单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 38047 篇文献，本页显示第 1881 - 1900 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1881 | 2026-03-10 |
WWP2 underlies ROS-induced granulosa cell apoptosis by promoting ubiquitination of BAK in polycystic ovary syndrome
2026-Feb-23, Cell death & disease
IF:8.1Q1
DOI:10.1038/s41419-026-08500-y
PMID:41730845
|
研究论文 | 本研究揭示了在PCOS中，氧化应激通过WWP2介导的BAK泛素化调控颗粒细胞线粒体凋亡的分子机制 | 首次发现E3泛素连接酶WWP2在PCOS颗粒细胞中表达显著降低，并阐明其通过调控BAK的泛素化修饰影响颗粒细胞凋亡的新机制 | 研究主要基于KGN细胞系和PCOS小鼠模型，在人类PCOS患者中的直接验证仍需进一步开展 | 阐明PCOS中活性氧诱导颗粒细胞凋亡的分子机制 | 颗粒细胞、KGN细胞系、PCOS小鼠模型 | 分子生物学 | 多囊卵巢综合征 | 单细胞RNA测序、泛素化分析、基因敲除/敲低 | NA | 基因表达数据、蛋白质互作数据 | 公共单细胞RNA-seq数据及临床GC样本验证 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1882 | 2026-03-10 |
Advances in spatial omics for the analysis of prostate cancer
2026-Feb-21, Analytical and bioanalytical chemistry
IF:3.8Q1
DOI:10.1007/s00216-026-06396-3
PMID:41723338
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综述 | 本文综述了空间组学技术在分析前列腺癌中的应用进展 | 整合了高维分子分析与保留的组织结构，揭示了前列腺癌进展中的关键特征，如基质重塑、免疫逃逸、脂质代谢重编程和治疗耐药性生态位 | NA | 探讨空间组学技术在前列腺癌研究中的最新进展、整合应用及临床转化挑战 | 前列腺癌 | 数字病理学 | 前列腺癌 | 空间转录组学、空间蛋白质组学、空间表观基因组学、空间代谢组学 | NA | 空间分子数据 | NA | NA | 单细胞空间组学 | NA | NA |
| 1883 | 2026-03-10 |
A Multimodal Single-Cell Epigenomic and 3D Genome Atlas of the Human Basal Ganglia
2026-Feb-13, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2026.02.12.705594
PMID:41726865
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研究论文 | 本文构建了人类基底节的多模态单细胞表观基因组和3D基因组图谱，揭示了细胞类型和区域特异性的表观遗传差异 | 首次创建了人类基底节的多模态单细胞表观基因组和3D基因组图谱，整合了DNA甲基化、3D染色质构象、空间转录组学等多组学数据 | NA | 构建人类基底节的综合表观基因组图谱，以解析其细胞类型特异性的表观遗传调控机制 | 人类基底节的主要亚区和细胞类型 | 表观基因组学 | 神经精神疾病 | 多组学测序（snm3C-seq）、MERFISH空间转录组学 | NA | 单细胞多组学数据、空间转录组数据 | 197,003个细胞核（来自八个基底节亚区），整合后总计261,331个细胞 | NA | 单细胞多组学测序、空间转录组学 | NA | NA |
| 1884 | 2026-03-10 |
Genome-wide single-cell perturbation screens with VIPerturb-seq
2026-Feb-13, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2026.02.12.705613
PMID:41726924
|
研究论文 | 本文介绍了一种名为VIPerturb-seq的新平台，旨在通过基于探针的检测工作流程，促进全基因组范围的Perturb-seq实验，以应对成本和高通量挑战 | VIPerturb-seq平台引入了分裂探针策略，用于在固定细胞中检测全基因组CRISPR文库，支持在单细胞分析前对重要扰动进行表型富集，并与组合索引工作流程兼容，将Perturb-seq通量提高50倍 | NA | 开发一个平台，以促进常规的全基因组Perturb-seq实验，解决现有方法在成本和通量方面的限制 | 全基因组CRISPRi文库（GuEST-List）以及相关的单细胞扰动筛选 | 单细胞测序技术 | NA | CRISPR-based screening, single-cell sequencing, probe-based detection, combinatorial indexing | NA | 单细胞测序数据 | NA | NA | Perturb-seq, single-cell RNA-seq | VIPerturb-seq | 基于探针的检测工作流程，支持全基因组CRISPR文库检测和表型富集 |
| 1885 | 2026-03-10 |
ADT-030, a novel PDE10 inhibitor, demonstrates potent antitumor activity in pancreatic ductal adenocarcinoma
