单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
1901	2025-04-16	Genomic determinants of antigen expression hierarchy in African trypanosomes 2025-Mar-12, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-025-08720-w PMID:40074895	研究论文	本文通过建立高灵敏度的单细胞RNA测序方法，揭示了非洲锥虫抗原表达层次性的基因组决定因素	首次在单细胞水平上追踪了锥虫抗原转换过程中的转录组变化和基因组重排	研究仅针对模型原生动物寄生虫布鲁氏锥虫，结果在其他病原体中的普适性有待验证	揭示病原体抗原变异中表达层次性的分子机制	布鲁氏锥虫及其抗原基因	基因组学	寄生虫感染	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	单个锥虫细胞
1902	2025-02-18	Single-cell transcriptome sequencing in synovial joint: insights of new progenitors and targets in joint development and disease 2025-Mar-10, Stem cells (Dayton, Ohio) DOI:10.1093/stmcls/sxaf008 PMID:39957282	研究论文	本文探讨了单细胞转录组测序在滑膜关节中的应用，揭示了关节发育和疾病中的新祖细胞和靶点	利用单细胞转录组测序技术，揭示了滑膜关节中不同细胞类型的异质性和相互作用，为关节发育和疾病研究提供了新的视角和策略	未提及具体的技术限制或样本量限制	研究滑膜关节的发育过程和疾病机制	滑膜关节，包括膝关节、颞下颌关节和脊柱关节	生物信息学	关节炎	单细胞转录组测序	NA	基因表达数据	NA
1903	2025-04-16	Disulfiram ameliorates bone loss in ovariectomized mice by suppressing osteoclastogenesis 2025-Mar, Journal of bone and mineral metabolism IF:2.4Q3 DOI:10.1007/s00774-024-01555-x PMID:39373772	研究论文	该研究探讨了双硫仑（DSF）对卵巢切除小鼠骨质疏松的改善作用及其对破骨细胞生成的抑制作用	首次在体内证实DSF通过抑制破骨细胞生成改善骨质疏松，并发现其作用机制与抑制Tnfrsf11a表达相关	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人体验证效果	探究DSF对骨质疏松的治疗潜力及其作用机制	卵巢切除诱导骨质疏松的小鼠模型	骨代谢研究	骨质疏松症	microCT分析、骨形态计量分析、scRNA-seq分析、流式细胞术	小鼠骨质疏松模型	影像数据、基因表达数据、细胞计数数据	未明确说明具体样本量（使用卵巢切除小鼠）
1904	2025-04-16	Cell type-dependent directional transcription at enhancers 2025-03, NAR genomics and bioinformatics IF:4.0Q1 DOI:10.1093/nargab/lqaf007 PMID:40060372	研究论文	研究增强子在单个细胞类型中的单向转录特征及其与双向转录的差异	发现增强子在单个细胞类型中倾向于单向转录，而非传统的双向转录特征	未明确说明样本的具体数量或实验设计的局限性	探讨增强子转录方向性与细胞类型的关系及其对增强子检测的影响	增强子及其转录方向性	基因组学	NA	FANTOM5、深度帽分析基因表达转录组数据、5'单细胞RNA测序	NA	转录组数据	NA
1905	2025-04-16	Crafted experiments to evaluate feature selection methods for single-cell RNA-seq data 2025-03, NAR genomics and bioinformatics IF:4.0Q1 DOI:10.1093/nargab/lqaf023 PMID:40109353	research paper	提出了一种基于扰动真实数据集信号的新方法，用于评估单细胞RNA测序数据的特征选择方法	开发了一种名为GOF的单变量分布导向特征选择方法，并通过精心设计的实验验证其有效性	缺乏真实基准数据集来评估新方法	评估单细胞RNA测序数据的特征选择方法	单细胞RNA测序数据	machine learning	NA	scRNA-seq	GOF	RNA-seq数据	NA
