单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 27667 篇文献，本页显示第 18901 - 18920 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 18901 | 2024-08-08 |
Sample Preparation and Integrative Data Analysis of a Droplet-based Single-Cell ATAC-sequencing Using Murine Thymic Epithelial Cells
2023-Jan-05, Bio-protocol
IF:1.0Q3
DOI:10.21769/BioProtoc.4588
PMID:36789086
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研究论文 | 本文介绍了使用液滴法单细胞ATAC测序技术（scATAC-seq）对小鼠胸腺上皮细胞（TECs）进行染色质可及性分析的方法和综合数据分析 | 采用液滴法scATAC-seq技术与scRNA-seq数据的综合分析，提高了单细胞水平上表观遗传学特征的分辨率 | NA | 揭示特定生物背景下基因调控机制的表观遗传学景观 | 小鼠胸腺上皮细胞（TECs）的表观遗传学特征 | 数字病理学 | NA | ATAC-seq | NA | 单细胞数据 | 特定的小鼠胸腺上皮细胞亚群 |
| 18902 | 2024-08-05 |
Sex-specific transcriptional signatures in the medial prefrontal cortex underlying sexually dimorphic behavioural responses to stress in rats
2023 Jan-Feb, Journal of psychiatry & neuroscience : JPN
IF:4.1Q1
DOI:10.1503/jpn.220147
PMID:36796857
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研究论文 | 本文研究了雄性和雌性大鼠在应激反应中的转录特征差异 | 首次识别出与应激相关的性别特异性转录组特征 | 研究需要进一步深入的实验验证，如单细胞测序和基因网络操控 | 探讨应激影响下雌雄大鼠的行为反应及其转录组差异 | 雌性和雄性大鼠在不同应激模型下的反应 | 数字病理学 | NA | RNA测序, qRT-PCR | NA | 转录组数据 | 雌性和雄性大鼠，具体样本数NA |
| 18903 | 2024-08-05 |
Identification of a novel immune-related gene signature for prognosis and the tumor microenvironment in patients with uveal melanoma combining single-cell and bulk sequencing data
2023, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2023.1099071
PMID:36793711
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研究论文 | 本研究构建了一种与免疫相关的预后特征，用于葡萄膜黑色素瘤患者的预后和肿瘤微环境分析 | 提出了一种基于免疫相关基因S100A13、MMP9和SEMA3B的新型预后特征，并验证了其在多个数据集中的预测能力 | 研究中未提到样本的多样性和其他潜在的影响因素 | 构建与免疫相关的预后标志并阐明葡萄膜黑色素瘤的分子和免疫分类 | 以葡萄膜黑色素瘤患者为研究对象 | 数字病理学 | NA | 单细胞测序和批量RNA测序 | Cox回归模型 | 基因表达数据 | 涉及多个bulk RNA测序数据集和一个单细胞测序数据集的样本 |
| 18904 | 2024-08-05 |
Long-Read Single-Cell Sequencing Using scCOLOR-seq
2023, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)
DOI:10.1007/978-1-0716-2996-3_18
PMID:36781734
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研究论文 | 本文描述了一种使用Oxford Nanopore测序系统进行高精度单细胞纠正长读长测序(scCOLOR-seq)的方法 | 该方法通过滴液包封细胞，提高了Oxford Nanopore第三代测序平台的基本调用准确性 | 文章中未提及特定的局限性 | 研究旨在开发一种有效的单细胞测序技术 | 研究对象为单个细胞 | 数字病理学 | NA | NGS | NA | 序列数据 | NA |
| 18905 | 2024-08-05 |
Single-cell sequencing combined with machine learning reveals the mechanism of interaction between epilepsy and stress cardiomyopathy
2023, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2023.1078731
PMID:36776884
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研究论文 | 本研究探讨了癫痫与应激性心肌病之间的相互作用机制 | 该论文通过单细胞测序与机器学习结合，揭示癫痫与应激性心肌病共同表达的基因及其生物功能 | 未提及具体的样本数量和研究范围的限制 | 研究癫痫与应激性心肌病共享的遗传特征和潜在分子机制 | 癫痫数据集和应激性心肌病数据集中的共同表达差异基因 | 机器学习 | 癫痫，心血管疾病 | 单细胞测序 | NA | 基因数据 | NA |
