单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
18861	2024-08-08	scRNA-seq reveals aging-related immune cell types and regulators in vaginal wall from elderly women with pelvic organ prolapse 2023, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2023.1084516 PMID:36891295	研究论文	本研究通过单细胞转录组分析揭示了老年女性盆腔器官脱垂患者阴道壁中与年龄相关的免疫细胞类型及其关键调控因子	首次探讨了盆腔器官脱垂患者盆腔微环境中与年龄相关的差异，并发现了新的细胞类型和关键调控因子	NA	揭示盆腔器官脱垂患者盆腔微环境中与年龄相关的免疫细胞类型及其关键调控因子	老年女性盆腔器官脱垂患者的阴道壁	数字病理学	盆腔器官脱垂	单细胞转录组分析	NA	基因表达数据	包括对照组（<60岁）、年轻盆腔器官脱垂组（<60岁）和老年盆腔器官脱垂组（>60岁）
18862	2024-08-08	Ferroptosis Suppressor Protein 1 Inhibition Promotes Tumor Ferroptosis and Anti-tumor Immune Responses in Liver Cancer 2023, Cellular and molecular gastroenterology and hepatology IF:7.1Q1 DOI:10.1016/j.jcmgh.2023.03.001 PMID:36893885	研究论文	研究探讨了铁死亡抑制蛋白1（FSP1）在肝细胞癌（HCC）中的表达及其作为治疗靶点的潜力	首次揭示了FSP1在HCC中的高表达及其通过抑制铁死亡促进肿瘤生长的机制，并发现FSP1抑制剂能有效减少HCC负担并增强免疫浸润	研究主要集中在体外和动物模型中，需要进一步的临床试验验证FSP1抑制剂的疗效和安全性	探索FSP1作为HCC治疗新靶点的潜力	肝细胞癌（HCC）及其治疗	数字病理学	肝癌	逆转录定量聚合酶链反应，染色质免疫沉淀，单细胞RNA测序	NA	RNA	包括人类HCC和配对非肿瘤组织样本，以及使用 hydrodynamic tail vein injection 模型的动物实验
18863	2024-08-08	A multi-use deep learning method for CITE-seq and single-cell RNA-seq data integration with cell surface protein prediction and imputation 2022-Nov, Nature machine intelligence IF:18.8Q1 DOI:10.1038/s42256-022-00545-w PMID:36873621	research paper	本文介绍了一种名为sciPENN的多用途深度学习方法，用于CITE-seq和单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据集成，以及细胞表面蛋白表达预测和插补	sciPENN方法支持CITE-seq和scRNA-seq数据集成，蛋白质表达预测，蛋白质表达插补，预测和插补不确定性的量化，以及从CITE-seq到scRNA-seq的细胞类型标签转移	NA	克服CITE-seq和scRNA-seq数据集成中的计算挑战，提高信息内容	CITE-seq和scRNA-seq数据集成的多用途深度学习方法	machine learning	NA	CITE-seq, scRNA-seq	deep learning	single-cell multi-omics data	多个数据集
18864	2024-08-05	Integrative Analysis Revealed LINC00847 as a Potential Target of Tumor Immunotherapy 2023-Oct, Applied biochemistry and biotechnology IF:3.1Q2 DOI:10.1007/s12010-023-04387-z PMID:36864364	研究论文	本研究揭示了LINC00847作为肿瘤免疫治疗潜在靶点的可能性	通过分析单细胞RNA-seq数据，首次发现LINC00847与LUAD患者的免疫细胞浸润相关，并可能影响PD-L1的表达	本研究集中于单一癌症类型，缺乏对其他类型癌症的验证	识别肺腺癌的潜在生物标志物，以促进生物标志物驱动的治疗和改善治疗结果	研究了LUNG癌症中与免疫细胞浸润相关的长非编码RNA	数字病理学	肺癌	RNA-seq	NA	生物数据	从单细胞RNA-seq数据集中筛选了四个与LUAD预后相关的lncRNA
18865	2024-08-05	Single-cell RNA-Seq reveals transcriptional regulatory networks directing the development of mouse maxillary prominence 2023-09, Journal of genetics and genomics = Yi chuan xue bao DOI:10.1016/j.jgg.2023.02.008 PMID:36841529	研究论文	本文通过单细胞RNA测序揭示了小鼠上颌突发育过程中的转录调控网络	研究中识别了与间充质命运转变相关的一系列关键转录因子，并推导了由这些转录因子指导的基因调控网络	尽管揭示了转录调控网络，但具体的机制尚未完全阐明	研究小鼠上颌发育过程中转录动态及其调控机制	探索小鼠上颌突中神经嵴来源的间充质的发育及其转录网络	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	约28,000个细胞
