单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
19101	2024-08-07	Single-cell RNA sequencing and kidney organoid differentiation 2023-Jul, Clinical and experimental nephrology IF:2.2Q2 DOI:10.1007/s10157-023-02359-5 PMID:37209321	研究论文	本文利用单细胞RNA测序技术对肾脏类器官进行综合分析，以理解肾脏发育和病理	首次结合单细胞RNA测序技术对肾脏类器官进行全面细胞类型分类	仅限于使用单细胞RNA测序技术，其他技术如免疫组化等未被采用	探讨肾脏类器官在理解肾脏发育和病理中的应用	人类多能干细胞衍生的肾脏类器官	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	包含多种成熟度的多种细胞类型
19102	2024-08-08	Validating a Macrophage Marker Gene Signature (MMGS) in Lung Adenocarcinoma Prognosis and Response to Immunotherapy 2023 Jul-Aug 01, Journal of immunotherapy (Hagerstown, Md. : 1997) DOI:10.1097/CJI.0000000000000477 PMID:37220007	研究论文	本文通过单细胞RNA测序数据识别肺腺癌中的巨噬细胞标记基因，并构建了一个8基因签名（MMGS），用于预测肺腺癌的预后和免疫治疗反应	首次使用单细胞RNA测序数据构建了一个新的8基因签名（MMGS），用于预测肺腺癌的预后和免疫治疗效果	NA	验证巨噬细胞标记基因签名（MMGS）在肺腺癌预后和免疫治疗反应中的有效性	肺腺癌患者的预后和免疫治疗反应	数字病理学	肺腺癌	单细胞RNA测序	Cox回归分析	基因数据	465个巨噬细胞标记基因，并在4个独立的GEO队列中验证
19103	2024-08-05	Durable remission related to CAR-T persistence in R/R B-ALL and long-term persistence potential of prime CAR-T 2023-Jun-15, Molecular therapy oncolytics IF:5.3Q1 DOI:10.1016/j.omto.2023.04.003 PMID:37215385	研究论文	本研究探讨了在未接受桥接骨髓移植的复发难治性急性B细胞淋巴母细胞白血病患者中，CAR-T细胞持久性与长期无病生存率之间的关系	发现CAR-T细胞的持久性与患者的长期无病生存率高度相关，并建立了名为PrimeCAR的细胞生产过程	未能找到其他影响长期无病生存率的显著因素	探索CAR-T治疗后影响复发难治性急性B细胞淋巴母细胞白血病患者长期无病生存的因素	复发难治性急性B细胞淋巴母细胞白血病患者	数字病理学	急性B细胞淋巴母细胞白血病	单细胞测序	NA	细胞	初步临床研究中的部分B-ALL和淋巴瘤患者的外周血
19104	2024-08-07	[Study of the unique cellular molecular characteristics of moderately intrauterine adhesion based on single-cell RNA sequencing] 2023-Jun-10, Zhonghua yi xue yi chuan xue za zhi = Zhonghua yixue yichuanxue zazhi = Chinese journal of medical genetics DOI:10.3760/cma.j.cn511374-20220930-00661 PMID:37212001	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，探讨了中度子宫内粘连的独特细胞分子特征	首次详细描述了中度子宫内粘连组织的细胞多样性和异质性，并揭示了各细胞亚群的独特分子特征	研究样本量较小，仅包括四名患者，可能影响结果的普遍性	旨在描绘人类子宫内粘连的细胞景观和分子生物学特征，以更好地理解其免疫微环境，并为临床治疗提供新的启示	中度子宫内粘连组织及其细胞分子特征	数字病理学	妇科疾病	单细胞RNA测序	NA	细胞数据	四名中度子宫内粘连患者
19105	2024-08-05	Correction to 'Spike-in normalization for single-cell RNA-seq reveals dynamic global transcriptional activity mediating anticancer drug response' 2023-Jun, NAR genomics and bioinformatics IF:4.0Q1 DOI:10.1093/nargab/lqad046 PMID:37206628	更正	这篇文章对原文进行了更正	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
