单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 27536 篇文献，本页显示第 18921 - 18940 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 18921 | 2024-08-08 |
Single-cell RNA sequencing reveals homogeneous transcriptome patterns and low variance in a suspension CHO-K1 and an adherent HEK293FT cell line in culture conditions
2023-Feb-20, Journal of biotechnology
IF:4.1Q2
DOI:10.1016/j.jbiotec.2023.01.006
PMID:36708997
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研究论文 | 本研究使用全长覆盖的单细胞RNA测序技术，比较了悬浮CHO-K1和贴壁HEK293FT细胞在标准化和均质培养条件下的转录组多样性 | 首次详细分析了在标准化培养条件下，悬浮CHO-K1和贴壁HEK293FT细胞的单细胞转录组模式和变异 | 研究主要集中在细胞周期对转录组变异的影响，未深入探讨其他潜在的环境因素 | 探究重组哺乳动物宿主细胞系在工业生产治疗性蛋白质中的转录组多样性和变异机制 | 悬浮CHO-K1和贴壁HEK293FT细胞 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 转录组数据 | 四个96孔板的CHO-K1单细胞 |
| 18922 | 2024-08-08 |
The Transcriptional Response to Lung-Targeting Lipid Nanoparticles in Vivo
2023-02-08, Nano letters
IF:9.6Q1
DOI:10.1021/acs.nanolett.2c04479
PMID:36701517
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研究论文 | 研究了带电脂质纳米粒子（LNPs）在肺部递送mRNA时的转录反应 | 首次详细研究了带电LNPs在肺部递送mRNA时的生物学反应，并使用单细胞RNA测序技术进行了转录组分析 | 研究仅限于特定的137种LNPs和19种细胞类型，可能无法完全代表所有LNPs的反应 | 评估带电LNPs在肺部递送mRNA时的细胞反应差异 | 137种LNPs和19种细胞类型 | 生物技术 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 835条潜在通路中，27条在肺部上调，其中19条与RNA或蛋白质代谢相关 |
| 18923 | 2024-08-05 |
Endoderm-derived islet1-expressing cells differentiate into endothelial cells to function as the vascular HSPC niche in zebrafish
2023-02-06, Developmental cell
IF:10.7Q1
DOI:10.1016/j.devcel.2022.12.013
PMID:36693371
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研究论文 | 本研究揭示了内源性islet1表达细胞如何分化为内皮细胞并在斑马鱼中作为血管HSPC生态位的功能 | 发现内源性islet1表达细胞是 venous 内皮细胞的前体，从而揭示了内皮细胞的特殊化与其来源之间的关系 | 研究仅局限于斑马鱼胚胎，尚未验证在其他物种中的普适性 | 探讨内皮细胞如何获得其特定功能及其在血液干细胞生态位中的角色 | 以斑马鱼胚胎中的内源性islet1表达细胞为研究对象 | 数字病理学 | NA | 活体成像、单细胞转录组学 | NA | 单细胞RNA测序数据 | 斑马鱼胚胎样本数不明确 |
| 18924 | 2024-08-08 |
BLTSA: pseudotime prediction for single cells by branched local tangent space alignment
2023-02-03, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btad054
PMID:36692140
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研究论文 | 本文提出了一种名为BLTSA的方法，用于推断多分支轨迹中单细胞的伪时间 | BLTSA方法通过识别轨迹中的尖端和分支细胞，并基于局部欧几里得邻域确定局部坐标，最后通过对齐局部坐标来获得所有单细胞的全局坐标，从而在处理单细胞数据的高噪声水平方面具有优势 | NA | 研究基于基因表达模式的细胞分化轨迹中的细胞伪时间计算推断方法 | 单细胞RNA测序数据中的细胞动态过程 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 四个模拟数据集和五个真实数据集 |
| 18925 | 2024-08-05 |
Roadmap of the Early Events of In Vivo Somatic Cell Reprogramming
2023-02, Cellular reprogramming
IF:1.2Q4
DOI:10.1089/cell.2022.0160
PMID:36695734
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研究论文 | 本研究揭示了小鼠胰腺在部分重编程过程中转录动态的早期事件 | 研究发现胰腺中部分重编程后的转录组特征在多种组织中存在保守途径，指向早期重编程、再生和年轻化的关键过程 | NA | 探讨体内体细胞重编程的早期事件及其转录动态 | 小鼠胰腺及其他组织在OSKM诱导下的转录组特征 | 生物医学 | NA | 单细胞转录组学和成像技术 | NA | 转录组数据 | 小鼠胰腺样本 |
| 18926 | 2024-08-08 |
Increased CYR61 expression activates CCND1/c-Myc pathway to promote nasal epithelial cells proliferation in chronic rhinosinusitis with nasal polyps
2023-02, Clinical immunology (Orlando, Fla.)
