单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 31780 篇文献，本页显示第 18881 - 18900 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 18881 | 2024-08-07 |
Benchmarking Computational Doublet-Detection Methods for Single-Cell RNA Sequencing Data
2021-02-17, Cell systems
IF:9.0Q1
DOI:10.1016/j.cels.2020.11.008
PMID:33338399
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研究论文 | 本文对九种先进的计算双峰检测方法进行了系统的基准研究，以评估其在单细胞RNA测序数据中的性能 | 首次对多种计算双峰检测方法进行了全面的基准测试，为研究人员选择合适的方法提供了依据 | 研究仅限于特定的实验设置和数据集，可能无法完全代表所有可能的应用场景 | 评估和比较不同计算双峰检测方法在单细胞RNA测序数据中的准确性、对下游分析的影响及计算效率 | 九种计算双峰检测方法在16个真实数据集和112个合成数据集上的性能 | 单细胞测序 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA序列 | 16个真实数据集和112个合成数据集 | NA | NA | NA | NA |
| 18882 | 2024-08-07 |
NECAB1 and NECAB2 are Prevalent Calcium-Binding Proteins of CB1/CCK-Positive GABAergic Interneurons
2021-02-05, Cerebral cortex (New York, N.Y. : 1991)
DOI:10.1093/cercor/bhaa326
PMID:33230531
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研究论文 | 本文探讨了CB1/CCK阳性GABA能中间神经元中NECAB1和NECAB2钙结合蛋白的表达及其在神经元中的分布和功能。 | 首次发现CB1/CCK阳性GABA能中间神经元中NECAB1和NECAB2作为主要的钙结合蛋白，并揭示了它们在亚细胞水平的纳米尺度差异。 | NA | 研究CB1/CCK阳性GABA能中间神经元中钙信号传导工具包的分子组成，特别是钙结合蛋白的表达。 | CB1/CCK阳性GABA能中间神经元中的NECAB1和NECAB2钙结合蛋白。 | 神经科学 | NA | 单细胞RNA测序，荧光原位杂交，免疫染色，膜片钳电生理学，共聚焦和STORM超分辨率显微镜。 | NA | RNA序列，图像 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 18883 | 2024-08-07 |
Blocking IL1 Beta Promotes Tumor Regression and Remodeling of the Myeloid Compartment in a Renal Cell Carcinoma Model: Multidimensional Analyses
2021-01-15, Clinical cancer research : an official journal of the American Association for Cancer Research
IF:10.0Q1
DOI:10.1158/1078-0432.CCR-20-1610
PMID:33148676
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研究论文 | 本研究探讨了阻断IL1β在肾细胞癌模型中促进肿瘤消退和髓系细胞重塑的作用 | 通过多参数流式细胞术、肿瘤细胞因子分析和单细胞RNA测序，揭示了IL1β阻断与ICI或TKI联合治疗通过非冗余、相对T细胞非依赖机制重塑髓系细胞 | NA | 研究IL1β在肾细胞癌中的作用及其作为免疫治疗靶点的潜力 | 肾细胞癌模型中的髓系细胞和肿瘤微环境 | 数字病理学 | 肾细胞癌 | 多参数流式细胞术，单细胞RNA测序 | NA | 细胞 | RENCA和MC38肿瘤模型 | NA | NA | NA | NA |
| 18884 | 2024-08-07 |
Single-Cell Transcriptomics Reveals Zone-Specific Alterations of Liver Sinusoidal Endothelial Cells in Cirrhosis
