单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 27773 篇文献，本页显示第 19001 - 19020 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 19001 | 2024-08-08 |
The Poisson distribution model fits UMI-based single-cell RNA-sequencing data
2023-Feb-06, Research square
DOI:10.21203/rs.3.rs-2517698/v1
PMID:36798423
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研究论文 | 本文提出了一种基于独立泊松分布（IPD）的单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据建模方法，通过引入一种新的数据表示方法——从简单的同质IPD（DIPD）偏离，来捕捉由细胞簇产生的每个基因每个细胞的内在异质性 | 本文的创新点在于提出了一种新的数据表示方法DIPD，用于scRNA-seq数据，能够揭示传统方法难以发现或需要仔细参数调整才能发现的新的细胞亚型 | NA | 改进单细胞RNA测序数据的建模方法，以促进下游数据分析 | 单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 泊松分布模型 | 基因表达数据 | NA |
| 19002 | 2024-08-05 |
Identification and characterization of a proliferative cell population in estrogen receptor-positive metastatic breast cancer through spatial and single-cell transcriptomics
2023-Feb-03, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.01.31.526403
PMID:36778271
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研究论文 | 本研究通过空间转录组学和单细胞RNA测序技术识别并描述了雌激素受体阳性转移性乳腺癌中的增殖细胞群体 | 首次阐明了在ER + 转移性乳腺癌中独特分布的‘增殖’细胞群体，并揭示其对癌症进展的不同贡献 | 研究主要基于患者来源的异种移植模型，可能限制了结果的广泛适用性 | 探讨雌激素依赖性肿瘤生长中的细胞群体及其功能多样性 | 针对两种‘ER高’转移性乳腺癌的患者衍生异种移植模型进行研究 | 数字病理学 | 乳腺癌 | 空间转录组学、单细胞RNA测序 | NA | 基因数据 | 两种患者来源的异种移植模型 |
| 19003 | 2024-08-05 |
Nociceptor neuroimmune interactomes reveal cell type- and injury-specific inflammatory pain pathways
2023-Feb-03, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.02.01.526526
PMID:36778477
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研究论文 | 本文构建了一个全面的受体-配体数据库，并结合单细胞转录组学，以生成特定损伤的神经免疫相互作用组 | 揭示了免疫配体在外周敏感性调节中的新角色，提供了疾病特定的神经免疫通路 | 尽管建立了丰富的数据库，但可能仍未涵盖所有神经免疫通路的多样性 | 系统映射与炎性疼痛相关的神经免疫通路 | 三种不同炎性疼痛条件下的免疫细胞和感觉神经元 | 数字病理学 | 炎性疼痛 | 单细胞转录组学 | NA | 转录组数据 | 三种不同炎症疼痛条件下的免疫细胞和感觉神经元 |
| 19004 | 2024-08-08 |
Dissecting the role of cancer-associated fibroblast-derived biglycan as a potential therapeutic target in immunotherapy resistance: A tumor bulk and single-cell transcriptomic study
2023-02, Clinical and translational medicine
IF:7.9Q1
DOI:10.1002/ctm2.1189
PMID:36772945
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研究论文 | 本研究通过结合单细胞和整体转录组数据，系统评估了癌症患者中成纤维细胞的概况，并探讨了biglycan（BGN）在免疫治疗反应中的表达、生存预测价值及其与免疫治疗反应的关联。 | 揭示了癌症相关成纤维细胞（CAFs）在肿瘤微环境中的重要作用，并发现BGN可能是免疫治疗抵抗的治疗靶点。 | NA | 旨在系统评估癌症患者中成纤维细胞的概况，并探讨biglycan（BGN）在免疫治疗反应中的作用。 | 癌症相关成纤维细胞（CAFs）及其分泌因子biglycan（BGN）在免疫治疗反应中的作用。 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 包括来自泛癌队列的整体肿瘤样本和27个单细胞RNA测序队列，以及免疫治疗队列中的三个整体和五个单细胞测序数据集。 |
| 19005 | 2024-08-08 |
Senescent cancer cell vaccines induce cytotoxic T cell responses targeting primary tumors and disseminated tumor cells
2023-02, Journal for immunotherapy of cancer
IF:10.3Q1
DOI:10.1136/jitc-2022-005862
PMID:36792123