DOI:10.1016/j.clim.2023.109235
PMID:36681101
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研究论文 | 本研究探讨了CYR61、CCND1和c-Myc在慢性鼻窦炎伴鼻息肉（CRSwNP）中的表达及其作用 | 发现CYR61通过上调CCND1和c-Myc水平促进鼻上皮细胞增殖，并能与ITGA2相互作用 | NA | 探索CYR61、CCND1和c-Myc在CRSwNP中的表达及其对鼻上皮细胞增殖的影响 | CYR61、CCND1、c-Myc以及鼻上皮细胞 | NA | 慢性鼻窦炎伴鼻息肉 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq）、免疫组织化学、实时PCR、双标记免疫荧光染色 | NA | 单细胞RNA测序数据 | 鼻组织样本及人鼻上皮细胞（HNEC） |
| 18927 | 2024-08-05 |
Next-Generation Morphometry for pathomics-data mining in histopathology
2023-01-28, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-023-36173-0
PMID:36709324
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研究论文 | 本文开发了一个用于历史病理学的形态度量大规模提取框架，利用深度学习进行语义分割及定量特征提取 | 引入了单结构形态度量分析，结合单细胞转录组学技术，揭示了不同的肾小球群体和在疾病进展中的形态表型 | 使用的样本主要集中在肾脏组织，可能不适用于其他器官的病理分析 | 旨在开发用于大规模历史病理学数据挖掘的下一代形态度量概念 | 分析超过1000例肾脏活检和肾切除术样本 | 数字病理学 | NA | 深度学习 | NA | 组织病理切片 | 超过1000例肾脏活检和肾切除术样本 |
| 18928 | 2024-08-08 |
NF-YAl drives EMT in Claudinlow tumours
2023-01-28, Cell death & disease
IF:8.1Q1
DOI:10.1038/s41419-023-05591-9
PMID:36707502
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研究论文 | 本文探讨了NF-YAl在Claudin低表达肿瘤中驱动上皮-间质转化（EMT）的作用 | 定义并验证了与NF-YAr相关的158个基因的预测签名，并确定了与NF-YA异构体相关的特定剪接因子 | NA | 探索NF-YAl和NF-YAs在乳腺癌和胃癌中的作用及其对EMT的影响 | NF-YAl和NF-YAs在乳腺癌（BRCA）和胃癌（STAD）中的表达及其对肿瘤迁移和转移的影响 | 数字病理学 | 乳腺癌, 胃癌 | scRNA-seq | NA | 基因表达数据 | 涉及两个Claudin乳腺癌细胞系SUM159PT和BT549的克隆 |
| 18929 | 2024-08-08 |
Improved downstream functional analysis of single-cell RNA-sequence data using DGAN
2023-01-28, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-023-28952-y
PMID:36709340
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研究论文 | 本文介绍了一种名为DGAN的深度生成自编码器网络，用于改进单细胞RNA测序数据的下游功能分析 | DGAN能够有效填补单细胞RNA测序数据中的缺失值，提高下游功能分析的准确性 | NA | 开发一种高效且稳健的单细胞RNA测序数据插补方法，以改善下游功能分析结果 | 单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 深度生成自编码器网络 | 基因表达矩阵 | 五个公开可用的单细胞RNA测序数据集 |
| 18930 | 2024-08-05 |
Highly efficient and robust π-FISH rainbow for multiplexed in situ detection of diverse biomolecules
2023-01-27, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-023-36137-4
PMID:36707540
|
研究论文 | 开发了一种高效且稳健的多重π-FISH彩虹方法，用于检测多种生物分子 | 该研究介绍了一种新型的π-FISH彩虹方法，能够高效且同时检测多种生物分子，并实现了与杂交链反应的结合 | NA | 提供一种稳健的生物分子原位检测技术，以支持空间多组学研究和临床诊断 | 检测多种生物分子（如DNA、RNA、蛋白质和神经递质）的表达 | 数字病理学 | 前列腺癌 | π-FISH彩虹 | NA | NA | NA |
| 18931 | 2024-08-05 |
Single-cell spatial explorer: easy exploration of spatial and multimodal transcriptomics
2023-Jan-27, BMC bioinformatics
IF:2.9Q1
DOI:10.1186/s12859-023-05150-1