2021, Cellular and molecular gastroenterology and hepatology
IF:7.1Q1
DOI:10.1016/j.jcmgh.2020.12.007
PMID:33340713
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组测序技术，揭示了肝硬化小鼠肝脏中肝窦内皮细胞（LSECs）在特定区域的转录组变化 | 首次在空间和细胞特异性水平上揭示了肝硬化中肝窦内皮细胞的区域特异性转录组变化 | NA | 深入了解肝硬化的发病机制，为开发针对最功能障碍的肝内皮细胞的新疗法提供依据 | 肝硬化小鼠肝脏中的肝窦内皮细胞 | 数字病理学 | 肝硬化 | scRNA-seq | NA | 转录组数据 | 控制组和肝硬化小鼠的肝内皮细胞群体 | NA | NA | NA | NA |
| 18885 | 2024-08-07 |
Using scRNA-seq to Identify Transcriptional Variation in the Malaria Parasite Ookinete Stage
2021, Frontiers in cellular and infection microbiology
IF:4.6Q1
DOI:10.3389/fcimb.2021.604129
PMID:33732658
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研究论文 | 本文利用单细胞RNA测序技术研究了疟原虫动合子阶段在不同媒介物种间的转录变异 | 采用单细胞RNA测序和低输入转录组技术，首次详细分析了疟原虫动合子阶段的转录变异，揭示了环境因素和克隆变异的影响 | 研究主要集中在动合子阶段的转录变异，未涉及其他生命周期阶段的详细分析 | 探索疟原虫动合子阶段的转录变异，为阻断传播策略提供依据 | 疟原虫动合子阶段的转录变异 | 数字病理学 | 疟疾 | scRNA-seq | NA | 转录组数据 | 多个媒介物种及个体中肠样本 | NA | NA | NA | NA |
| 18886 | 2024-08-07 |
Estimating and Correcting for Off-Target Cellular Contamination in Brain Cell Type Specific RNA-Seq Data
2021, Frontiers in molecular neuroscience
IF:3.5Q2
DOI:10.3389/fnmol.2021.637143
PMID:33746712
|
研究论文 | 本文提出了一种计算方法，用于估计和控制单细胞类型RNA测序数据中的非目标细胞类型污染 | 本文引入了单细胞类型RNA测序（sctRNA-seq）方法，并开发了一种新的计算方法来检测和控制非目标细胞类型的污染 | 该方法依赖于单细胞测序数据集，可能不适用于所有类型的细胞纯化技术 | 旨在解决分子基因组学中对微量细胞群体转录组分析的挑战 | 研究对象为大脑细胞类型特异性RNA-Seq数据中的非目标细胞污染 | 分子基因组学 | NA | RNA测序 | NA | RNA测序数据 | 涉及多种细胞纯化技术的数据集 | NA | NA | NA | NA |
| 18887 | 2024-08-07 |
Remodeling of Stromal Cells and Immune Landscape in Microenvironment During Tumor Progression
2021, Frontiers in oncology
IF:3.5Q2
DOI:10.3389/fonc.2021.596798
PMID:33763348
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研究论文 | 本文探讨了肿瘤进展过程中基质细胞和免疫微环境的重组 | 采用单细胞测序技术分析肿瘤微环境中基质细胞和免疫细胞的表型标记、分子通路及进化轨迹 | 未提及具体限制 | 研究肿瘤进展中基质细胞和免疫微环境的多样性及其对免疫治疗的影响 | 基质细胞和免疫细胞在肿瘤微环境中的亚型及其在肿瘤发展中的作用 | NA | NA | 单细胞测序 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 18888 | 2024-08-07 |
DEEPsc: A Deep Learning-Based Map Connecting Single-Cell Transcriptomics and Spatial Imaging Data
2021, Frontiers in genetics
IF:2.8Q2
DOI:10.3389/fgene.2021.636743
PMID:33833776
|