1906	2025-04-16	Single-Cell Profiling of Tubular Epithelial Cells in Adaptive State in the Urine Sediment of Patients With Early and Advanced Diabetic Kidney Disease 2025-Mar, Kidney international reports IF:5.7Q1 DOI:10.1016/j.ekir.2024.11.002 PMID:40225386	研究论文	通过单细胞RNA测序技术分析糖尿病肾病患者尿液中处于适应性状态的肾小管上皮细胞，探讨其在疾病进展中的临床意义	首次在糖尿病肾病患者的尿液中鉴定出适应性状态的肾小管上皮细胞，并发现其不同状态的比例具有诊断价值	研究样本量未明确说明，且仅针对糖尿病肾病患者，未涵盖其他肾脏疾病	探究糖尿病肾病患者尿液中适应性状态肾小管上皮细胞的存在及其临床意义	糖尿病肾病患者的尿液样本中的肾小管上皮细胞	数字病理学	糖尿病肾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、空间单细胞RNA测序、批量RNA测序	NA	RNA测序数据	NA
1907	2025-04-16	Unraveling tumoral heterogeneity and angiogenesis-associated mechanisms of PD-1 and LAG-3 dual inhibition in lung cancers by single-cell RNA sequencing 2025-Mar, Chinese medical journal pulmonary and critical care medicine DOI:10.1016/j.pccm.2025.02.004 PMID:40226601	研究论文	通过单细胞RNA测序揭示PD-1和LAG-3双重抑制在肺癌中的肿瘤异质性和血管生成相关机制	首次使用单细胞RNA测序技术分析PD-1和LAG-3双重抑制在肺癌中的协同抗肿瘤机制，并发现其在鳞状细胞癌中的优越疗效	研究仅基于PDX模型，未涉及人体临床试验	阐明PD-1和LAG-3双重抑制在肺癌中的协同抗肿瘤机制	肺癌患者来源的异种移植(PDX)模型	数字病理	肺癌	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	PDX模型	RNA测序数据	8127个细胞(包括2699个基底细胞、4109个恶性细胞和1319个上皮细胞)
1908	2025-04-16	Vascular smooth muscle cell-derived SO2 sulphenylated interferon regulatory factor 1 to inhibit VSMC senescence 2025, Frontiers in pharmacology IF:4.4Q1 DOI:10.3389/fphar.2025.1516885 PMID:40223932	研究论文	本研究探讨了内源性二氧化硫（SO2）在血管平滑肌细胞（VSMC）衰老中的作用及其分子机制	首次揭示了SO2通过硫化干扰素调节因子1（IRF1）抑制VSMC衰老的新机制	研究主要基于小鼠模型和细胞系，人类样本验证不足	探索SO2/AAT1通路在VSMC衰老中的作用机制	老年小鼠、VSMC特异性AAT1敲除小鼠、D-半乳糖处理的主动脉环和大鼠VSMC系A7r5	心血管疾病	心血管疾病	Western blot、实时定量PCR、SA-β-gal染色、生物素转换实验、定点诱变	基因敲除小鼠模型	蛋白质表达数据、基因表达数据、酶活性数据	老年小鼠（24月龄）、VSMC-AAT1-KO小鼠、大鼠VSMC系A7r5