PMID:36707753
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研究论文 | 介绍了一种用于空间转录组学的开源软件Single-Cell Spatial Explorer | 提供了一种用户友好且功能强大的工具，支持空间转录组数据集的多模态探索 | 目前缺少用户友好、强大且免费的算法工具来直观分析空间转录组数据集 | 开发一种便于分析空间转录组学数据的工具 | 使用9个来自4种不同技术的人类和小鼠组织数据集进行示例 | 数字病理学 | NA | 空间转录组学 | NA | 数据集 | 9个组织数据集 |
| 18932 | 2024-08-08 |
Single-cell dissection of cellular and molecular features underlying human cervical squamous cell carcinoma initiation and progression
2023-01-27, Science advances
IF:11.7Q1
DOI:10.1126/sciadv.add8977
PMID:36706185
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析了76,911个来自13个不同恶性阶段的人类宫颈组织样本的细胞，揭示了宫颈鳞状细胞癌（CESC）起始和进展的转录组学特征 | 首次在单细胞水平上解析了CESC各阶段的转录程序，并发现了与CESC进展和患者预后相关的特定细胞群 | NA | 深入理解宫颈鳞状细胞癌的起始和进展机制 | 人类宫颈鳞状细胞癌的细胞和分子特征 | 数字病理学 | 宫颈癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 76,911个细胞，来自13个样本 |
| 18933 | 2024-08-08 |
MME+ fibro-adipogenic progenitors are the dominant adipogenic population during fatty infiltration in human skeletal muscle
2023-01-27, Communications biology
IF:5.2Q1
DOI:10.1038/s42003-023-04504-y
PMID:36707617
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研究论文 | 本研究使用单核和单细胞RNA测序技术，研究了脂肪浸润患者骨骼肌中成纤维脂肪原细胞（FAPs）的异质性，并识别出具有高脂肪形成潜力的MME FAP亚群 | 本研究首次识别出MME FAP亚群，并揭示其在脂肪浸润过程中的主导作用及其对WNT活性的低反应性 | NA | 研究骨骼肌中脂肪浸润过程中成纤维脂肪原细胞的异质性和主导亚群 | 人类骨骼肌中的成纤维脂肪原细胞（FAPs）及其亚群MME FAP | NA | NA | 单核和单细胞RNA测序 | NA | RNA序列 | NA |
| 18934 | 2024-08-08 |
Topological identification and interpretation for single-cell gene regulation elucidation across multiple platforms using scMGCA
2023-01-25, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-023-36134-7
PMID:36697410
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研究论文 | 本文开发了一种名为scMGCA的深度图学习方法，用于单细胞数据分析，通过图嵌入自动编码器同时学习细胞间拓扑表示和聚类分配，以解决高吞吐量基因表达数据中的维度问题和 dropout 事件 | scMGCA方法在细胞分离和批次效应校正方面表现优于其他最先进的模型，并能揭示基因调控机制 | NA | 解决单细胞RNA测序数据中的维度问题和 dropout 事件，并揭示基因调控机制 | 单细胞RNA测序数据 | 机器学习 | 胰腺导管腺癌 | 单细胞RNA测序 | 图嵌入自动编码器 | 基因表达数据 | 多个平台的数据集 |
| 18935 | 2024-08-05 |
Murine breast cancers disorganize the liver transcriptome in a zonated manner
2023-01-24, Communications biology
IF:5.2Q1
DOI:10.1038/s42003-023-04479-w
PMID:36694005
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研究论文 | 这篇文章探讨了乳腺癌对小鼠肝脏转录组的影响，揭示了肝脏基因的区域性表达变化 | 这项研究首次展示了固体癌症如何以区域性方式影响肝脏的基因表达和功能 | 本研究仅基于小鼠模型，可能无法完全反映人类肝脏的情况 | 研究乳腺癌对肝脏区域性基因表达及功能的影响 | 癌症小鼠模型，特别是乳腺癌的小鼠 | 数字病理 | 乳腺癌 | 空间转录组学 | NA | 基因表达数据 | 癌症小鼠模型的样本数量未明确说明 |
| 18936 | 2024-08-08 |
Comparative transcriptomics reveals highly conserved regional programs between porcine and human colonic enteric nervous system