研究论文 | 本文介绍了一种基于深度学习的方法DEEPsc，用于将空间信息映射到单细胞转录组数据上，并与现有方法进行了比较 | DEEPsc方法在精度和鲁棒性之间取得了更好的平衡，并提供了一个数据自适应工具来连接单细胞转录组数据和空间成像数据 | 文章未明确提及DEEPsc的具体局限性 | 开发一种系统自适应的深度学习方法，以提高单细胞转录组数据空间信息映射的准确性、精度和鲁棒性 | 单细胞RNA测序数据和空间成像数据 | 机器学习 | NA | 深度学习 | NA | 转录组数据，空间成像数据 | 涉及四个生物系统 | NA | NA | NA | NA |
| 18889 | 2024-08-07 |
Red panda: a novel method for detecting variants in single-cell RNA sequencing
2020-Dec-29, BMC genomics
IF:3.5Q2
DOI:10.1186/s12864-020-07224-3
PMID:33372593
|
研究论文 | 本文介绍了一种名为Red Panda的新方法，用于在单细胞RNA测序数据中准确识别变异 | Red Panda方法在单细胞RNA测序数据中识别变异的准确性和敏感性优于现有软件 | 使用单细胞RNA测序数据识别基因组变异的方法仍有改进空间 | 设计并实现一种新方法，以在单细胞RNA测序数据中准确识别变异 | 人类关节软骨细胞、小鼠胚胎成纤维细胞（MEFs）及来自MEF比对的模拟数据 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA测序数据 | 人类关节软骨细胞、小鼠胚胎成纤维细胞及模拟数据 | NA | NA | NA | NA |
| 18890 | 2024-08-07 |
GCNG: graph convolutional networks for inferring gene interaction from spatial transcriptomics data
2020-12-10, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-020-02214-w
PMID:33303016
|
研究论文 | 本文开发了图卷积神经网络GCNG，用于从空间转录组数据中推断基因间的相互作用 | GCNG能够结合空间信息和表达数据，推断细胞内外的基因相互作用，并提出新的细胞外相互作用基因对 | NA | 开发一种新方法，能够从空间转录组数据中推断基因间的相互作用 | 基因间的相互作用 | 机器学习 | NA | 图卷积神经网络 | GCNG | 空间转录组数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 18891 | 2024-08-07 |
mTORC1 activation in lung mesenchyme drives sex- and age-dependent pulmonary structure and function decline
2020-11-06, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-020-18979-4
PMID:33159078
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析了淋巴管平滑肌瘤病（LAM）肺与健康对照肺的细胞亚型，揭示了LAM特有的间质和过渡性肺泡上皮状态，并探讨了mTORC1激活在肺间质中的性别和年龄依赖性影响。 | 首次揭示了LAM肺特有的间质和过渡性肺泡上皮状态，并发现间质细胞在LAM疾病表型中的协调作用。 | 研究主要集中在小鼠模型上，可能不完全适用于人类LAM的病理机制。 | 识别LAM肺特有的细胞亚型，并探讨mTORC1激活在肺间质中的性别和年龄依赖性影响。 | 淋巴管平滑肌瘤病（LAM）肺与健康对照肺的细胞亚型。 | 数字病理学 | 肺病 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 基因表达数据 | LAM肺与年龄和性别匹配的健康对照肺 | NA | NA | NA | NA |
| 18892 | 2024-08-07 |
MAFG-driven astrocytes promote CNS inflammation
2020-02, Nature
IF:50.5Q1
DOI:10.1038/s41586-020-1999-0
PMID:32051591
|
