单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
18781	2024-08-08	Single-cell transcriptome analysis of a rat model of bilateral renal ischemia-reperfusion injury 2023-Mar, Biochemistry and biophysics reports IF:2.3Q3 DOI:10.1016/j.bbrep.2023.101433 PMID:36798850	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析了双侧肾缺血再灌注损伤的大鼠模型中的转录组变化	首次详细描述了双侧肾缺血再灌注损伤大鼠模型中细胞和分子层面的变化	NA	旨在通过单细胞RNA测序全面分析缺血再灌注损伤肾脏的转录组	大鼠双侧肾缺血再灌注损伤模型中的肾脏细胞	数字病理学	肾脏疾病	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	涉及多种肾脏实质细胞，包括近端小管、亨利环和远端小管细胞以及巨噬细胞群体
18782	2024-08-08	Liver-Targeted Delivery of Small Interfering RNA of C-C Chemokine Receptor 2 with Tetrahedral Framework Nucleic Acid Attenuates Liver Cirrhosis 2023-Mar-01, ACS applied materials & interfaces IF:8.3Q1 DOI:10.1021/acsami.2c22579 PMID:36799737	研究论文	本研究开发了一种基于C-C趋化因子受体2（CCR2）小干扰RNA（siCcr2）的疗法，通过将多价siCcr2与四面体框架DNA纳米结构（tFNA）载体结合（tFNA-siCcr2），用于减轻肝纤维化	利用tFNA-siCcr2复合物改变了药物在体内的分布，从肾脏转移到肝脏，并延长了肝脏保留时间，主要定位于巨噬细胞和内皮细胞，有效沉默CCR2，显著改善了肝纤维化	NA	开发一种新的策略来减轻肝纤维化	C-C趋化因子受体2（CCR2）小干扰RNA（siCcr2）与四面体框架DNA纳米结构（tFNA）的复合物	NA	肝硬化	小干扰RNA沉默技术	NA	单细胞RNA测序数据	NA
18783	2024-08-08	A robust and accurate single-cell data trajectory inference method using ensemble pseudotime 2023-Feb-20, BMC bioinformatics IF:2.9Q1 DOI:10.1186/s12859-023-05179-2 PMID:36803767	研究论文	提出了一种名为scTEP的新型轨迹推断框架，利用集成伪时间推断单细胞数据轨迹	scTEP通过利用多个聚类结果来推断鲁棒的伪时间，并使用伪时间来微调学习到的轨迹，提高了轨迹推断的准确性和鲁棒性	NA	开发一种新的单细胞数据轨迹推断方法，以提高推断的准确性和鲁棒性	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	NA	数据集	41个真实单细胞RNA测序数据集
18784	2024-08-08	Single-cell transcriptome sequencing allows genetic separation, characterization and identification of individuals in multi-person biological mixtures 2023-02-20, Communications biology IF:5.2Q1 DOI:10.1038/s42003-023-04557-z PMID:36805025	研究论文	本文探讨了使用单细胞转录组测序（scRNA-seq）结合专用生物信息学流程（De-goulash）来解决多人生物混合物中个体识别的问题	开发了一种新方法，并通过自发生成的多人血液混合物scRNA-seq数据和从公共单一个体scRNA-seq数据集组装的模拟混合物进行了测试	需要进一步优化和实施，以应用于更具挑战性的生物混合物，如犯罪现场的混合物	验证单细胞方法在解卷积生物混合物并随后遗传特征化和个体识别分离混合物贡献者的可行性	多人血液混合物中的个体识别	生物信息学	NA	单细胞转录组测序（scRNA-seq）	De-goulash	单细胞转录组数据	涉及2至9人的平衡和不平衡血液混合物，比例高达1:60
18785	2024-08-08	Single cell epigenomic and transcriptomic analysis uncovers potential transcription factors regulating mitotic/meiotic switch 2023-02-17, Cell death & disease IF:8.1Q1 DOI:10.1038/s41419-023-05671-w PMID:36797258	研究论文	本研究通过单细胞分辨率下的染色质可及性（scATAC-seq）和转录动力学（scRNA-seq）分析，揭示了在小鼠胚胎卵巢的雌性生殖细胞中调控有丝/减数分裂转换的潜在转录因子	采用严格的转录因子筛选框架和转录因子相互作用算法，整合转录水平、染色质可及性和基序评分，首次鉴定出14个潜在调控有丝/减数分裂转换的转录因子	NA	揭示雌性生殖细胞中有丝/减数分裂转换的复杂机制	小鼠胚胎卵巢的雌性生殖细胞	基因组学	生殖系统疾病	scATAC-seq, scRNA-seq	NA	基因组数据	小鼠胚胎卵巢的雌性生殖细胞从E11.5到13.5