1909	2025-04-16	Bioinformatic Analysis of Apoptosis-Related Genes in Preeclampsia Using Public Transcriptomic and Single-Cell RNA Sequencing Datasets 2025, Journal of inflammation research IF:4.2Q2 DOI:10.2147/JIR.S507660 PMID:40224388	研究论文	通过公共转录组和单细胞RNA测序数据集分析子痫前期中凋亡相关基因的作用	结合scRNA-seq和五种算法识别子痫前期的生物标志物，并在单细胞水平验证其表达	数据来源于公共数据库，可能受限于原始数据的质量和样本量	探索子痫前期中凋亡相关基因及其细胞机制，作为潜在生物标志物	子痫前期患者的转录组和单细胞RNA测序数据	生物信息学	子痫前期	scRNA-seq, RT-qPCR, 差异表达分析	CytoHubba插件中的五种算法	转录组数据, 单细胞RNA测序数据	公共数据库中的数据集，临床样本通过RT-qPCR验证
1910	2025-04-16	Causal Associations of Inflammatory Cytokines With Osteosarcopenia: Insights From Mendelian Randomization and Single Cell Analysis 2025, Mediators of inflammation IF:4.4Q2 DOI:10.1155/mi/6005225 PMID:40224485	研究论文	通过孟德尔随机化和单细胞RNA测序技术，研究炎症细胞因子在骨肌减少症中的因果作用及其潜在机制	首次结合孟德尔随机化和单细胞RNA测序技术，揭示了特定细胞因子在骨肌减少症中的因果作用和细胞特异性表达模式	需要进一步研究以确认这些发现及其对肌肉骨骼健康的影响	阐明循环细胞因子在骨肌减少症发病机制中的因果作用，并确定潜在的治疗靶点	骨肌减少症患者	生物医学研究	老年性疾病	孟德尔随机化(MR), 单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	基因组关联研究(GWAS)数据, 单细胞RNA测序数据	多个队列的公开GWAS数据, 人类肌肉和骨髓的单细胞RNA测序数据集
1911	2025-04-16	Mendelian Randomization Combined with Single-Cell Transcriptome Analysis Reveals the Role of the Key Gene PCLAF in the Pathogenesis of Atopic Dermatitis 2025, Clinical, cosmetic and investigational dermatology DOI:10.2147/CCID.S506139 PMID:40225314	研究论文	本研究结合单细胞转录组分析和孟德尔随机化方法，揭示了关键基因PCLAF在特应性皮炎发病机制中的作用	首次整合单细胞RNA测序和孟德尔随机化分析，识别出PCLAF等基因与特应性皮炎的关联及其在细胞周期调控和免疫逃逸中的作用	研究依赖于现有数据库的样本量，未进行实验验证	探索特应性皮炎的遗传和代谢通路	特应性皮炎患者和健康对照的基因表达数据	生物信息学	特应性皮炎	单细胞RNA测序(scRNA-seq), 孟德尔随机化(MR), 基因集富集分析(GSEA)	edgeR, Seurat	RNA测序数据	未明确说明样本数量
1912	2025-04-16	Targeting formyl peptide receptor 2 to suppress neuroinflammation in neuromyelitis optica spectrum disorder 2025, Theranostics IF:12.4Q1 DOI:10.7150/thno.107303 PMID:40225578	研究论文	本研究探讨了靶向甲酰肽受体2（FPR2）在抑制视神经脊髓炎谱系障碍（NMOSD）神经炎症中的作用	揭示了FPR2/mFpr2在调控小胶质细胞活性中的新作用，提出FPR2拮抗剂可能作为治疗NMOSD的新方法	研究主要基于小鼠模型，人类样本的应用和临床转化仍需进一步验证	探索FPR2在NMOSD神经炎症中的具体作用及其治疗潜力	NMOSD患者和小鼠模型	神经免疫学	视神经脊髓炎谱系障碍	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、流式细胞术、MRI、免疫染色	小鼠NMOSD模型	RNA测序数据、流式细胞数据、影像数据	NMOSD患者和健康对照者的外周血样本，以及NMOSD小鼠模型
