单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
1861	2025-05-15	Mouse-Geneformer: A deep learning model for mouse single-cell transcriptome and its cross-species utility 2025-Mar, PLoS genetics IF:4.0Q1 DOI:10.1371/journal.pgen.1011420 PMID:40106407	research paper	开发了一个针对小鼠单细胞转录组的深度学习模型mouse-Geneformer，并探索了其跨物种应用潜力	首次构建了一个基于小鼠大规模单细胞转录组数据的预训练模型mouse-Geneformer，并验证了其在跨物种分析中的有效性	在人类COVID-19模型上的分析结果与人类专用Geneformer仅部分一致，表明物种特异性模型对捕捉疾病机制完整复杂性的重要性	开发适用于小鼠单细胞转录组分析的深度学习模型并探索其跨物种应用	小鼠和人类的单细胞转录组数据	machine learning	COVID-19, myocardial infarction	scRNA-seq	Transformer Encoder	单细胞转录组数据	2100万个小鼠单细胞转录组图谱
1862	2025-05-15	Heterozygous GAA knockout is nonconsequential on metabolism and the spatial liver transcriptome in high-fat diet-induced obese and prediabetic mice 2025-Mar, Physiological reports IF:2.2Q3 DOI:10.14814/phy2.70276 PMID:40108792	研究论文	研究探讨了杂合性GAA敲除对高脂饮食诱导的肥胖和糖尿病前期小鼠肝脏代谢及空间转录组的影响	首次使用空间转录组学分析高脂饮食对门静脉周围和静脉周围肝细胞基因丰度的影响，并评估GAA杂合敲除的代谢效应	研究仅在小鼠模型中进行，未涉及人类数据，且未探讨GAA完全敲除的影响	评估GAA杂合敲除对肝脏代谢和代谢健康的影响	高脂饮食诱导的肥胖和糖尿病前期小鼠	代谢研究	肥胖症	空间转录组学分析	小鼠基因敲除模型	转录组数据	未明确说明具体数量，使用野生型和GAA杂合敲除小鼠
1863	2025-05-15	Aberrant Hematopoiesis and CD8+ T-Cell Activation in Thymoma-Associated Pure Red Cell Aplasia 2025-Mar, Thoracic cancer IF:2.3Q2 DOI:10.1111/1759-7714.70046 PMID:40109027	研究论文	该研究通过单细胞RNA测序等技术，探讨了胸腺瘤相关纯红细胞再生障碍性贫血（PRCA）的免疫机制	揭示了胸腺瘤-PRCA患者中CD8+T细胞的过度激活和炎症性骨髓环境对红细胞生成的抑制作用	样本量较小，且未探讨CD8+T细胞激活的具体触发机制	阐明胸腺瘤相关PRCA的免疫失调机制	胸腺瘤-PRCA患者和健康对照者的骨髓细胞及外周血CD8+T细胞	免疫学	纯红细胞再生障碍性贫血	scRNA-seq, bulk RNA测序, 流式细胞术, 细胞因子分析	NA	单细胞转录组数据, 批量RNA测序数据, 流式细胞数据, 细胞因子数据	胸腺瘤-PRCA患者和健康对照者的骨髓及外周血样本（具体数量未明确说明）
1864	2025-05-15	Crafted experiments to evaluate feature selection methods for single-cell RNA-seq data 2025-Mar, NAR genomics and bioinformatics IF:4.0Q1 DOI:10.1093/nargab/lqaf023 PMID:40109353	research paper	提出了一种基于真实数据集信号扰动的新方法，用于评估单细胞RNA测序数据的特征选择方法	开发了一种名为GOF的新特征选择方法，并通过精心设计的实验验证其在真实和非设计数据集上的有效性	缺乏真实数据集用于评估新的基因选择和/或聚类方法	评估单细胞RNA测序数据的特征选择方法	单细胞RNA测序数据	machine learning	NA	scRNA-seq	GOF	RNA-seq数据	NA
1865	2025-05-15	Metabolic stress and age drive inflammation and cognitive decline in mice and humans 2025-Mar, Alzheimer's & dementia : the journal of the Alzheimer's Association DOI:10.1002/alz.70060 PMID:40110679	研究论文	研究探讨代谢应激和年龄如何驱动小鼠和人类的炎症及认知衰退	揭示了代谢应激通过炎症机制促进认知障碍的早期和渐进性发展，特别是小胶质细胞及其分泌的SPP1蛋白的作用	机制尚不完全明确，且研究主要基于小鼠模型和有限的人类死后组织样本	探究代谢应激与认知障碍之间的机制联系	小鼠模型和人类AD及T2D患者的脑组织	神经科学	阿尔茨海默病, 2型糖尿病	空间转录组学, 单细胞RNA测序	高脂饮食小鼠模型	基因表达数据	小鼠模型及人类AD和T2D患者的死后脑组织样本