18866	2024-08-05	Single-cell transcriptomics implicates the FEZ1-DKK1 axis in the regulation of corneal epithelial cell proliferation and senescence 2023-Sep, Cell proliferation IF:5.9Q2 DOI:10.1111/cpr.13433 PMID:36851859	研究论文	本研究揭示了FEZ1-DKK1轴在角膜上皮细胞增殖和衰老调控中的作用	首次通过单细胞转录组学揭示了FEZ1和DKK1作为角膜干/祖细胞增殖和衰老的重要调节因子	未深入探讨其他可能参与角膜上皮细胞调控的因子	研究角膜干/祖细胞增殖和衰老的调控机制	多次传代的角膜干/祖细胞及其相关轴	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	小鼠模型	NA	多次传代的初级角膜干/祖细胞
18867	2024-08-05	Transcriptional and open chromatin analysis of bovine skeletal muscle development by single-cell sequencing 2023-Sep, Cell proliferation IF:5.9Q2 DOI:10.1111/cpr.13430 PMID:36855961	研究论文	该研究通过单细胞测序分析了牛骨骼肌发育的转录和开放染色质特征	采用scRNA-seq和scATAC-seq揭示了牛骨骼肌不同细胞类型和转录调控的动态特征	未提及具体限制	理解牛骨骼肌发育过程中的细胞异质性和转录及表观遗传调控	发育阶段的牛骨骼肌细胞类型及其分子特征	数字病理学	NA	scRNA-seq和scATAC-seq	NA	基因表达数据	在三个发育阶段识别的多种细胞类型，包括脂肪细胞、内皮细胞等
18868	2024-08-05	Cell-type profiling of the sympathetic nervous system using spatial transcriptomics and spatial mapping of mRNA 2023-08, Developmental dynamics : an official publication of the American Association of Anatomists IF:2.0Q3 DOI:10.1002/dvdy.577 PMID:36840366	研究论文	本研究使用空间转录组学和mRNA的空间映射，分析了交感神经系统的细胞类型轮廓	创新性地结合了Slide-seq空间转录组学和单细胞RNA-seq，揭示了周围交感神经节内的神经祖细胞的分子特征	技术限制仍然妨碍了神经祖细胞群体的分子鉴定	探索交感神经系统的分子组成和细胞类型特征	新鲜冷冻小鸡躯干组织中神经祖细胞的分子鉴定	数字病理学	NA	Slide-seq空间转录组学、单细胞RNA-seq、HiPlex RNAscope荧光原位杂交	NA	组织样本	新鲜冷冻小鸡躯干组织样本
18869	2024-08-05	RNA helicase DHX15 exemplifies a unique dependency in acute leukemia 2023-08-01, Haematologica IF:8.2Q1 DOI:10.3324/haematol.2022.282066 PMID:36861414	研究论文	该研究探讨了RNA解旋酶DHX15在急性淋巴细胞白血病中的独特依赖性	首次系统性评估了DHX15作为T-ALL依赖因子的独特功能及其在肿瘤细胞存活和白血病发生中的重要性	目前仍不清楚其它潜在的RNA结合蛋白在T-ALL转化中的角色	研究DHX15在T细胞急性淋巴母细胞白血病中的作用及其机制	T细胞急性淋巴母细胞白血病及相关小鼠模型	数字病理学	急性淋巴细胞白血病	功能分析，转录组学	小鼠模型	转录组数据	多个小鼠T-ALL模型
18870	2024-08-08	SCMcluster: a high-precision cell clustering algorithm integrating marker gene set with single-cell RNA sequencing data 2023-07-17, Briefings in functional genomics IF:2.5Q3 DOI:10.1093/bfgp/elad004 PMID:36848584	研究论文	本文提出了一种名为SCMcluster的高精度单细胞聚类算法，该算法结合标记基因集与单细胞RNA测序数据进行特征提取和构建集成聚类模型	SCMcluster算法通过整合两个细胞标记数据库与scRNA-seq数据进行特征提取，并构建基于共识矩阵的集成聚类模型，提高了聚类精度	NA	开发一种高精度的单细胞聚类算法，以解决单细胞RNA测序数据中的噪声和稀疏性问题	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	集成聚类模型	基因表达数据	两个scRNA-seq数据集，分别来自人和小鼠组织