1913	2025-04-16	FOS-driven inflammatory CAFs promote colorectal cancer liver metastasis via the SFRP1-FGFR2-HIF1 axis 2025, Theranostics IF:12.4Q1 DOI:10.7150/thno.111625 PMID:40225580	research paper	该研究通过单细胞RNA测序和空间转录组学分析，结合体外和体内实验，揭示了炎症性癌症相关成纤维细胞（CAFs）通过SFRP1-FGFR2-HIF1轴促进结直肠癌肝转移的机制	首次鉴定出一种与不良临床结果相关的炎症性CAF亚型（CFD iCAFs），并揭示了其通过FOS介导的SFRP1过表达促进肿瘤干性和上皮-间质转化（EMT）的分子机制	研究主要基于临床样本和小鼠模型，尚未在更大规模的临床队列中验证SFRP1作为治疗靶点的有效性	探究癌症相关成纤维细胞在结直肠癌肝转移中的作用及其分子机制	结直肠癌患者的原发肿瘤和肝转移组织、SW480和CT26细胞系、BALB/c小鼠	digital pathology	colorectal cancer	single-cell RNA sequencing, spatial transcriptomics	subcutaneous xenografts, orthotopic tumor metastasis models	RNA-seq data, image	结直肠癌患者样本（非转移性原发肿瘤和转移性原发肿瘤伴肝转移）、6组体外实验、小鼠模型
1914	2025-04-16	Deciphering single-cell landscape unravels cell-type-specific functional roles of RNA m6A modification in atherosclerosis 2025, Theranostics IF:12.4Q1 DOI:10.7150/thno.104179 PMID:40225569	研究论文	本研究通过单细胞测序数据揭示了RNA m6A修饰在动脉粥样硬化中细胞类型特异性功能的调控机制	首次在单细胞水平上全面解析了m6A修饰在动脉粥样硬化中的细胞类型特异性调控功能，并发现了ALKBH5、WTAP和METTL3等m6A调节因子的重要作用	研究主要基于单细胞测序数据的生物信息学分析，部分结论需要通过更多实验验证	阐明m6A修饰在动脉粥样硬化发生发展中的细胞类型特异性调控机制	动脉粥样硬化患者的单细胞测序数据	单细胞组学	心血管疾病	单细胞测序	NA	单细胞RNA测序数据	动脉粥样硬化患者的单细胞样本
1915	2025-04-16	Integrated Phenotypic and Transcriptomic Analyses of Osteoporosis in Type 2 Diabetic Mice 2025, International journal of medical sciences IF:3.2Q1 DOI:10.7150/ijms.109537 PMID:40225857	研究论文	该研究通过整合表型和转录组学分析，探讨了2型糖尿病小鼠骨质疏松症的早期特征及其分子机制	揭示了2型糖尿病早期骨质疏松的表型特征，鉴定了与疾病进展相关的基因表达变化，并明确了骨髓间充质干细胞的功能异常	研究仅使用小鼠模型，结果需要进一步在人类样本中验证	阐明2型糖尿病对骨骼的影响，特别是在疾病早期阶段	高脂饮食诱导的2型糖尿病小鼠模型	骨代谢研究	2型糖尿病和骨质疏松症	micro-CT、免疫荧光染色、ELISA、RNA测序、单细胞RNA测序(scRNA-seq)	小鼠疾病模型	影像数据、分子生物学数据、转录组数据	4周和16周高脂饮食喂养的小鼠
1916	2025-04-16	Integrating Single-Cell and Bulk RNA Sequencing Data to Explore Sphingolipid Metabolism Molecular Signatures in Ovarian Cancer Prognosis: an Original Study 2025, International journal of medical sciences IF:3.2Q1 DOI:10.7150/ijms.107391 PMID:40225866	研究论文	本研究通过整合单细胞和批量RNA测序数据，探索鞘脂代谢分子特征在卵巢癌预后中的作用	开发了基于鞘脂相关基因的新型分子亚型，并构建了预测卵巢癌患者预后、免疫细胞浸润特征和化疗敏感性的特征模型	研究主要依赖于TCGA和GEO数据库的数据，可能受到样本来源和数量的限制	探索鞘脂代谢分子特征在卵巢癌预后中的作用，并构建预后预测模型	卵巢癌患者	生物信息学	卵巢癌	单细胞RNA测序，批量RNA测序，WGCNA，COX回归，LASSO回归	预后预测模型	RNA测序数据	主要来自TCGA和GEO数据库的卵巢癌数据
