单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 27818 篇文献，本页显示第 18961 - 18980 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 18961 | 2024-08-08 |
GSDME-mediated pyroptosis promotes the progression and associated inflammation of atherosclerosis
2023-02-18, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-023-36614-w
PMID:36807553
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研究论文 | 本研究通过生成ApoE和GSDME双缺陷小鼠模型，探讨GSDME介导的焦亡在动脉粥样硬化进展及其相关炎症中的作用。 | 首次揭示了GSDME在动脉粥样硬化中的作用及其通过STAT3的转录调控机制。 | NA | 研究GSDME介导的焦亡在动脉粥样硬化进展中的作用及其潜在治疗价值。 | ApoE和GSDME双缺陷小鼠模型，以及人动脉粥样硬化单细胞转录组。 | 心血管疾病 | 动脉粥样硬化 | 单细胞转录组分析 | NA | 转录组数据 | ApoE和GSDME双缺陷小鼠，人动脉粥样硬化样本 |
| 18962 | 2024-08-08 |
Transcriptional heterogeneity in human diabetic foot wounds
2023-Feb-18, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.02.16.528839
PMID:36824808
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研究论文 | 本文通过单细胞RNA测序分析了非糖尿病和糖尿病患者的慢性足溃疡，揭示了糖尿病足溃疡中转录变化的机制 | 首次通过单细胞RNA测序揭示了糖尿病足溃疡中的转录变化，包括角质形成细胞分化减少、成纤维细胞功能和谱系改变以及巨噬细胞代谢、炎症和细胞外基质生产缺陷 | NA | 探究糖尿病足溃疡的细胞和分子机制 | 非糖尿病和糖尿病患者的慢性足溃疡 | 数字病理学 | 糖尿病 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 超过400万美国患者和全球超过700万患者的数据 |
| 18963 | 2024-08-08 |
Stepwise fate conversion of supporting cells to sensory hair cells in the chick auditory epithelium
2023-Feb-17, iScience
IF:4.6Q1
DOI:10.1016/j.isci.2023.106046
PMID:36818302
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研究论文 | 本文通过单细胞RNA测序研究了鸡基底乳头在毛细胞再生过程中支持细胞向毛细胞的命运转换机制 | 本文首次通过单细胞RNA测序揭示了支持细胞向毛细胞命运转换的动态基因表达变化和伪时间轨迹分析 | NA | 确定支持细胞向毛细胞转换的机制 | 鸡基底乳头中的支持细胞和毛细胞 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA |
| 18964 | 2024-08-08 |
A quantitative evaluation of topological motifs and their coupling in gene circuit state distributions
2023-Feb-17, iScience
IF:4.6Q1
DOI:10.1016/j.isci.2023.106029
PMID:36824273
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研究论文 | 本文提出了一种新的计算框架，用于系统地、高通量地定量评估转录调控电路模体及其耦合对动态生物系统功能的影响 | 该框架能够识别四节点基因电路、电路模体及其耦合，这些是导致各种基因表达状态分布的原因，包括从单细胞RNA测序数据中得出的分布 | NA | 旨在更好地理解基因调控机制在创建和维持细胞状态中的作用 | 转录调控电路模体及其耦合对动态生物系统功能的影响 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA |
| 18965 | 2024-08-08 |
E2F1 Mediates SOX17 Deficiency-Induced Pulmonary Hypertension
2023-Feb-16, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.02.15.528740
PMID:36824855
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研究论文 | 研究探讨了SOX17缺乏在肺动脉高压（PH）发展中的作用及其机制 | 首次报道了SOX17基因变异在特发性肺动脉高压（PAH）发病机制中的具体作用 | 研究主要基于小鼠模型和人类肺组织样本，可能需要更多临床数据验证 | 探究SOX17缺乏在肺动脉高压发展中的作用 | 人类肺组织、内皮细胞及Sox17基因敲除小鼠 | NA | 肺动脉高压 | 单细胞RNA测序分析 | NA | 细胞 | 包括IPAH患者的肺组织和内皮细胞，以及Sox17基因敲除小鼠 |
| 18966 | 2024-08-08 |
