单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
1901	2025-03-25	Huoxue Tongluo tablet enhances atherosclerosis efferocytosis by promoting the differentiation of Trem2+ macrophages via PPARγ signaling pathway 2025-May, Phytomedicine : international journal of phytotherapy and phytopharmacology IF:6.7Q1 DOI:10.1016/j.phymed.2025.156579 PMID:40068297	研究论文	本研究探讨了活血通络片通过PPARγ信号通路促进Trem2+巨噬细胞分化，从而增强动脉粥样硬化中巨噬细胞的胞葬作用	首次揭示了活血通络片对巨噬细胞亚群的调控作用及其促进胞葬活性的机制	研究主要基于小鼠模型，尚未在人体中进行验证	评估活血通络片在单细胞水平上治疗动脉粥样硬化的效果和机制	ApoE⁻/⁻小鼠	心血管疾病	动脉粥样硬化	UPLC-MS/MS, 单细胞测序, qPCR, 免疫组化, 流式细胞术, 免疫荧光染色, Western blotting	动物模型	转录组数据, 蛋白质表达数据	ApoE⁻/⁻小鼠（具体数量未明确说明）
1902	2025-03-25	Irreversible electroporation combined with PD-L1/IL-6 dual blockade promotes anti-tumor immunity via cDC2/CD4+T cell axis in MHC-I deficient pancreatic cancer 2025-May-01, Cancer letters IF:9.1Q1 DOI:10.1016/j.canlet.2025.217620 PMID:40068706	research paper	研究探讨了不可逆电穿孔（IRE）联合PD-L1/IL-6双阻断如何通过cDC2/CD4+T细胞轴在MHC-I缺陷型胰腺癌中促进抗肿瘤免疫	揭示了IRE疗法后PD-L1阻断激活cDC2-CD4T细胞轴的补偿性抗肿瘤机制，并提出了PD-L1/IL-6双阻断联合消融治疗的新策略	研究主要基于临床样本和小鼠模型，尚未在人类临床试验中验证	探索MHC-I缺陷型胰腺癌的免疫治疗新方法	胰腺导管腺癌（PDAC）患者和小鼠模型	肿瘤免疫学	胰腺癌	scRNA-seq, 流式细胞术	NA	基因表达数据, 细胞表型数据	临床样本和小鼠模型（具体数量未明确说明）
1903	2025-03-25	UBE2C mediates follicular thyroid carcinoma invasion and metastasis via K29-Specific vimentin ubiquitination 2025-May-01, Cancer letters IF:9.1Q1 DOI:10.1016/j.canlet.2025.217624 PMID:40074069	研究论文	本研究揭示了UBE2C通过K29特异性波形蛋白泛素化调控滤泡性甲状腺癌的侵袭和转移	首次发现UBE2C在滤泡性甲状腺癌中的双重功能，即促进细胞增殖同时抑制迁移和侵袭，并通过K29特异性泛素化降解波形蛋白	动物模型中UBE2C敲低导致原发肿瘤减小但促进转移的现象需要进一步机制研究	探究UBE2C在滤泡性甲状腺癌进展中的具体作用机制	滤泡性甲状腺癌(FTC)组织和细胞系	癌症生物学	甲状腺癌	单细胞RNA测序，动物模型	NA	基因表达数据，蛋白质相互作用数据	未明确说明样本数量，但包含临床标本和细胞系实验
1904	2025-03-25	Lysozyme modulates inflammatory responses to exacerbate the severity of rheumatoid arthritis 2025-Apr-16, International immunopharmacology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.intimp.2025.114427 PMID:40056513	研究论文	该研究探讨了溶菌酶（LYZ）在类风湿性关节炎（RA）中的作用及其作为早期RA诊断生物标志物或治疗靶点的潜力	首次揭示了LYZ在早期RA患者血浆和滑膜巨噬细胞中的高表达，并通过基因敲除和沉默实验验证了LYZ在RA炎症调控中的作用	研究主要基于小鼠模型和细胞实验，尚未在更大规模的人类临床样本中验证LYZ的临床应用价值	探索RA的新治疗靶点或生物标志物以改善治疗效果	早期RA患者、CAIA小鼠模型和MH7A细胞	NA	类风湿性关节炎	血浆蛋白质组学、滑膜液单细胞测序分析、RNA-Seq	CAIA小鼠模型	蛋白质表达数据、基因表达数据	未明确说明样本数量，涉及早期RA患者、CAIA小鼠和MH7A细胞