| 18906 | 2024-08-05 |
RUNX1/CD44 axis regulates the proliferation, migration, and immunotherapy of gliomas: A single-cell sequencing analysis
2023, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2023.1086280
PMID:36776876
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研究论文 | 这篇文章讨论了RUNX1/CD44轴在胶质瘤中的增殖、迁移和免疫治疗中的作用 | 揭示CD44在胶质瘤免疫浸润中的关键作用，并探讨其作为预测免疫治疗反应的生物标志物的潜力 | 尚未对胶质瘤中CD44表达的临床和免疫特征进行全面分析 | 研究CD44在胶质瘤中的表达及其与免疫反应的关系 | 对胶质瘤的分子和临床数据进行分析 | 数字病理学 | 胶质瘤 | 单细胞测序 | NA | 分子和临床数据 | 分析了来自公共基因组数据库的胶质瘤数据 |
| 18907 | 2024-08-05 |
By integrating single-cell RNA-seq and bulk RNA-seq in sphingolipid metabolism, CACYBP was identified as a potential therapeutic target in lung adenocarcinoma
2023, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2023.1115272
PMID:36776843
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研究论文 | 本研究通过整合单细胞RNA-seq和大规模RNA-seq，识别了在肺腺癌中CACYBP作为潜在治疗靶点 | 首次将鞘脂代谢与肺腺癌预后的相关基因进行系统性分析，并建立了基于鞘脂相关基因的预后模型 | 未详细说明样本多样性及该模型在临床应用中的有效性 | 确定与肺腺癌相关的主要鞘脂相关基因并开发相应的预后模型 | 肺腺癌患者的鞘脂代谢相关基因及其免疫环境 | 数字病理学 | 肺癌 | 单细胞RNA-seq和大规模RNA-seq | Lasso回归和COX回归模型 | 基因表达数据 | 涉及334个基因的研究，未具体说明样本数量 |
| 18908 | 2024-08-05 |
Bibliometric analysis of single-cell sequencing researches on immune cells and their application of DNA damage repair in cancer immunotherapy
2023, Frontiers in oncology
IF:3.5Q2
DOI:10.3389/fonc.2023.1067305
PMID:36776314
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研究论文 | 本文对2011-2021年间关于免疫细胞单细胞测序的文献进行了计量分析 | 该研究为单细胞测序在癌症免疫治疗中应用的理解提供新视角 | 未提及研究的具体局限性 | 探讨单细胞测序在免疫细胞研究和癌症免疫治疗中的应用 | 对免疫细胞的单细胞测序研究进行分析 | 数字病理学 | 癌症 | 单细胞测序 | NA | 文献 | 1460个出版物 |
| 18909 | 2024-08-05 |
Clinical and immunological features of an APLAID patient caused by a novel mutation in PLCG2
2023, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2023.1014150
PMID:36776842
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研究论文 | 本文描述了一名由于PLCγ2基因新变异引起的APLAID患者的临床和免疫特征 | 首次报道了携带新PLCγ2突变的APLAID患者，其髓样树突细胞显著减少，并进行了全面的免疫特征分析 | 仅针对单个病例进行分析，样本量有限 | 研究APLAID综合征的遗传及免疫特征 | 一名7岁APLAID患者 | 数字病理学 | 自体炎症疾病 | 全外显子组测序（WES）、单细胞RNA测序、流式细胞术 | NA | 血液样本 | 1名APLAID患者和1名健康儿童 |
| 18910 | 2024-08-08 |
Network analyses of upper and lower airway transcriptomes identify shared mechanisms among children with recurrent wheezing and school-age asthma
2023, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2023.1087551
PMID:36776870
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研究论文 | 本研究通过网络分析上呼吸道和下呼吸道转录组，识别反复喘息和学龄哮喘儿童之间的共同机制 | 本研究首次结合单细胞转录组数据和细胞解卷积方法，通过共识加权基因共表达网络分析，识别了反复喘息和学龄哮喘之间的共识模块和共享通路 | 本研究主要基于转录组数据，未涉及其他类型的生物标志物或临床数据 | 旨在阐明反复喘息和学龄哮喘的发病机制及其之间的机制关系 | 反复喘息和学龄哮喘儿童的上呼吸道和下呼吸道转录组 | 数字病理学 | 哮喘 | RNA测序 | 机器学习 | 转录组数据 | 鼻腔和气管刷拭样本 |
