单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
18961	2024-08-08	Narciclasine inhibits phospholipase A2 and regulates phospholipid metabolism to ameliorate psoriasis-like dermatitis 2022, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2022.1094375 PMID:36700214	研究论文	本文研究了Narciclasine（Ncs）对磷脂酶A2的抑制作用及其对磷脂代谢的调节，以改善银屑病样皮肤病	Ncs能够抑制角质形成细胞增殖和减少皮肤中免疫细胞的招募，通过抑制与银屑病相关的炎症介质，并直接抑制Th17细胞极化	NA	探索Narciclasine作为银屑病治疗新药的潜力	Narciclasine对银屑病样小鼠模型的治疗效果及其作用机制	NA	银屑病	转录组学和脂质组学	NA	单细胞测序数据	使用IMQ诱导的银屑病样小鼠模型进行实验
18962	2024-08-08	Comparative analysis of thoracic and abdominal aortic aneurysms across the segment and species at the single-cell level 2022, Frontiers in pharmacology IF:4.4Q1 DOI:10.3389/fphar.2022.1095757 PMID:36703732	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术比较分析了胸主动脉瘤和腹主动脉瘤在不同物种和部位的细胞亚结构和转录组特征	首次在单细胞水平上比较了胸主动脉瘤和腹主动脉瘤在人类和鼠模型中的细胞类型变化，并识别了保守的平滑肌细胞和巨噬细胞亚群	研究主要集中在鼠模型和临床患者样本，未涉及更多物种的比较	探讨使用血管紧张素II诱导的鼠模型研究人类主动脉瘤疾病的合理性和实用性	胸主动脉瘤和腹主动脉瘤在人类和鼠模型中的细胞亚结构和转录组特征	数字病理学	心血管疾病	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	包括临床患者的胸主动脉瘤和腹主动脉瘤样本以及鼠模型的健康和病变主动脉样本
18963	2024-08-08	MIF promotes cell invasion by the LRP1-uPAR interaction in pancreatic cancer cells 2022, Frontiers in oncology IF:3.5Q2 DOI:10.3389/fonc.2022.1028070 PMID:36703790	研究论文	本文研究了巨噬细胞移动抑制因子（MIF）通过LRP1-uPAR相互作用促进胰腺癌细胞侵袭的机制	揭示了MIF与uPAR之间的新关联，并解释了MIF如何增强胰腺癌细胞的侵袭能力	NA	探究MIF在胰腺癌进展中的作用及其机制	胰腺导管腺癌（PDAC）细胞	数字病理学	胰腺癌	免疫组化染色，空间转录组学，流式细胞术	NA	组织，基因表达数据	使用PDAC组织和PDAC细胞异种移植模型进行研究
18964	2024-08-08	A single-cell atlas reveals the heterogeneity of meningeal immunity in a mouse model of Methyl CpG binding protein 2 deficiency 2022, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2022.1056447 PMID:36703978	研究论文	本研究利用单细胞测序技术分析了Mecp2缺陷小鼠硬脑膜中的免疫细胞，揭示了MeCP2缺乏对脑膜免疫的影响	首次详细描述了MeCP2缺乏小鼠脑膜免疫细胞的异质性及其功能变化	NA	探讨MeCP2缺乏对脑膜免疫细胞的影响及其在Rett综合征发展中的作用	Mecp2缺陷小鼠的脑膜免疫细胞	数字病理学	神经发育障碍	单细胞测序	NA	细胞	Mecp2缺陷小鼠和对照小鼠的脑膜免疫细胞
18965	2024-08-08	Single-cell RNA sequencing reveals the molecular features of peripheral blood immune cells in children, adults and centenarians 2022, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2022.1081889 PMID:36703979	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术分析了不同年龄段（从儿童到百岁老人）外周血单个核细胞的分子特征	发现了在不同年龄段中，髓系细胞的比例和状态有显著变化，并鉴定了一种新的CD8CCR7GZMB细胞毒性T细胞亚型	NA	探究从儿童到百岁老人外周血免疫细胞的分子特征及其与年龄的关系	外周血单个核细胞（PBMCs）及其在不同年龄段的分子特征	数字病理学	自身免疫疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	包括1-12岁（G1）、20-30岁（G2）、30-60岁（G3）、60-80岁（G4）和超过110岁（G5）的多个年龄段