18786	2024-08-08	Single-cell heterogeneity and dynamic evolution of Ph-like acute lymphoblastic leukemia patient with novel TPR-PDGFRB fusion gene 2023-Feb-17, Experimental hematology & oncology IF:9.4Q1 DOI:10.1186/s40164-023-00380-8 PMID:36797781	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术，展示了携带新型TPR-PDGFRB融合基因的Ph样急性淋巴细胞白血病患者的全面细胞图谱，并揭示了疾病进展中的转录组进化。	首次揭示了Ph样急性淋巴细胞白血病患者中与疾病进展相关的异质性，并发现了与不良预后相关的复发富集B细胞亚群。	研究仅基于单一患者的数据，可能限制了结果的普遍性和广泛应用。	探讨Ph样急性淋巴细胞白血病患者的单细胞异质性和疾病动态演化。	携带新型TPR-PDGFRB融合基因的Ph样急性淋巴细胞白血病患者。	数字病理学	急性淋巴细胞白血病	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	单一患者
18787	2024-08-08	Single-cell transcriptome analysis reveals stem cell-like subsets in the progression of Waldenström's macroglobulinemia 2023-Feb-17, Experimental hematology & oncology IF:9.4Q1 DOI:10.1186/s40164-023-00382-6 PMID:36797797	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析了健康供体、IgM单克隆丙种球蛋白病未明意义（IgM MGUS）和瓦尔登斯特伦巨球蛋白血症（WM）患者的CD19+和CD19-CD38+细胞，揭示了WM进展中的干细胞样亚群。	本研究首次通过单细胞RNA测序技术，揭示了IgM MGUS和WM患者中CD3+CD19+细胞可能具有干细胞样特性，并发现了MYD88在肿瘤发生中的早期事件。	NA	研究IgM MGUS向WM进展的机制及细胞景观。	健康供体、IgM MGUS和WM患者的CD19+和CD19-CD38+细胞。	数字病理学	瓦尔登斯特伦巨球蛋白血症	单细胞RNA测序	NA	RNA	健康供体、IgM MGUS和WM患者的CD19+和CD19-CD38+细胞样本
18788	2024-08-08	Inhibition of inflammatory microglia by dietary fiber and short-chain fatty acids 2023-02-16, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-022-27086-x PMID:36797287	研究论文	研究评估了短链脂肪酸（SCFAs）对脂多糖（LPS）刺激的小鼠小胶质细胞的抗炎作用，这些小胶质细胞来自喂食菊粉（一种可溶性纤维）的小鼠，以及体外应用SCFAs到原代小胶质细胞	发现SCFAs通过减少组蛋白去乙酰化酶活性和核因子-κB的核转位来降低小胶质细胞的炎症反应，且SCFAs的抗炎作用不依赖于单羧酸转运蛋白	未检测到SCFA受体Ffar2或Ffar3的表达，且抑制单羧酸转运蛋白并未影响SCFAs的抗炎效果，暗示SCFAs可能通过表观遗传机制直接调节小胶质细胞	研究饮食纤维和短链脂肪酸对炎症小胶质细胞的抑制作用	小鼠小胶质细胞和短链脂肪酸（SCFAs）	NA	神经炎症	单细胞RNA测序	NA	RNA	小鼠小胶质细胞
18789	2024-08-08	FOXG1 drives transcriptomic networks to specify principal neuron subtypes during the development of the medial pallium 2023-02-15, Science advances IF:11.7Q1 DOI:10.1126/sciadv.ade2441 PMID:36791184	研究论文	本研究通过删除FOXG1转录因子和单细胞RNA测序技术，探索了内侧壁（MP）主要神经元亚型在发育过程中的分子机制	揭示了FOXG1调控的转录组网络在MP神经元亚型特化中的作用	NA	阐明内侧壁主要神经元亚型特化的分子机制及相关神经病理学	内侧壁的神经元亚型，包括上层 retrosplenial 皮质锥体神经元、subiculum 锥体神经元、CA1-PyNs、CA3-PyNs 和齿状回颗粒细胞	神经科学	自闭症谱系障碍	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	E17.5 小鼠的内侧壁组织
