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序号 推送日期 文章 类型 简述 创新点 不足 研究目的 研究对象 领域 病种 技术 模型 数据类型 样本量 平台公司 平台技术 具体产品 平台详情
1901 2025-12-06
SPICEiST: subcellular RNA pattern enhances cell clustering of imaging-based spatial transcriptomics
2025-Dec-02, Genomics & informatics
研究论文 本文提出了一种名为SPICEiST的图自编码器框架,通过整合亚细胞转录分布模式和细胞级基因表达谱,以增强成像空间转录组学中的细胞聚类性能 SPICEiST首次将亚细胞RNA分布模式与细胞级基因表达结合,用于提升成像空间转录组学的细胞聚类准确性,特别是在小基因面板情况下 研究主要针对癌症数据集,且在小基因面板(约300个基因)中效果更显著,对于大基因面板(超过一千个基因)的改进相对有限 旨在克服成像空间转录组学中因小基因面板和细胞分割挑战导致的细胞聚类限制 多个癌症数据集中的细胞,基于成像空间转录组学技术 空间转录组学 癌症 成像空间转录组学 图自编码器 图像和基因表达数据 多个癌症数据集,具体样本数量未在摘要中明确说明 NA 成像空间转录组学 NA NA
1902 2025-12-06
Genome-wide identification of the PLD gene family and its response to multiple abiotic stresses in soybean (Glycine max)
2025-Dec-02, BMC plant biology IF:4.3Q1
研究论文 本研究对大豆中的磷脂酶D(PLD)基因家族进行了全基因组鉴定,并分析了其在多种非生物胁迫下的响应机制 首次在大豆中系统鉴定了25个GmPLD基因,包括两个新发现的φ亚型(GmPLDφ1/2),并通过单细胞RNA-seq揭示了其空间表达异质性,同时通过单倍型分析鉴定了与磷效率相关的优势单倍型 研究主要基于生物信息学分析和表达谱数据,功能验证实验相对有限,且对PLD基因在具体胁迫信号通路中的分子机制尚未深入探讨 系统解析大豆PLD基因家族的结构特征、表达模式及其在非生物胁迫响应中的功能 大豆(Glycine max)中的磷脂酶D(PLD)基因家族 植物分子生物学 NA 全基因组鉴定、系统发育分析、表达谱分析、单细胞RNA-seq、单倍型分析、酶活性验证 NA 基因组序列数据、RNA-seq数据、单细胞RNA-seq数据 基于大豆基因组数据,涉及25个GmPLD基因;表达分析涵盖多种组织和非生物胁迫条件 NA 单细胞RNA-seq NA NA
1903 2025-12-06
A dynamic model for Waddington's landscape accounting for cell-to-cell communication
2025-Dec, Mathematical biosciences IF:1.9Q3
研究论文 本研究提出了一个考虑细胞间通讯的细胞成熟与发育动态模型,作为Waddington景观的扩展 首次在Waddington景观框架中整合细胞间通讯机制,通过偏微分方程与常微分方程耦合系统描述细胞状态依赖的配体产生与群体动态 模型验证主要基于单细胞转录组数据,尚未在更多实验体系或体内环境中进行广泛验证 建立包含细胞间通讯的细胞发育数学模型,更准确描述生物恢复过程 细胞成熟与发育过程,重点关注肠道隐窝干细胞再生和免疫细胞对LSP刺激的响应 计算生物学 NA 单细胞转录组学分析 偏微分方程与常微分方程耦合系统 单细胞转录组数据 NA NA single-cell RNA-seq NA NA
1904 2025-12-06
An Integrated Single-Cell Atlas of the Mouse Ileum Links Nutrient Metabolism with Epithelial and Immune Crosstalk
2025-Dec, The Journal of nutrition IF:3.7Q2
研究论文 本研究通过单细胞RNA测序构建了小鼠回肠的综合单细胞图谱,揭示了上皮细胞和免疫细胞的异质性、营养代谢程序以及上皮-免疫互作 首次整合了小鼠回肠的上皮和免疫细胞单细胞图谱,发现了肠上皮细胞亚群在维生素A、类胡萝卜素和维生素B12吸收中的特异性功能,以及非经典杯状细胞中Bco2和Il18的共表达与脂肪酸代谢和应激反应的关联 研究仅基于8周龄雄性C57BL/6J小鼠,样本来源和年龄性别有限,未涵盖疾病模型或人类样本 绘制回肠细胞异质性图谱,定义上皮分化、营养代谢程序以及与健康和疾病相关的上皮-免疫相互作用 8周龄雄性C57BL/6J小鼠的回肠细胞 数字病理学 克罗恩病 单细胞RNA测序 NA 单细胞基因表达数据 32,076个回肠细胞 NA 单细胞RNA-seq NA NA
