单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
19121	2024-08-08	Fc gamma receptor IIb in tumor-associated macrophages and dendritic cells drives poor prognosis of recurrent glioblastoma through immune-associated signaling pathways 2022, Frontiers in genetics IF:2.8Q2 DOI:10.3389/fgene.2022.1046008 PMID:36685974	研究论文	本研究通过分析基因表达数据和临床信息，探讨了FcγRIIb在肿瘤相关巨噬细胞和树突状细胞中通过免疫相关信号通路驱动复发性胶质母细胞瘤不良预后的作用	首次揭示了FcγRIIb在复发性胶质母细胞瘤中的驱动作用及其与免疫相关信号通路的关联	NA	探讨FcγRIIb在复发性胶质母细胞瘤中的作用及其作为免疫治疗靶点的潜力	FcγRIIb在肿瘤相关巨噬细胞和树突状细胞中的表达及其对复发性胶质母细胞瘤预后的影响	数字病理学	脑肿瘤	单细胞RNA测序	NA	mRNA表达数据	来自中国胶质瘤基因组图谱和TCGA、REMBRANDT队列的GBM和正常组织样本
19122	2024-08-08	Identification of therapeutic targets for osteosarcoma by integrating single-cell RNA sequencing and network pharmacology 2022, Frontiers in pharmacology IF:4.4Q1 DOI:10.3389/fphar.2022.1098800 PMID:36686663	研究论文	本研究通过整合单细胞RNA测序和网络药理学方法，分析了骨肉瘤治疗的有效靶点	本研究首次结合单细胞RNA测序和网络药理学方法，识别了与骨肉瘤进展相关的关键靶点，并预测了潜在的药物-靶点对	研究主要基于数据分析和分子对接，尚未进行体内外实验验证	识别骨肉瘤治疗的新靶点和潜在药物	骨肉瘤的细胞异质性和治疗靶点	数字病理学	骨肉瘤	单细胞RNA测序（scRNA-seq），网络药理学，分子对接分析	NA	RNA	基于GSE162454数据集获得了21个细胞簇，GSE36001数据集用于分析
19123	2024-08-08	Single-cell transcriptome in silico analysis reveals conserved regulatory programs in macrophages/monocytes of abdominal aortic aneurysm from multiple mouse models and human 2022, Frontiers in cardiovascular medicine IF:2.8Q2 DOI:10.3389/fcvm.2022.1062106 PMID:36698942	研究论文	本研究通过生物信息学方法分析了来自多个小鼠模型和人类腹主动脉瘤的单细胞RNA测序数据，揭示了巨噬细胞/单核细胞的保守调控程序	首次对多个小鼠模型和人类腹主动脉瘤的单细胞RNA测序数据进行综合分析，识别了巨噬细胞/单核细胞的亚型及其调控网络	研究依赖于已发表的数据集，未进行新的实验验证	探究腹主动脉瘤中巨噬细胞/单核细胞的转录调控模式及其在疾病发生中的作用	腹主动脉瘤中的巨噬细胞/单核细胞及其调控基因和网络	数字病理学	心血管疾病	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	26个细胞集群，11种细胞类型，涉及多个小鼠模型和人类样本
19124	2024-08-08	Echidna: integrated simulations of single-cell immune receptor repertoires and transcriptomes 2022, Bioinformatics advances IF:2.4Q2 DOI:10.1093/bioadv/vbac062 PMID:36699357	研究论文	本文介绍了Echidna，一个R包，用于模拟单细胞水平的免疫受体库和转录组数据	Echidna是首个能够模拟包含免疫受体库和基因表达的单细胞数据集的工具	NA	开发一个能够模拟单细胞免疫受体库和转录组数据的工具，以辅助软件开发和生物信息学基准测试	单细胞免疫受体库和转录组数据	生物信息学	NA	单细胞测序	NA	基因表达数据	NA
19125	2024-08-08	More accurate estimation of cell composition in bulk expression through robust integration of single-cell information 2022, Bioinformatics advances IF:2.4Q2 DOI:10.1093/bioadv/vbac049 PMID:36699374	研究论文	本文介绍了一种基于协方差的单细胞分解（CSCD）方法，用于通过构建基于单细胞数据的参考表达谱和使用约束线性逆模型学习基因特异性批量表达转换，来估计批量数据中的细胞类型比例	本文引入了一种更先进的模型，成功地将scRNA-seq和批量RNA-seq数据集中的协方差结构纳入分析，并通过利用线性收缩估计相应的协方差矩阵来解决共线性问题	Bisque方法受限于单变量模型，无法将基因间相关性纳入分析	提高批量表达数据中细胞成分估计的准确性	细胞类型比例的估计	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）和批量RNA-seq	约束线性逆模型	RNA-seq数据	使用了多个公开可用的数据集