1866	2025-05-15	Machine Learning-Based Glycolipid Metabolism Gene Signature Predicts Prognosis and Immune Landscape in Oesophageal Squamous Cell Carcinoma 2025-Mar, Journal of cellular and molecular medicine IF:4.3Q2 DOI:10.1111/jcmm.70434 PMID:40119618	研究论文	利用机器学习方法开发并验证了一种基于糖脂代谢相关基因的食管鳞状细胞癌预后模型	建立了一个稳健的15基因特征，能有效将患者分层为不同的风险组，并揭示了与免疫浸润模式的显著关联	NA	预测食管鳞状细胞癌的预后并探索其与免疫景观的关系	食管鳞状细胞癌患者	机器学习	食管鳞状细胞癌	机器学习，单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	TCGA和GEO数据集中的患者样本
1867	2025-05-15	Automated Laser-Assisted Single-Cell Sorting for Cell Functional and RNA Sequencing 2025-02-28, ACS sensors IF:8.2Q1 DOI:10.1021/acssensors.4c02417 PMID:39843241	研究论文	本文介绍了一种自动化的高效单细胞分选器，结合激光诱导前向转移技术和高通量皮升微孔阵列，用于单细胞RNA测序	开发了一种新型自动化单细胞分选器，结合LIFT技术和表面功能化的微孔阵列，实现了高效率（>80%）和高精度（约100%）的单细胞分离	虽然展示了在PC-9细胞中的应用，但未广泛验证于其他细胞类型	提高单细胞分选的效率和精度，以支持下游单细胞分析	单细胞，特别是稀有转染的PC-9细胞	单细胞分析	NA	激光诱导前向转移（LIFT），单细胞RNA测序	NA	单细胞转录组数据	未明确说明具体样本数量，但涉及稀有转染的PC-9细胞
1868	2025-05-15	[Nafamostat Mesylate Alleviates Renal Ischemia-Reperfusion Injury in a Rat Model Through HMGB1 Modulation: An Omics Analysis -Based Study of the Protective Effect and the Mechanisms Involved] 2025-Jan-20, Sichuan da xue xue bao. Yi xue ban = Journal of Sichuan University. Medical science edition DOI:10.12182/20250160506 PMID:40109453	研究论文	研究甲磺酸萘莫司他（NM）在肾缺血再灌注损伤（RIRI）模型中的器官保护作用及其潜在机制	通过单细胞RNA测序和组学分析，揭示了NM通过调节HMGB1介导的巨噬细胞功能异常发挥保护作用的机制	研究仅基于大鼠模型，未涉及人类样本，且样本量较小（每组7只）	探究NM在RIRI中的保护作用及其分子机制	健康雄性Sprague-Dawley大鼠	肾脏病学	肾缺血再灌注损伤	单细胞RNA测序、免疫荧光、Western blotting、HE染色、TUNEL染色	大鼠RIRI模型	血清生化指标、组织病理学数据、单细胞转录组数据	21只SD大鼠（分为3组，每组7只）
1869	2025-05-15	T cell receptor usage and epitope specificity amongst CD8+ and CD4+ SARS-CoV-2-specific T cells 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1510436 PMID:40092978	研究论文	研究SARS-CoV-2特异性CD8+和CD4+ T细胞的表位特异性、T细胞受体（TCR）使用情况及表型变化	揭示了SARS-CoV-2特异性T细胞的长期动态变化，包括TCR克隆扩展和共享的公共TCR表位特异性库，为疫苗策略优化提供了新见解	样本量较小（28人），且仅针对未接种疫苗的个体进行研究	理解SARS-CoV-2感染后长期免疫保护机制	SARS-CoV-2康复患者的CD8+和CD4+ T细胞	免疫学	COVID-19	流式细胞术、单细胞RNA测序（scRNAseq）	NA	细胞数据、基因序列数据	28名未接种疫苗的SARS-CoV-2原发感染患者
1870	2025-05-15	Metabolic pathway activation and immune microenvironment features in non-small cell lung cancer: insights from single-cell transcriptomics 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1546764 PMID:40092988	research paper	通过单细胞转录组学数据研究非小细胞肺癌中代谢途径的激活和免疫微环境特征	利用单细胞RNA测序技术揭示了非小细胞肺癌中四种高度激活的代谢途径及其与免疫微环境的关系，并构建了具有强预测能力的风险特征	未来研究需要进一步探索这些代谢途径的具体机制及其在临床应用中的潜力	深入了解非小细胞肺癌中肿瘤微环境及其代谢特征，为开发新的治疗策略提供依据	非小细胞肺癌	digital pathology	lung cancer	scRNAseq, WGCNA	machine learning algorithms	single-cell RNA sequencing data	29,053 cells