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研究论文 | 本文研究了衰老癌细胞疫苗诱导细胞毒性T细胞反应，针对原发性肿瘤和扩散的肿瘤细胞的效果 | 提出了一种基于衰老肿瘤细胞和/或衰老细胞激活的树突状细胞的治疗性疫苗，以改善基因毒性和免疫疗法，并限制复发或转移 | 文章未明确提及具体限制 | 研究衰老癌细胞疫苗在预防和治疗癌症中的作用 | 衰老癌细胞（SnCs）和树突状细胞（DCs） | NA | NA | scRNA-seq, 流式细胞术, T细胞增殖试验 | NA | 细胞 | 使用小鼠CT26结肠癌细胞和4T1乳腺癌细胞进行实验 |
| 19006 | 2024-08-08 |
Atlas-scale single-cell chromatin accessibility using nanowell-based combinatorial indexing
2023-02, Genome research
IF:6.2Q1
DOI:10.1101/gr.276655.122
PMID:36792372
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研究论文 | 本文介绍了基于纳米孔的组合索引技术在单细胞染色质可及性测定（sciATAC）中的进展，利用纳米孔芯片实现了低成本下的大规模细胞通量（超过10万个细胞）。 | 该技术通过在PCR索引阶段的5184个纳米孔芯片，实现了52倍的规模提升和每细胞制备成本的降低，同时保持了高覆盖率和低细胞双峰率。 | NA | 旨在开发一种低成本、高效率的单细胞染色质可及性测定技术，以实现大规模细胞通量。 | 研究对象包括小鼠脑组织中的细胞类型和神经亚型，以及与现有scATAC和scRNA-seq数据集的整合。 | 基因组学 | NA | 单细胞组合索引测定（sciATAC） | NA | 染色质可及性数据 | 超过70,000个独特的可及位点，平均每个细胞 |
| 19007 | 2024-08-08 |
Amino acid transporter SLC7A5 regulates Paneth cell function to affect the intestinal inflammatory response
2023-Jan-24, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.01.24.524966
PMID:36789439
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研究论文 | 本文研究了氨基酸转运蛋白SLC7A5在小鼠肠道上皮细胞中的作用，特别是其对Paneth细胞功能和肠道炎症反应的影响。 | 首次报道了肠道上皮细胞特异性敲除氨基酸转运蛋白SLC7A5，并揭示了其对mTORC1信号通路和细胞增殖的影响。 | NA | 探讨SLC7A5在肠道上皮细胞中的功能及其对肠道炎症反应的影响。 | 小鼠肠道上皮细胞和Paneth细胞。 | NA | NA | scRNA-seq和电子显微镜分析。 | NA | 细胞和分子数据。 | 小鼠模型。 |
| 19008 | 2024-08-08 |
Sample Preparation and Integrative Data Analysis of a Droplet-based Single-Cell ATAC-sequencing Using Murine Thymic Epithelial Cells
2023-Jan-05, Bio-protocol
IF:1.0Q3
DOI:10.21769/BioProtoc.4588
PMID:36789086
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研究论文 | 本文介绍了使用液滴法单细胞ATAC测序技术（scATAC-seq）对小鼠胸腺上皮细胞（TECs）进行染色质可及性分析的方法和综合数据分析 | 采用液滴法scATAC-seq技术与scRNA-seq数据的综合分析，提高了单细胞水平上表观遗传学特征的分辨率 | NA | 揭示特定生物背景下基因调控机制的表观遗传学景观 | 小鼠胸腺上皮细胞（TECs）的表观遗传学特征 | 数字病理学 | NA | ATAC-seq | NA | 单细胞数据 | 特定的小鼠胸腺上皮细胞亚群 |
| 19009 | 2024-08-05 |
Sex-specific transcriptional signatures in the medial prefrontal cortex underlying sexually dimorphic behavioural responses to stress in rats
2023 Jan-Feb, Journal of psychiatry & neuroscience : JPN
IF:4.1Q1
DOI:10.1503/jpn.220147
PMID:36796857
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研究论文 | 本文研究了雄性和雌性大鼠在应激反应中的转录特征差异 | 首次识别出与应激相关的性别特异性转录组特征 | 研究需要进一步深入的实验验证，如单细胞测序和基因网络操控 | 探讨应激影响下雌雄大鼠的行为反应及其转录组差异 | 雌性和雄性大鼠在不同应激模型下的反应 | 数字病理学 | NA | RNA测序, qRT-PCR | NA | 转录组数据 | 雌性和雄性大鼠，具体样本数NA |
| 19010 | 2024-08-05 |
Identification of a novel immune-related gene signature for prognosis and the tumor microenvironment in patients with uveal melanoma combining single-cell and bulk sequencing data
2023, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2023.1099071
PMID:36793711
