单细胞与空转测序相关文章
本数据库通过收集和整理最新科研文献信息而得，供了解领域前沿进展之用。数据源自 PubMed Data ，每日自动更新（使用关键词“['single-cell sequencing', 'single-cell RNA sequencing', 'single-cell transcriptomics', 'single-cell RNA-seq', 'single-cell transcriptome', 'scRNA-seq', 'spatial transcriptomics']”过滤），已收录文献数量参见 统计表格。表格内容由 GPT 自动整理，可能存在错误或遗漏，请使用时务必注意核实！
如有建议或合作意向，欢迎联系 linlin.yan(AT)bioinfo.app 或 微信 yanlinlin82。本项目遵循 MIT 许可 发布，欢迎下载 源码 自行修改使用。如觉得不错，还请不吝 给我打赏，你的支持是我继续创新的重要动力！
添加微信请说明来意
微信赞赏
除通过在线浏览外，为方便用户离线查阅，本站也提供 付费下载（定价19.9元）。之所以考虑收费，是因为批量扫描这些文献并整理也是有一定成本的，还请理解并多多支持。本站数据会持续更新，而仅需一次付费，未来就可以随时重新下载到最新版本数据。
当前共找到 31780 篇文献，本页显示第 1881 - 1900 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1881 | 2025-10-06 |
β-Mangostin Attenuates TET2-Mediated DNA Demethylation of Prkcg in the Prevention of Intervertebral Disc Degeneration
2025-Aug, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202505077
PMID:40558107
|
研究论文 | 研究β-芒果苷通过调控TET2介导的Prkcg DNA去甲基化来预防椎间盘退变 | 首次揭示β-芒果苷通过TET2-Prkcg轴调控DNA甲基化状态，同时靶向炎症失调和基质稳态的双重作用机制 | 未提及具体样本量和实验模型细节 | 探索β-芒果苷在椎间盘退变治疗中的潜在作用机制 | 椎间盘髓核细胞和巨噬细胞 | 分子生物学 | 椎间盘退变 | 单细胞测序 | NA | 基因组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1882 | 2025-10-06 |
Advances in Single-Cell Sequencing for Infectious Diseases: Progress and Perspectives
2025-Aug, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202415678
PMID:40613694
|
综述 | 本文综述了单细胞测序技术在传染病研究中的进展与应用 | 系统总结了真核、原核（如MATQ-seq和BacDrop）及双端（如PatH-Cap）单细胞测序技术的最新进展，揭示了宿主-病原体相互作用的共同机制 | NA | 促进强大诊断或治疗策略的开发，推动精准医学发展 | 传染病中的宿主细胞和病原体 | 生物医学 | 传染病 | 单细胞测序 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1883 | 2025-10-06 |
Single-Cell RNA Sequencing Identifies MMP11+ Cancer-Associated Fibroblasts as Drivers of Angiogenesis and Bladder Cancer Progression
2025-Aug, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202502774
PMID:40552583
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序鉴定MMP11+癌症相关成纤维细胞作为膀胱癌血管生成和进展的驱动因素 | 发现新型MMP11 mCAF亚群，揭示其通过WNT5A-MCAM信号轴调控血管生成的新机制 | NA | 探索癌症相关成纤维细胞异质性及其在肿瘤进展中的作用机制 | 膀胱癌组织中的癌症相关成纤维细胞和内皮细胞 | 单细胞测序分析 | 膀胱癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1884 | 2025-10-06 |
Identification of Schwann Cells in Human Intracranial Arteries: Potential Regulatory Role in Atherosclerotic Plaque Progression
2025-Aug, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202503033
PMID:40574459
|