18966	2024-08-08	Perioperative corticosteroid treatment impairs tumor-infiltrating dendritic cells in patients with newly diagnosed adult-type diffuse gliomas 2022, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2022.1074762 PMID:36703985	研究论文	本研究探讨了围手术期皮质类固醇治疗对新诊断成人型弥漫性胶质瘤患者肿瘤浸润性树突状细胞的影响	首次揭示了皮质类固醇治疗对肿瘤浸润性树突状细胞功能障碍的影响	NA	研究皮质类固醇治疗对成人型弥漫性胶质瘤患者肿瘤浸润性树突状细胞的影响	成人型弥漫性胶质瘤患者的肿瘤浸润性树突状细胞	数字病理学	脑肿瘤	多参数流式细胞术和单细胞RNA测序	NA	细胞	NA
18967	2024-08-08	The submandibular and sublingual glands maintain oral microbial homeostasis through multiple antimicrobial proteins 2022, Frontiers in cellular and infection microbiology IF:4.6Q1 DOI:10.3389/fcimb.2022.1057327 PMID:36704102	研究论文	本研究探讨了下颌下腺和舌下腺通过多种抗菌蛋白维持口腔微生物稳态的功能	首次独立移除小鼠的下颌下腺或舌下腺，通过16S rRNA测序和蛋白质组学分析，揭示了这两种腺体在维持口腔微生物稳态中的重要作用	研究仅限于小鼠模型，且样本量较小	探究下颌下腺和舌下腺在维持口腔微生物稳态中的作用	下颌下腺和舌下腺的抗菌蛋白及其对口腔微生物稳态的影响	NA	NA	16S rRNA测序、蛋白质组学、单细胞RNA测序	NA	微生物组数据、蛋白质数据、RNA数据	6只小鼠（3只移除下颌下腺，3只移除舌下腺），3只对照组小鼠
18968	2024-08-08	Single cell RNA sequencing research in maternal fetal interface 2022, Frontiers in cell and developmental biology IF:4.6Q1 DOI:10.3389/fcell.2022.1079961 PMID:36704195	研究论文	本文分析了母胎界面中单细胞转录组学的最新研究，并提供了理解和治疗各种病理妊娠的新方向	使用单细胞测序技术，不同于提供平均数据的批量测序，能够以单细胞分辨率解释细胞和分子景观	NA	深入理解母胎界面的异质性及其对生理和病理妊娠的影响	母胎界面的细胞和分子景观	数字病理学	NA	单细胞测序	NA	转录组数据	NA
18969	2024-08-08	Inferring cell developmental stage-specific lncRNA regulation in the developing human neocortex with CDSlncR 2022, Frontiers in molecular neuroscience IF:3.5Q2 DOI:10.3389/fnmol.2022.1037565 PMID:36710930	研究论文	本文提出了一种名为CDSlncR的新型计算方法，用于推断人类新皮质发育中特定细胞发育阶段的lncRNA调控	CDSlncR结合了潜在的lncRNA-目标结合信息与单细胞转录组数据，以推断特定细胞发育阶段的lncRNA调控	先前的批量数据驱动方法主要限于探索所有细胞的lncRNA调控，而不是特定于细胞发育阶段的lncRNA调控	研究特定细胞发育阶段的lncRNA调控	人类新皮质发育中的lncRNA调控	生物信息学	自闭症谱系障碍	单细胞测序	CDSlncR	转录组数据	涉及人类新皮质不同发育阶段的单细胞转录组数据
18970	2024-08-05	Identification of long noncoding RNA NEAT1 as a key gene involved in the extramedullary disease of multiple myeloma by bioinformatics analysis 2023-Dec, Hematology (Amsterdam, Netherlands) DOI:10.1080/16078454.2022.2164449 PMID:36657019	研究论文	本研究通过生物信息学分析确定长非编码RNA NEAT1在多发性骨髓瘤的髓外疾病中作为关键基因	研究发现长非编码RNA NEAT1可能成为髓外疾病的潜在生物标志物	本研究未能确定NEAT1基因表达与多发性骨髓瘤患者的总生存期和无进展生存期的关系	探讨长非编码RNA在多发性骨髓瘤髓外疾病中的作用	多发性骨髓瘤患者的髓内和髓外细胞样本	数字病理学	多发性骨髓瘤	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	6个多发性骨髓瘤患者（3对）
