单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 27773 篇文献，本页显示第 19221 - 19240 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 19221 | 2024-08-08 |
Matching queried single-cell open-chromatin profiles to large pools of single-cell transcriptomes and epigenomes for reference supported analysis
2023-02, Genome research
IF:6.2Q1
DOI:10.1101/gr.277015.122
PMID:36653120
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研究论文 | 本文介绍了scEpiSearch工具，该工具能够搜索、比较和独立分类单细胞开放染色质 profiles，与大量单细胞表达和开放染色质数据集进行匹配 | scEpiSearch在搜索准确性和单细胞 profiles 的低维共嵌入方面优于多种方法，不受平台和物种限制 | NA | 开发新的方法和搜索工具，以实现对单细胞 transcriptome 和 epigenome 数据集的真正利用 | 单细胞开放染色质 profiles 与大量参考细胞的匹配 | 生物信息学 | 急性白血病 | NA | NA | 单细胞数据 | 包括K562细胞、急性白血病患者样本和胚胎干细胞(ESCs)的单细胞开放染色质 profiles |
| 19222 | 2024-08-05 |
Spatial and single-cell transcriptomics decipher the cellular environment containing HLA-G+ cancer cells and SPP1+ macrophages in colorectal cancer
2023-01-31, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2022.111929
PMID:36656712
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研究论文 | 本研究探讨了结直肠癌（CRC）肿瘤微环境中HLA-G+癌细胞和SPP1+巨噬细胞的细胞相互作用 | 结合空间转录组学和单细胞转录组学分析揭示了在侵袭前沿发生的重要细胞间相互作用 | 对CRC治疗策略中侵袭前沿事件的重要性尚需进一步验证 | 研究CRC肿瘤微环境中细胞相互作用及其对治疗策略的影响 | 对CRC组织进行空间转录组学和单细胞转录组学分析 | 数字病理学 | 结直肠癌 | 空间转录组学 | NA | 组织样本 | NA |
| 19223 | 2024-08-08 |
Single-cell RNA-seq reveals vascular endothelial cell heterogeneity and potential vascular dysfunction in hypertrophic scars
2023-01-25, Acta biochimica et biophysica Sinica
IF:3.3Q1
DOI:10.3724/abbs.2023001
PMID:36655484
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NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 19224 | 2024-08-08 |
3D osteogenic differentiation of human iPSCs reveals the role of TGFβ signal in the transition from progenitors to osteoblasts and osteoblasts to osteocytes
2023-01-19, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-023-27556-w
PMID:36658197
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研究论文 | 本研究使用三维培养系统诱导人诱导多能干细胞进行成骨分化，揭示了TGFβ信号在从祖细胞到成骨细胞以及成骨细胞到成骨细胞的转变中的作用 | 首次使用三维培养系统和快速诱导方法研究人诱导多能干细胞的成骨分化过程，并通过单细胞RNA测序分析揭示了TGFβ信号在成骨细胞到成骨细胞转变中的作用 | NA | 研究成骨分化过程中从干细胞到成骨细胞的精确生物学事件，特别是TGFβ信号的作用 | 人诱导多能干细胞的成骨分化过程及TGFβ信号的作用 | 干细胞生物学 | NA | 三维培养系统，单细胞RNA测序 | NA | 细胞 | NA |
| 19225 | 2024-08-05 |
Probabilistic embedding, clustering, and alignment for integrating spatial transcriptomics data with PRECAST
2023-01-18, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-023-35947-w
PMID:36653349
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研究论文 | 本文介绍了一种整合空间转录组数据的PRECAST方法 | PRECAST方法能有效整合多个具有复杂批次效应和生物效应的空间转录组数据，且仅需部分共享的细胞/领域聚类 | 样本中未提及对特定疾病的应用或评价 | 研究多种空间转录组数据的整合方法 | 多个空间转录组数据集，包括模拟数据和真实数据 | 数字病理学 | NA | 空间转录组技术 | 空间因子分析 | 数据集 | 四个真实数据集及模拟数据 |