19106	2024-08-07	Germ-cell-specific transcriptome analysis illuminates the chromatin and ubiquitin pathway in autism spectrum disorders 2023-06, Autism research : official journal of the International Society for Autism Research IF:5.3Q1 DOI:10.1002/aur.2939 PMID:37204624	研究论文	本研究利用单细胞转录组数据集，分析了与自闭症谱系障碍（ASD）相关的染色质和泛素途径	首次揭示了germ细胞中表观遗传染色体重塑和泛素-蛋白酶体途径的失调可能是神经发育障碍的风险因素	研究仅限于小鼠胚胎干细胞系的单细胞转录组数据，未涉及人类样本	探究germ细胞中与自闭症谱系障碍相关的染色质和泛素途径	13个细胞系，包括12个与ASD相关的CNVs模型和对照组	数字病理学	自闭症谱系障碍	单细胞转录组	NA	转录组数据	13个细胞系
19107	2024-08-08	Single-cell RNA-sequencing data reveals the genetic source of extracellular vesicles in esophageal squamous cell carcinoma 2023-06, Pharmacological research IF:9.1Q1 DOI:10.1016/j.phrs.2023.106800 PMID:37217040	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术分析了食管鳞状细胞癌中的细胞亚群，并追踪了外泌体的遗传来源	首次揭示了食管鳞状细胞癌中恶性与非恶性组织外泌体的遗传来源及其与细胞间相互作用的关系	研究样本仅包括六名食管鳞状细胞癌患者，可能影响结果的普遍性	探究食管鳞状细胞癌中外泌体的细胞来源及未知的分子和细胞机制	食管鳞状细胞癌中的外泌体及其细胞来源	数字病理学	食管癌	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	六名食管鳞状细胞癌患者
19108	2024-08-08	Single-cell transcriptome profiling reveals diverse immune cell populations and their responses to viral infection in the spleen of zebrafish 2023-06, FASEB journal : official publication of the Federation of American Societies for Experimental Biology IF:4.4Q2 DOI:10.1096/fj.202201505RRRR PMID:37227178	研究论文	本研究通过单细胞转录组测序技术，揭示了斑马鱼脾脏中多种免疫细胞类型及其对病毒感染的反应	首次在斑马鱼脾脏中识别出11种主要的免疫细胞类别及其54种潜在亚型，并展示了这些亚型对鲤春病毒血症病毒感染的不同反应	NA	旨在通过比较免疫学研究，增进对脊椎动物免疫系统设计原理的理解	斑马鱼脾脏中的免疫细胞类型及其对病毒感染的反应	数字病理学	NA	单细胞转录组测序	NA	转录组数据	斑马鱼脾脏中的白细胞
19109	2024-08-08	Stem cell decoupling underlies impaired lymphoid development during aging 2023-05-30, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.2302019120 PMID:37216517	研究论文	研究探讨了衰老过程中造血干细胞（HSCs）在淋巴细胞发育受损中的作用	提出衰老小鼠中造血干细胞与造血功能的普遍解耦，而非髓系偏向，是淋巴细胞生成受损的主要原因	NA	探究衰老过程中造血干细胞在淋巴细胞发育受损中的具体机制	衰老小鼠的造血干细胞及其在淋巴细胞发育中的作用	血液学	NA	单细胞RNA测序和免疫表型分析（CITE-Seq）	NA	细胞	老年小鼠的造血干细胞
19110	2024-08-08	Single-cell analysis of gastric signet ring cell carcinoma reveals cytological and immune microenvironment features 2023-05-24, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-023-38426-4 PMID:37225691	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析胃印戒细胞癌（GSRC），揭示了其细胞学特征和免疫微环境特点	首次系统深入地研究了GSRC的细胞学特征和免疫微环境，发现微seminoprotein-beta（MSMB）可作为标记基因用于识别中/低分化腺癌和印戒细胞癌（SRCC）	NA	探讨GSRC的细胞学特征和免疫微环境，以提高其诊断和治疗准确性	胃印戒细胞癌（GSRC）及其细胞和免疫微环境	数字病理学	胃癌	单细胞RNA测序	NA	RNA	具体样本数量未在摘要中提及