1905	2025-03-25	MultiOmics analysis of metabolic dysregulation and immune features in breast cancer 2025-Apr-16, International immunopharmacology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.intimp.2025.114376 PMID:40054322	研究论文	通过多组学分析乳腺癌中的代谢失调和免疫特征，构建代谢风险模型以预测患者预后	首次综合代谢和免疫因素评估乳腺癌患者预后，并构建代谢风险模型	样本量相对较小（247例），且仅基于TCGA和GEO数据库	评估和预测乳腺癌患者的预后	乳腺癌样本	多组学分析	乳腺癌	GSVA、单细胞测序分析、机器学习算法	代谢风险模型	基因表达数据、临床病理特征数据、免疫浸润数据	247例乳腺癌样本
1906	2025-03-25	Comprehensive pan-cancer single-cell analysis reveals glycolysis-related signatures as predictive biomarkers for immunotherapy response and their role in bladder cancer 2025-Apr-16, International immunopharmacology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.intimp.2025.114381 PMID:40058104	research paper	通过全面的泛癌单细胞分析，揭示了糖酵解相关特征作为免疫治疗反应的预测生物标志物及其在膀胱癌中的作用	发现了一个与免疫治疗反应强烈相关的糖酵解特征（Glycolysis.Sig），并证实其在预后和免疫反应预测中的优异性能	研究主要基于已有数据集的分析，需要进一步实验验证	探究糖酵解在泛癌尤其是膀胱癌中的作用及其与免疫治疗反应的关系	泛癌及膀胱癌的单细胞和批量RNA测序数据	生物信息学	膀胱癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq），批量RNA测序（bulk RNA-seq）	NA	RNA测序数据	34个单细胞RNA测序队列，8个接受ICI治疗的批量RNA测序队列，以及TCGA泛癌批量RNA测序队列
1907	2025-03-25	A cohort of highly activated CD99- CD72+ B cells promoting autoimmune progression in juvenile systemic lupus erythematosus 2025-Apr-16, International immunopharmacology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.intimp.2025.114466 PMID:40090085	research paper	研究发现了一组在青少年系统性红斑狼疮中高度激活的CD99- CD72+ B细胞亚群，这些细胞通过表达高水平的TLR7促进自身免疫反应	首次识别并描述了CD72 BCs这一关键过渡细胞群体，其在系统性红斑狼疮中连接了初始B细胞和浆细胞的分化过程	研究主要基于青少年系统性红斑狼疮患者，结果在成人患者中的适用性尚待验证	探究系统性红斑狼疮中自身抗体分泌细胞的起源和分化机制	CD99- CD72+ B细胞亚群	免疫学	系统性红斑狼疮	单细胞RNA测序(scRNA-seq), 批量RNA测序(RNA-seq)	NA	RNA测序数据	未明确说明样本数量，研究对象为青少年系统性红斑狼疮患者
1908	2025-03-25	Single-Cell and Spatial Transcriptomics Reveals a Stereoscopic Response of Rice Leaf Cells to Magnaporthe oryzae Infection 2025-Mar-24, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202416846 PMID:40123572	研究论文	该研究利用单细胞和空间转录组学技术，揭示了水稻叶片细胞对稻瘟病菌感染的三维响应	首次构建了水稻叶片的单细胞转录组图谱，揭示了细胞特异性和多维度的免疫响应机制	NA	研究水稻叶片细胞对稻瘟病菌感染的免疫响应机制	水稻叶片细胞和稻瘟病菌(Magnaporthe oryzae)	植物病理学	稻瘟病	单细胞转录组学、空间转录组学	NA	转录组数据	236,708个单细胞转录组