1905 2025-12-06
Distinct senotypes in p16- and p21-positive cells across human and mouse aging tissues
2025-Dec, The EMBO journal
研究论文 本研究通过分析人类和小鼠衰老组织的单细胞RNA测序数据,揭示了p21和p16阳性细胞在衰老过程中的异质性及其与衰老相关分泌表型(SASP)的关联 首次在体内系统比较了p21和p16作为衰老标志物的表达异质性,并发现它们在不同细胞类型和组织中缺乏共表达,且具有独立的轨迹动态 研究主要基于转录组数据,缺乏蛋白质水平的验证,且样本来源和数量可能限制结论的普适性 阐明p21和p16在细胞衰老过程中的个体角色及其与SASP的关系 人类和小鼠衰老组织中的细胞 生物信息学 衰老相关疾病 单细胞RNA测序 RNA velocity分析、伪时间分析 单细胞转录组数据 多个数据集,涵盖人类和小鼠的多种组织 NA 单细胞RNA-seq NA NA
1906 2025-12-06
Single-cell RNA sequencing reveals immune response dynamics and infection mechanisms in PRRSV-infected porcine alveolar macrophages
2025-Dec, International journal of biological macromolecules IF:7.7Q1
研究论文 本研究通过单细胞RNA测序揭示了PRRSV感染猪肺泡巨噬细胞的免疫应答动态和感染机制 首次在单细胞水平上揭示了PRRSV感染过程中猪肺泡巨噬细胞的转录异质性,并发现了CD16受体在病毒进入中的作用以及SPP1蛋白的抗病毒功能 研究基于体外感染模型,可能无法完全反映体内复杂环境;样本规模未明确说明,可能影响统计效力 探究PRRSV感染过程中宿主细胞的免疫应答机制和病毒感染动力学 PRRSV感染的猪肺泡巨噬细胞 数字病理学 猪繁殖与呼吸综合征 单细胞RNA测序 NA 单细胞转录组数据 NA NA 单细胞RNA-seq NA NA
1907 2025-12-06
Endothelial septin 4 reduction contributes to lipopolysaccharide-induced acute lung injury by disrupting endothelial barrier integrity and promoting infiltration of ISG+ cells
2025-Dec, International journal of biological macromolecules IF:7.7Q1
研究论文 本研究探讨了内皮细胞特异性SEPT4在脂多糖诱导的急性肺损伤中的作用机制 首次揭示了SEPT4在内皮屏障完整性中的关键作用及其缺失如何通过促进ISG+细胞浸润加剧急性肺损伤 研究主要基于小鼠模型,人类组织验证有限;机制研究尚未完全阐明SEPT4调控细胞骨架的具体分子通路 阐明内皮特异性SEPTs在急性肺损伤中的功能和分子机制 小鼠肺组织、内皮细胞、成纤维细胞 分子病理学 急性肺损伤 scRNA-seq、条件性基因敲除、组织病理学分析 条件性基因敲除小鼠模型 单细胞RNA测序数据、组织切片图像、蛋白质表达数据 未明确说明具体样本数量,但使用了基因敲除小鼠模型和scRNA-seq数据分析 NA 单细胞RNA-seq NA NA
1908 2025-12-06
SIRT1 inhibits ferroptosis of granulosa cells in polycystic ovarian syndrome
2025-Dec, International journal of biological macromolecules IF:7.7Q1
研究论文 本研究通过整合生物信息学分析与实验验证,探讨了铁死亡相关基因在PCOS中的作用,并发现SIRT1通过Nrf2去乙酰化抑制颗粒细胞铁死亡 首次将SIRT1与PCOS中的铁死亡联系起来,并通过scRNA-seq和分子对接揭示了SIRT1-Nrf2相互作用机制 研究主要基于体外实验和生物信息学分析,缺乏大规模临床样本验证 探究铁死亡在PCOS发病机制中的作用,并寻找潜在治疗靶点 多囊卵巢综合征患者的颗粒细胞 生物信息学 多囊卵巢综合征 scRNA-seq, 分子对接, 免疫共沉淀 机器学习 基因表达数据 基于GEO数据集的PCOS与对照样本 NA 单细胞RNA测序 NA NA
1909 2025-12-06
