单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
19001	2024-08-08	Single-cell analysis of multiple cancer types reveals differences in endothelial cells between tumors and normal tissues 2023, Computational and structural biotechnology journal IF:4.4Q2 DOI:10.1016/j.csbj.2022.12.049 PMID:36659929	研究论文	本文通过整合六种癌症类型的单细胞RNA测序数据，构建了一个多癌种内皮细胞图谱，以解码肿瘤内皮细胞的特征	发现了一种主要存在于肿瘤组织中的新型内皮细胞亚群——tip-like内皮细胞，并确定了前列腺特异性膜抗原（PSMA）作为其特异性标记物	NA	识别肿瘤内皮细胞特异性靶点，以应用于多种癌症类型	多种癌症类型的内皮细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	六种癌症类型的数据
19002	2024-08-08	Assessment of Fibrinogen-like 2 (FGL2) in Human Chronic Kidney Disease through Transcriptomics Data Analysis 2022-12-31, Biomolecules IF:4.8Q1 DOI:10.3390/biom13010089 PMID:36671474	研究论文	本研究通过转录组数据分析评估了纤维蛋白原样蛋白2（FGL2）在人类慢性肾脏疾病（CKD）中的表达及其与疾病结果的关联	首次在人类CKD中评估FGL2的表达，并探讨了其与肾脏纤维化和疾病进展的关系	研究主要基于转录组数据和免疫组织化学分析，可能需要进一步的体内实验验证	评估FGL2在人类CKD中的表达及其与疾病结果的关联	FGL2在CKD患者肾脏中的表达及其与疾病进展的关系	数字病理学	肾脏疾病	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	两个独立的CKD队列（NEPTUNE和Innsbruck CKD队列）以及13个人类CKD转录组数据集
19003	2024-08-08	Integration of scRNA-Seq and Bulk RNA-Seq Reveals Molecular Characterization of the Immune Microenvironment in Acute Pancreatitis 2022-12-30, Biomolecules IF:4.8Q1 DOI:10.3390/biom13010078 PMID:36671463	研究论文	本研究首次整合单细胞RNA测序（scRNA-Seq）和批量RNA测序（Bulk RNA-Seq）数据，揭示了急性胰腺炎（AP）中免疫微环境的分子特征	首次使用scRNA-Seq和Bulk RNA-Seq数据展示AP中免疫细胞浸润的特征，并探索不同细胞类型的特定分子标记	NA	揭示急性胰腺炎中免疫微环境的分子特征和细胞间相互作用网络	急性胰腺炎中的免疫细胞浸润和细胞间通信网络	数字病理学	急性胰腺炎	单细胞RNA测序（scRNA-Seq），批量RNA测序（Bulk RNA-Seq）	NA	RNA序列	具体样本数量未在摘要中提及
19004	2024-08-08	GAGAM v1.2: An Improvement on Peak Labeling and Genomic Annotated Gene Activity Matrix Construction 2022-12-30, Genes IF:2.8Q2 DOI:10.3390/genes14010115 PMID:36672856	研究论文	本文介绍了GAGAM v1.2，一个改进版的基因组注释基因活性矩阵，旨在通过功能注释将峰值与基因关联，提高单细胞ATAC-seq数据的可解释性和信息量。	提出了一种改进的基因组注释基因活性矩阵（GAGAM）概念，通过标记峰值并将其与基因通过全基因组功能注释关联，使得不同数据集可比较，并能关联基因的可访问性和表达。	NA	改进基因活性矩阵的概念，使其能更好地处理和解释单细胞ATAC-seq数据，并能与单细胞RNA测序数据进行比较。	单细胞ATAC-seq数据的可解释性和信息量，以及与单细胞RNA测序数据的比较。	生物信息学	NA	单细胞ATAC-seq	基因活性矩阵（GAM）	基因组数据	数千个细胞
19005	2024-08-08	Single-Cell Transcriptome Analysis of H5N1-HA-Stimulated Alpaca PBMCs 2022-12-28, Biomolecules IF:4.8Q1 DOI:10.3390/biom13010060 PMID:36671445	研究论文	本研究通过单细胞转录组测序技术分析了H5N1病毒HA抗原刺激下的羊驼外周血单个核细胞的免疫反应	首次在单细胞水平上研究了羊驼外周血单个核细胞对H5N1病毒HA抗原的特异性免疫动态	NA	旨在了解羊驼对抗病毒的免疫系统，并促进在骆驼科动物中开发更有效的疫苗和抗体	羊驼外周血单个核细胞在H5N1病毒HA抗原刺激下的免疫反应	数字病理学	禽流感	单细胞测序技术（scRNA-seq）	NA	转录组	一个羊驼的外周血单个核细胞