1909	2025-03-25	Exosomal PKM2: A Noninvasive Diagnostic Marker Linking Macrophage Metabolic Reprogramming to Gastric Cancer Pathogenesis 2025-Mar-24, Cancer science IF:4.5Q1 DOI:10.1111/cas.70056 PMID:40126044	research paper	该研究探讨了血浆外泌体PKM2作为胃癌诊断标志物的潜力及其在肿瘤微环境中通过调控巨噬细胞代谢重编程促进胃癌发展的机制	首次揭示外泌体PKM2通过抑制SCAP多聚泛素化激活SREBP1相关脂质合成通路促进胃癌发展的分子机制	样本量相对有限（216例），且机制研究主要在细胞水平进行	探究外泌体PKM2在胃癌诊断和发病机制中的作用	胃癌患者和健康供体的血浆样本（216例）及肿瘤相关巨噬细胞	肿瘤生物学	胃癌	单细胞转录组测序、Kaplan-Meier分析	NA	血液样本、单细胞转录组数据	216例血液样本（胃癌患者和健康对照）
1910	2025-03-25	Time, the final frontier 2025-Mar-24, Molecular oncology IF:5.0Q1 DOI:10.1002/1878-0261.70025 PMID:40126098	研究论文	本文主张将时间动态整合到癌症研究中，强调从传统的终点实验向数据驱动的连续方法的根本转变	提出将时间动态整合到癌症研究中，开发先进的活体成像技术、创新的时间组学方法和新型计算工具	未提及具体的技术实施细节或实验验证结果	探索肿瘤的时间动态变化，以更全面地理解肿瘤的异质性和进化	肿瘤及其微环境	数字病理学	癌症	活体成像技术、时间组学方法	NA	时间序列数据	NA
1911	2025-03-25	Halofuginone Disrupted Collagen Deposition via mTOR-eIF2α-ATF4 Axis to Enhance Chemosensitivity in Ovarian Cancer 2025-Mar-24, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202416523 PMID:40126173	研究论文	研究通过靶向胶原重塑细胞外基质（ECM）来增强卵巢癌化疗敏感性的策略	发现Halofuginone（HF）通过mTOR-eIF2α-ATF4轴抑制COL1A1产生，破坏胶原沉积并促进CD8+ T细胞浸润，从而增强化疗敏感性	NA	探索靶向ECM重塑以增强卵巢癌化疗敏感性的策略	卵巢癌中的癌症相关成纤维细胞（CAFs）和细胞外基质（ECM）	癌症研究	卵巢癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	NA
1912	2025-03-25	Single-Cell Analysis Clarifies Pathological Heterogeneity in Tenosynovial Giant Cell Tumor and Identifies Biomarkers for Predicting Disease Recurrence 2025-Mar-24, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202415835 PMID:40126353	研究论文	通过单细胞RNA测序技术分析弥漫型和局限型腱鞘巨细胞瘤的转录差异，揭示疾病复发预测的生物标志物	发现D-TGCT中独特的肿瘤细胞簇及其通过COL6A3-(ITGAV+ITGB8)相互作用调控成纤维细胞分化的机制，并鉴定出预测疾病复发的生物标志物ROR1和PRKD1	NA	阐明弥漫型腱鞘巨细胞瘤的侵袭性行为机制并寻找疾病复发预测标志物	人类弥漫型(D-TGCT)和局限型(L-TGCT)腱鞘巨细胞瘤病变组织	单细胞组学	腱鞘巨细胞瘤	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	单细胞转录组数据	NA