18971	2024-08-08	CTLA-4 inhibition facilitates follicular T and B cell interaction and the production of tumor-specific antibodies 2023-05-01, International journal of cancer IF:5.7Q1 DOI:10.1002/ijc.34438 PMID:36650700	研究论文	研究通过单细胞RNA测序分析了CTLA-4抑制剂在小鼠同基因肿瘤移植模型中对免疫细胞景观的影响	首次全面展示了CTLA-4抑制后肿瘤内免疫微环境的改变，并揭示了肿瘤特异性B细胞在抗肿瘤免疫中的作用	NA	探讨CTLA-4抑制剂对肿瘤内免疫细胞相互作用及肿瘤特异性抗体产生的影响	小鼠同基因肿瘤移植模型中的免疫细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	小鼠同基因肿瘤移植模型
18972	2024-08-05	High-Resolution Analysis of Mononuclear Phagocytes Reveals GPNMB as a Prognostic Marker in Human Colorectal Liver Metastasis 2023-04-03, Cancer immunology research IF:8.1Q1 DOI:10.1158/2326-6066.CIR-22-0462 PMID:36652202	研究论文	本研究通过对单核吞噬细胞的高分辨率分析，揭示了GPNMB作为人类结直肠肝转移的预后标志物。	本研究识别了与结直肠肝转移相关的两种具有不同临床相关性的巨噬细胞标志物，并揭示了它们在免疫基于患者分层工具中的潜在应用。	本研究的局限性在于尚未深入探讨这些巨噬细胞标志物的生物学机制。	研究的目的在于改善结直肠肝转移患者的分类和治疗效果。	研究对象为人类结直肠肝转移中的单核吞噬细胞及其标志物。	数字病理学	结直肠癌	单细胞分析	NA	NA	在患者队列中高浸润的SERPINB2+细胞及GPNMB+细胞的分析
18973	2024-08-05	Intermittent protein restriction improves glucose homeostasis in Zucker diabetic fatty rats and single-cell sequencing reveals distinct changes in β cells 2023-04, The Journal of nutritional biochemistry IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.jnutbio.2023.109275 PMID:36669706	研究论文	本文探讨了间歇性蛋白限制（IPR）对Zucker糖尿病肥胖大鼠的糖尿病干预效果	研究表明IPR可以改善糖尿病大鼠的血糖调节，并促进β细胞的增殖和保护	没有提及具体的临床试验数据或与人类患者的比较	研究间歇性蛋白限制在糖尿病管理中的效果	Zucker糖尿病肥胖（ZDF）大鼠	数字病理学	糖尿病	单细胞RNA测序	NA	RNA数据	使用了ZDF大鼠的分离胰岛
18974	2024-08-05	DIST: spatial transcriptomics enhancement using deep learning 2023-03-19, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbad013 PMID:36653906	研究论文	此文章提出了一种基于深度学习的DIST方法，用于增强空间转录组学的基因表达测量	文章创新地利用自监督学习和迁移学习来改善基因表达的表达质量和深度	文章未提及特定的限制条件	研究旨在通过新的方法提升空间转录组学的基因表达数据的质量	研究对象为转录组测量中的基因表达数据	数字病理学	NA	深度学习	NA	基因表达数据	NA
18975	2024-08-08	Context-dependent gene regulatory network reveals regulation dynamics and cell trajectories using unspliced transcripts 2023-03-19, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbac633 PMID:36653899	研究论文	本文提出构建基于单细胞RNA测序数据的上下文依赖基因调控网络（CDGRNs），利用剪接和未剪接转录本的表达水平，揭示基因调控动态和细胞分化轨迹	本文创新性地将基因调控网络分解为对应不同转录组上下文的子网络，并通过高斯混合模型推断转录因子和目标基因的共识活性调控对	NA	研究目的是揭示基因调控网络在不同细胞类型中的动态变化及其与细胞分化的关系	研究对象包括基因调控网络、转录因子和目标基因、细胞分化轨迹	基因调控	NA	单细胞RNA测序	高斯混合模型	转录本表达数据	NA