19126	2024-08-08	scMoC: single-cell multi-omics clustering 2022, Bioinformatics advances IF:2.4Q2 DOI:10.1093/bioadv/vbac011 PMID:36699396	研究论文	本文提出了一种名为scMoC的单细胞多组学聚类方法，用于从同一细胞的scRNA-seq和scATAC-seq数据中识别细胞聚类	scMoC通过利用scRNA-seq数据来克服scATAC-seq数据的高稀疏性，并采用RNA引导的插补策略生成信息丰富的scATAC-seq数据，从而实现基于RNA和ATAC信息的生物学上有意义的集成聚类	NA	开发一种方法来利用单细胞多组学数据的互补性进行跨模态细胞聚类	单细胞的scRNA-seq和scATAC-seq数据	生物信息学	NA	scRNA-seq, scATAC-seq	NA	数据	使用了不同协议和不同数据稀疏性水平的数据集
19127	2024-08-08	FlexDotPlot: a universal and modular dot plot visualization tool for complex multifaceted data 2022, Bioinformatics advances IF:2.4Q2 DOI:10.1093/bioadv/vbac019 PMID:36699406	研究论文	本文介绍了一种名为FlexDotPlot的R包，用于从多方面数据中生成点图，特别是单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据	FlexDotPlot提供了一个通用且易于使用的解决方案，具有高度的多功能性，并包含一个交互式的R Shiny应用程序，使非R用户也能轻松生成点图	NA	开发一种功能更全面、更易用的点图可视化工具	多方面数据，特别是单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	scRNA-seq	NA	数据可视化	NA
19128	2024-08-08	Narciclasine inhibits phospholipase A2 and regulates phospholipid metabolism to ameliorate psoriasis-like dermatitis 2022, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2022.1094375 PMID:36700214	研究论文	本文研究了Narciclasine（Ncs）对磷脂酶A2的抑制作用及其对磷脂代谢的调节，以改善银屑病样皮肤病	Ncs能够抑制角质形成细胞增殖和减少皮肤中免疫细胞的招募，通过抑制与银屑病相关的炎症介质，并直接抑制Th17细胞极化	NA	探索Narciclasine作为银屑病治疗新药的潜力	Narciclasine对银屑病样小鼠模型的治疗效果及其作用机制	NA	银屑病	转录组学和脂质组学	NA	单细胞测序数据	使用IMQ诱导的银屑病样小鼠模型进行实验
19129	2024-08-08	Comparative analysis of thoracic and abdominal aortic aneurysms across the segment and species at the single-cell level 2022, Frontiers in pharmacology IF:4.4Q1 DOI:10.3389/fphar.2022.1095757 PMID:36703732	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术比较分析了胸主动脉瘤和腹主动脉瘤在不同物种和部位的细胞亚结构和转录组特征	首次在单细胞水平上比较了胸主动脉瘤和腹主动脉瘤在人类和鼠模型中的细胞类型变化，并识别了保守的平滑肌细胞和巨噬细胞亚群	研究主要集中在鼠模型和临床患者样本，未涉及更多物种的比较	探讨使用血管紧张素II诱导的鼠模型研究人类主动脉瘤疾病的合理性和实用性	胸主动脉瘤和腹主动脉瘤在人类和鼠模型中的细胞亚结构和转录组特征	数字病理学	心血管疾病	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	包括临床患者的胸主动脉瘤和腹主动脉瘤样本以及鼠模型的健康和病变主动脉样本
19130	2024-08-08	MIF promotes cell invasion by the LRP1-uPAR interaction in pancreatic cancer cells 2022, Frontiers in oncology IF:3.5Q2 DOI:10.3389/fonc.2022.1028070 PMID:36703790	研究论文	本文研究了巨噬细胞移动抑制因子（MIF）通过LRP1-uPAR相互作用促进胰腺癌细胞侵袭的机制	揭示了MIF与uPAR之间的新关联，并解释了MIF如何增强胰腺癌细胞的侵袭能力	NA	探究MIF在胰腺癌进展中的作用及其机制	胰腺导管腺癌（PDAC）细胞	数字病理学	胰腺癌	免疫组化染色，空间转录组学，流式细胞术	NA	组织，基因表达数据	使用PDAC组织和PDAC细胞异种移植模型进行研究