1913	2025-03-25	eNAMPT Is a Novel DAMP and Therapeutic Target in Human and Murine Pulmonary Fibrosis 2025-Mar-24, American journal of respiratory cell and molecular biology IF:5.9Q1 DOI:10.1165/rcmb.2024-0342OC PMID:40126452	research paper	该研究探讨了eNAMPT作为人类和临床前IPF治疗靶点的潜力，并评估了ALT-100单克隆抗体的治疗效果	首次将eNAMPT鉴定为肺纤维化的新型DAMP和治疗靶点，并展示了ALT-100单抗的治疗潜力	研究主要基于小鼠模型和有限的人类样本，需要更大规模的临床试验验证	探索eNAMPT在肺纤维化中的作用并评估其作为治疗靶点的潜力	IPF患者和小鼠模型	NA	肺纤维化	bulk和单细胞RNA测序	NA	血液、PBMCs、肺组织样本	IPF患者样本和C57Bl6小鼠模型
1914	2025-03-25	Endothelial-like cancer-associated fibroblasts facilitate pancreatic cancer metastasis via vasculogenic mimicry and paracrine signalling 2025-Mar-23, Gut IF:23.0Q1 DOI:10.1136/gutjnl-2024-333638 PMID:40122596	research paper	该研究识别了一种新型的前肿瘤性癌症相关成纤维细胞(CAF)亚型，该亚型通过血管生成拟态和旁分泌信号促进胰腺癌转移	发现FAPα+CD144+内皮样CAFs(endoCAFs)并通过CD144-β-catenin-STAT3信号轴阐明其促进转移的机制，开发了靶向siRNA递送纳米系统	未明确说明样本量大小，且机制研究主要在动物模型中进行	鉴定胰腺导管腺癌(PDAC)中具有血管生成拟态功能的新型CAF亚型并探索其促转移机制	胰腺导管腺癌(PDAC)微环境中的FAPα+CD144+内皮样CAFs	肿瘤微环境	胰腺癌	单细胞RNA测序、mIHC、细胞因子阵列分析、RNA测序、IP-质谱、ChIP和荧光素酶分析	KPC小鼠模型(LSL-KrasG12D/+, LSL-Trp53R172H/+和Pdx1-Cre)	基因表达数据、蛋白质数据	NA
1915	2025-03-25	Mapping molecular landscapes in triple-negative breast cancer: insights from spatial transcriptomics 2025-Mar-22, Naunyn-Schmiedeberg's archives of pharmacology DOI:10.1007/s00210-025-04057-3 PMID:40119898	review	本文综述了空间转录组学在三阴性乳腺癌肿瘤微环境研究中的应用及其在精准医学中的潜力	利用空间转录组学技术揭示三阴性乳腺癌的肿瘤微环境异质性，识别空间生物标志物，并预测免疫治疗反应	需要进一步发展空间转录组学技术、计算工具和多中心合作以促进其临床应用	探讨空间转录组学在三阴性乳腺癌研究中的应用及其对精准医学的贡献	三阴性乳腺癌的肿瘤微环境	digital pathology	breast cancer	spatial transcriptomics	AI-based spatial analysis	transcriptomic data	NA
1916	2025-03-25	Constructing a disease-specific ceRNA coregulatory network for keratoconus diagnosis and landscape of the immune environment 2025-Mar-22, International ophthalmology IF:1.4Q3 DOI:10.1007/s10792-025-03488-4 PMID:40119981	研究论文	本研究通过构建圆锥角膜（KC）特异的ceRNA共调控网络和免疫环境图谱，旨在发现早期诊断的生物标志物并揭示其分子机制	首次构建KC特异的PPI和ceRNA网络，开发了基于ElasticNet算法的诊断模型，并揭示了KC患者独特的免疫微环境特征	研究基于公共数据库的转录组数据，需要进一步实验验证	确定圆锥角膜的潜在疾病特异性基因生物标志物并解析其免疫环境	圆锥角膜患者与对照组的转录组数据	生物信息学	圆锥角膜	转录组分析，单细胞测序分析	ElasticNet算法	RNA-seq数据	来自GEO和ArrayExpress数据库的圆锥角膜患者与对照组样本