19006	2024-08-08	Application of Single-Cell RNA Sequencing in Ovarian Development 2022-12-27, Biomolecules IF:4.8Q1 DOI:10.3390/biom13010047 PMID:36671432	综述	本文综述了单细胞RNA测序（scRNA-seq）在卵巢发育中的应用	scRNA-seq技术在分析复杂组织中的单个细胞、分类细胞类型、表征单细胞、描绘细胞发育轨迹以及研究细胞间相互作用方面具有显著优势	NA	提高对卵巢细胞特征和发育的理解，从而识别卵巢相关疾病的新治疗靶点	卵巢中的不同细胞亚群及其发育过程和细胞间通信	数字病理学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	转录组数据	NA
19007	2024-08-08	Development and validation of a prognostic model and gene co-expression networks for breast carcinoma based on scRNA-seq and bulk-seq data 2022-Dec, Annals of translational medicine DOI:10.21037/atm-22-5684 PMID:36660733	研究论文	本文开发并验证了一种基于单细胞RNA测序（scRNA-seq）和批量测序数据的前列腺癌预后模型和基因共表达网络	利用scRNA-seq技术研究复杂肿瘤微环境中的细胞变化，构建了单细胞分辨率的基因共表达网络，并开发了一个可靠的预测模型	NA	研究前列腺癌进展中的转录组学和基因共表达网络，并寻找潜在的生物标志物和治疗靶点	前列腺癌的恶性上皮细胞和基因共表达网络	数字病理学	前列腺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	LASSO-Cox	基因表达数据	58个样本的scRNA-seq数据，超过300个已发表的转录组学数据集和31个CRISPR筛选数据集
19008	2024-08-08	Construction of a three commitment points for S phase entry cell cycle model and immune-related ceRNA network to explore novel therapeutic options for psoriasis 2022-09-15, Mathematical biosciences and engineering : MBE DOI:10.3934/mbe.2022630 PMID:36654055	研究论文	本文构建了S期进入细胞周期的三个承诺点（CP1-3）模型和免疫相关的ceRNA网络，以探索银屑病的新治疗方案	首次探索了ceRNA调控机制在银屑病中角质形成细胞与免疫系统相互作用中的作用，并基于ceRNA网络筛选潜在的治疗药物	NA	探索银屑病中角质形成细胞增殖和分化的机制及ceRNA网络在其中的作用，并寻找新的治疗药物	银屑病中的角质形成细胞和免疫系统	生物信息学	银屑病	单细胞RNA测序，基因集富集分析，分子对接	NA	基因表达数据	基于银屑病皮肤活检的单细胞RNA测序数据
19009	2024-08-08	A novel cuproptosis-related lncRNA prognostic signature for predicting treatment and immune environment of head and neck squamous cell carcinoma 2022-08-19, Mathematical biosciences and engineering : MBE DOI:10.3934/mbe.2022564 PMID:36653989	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序数据探索了头颈鳞状细胞癌（HNSCC）肿瘤微环境中铜死亡相关基因的表达，并构建了一个基于铜死亡相关长链非编码RNA（lncRNA）的预后模型	首次探索了铜死亡在HNSCC中的应用，并构建了一个新的铜死亡相关lncRNA预后模型	NA	研究铜死亡在头颈鳞状细胞癌治疗和免疫环境预测中的作用	头颈鳞状细胞癌（HNSCC）患者	数字病理学	头颈鳞状细胞癌	单细胞RNA测序	NA	RNA	不同风险评分的HNSCC患者
19010	2024-08-08	A pan-cancer and single-cell sequencing analysis of CD161, a promising onco-immunological biomarker in tumor microenvironment and immunotherapy 2022, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2022.1040289 PMID:36660546	研究论文	本研究通过泛癌和单细胞测序分析，探讨了CD161作为肿瘤微环境和免疫治疗中的有前景的肿瘤免疫生物标志物的角色。	首次通过单细胞测序分析了CD161在多种肿瘤类型中的表达模式，并揭示了其在肿瘤进展和T细胞免疫中的关键作用。	研究主要集中在CD161的表达和功能分析，未涉及其在临床治疗中的具体应用效果。	探讨CD161在肿瘤微环境和免疫治疗中的作用，评估其作为肿瘤免疫治疗靶点的潜力。	CD161在多种癌症中的表达、突变图谱、CNVs和SNVs变异、通路富集、药物敏感性以及与T细胞和巨噬细胞的相互作用。	数字病理学	NA	单细胞测序	NA	图像	涉及多种肿瘤类型的癌细胞和T细胞