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研究论文 | 本研究构建了一种与免疫相关的预后特征，用于葡萄膜黑色素瘤患者的预后和肿瘤微环境分析 | 提出了一种基于免疫相关基因S100A13、MMP9和SEMA3B的新型预后特征，并验证了其在多个数据集中的预测能力 | 研究中未提到样本的多样性和其他潜在的影响因素 | 构建与免疫相关的预后标志并阐明葡萄膜黑色素瘤的分子和免疫分类 | 以葡萄膜黑色素瘤患者为研究对象 | 数字病理学 | NA | 单细胞测序和批量RNA测序 | Cox回归模型 | 基因表达数据 | 涉及多个bulk RNA测序数据集和一个单细胞测序数据集的样本 |
| 19011 | 2024-08-05 |
Long-Read Single-Cell Sequencing Using scCOLOR-seq
2023, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)
DOI:10.1007/978-1-0716-2996-3_18
PMID:36781734
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研究论文 | 本文描述了一种使用Oxford Nanopore测序系统进行高精度单细胞纠正长读长测序(scCOLOR-seq)的方法 | 该方法通过滴液包封细胞，提高了Oxford Nanopore第三代测序平台的基本调用准确性 | 文章中未提及特定的局限性 | 研究旨在开发一种有效的单细胞测序技术 | 研究对象为单个细胞 | 数字病理学 | NA | NGS | NA | 序列数据 | NA |
| 19012 | 2024-08-05 |
Single-cell sequencing combined with machine learning reveals the mechanism of interaction between epilepsy and stress cardiomyopathy
2023, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2023.1078731
PMID:36776884
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研究论文 | 本研究探讨了癫痫与应激性心肌病之间的相互作用机制 | 该论文通过单细胞测序与机器学习结合，揭示癫痫与应激性心肌病共同表达的基因及其生物功能 | 未提及具体的样本数量和研究范围的限制 | 研究癫痫与应激性心肌病共享的遗传特征和潜在分子机制 | 癫痫数据集和应激性心肌病数据集中的共同表达差异基因 | 机器学习 | 癫痫，心血管疾病 | 单细胞测序 | NA | 基因数据 | NA |
| 19013 | 2024-08-05 |
RUNX1/CD44 axis regulates the proliferation, migration, and immunotherapy of gliomas: A single-cell sequencing analysis
2023, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2023.1086280
PMID:36776876
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研究论文 | 这篇文章讨论了RUNX1/CD44轴在胶质瘤中的增殖、迁移和免疫治疗中的作用 | 揭示CD44在胶质瘤免疫浸润中的关键作用，并探讨其作为预测免疫治疗反应的生物标志物的潜力 | 尚未对胶质瘤中CD44表达的临床和免疫特征进行全面分析 | 研究CD44在胶质瘤中的表达及其与免疫反应的关系 | 对胶质瘤的分子和临床数据进行分析 | 数字病理学 | 胶质瘤 | 单细胞测序 | NA | 分子和临床数据 | 分析了来自公共基因组数据库的胶质瘤数据 |
| 19014 | 2024-08-05 |
By integrating single-cell RNA-seq and bulk RNA-seq in sphingolipid metabolism, CACYBP was identified as a potential therapeutic target in lung adenocarcinoma
2023, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2023.1115272
PMID:36776843
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研究论文 | 本研究通过整合单细胞RNA-seq和大规模RNA-seq，识别了在肺腺癌中CACYBP作为潜在治疗靶点 | 首次将鞘脂代谢与肺腺癌预后的相关基因进行系统性分析，并建立了基于鞘脂相关基因的预后模型 | 未详细说明样本多样性及该模型在临床应用中的有效性 | 确定与肺腺癌相关的主要鞘脂相关基因并开发相应的预后模型 | 肺腺癌患者的鞘脂代谢相关基因及其免疫环境 | 数字病理学 | 肺癌 | 单细胞RNA-seq和大规模RNA-seq | Lasso回归和COX回归模型 | 基因表达数据 | 涉及334个基因的研究，未具体说明样本数量 |
| 19015 | 2024-08-05 |
Bibliometric analysis of single-cell sequencing researches on immune cells and their application of DNA damage repair in cancer immunotherapy
2023, Frontiers in oncology
IF:3.5Q2
DOI:10.3389/fonc.2023.1067305
PMID:36776314
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研究论文 | 本文对2011-2021年间关于免疫细胞单细胞测序的文献进行了计量分析 | 该研究为单细胞测序在癌症免疫治疗中应用的理解提供新视角 | 未提及研究的具体局限性 | 探讨单细胞测序在免疫细胞研究和癌症免疫治疗中的应用 | 对免疫细胞的单细胞测序研究进行分析 | 数字病理学 | 癌症 | 单细胞测序 | NA | 文献 | 1460个出版物 |