1917	2025-03-25	Immunosuppressive JAG2+ tumor-associated neutrophils hamper PD-1 blockade response in ovarian cancer by mediating the differentiation of effector regulatory T cells 2025-Mar-22, Cancer communications (London, England) DOI:10.1002/cac2.70021 PMID:40120139	research paper	该研究揭示了JAG2+肿瘤相关中性粒细胞（TANs）在高级别浆液性卵巢癌（HGSOC）中通过介导效应调节性T细胞（eTregs）的分化来阻碍PD-1阻断反应的机制	首次阐明了JAG2+ TANs通过Notch信号通路促进eTregs分化，从而导致免疫逃避和抗PD-1治疗抵抗的具体机制	研究主要基于HGSOC样本，其他类型卵巢癌或实体瘤的适用性需要进一步验证	阐明JAG2+ TANs在HGSOC肿瘤免疫抑制微环境中的作用机制	高级别浆液性卵巢癌（HGSOC）患者样本和肿瘤相关中性粒细胞	肿瘤免疫学	卵巢癌	多重免疫组化、流式细胞术、单细胞RNA测序（scRNA-seq）、体外共培养系统、肿瘤移植小鼠模型	患者来源肿瘤类器官（PDTOs）模型和异种移植模型	临床样本数据、单细胞转录组数据、流式细胞数据	304例HGSOC样本（274例构成两个独立队列，30例用于建立PDTOs）
1918	2025-03-25	AMPK-dependent Parkin activation suppresses macrophage antigen presentation to promote tumor progression 2025-Mar-21, Science advances IF:11.7Q1 DOI:10.1126/sciadv.adn8402 PMID:40117357	research paper	该研究揭示了Parkin通过AMPK依赖性激活抑制巨噬细胞抗原呈递，从而促进肿瘤进展的机制	发现了Parkin在肿瘤免疫微环境中调控巨噬细胞与T细胞相互作用的新机制，并证明Parkin缺失可增强免疫检查点阻断治疗效果	研究主要基于小鼠模型，人类临床样本验证仍需进一步研究	探究Parkin在肿瘤免疫微环境中的调控作用及其机制	小鼠模型和人类固体肿瘤患者样本	肿瘤免疫学	固体肿瘤	单细胞RNA测序、流式细胞术	小鼠基因敲除模型	基因表达数据、流式细胞数据	未明确说明具体样本数量，涉及基因工程小鼠和人类患者数据
1919	2025-03-25	Influence of experimental variables on spheroid attributes 2025-Mar-21, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-92037-1 PMID:40118968	research paper	本文通过分析32,000个球体图像，系统性地研究了影响3D细胞培养模型可靠性的关键参数	大规模分析揭示了氧气水平、培养基成分和血清浓度对球体特性的显著影响，并整合了单细胞RNA测序和自动图像分析技术	研究未涉及所有可能的实验变量，且结果可能受特定细胞类型或培养条件限制	提高3D细胞培养模型的可靠性和可重复性，以促进其在药物测试、个性化医疗和肿瘤生物学中的应用	三维(3D)细胞培养系统中的球体	生物医学研究	NA	单细胞RNA测序, 自动图像分析	NA	图像, 基因表达数据	32,000个球体图像
1920	2025-03-25	DNA methylation changes during acute COVID-19 are associated with long-term transcriptional dysregulation in patients' airway epithelial cells 2025-Mar-21, EMBO molecular medicine IF:9.0Q1 DOI:10.1038/s44321-025-00215-5 PMID:40119174	研究论文	本研究通过DNA甲基化和单细胞RNA测序技术，探讨了COVID-19患者急性期DNA甲基化变化与长期转录调控异常的关系	首次揭示了COVID-19急性期DNA甲基化变化与长期呼吸道基因表达失调的关联，特别是纤毛功能相关基因的持续抑制	样本量相对较小(n=19患者)，长期随访样本更少(n=5)	阐明SARS-CoV-2感染后持续健康影响的分子机制	COVID-19患者和对照组的鼻上皮细胞	表观遗传学	COVID-19	酶促DNA甲基化测序，单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	基因组甲基化数据，单细胞转录组数据	急性期：19例患者(14例scRNA-seq)和14例对照(10例scRNA-seq)；随访期：3个月(n=7)和12个月(n=5)；验证队列：15例(感染后6个月)