研究论文 | 本文通过单细胞RNA测序、细胞特异性Ribotag RNA分析、ATAC-seq、ChIP-seq、全基因组DNA甲基化分析及体内CRISPR-Cas9遗传扰动，研究了多发性硬化症及其前临床模型实验性自身免疫性脑脊髓炎（EAE）中的星形胶质细胞 | 发现了EAE和多发性硬化症中星形胶质细胞的特征，包括NRF2表达减少和MAFG表达增加，这些细胞通过与MAT2α合作促进DNA甲基化并抑制抗氧化和抗炎转录程序 | NA | 研究星形胶质细胞在多发性硬化症和EAE中的作用及其调控机制 | 星形胶质细胞在多发性硬化症和EAE中的异质性及其调控 | 数字病理学 | 多发性硬化症 | 单细胞RNA测序、ATAC-seq、ChIP-seq、DNA甲基化分析、CRISPR-Cas9 | NA | RNA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 18893 | 2024-08-07 |
Enteric Nervous System-Derived IL-18 Orchestrates Mucosal Barrier Immunity
2020-01-09, Cell
IF:45.5Q1
DOI:10.1016/j.cell.2019.12.016
PMID:31923399
|
研究论文 | 本文揭示了肠神经系统（ENS）通过产生IL-18在调节抗菌蛋白（AMP）反应中的关键作用 | 首次证明肠神经系统在调控黏膜屏障免疫中的非冗余作用，特别是神经源性IL-18在维持稳态杯状细胞AMP产生中的特定需求 | NA | 探讨肠神经系统在黏膜屏障免疫中的作用 | 肠神经系统、IL-18、抗菌蛋白反应 | 免疫学 | NA | 共聚焦显微镜、单分子荧光原位mRNA杂交（smFISH）、RNA测序、单细胞测序 | NA | 图像、序列数据 | 小鼠模型 | NA | NA | NA | NA |
| 18894 | 2024-08-07 |
Inference of Intercellular Communications and Multilayer Gene-Regulations of Epithelial-Mesenchymal Transition From Single-Cell Transcriptomic Data
2020, Frontiers in genetics
IF:2.8Q2
DOI:10.3389/fgene.2020.604585
PMID:33488673
|
研究论文 | 本文利用单细胞转录组数据推断细胞间通信和多层基因调控网络，分析和可视化上皮-间质转化（EMT）过程中的复杂细胞间对话和潜在的基因调控动态 | 本文提出了一种结合轨迹分析的方法，揭示了EMT过程中存在具有混合上皮和间质特征的多个中间细胞状态（ICSs），并分析了不同诱导因子下EMT的特定上下文 | NA | 研究EMT过程中的细胞间通信和基因调控网络 | 上皮-间质转化（EMT）过程中的细胞间通信和基因调控动态 | 生物信息学 | NA | 单细胞转录组测序 | NA | 转录组数据 | 多个癌症细胞系的时间序列数据集和老鼠皮肤鳞状细胞癌数据集 | NA | NA | NA | NA |
| 18895 | 2024-08-07 |
Machine Learning Approaches Identify Genes Containing Spatial Information From Single-Cell Transcriptomics Data
2020, Frontiers in genetics
IF:2.8Q2
DOI:10.3389/fgene.2020.612840
PMID:33633771
|
研究论文 | 本文通过机器学习方法从单细胞转录组数据中识别包含空间信息的基因，并重建胚胎的三维结构 | 开发了两种独立的技术，利用Lasso和深度神经网络从高维单细胞测序数据中准确识别包含空间信息的基因，并发现了一些未被怀疑但携带重要位置信息的新基因 | 间接使用完整数据集的信息可能导致数据泄露，从而高估模型的性能 | 参与DREAM组织的单细胞转录组挑战，旨在解决从胚胎中识别包含最多空间信息的基因以及利用这些基因信息重建胚胎三维结构的问题 | 胚胎中的基因及其三维结构 | 机器学习 | NA | 单细胞测序 | Lasso, 深度神经网络 | 转录组数据 | 数千个单个细胞 | NA | NA | NA | NA |
| 18896 | 2024-08-07 |
Database limitations for studying the human gut microbiome
2020, PeerJ. Computer science
DOI:10.7717/peerj-cs.289
PMID:33816940
|
研究论文 | 本文评估了现有数据库在描述模拟人类肠道微生物组方面的能力，并比较了Uniprot知识库与京都基因和基因组百科全书直系同源物（KEGG Orthologs）及进化基因组学：非监督直系同源组（EggNOG）数据库的交叉引用输出。 | 本文首次系统评估了Uniprot知识库与KEGG和EggNOG数据库在人类肠道微生物组研究中的应用效果，并提出了改进建议。 | 由于Uniprot中注释物种数量较少以及大多数物种关联功能数量较少，基于UniProt和KEGG或EggNOG的交叉引用推断功能可能效果不佳。 | 评估现有数据库在人类肠道微生物组研究中的适用性，并提出改进措施。 | 人类肠道微生物组的遗传信息和代谢功能。 | NA | NA | NA | NA | NA | 131个物种和52个属 | NA | NA | NA | NA |
