单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 27779 篇文献，本页显示第 18981 - 19000 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 18981 | 2024-08-05 |
Exploring the Mechanism of Microfracture in the Treatment of Porcine Full-Thickness Cartilage Defect
2023-03, The American journal of sports medicine
DOI:10.1177/03635465231153630
PMID:36802853
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研究论文 | 本研究探讨了微骨折在治疗全层软骨缺损中的机制 | 利用单细胞转录组测序技术，识别了微骨折后不同修复阶段的特征细胞亚群 | 未提及具体的样本量或临床试验数据 | 阐明微骨折治疗软骨缺损的修复机制 | 对巴马小型猪的全层关节软骨缺损和微骨折进行研究 | 数字病理学 | NA | 单细胞转录组测序 | NA | 细胞数据 | 巴马小型猪的右膝关节建立的全层软骨缺损和微骨折模型 |
| 18982 | 2024-08-05 |
Single-cell RNA-seq data analysis based on directed graph neural network
2023-03, Methods (San Diego, Calif.)
DOI:10.1016/j.ymeth.2023.02.008
PMID:36804214
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研究论文 | 本研究开发了一种基于定向图神经网络的单细胞RNA测序数据分析方法 | 提出了图自编码器和图注意力网络，以解决单细胞RNA测序数据分析中的稀疏性和基因表达复杂差异模式 | 样本数量和数据集类型可能限制了方法的普遍适用性 | 提高单细胞RNA-seq分析的准确性和效率 | 单细胞RNA测序数据 | 计算机视觉 | NA | NA | 定向图神经网络 | RNA测序数据 | 四个具有金标准细胞标签的单细胞RNA-seq数据集 |
| 18983 | 2024-08-05 |
scMAGS: Marker gene selection from scRNA-seq data for spatial transcriptomics studies
2023-03, Computers in biology and medicine
IF:7.0Q1
DOI:10.1016/j.compbiomed.2023.106634
PMID:36774895
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研究论文 | 提出了一种用于选择空间转录组学研究中标记基因的新方法scMAGS | scMAGS通过在标记基因选择步骤之前识别候选基因的过滤步骤实现了创新 | 该研究未提及具体限制因素 | 开发一种用于空间转录组学研究中的标记基因选择方法 | 标记基因的选择，基于单细胞RNA测序数据 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 (scRNA-seq) | NA | 基因表达数据 | 处理包含数百万个细胞的大型数据集 |
| 18984 | 2024-08-05 |
Soluble adenylyl cyclase coordinates intracellular pH homeostasis and biomineralization in calcifying cells of a marine animal
2023-03-01, American journal of physiology. Cell physiology
DOI:10.1152/ajpcell.00524.2022
PMID:36779665
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研究论文 | 该文章探讨了可溶性腺苷酸酰化酶如何协调海洋动物矿化细胞的细胞内pH稳态和生物矿化 | 首次阐明了可溶性腺苷酸酰化酶在海胆幼虫矿化原始间充质细胞中的时空表达及其对pH调节和生物矿化的影响 | 未具体提及本研究的局限性 | 研究可溶性腺苷酸酰化酶在海洋动物矿化细胞中的作用及机制 | 海胆幼虫的矿化原始间充质细胞 | 数字病理学 | NA | 单细胞转录组学，原位杂交，免疫细胞化学 | NA | 图像，转录组数据 | 具体样本量未提及 |
| 18985 | 2024-08-05 |
Comprehensive landscape of the IPAF inflammasomes in pan-cancer: A bulk omics research and single-cell sequencing validation
2023-03, Computers in biology and medicine
IF:7.0Q1
DOI:10.1016/j.compbiomed.2023.106622
PMID:36780800
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研究论文 | 本文对IPAF炎症小体在33种肿瘤中的综合分析进行了研究 | 研究首次探讨IPAF炎症小体在多种肿瘤中的作用及其在肿瘤免疫中的潜在价值 | 尚不清楚IPAF炎症小体在所有类型肿瘤中的具体机制和影响 | 分析IPAF炎症小体在全癌症谱中的作用及其对免疫治疗的潜在影响 | 33种不同类型的肿瘤中IPAF炎症小体相关基因的表达 | 数字病理学 | 多种癌症 | 基因表达分析和单细胞测序 | NA | 基因表达数据 | 33种肿瘤 |
| 18986 | 2024-08-08 |
Heterogeneity of macrophages in atherosclerosis revealed by single-cell RNA sequencing
2023-03, FASEB journal : official publication of the Federation of American Societies for Experimental Biology
IF:4.4Q2
DOI:10.1096/fj.202201932RR
PMID:36786718
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综述 | 本文综述了利用单细胞RNA测序技术在动脉粥样硬化斑块中揭示巨噬细胞异质性的最新进展 | 首次全面绘制了斑块中巨噬细胞亚群和表型的图谱，并更新了巨噬细胞亚群的定义和分类 | NA | 探讨动脉粥样硬化中巨噬细胞的异质性及其在疾病发生发展中的作用 | 巨噬细胞在动脉粥样硬化斑块中的亚群和表型 | 数字病理学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | NA |
| 18987 | 2024-08-08 |
Single-cell profiling identifies T cell subsets associated with control of tuberculosis dissemination
2023-03, Clinical immunology (Orlando, Fla.)