1917	2025-04-16	Cell-type specific epigenetic and transcriptional mechanisms in substance use disorder 2025, Frontiers in cellular neuroscience IF:4.2Q2 DOI:10.3389/fncel.2025.1552032 PMID:40226298	综述	本文综述了物质使用障碍（SUD）中细胞类型特异的表观遗传和转录机制，强调了它们在神经可塑性及成瘾和复发维持中的关键作用	整合单细胞转录组学、表观遗传学和神经环路研究，揭示了SUD相关的分子和细胞改变，并展望了多组学技术在个性化治疗策略中的应用	未提及具体实验数据或样本量，主要基于现有研究的总结和展望	探讨SUD的分子和细胞机制，以开发更有效的预防和治疗策略	神经元和非神经元细胞在SUD中的表观遗传和转录调控	神经科学	物质使用障碍	单细胞转录组学、表观遗传学、多组学技术	NA	转录组和表观遗传数据	NA
1918	2025-04-16	Construction and Validation of a T Cell Exhaustion-Related Prognostic Signature in Cholangiocarcinoma 2025, International journal of genomics IF:2.6Q2 DOI:10.1155/ijog/8823837 PMID:40226355	研究论文	本研究构建并验证了一个与T细胞耗竭相关的胆管癌预后特征	首次构建了一个基于T细胞耗竭相关基因的四基因特征，用于预测胆管癌患者的预后	研究样本量有限，且仅基于一个数据集进行验证	研究T细胞耗竭相关基因在胆管癌中的作用，并构建预后预测模型	胆管癌患者及其相关基因表达数据	生物信息学	胆管癌	WGCNA, LASSO Cox回归分析, ssGSEA, scRNA-seq, qRT-PCR, western blot	LASSO Cox回归模型	基因表达数据	E-MTAB-6389数据集中的胆管癌样本
1919	2025-04-16	A novel tumor-associated macrophage risk signature predicts prognosis and immunotherapy response in lung adenocarcinoma 2025, American journal of cancer research IF:3.6Q2 DOI:10.62347/SQUF6988 PMID:40226479	research paper	本研究通过整合单细胞RNA测序和批量转录组数据，建立了一个基于肿瘤相关巨噬细胞（TAM）的10基因风险特征，用于预测肺腺癌（LUAD）患者的预后和免疫治疗反应	首次系统地鉴定了与LUAD预后相关的TAM亚群，并构建了一个具有强大预测能力的10基因风险特征	研究结果需要在更大规模的前瞻性队列中进行验证	研究肺腺癌中肿瘤相关巨噬细胞的亚群特征及其临床意义，并开发一个预后和免疫治疗反应的预测模型	肺腺癌患者及其肿瘤相关巨噬细胞	digital pathology	lung cancer	scRNA-seq, bulk transcriptomic analysis	LASSO regression, nomogram	RNA sequencing data	多个独立队列（包括IMvigor210和GSE78220数据集）
1920	2025-04-16	Unveiling the power of Treg.Sig: a novel machine-learning derived signature for predicting ICI response in melanoma 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1508638 PMID:40226609	研究论文	该研究开发了一种基于机器学习的Treg.Sig特征，用于预测黑色素瘤对免疫检查点抑制剂(ICI)的反应	首次提出了一种与Treg细胞相关的特征Treg.Sig，并证明其在预测ICI反应方面的优越性	研究主要基于小鼠模型和有限的患者队列，需要进一步临床验证	开发预测黑色素瘤患者对免疫治疗反应的生物标志物	黑色素瘤患者和小鼠模型	机器学习	黑色素瘤	scRNA-seq, bulk-seq	机器学习	转录组数据	未明确说明患者数量，包含小鼠模型数据