研究论文 | 本研究通过多模态分析发现人类颅内动脉中存在雪旺细胞，并揭示其在动脉粥样硬化斑块进展中的潜在调控作用 | 首次在人类颅内动脉中鉴定出雪旺细胞，发现斑块血管中雪旺细胞来源的髓鞘显著增加，并揭示SPP1-ITGB1信号通路介导的雪旺细胞-血管平滑肌细胞相互作用 | 样本量有限（16例捐赠者），仅使用尸检样本可能无法完全反映活体状态 | 探究雪旺细胞在颅内动脉粥样硬化病理生物学中的作用 | 人类颅内动脉样本（含斑块和无斑块区域） | 神经血管生物学 | 脑血管疾病 | 单细胞RNA测序，超微结构评估，细胞间通讯分析，配体-受体分析 | NA | 单细胞转录组数据，超微结构图像数据 | 16例尸检捐赠者的颅内动脉样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1885 | 2025-09-06 |
Progress in the Application of Single-Cell Sequencing in Neoadjuvant Therapy for Esophageal Cancer
2025-Jul, Cureus
DOI:10.7759/cureus.89163
PMID:40895953
|
综述 | 本文探讨单细胞测序技术在食管癌新辅助治疗中的应用进展及其对肿瘤微环境和治疗策略的启示 | 提供了评估新辅助治疗有效性的新视角，并通过单细胞水平分析揭示个体细胞差异 | 未明确提及具体研究限制，但属于技术应用综述而非实证研究 | 推动食管癌新辅助治疗策略的优化和个性化治疗发展 | 食管癌肿瘤微环境及接受新辅助治疗的患者群体 | 数字病理学 | 食管癌 | 单细胞测序（sc-seq） | NA | 转录组数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 1886 | 2025-10-06 |
Immunopipe: a comprehensive and flexible scRNA-seq and scTCR-seq data analysis pipeline
2025-Jun, NAR genomics and bioinformatics
IF:4.0Q1
DOI:10.1093/nargab/lqaf063
PMID:40391086
|
研究论文 | 开发了一个名为immunopipe的综合灵活的单细胞RNA测序和T细胞受体测序数据分析流程 | 提供了首个同时整合分析scRNA-seq和scTCR-seq数据的综合流程，并包含用户友好的网页界面 | NA | 开发单细胞测序数据分析工具以促进对T细胞介导免疫和免疫疗法的理解 | 单细胞RNA测序和T细胞受体测序数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序, 单细胞TCR测序 | NA | 单细胞测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 单细胞TCR-seq | NA | NA |
| 1887 | 2025-10-06 |
A Multimodal Spatial and Epigenomic Atlas of Human Adult Lung Topography
2025-May-23, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.05.23.655666
PMID:40475598
|
研究论文 | 构建了人类成人肺部的多模态空间和表观基因组图谱 | 整合了snRNA-seq和SNARE-seq2技术，首次在相同细胞核内同时分析染色质可及性和基因表达，并通过MERFISH空间转录组学定位了25种细胞群体 | 仅使用11名健康成年人的样本，样本规模相对有限 | 开发高分辨率肺部疾病易感空间生态位参考图谱 | 人类成人肺部组织 | 空间转录组学 | 肺部疾病 | snRNA-seq, SNARE-seq2, MERFISH, 多重免疫荧光 | NA | 单细胞核RNA测序, 染色质可及性, 空间转录组, 蛋白质标记 | 49个肺组织块，746,047个细胞核，来自11名健康成年人 | NA | 单细胞RNA-seq, 单细胞多组学, 空间转录组学 | NA | SNARE-seq2（同时检测染色质可及性和基因表达）, MERFISH（空间转录组学） |
| 1888 | 2025-10-06 |
Adhesion-Related Pathways and Functional Polarization of Astrocytes in Traumatic Brain Injury: Insights from Single-cell RNA Sequencing
2025-04-27, Neuromolecular medicine
IF:3.3Q2
DOI:10.1007/s12017-025-08858-w
PMID:40287916
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序分析创伤性脑损伤中星形胶质细胞的功能异质性和粘附相关通路的作用 | 首次系统揭示星形胶质细胞在创伤性脑损伤中的功能极化现象及粘附相关通路的关键调控作用 | 研究仅基于小鼠模型，需要人类样本验证；单细胞测序技术本身存在技术限制 | 探究创伤性脑损伤中星形胶质细胞功能异质性的调控机制 | 创伤性脑损伤小鼠模型的大脑皮层和海马体星形胶质细胞 | 单细胞测序分析 | 创伤性脑损伤 | 单细胞RNA测序 | 伪时间轨迹分析 | 单细胞RNA测序数据 | 创伤性脑损伤小鼠模型的大脑组织样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1889 | 2025-10-06 |