18790	2024-08-08	Profiling the peripheral immune response to ex vivo TNF stimulation in untreated juvenile idiopathic arthritis using single cell RNA sequencing 2023-Feb-15, Pediatric rheumatology online journal DOI:10.1186/s12969-023-00787-x PMID:36793127	研究论文	本研究使用单细胞RNA测序技术，分析了未治疗的幼年特发性关节炎患者在接受体外TNF刺激后的外周免疫反应	开发了一种新的分析流程scPool，通过将细胞先汇集到伪细胞中再进行表达分析，有助于区分TNF刺激、JIA疾病状态和个体供体的影响	样本量较小，仅包括六名新诊断的JIA儿童和两名健康对照	验证单细胞RNA测序技术在个性化转录组学研究中的应用，以表征患者特定的免疫特征	未治疗的幼年特发性关节炎患者和健康对照的外周血样本	数字病理学	幼年特发性关节炎	单细胞RNA测序	NA	RNA	六名新诊断的JIA儿童和两名健康对照
18791	2024-08-08	Regulon active landscape reveals cell development and functional state changes of human primary osteoblasts in vivo 2023-02-15, Human genomics IF:3.8Q2 DOI:10.1186/s40246-022-00448-2 PMID:36793138	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序数据，应用单细胞调控网络推断和聚类方法，识别了人类原代成骨细胞中协同调控基因的模块（regulons），并重建了基于regulon活性的成骨细胞发育轨迹，验证了重要regulons的功能。	首次基于细胞regulon活性景观描述了人类成骨细胞在体内的独特特征，并识别了与免疫、细胞增殖和分化相关的关键细胞阶段或亚型。	NA	揭示人类成骨细胞在体内的细胞发育和功能状态变化，以及这些变化与骨代谢和相关疾病的关系。	人类原代成骨细胞	数字病理学	骨代谢疾病	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	多个成骨细胞样本
18792	2024-08-05	Single-cell sequencing of ascites fluid illustrates heterogeneity and therapy-induced evolution during gastric cancer peritoneal metastasis 2023-02-14, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-023-36310-9 PMID:36788228	研究论文	该研究描述了胃癌腹腔转移中肿瘤与免疫细胞的单细胞转录组特征	揭示了不同类型的单核细胞样树突状细胞的演变及其与抗肿瘤治疗的关系	样本量相对较小，仅包含35名患者	探讨腹腔液生态系统的异质性及其在胃癌腹腔转移中的角色	191,987个来自胃癌腹腔转移患者的癌症/免疫细胞	数字病理学	胃癌	单细胞测序	NA	细胞转录组数据	35名患者，191,987个细胞
18793	2024-08-05	Identification of a hypoxia-related gene prognostic signature in colorectal cancer based on bulk and single-cell RNA-seq 2023-02-13, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-023-29718-2 PMID:36781976	研究论文	本研究旨在建立一个与缺氧相关的基因预后签名，以预测结直肠癌患者的总体存活率	构建了一个六个缺氧相关基因的预后模型，具有优越的存活率预测能力	样本量仅限于TCGA和两个GEO数据集，可能存在一定的局限性	研究缺氧相关基因在结直肠癌肿瘤微环境中的作用及其对患者总体存活率的预测能力	结直肠癌患者的肿瘤样本和正常样本	数字病理学	结直肠癌	单细胞RNA测序、RT-PCR	最小绝对收缩和选择算子回归算法（LASSO）	基因表达数据	涉及十对结直肠癌正常和癌组织样本
18794	2024-08-08	Single-cell RNA-sequencing identifies disease-associated oligodendrocytes in male APP NL-G-F and 5XFAD mice 2023-02-13, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-023-36519-8 PMID:36781874	研究论文	本文通过单细胞RNA测序分析，在雄性App和5xFAD阿尔茨海默病小鼠模型及人类死后大脑中，识别出与疾病相关的少突胶质细胞亚群，并探讨了Erk1/2信号通路在其中的作用	首次在阿尔茨海默病模型中识别出疾病相关少突胶质细胞亚群，并发现Erk1/2信号通路的异常激活与其功能障碍相关	NA	探究少突胶质细胞在阿尔茨海默病发病机制中的作用	雄性App和5xFAD阿尔茨海默病小鼠模型及人类死后大脑中的少突胶质细胞	数字病理学	阿尔茨海默病	单细胞RNA测序	NA	RNA	雄性App和5xFAD小鼠及人类死后大脑样本