19131	2024-08-08	A single-cell atlas reveals the heterogeneity of meningeal immunity in a mouse model of Methyl CpG binding protein 2 deficiency 2022, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2022.1056447 PMID:36703978	研究论文	本研究利用单细胞测序技术分析了Mecp2缺陷小鼠硬脑膜中的免疫细胞，揭示了MeCP2缺乏对脑膜免疫的影响	首次详细描述了MeCP2缺乏小鼠脑膜免疫细胞的异质性及其功能变化	NA	探讨MeCP2缺乏对脑膜免疫细胞的影响及其在Rett综合征发展中的作用	Mecp2缺陷小鼠的脑膜免疫细胞	数字病理学	神经发育障碍	单细胞测序	NA	细胞	Mecp2缺陷小鼠和对照小鼠的脑膜免疫细胞
19132	2024-08-08	Single-cell RNA sequencing reveals the molecular features of peripheral blood immune cells in children, adults and centenarians 2022, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2022.1081889 PMID:36703979	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术分析了不同年龄段（从儿童到百岁老人）外周血单个核细胞的分子特征	发现了在不同年龄段中，髓系细胞的比例和状态有显著变化，并鉴定了一种新的CD8CCR7GZMB细胞毒性T细胞亚型	NA	探究从儿童到百岁老人外周血免疫细胞的分子特征及其与年龄的关系	外周血单个核细胞（PBMCs）及其在不同年龄段的分子特征	数字病理学	自身免疫疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	包括1-12岁（G1）、20-30岁（G2）、30-60岁（G3）、60-80岁（G4）和超过110岁（G5）的多个年龄段
19133	2024-08-08	Perioperative corticosteroid treatment impairs tumor-infiltrating dendritic cells in patients with newly diagnosed adult-type diffuse gliomas 2022, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2022.1074762 PMID:36703985	研究论文	本研究探讨了围手术期皮质类固醇治疗对新诊断成人型弥漫性胶质瘤患者肿瘤浸润性树突状细胞的影响	首次揭示了皮质类固醇治疗对肿瘤浸润性树突状细胞功能障碍的影响	NA	研究皮质类固醇治疗对成人型弥漫性胶质瘤患者肿瘤浸润性树突状细胞的影响	成人型弥漫性胶质瘤患者的肿瘤浸润性树突状细胞	数字病理学	脑肿瘤	多参数流式细胞术和单细胞RNA测序	NA	细胞	NA
19134	2024-08-08	The submandibular and sublingual glands maintain oral microbial homeostasis through multiple antimicrobial proteins 2022, Frontiers in cellular and infection microbiology IF:4.6Q1 DOI:10.3389/fcimb.2022.1057327 PMID:36704102	研究论文	本研究探讨了下颌下腺和舌下腺通过多种抗菌蛋白维持口腔微生物稳态的功能	首次独立移除小鼠的下颌下腺或舌下腺，通过16S rRNA测序和蛋白质组学分析，揭示了这两种腺体在维持口腔微生物稳态中的重要作用	研究仅限于小鼠模型，且样本量较小	探究下颌下腺和舌下腺在维持口腔微生物稳态中的作用	下颌下腺和舌下腺的抗菌蛋白及其对口腔微生物稳态的影响	NA	NA	16S rRNA测序、蛋白质组学、单细胞RNA测序	NA	微生物组数据、蛋白质数据、RNA数据	6只小鼠（3只移除下颌下腺，3只移除舌下腺），3只对照组小鼠
19135	2024-08-08	Single cell RNA sequencing research in maternal fetal interface 2022, Frontiers in cell and developmental biology IF:4.6Q1 DOI:10.3389/fcell.2022.1079961 PMID:36704195	研究论文	本文分析了母胎界面中单细胞转录组学的最新研究，并提供了理解和治疗各种病理妊娠的新方向	使用单细胞测序技术，不同于提供平均数据的批量测序，能够以单细胞分辨率解释细胞和分子景观	NA	深入理解母胎界面的异质性及其对生理和病理妊娠的影响	母胎界面的细胞和分子景观	数字病理学	NA	单细胞测序	NA	转录组数据	NA