18976	2024-08-08	Length biases in single-cell RNA sequencing of pre-mRNA 2023-Mar-08, Biophysical reports IF:2.4Q3 DOI:10.1016/j.bpr.2022.100097 PMID:36660179	研究论文	本文探讨了单细胞RNA测序数据中前体mRNA长度的偏差问题，并提出了一种基于长度的捕获偏差模型来解释这一现象	提出了一个基于长度的捕获偏差模型，用于解释单细胞RNA测序数据中前体mRNA长度的偏差	需要仔细评估噪声源以进行定量推断	研究单细胞RNA测序数据中的前体mRNA长度偏差及其对数据解释的影响	单细胞RNA测序数据中的前体mRNA长度偏差	基因组学	NA	单细胞RNA测序	马尔可夫链	RNA测序数据	NA
18977	2024-08-05	CHRNA1 and its correlated-myogenesis/cell cycle genes are prognosis-related markers of metastatic melanoma 2023-Mar, Biochemistry and biophysics reports IF:2.3Q3 DOI:10.1016/j.bbrep.2023.101425 PMID:36654921	研究论文	研究发现与转移性黑色素瘤相关的CHRNs及其基因在预后中起重要作用	通过生物信息学分析识别出与转移性黑色素瘤相关的重要CHRNs及其相关基因	未具体说明具体样本数量及研究范围的限制	探讨CHRNs及其相关基因在转移性黑色素瘤中的作用	转移性黑色素瘤样本及相关基因	数字病理学	黑色素瘤	RNA-seq	NA	RNA测序数据	NA
18978	2024-08-08	Systematic single-cell dissecting reveals heterogeneous oncofetal reprogramming in the tumor microenvironment of gastric cancer 2023-Mar, Human cell IF:3.4Q3 DOI:10.1007/s13577-023-00856-z PMID:36662371	研究论文	本研究利用非负矩阵分解（NMF）算法对胃癌（GC）的单细胞RNA测序数据进行分析，揭示了肿瘤微环境中不同细胞类型的异质性癌胎儿重编程。	首次系统地分析了胃癌肿瘤微环境中癌胎儿重编程的异质性，并确定了新的癌胎儿细胞亚型作为胃癌患者的预后因子和免疫检查点阻断的预测因子。	NA	研究胃癌肿瘤微环境中癌胎儿重编程的异质性及其对细胞功能和患者预后的影响。	胃癌肿瘤微环境中的癌相关成纤维细胞（CAFs）、肿瘤相关内皮细胞（TECs）和肿瘤相关巨噬细胞（TAMs）。	数字病理学	胃癌	单细胞RNA测序	非负矩阵分解（NMF）	RNA测序数据	大样本量的胃癌患者
18979	2024-08-05	Integrated single-cell profiling dissects cell-state-specific enhancer landscapes of human tumor-infiltrating CD8+ T cells 2023-02-16, Molecular cell IF:14.5Q1 DOI:10.1016/j.molcel.2022.12.029 PMID:36657444	研究论文	本文通过单细胞染色质分析揭示了人类肿瘤浸润CD8+ T细胞的细胞状态特异性增强子景观	本研究识别了四种癌症类型中功能性和功能障碍CD8 TIL状态的基因调控景观，并揭示了增强子-启动子相互作用及其在TIL功能障碍中的共同染色质轨迹	对人类肿瘤浸润淋巴细胞的异质性功能和功能障碍状态的转录调控仍未完全了解	本研究旨在揭示人类肿瘤浸润淋巴细胞中的细胞状态特异性基因调控线索	研究对象为人类肿瘤浸润的CD8+ T细胞	数字病理学	肿瘤	CRISPR	NA	单细胞RNA-seq数据	覆盖四种癌症类型的多个肿瘤实体匹配样本
18980	2024-08-05	Type 2 diabetes candidate genes, including PAX5, cause impaired insulin secretion in human pancreatic islets 2023-02-15, The Journal of clinical investigation IF:13.3Q1 DOI:10.1172/JCI163612 PMID:36656641	研究论文	本研究识别了与2型糖尿病（T2D）相关的人类胰腺岛候选基因，揭示了其对胰岛素分泌的影响	首次发现PAX5等新基因在2型糖尿病的胰岛素分泌损伤中的关键作用	研究主要基于人类胰腺岛细胞，缺乏对其他组织或细胞类型的验证	研究识别与2型糖尿病相关的候选基因及其在病理生理学中的作用	约300个个体的人类胰腺岛	数字病理学	2型糖尿病	单细胞RNA测序	小鼠基因敲除模型	基因表达数据	约300个个体的人类胰腺岛样本