2026-Feb-13, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2026.02.11.705411
PMID:41726934
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研究论文 | 本研究评估了一种新型PDE10抑制剂ADT-030在胰腺导管腺癌中的抗肿瘤活性 | ADT-030是一种新型PDE10抑制剂，能有效抑制KRAS突变PDAC细胞增殖，并对抗KRAS抑制剂耐药细胞，同时重塑肿瘤微环境增强抗肿瘤免疫 | NA | 评估ADT-030在胰腺导管腺癌中的抗肿瘤效果及机制 | 胰腺导管腺癌细胞系、同基因和患者来源异种移植模型 | NA | 胰腺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | NA | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1886 | 2026-03-10 |
Parameter-free representations outperform single-cell foundation models on downstream benchmarks
2026-Feb-13, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2026.02.11.705358
PMID:41727141
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研究论文 | 本文比较了基于参数化表示的单细胞基础模型与简单线性方法在下游任务中的性能 | 研究发现，无需复杂深度学习表示，通过简单、可解释的线性方法即可在多个基准测试中达到或接近最先进性能，甚至在涉及新细胞类型和生物体的分布外任务中超越基础模型 | 未明确提及具体局限性，但暗示需要更严格的基准测试来评估模型 | 评估单细胞RNA测序数据表示方法的性能，特别是比较基础模型与简单线性方法在下游任务中的表现 | 单细胞RNA测序数据 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | Transformer, 线性方法 | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1887 | 2026-03-10 |
Integration of Multi-Omics and Machine Learning Identifies TGFB1 and SERPINE1 as Biomarkers of Vascular Smooth Muscle Cell Senescence in Intracranial Aneurysms
2026-Feb-10, Translational stroke research
IF:3.8Q2
DOI:10.1007/s12975-026-01419-8
PMID:41665703
|
研究论文 | 本研究通过整合多组学数据、机器学习和实验验证，识别了TGFB1和SERPINE1作为颅内动脉瘤中血管平滑肌细胞衰老的生物标志物 | 首次探索血管平滑肌细胞衰老在颅内动脉瘤发病机制中的作用，并利用单细胞RNA测序、机器学习等方法识别了关键的衰老相关基因 | TGFB1和SERPINE1的具体作用机制需要进一步研究和验证 | 研究颅内动脉瘤中血管平滑肌细胞衰老的病理机制，并识别相关的生物标志物和治疗靶点 | 小鼠弹性蛋白酶诱导的颅内动脉瘤模型以及人类颅内动脉瘤组织 | 机器学习 | 颅内动脉瘤 | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序, 微阵列, 免疫组织化学分析 | 机器学习 | RNA测序数据, 微阵列数据, 图像数据 | 未明确指定样本数量，涉及小鼠模型和人类组织数据集 | NA | 单细胞RNA-seq, 批量RNA-seq | NA | NA |
| 1888 | 2026-02-06 |
Analysis of microarray and single-cell RNA-seq finds gene co-expression, cell-cell communication, and tumor environment associated with cytoskeleton protein in epithelial-mesenchymal transition in ovarian cancer
2026-Feb-04, Discover oncology
IF:2.8Q2
DOI:10.1007/s12672-026-04580-6
PMID:41639334
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NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 1889 | 2026-03-10 |
Xiangpi Shengji Ointment Accelerates Anal Fistula Healing by Regulating Macrophage-Fibroblast Crosstalk Through the Nuclear Factor Kappa B/Hypoxia-Inducible Factor Alpha/Vascular Endothelial Growth Factor Signaling Axis
2026, Molecular and cellular biology
IF:3.2Q3
DOI:10.1080/10985549.2025.2597464
PMID:41457935
|