| 19226 | 2024-08-08 |
Establishment of an efficient cotton root protoplast isolation protocol suitable for single-cell RNA sequencing and transient gene expression analysis
2023-Jan-18, Plant methods
IF:4.7Q1
DOI:10.1186/s13007-023-00983-6
PMID:36653863
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研究论文 | 本文建立了一种高效的棉花根原生质体分离协议，适用于单细胞RNA测序和瞬时基因表达分析 | 开发了一种稳定、多功能且省时的原生质体分离和转染协议，适用于棉花的功能基因组学和分子育种 | NA | 加速棉花的功能基因组学和分子育种 | 棉花根原生质体 | 分子生物学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 原生质体 | 最高产量为3.55×10^5/g，存活率为93.3%的原生质体 |
| 19227 | 2024-08-08 |
Accumulation of Fat Not Responsible for Femoral Head Necrosis, Revealed by Single-Cell RNA Sequencing: A Preliminary Study
2023-01-13, Biomolecules
IF:4.8Q1
DOI:10.3390/biom13010171
PMID:36671556
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序探索糖皮质激素对股骨头坏死的影响 | 首次通过单细胞RNA测序揭示了糖皮质激素诱导的股骨头坏死中细胞类型和分子途径的显著变化 | 研究样本量较小，仅为四名参与者 | 探究糖皮质激素对股骨头坏死的影响及其机制 | 股骨头坏死患者的骨髓样本 | 数字病理学 | 股骨头坏死 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 四名参与者，包括两名系统性红斑狼疮患者和两名股骨颈骨折患者 |
| 19228 | 2024-08-05 |
Advances and Challenges in Spatial Transcriptomics for Developmental Biology
2023-01-12, Biomolecules
IF:4.8Q1
DOI:10.3390/biom13010156
PMID:36671541
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研究论文 | 本文总结了空间转录组在发育生物学中的应用进展与挑战 | 提出了空间转录组学工具的创新点，以克服单细胞RNA测序中丢失空间信息的局限性 | 当前空间转录组工具和方法存在局限性，影响对细胞特定功能的理解 | 探讨在发育过程中国家和人类的分化机制 | 发育生物学中的单细胞与多细胞组织和器官的转录组特征 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | NA | 转录组数据 | NA |
| 19229 | 2024-08-05 |
A Comprehensive Exploration of the Transcriptomic Landscape in Multiple Sclerosis: A Systematic Review
2023-Jan-11, International journal of molecular sciences
IF:4.9Q2
DOI:10.3390/ijms24021448
PMID:36674968
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review | 本研究系统评估了多发性硬化症中的转录组特征 | 这篇文章创新性地强调了RNA-seq方法在多发性硬化症研究中的重要性，并提出了新的分子通路和生物过程 | 未提及具体的样本数量和数据限制 | 旨在研究多发性硬化症中转录组的角色 | 多发性硬化症患者的转录组特征 | 数字病理学 | NA | RNA-seq | NA | NA | NA |
| 19230 | 2024-08-08 |
Microglia-Derived Spp1 Promotes Pathological Retinal Neovascularization via Activating Endothelial Kit/Akt/mTOR Signaling
2023-Jan-11, Journal of personalized medicine
IF:3.0Q1
DOI:10.3390/jpm13010146
PMID:36675807
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研究论文 | 本研究揭示了微胶质细胞通过分泌蛋白Spp1促进病理性视网膜新生血管化的分子机制 | 首次阐明了微胶质细胞通过Spp1激活内皮细胞的Kit/Akt/mTOR信号通路，从而促进视网膜新生血管化的过程 | 研究主要基于小鼠模型和细胞系，未来需在更广泛的生物模型中验证这些发现 | 探讨微胶质细胞在病理性视网膜新生血管化中的作用及其分子机制 | 微胶质细胞和内皮细胞在视网膜新生血管化中的相互作用 | NA | 眼科疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 使用了小鼠氧诱导视网膜病变模型和BV2微胶质细胞系及bEnd.3内皮细胞系 |