18795	2024-08-05	Distinct tissue niches direct lung immunopathology via CCL18 and CCL21 in severe COVID-19 2023-02-11, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-023-36333-2 PMID:36774347	研究论文	本研究结合先进成像技术和空间转录组学揭示了严重COVID-19中局部免疫反应的机制	提出了促进自我维持和非解决性局部免疫反应的免疫间质相互作用机制	关于这一慢性炎症疾病的细胞和分子机制仍不明朗	研究严重COVID-19的肺部免疫病理机制	严重COVID-19患者的肺部组织微环境	数字病理学	COVID-19	空间转录组学	NA	成像数据	NA
18796	2024-08-08	Repositioning Lomitapide to block ZDHHC5-dependant palmitoylation on SSTR5 leads to anti-proliferation effect in preclinical pancreatic cancer models 2023-Feb-11, Cell death discovery IF:6.1Q1 DOI:10.1038/s41420-023-01359-4 PMID:36774350	研究论文	本研究通过比较胰腺癌组织和正常胰腺组织的单细胞转录组数据，发现ZDHHC5是抑制胰腺癌细胞增殖的潜在靶点，并重新定位孤儿药物Lomitapide作为ZDHHC5的抑制剂，以阻断SSTR5的棕榈酰化，从而抑制胰腺癌细胞的生长和增殖。	本研究首次证明了使用ZDHHC5的药理抑制剂Lomitapide在胰腺癌中的应用，代表了针对棕榈酰化的新一类靶向治疗。	NA	探索抑制胰腺癌细胞增殖的新治疗策略。	胰腺癌细胞和正常胰腺细胞。	数字病理学	胰腺癌	单细胞转录组	NA	转录组数据	胰腺癌组织和正常胰腺组织
18797	2024-08-08	Murine neonatal cardiac B cells promote cardiomyocyte proliferation and heart regeneration 2023-Feb-11, NPJ Regenerative medicine IF:6.4Q1 DOI:10.1038/s41536-023-00282-7 PMID:36774363	研究论文	本文研究了新生小鼠心脏B细胞在心肌细胞增殖和心脏再生中的作用	首次阐明了B细胞在心肌细胞增殖和心脏再生中的作用，并揭示了新生和成年小鼠心脏B细胞功能的差异	研究仅限于小鼠模型，尚未在人类中验证	探讨B细胞在心肌细胞增殖和心脏再生中的作用	新生和成年小鼠的心脏B细胞	NA	心血管疾病	单细胞RNA测序	NA	RNA	新生和成年小鼠
18798	2024-08-08	Single Cell Analysis of Human Thyroid Reveals the Transcriptional Signatures of Aging 2023-02-11, Endocrinology IF:3.8Q2 DOI:10.1210/endocr/bqad029 PMID:36791033	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析了来自7名患者的54,726个甲状腺细胞，揭示了与年龄相关的甲状腺转录组变化	首次通过单细胞RNA测序技术揭示了人类甲状腺中与年龄相关的特定转录组变化	研究样本仅来自7名患者，可能限制了结果的普遍性	探究甲状腺上皮细胞中与年龄相关的内分泌功能变化	人类甲状腺细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	54,726个细胞，来自7名患者
18799	2024-08-05	A novel cryopreservation and biobanking strategy to study lymphoid tissue stromal cells in human disease 2023-Feb-07, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.02.06.525604 PMID:36798373	研究论文	本文展示了一种新颖的冷冻保存和生物样本库策略，用于研究人类疾病中的淋巴组织基质细胞	采用冷冻保存技术对淋巴组织进行存储，以便于研究非造血性淋巴结基质细胞	研究主要依赖于人类扁桃体和淋巴结样本，可能不完全代表其他淋巴组织	研究非造血性淋巴结基质细胞在各种人类疾病中的作用	人类扁桃体中的淋巴组织片段	数字病理学	自身免疫疾病，移植物抗宿主病，淋巴增生性疾病	冷冻保存	NA	组织样本	人类扁桃体样本
18800	2024-08-08	The Poisson distribution model fits UMI-based single-cell RNA-sequencing data 2023-Feb-06, Research square DOI:10.21203/rs.3.rs-2517698/v1 PMID:36798423	研究论文	本文提出了一种基于独立泊松分布（IPD）的单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据建模方法，通过引入一种新的数据表示方法——从简单的同质IPD（DIPD）偏离，来捕捉由细胞簇产生的每个基因每个细胞的内在异质性	本文的创新点在于提出了一种新的数据表示方法DIPD，用于scRNA-seq数据，能够揭示传统方法难以发现或需要仔细参数调整才能发现的新的细胞亚型	NA	改进单细胞RNA测序数据的建模方法，以促进下游数据分析	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	泊松分布模型	基因表达数据	NA