19111	2024-08-08	Immune stimulation recruits a subset of pro-regenerative macrophages to the retina that promotes axonal regrowth of injured neurons 2023-05-24, Acta neuropathologica communications IF:6.2Q1 DOI:10.1186/s40478-023-01580-3 PMID:37226256	研究论文	本文研究了视网膜神经节细胞（RGCs）损伤后，炎症刺激如何招募特定亚群的促再生巨噬细胞，促进轴突再生	首次揭示了炎症刺激招募的巨噬细胞亚群通过分泌促再生因子，通过旁分泌信号促进轴突再生的机制	NA	探讨炎症如何通过调节先天免疫反应促进中枢神经系统（CNS）再生	视网膜神经节细胞（RGCs）损伤后的再生过程及巨噬细胞的作用	神经科学	NA	单细胞RNA测序和命运图谱技术	NA	RNA序列	大量单细胞样本
19112	2024-08-08	Identification and validation of diagnostic signature genes in non-obstructive azoospermia by machine learning 2023-05-24, Aging DOI:10.18632/aging.204749 PMID:37227814	研究论文	本研究利用机器学习方法在非阻塞性无精症中识别并验证了诊断标志基因	首次使用Boruta算法和Lasso回归筛选出6个在非阻塞性无精症中低表达的标志基因，并通过LightGBM算法构建模型验证其诊断效能	NA	旨在发现非阻塞性无精症的诊断标志基因，以促进其早期诊断	非阻塞性无精症及相关基因的表达和调控机制	机器学习	男性不育	机器学习算法（Boruta, Lasso回归, LightGBM）, GSEA算法, 实时定量PCR	LightGBM	基因表达数据	使用了来自GEO数据库的三个训练数据集（GSE45885, GSE45887, GSE108886）和一个外部验证数据集（GSE145467），以及人类睾丸单细胞RNA测序数据集（GSE149512）
19113	2024-08-05	Identification and validation of CCL2 as a potential biomarker relevant to mast cell infiltration in the testicular immune microenvironment of spermatogenic dysfunction 2023-May-23, Cell & bioscience DOI:10.1186/s13578-023-01034-2 PMID:37221631	研究论文	本研究揭示了在生精功能障碍的睾丸免疫微环境中，与CCL2相关的变化	首次识别并验证CCL2作为与生精功能障碍相关的潜在生物标志物	尚未针对特定的生精障碍类型进行深入探讨	研究睾丸免疫微环境中免疫因素与生精功能障碍的关系	睾丸的肥大细胞浸润水平及其与生精功能的关联	数字病理学	生精功能障碍	单细胞RNA测序、微阵列数据分析、临床数据分析、组织学/病理学染色	NA	临床数据、基因表达数据	涉及生精功能障碍的睾丸样本
19114	2024-08-08	Gut AstA mediates sleep deprivation-induced energy wasting in Drosophila 2023-May-23, Cell discovery IF:13.0Q1 DOI:10.1038/s41421-023-00541-3 PMID:37221172	研究论文	研究使用果蝇模型探讨肠道分泌的激素Allatostatin A (AstA)在严重睡眠剥夺(SD)导致的能量消耗中的作用	首次揭示了肠道AstA通过促进脂肪动员激素(Akh)的释放，在睡眠剥夺导致的能量消耗中的分子机制	NA	探讨肠道分泌激素在睡眠剥夺导致的能量消耗中的作用及机制	果蝇和老鼠	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	成年果蝇和睡眠剥夺小鼠
19115	2024-08-05	Differentiation and single-cell RNA-seq analyses of human pluripotent-stem-cell-derived renal organoids 2023-May-22, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2023.102314 PMID:37220001	研究论文	本文提出了一种将人类多能干细胞分化为肾类器官的协议	提供了一种快速且可重复的人肾发育和肾病建模模型	NA	研究人类多能干细胞向肾类器官分化的过程	人类多能干细胞及其衍生的肾类器官	数字病理学	NA	CRISPR-Cas9	NA	单细胞RNA-seq	NA