研究论文 | 本研究揭示了象皮生肌膏通过调控NF-κB/HIF-α/VEGF信号轴，促进巨噬细胞M1极化与成纤维细胞功能，从而加速肛瘘愈合的分子机制 | 首次结合网络药理学、转录组学及单细胞RNA测序技术，系统阐明了象皮生肌膏通过NF-κB/HIF-α/VEGF信号轴调控巨噬细胞-成纤维细胞互作促进肛瘘愈合的新机制 | 研究主要基于小鼠模型和体外细胞实验，其结论在人体中的适用性及临床转化效果仍需进一步验证 | 探究象皮生肌膏促进肛瘘伤口愈合的分子机制 | 肛瘘愈合过程、巨噬细胞、成纤维细胞 | 生物信息学与分子生物学 | 肛瘘 | 网络药理学、转录组分析、单细胞RNA测序、CCK-8、ELISA、WB、RT-qPCR | NA | 基因表达数据、单细胞RNA测序数据、体外细胞实验数据、体内动物模型数据 | 使用了公开数据集GSE28914和GSE203244，并建立了小鼠肛瘘模型进行体内验证 | NA | 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq | NA | NA |
| 1890 | 2026-03-10 |
Cochlear neural functional competence: an integrative transcriptomic module analysis of excitability, plasticity and microenvironmental support programs
2026, Frontiers in cellular neuroscience
IF:4.2Q2
DOI:10.3389/fncel.2026.1776907
PMID:41797834
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研究论文 | 本研究通过整合分析多个耳蜗转录组数据集，构建了一个用于评估螺旋神经元功能状态的综合评分框架（CNFC） | 提出了一个整合神经元兴奋性、可塑性、营养/代谢支持和损伤/炎症等转录程序的模块化分析框架，并开发了可量化的CNFC评分，超越了传统的神经元存活率预测 | MSC治疗的功能性后果尚未明确建立，部分结论仍需进一步机制验证 | 开发一个从转录组数据中总结耳蜗神经元功能状态的透明、可生成假设的分析框架，以补充传统的存活率指标 | 螺旋神经元、毛细胞及耳蜗组织 | 转录组学 | 听力损失 | RNA-seq, 微阵列, 空间转录组学 | 模块化基因评分框架 | 转录组数据 | 多个公开数据集（涵盖发育期、成年期及损伤/退化期样本） | NA | RNA-seq, 微阵列, 空间转录组学 | NA | NA |
| 1891 | 2026-03-10 |
Diverse infections transcriptionally reprogram the intestinal epithelium and epithelial-immune cell interactions
2025-Dec-23, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2025.12.22.695505
PMID:41497582
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研究论文 | 本文介绍了GutPath图谱，一个包含超过50万个单细胞的RNA和蛋白质表达谱的资源，用于研究不同感染类型下回肠的细胞状态和细胞间通讯 | 开发了GutPath图谱，首次系统性地揭示了回肠在多种感染下的细胞转录组多样性和上皮-免疫细胞相互作用，并识别了一种与细菌负荷和组织病理学空间相关的新型肠上皮细胞状态 | 研究主要关注回肠，可能未全面覆盖整个小肠或其他肠道区域，且依赖于单细胞和空间转录组学技术，可能存在技术偏差 | 研究回肠在感染期间的细胞响应和细胞间通讯复杂性，以增进对肠道免疫和病理机制的理解 | 回肠中的细胞状态，包括肠上皮细胞和免疫细胞，涉及多种感染类型 | 数字病理学 | 克罗恩病 | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | RNA表达谱, 蛋白质表达谱 | 超过500,000个单细胞 | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
| 1892 | 2026-03-10 |
Specialized gas-exchange endothelium of the zebrafish gill
2025-Dec-02, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2025.11.30.690480
PMID:41738028
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序和多种成像技术，详细表征了斑马鱼鳃中的气体交换内皮细胞，并发现其与哺乳动物肺泡中的Cap2/Aerocyte内皮细胞具有相似性 | 首次在斑马鱼鳃中鉴定出与哺乳动物肺泡Aerocyte内皮细胞相似的细胞类型，并建立了斑马鱼作为研究气体交换血管系统的可实验操作脊椎动物模型 | 研究主要基于斑马鱼模型，与哺乳动物肺部系统的直接可比性仍需进一步验证 | 研究气体交换器官的发育和功能，特别是气体交换血管系统 | 成年斑马鱼鳃组织 | 单细胞生物学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNAseq）、共聚焦成像、超分辨率成像、杂交链式反应、阵列断层扫描、聚焦离子束扫描电子显微镜 | NA | 单细胞转录组数据、图像数据 | 成年斑马鱼鳃组织样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1893 | 2026-03-10 |