DOI:10.1016/j.clim.2023.109266
PMID:36796469
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组和T细胞受体测序，分析了结核病患者和健康对照者的T细胞亚群，以识别与结核病控制相关的T细胞亚群 | 首次通过单细胞技术揭示了结核病患者中特定T细胞亚群的变化，特别是GZMK表达的CD8细胞毒性T细胞和SOX4表达的CD4中心记忆T细胞的减少，以及MKI67表达的增殖性CD3 T细胞的增加 | NA | 识别与结核病控制相关的T细胞亚群 | 结核病患者和健康对照者的T细胞 | 免疫学 | 结核病 | 单细胞转录组测序, T细胞受体测序 | UMAP聚类 | 转录组数据 | 结核病患者和健康对照者的总T细胞 |
| 18988 | 2024-08-08 |
Single-cell transcriptome analysis of a rat model of bilateral renal ischemia-reperfusion injury
2023-Mar, Biochemistry and biophysics reports
IF:2.3Q3
DOI:10.1016/j.bbrep.2023.101433
PMID:36798850
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析了双侧肾缺血再灌注损伤的大鼠模型中的转录组变化 | 首次详细描述了双侧肾缺血再灌注损伤大鼠模型中细胞和分子层面的变化 | NA | 旨在通过单细胞RNA测序全面分析缺血再灌注损伤肾脏的转录组 | 大鼠双侧肾缺血再灌注损伤模型中的肾脏细胞 | 数字病理学 | 肾脏疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 涉及多种肾脏实质细胞，包括近端小管、亨利环和远端小管细胞以及巨噬细胞群体 |
| 18989 | 2024-08-08 |
Liver-Targeted Delivery of Small Interfering RNA of C-C Chemokine Receptor 2 with Tetrahedral Framework Nucleic Acid Attenuates Liver Cirrhosis
2023-Mar-01, ACS applied materials & interfaces
IF:8.3Q1
DOI:10.1021/acsami.2c22579
PMID:36799737
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研究论文 | 本研究开发了一种基于C-C趋化因子受体2（CCR2）小干扰RNA（siCcr2）的疗法，通过将多价siCcr2与四面体框架DNA纳米结构（tFNA）载体结合（tFNA-siCcr2），用于减轻肝纤维化 | 利用tFNA-siCcr2复合物改变了药物在体内的分布，从肾脏转移到肝脏，并延长了肝脏保留时间，主要定位于巨噬细胞和内皮细胞，有效沉默CCR2，显著改善了肝纤维化 | NA | 开发一种新的策略来减轻肝纤维化 | C-C趋化因子受体2（CCR2）小干扰RNA（siCcr2）与四面体框架DNA纳米结构（tFNA）的复合物 | NA | 肝硬化 | 小干扰RNA沉默技术 | NA | 单细胞RNA测序数据 | NA |
| 18990 | 2024-08-08 |
A robust and accurate single-cell data trajectory inference method using ensemble pseudotime
2023-Feb-20, BMC bioinformatics
IF:2.9Q1
DOI:10.1186/s12859-023-05179-2
PMID:36803767
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研究论文 | 提出了一种名为scTEP的新型轨迹推断框架，利用集成伪时间推断单细胞数据轨迹 | scTEP通过利用多个聚类结果来推断鲁棒的伪时间，并使用伪时间来微调学习到的轨迹，提高了轨迹推断的准确性和鲁棒性 | NA | 开发一种新的单细胞数据轨迹推断方法，以提高推断的准确性和鲁棒性 | 单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 数据集 | 41个真实单细胞RNA测序数据集 |
| 18991 | 2024-08-08 |
Single-cell transcriptome sequencing allows genetic separation, characterization and identification of individuals in multi-person biological mixtures
2023-02-20, Communications biology
IF:5.2Q1
DOI:10.1038/s42003-023-04557-z
PMID:36805025
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研究论文 | 本文探讨了使用单细胞转录组测序（scRNA-seq）结合专用生物信息学流程（De-goulash）来解决多人生物混合物中个体识别的问题 | 开发了一种新方法，并通过自发生成的多人血液混合物scRNA-seq数据和从公共单一个体scRNA-seq数据集组装的模拟混合物进行了测试 | 需要进一步优化和实施，以应用于更具挑战性的生物混合物，如犯罪现场的混合物 | 验证单细胞方法在解卷积生物混合物并随后遗传特征化和个体识别分离混合物贡献者的可行性 | 多人血液混合物中的个体识别 | 生物信息学 | NA | 单细胞转录组测序（scRNA-seq） | De-goulash | 单细胞转录组数据 | 涉及2至9人的平衡和不平衡血液混合物，比例高达1:60 |
| 18992 | 2024-08-08 |