scooby: Modeling multi-modal genomic profiles from DNA sequence at single-cell resolution
2025-Mar-13, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.09.19.613754
PMID:39345504
|
研究论文 | 开发首个能从DNA序列建模单细胞多组学数据的框架scooby | 首个在单细胞分辨率下从序列建模scRNA-seq覆盖度和scATAC-seq插入谱的框架，通过预训练模型Borzoi和细胞特异性解码器实现 | NA | 理解调控DNA元件如何影响单个细胞的基因表达，建立统一的基因调控模型 | 造血系统数据集中的单细胞多组学数据 | 基因组学 | NA | 单细胞RNA测序, 单细胞ATAC测序 | 预训练基础模型, 细胞特异性解码器 | DNA序列, 单细胞多组学数据 | NA | NA | single-cell RNA-seq, single-cell ATAC-seq | NA | NA |
| 1890 | 2025-10-06 |
A Phase I Clinical Trial Adding OX40 Agonism to In Situ Therapeutic Cancer Vaccination in Patients with Low-Grade B-cell Lymphoma Highlights Challenges in Translation from Mouse to Human Studies
2025-Mar-03, Clinical cancer research : an official journal of the American Association for Cancer Research
IF:10.0Q1
DOI:10.1158/1078-0432.CCR-24-2770
PMID:39745391
|
研究论文 | 评估OX40激动剂联合原位癌症疫苗治疗低级别B细胞淋巴瘤的I期临床试验 | 首次在人体中测试OX40激动剂BMS986178联合TLR9激动剂SD101和低剂量放疗的协同治疗效果 | 样本量较小（14例患者），临床结果不如临床前小鼠模型理想，存在种属差异和T细胞亚群复杂性等转化障碍 | 评估T细胞共刺激受体激动剂在癌症免疫治疗中的安全性和有效性 | 低级别B细胞淋巴瘤患者 | 癌症免疫治疗 | B细胞淋巴瘤 | 流式细胞术，单细胞RNA测序 | NA | 临床数据，分子生物学数据 | 14例患者 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1891 | 2025-10-06 |
Data-driven fine-grained region discovery in the mouse brain with transformers
2025-Feb-26, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.05.05.592608
PMID:38766132
|
研究论文 | 提出一种基于Transformer的自监督空间域检测工作流程CellTransformer，用于小鼠大脑精细区域发现 | 开发了新颖的编码器-解码器架构CellTransformer，能够分层学习组织特征，并实现多百万细胞数据集的可扩展分析 | NA | 解决器官尺度空间转录组数据分析中的关键瓶颈，实现精细组织空间域的检测 | 小鼠大脑组织 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组学，自监督学习 | Transformer，编码器-解码器架构 | 空间转录组数据 | 四个个体小鼠的900万个细胞，跨越200多个组织切片 | NA | 空间转录组学，MERFISH，Slide-seqV2 | NA | NA |
| 1892 | 2025-10-06 |
Annexin A's Life in Pan-Cancer: Especially in Glioma Immune Cells
2025-02-26, Neuromolecular medicine
IF:3.3Q2
DOI:10.1007/s12017-024-08827-9
PMID:40011350
|
研究论文 | 通过整合多组学数据和单细胞测序分析，全面评估ANXA2和ANXA4在泛癌中的表达模式和功能影响，特别关注胶质母细胞瘤 | 首次系统评估ANXA家族在泛癌中的预后意义，特别关注胶质瘤免疫细胞中的表达模式，并发现ANXA2和ANXA4主要在GBM的M2巨噬细胞中表达 | 分析工具之间存在差异，需要采用多种方法才能准确识别差异表达基因 | 研究ANXA家族在癌症中的表达模式和功能影响，特别关注其在胶质瘤免疫细胞中的作用 | ANXA2和ANXA4基因，各种癌症类型，特别关注胶质母细胞瘤和低级别胶质瘤 | 生物信息学 | 胶质瘤 | 多组学数据分析，单细胞测序分析，差异表达基因分析，生存分析，共表达研究 | NA | 基因组数据，转录组数据，单细胞测序数据 | TCGA数据库中的多种癌症样本，包括胶质瘤样本 | NA | 单细胞测序，多组学分析 | NA | NA |