| 18911 | 2024-08-08 |
Single-cell RNA sequencing identifies Fgf23-expressing osteocytes in response to 1,25-dihydroxyvitamin D3 treatment
2023, Frontiers in physiology
IF:3.2Q2
DOI:10.3389/fphys.2023.1102751
PMID:36776964
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序技术（scRNA-seq）分析了在小鼠股骨中响应1,25-二羟基维生素D3治疗的表达Fgf23的成骨细胞 | 首次使用scRNA-seq技术鉴定了响应1,25-二羟基维生素D3治疗的表达Fgf23的成骨细胞亚群 | 由于成骨细胞分离的技术困难，使用scRNA-seq分析表达Fgf23的成骨细胞的研究较少 | 鉴定响应1,25-二羟基维生素D3治疗的表达Fgf23的成骨细胞亚群 | 小鼠股骨中的成骨细胞 | NA | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 基因表达数据 | 小鼠股骨中的成骨细胞 |
| 18912 | 2024-08-08 |
Identification of metabolic signatures related to metastasis and immunotherapy resistance in oral squamous cell carcinoma
2023, American journal of translational research
IF:1.7Q4
PMID:36777871
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研究论文 | 本研究旨在识别与口腔鳞状细胞癌（OSCC）转移和免疫治疗抵抗相关的代谢基因，并构建一个与OSCC预后相关的代谢基因预测模型 | 本研究通过加权基因共表达网络分析（WGCNA）和单细胞RNA测序（scRNA-seq）技术，识别了与OSCC转移和免疫治疗抵抗相关的代谢基因，并构建了预测模型 | NA | 识别与口腔鳞状细胞癌转移和免疫治疗抵抗相关的代谢基因，并构建预测模型 | 口腔鳞状细胞癌（OSCC）的代谢基因及其与转移和免疫治疗抵抗的关系 | 数字病理学 | 口腔鳞状细胞癌 | RNA-seq, scRNA-seq | WGCNA, LASSO | 基因表达数据 | 使用了来自TCGA和GEO数据库的RNA-seq和scRNA-seq数据 |
| 18913 | 2024-08-08 |
A Novel Prognostic Pyroptosis-Related Gene Signature Correlates to Oxidative Stress and Immune-Related Features in Gliomas
2023, Oxidative medicine and cellular longevity
DOI:10.1155/2023/4256116
PMID:36778205
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研究论文 | 本文构建并验证了一个与氧化应激和免疫特征相关的胶质瘤预后模型，该模型基于细胞焦亡相关基因 | 首次构建并验证了一个基于细胞焦亡相关基因的胶质瘤预后模型，并发现该模型与氧化应激和免疫相关通路有关 | NA | 构建并验证一个有效的胶质瘤预后模型，并探索其与氧化应激和免疫特征的关系 | 胶质瘤患者及其预后 | 数字病理学 | 脑癌 | LASSO-Cox回归分析 | NA | 基因表达数据 | 使用了TCGA和CGGA两个队列的数据 |
| 18914 | 2024-08-08 |
Physiological hypoxia improves growth and functional differentiation of human intestinal epithelial organoids
2023, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2023.1095812
PMID:36793710
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研究论文 | 本文研究了生理性低氧环境对人类肠道上皮类器官生长和功能分化的影响 | 首次探讨了模拟体内生理性低氧环境对肠道上皮类器官作为临床前模型的转化价值的影响 | NA | 评估在生理性低氧环境下人类肠道类器官的建立和培养情况，并比较其在不同氧气浓度下的生长、分化和免疫反应 | 人类肠道上皮类器官 | NA | 炎症性肠病，结直肠癌 | 免疫荧光染色，单细胞RNA测序（scRNA-seq），ELISA | NA | 图像，基因表达数据 | NA |
| 18915 | 2024-08-08 |
Endothelial Indoleamine-2,3-Dioxygenase-1 is not Critically Involved in Regulating Antitumor Immunity in the Central Nervous System
2023, International journal of tryptophan research : IJTR
IF:2.7Q3
DOI:10.1177/11786469231153111
PMID:36798537