19136	2024-08-08	Inferring cell developmental stage-specific lncRNA regulation in the developing human neocortex with CDSlncR 2022, Frontiers in molecular neuroscience IF:3.5Q2 DOI:10.3389/fnmol.2022.1037565 PMID:36710930	研究论文	本文提出了一种名为CDSlncR的新型计算方法，用于推断人类新皮质发育中特定细胞发育阶段的lncRNA调控	CDSlncR结合了潜在的lncRNA-目标结合信息与单细胞转录组数据，以推断特定细胞发育阶段的lncRNA调控	先前的批量数据驱动方法主要限于探索所有细胞的lncRNA调控，而不是特定于细胞发育阶段的lncRNA调控	研究特定细胞发育阶段的lncRNA调控	人类新皮质发育中的lncRNA调控	生物信息学	自闭症谱系障碍	单细胞测序	CDSlncR	转录组数据	涉及人类新皮质不同发育阶段的单细胞转录组数据
19137	2024-08-05	Identification of long noncoding RNA NEAT1 as a key gene involved in the extramedullary disease of multiple myeloma by bioinformatics analysis 2023-Dec, Hematology (Amsterdam, Netherlands) DOI:10.1080/16078454.2022.2164449 PMID:36657019	研究论文	本研究通过生物信息学分析确定长非编码RNA NEAT1在多发性骨髓瘤的髓外疾病中作为关键基因	研究发现长非编码RNA NEAT1可能成为髓外疾病的潜在生物标志物	本研究未能确定NEAT1基因表达与多发性骨髓瘤患者的总生存期和无进展生存期的关系	探讨长非编码RNA在多发性骨髓瘤髓外疾病中的作用	多发性骨髓瘤患者的髓内和髓外细胞样本	数字病理学	多发性骨髓瘤	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	6个多发性骨髓瘤患者（3对）
19138	2024-08-08	CTLA-4 inhibition facilitates follicular T and B cell interaction and the production of tumor-specific antibodies 2023-05-01, International journal of cancer IF:5.7Q1 DOI:10.1002/ijc.34438 PMID:36650700	研究论文	研究通过单细胞RNA测序分析了CTLA-4抑制剂在小鼠同基因肿瘤移植模型中对免疫细胞景观的影响	首次全面展示了CTLA-4抑制后肿瘤内免疫微环境的改变，并揭示了肿瘤特异性B细胞在抗肿瘤免疫中的作用	NA	探讨CTLA-4抑制剂对肿瘤内免疫细胞相互作用及肿瘤特异性抗体产生的影响	小鼠同基因肿瘤移植模型中的免疫细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	小鼠同基因肿瘤移植模型
19139	2024-08-05	High-Resolution Analysis of Mononuclear Phagocytes Reveals GPNMB as a Prognostic Marker in Human Colorectal Liver Metastasis 2023-04-03, Cancer immunology research IF:8.1Q1 DOI:10.1158/2326-6066.CIR-22-0462 PMID:36652202	研究论文	本研究通过对单核吞噬细胞的高分辨率分析，揭示了GPNMB作为人类结直肠肝转移的预后标志物。	本研究识别了与结直肠肝转移相关的两种具有不同临床相关性的巨噬细胞标志物，并揭示了它们在免疫基于患者分层工具中的潜在应用。	本研究的局限性在于尚未深入探讨这些巨噬细胞标志物的生物学机制。	研究的目的在于改善结直肠肝转移患者的分类和治疗效果。	研究对象为人类结直肠肝转移中的单核吞噬细胞及其标志物。	数字病理学	结直肠癌	单细胞分析	NA	NA	在患者队列中高浸润的SERPINB2+细胞及GPNMB+细胞的分析
19140	2024-08-05	Intermittent protein restriction improves glucose homeostasis in Zucker diabetic fatty rats and single-cell sequencing reveals distinct changes in β cells 2023-04, The Journal of nutritional biochemistry IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.jnutbio.2023.109275 PMID:36669706	研究论文	本文探讨了间歇性蛋白限制（IPR）对Zucker糖尿病肥胖大鼠的糖尿病干预效果	研究表明IPR可以改善糖尿病大鼠的血糖调节，并促进β细胞的增殖和保护	没有提及具体的临床试验数据或与人类患者的比较	研究间歇性蛋白限制在糖尿病管理中的效果	Zucker糖尿病肥胖（ZDF）大鼠	数字病理学	糖尿病	单细胞RNA测序	NA	RNA数据	使用了ZDF大鼠的分离胰岛