18871	2024-08-05	A Circular RNA Expressed from the FAT3 Locus Regulates Neural Development 2023-Jun, Molecular neurobiology IF:4.6Q1 DOI:10.1007/s12035-023-03253-7 PMID:36840844	研究论文	这篇文章探讨了来自FAT3位点的环状RNA在神经发育中的调节作用	首次展示circFAT3在神经干细胞分化过程中对细胞类型形成和神经元发育的关键调控	关于circFAT3在脑发育中具体机制的理解仍然有限	研究circFAT3在神经发育中的功能	人类胚胎干细胞及其分化为神经前体细胞的过程	数字病理学	NA	RNA测序	NA	单细胞转录组数据	30和90天分化的脑类器官
18872	2024-08-08	Studying the mechanism underlying lipid metabolism in osteosarcoma based on transcriptomic RNA sequencing and single-cell data 2023-06, The journal of gene medicine IF:3.2Q2 DOI:10.1002/jgm.3491 PMID:36847293	研究论文	本研究基于转录组RNA测序和单细胞数据，探讨了脂质代谢在骨肉瘤中的机制	提供了一种基于单细胞RNA测序和批量RNA-seq数据的骨肉瘤新分型方法，并从脂质代谢角度探讨了其潜在机制	NA	旨在基于脂质代谢和单细胞RNA测序数据，为骨肉瘤提供新的分型方法并探讨其发病和进展的潜在机制	骨肉瘤的脂质代谢机制	数字病理学	骨肉瘤	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA-seq数据	使用了单细胞RNA测序数据和三个微阵列表达谱数据
18873	2024-08-08	Single-cell atlas of the immune microenvironment reveals macrophage reprogramming and the potential dual macrophage-targeted strategy in multiple myeloma 2023-06, British journal of haematology IF:5.1Q1 DOI:10.1111/bjh.18708 PMID:36852636	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，揭示了多发性骨髓瘤（MM）肿瘤微环境（TME）在疾病进展中的变化，并探索了针对肿瘤相关巨噬细胞（TAMs）的双重治疗策略。	研究首次展示了MM-TME的单细胞图谱，并发现了TAMs的重新编程现象，提出了结合抗CD47抗体和MIF抑制剂的双重巨噬细胞靶向治疗策略。	NA	旨在展示多发性骨髓瘤肿瘤微环境在疾病进展中的图谱，并探索针对肿瘤微环境的治疗策略。	多发性骨髓瘤的肿瘤微环境及肿瘤相关巨噬细胞。	数字病理学	多发性骨髓瘤	单细胞RNA测序（scRNAseq）	NA	RNA	不同疾病阶段的样本
18874	2024-08-08	Single-cell RNA sequencing reveals tumor heterogeneity, microenvironment, and drug-resistance mechanisms of recurrent glioblastoma 2023-Jun, Cancer science IF:4.5Q1 DOI:10.1111/cas.15773 PMID:36853018	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术揭示了复发性胶质母细胞瘤的肿瘤异质性、微环境及耐药机制	首次在单细胞分辨率下绘制了复发性和耐药性胶质母细胞瘤的转录组图谱，并探讨了其耐药机制	研究样本仅来自六份肿瘤组织，样本量较小	旨在揭示复发性胶质母细胞瘤的肿瘤异质性、微环境及耐药机制	复发性和耐药性胶质母细胞瘤的肿瘤细胞及其微环境	数字病理学	脑肿瘤	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	六份肿瘤组织，分别来自三位原发性胶质母细胞瘤患者和三位复发性胶质母细胞瘤患者
18875	2024-08-08	Single-cell transcriptomic analysis of oral masticatory and lining mucosa-derived mesenchymal stromal cells 2023-06, Journal of clinical periodontology IF:5.8Q1 DOI:10.1111/jcpe.13799 PMID:36864739	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析了从咀嚼黏膜和衬里黏膜来源的人体间充质基质细胞的异质性	本研究首次揭示了咀嚼黏膜和衬里黏膜来源的间充质基质细胞在转录水平上的差异，并识别出11种不同的细胞亚群	研究样本仅来自三位个体，可能影响结果的普遍性	揭示体外培养的人体间充质基质细胞的异质性	咀嚼黏膜和衬里黏膜来源的间充质基质细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	来自三位个体的硬腭和牙槽黏膜的细胞