ATP6V1E1 and NDUFB5 identified as potential biomarkers for Alzheimer's disease through integrative analysis
2025-Dec, International journal of biological macromolecules IF:7.7Q1
研究论文 本研究通过整合分析阿尔茨海默病(AD)患者颞叶和外周血样本的差异表达基因,识别出ATP6V1E1和NDUFB5作为关键基因和潜在的AD风险因素,并验证了其诊断性能及在AD小鼠模型中的表达下调与病理相关性 首次通过整合分析识别ATP6V1E1和NDUFB5作为AD的潜在生物标志物,并揭示其在微胶质细胞中的表达与线粒体复合物I和V-ATP酶亚基的系统性下调,提示线粒体和溶酶体系统协同功能障碍在AD发病机制中的作用 研究主要基于生物信息学分析和动物模型验证,缺乏大规模临床样本的直接验证,且未深入探讨这些基因作为治疗靶点的具体机制 识别与氧化磷酸化(OXPHOS)相关的AD生物标志物,以用于早期干预 阿尔茨海默病(AD)患者样本(颞叶和外周血)及AD小鼠模型 生物信息学 阿尔茨海默病 单细胞RNA测序(scRNA-seq)、Western blotting、多变量逻辑回归、LASSO回归 NA 基因表达数据、蛋白质数据 AD患者颞叶和外周血样本(具体数量未明确),两个独立队列验证,AD小鼠模型 NA 单细胞RNA测序 NA NA
1910 2025-12-06
Eosinophils enhance granuloma-mediated control of persistent Salmonella infection in mice
2025-Dec, Nature microbiology IF:20.5Q1
研究论文 本文通过小鼠模型揭示了嗜酸性粒细胞在控制鼠伤寒沙门氏菌持续感染中的宿主保护作用 首次发现嗜酸性粒细胞通过CCL11依赖性招募和活化,在肉芽肿中调节巨噬细胞极化并限制沙门氏菌的利用 研究基于小鼠模型,结果在人类中的适用性尚需验证 探究嗜酸性粒细胞在沙门氏菌持续感染控制中的作用机制 感染鼠伤寒沙门氏菌的小鼠模型,特别是肠系膜淋巴结中的肉芽肿 免疫学 沙门氏菌感染 空间转录组学 NA 转录组数据 NA NA 空间转录组学 NA NA
1911 2025-12-06
SUV39H2 is a vulnerability in glioblastoma stem cells enhanced by co-targeting SUV39H1
2025-Dec, Epigenomics IF:3.0Q2
研究论文 本研究探讨了SUV39H2在胶质母细胞瘤干细胞中的作用,并评估了同时靶向SUV39H2和SUV39H1对破坏干细胞维持的效果 发现SUV39H2是胶质母细胞瘤干细胞的新调控因子,且同时靶向SUV39H2和SUV39H1能更有效地破坏干细胞维持 NA 研究SUV39H2在胶质母细胞瘤干细胞中的作用,并评估同时靶向SUV39H2和SUV39H1的治疗潜力 胶质母细胞瘤干细胞 数字病理学 胶质母细胞瘤 单细胞RNA测序, RT-qPCR, western blot NA RNA-seq数据, 基因表达数据 NA NA 单细胞RNA-seq NA NA
1912 2025-12-06
Human neural stem cell-derived exosomes promote functional recovery in subarachnoid hemorrhage via bdnf/trkb pathway activation and astrocyte modulation
2025-Dec-01, Acta neuropathologica communications IF:6.2Q1
研究论文 本研究探讨了人神经干细胞来源的外泌体通过激活BDNF/TRKB通路和调节星形胶质细胞,在蛛网膜下腔出血模型中促进功能恢复的神经保护作用 首次利用单细胞RNA测序和转录组分析,揭示了hNSC-exo通过BDNF/TRKB信号通路激活和星形胶质细胞调节发挥神经保护作用的分子机制 研究基于大鼠模型,临床转化潜力需进一步验证;未详细探讨外泌体的具体成分及其递送效率 探究人神经干细胞来源的外泌体在蛛网膜下腔出血中的神经保护潜力及其分子机制 大鼠蛛网膜下腔出血模型、人神经干细胞来源的外泌体 神经科学 脑血管疾病 单细胞RNA测序、转录组分析 动物模型 基因表达数据、行为学数据、组织病理学数据 未明确说明具体样本数量,但涉及大鼠模型和体外实验 NA 单细胞RNA测序 NA NA
1913 2025-12-06
Brain-derived neurotrophic factor supports pericyte and vascular homeostasis in the aging brain