19116	2024-08-07	Application of single-cell RNA sequencing analysis of novel breast cancer phenotypes based on the activation of ferroptosis-related genes 2023-May-22, Functional & integrative genomics IF:3.9Q1 DOI:10.1007/s10142-023-01086-0 PMID:37212877	研究论文	本研究基于铁死亡相关基因的表达差异，利用单细胞RNA测序分析了乳腺癌的新表型，并通过机器学习建立了预测模型，验证了其在乳腺癌患者中的预后能力	首次利用单细胞RNA测序数据系统揭示了高和低铁死亡激活组间的微环境差异，包括转录因子激活状态、细胞伪时特征、细胞通讯、免疫浸润、化疗效率和潜在药物抵抗	NA	旨在建立一个基于铁死亡激活相关基因差异表达的模型，并验证其在乳腺癌中的应用	乳腺癌患者的铁死亡激活水平及其对肿瘤微环境的影响	数字病理学	乳腺癌	单细胞RNA测序	机器学习模型	基因表达数据	使用了TCGA-BRCA数据集和GEO数据集
19117	2024-08-07	A scalable sparse neural network framework for rare cell type annotation of single-cell transcriptome data 2023-05-20, Communications biology IF:5.2Q1 DOI:10.1038/s42003-023-04928-6 PMID:37210444	研究论文	介绍了一种名为scBalance的集成稀疏神经网络框架，用于单细胞转录组数据的自动细胞类型注释	scBalance框架结合了自适应权重采样和dropout技术，能够有效处理单细胞RNA测序数据集的不平衡问题，并提高对稀有细胞类型的识别能力	NA	开发一种新的方法来提高单细胞RNA测序数据中细胞类型注释的准确性和效率	单细胞转录组数据中的细胞类型注释	机器学习	NA	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	稀疏神经网络	转录组数据	20个不同规模和平衡程度的单细胞RNA测序数据集
19118	2024-08-05	Single-cell transcriptomics reveals heterogeneity and intercellular crosstalk in human intervertebral disc degeneration 2023-May-19, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2023.106692 PMID:37216089	研究论文	这篇文章揭示了人类椎间盘退化的异质性和细胞间相互作用	首次通过单细胞转录组学揭示了人类椎间盘退化的微环境及其机制	该研究主要集中于椎间盘的转录组特征，未探讨其他生物标志物	探究人类椎间盘退化的微环境及其机制	人类椎间盘中的细胞群体及其在退化不同阶段的特征	数字病理学	NA	scRNA-seq	NA	转录组数据	NA
19119	2024-08-05	PCNT is a prognostic biomarker correlated with tumor immune microenvironment in hepatocellular carcinoma and promotes tumor progression by inhibiting cell cycle arrest 2023-05-19, Aging DOI:10.18632/aging.204711 PMID:37211383	研究论文	PCNT在肝细胞癌中作为预后生物标志物，与肿瘤免疫微环境相关，并通过抑制细胞周期停滞促进肿瘤进展	发现PCNT在肝细胞癌中表达升高，与不良的临床病理特征和预后相关，且抑制PCNT能降低肝细胞癌细胞的生存能力、迁移和侵袭能力	未详细讨论PCNT在其他癌症中的作用，实验仅限于174名患者的队列和公共数据库	研究PCNT在肝细胞癌中的作用及其与肿瘤免疫微环境的关系	174名肝细胞癌患者	数字病理学	肝癌	单细胞测序	NA	基因表达和蛋白表达数据	174名肝细胞癌患者
19120	2024-08-07	RANK+TLR2+ myeloid subpopulation converts autoimmune to joint destruction in rheumatoid arthritis 2023-05-19, eLife IF:6.4Q1 DOI:10.7554/eLife.85553 PMID:37204303	研究论文	本文报道了在类风湿性关节炎（RA）的小鼠模型中，RANK髓系单核细胞中TLR2表达及其α(2,3)唾液酸化的上调介导了从自身免疫到破骨细胞融合和骨吸收的转变，导致关节破坏	发现了一种新的RANKTLR2亚群，该亚群负向调节破骨细胞融合，并提供了TRAP单核细胞在骨中的成骨活性的潜在解释	NA	探究类风湿性关节炎中从自身免疫到关节破坏的机制	RANK髓系单核细胞中的TLR2表达及其α(2,3)唾液酸化	数字病理学	类风湿性关节炎	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA	来自RA小鼠的单细胞RNA测序库