18876	2024-08-08	Reversal of Lactate and PD-1-mediated Macrophage Immunosuppression Controls Growth of PTEN/p53-deficient Prostate Cancer 2023-05-15, Clinical cancer research : an official journal of the American Association for Cancer Research IF:10.0Q1 DOI:10.1158/1078-0432.CCR-22-3350 PMID:36862086	研究论文	本文研究了PTEN/p53缺陷型前列腺癌中乳酸和PD-1介导的巨噬细胞免疫抑制的逆转机制，并探讨了联合治疗策略的效果。	本文首次揭示了乳酸减少通过抑制巨噬细胞中的组蛋白乳酸化来激活其抗癌吞噬作用，并提出了联合ADT和PD-1抑制剂的治疗策略。	研究主要基于基因工程小鼠模型和单细胞RNA测序分析，需要在临床试验中进一步验证。	阐明ADT/PI3K-AKT轴阻断的耐药机制，并开发针对PTEN缺陷型mCRPC的有效联合治疗策略。	PTEN/p53缺陷型前列腺癌及其治疗策略。	数字病理学	前列腺癌	单细胞RNA测序	NA	转录组和蛋白质组数据	使用10X Genomics平台对人类mCRPC样本进行单细胞RNA测序
18877	2024-08-08	T-cell dysregulation and inflammatory process in Gcn2 (Eif2ak4-/-)-deficient rats in basal and stress conditions 2023-05-01, American journal of physiology. Lung cellular and molecular physiology DOI:10.1152/ajplung.00460.2021 PMID:36852942	研究论文	研究Gcn2缺陷大鼠在基础和应激条件下的T细胞失调和炎症过程	首次探讨了Gcn2缺陷大鼠在氨基酸剥夺条件下的肺部分子和细胞反应，以及与hPVOD病理生理学相关的表型变化	NA	探讨Gcn2缺陷大鼠在基础和应激条件下的免疫稳态和hPVOD发展的机制	Gcn2缺陷大鼠的肺部	NA	肺高压	RNA测序，单细胞RNA测序，流式细胞术，组织成像，Western blot	NA	RNA	三组Gcn2缺陷大鼠的肺部样本
18878	2024-08-08	Myeloid-specific deletion of activating transcription factor 6 alpha increases CD11b+ macrophage subpopulations and aggravates lung fibrosis 2023-05, Immunology and cell biology IF:3.2Q3 DOI:10.1111/imcb.12637 PMID:36862017	research paper	研究激活转录因子6α（ATF6α）在特发性肺纤维化（IPF）中对肺泡巨噬细胞亚群组成和功能的影响	首次探讨了ATF6α在肺损伤和纤维化过程中对肺泡巨噬细胞亚群的影响，并揭示了其对纤维化进程的负面作用	研究仅在特定的小鼠模型中进行，可能需要进一步的人体研究来验证结果	探讨ATF6α在肺纤维化中的作用及其对肺泡巨噬细胞亚群的影响	特发性肺纤维化患者和ATF6α缺陷小鼠的肺泡巨噬细胞	NA	肺纤维化	单细胞RNA测序、流式细胞术	NA	RNA	包括IPF患者的肺组织和循环单核细胞，以及ATF6α缺陷小鼠的肺泡巨噬细胞
18879	2024-08-08	A combinatorial panel for flow cytometry-based isolation of enteric nervous system cells from human intestine 2023-04-05, EMBO reports IF:6.5Q1 DOI:10.15252/embr.202255789 PMID:36852936	研究论文	本文介绍了一种用于从人肠道中通过流式细胞术分离肠神经系统细胞的组合标记面板	该研究提出了一种新的标记组合CD56/CD90/CD24，用于更特异性和高分辨率地标记肠神经系统细胞	研究中发现的神经元和胶质细胞标记物的共表达现象，主要由神经元片段驱动，这可能影响细胞类型的纯度	开发一种高效的方法来分离和富集人肠神经系统细胞，以便进行单细胞RNA测序	人肠神经系统中的神经元和胶质细胞	NA	NA	流式细胞术（FACS）	NA	单细胞RNA测序数据	未具体说明样本数量
18880	2024-08-05	Microanatomy of the metabolic associated fatty liver disease (MAFLD) by single-cell transcriptomics 2023-04, Journal of drug targeting IF:4.3Q1 DOI:10.1080/1061186X.2023.2185626 PMID:36847649	研究论文	该文章通过单细胞转录组学研究代谢相关脂肪肝病的微观结构	首次通过单细胞分析确定了与NASH相关的差异基因，并识别了潜在的生物标志物	未深入探讨生物标志物的具体机制和临床应用	旨在识别代谢相关脂肪肝病中的关键基因及其潜在的临床应用	主要研究对象是来自正常和脂肪变性小鼠肝脏的单细胞	数字病理学	肝病	单细胞转录组测序	NA	单细胞数据	30,038个单细胞