Single cell epigenomic and transcriptomic analysis uncovers potential transcription factors regulating mitotic/meiotic switch
2023-02-17, Cell death & disease
IF:8.1Q1
DOI:10.1038/s41419-023-05671-w
PMID:36797258
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研究论文 | 本研究通过单细胞分辨率下的染色质可及性（scATAC-seq）和转录动力学（scRNA-seq）分析，揭示了在小鼠胚胎卵巢的雌性生殖细胞中调控有丝/减数分裂转换的潜在转录因子 | 采用严格的转录因子筛选框架和转录因子相互作用算法，整合转录水平、染色质可及性和基序评分，首次鉴定出14个潜在调控有丝/减数分裂转换的转录因子 | NA | 揭示雌性生殖细胞中有丝/减数分裂转换的复杂机制 | 小鼠胚胎卵巢的雌性生殖细胞 | 基因组学 | 生殖系统疾病 | scATAC-seq, scRNA-seq | NA | 基因组数据 | 小鼠胚胎卵巢的雌性生殖细胞从E11.5到13.5 |
| 18993 | 2024-08-08 |
Single-cell heterogeneity and dynamic evolution of Ph-like acute lymphoblastic leukemia patient with novel TPR-PDGFRB fusion gene
2023-Feb-17, Experimental hematology & oncology
IF:9.4Q1
DOI:10.1186/s40164-023-00380-8
PMID:36797781
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研究论文 | 本文通过单细胞RNA测序技术，展示了携带新型TPR-PDGFRB融合基因的Ph样急性淋巴细胞白血病患者的全面细胞图谱，并揭示了疾病进展中的转录组进化。 | 首次揭示了Ph样急性淋巴细胞白血病患者中与疾病进展相关的异质性，并发现了与不良预后相关的复发富集B细胞亚群。 | 研究仅基于单一患者的数据，可能限制了结果的普遍性和广泛应用。 | 探讨Ph样急性淋巴细胞白血病患者的单细胞异质性和疾病动态演化。 | 携带新型TPR-PDGFRB融合基因的Ph样急性淋巴细胞白血病患者。 | 数字病理学 | 急性淋巴细胞白血病 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 单一患者 |
| 18994 | 2024-08-08 |
Single-cell transcriptome analysis reveals stem cell-like subsets in the progression of Waldenström's macroglobulinemia
2023-Feb-17, Experimental hematology & oncology
IF:9.4Q1
DOI:10.1186/s40164-023-00382-6
PMID:36797797
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析了健康供体、IgM单克隆丙种球蛋白病未明意义（IgM MGUS）和瓦尔登斯特伦巨球蛋白血症（WM）患者的CD19+和CD19-CD38+细胞，揭示了WM进展中的干细胞样亚群。 | 本研究首次通过单细胞RNA测序技术，揭示了IgM MGUS和WM患者中CD3+CD19+细胞可能具有干细胞样特性，并发现了MYD88在肿瘤发生中的早期事件。 | NA | 研究IgM MGUS向WM进展的机制及细胞景观。 | 健康供体、IgM MGUS和WM患者的CD19+和CD19-CD38+细胞。 | 数字病理学 | 瓦尔登斯特伦巨球蛋白血症 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 健康供体、IgM MGUS和WM患者的CD19+和CD19-CD38+细胞样本 |
| 18995 | 2024-08-08 |
Inhibition of inflammatory microglia by dietary fiber and short-chain fatty acids
2023-02-16, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-022-27086-x
PMID:36797287
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研究论文 | 研究评估了短链脂肪酸（SCFAs）对脂多糖（LPS）刺激的小鼠小胶质细胞的抗炎作用，这些小胶质细胞来自喂食菊粉（一种可溶性纤维）的小鼠，以及体外应用SCFAs到原代小胶质细胞 | 发现SCFAs通过减少组蛋白去乙酰化酶活性和核因子-κB的核转位来降低小胶质细胞的炎症反应，且SCFAs的抗炎作用不依赖于单羧酸转运蛋白 | 未检测到SCFA受体Ffar2或Ffar3的表达，且抑制单羧酸转运蛋白并未影响SCFAs的抗炎效果，暗示SCFAs可能通过表观遗传机制直接调节小胶质细胞 | 研究饮食纤维和短链脂肪酸对炎症小胶质细胞的抑制作用 | 小鼠小胶质细胞和短链脂肪酸（SCFAs） | NA | 神经炎症 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 小鼠小胶质细胞 |
| 18996 | 2024-08-08 |
FOXG1 drives transcriptomic networks to specify principal neuron subtypes during the development of the medial pallium
2023-02-15, Science advances
IF:11.7Q1
DOI:10.1126/sciadv.ade2441