1871	2025-05-15	Unveiling the immunological landscape of disseminated tuberculosis: a single-cell transcriptome perspective 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1527592 PMID:40092995	研究论文	通过单细胞转录组和T细胞受体测序，揭示了播散性结核病的免疫学特征及其潜在发病机制	首次在单细胞水平上揭示了播散性结核病患者的免疫细胞组成变化、T细胞功能耗竭特征以及独特的TCR特征	样本量较小（仅7例DTB患者），且为横断面研究，无法确定观察到的免疫特征与疾病发展的因果关系	阐明播散性结核病的免疫学特征及其发病机制	播散性结核病患者的免疫细胞和T细胞受体特征	免疫学	结核病	单细胞RNA转录组测序、T细胞受体(TCR)测序	NA	单细胞转录组数据、TCR序列数据	7例播散性结核病患者、2例潜伏性结核感染、3例活动性结核病例和2例健康对照
1872	2025-05-15	Integration of scRNA-seq and bulk RNA-seq to reveal the association and potential molecular mechanisms of metabolic reprogramming regulated by lactylation and chemotherapy resistance in ovarian cancer 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1513806 PMID:40093000	研究论文	通过整合scRNA-seq和bulk RNA-seq数据，揭示了乳酸化调控的代谢重编程与卵巢癌化疗耐药性的关联及其潜在分子机制	首次发现ALDH1A1和S100A4两个候选基因与乳酸化化疗耐药性相关，并揭示了乳酸积累与化疗耐药性的关联	研究样本量有限，未进行大规模临床验证	阐明卵巢癌化疗耐药性中乳酸化相关机制，为克服耐药性提供新的理论基础和治疗策略	卵巢癌组织和细胞	数字病理	卵巢癌	scRNA-seq, bulk RNA-seq, 差异表达分析, 生存分析, 富集分析	NA	RNA-seq数据	铂耐药队列和敏感队列的卵巢癌组织及细胞
1873	2025-05-15	Integration of single-nuclei and spatial transcriptomics to decipher tumor phenotype predictive of relapse-free survival in Wilms tumor 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1539897 PMID:40098972	研究论文	通过整合单核RNA测序和空间转录组学数据，研究团队识别出与Wilms肿瘤复发相关的肿瘤亚型，并开发了一个预后模型来预测患者的无复发生存期	首次整合单核RNA测序和空间转录组学数据识别Wilms肿瘤中与复发相关的Scissor+肿瘤细胞亚型，并开发了一个预后集合机器学习模型	研究依赖于公共数据库的数据，可能受限于样本量和数据质量	识别驱动Wilms肿瘤复发的分子特征并发现新的治疗靶点	Wilms肿瘤患者及其肿瘤组织	数字病理学	Wilms肿瘤	单核RNA测序(snRNA-seq), 空间转录组学(ST), 批量RNA测序(bulk RNA-seq), 突变/拷贝数分析	集合机器学习模型	RNA测序数据, 空间转录组数据, 突变数据, 拷贝数变异数据	公共数据库中的Wilms肿瘤样本
1874	2025-05-15	Integrative analysis of semaphorins family genes in colorectal cancer: implications for prognosis and immunotherapy 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1536545 PMID:40103807	研究论文	该研究通过整合多种机器学习算法和多组学分析，构建了一个与semaphorins家族基因相关的评分系统（SRS），用于预测结直肠癌患者的预后和免疫治疗反应	开发了一个基于101种机器学习算法组合的新型计算框架来构建SRS评分系统，并首次在结直肠癌中系统评估semaphorins家族基因的预后价值	研究主要基于计算分析和体外实验，需要更多临床样本验证SRS评分的临床应用价值	评估semaphorins家族基因在结直肠癌中的预后价值并探索其与免疫治疗的关系	结直肠癌患者和癌细胞系	数字病理	结直肠癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、空间转录组（ST）	多种机器学习算法组合	基因组数据、转录组数据	未明确说明患者样本数量，包含体外实验的癌细胞系
1875	2025-05-15	Single-cell RNA-seq reveals disease-specific CD8+ T cell clonal expansion and a high frequency of transcriptionally distinct double-negative T cells in diabetic NOD mice 2025, PloS one IF:2.9Q1 DOI:10.1371/journal.pone.0317987 PMID:40106422	研究论文	该研究通过单细胞RNA测序技术揭示了糖尿病NOD小鼠中CD8+ T细胞的克隆扩增和转录特征	首次在单细胞水平上揭示了T1D进展过程中T细胞的克隆扩增和转录特征，并发现了一种高频的转录独特的双阴性T细胞	研究仅针对NOD小鼠，未在人类样本中验证	识别与1型糖尿病进展相关的T细胞克隆扩增和转录特征	非肥胖糖尿病（NOD）小鼠的外周血和胰岛中的T细胞	单细胞转录组学	1型糖尿病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	单细胞转录组数据	纵向收集的NOD小鼠外周血和胰岛样本