| 18897 | 2024-08-07 |
Spatial mapping of single cells in the Drosophila embryo from transcriptomic data based on topological consistency
2020, F1000Research
DOI:10.12688/f1000research.24163.2
PMID:33824719
|
研究论文 | 本文通过DREAM单细胞转录组挑战赛，提出了一种基于拓扑一致性的计算方法，用于从单细胞RNA测序数据中恢复果蝇胚胎中单细胞的空间映射 | 本文提出了一种基于拓扑一致性的新方法，通过无监督和监督两种基因选择框架，优化基因权重，并利用细胞拓扑信息提高预测准确性 | NA | 旨在解决单细胞RNA测序过程中丢失细胞原始空间上下文的问题，以更好地理解细胞和组织水平的功能 | 果蝇胚胎中的单细胞 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | 粒子群优化算法 | 转录组数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 18898 | 2024-08-07 |
T cells with increased responsiveness cause obesity in mice without diet intervention
2024-Apr-19, iScience
IF:4.6Q1
DOI:10.1016/j.isci.2024.109471
PMID:38551005
|
研究论文 | 本研究使用增强T细胞反应性的老鼠模型，展示了肥胖可以通过免疫细胞驱动 | 首次证明增强的T细胞反应性可以直接导致肥胖，无需饮食干预 | 研究仅限于老鼠模型，尚未在人类中验证 | 探讨肥胖的免疫细胞机制，特别是T细胞的作用 | 增强T细胞反应性的老鼠模型 | NA | 肥胖 | 单细胞RNA测序和CyTOF分析 | NA | 细胞 | 多个老鼠模型 | NA | NA | NA | NA |
| 18899 | 2024-08-04 |
Systematic immune cell dysregulation and molecular subtypes revealed by single-cell RNA-seq of subjects with type 1 diabetes
2024-Mar-27, Genome medicine
IF:10.4Q1
DOI:10.1186/s13073-024-01300-z
PMID:38539228
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序揭示了1型糖尿病患者的免疫细胞失调及其分子亚型 | 首次在单细胞层面全面评估1型糖尿病中的免疫细胞表型 | 可能缺乏其他类型糖尿病的对照数据 | 评估1型糖尿病的免疫细胞特征及分子亚型 | 46名明显的1型糖尿病患者和31名匹配的对照者 | 数字病理学 | 1型糖尿病 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 46名1型糖尿病患者和31名对照者 | NA | NA | NA | NA |
| 18900 | 2024-08-07 |
Pan-cancer evaluation of regulated cell death to predict overall survival and immune checkpoint inhibitor response
2024-Mar-27, NPJ precision oncology
IF:6.8Q1
DOI:10.1038/s41698-024-00570-5
PMID:38538696
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研究论文 | 本研究评估了调控细胞死亡（RCD）在泛癌水平上的状态及其与免疫检查点抑制剂（ICI）反应和总体生存率的关系 | 首次在泛癌水平上全面评估RCD状态及其相关特征，并开发了用于预测ICI反应和总体生存率的RCD签名 | NA | 探索RCD状态作为预测恶性肿瘤患者ICI反应和总体生存率的生物标志物的潜力 | RCD水平在30种癌症类型、29种正常组织和82个scRNA-Seq数据集中的2,573,921个细胞中的分布 | 数字病理学 | 泛癌 | scRNA-Seq | 机器学习算法 | 数据集 | 30种癌症类型，29种正常组织，2,573,921个细胞 | NA | NA | NA | NA |