PMID:36791184
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研究论文 | 本研究通过删除FOXG1转录因子和单细胞RNA测序技术，探索了内侧壁（MP）主要神经元亚型在发育过程中的分子机制 | 揭示了FOXG1调控的转录组网络在MP神经元亚型特化中的作用 | NA | 阐明内侧壁主要神经元亚型特化的分子机制及相关神经病理学 | 内侧壁的神经元亚型，包括上层 retrosplenial 皮质锥体神经元、subiculum 锥体神经元、CA1-PyNs、CA3-PyNs 和齿状回颗粒细胞 | 神经科学 | 自闭症谱系障碍 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | E17.5 小鼠的内侧壁组织 |
| 18997 | 2024-08-08 |
Profiling the peripheral immune response to ex vivo TNF stimulation in untreated juvenile idiopathic arthritis using single cell RNA sequencing
2023-Feb-15, Pediatric rheumatology online journal
DOI:10.1186/s12969-023-00787-x
PMID:36793127
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研究论文 | 本研究使用单细胞RNA测序技术，分析了未治疗的幼年特发性关节炎患者在接受体外TNF刺激后的外周免疫反应 | 开发了一种新的分析流程scPool，通过将细胞先汇集到伪细胞中再进行表达分析，有助于区分TNF刺激、JIA疾病状态和个体供体的影响 | 样本量较小，仅包括六名新诊断的JIA儿童和两名健康对照 | 验证单细胞RNA测序技术在个性化转录组学研究中的应用，以表征患者特定的免疫特征 | 未治疗的幼年特发性关节炎患者和健康对照的外周血样本 | 数字病理学 | 幼年特发性关节炎 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 六名新诊断的JIA儿童和两名健康对照 |
| 18998 | 2024-08-08 |
Regulon active landscape reveals cell development and functional state changes of human primary osteoblasts in vivo
2023-02-15, Human genomics
IF:3.8Q2
DOI:10.1186/s40246-022-00448-2
PMID:36793138
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序数据，应用单细胞调控网络推断和聚类方法，识别了人类原代成骨细胞中协同调控基因的模块（regulons），并重建了基于regulon活性的成骨细胞发育轨迹，验证了重要regulons的功能。 | 首次基于细胞regulon活性景观描述了人类成骨细胞在体内的独特特征，并识别了与免疫、细胞增殖和分化相关的关键细胞阶段或亚型。 | NA | 揭示人类成骨细胞在体内的细胞发育和功能状态变化，以及这些变化与骨代谢和相关疾病的关系。 | 人类原代成骨细胞 | 数字病理学 | 骨代谢疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA测序数据 | 多个成骨细胞样本 |
| 18999 | 2024-08-05 |
Single-cell sequencing of ascites fluid illustrates heterogeneity and therapy-induced evolution during gastric cancer peritoneal metastasis
2023-02-14, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-023-36310-9
PMID:36788228
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研究论文 | 该研究描述了胃癌腹腔转移中肿瘤与免疫细胞的单细胞转录组特征 | 揭示了不同类型的单核细胞样树突状细胞的演变及其与抗肿瘤治疗的关系 | 样本量相对较小，仅包含35名患者 | 探讨腹腔液生态系统的异质性及其在胃癌腹腔转移中的角色 | 191,987个来自胃癌腹腔转移患者的癌症/免疫细胞 | 数字病理学 | 胃癌 | 单细胞测序 | NA | 细胞转录组数据 | 35名患者，191,987个细胞 |
| 19000 | 2024-08-05 |
Identification of a hypoxia-related gene prognostic signature in colorectal cancer based on bulk and single-cell RNA-seq
2023-02-13, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-023-29718-2
PMID:36781976
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研究论文 | 本研究旨在建立一个与缺氧相关的基因预后签名，以预测结直肠癌患者的总体存活率 | 构建了一个六个缺氧相关基因的预后模型，具有优越的存活率预测能力 | 样本量仅限于TCGA和两个GEO数据集，可能存在一定的局限性 | 研究缺氧相关基因在结直肠癌肿瘤微环境中的作用及其对患者总体存活率的预测能力 | 结直肠癌患者的肿瘤样本和正常样本 | 数字病理学 | 结直肠癌 | 单细胞RNA测序、RT-PCR | 最小绝对收缩和选择算子回归算法（LASSO） | 基因表达数据 | 涉及十对结直肠癌正常和癌组织样本 |