| 1893 | 2025-10-06 |
Single-cell and spatial transcriptomics reveal a stress-induced EMT-like epithelial subset driving immune activation in silica-injured lung
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1609616
PMID:40547038
|
研究论文 | 本研究结合单细胞RNA测序和空间转录组学揭示了二氧化硅损伤肺中应激诱导的上皮细胞亚群驱动免疫激活的机制 | 发现了一个新型的应激诱导上皮细胞亚群C0，该亚群具有上皮-间质转化样特征并能通过特定信号通路驱动免疫激活 | 研究仅基于小鼠模型，尚未在人类样本中验证 | 探究肺上皮细胞在慢性损伤过程中调节免疫反应的机制 | 二氧化硅暴露的小鼠肺部上皮细胞 | 数字病理学 | 肺疾病 | 单细胞RNA测序, 空间转录组学, 伪时序分析, CytoTRACE分析 | NA | 基因表达数据, 空间定位数据 | 二氧化硅暴露56天的小鼠肺部样本 | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | NA |
| 1894 | 2025-09-06 |
Natural killer cell subpopulations in the peripheral blood of single ventricle/hypoplastic left heart syndrome patients via single-cell RNA sequencing
2025, Experimental biology and medicine (Maywood, N.J.)
DOI:10.3389/ebm.2025.10524
PMID:40893145
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序分析单心室/左心发育不全综合征患者外周血中的自然杀伤细胞亚群 | 发现两个新的NK细胞亚群，这些亚群无法通过传统scRNA-seq流程或流式细胞术检测，并揭示了与免疫应答异质性和应激适应相关的独特基因表达谱 | 样本量较小（仅3例患者和3例健康对照），且使用去标识化样本可能限制临床相关性分析 | 探究SV/HLHS患者NK细胞的免疫学特征及其在疾病并发症中的作用 | 单心室/左心发育不全综合征患者和健康对照者的外周血单个核细胞中的自然杀伤细胞 | 免疫学 | 心血管疾病 | scRNA-seq（单细胞RNA测序） | NA | 单细胞转录组数据 | 3例SV/HLHS患者和3例健康对照的PBMC样本 | NA | NA | NA | NA |
| 1895 | 2025-09-06 |
Silencing RPL11 attenuates acute kidney injury by suppressing tubular apoptosis and macrophage-driven inflammation
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1642446
PMID:40895534
|
研究论文 | 本研究通过多组学分析和实验验证，揭示核糖体蛋白RPL11在急性肾损伤（AKI）中的关键作用及其机制 | 首次发现RPL11作为AKI核心调控因子，并开发了肾脏靶向纳米干预技术沉默RPL11 | 研究主要基于小鼠模型和细胞实验，临床转化需进一步验证 | 探究RPL11在急性肾损伤发病机制中的作用并开发治疗策略 | 小鼠肾脏组织、HK-2人肾小管上皮细胞系 | 分子病理学 | 急性肾损伤 | scRNA-seq, RNA-seq, siRNA转染, Western blotting, qPCR, 流式细胞术 | NA | 基因组数据、蛋白质数据、细胞成像数据 | 小鼠AKI模型和HK-2细胞模型（具体数量未明确说明） | NA | NA | NA | NA |
| 1896 | 2025-09-06 |
Dysregulated Immune Responses in Sepsis: Insights From Treg-Related Gene Expression
2025, Journal of inflammation research
IF:4.2Q2
DOI:10.2147/JIR.S523019
PMID:40896540