| 19231 | 2024-08-05 |
Urokinase System in Pathogenesis of Pulmonary Fibrosis: A Hidden Threat of COVID-19
2023-Jan-10, International journal of molecular sciences
IF:4.9Q2
DOI:10.3390/ijms24021382
PMID:36674896
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研究论文 | 本研究探讨了尿激酶系统在肺纤维化中扮演的角色，尤其是在COVID-19后的并发症中 | 首次展示了纤溶酶原治疗可以逆转尿激酶缺乏小鼠的肺纤维化 | 尚未确定尿激酶和尿激酶受体的细胞和分子机制 | 评估尿激酶和尿激酶受体在肺纤维化发病机制中的作用 | 分析COVID-19患者的肺组织中尿激酶和尿激酶受体的表达 | 数字病理学 | 肺纤维化 | 单细胞RNA测序和免疫组织化学 | 小鼠模型 | 组织样本 | 涉及COVID-19患者的肺组织和多只小鼠 |
| 19232 | 2024-08-05 |
Molecular and Cellular Characterization of the TH Pathway in the Sea Urchin Strongylocentrotus purpuratus
2023-01-10, Cells
IF:5.1Q2
DOI:10.3390/cells12020272
PMID:36672206
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研究论文 | 本文对海胆中的甲状腺激素（TH）通路进行了分子和细胞特征分析 | 首次在海胆中识别出多种与甲状腺激素相关的同源基因，并探讨其在发育过程中的表达 | 对海胆中甲状腺激素合成和作用的研究仍然有限，有待进一步探讨 | 研究海胆中甲状腺激素通路的分子与细胞特征 | 研究海胆发育过程中与甲状腺激素相关的细胞类型及其表达 | NA | NA | 单细胞转录组学 | NA | 基因数据 | 海胆胚胎，样本规模未明确提出 |
| 19233 | 2024-08-08 |
Single-Cell Transcriptome Identifies the Renal Cell Type Tropism of Human BK Polyomavirus
2023-Jan-10, International journal of molecular sciences
IF:4.9Q2
DOI:10.3390/ijms24021330
PMID:36674845
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组分析，揭示了BK多瘤病毒在肾脏中的细胞类型趋向性，主要影响近端小管细胞、集合管细胞和肾小球内皮细胞 | 首次在单细胞分辨率下深入研究了BK多瘤病毒在肾脏中的细胞类型趋向性，并提出了新的抗病毒治疗靶点 | NA | 旨在更好地理解BK多瘤病毒在肾脏细胞类型中的趋向性，以开发新的治疗策略 | BK多瘤病毒在肾脏中的细胞类型趋向性 | NA | NA | 单细胞转录组分析 | NA | 转录组数据 | NA |
| 19234 | 2024-08-05 |
Multiomics Analysis Reveals Cuproptosis-Related Signature for Evaluating Prognosis and Immunotherapy Efficacy in Colorectal Cancer
2023-Jan-06, Cancers
IF:4.5Q1
DOI:10.3390/cancers15020387
PMID:36672336
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研究论文 | 本研究揭示了与cuproptosis相关的标志物，用于评估结直肠癌的预后和免疫疗法的有效性 | 首次构建了一个包含五个基因的cuproptosis相关预后模型，并阐明了其在结直肠癌中的应用 | 尚未全面理解cuproptosis在肿瘤微环境重塑和抗肿瘤治疗中的具体作用 | 研究cuproptosis在结直肠癌中的角色及其与免疫疗法的关联 | 结直肠癌患者中的cuproptosis相关分子特征与模型 | 数字病理学 | 结直肠癌 | 单细胞测序 | Cox模型 | 基因表达数据 | 涉及未具体说明的结直肠癌患者样本 |
| 19235 | 2024-08-08 |
Using Single-Cell RNA Sequencing and MicroRNA Targeting Data to Improve Colorectal Cancer Survival Prediction
2023-01-05, Cells
IF:5.1Q2
DOI:10.3390/cells12020228
PMID:36672162
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研究论文 | 本文利用单细胞RNA测序和microRNA靶向数据，通过miRNA-基因相互作用指标和正则化Cox模型，提高了结直肠癌生存预测的准确性 | 本文提出的方法通过结合miRNA指标和Cox模型，显著改善了结直肠癌生存预测和患者风险分层 | NA | 提高结直肠癌生存预测的准确性 | 结直肠癌的生存预测 | 数字病理学 | 结直肠癌 | 单细胞RNA测序 | Cox模型 | 基因数据 | NA |
| 19236 | 2024-08-05 |
In Silico Drug Repurposing in Multiple Sclerosis Using scRNA-Seq Data
2023-Jan-04, International journal of molecular sciences