19011	2024-08-08	Single-cell RNA-seq unveils critical regulators of human FOXP3+ regulatory T cell stability 2020-Jul-15, Science bulletin IF:18.8Q1 DOI:10.1016/j.scib.2020.01.002 PMID:36659163	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术探讨了人类调节T细胞在白细胞介素-6（IL-6）刺激下的反应及其与细胞抑制功能的关系	发现了CYP1A1作为调节T细胞抑制能力和稳定性的关键调控因子，这一发现为生物疗法的临床应用提供了新的潜在靶点	NA	探讨炎症条件下调节T细胞的异质性和抑制活性	人类FOXP3+调节T细胞在IL-6刺激下的反应	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组	NA
19012	2024-08-08	Single-cell transcriptome analysis reveals widespread monoallelic gene expression in individual rice mesophyll cells 2017-Oct-15, Science bulletin IF:18.8Q1 DOI:10.1016/j.scib.2017.09.011 PMID:36659292	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，揭示了水稻叶肉细胞中广泛存在的单等位基因表达现象	开发了一种单细胞RNA测序协议，首次在个体植物细胞水平上研究了单等位基因表达的普遍性及其潜在机制	研究仅限于水稻的特定品种和杂交后代，可能限制了结果的普遍性	探究植物细胞中单等位基因表达的普遍性和机制	水稻的叶肉细胞及其杂交后代	基因表达	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	包括indica（93-11）和japonica（Nipponbare）纯系及其F1互交杂交后代
19013	2024-08-08	MR-seq: measuring a single cell's transcriptome repeatedly by RNA-seq 2017-Mar-30, Science bulletin IF:18.8Q1 DOI:10.1016/j.scib.2017.01.029 PMID:36659282	research paper	本文介绍了一种名为MR-seq的新型单细胞RNA-seq技术，该技术通过重复测量单个细胞的转录组，能够统计评估技术变异并识别两个单细胞之间的差异表达基因。	MR-seq技术提高了阳性预测值，并能应用于早期小鼠胚胎，识别出数百个候选的胚胎内异质性基因。	NA	开发和验证一种新的单细胞RNA-seq技术，用于检测少量细胞间的差异表达基因。	单细胞转录组和小鼠早期胚胎。	digital pathology	NA	RNA-seq	NA	基因表达数据	每个单细胞测量两次
19014	2024-08-08	Droplet-based transcriptome profiling of individual synapses 2023-09, Nature biotechnology IF:33.1Q1 DOI:10.1038/s41587-022-01635-1 PMID:36646931	研究论文	本研究开发了一种基于液滴的单细胞总RNA测序平台，用于分析单个突触的转录组	首次实现了单个突触的高通量转录组分析，并扩展到阿尔茨海默病模型中检测突触基因表达变化	NA	开发一种高通量的方法来分析单个突触的分子异质性	主要由突触体组成的神经突触	神经科学	阿尔茨海默病	scRNA-seq	NA	转录组	包括小鼠和人类脑样本
19015	2024-08-08	Regulatory mucosa-associated invariant T cells controlled by β1 adrenergic receptor signaling contribute to hepatocellular carcinoma progression 2023-07-01, Hepatology (Baltimore, Md.) DOI:10.1097/HEP.0000000000000014 PMID:36626624	research paper	本研究通过单细胞RNA测序和流式细胞术分析，探讨了黏膜相关恒定T细胞（MAIT细胞）在肝细胞癌（HCC）进展中的作用。	发现了FOXP3 + CXCR3 + MAIT细胞作为具有高度免疫抑制潜力的调节性MAIT细胞（MAITregs），并揭示了β1肾上腺素能受体信号在MAITregs诱导和功能中的作用。	由于MAIT细胞的异质性，其对HCC进展的贡献存在争议，新的MAIT细胞亚群仍有待探索。	研究MAIT细胞在肝细胞癌进展中的作用及其调控机制。	黏膜相关恒定T细胞（MAIT细胞）及其在肝细胞癌（HCC）中的亚群和功能。	免疫学	肝细胞癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq），流式细胞术	NA	细胞	HCC患者的MAIT细胞