2025-Dec-01, Acta neuropathologica communications IF:6.2Q1
研究论文 本研究揭示了脑源性神经营养因子(BDNF)通过激活Akt信号通路调节周细胞PDGFRβ表达,从而维持衰老大脑中周细胞和微血管稳态的机制 首次发现并证实了BDNF-TrkB信号通路在衰老大脑周细胞稳态和微血管完整性中的直接调控作用 研究主要基于小鼠模型,尚未在人类样本中验证;对BDNF信号通路下游的具体分子机制探索尚不全面 探究BDNF在衰老大脑中维持周细胞和微血管稳态的调控机制 不同年龄段的C57BL/6J小鼠、条件性敲除Bdnf基因的C57BL/6小鼠、以及体外培养的周细胞系 神经生物学 衰老相关脑疾病 免疫染色、Western blot、流式细胞术、单细胞测序、转录组分析 NA 图像数据、蛋白质印迹数据、流式细胞数据、测序数据 使用不同年龄段的小鼠模型及体外培养的周细胞 NA 单细胞测序 NA NA
1914 2025-12-06
Integration of single-cell and RNA-seq analysis reveals sepsis heterogeneity and prognostic significance of FCGR3A+ Macrophage subtypes
2025-Dec, Biochemistry and biophysics reports IF:2.3Q3
研究论文 本研究整合单细胞RNA测序和批量转录组数据,揭示了脓毒症免疫微环境异质性,并识别出FCGR3A+巨噬细胞亚型在预后中的关键作用 首次通过整合单细胞与批量转录组数据,系统分析了脓毒症的免疫微环境异质性,并发现FCGR3A+巨噬细胞亚型在预后中的核心作用 样本量相对有限,且未进行外部验证队列的独立验证 分析脓毒症的免疫微环境异质性并开发预后标志物 脓毒症患者的免疫细胞 数字病理学 脓毒症 单细胞RNA测序, 批量转录组测序 scVI算法, BayesPrism分析, StepCox + Ridge模型 RNA测序数据 53个单细胞RNA测序样本和479个脓毒症患者的批量转录组数据 NA 单细胞RNA-seq, 批量RNA-seq NA NA
1915 2025-12-06
Materiobiology in the omics era
2025-Dec, Materials today. Bio
综述 本文综述了多组学技术在材料生物学中的应用,包括单细胞转录组学、转录组学、RNomics、基因组学、蛋白质组学、代谢组学、脂质组学、糖组学和免疫组学,并讨论了多组学策略如何支持骨类器官的构建 整合多种组学技术揭示细胞与生物材料相互作用的复杂调控机制,为下一代生物材料的理性设计提供理论基础和方法学 NA 探讨多组学技术在材料生物学中的应用,以推动精准和再生医学中的材料创新 细胞与生物材料的相互作用,以及骨类器官作为生理相关模型 材料生物学 NA 单细胞转录组学, 转录组学, RNomics, 基因组学, 蛋白质组学, 代谢组学, 脂质组学, 糖组学, 免疫组学 NA 多组学数据 NA NA 单细胞 RNA-seq, 空间转录组学, 单细胞多组学 NA NA
1916 2025-12-06
BMP4 cocktail promotes utricular progenitor reprogramming and vestibular functional recovery in adult mice
2025-Nov-29, Journal of advanced research IF:11.4Q1
研究论文 本研究探讨了BMP4在小鼠前庭毛细胞再生中的作用,通过激活c-Fos促进非毛细胞重编程,并联合Notch抑制和Wnt激活恢复前庭功能 首次揭示BMP4通过c-Fos激活增强前庭非毛细胞重编程,并联合靶向Notch和Wnt通路的小分子组合促进成年小鼠前庭功能恢复 研究主要基于小鼠模型,临床转化潜力需进一步验证;长期安全性和疗效评估不足 探究BMP4在耳毒性损伤后前庭毛细胞再生中的作用机制 成年C57BL/6J背景小鼠(包括多种转基因品系)的前庭毛细胞和非毛细胞 分子生物学与再生医学 前庭功能障碍 单细胞RNA测序、bulk RNA测序、CUT&Tag测序、免疫荧光染色、Western blot分析 NA 转录组数据、表观基因组数据、图像数据 P30成年小鼠及P2小鼠球体/外植体组织 NA 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq, CUT&Tag NA NA
1917 2025-12-06
Single-cell transcriptome analysis elucidates the microenvironmental interactions between colorectal cancer and sarcopenia