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序和机器学习方法，探索了脓毒症中调节性T细胞（Treg）的动态变化及CD82基因的新作用，并开发了一个高精度的诊断基因标志物 | 首次发现CD82在脓毒症Treg细胞中的上调表达及其免疫调节作用，并利用多数据集整合机器学习构建了七基因诊断模型 | CD82的具体作用机制尚需进一步实验验证，研究样本量有限且主要依赖公共数据库 | 阐明脓毒症中Treg细胞的免疫调节机制并寻找新的诊断标志物 | 脓毒症患者外周血样本和CLP小鼠模型 | 生物信息学 | 脓毒症 | scRNA-seq, 流式细胞术, RT-qPCR, 机器学习（SVM, LASSO, random forest） | 集成学习模型 | 基因表达数据 | 380个样本（来自三个GEO数据集）加患者和小鼠实验样本 | NA | NA | NA | NA |
| 1897 | 2025-09-06 |
Correction: Single-cell and spatial transcriptomics reveal a stress-induced EMT-like epithelial subset driving immune activation in silica-injured lung
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1671133
PMID:40909286
|
correction | 对先前发表的关于矽肺损伤肺中应激诱导EMT样上皮亚群驱动免疫激活的单细胞与空间转录组学研究进行更正 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 1898 | 2025-10-06 |
Identification of Disulfidptosis-Related Genes in Ischemic Stroke by Combining Single-Cell Sequencing, Machine Learning Algorithms, and In Vitro Experiments
2024-09-15, Neuromolecular medicine
IF:3.3Q2
DOI:10.1007/s12017-024-08804-2
PMID:39278970
|
研究论文 | 本研究通过整合单细胞测序、机器学习算法和体外实验，探索了缺血性脑卒中中双硫死亡相关基因的作用机制 | 首次将双硫死亡机制与缺血性脑卒中研究相结合，并利用多种机器学习算法识别关键基因 | 研究主要基于公共数据库数据，需要进一步实验验证 | 研究双硫死亡相关基因在缺血性脑卒中中的作用机制及其与免疫病理特征的相关性 | 缺血性脑卒中患者外周血样本和体外氧糖剥夺模型 | 生物信息学 | 缺血性脑卒中 | 单细胞测序，机器学习算法，体外细胞模型 | LASSO，随机森林，SVM-RFE | 基因表达数据，单细胞测序数据 | 来自GEO数据库的人类缺血性脑卒中患者外周血样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1899 | 2025-10-06 |
Osr1-mediated mesothelial transition of liver mesenchymal cells exacerbates fibrotic liver damage
2024-Sep-04, Molecular therapy : the journal of the American Society of Gene Therapy
IF:12.1Q1
DOI:10.1016/j.ymthe.2024.02.024
PMID:38414241
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序和体内谱系追踪揭示了肝星状细胞在肝损伤后向间皮细胞状态逆转的过程 | 首次发现肝星状细胞在损伤诱导下经历间充质-间皮细胞转变，并鉴定出关键转录因子Osr1在这一过程中的调控作用 | 研究主要基于小鼠NASH模型，在人类疾病中的适用性需要进一步验证 | 探究慢性肝病中肝纤维化的形成机制并寻找潜在治疗靶点 | 小鼠非酒精性脂肪性肝炎模型中的肝星状细胞和间皮细胞 | 单细胞生物学 | 肝纤维化 | 单细胞RNA测序, 体内谱系追踪, 双重组酶系统, 条件性基因敲除 | NA | 单细胞转录组数据 | NASH模型小鼠 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1900 | 2025-10-06 |
Graph deep learning for the characterization of tumour microenvironments from spatial protein profiles in tissue specimens
2022-12, Nature biomedical engineering
IF:26.8Q1
DOI:10.1038/s41551-022-00951-w
PMID:36357512
|
研究论文 | 利用图神经网络分析组织样本中的空间蛋白质谱以表征肿瘤微环境 | 提出基于空间蛋白质谱的局部子图建模方法，能捕捉与临床结果相关的独特细胞相互作用 | 方法验证仅限于头颈癌和结直肠癌样本，需进一步扩展验证 | 开发基于图深度学习的肿瘤微环境表征方法以预测患者预后 | 人类头颈癌和结直肠癌组织样本 | 计算机视觉 | 头颈癌,结直肠癌 | 多重免疫荧光成像 | 图神经网络(GNN) | 空间蛋白质谱图像 | NA | NA | 多重免疫荧光成像 | NA | 40重免疫荧光成像 |