| 19016 | 2024-08-05 |
Clinical and immunological features of an APLAID patient caused by a novel mutation in PLCG2
2023, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2023.1014150
PMID:36776842
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研究论文 | 本文描述了一名由于PLCγ2基因新变异引起的APLAID患者的临床和免疫特征 | 首次报道了携带新PLCγ2突变的APLAID患者，其髓样树突细胞显著减少，并进行了全面的免疫特征分析 | 仅针对单个病例进行分析，样本量有限 | 研究APLAID综合征的遗传及免疫特征 | 一名7岁APLAID患者 | 数字病理学 | 自体炎症疾病 | 全外显子组测序（WES）、单细胞RNA测序、流式细胞术 | NA | 血液样本 | 1名APLAID患者和1名健康儿童 |
| 19017 | 2024-08-08 |
Network analyses of upper and lower airway transcriptomes identify shared mechanisms among children with recurrent wheezing and school-age asthma
2023, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2023.1087551
PMID:36776870
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研究论文 | 本研究通过网络分析上呼吸道和下呼吸道转录组，识别反复喘息和学龄哮喘儿童之间的共同机制 | 本研究首次结合单细胞转录组数据和细胞解卷积方法，通过共识加权基因共表达网络分析，识别了反复喘息和学龄哮喘之间的共识模块和共享通路 | 本研究主要基于转录组数据，未涉及其他类型的生物标志物或临床数据 | 旨在阐明反复喘息和学龄哮喘的发病机制及其之间的机制关系 | 反复喘息和学龄哮喘儿童的上呼吸道和下呼吸道转录组 | 数字病理学 | 哮喘 | RNA测序 | 机器学习 | 转录组数据 | 鼻腔和气管刷拭样本 |
| 19018 | 2024-08-08 |
Single-cell RNA sequencing identifies Fgf23-expressing osteocytes in response to 1,25-dihydroxyvitamin D3 treatment
2023, Frontiers in physiology
IF:3.2Q2
DOI:10.3389/fphys.2023.1102751
PMID:36776964
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序技术（scRNA-seq）分析了在小鼠股骨中响应1,25-二羟基维生素D3治疗的表达Fgf23的成骨细胞 | 首次使用scRNA-seq技术鉴定了响应1,25-二羟基维生素D3治疗的表达Fgf23的成骨细胞亚群 | 由于成骨细胞分离的技术困难，使用scRNA-seq分析表达Fgf23的成骨细胞的研究较少 | 鉴定响应1,25-二羟基维生素D3治疗的表达Fgf23的成骨细胞亚群 | 小鼠股骨中的成骨细胞 | NA | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 基因表达数据 | 小鼠股骨中的成骨细胞 |
| 19019 | 2024-08-08 |
Identification of metabolic signatures related to metastasis and immunotherapy resistance in oral squamous cell carcinoma
2023, American journal of translational research
IF:1.7Q4
PMID:36777871
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研究论文 | 本研究旨在识别与口腔鳞状细胞癌（OSCC）转移和免疫治疗抵抗相关的代谢基因，并构建一个与OSCC预后相关的代谢基因预测模型 | 本研究通过加权基因共表达网络分析（WGCNA）和单细胞RNA测序（scRNA-seq）技术，识别了与OSCC转移和免疫治疗抵抗相关的代谢基因，并构建了预测模型 | NA | 识别与口腔鳞状细胞癌转移和免疫治疗抵抗相关的代谢基因，并构建预测模型 | 口腔鳞状细胞癌（OSCC）的代谢基因及其与转移和免疫治疗抵抗的关系 | 数字病理学 | 口腔鳞状细胞癌 | RNA-seq, scRNA-seq | WGCNA, LASSO | 基因表达数据 | 使用了来自TCGA和GEO数据库的RNA-seq和scRNA-seq数据 |
| 19020 | 2024-08-08 |
A Novel Prognostic Pyroptosis-Related Gene Signature Correlates to Oxidative Stress and Immune-Related Features in Gliomas
2023, Oxidative medicine and cellular longevity
DOI:10.1155/2023/4256116
PMID:36778205
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研究论文 | 本文构建并验证了一个与氧化应激和免疫特征相关的胶质瘤预后模型，该模型基于细胞焦亡相关基因 | 首次构建并验证了一个基于细胞焦亡相关基因的胶质瘤预后模型，并发现该模型与氧化应激和免疫相关通路有关 | NA | 构建并验证一个有效的胶质瘤预后模型，并探索其与氧化应激和免疫特征的关系 | 胶质瘤患者及其预后 | 数字病理学 | 脑癌 | LASSO-Cox回归分析 | NA | 基因表达数据 | 使用了TCGA和CGGA两个队列的数据 |