Pharmacological Inhibition of Ferroptosis Attenuates Experimental Abdominal Aortic Aneurysm Formation
2025-Nov, Arteriosclerosis, thrombosis, and vascular biology
DOI:10.1161/ATVBAHA.125.323269
PMID:41036562
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研究论文 | 本研究探讨了铁死亡在腹主动脉瘤形成中的作用，并通过药理学抑制铁死亡来减轻实验性腹主动脉瘤的形成 | 首次在腹主动脉瘤形成中揭示了铁死亡的作用，并展示了使用liproxstatin-1抑制铁死亡可减轻主动脉炎症和重塑 | 研究主要基于小鼠模型，人类样本验证有限，且仅使用了一种铁死亡抑制剂 | 探究铁死亡在腹主动脉瘤形成中的机制及药理学抑制的潜在治疗效果 | 人类腹主动脉瘤组织、C57BL/6小鼠（雄性和雌性）的主动脉组织、巨噬细胞和平滑肌细胞 | 单细胞组学 | 腹主动脉瘤 | 单细胞RNA测序、质谱分析、组织学分析、体外细胞培养 | NA | 单细胞RNA测序数据、质谱数据、组织图像、体外实验数据 | 人类AAA组织数据库、使用弹性蛋白酶或弹性蛋白酶+β-氨基丙腈诱导的C57BL/6小鼠模型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1894 | 2026-03-10 |
Machine learning predictions from unpredictable chaos
2025-Oct, Journal of the Royal Society, Interface
DOI:10.1098/rsif.2025.0441
PMID:41027482
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研究论文 | 本文提出了一种名为混沌学习的新型多尺度拓扑范式，首次实现了从混沌系统中进行准确预测 | 首次引入混沌学习，通过多尺度拓扑拉普拉斯算子将现实世界数据嵌入交互式混沌动力系统，并调制其动态行为以实现准确预测 | NA | 探索混沌系统的可预测性，并开发一种能够从混沌中提取物理属性的新学习范式 | 28个数据集，包括脑波、蛋白质基准数据、单细胞RNA测序数据和图像数据，以及Lorenz和Rossler吸引子两种混沌动力系统 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | 混沌学习范式 | 脑波数据、蛋白质数据、单细胞RNA测序数据、图像数据 | 28个数据集 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1895 | 2026-03-10 |
Nephrobase Cell+: Multimodal Single-Cell Foundation Model for Decoding Kidney Biology
2025-Oct-01, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.09.30.679471
PMID:41256511
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研究论文 | 本研究开发了首个专注于肾脏的大型基础模型Nephrobase Cell+，用于解码肾脏生物学 | 首次构建了肾脏特异性的大型基础模型，通过器官规模的多模态预训练和专门的Transformer架构，实现了跨物种、跨模态的高保真表示学习 | 模型主要针对四种哺乳动物物种，可能无法完全覆盖所有肾脏细胞类型或疾病状态 | 开发一个统一的、高保真的肾脏生物学表示模型，以提升单细胞分析能力 | 人类、小鼠、大鼠和猪的肾脏单细胞和单核转录组及空间转录组数据 | 机器学习 | 肾脏疾病 | scRNA-seq, snRNA-seq, snATAC-seq, 空间转录组学 | Transformer-based encoder-decoder with gene-token cross-attention and mixture-of-experts | 单细胞和单核转录组、表观基因组及空间转录组数据 | 约39.5百万个单细胞和单核图谱，来自4,319个样本 | NA | 单细胞RNA-seq, 单核RNA-seq, 单核ATAC-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
| 1896 | 2026-03-10 |
Single-cell transcriptome combined with genetic tracing reveals a roadmap of fibrosis formation during proliferative vitreoretinopathy
2025-Sep-16, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
IF:9.4Q1
DOI:10.1073/pnas.2424487122
PMID:40920930
|
研究论文 | 本研究结合单细胞转录组学和遗传谱系追踪技术，揭示了增殖性玻璃体视网膜病变（PVR）中纤维化形成的细胞起源和机制，并识别了TSP-1作为关键驱动基因 | 首次结合单细胞转录组学和遗传谱系追踪，系统绘制了PVR纤维化形成的细胞路线图，并发现TSP-1作为治疗靶点 | NA | 解析增殖性玻璃体视网膜病变（PVR）中纤维化形成的细胞机制，以开发治疗策略 | 视网膜色素上皮细胞、免疫细胞和Müller细胞在PVR病变中的贡献 | 数字病理学 | 增殖性玻璃体视网膜病变 | 单细胞转录组学，遗传谱系追踪 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1897 | 2026-03-10 |