IF:4.9Q2
DOI:10.3390/ijms24020985
PMID:36674506
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研究论文 | 这篇文章探讨了使用单细胞RNA测序数据进行多发性硬化症的药物重定位 | 提出了一种基于活化或抑制基因和通路选择潜在药物的新方法 | 研究仅使用了六名患者的公开单细胞RNA数据，样本量较小 | 研究多发性硬化症的机制并发现潜在治疗靶点 | 研究对象为多发性硬化症患者的单细胞RNA外周血单核细胞和脑脊液细胞 | 数字病理学 | 多发性硬化症 | scRNA-Seq | NA | 单细胞RNA数据 | 六名患者的单细胞RNA PBMC和CSF数据 |
| 19237 | 2024-08-05 |
Prospective study and validation of early warning marker discovery based on integrating multi-omics analysis in severe burn patients with sepsis
2023, Burns & trauma
IF:6.3Q1
DOI:10.1093/burnst/tkac050
PMID:36659877
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研究论文 | 本研究通过综合多组学分析，识别出严重烧伤合并脓毒症患者的早期预警标志物。 | 首次通过多组学研究系统性地确定了七个易感基因、四个miRNA和两个蛋白作为早期预警标志物。 | 本研究样本量较小，仅限于特定中心的患者，可能影响结果的普遍适用性。 | 旨在揭示严重烧伤合并脓毒症的病理生理变化和预防目标。 | 60名严重烧伤的脓毒症患者及小鼠模型。 | 数字病理学 | 烧伤相关脓毒症 | 多组学分析，包括基因组学、微RNA组学、蛋白质组学和单细胞转录组学。 | 小鼠模型 | 基因组数据，miRNA数据，蛋白质数据 | 60名严重烧伤患者和相应的小鼠模型 |
| 19238 | 2024-08-08 |
Dynamic gene screening enabled identification of a 10-gene panel for early detection and progression assessment of gastric cancer
2023, Computational and structural biotechnology journal
IF:4.4Q2
DOI:10.1016/j.csbj.2022.12.036
PMID:36659923
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研究论文 | 本文通过动态基因筛选方法，基于高吞吐量数据分析，从胃癌前病变和早期胃癌患者中识别出一个包含10个基因的诊断面板，用于早期检测和进展评估 | 本文首次通过动态基因筛选方法识别出一个10基因面板，用于胃癌的早期检测和进展评估，并探索了这些基因在细胞中的定位 | NA | 旨在识别用于胃癌早期检测和进展评估的诊断生物标志物 | 胃癌前病变和早期胃癌患者 | 数字病理学 | 胃癌 | lasso回归模型 | lasso回归模型 | 基因表达数据 | 超过40,000个细胞 |
| 19239 | 2024-08-08 |
Single-cell analysis of multiple cancer types reveals differences in endothelial cells between tumors and normal tissues
2023, Computational and structural biotechnology journal
IF:4.4Q2
DOI:10.1016/j.csbj.2022.12.049
PMID:36659929
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研究论文 | 本文通过整合六种癌症类型的单细胞RNA测序数据，构建了一个多癌种内皮细胞图谱，以解码肿瘤内皮细胞的特征 | 发现了一种主要存在于肿瘤组织中的新型内皮细胞亚群——tip-like内皮细胞，并确定了前列腺特异性膜抗原（PSMA）作为其特异性标记物 | NA | 识别肿瘤内皮细胞特异性靶点，以应用于多种癌症类型 | 多种癌症类型的内皮细胞 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA测序数据 | 六种癌症类型的数据 |
| 19240 | 2024-08-08 |
Assessment of Fibrinogen-like 2 (FGL2) in Human Chronic Kidney Disease through Transcriptomics Data Analysis
2022-12-31, Biomolecules
IF:4.8Q1
DOI:10.3390/biom13010089
PMID:36671474
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研究论文 | 本研究通过转录组数据分析评估了纤维蛋白原样蛋白2（FGL2）在人类慢性肾脏疾病（CKD）中的表达及其与疾病结果的关联 | 首次在人类CKD中评估FGL2的表达，并探讨了其与肾脏纤维化和疾病进展的关系 | 研究主要基于转录组数据和免疫组织化学分析，可能需要进一步的体内实验验证 | 评估FGL2在人类CKD中的表达及其与疾病结果的关联 | FGL2在CKD患者肾脏中的表达及其与疾病进展的关系 | 数字病理学 | 肾脏疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 两个独立的CKD队列（NEPTUNE和Innsbruck CKD队列）以及13个人类CKD转录组数据集 |