1876	2025-05-15	Spatial proteomics and transcriptomics characterization of tissue and multiple cancer types including decalcified marrow 2025-Jan, Cancer biomarkers : section A of Disease markers IF:2.2Q3 DOI:10.1177/18758592241308757 PMID:40109220	研究论文	本研究通过优化空间生物学技术方法，包括开发多癌症组织微阵列和骨髓脱钙协议，以支持空间蛋白质组学和转录组学研究	开发了一种分子和蛋白质友好的脱钙协议，用于处理FFPE骨髓核心样本，以保留核酸用于空间蛋白质组学和转录组学分析	研究中未提及样本量的具体数字，且可能受限于特定技术平台的应用范围	优化空间生物学技术方法，解决各种组织和肿瘤类型的预分析挑战	多癌症组织微阵列和骨髓核心样本	空间生物学	多癌症类型	PhenoCycler高多重免疫组化(IHC)，Xenium空间转录组学	NA	空间蛋白质组学和转录组学数据	NA
1877	2025-05-15	Aspartate beta-hydroxylase is a prognostic factor in gallbladder cancer with the function of promoting tumorigenesis and chemoresistance 2025, Frontiers in endocrinology IF:3.9Q2 DOI:10.3389/fendo.2025.1452345 PMID:40110547	research paper	该研究探讨了天冬氨酸β-羟化酶（ASPH）在胆囊癌中的预后价值及其促进肿瘤发生和化疗耐药的功能	首次发现ASPH在胆囊癌中的高表达与不良预后相关，并揭示了其在肿瘤免疫逃逸、转移和化疗耐药中的多重作用	研究样本量有限（215例），且需要进一步实验验证传统中药活性成分对ASPH的靶向作用	探索胆囊癌的新型生物标志物和治疗靶点	胆囊癌组织和患者	肿瘤学	胆囊癌	RNA-seq、孟德尔随机化、免疫组化、单细胞测序、网络药理学	NA	基因表达数据、临床数据	215例胆囊癌患者
1878	2025-05-15	A single-cell RNA sequencing atlas of the healthy canine lung: a foundation for comparative studies 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1501603 PMID:40114924	research paper	该研究通过单细胞RNA测序技术构建了健康犬肺的单细胞图谱，揭示了犬肺组织的细胞和分子异质性	首次对健康犬肺组织进行单细胞RNA测序分析，发现了46个转录不同的细胞亚群，包括罕见的非传统T细胞和雪旺细胞	研究仅使用了4只犬的肺组织样本，样本量较小	建立健康犬肺的单细胞图谱，为犬和人类肺部疾病的比较研究提供基础	健康犬的肺组织	digital pathology	lung cancer	scRNA-seq	NA	RNA sequencing data	4只犬的26,278个细胞
1879	2025-05-15	Cloning and validating systems for high throughput molecular recording 2025, Methods in enzymology DOI:10.1016/bs.mie.2025.01.015 PMID:40121084	研究论文	本文描述了构建分子记录谱系追踪系统的优化克隆和验证程序	利用CRISPR-Cas9条形码编辑技术生成基因组整合的工程DNA盒突变，通过单细胞RNA测序读取并生成高分辨率谱系树	NA	开发并验证高通量分子记录技术	分子记录谱系追踪系统的克隆和验证	分子生物学	NA	CRISPR-Cas9条形码编辑, 单细胞RNA测序	NA	DNA序列, RNA序列	NA
1880	2025-05-15	MS4A7 based metabolic gene signature as a prognostic predictor in lung adenocarcinoma 2025, Frontiers in molecular biosciences IF:3.9Q2 DOI:10.3389/fmolb.2025.1591446 PMID:40356720	研究论文	本研究探讨了MS4A7基因在肺腺癌预后和免疫微环境动态中的作用，并开发了一个基于代谢基因的预后预测模型	首次将MS4A7基因与肺腺癌的预后和免疫微环境动态联系起来，并开发了一个高预测准确性的预后模型	研究依赖于TCGA数据库的RNA-seq数据，可能无法完全代表所有肺腺癌患者的异质性	探索MS4A7基因在肺腺癌预后和免疫微环境中的作用	肺腺癌患者和MS4A7基因	数字病理	肺癌	RNA-seq, 单细胞RNA测序	LASSO-Cox回归	RNA-seq数据	500名肺腺癌患者