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研究论文 | 研究探讨了内皮细胞中的吲哚胺-2,3-双加氧酶-1（eIDO1）在调节中枢神经系统抗肿瘤免疫中的作用 | 通过单细胞RNA测序数据揭示了IDO1在人脑胶质瘤组织中主要由激活的内皮细胞表达，并显示出与JAK/STAT信号通路相关的CXCL11基因表达特征 | 实验仅在同基因实验性胶质瘤模型中进行，可能限制了结果的普遍性 | 研究eIDO1在脑肿瘤免疫中的作用 | 内皮细胞中的IDO1表达及其对肿瘤浸润T细胞频率和肿瘤生长的影响 | 数字病理学 | 脑肿瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 人脑胶质瘤组织样本 |
| 18916 | 2024-08-08 |
Retinal ganglion cell-specific genetic regulation in primary open-angle glaucoma
2022-Jun-08, Cell genomics
IF:11.1Q1
DOI:10.1016/j.xgen.2022.100142
PMID:36778138
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研究论文 | 研究通过将原发性开角型青光眼（POAG）患者的成纤维细胞重编程为诱导多能干细胞（iPSCs），并分化为视网膜类器官，与健康个体的细胞进行比较，评估疾病特异性细胞群体的转录组特征 | 研究利用大规模iPSC研究揭示了遗传复杂疾病的上下文特异性特征，并通过单细胞RNA测序识别了簇特异性分子特征 | NA | 评估原发性开角型青光眼患者疾病特异性细胞群体的转录组特征 | 原发性开角型青光眼患者的成纤维细胞重编程为诱导多能干细胞并分化为视网膜类器官 | 数字病理学 | 青光眼 | 单细胞RNA测序 | NA | 细胞 | 总共247,520个细胞 |
| 18917 | 2024-08-08 |
Genetic perturbations go spatial
2022-Apr-13, Cell genomics
IF:11.1Q1
DOI:10.1016/j.xgen.2022.100120
PMID:36776528
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研究论文 | 本文介绍了一种利用蛋白质条码（Pro-Codes）追踪CRISPR修饰细胞并测量其对肿瘤微环境影响的方法 | 首次采用蛋白质条码和空间转录组学技术，对完整组织中的CRISPR修饰细胞进行多重成像和空间转录组学分析 | NA | 研究细胞内在特征及其与环境的相互作用对组织-肿瘤交互作用的影响 | CRISPR修饰细胞及其对肿瘤微环境的影响 | 数字病理学 | NA | CRISPR, 空间转录组学 | NA | 图像, 转录组数据 | NA |
| 18918 | 2024-08-08 |
Integration of multiple lineage measurements from the same cell reconstructs parallel tumor evolution
2022-Feb-09, Cell genomics
IF:11.1Q1
DOI:10.1016/j.xgen.2022.100096
PMID:36778661
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研究论文 | 本研究通过结合单细胞全基因组测序技术和病毒谱系追踪，模拟结直肠癌肿瘤进化过程，构建高分辨率的克隆进化树 | 首次使用单细胞全基因组测序结合病毒谱系追踪技术，在结直肠癌肿瘤模型中重建肿瘤进化过程 | 研究仅限于结直肠癌肿瘤模型，可能需要进一步验证在其他类型肿瘤中的适用性 | 研究肿瘤内部异质性（ITH）和肿瘤进化过程 | 结直肠癌肿瘤模型 | 数字病理学 | 结直肠癌 | 单细胞全基因组测序（WGS） | NA | 基因组数据 | 1,641个单细胞 |
| 18919 | 2024-08-08 |
Overexpression of PKMYT1 associated with poor prognosis and immune infiltration may serve as a target in triple-negative breast cancer
2022, Frontiers in oncology
IF:3.5Q2
DOI:10.3389/fonc.2022.1002186
PMID:36793346
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研究论文 | 本研究通过生物信息学方法结合临床样本和实验，探讨了蛋白激酶PKMYT1在乳腺癌中的功能作用 | 首次研究了PKMYT1在乳腺癌中的表达及其与预后和免疫浸润的关系 | NA | 探索PKMYT1在乳腺癌中的表达及其对预后和免疫浸润的影响 | 乳腺癌组织，特别是三阴性乳腺癌 | 数字病理学 | 乳腺癌 | 生物信息学分析，单细胞测序 | NA | RNA序列 | 涉及乳腺癌组织和细胞系 |
| 18920 | 2024-08-08 |
satuRn: Scalable analysis of differential transcript usage for bulk and single-cell RNA-sequencing applications
2021, F1000Research
DOI:10.12688/f1000research.51749.2
PMID:36762203
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research paper | 介绍了一种名为satuRn的快速灵活的准二项式广义线性建模框架，用于分析差异转录本使用情况 | satuRn框架在性能上与最佳的差异转录本使用分析方法相当，同时提供了良好的错误发现率控制，能够处理复杂的实验设计，并适用于大规模单细胞转录组测序数据 | NA | 开发一种能够分析差异转录本使用情况的新工具，适用于批量和单细胞RNA测序应用 | 差异转录本使用分析工具的性能、复杂实验设计的处理能力以及大规模单细胞转录组测序数据的适用性 | RNA-seq | NA | RNA-seq | 准二项式广义线性模型 | 转录组数据 | NA |