The pseudokinase Trib1 regulates the transition of exhausted T cells to a KLR + CD8 + effector state and its deletion improves checkpoint blockade
2023-Feb-16, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.02.16.528833
PMID:36824931
|
研究论文 | 研究通过删除伪激酶Trib1，调节耗竭T细胞向KLR+ CD8+效应状态的转变，并改善检查点阻断疗法的效果 | 首次证明删除伪激酶Trib1可以促进耗竭T细胞向KLR+ CD8+效应状态的转变，并增强检查点抑制剂疗法的效果 | NA | 研究调节耗竭T细胞向效应状态转变的分子机制，并探索其对检查点阻断疗法的影响 | 耗竭T细胞及其向效应状态的转变 | 免疫学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq）、流式细胞术、RNA速度分析和单细胞T细胞受体测序（scTCR-seq） | NA | 细胞 | 具体样本数量未在摘要中提及 |
| 18967 | 2024-08-08 |
Cell type-specific Interaction Analysis using Doublets in scRNA-seq (CIcADA)
2023-Feb-15, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.02.13.528326
PMID:36824707
|
研究论文 | 本文开发了一种名为CIcADA的分析流程，用于在单细胞RNA测序数据中识别和分析生物学上的双细胞 | CIcADA通过多标签细胞类型评分识别潜在的双细胞，并通过与相同细胞类型组成的合成双细胞进行比较，来表征相互作用动态 | NA | 开发一种新的分析方法，用于在单细胞RNA测序数据中识别和分析双细胞，以揭示细胞间的相互作用和细胞过程 | 单细胞RNA测序数据中的双细胞 | 生物信息学 | 肿瘤 | scRNA-seq | NA | RNA测序数据 | 多个肿瘤单细胞RNA测序数据集 |
| 18968 | 2024-08-08 |
Differential Expression of LLT1, SLAM Receptors CS1 and 2B4 and NCR Receptors NKp46 and NKp30 in Pediatric Acute Lymphoblastic Leukemia (ALL)
2023-Feb-15, International journal of molecular sciences
IF:4.9Q2
DOI:10.3390/ijms24043860
PMID:36835271
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研究论文 | 研究分析了LLT1、SLAM受体CS1和2B4以及NCR受体NKp46和NKp30在儿童急性淋巴细胞白血病（ALL）中的表达差异 | 首次通过单细胞RNA测序数据分析了这些免疫受体在ALL患者中的表达模式，并观察到化疗前后表达的变化 | 样本量相对较小，且仅限于特定数据门户的数据 | 探讨特定免疫受体在儿童急性淋巴细胞白血病中的表达差异及其在免疫监视中的作用 | LLT1、CS1、2B4、NKp30和NKp46在ALL患者中的表达 | NA | 白血病 | 单细胞RNA测序 | NA | mRNA和细胞表面蛋白 | 42名ALL患儿和20名健康儿童 |
| 18969 | 2024-08-05 |
Unraveling Spatial Gene Associations with SEAGAL: a Python Package for Spatial Transcriptomics Data Analysis and Visualization
2023-Feb-13, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.02.13.528331
PMID:36824948
|
研究论文 | 本研究介绍了一个名为SEAGAL的Python软件包，用于空间转录组学数据分析与可视化 | SEAGAL能有效检测与可视化空间基因相关性，填补了传统共表达分析在单基因和基因集合水平的信息利用不足 | NA | 开发一个工具，通过空间转录组学数据分析空间基因关联 | 空间转录组数据集，包括基因表达和对齐的空间坐标 | 数字病理学 | NA | 空间转录组学 | NA | 基因表达数据 | NA |
| 18970 | 2024-08-05 |
SINFONIA: Scalable Identification of Spatially Variable Genes for Deciphering Spatial Domains
2023-02-13, Cells
IF:5.1Q2
DOI:10.3390/cells12040604
PMID:36831270
|
研究论文 | 本文提出了一种名为SINFONIA的新方法，用于识别空间变异基因。 | SINFONIA通过集成策略提供了一种可扩展的方法来识别空间变异基因，并能无缝集成到现有分析工作流程中。 | 尽管SINFONIA表现优越，但仍需验证在其他类型的空间转录组数据中的通用性。 | 研究目标是提高对空间转录组学中空间变异基因的识别能力。 | 使用15个不同协议生成的空间转录组数据集进行评估。 | 数字病理学 | NA | 空间转录组学 | 集成策略 | 转录组数据 | 15个空间转录组数据集 |
| 18971 | 2024-08-08 |
The Application of Single-Cell RNA Sequencing in the Inflammatory Tumor Microenvironment
2023-02-10, Biomolecules
IF:4.8Q1
DOI:10.3390/biom13020344
PMID:36830713
|
研究论文 | 本文总结了单细胞RNA测序（scRNA-seq）在炎症性肿瘤微环境（TME）中的应用 | scRNA-seq能够检测单个细胞水平的转录水平，揭示浸润免疫细胞和癌细胞的异质性和进化轨迹 | NA | 解释肿瘤的启动和进展，并指导抗癌免疫治疗 | 炎症性肿瘤微环境中的细胞组成和功能 | 数字病理学 | 肿瘤 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 转录组数据 | NA |
| 18972 | 2024-08-08 |
Identification of an Autophagy-Related Signature for Prognosis and Immunotherapy Response Prediction in Ovarian Cancer
2023-02-09, Biomolecules
IF:4.8Q1
DOI:10.3390/biom13020339
PMID:36830707
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研究论文 | 本研究通过分析卵巢癌患者的基因转录组数据，识别与自噬相关的预后标志物，并探讨其对免疫治疗反应的预测价值 | 首次筛选出与卵巢癌预后和免疫治疗反应相关的自噬核心基因，并构建了自噬相关预后标志物 | 需要更多的验证来确认自噬相关标志物的预测准确性 | 探索自噬相关基因作为卵巢癌预后标志物和免疫治疗反应预测因子的可行性 | 卵巢癌患者的基因转录组数据和免疫微环境 | 数字病理学 | 卵巢癌 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq）、免疫组化（IHC）、基因集富集分析（GSEA）、ESTIMATE和CIBERSORT分析 | 机器学习、逐步Cox回归和LASSO-Cox分析 | 基因转录组数据 | 374名卵巢癌患者和7名卵巢癌患者的单细胞RNA测序数据 |
| 18973 | 2024-08-05 |
The "3Ds" of Growing Kidney Organoids: Advances in Nephron Development, Disease Modeling, and Drug Screening
2023-02-08, Cells
IF:5.1Q2
DOI:10.3390/cells12040549
PMID:36831216
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综述 | 本文概述了肾脏类器官的研究进展，重点关注肾小管的发育、疾病建模和药物筛选 | 文章介绍了利用微流控生物反应器、单细胞转录组学和生物信息学分析加速发展肾脏类器官的技术进展 | 尽管取得了一些进展，仍面临将肾脏类器官应用于肾脏替代疗法的显著挑战 | 探讨肾脏类器官在肾脏发育、疾病建模和个性化药物筛选中的应用 | 研究对象包括从干细胞和患者细胞衍生出的肾脏类器官 | 数字病理学 | 肾脏疾病 | 微流控培养技术、单细胞转录组学 | 肾脏类器官 | NA | NA |
| 18974 | 2024-08-08 |
Transcriptome analysis creates a new era of precision medicine for managing recurrent hepatocellular carcinoma
2023-Feb-07, World journal of gastroenterology
IF:4.3Q1
DOI:10.3748/wjg.v29.i5.780
PMID:36816628
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综述 | 本文综述了转录组分析技术在管理复发性肝细胞癌中的应用，包括实时定量逆转录PCR、微阵列和RNA测序等方法，以及单细胞RNA测序技术在研究癌细胞与免疫环境相互作用中的革命性作用 | 单细胞RNA测序技术的发展为研究癌细胞与免疫环境的复杂相互作用提供了新的视角，有助于进一步探索不同免疫细胞在肝细胞癌复发中的作用及潜在治疗靶点的识别 | NA | 总结转录组分析在复发性肝细胞癌诊断、监测和治疗中的主要发现和见解 | 复发性肝细胞癌的病理机制、诊断、监测和治疗 | 数字病理学 | 肝细胞癌 | 转录组分析技术，包括实时定量逆转录PCR、微阵列、RNA测序和单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | NA |
| 18975 | 2024-08-08 |
Identification and Biological Validation of a Chemokine/Chemokine Receptor-Based Risk Model for Predicting Immunotherapeutic Response and Prognosis in Head and Neck Squamous Cell Carcinoma
2023-Feb-07, International journal of molecular sciences
IF:4.9Q2
DOI:10.3390/ijms24043317
PMID:36834729
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研究论文 | 本研究旨在建立一个基于趋化因子/趋化因子受体的风险模型，以改善头颈鳞状细胞癌患者的免疫治疗反应和预后 | 开发了一个基于六个基因的趋化因子/趋化因子受体风险模型，通过LASSO Cox分析对患者进行分层，并在多个维度上验证了筛选出的基因 | NA | 建立一个基于趋化因子/趋化因子受体的风险模型，以预测头颈鳞状细胞癌患者的免疫治疗反应和预后 | 头颈鳞状细胞癌患者 | NA | 头颈鳞状细胞癌 | RT-qPCR, scRNA-seq | LASSO Cox分析 | 基因数据 | TCGA-HNSCC队列中的患者 |
| 18976 | 2024-08-08 |
Neonatal Plasma Exosomes Contribute to Endothelial Cell-Mediated Angiogenesis and Cardiac Repair after Acute Myocardial Infarction
2023-Feb-06, International journal of molecular sciences
IF:4.9Q2
DOI:10.3390/ijms24043196
PMID:36834610
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研究论文 | 研究探讨了新生儿血浆外泌体在急性心肌梗死后通过内皮细胞介导的血管生成和心脏修复中的作用 | 构建了外泌体配体与心脏内皮细胞之间的系统性通信网络，揭示了28种外泌体配体通过识别五种心脏内皮细胞受体促进血管生成的效果 | NA | 探索急性心肌梗死后新生儿血浆外泌体在心脏修复中的作用及其机制 | 新生儿血浆外泌体、心脏内皮细胞及急性心肌梗死后的心脏修复 | 数字病理学 | 心血管疾病 | 蛋白质组学和单细胞转录组学分析 | NA | 蛋白质和转录组数据 | 新生儿小鼠血浆外泌体及成年小鼠心脏组织 |
| 18977 | 2024-08-05 |
Contribution of Retrotransposons to the Pathogenesis of Type 1 Diabetes and Challenges in Analysis Methods
2023-Feb-04, International journal of molecular sciences
IF:4.9Q2
DOI:10.3390/ijms24043104
PMID:36834511
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综述 | 本文回顾了反转录转座子在1型糖尿病发病机制中的作用及分析方法的挑战 | 探讨了病毒和反转录转座子在1型糖尿病易感性中的作用，提出了它们可能为遗传易感性与环境因素之间的缺失环节 | 对反转录转座子分析方法的挑战进行了探讨，但未提供具体的解决方案 | 研究反转录转座子与1型糖尿病之间的关系 | 反转录转座子、人内源性逆转录病毒和非长末端重复反转录转座子 | 数字病理学 | 1型糖尿病 | 单细胞转录组学 | NA | 基因组数据 | NA |
| 18978 | 2024-08-08 |
Preparation of a Non-Cardiomyocyte Cell Suspension for Single-Cell RNA Sequencing from a Post-Myocardial Infarction Adult Mouse Heart
2023-02-03, Journal of visualized experiments : JoVE
DOI:10.3791/64290
PMID:36805629
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研究论文 | 本文介绍了一种从心肌梗死后成年小鼠心脏中制备非心肌细胞悬液用于单细胞RNA测序的实验方案 | 设计了一种改进的实验方案，通过选择温和的消化酶、控制消化时间和应用荧光激活细胞分选（FACS）来提高细胞活力 | NA | 研究心肌梗死后心脏微环境 | 非心肌细胞 | 数字病理学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 细胞 | 心肌梗死后成年小鼠心脏中的非心肌细胞 |
| 18979 | 2024-08-05 |
A combined analysis of bulk and single-cell sequencing data reveals metabolic enzyme, pyruvate dehydrogenase E1 subunit beta (PDHB), as a prediction biomarker for the tumor immune response and immunotherapy
2023-Feb, Heliyon
IF:3.4Q1
DOI:10.1016/j.heliyon.2023.e13456
PMID:36816316
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研究论文 | 本研究通过综合生物信息学分析，揭示了代谢酶丙酮酸脱氢酶E1亚基β（PDHB）作为肿瘤免疫反应和免疫疗法的预测生物标志物 | 本文首次系统性地研究了PDHB在多种人类癌症中的表达异常及其与患者预后的相关性 | 研究主要基于已有数据库的生物信息学分析，缺乏临床实验验证 | 探索PDHB在肿瘤免疫反应和预测免疫疗法响应中的潜在作用 | 研究对象包括多种人类癌症以及肾透明细胞癌和肾乳头状细胞癌患者 | 数字病理学 | 肾癌 | 生物信息学分析 | NA | 临床数据 | 多个癌症数据集中的患者临床数据，具体样本大小未详细说明 |
| 18980 | 2024-08-05 |
Single-cell transcriptome sequencing of macrophages in common cardiovascular diseases
2023-02-01, Journal of leukocyte biology
IF:3.6Q2
DOI:10.1093/jleuko/qiac014
PMID:36822177
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综述 | 本文总结了单细胞转录组测序在常见心血管疾病中研究巨噬细胞变化的应用 | 强调了单细胞RNA测序在发现巨噬细胞异质性方面的优势 | 未涉及具体实验结果，聚焦于已有研究的综述 | 深入了解巨噬细胞在心血管疾病中的功能和特征 | 研究了动脉粥样硬化、心肌梗死和心力衰竭等常见心血管疾病中的巨噬细胞变化 | 数字病理学 | 心血管疾病 | 单细胞转录组测序 | NA | NA | NA |