2025-Nov-28, Medicine IF:1.3Q2
研究论文 本研究通过整合分析结直肠癌肿瘤组织和肌肉减少症肌肉组织的单细胞转录组数据,揭示了两种疾病共享细胞类型在不同组织微环境中的功能异质性及其潜在的跨组织调控网络 首次整合结直肠癌(CRC)和肌肉减少症(SP)的单细胞转录组数据,系统解析了跨组织微环境的相互作用,并识别出共享核心细胞类型在不同疾病背景下的功能分化 样本量相对有限(16个CRC样本和17个SP样本),且为观察性研究,需进一步实验验证所识别的信号通路 阐明结直肠癌与肌肉减少症共存的微环境相互作用机制 结直肠癌肿瘤组织和肌肉减少症肌肉组织 单细胞转录组学 结直肠癌, 肌肉减少症 单细胞RNA测序(scRNA-seq), 单核RNA测序(snRNA-seq) Harmony(批次效应校正), CellChat(细胞通讯建模) 单细胞转录组数据 16个结直肠癌肿瘤组织样本(scRNA-seq)和17个肌肉减少症肌肉组织样本(snRNA-seq) NA 单细胞RNA测序, 单核RNA测序 NA NA
1918 2025-12-06
Identification of ferroptosis-related therapeutic targets and causal risk factors in aortic dissection via multi-omics integration
2025-Nov-28, Medicine IF:1.3Q2
研究论文 本研究通过多组学整合分析,识别了主动脉夹层中与铁死亡相关的关键基因、调控网络及潜在的因果风险因素 首次将单细胞RNA测序与孟德尔随机化分析相结合,系统探究铁死亡在主动脉夹层中的作用,并揭示了肠道微生物和血清代谢物与疾病的潜在因果关联 研究主要基于公共数据库的回顾性数据,缺乏前瞻性临床队列验证;孟德尔随机化分析结果需进一步实验证实 阐明铁死亡在主动脉夹层发病机制中的作用,并识别潜在的治疗靶点和风险因素 主动脉夹层患者与对照组的基因表达数据、单细胞转录组数据、肠道微生物组和血清代谢组数据 生物信息学 心血管疾病 单细胞RNA测序, 孟德尔随机化分析, 全基因组关联研究 LASSO回归, ROC分析 基因表达数据, 单细胞转录组数据, 基因组关联数据 未明确具体样本数量,数据来源于公共数据库 NA 单细胞RNA-seq, 全基因组关联分析 NA NA
1919 2025-12-06
UGP2 is a potential target for breast cancer, based on bioinformatics analysis and in vitro experiments
2025-Nov-26, Scientific reports IF:3.8Q1
研究论文 本研究通过生物信息学分析和体外实验,系统探讨了UGP2在乳腺癌进展中的临床相关性及功能机制 首次系统性地将UGP2表达与乳腺癌(尤其是TNBC亚型)的临床病理特征、预后及肿瘤微环境中的空间分布联系起来,并通过功能实验验证了其促癌作用 研究主要基于公共数据库分析和体外细胞实验,缺乏体内动物模型验证和更大规模的临床队列验证 探究UGP2在乳腺癌发生发展中的临床意义和生物学功能 乳腺癌患者样本(来自TCGA等数据库及118例临床标本)及乳腺癌细胞系 生物信息学 乳腺癌 生物信息学多组学分析、免疫组化、单细胞RNA测序、siRNA敲低实验 NA 基因表达数据、临床病理数据、单细胞RNA测序数据、体外细胞功能数据 TCGA等公共数据库样本及118例临床乳腺癌标本 NA 单细胞RNA测序 NA NA
1920 2025-12-06
SPINK1-driven cellular heterogeneity and interaction networks in intrahepatic cholangiocarcinoma revealed by integrated multi-omics analysis
2025-Nov-17, Journal of advanced research IF:11.4Q1
研究论文 本研究通过整合多组学分析揭示了SPINK1驱动的细胞异质性及相互作用网络在肝内胆管癌中的作用 发现了SPINK1-CCL20-LAMs轴,该轴协调免疫细胞招募和代谢重编程,揭示了SPINK1通过LAMs建立富含谷氨酰胺的微环境促进肿瘤生长的新机制 NA 剖析肝内胆管癌的细胞异质性和细胞间相互作用,特别关注SPINK1过表达的上皮亚群 人类肝内胆管癌肿瘤及邻近正常组织 数字病理学 肝内胆管癌 单细胞RNA测序, 整合蛋白质组学分析, Transwell实验, 共培养系统, 功能扰动实验 NA 转录组数据, 蛋白质组数据 NA NA 单细胞RNA-seq NA NA
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