2023-01-24, Communications biology
IF:5.2Q1
DOI:10.1038/s42003-023-04478-x
PMID:36693960
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研究论文 | 本研究通过比较转录组学方法，揭示了猪和人类结肠肠神经系统的区域性高度保守的转录程序 | 首次通过大量RNA和单细胞RNA测序，识别了猪结肠近端和远端内黏膜下和肌间神经节的不同转录程序，并发现这些程序在猪和人类中高度保守 | NA | 旨在理解猪和人类结肠功能的转录组学特征及其在神经调节中的应用 | 猪和人类的结肠肠神经系统 | 数字病理学 | NA | RNA测序 | NA | RNA | 具体样本数量未在摘要中提及 |
| 18937 | 2024-08-05 |
Ubiquitin protein E3 ligase ASB9 suppresses proliferation and promotes apoptosis in human spermatogonial stem cell line by inducing HIF1AN degradation
2023-Jan-23, Biological research
IF:4.3Q1
DOI:10.1186/s40659-023-00413-w
PMID:36683111
|
研究论文 | 这篇文章探讨了ASB9在人的精原干细胞中的作用，特别是在细胞增殖和凋亡中的影响 | 首次揭示了ASB9通过诱导HIF1AN降解来抑制人类精原干细胞增殖并促使其凋亡的机制 | 研究未能包括其他潜在的调节因子，对ASB9功能的细节分析较为局限 | 探索人类精原干细胞的调节机制，特别是ASB9在其中的作用 | 人类精原干细胞系和非梗阻性无精症患者样本 | 数字病理 | 无精症 | 免疫组织化学、蛋白质免疫沉淀、西方印迹 | NA | 单细胞测序数据、蛋白质样本 | NA |
| 18938 | 2024-08-08 |
Biallelic TUFT1 variants cause woolly hair, superficial skin fragility and desmosomal defects
2023-01-23, The British journal of dermatology
DOI:10.1093/bjd/ljac026
PMID:36689522
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研究论文 | 本研究通过全基因组测序、全外显子测序等方法，鉴定了导致羊毛状头发和皮肤脆弱的双等位基因TUFT1变异，并探讨了其在皮肤和头发疾病中的作用 | 发现了新的常染色体隐性皮肤/头发疾病，由双等位基因TUFT1失活变异引起，表现为羊毛状头发质地和早期皮肤脆弱 | NA | 鉴定导致羊毛状头发和皮肤脆弱的遗传原因 | 具有羊毛状头发和皮肤脆弱症状的个体 | 数字病理学 | 皮肤疾病 | 全基因组测序, 全外显子测序, 单细胞RNA测序, 免疫荧光显微镜, 透射电子显微镜 | NA | 基因组数据, 转录组数据, 图像数据 | 9名个体，来自3个家庭 |
| 18939 | 2024-08-08 |
Single-cell profiling reveals differences between human classical adenocarcinoma and mucinous adenocarcinoma
2023-01-23, Communications biology
IF:5.2Q1
DOI:10.1038/s42003-023-04441-w
PMID:36690709
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序分析，揭示了人类经典腺癌与黏液腺癌之间的差异 | 发现黏液腺癌细胞具有杯状细胞样特性，并高表达杯状细胞标志物 | 研究样本量较小，仅包括7个手术肿瘤样本 | 探究经典腺癌与黏液腺癌之间的差异 | 经典腺癌和黏液腺癌的细胞特性 | 数字病理学 | 结直肠癌 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 7个手术肿瘤样本，包括4个经典腺癌和3个黏液腺癌患者 |
| 18940 | 2024-08-05 |
Comparing the transcriptome of developing native and iPSC-derived mouse retinae by single cell RNA sequencing
2023-01-21, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-023-28429-y
PMID:36681719
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研究论文 | 本文报告了来自小鼠原生视网膜和诱导多能干细胞来源的视网膜类器官的单细胞RNA测序数据的生成与分析 | 研究展示了诱导多能干细胞来源的视网膜类器官广泛再现原生发育轨迹的创新点，并揭示了它们在发育过程中的一些特征和差异 | 观察到视网膜类器官中空间和时间转录组控制的放松，以及在培养条件下动态调控通路和转录因子的易感性 | 揭示小鼠视网膜发育过程中不同细胞类型的转录组特征 | 从小鼠视网膜和iPSC来源视网膜类器官中提取的细胞 | 数字病理学 | 视网膜病 | 单细胞RNA测序 | NA | 细胞数据 | 超过38,000个细胞 |