Dynamic and precise electromagnetic levitation of single cells
2025-Sep-16, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
IF:9.4Q1
DOI:10.1073/pnas.2512246122
PMID:40920932
|
研究论文 | 本文介绍了一种名为Electro-LEV的创新平台，它结合电磁和磁悬浮原理，实现了在3-D微流体环境中对单细胞位置进行动态精确控制 | 该平台通过周期性调制和跟踪细胞在z轴的位置，能够区分单细胞与细胞簇的悬浮行为，并显著提高了悬浮分选的纯度和效率 | NA | 开发一种用于动态3-D控制细胞位置的新平台，以研究细胞异质性、区分细胞大小和类型，并提高细胞分选效率 | 单细胞和细胞簇 | 数字病理学 | NA | 电磁悬浮和磁悬浮 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 1898 | 2026-03-10 |
Single-cell analysis of human fibrous dysplasia bone reveals a fibrotic transcriptome and GNAS variants in endothelial, perivascular, and stromal cells
2025-Sep-04, American journal of human genetics
IF:8.1Q1
DOI:10.1016/j.ajhg.2025.07.018
PMID:40848713
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序和GNAS基因分型策略，分析了人类纤维性结构不良骨中的非造血细胞，揭示了GNAS变异在多种细胞谱系中的存在以及共同的纤维化转录组特征 | 首次在纤维性结构不良骨中，除了骨骼基质谱系外，还在内皮细胞和血管周围细胞中检测到GNAS c.602G>A和c.601C>T变异，并识别出跨细胞谱系的共同纤维化转录组特征 | 样本来源有限，仅分析了非造血细胞，可能未全面覆盖所有相关细胞类型 | 探究体细胞嵌合体在纤维性结构不良疾病中的细胞和分子机制 | 人类纤维性结构不良骨和非纤维性结构不良骨中的非造血细胞 | 数字病理学 | 纤维性结构不良 | 单细胞RNA测序, GNAS基因分型, BaseScope | NA | RNA测序数据 | 来自FD和非FD人类骨组织的非造血细胞 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1899 | 2026-03-10 |
TcEVdb: a database for T-cell-derived small extracellular vesicles from single-cell transcriptomes
2025-02-28, Database : the journal of biological databases and curation
DOI:10.1093/database/baaf012
PMID:40036846
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研究论文 | 本研究构建了TcEVdb数据库，通过SEVtras方法从T细胞单细胞RNA测序数据中探索T细胞来源的小细胞外囊泡的表达和聚类 | 首次创建了专门针对T细胞来源小细胞外囊泡的综合性数据库，整合了多项目、多组织来源的单细胞转录组数据，揭示了TcEV的异质性 | 数据库依赖于现有单细胞RNA测序数据的质量和覆盖范围，可能无法完全捕捉所有TcEV亚群 | 探索T细胞来源细胞外囊泡的转录组特征和异质性，以促进基于EV的疾病诊断和治疗研究 | T细胞来源的小细胞外囊泡 | 生物信息学 | 弥漫性大B细胞淋巴瘤 | 单细胞RNA测序 | SEVtras方法 | 单细胞转录组数据 | 277,265个EV液滴，来自21个项目中的221个样本，涵盖51种T细胞类型 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1900 | 2026-03-10 |
ScLineageAtlas: a comprehensive single-cell genomics database for characterizing cellular clones in cancer
2025-01-18, Database : the journal of biological databases and curation
DOI:10.1093/database/baaf046
PMID:40996711
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研究论文 | 介绍了一个名为ScLineageAtlas的综合单细胞基因组学数据库，用于表征多种癌症类型中的细胞克隆 | 整合了24个处理过的单细胞RNA测序数据集，涵盖13种不同癌症类型，并利用先进计算方法识别细胞克隆，提供克隆关系和进化动力学的详细视图 | 数据库目前仅包含24个数据集，可能覆盖的癌症类型和样本量有限，且依赖于现有计算方法，可能受算法准确性限制 | 通过表征细胞克隆来研究癌症的起始、发展和治疗机制，促进对肿瘤异质性和进化轨迹的理解 | 多种癌症类型中的细胞克隆，包括单细胞RNA测序数据 | 数字病理学 | 癌症 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞RNA测序数据 | 24个处理过的单细胞RNA测序数据集 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |