测序 | 马尔可夫链 | RNA测序数据 | NA |
| 19260 | 2024-08-05 |
CHRNA1 and its correlated-myogenesis/cell cycle genes are prognosis-related markers of metastatic melanoma
2023-Mar, Biochemistry and biophysics reports
IF:2.3Q3
DOI:10.1016/j.bbrep.2023.101425
PMID:36654921
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研究论文 | 研究发现与转移性黑色素瘤相关的CHRNs及其基因在预后中起重要作用 | 通过生物信息学分析识别出与转移性黑色素瘤相关的重要CHRNs及其相关基因 | 未具体说明具体样本数量及研究范围的限制 | 探讨CHRNs及其相关基因在转移性黑色素瘤中的作用 | 转移性黑色素瘤样本及相关基因 | 数字病理学 | 黑色素瘤 | RNA-seq | NA | RNA测序数据 | NA |