19016	2024-08-05	Endosialin-positive tumor-derived pericytes promote tumor progression through impeding the infiltration of CD8+ T cells in clear cell renal cell carcinoma 2023-Jun, Cancer immunology, immunotherapy : CII DOI:10.1007/s00262-023-03372-z PMID:36646951	研究论文	本研究探讨了内皮细胞阳性肿瘤来源的周细胞如何通过阻碍CD8+ T细胞的浸润来促进透明细胞肾癌的肿瘤进展	本研究首次识别了与肿瘤进展相关的肿瘤来源的周细胞标志物，并提出了通过针对周细胞的策略来增强免疫检查点阻断治疗的有效性	未提及研究的局限性	旨在识别促进肿瘤的周细胞标志物并开发针对这些周细胞的策略，以提高对透明细胞肾癌的免疫检查点阻断治疗的效果	研究对象为透明细胞肾癌中的肿瘤来源的周细胞及其中的CD8+ T细胞	数字病理学	透明细胞肾癌	RNA测序	流式细胞术	基因组数据	ccRCC肿瘤样本和小鼠模型
19017	2024-08-05	Clinical Significance of Signal Regulatory Protein Alpha (SIRPα) Expression in Hepatocellular Carcinoma 2023-Jun, Annals of surgical oncology IF:3.4Q1 DOI:10.1245/s10434-022-13058-y PMID:36641515	研究论文	该研究旨在阐明信号调节蛋白α（SIRPα）在肝细胞癌中的临床意义	研究展示了SIRPα的高表达与肝细胞癌患者的预后不良相关，揭示了其作为潜在免疫检查点因子的作用	本文未提及具体的样本选择过程和潜在的影响因素	明确SIRPα在肝细胞癌中的临床重要性和作用机制	分析372例HCC组织样本的SIRPα表达	数字病理学	肝癌	RNA测序、免疫组化染色	NA	组织样本	372例HCC组织和189名HCC患者
19018	2024-08-05	Late-onset enteric virus infection associated with hepatitis (EVAH) in transplanted SCID patients 2023-06, The Journal of allergy and clinical immunology IF:11.4Q1 DOI:10.1016/j.jaci.2022.12.822 PMID:36638922	研究论文	该文章探讨了移植的SCID患者中与慢性肝炎相关的肠道病毒感染的流行率和病理生理特征	研究了晚期肝炎的病因，并确定了相关的肠道病毒和免疫功能缺陷	样本量较小，可能影响结果的广泛适用性	旨在描述移植SCID患者中慢性肝炎的流行率、病理生理和风险因素	研究对象为移植SCID患者及其对应的无肝炎的对照组	数字病理学	NA	病理评估、宏基因组学、单细胞转录组学、飞行时间细胞分析	NA	组织样本、血液样本	共44名SCID患者，其中11名发展为慢性肝炎
19019	2024-08-08	Genetic landscape and immune mechanism of monocytes associated with the progression of acute-on-chronic liver failure 2023-Jun, Hepatology international IF:5.9Q1 DOI:10.1007/s12072-022-10472-y PMID:36626090	研究论文	研究探讨了与急性慢性肝衰竭（ACLF）进展相关的单核细胞亚群及其在炎症反应中的作用	首次通过单细胞RNA测序（scRNA-seq）技术详细分类了与ACLF进展相关的单核细胞亚群，并揭示了其分子标记和信号通路	NA	研究ACLF进展中特定单核细胞亚群及其在炎症反应中的作用	单核细胞亚群及其在ACLF中的功能	数字病理学	肝病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	17,310个循环单核细胞
19020	2024-08-08	STRA6 is essential for induction of vascular smooth muscle lineages in human embryonic cardiac outflow tract development 2023-05-22, Cardiovascular research IF:10.2Q1 DOI:10.1093/cvr/cvad010 PMID:36635482	研究论文	本研究探讨了STRA6在人类胚胎心脏流出通道发育中诱导血管平滑肌谱系的关键作用	发现了STRA6在人类心脏发育中的新作用，特别是在血管平滑肌细胞的诱导中，以及STRA6与RA信号传导和TBX1转录因子的新相互作用	研究主要集中在体外实验和RNA测序数据分析，可能需要进一步的体内实验验证	研究STRA6在人类心脏发育和先天性心脏疾病中的作用机制	STRA6基因、人类胚胎心脏流出通道的发育、血管平滑肌细胞的诱导	数字病理学	先天性心脏疾病	单细胞RNA测序	NA	RNA	包括人类和鼠类胚胎心脏细胞的单细胞RNA测序数据