单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 27574 篇文献，本页显示第 18761 - 18780 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 18761 | 2024-08-05 |
Increased fatty acid metabolism and decreased glycolysis are hallmarks of metabolic reprogramming within microglia in degenerating white matter during recovery from experimental stroke
2023-07, Journal of cerebral blood flow and metabolism : official journal of the International Society of Cerebral Blood Flow and Metabolism
IF:4.9Q1
DOI:10.1177/0271678X231157298
PMID:36772984
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研究论文 | 本研究评估了实验性中风后12周内小鼠白质退行性变化中小胶质细胞的代谢重编程. | 首次揭示了中风后小胶质细胞中脂肪酸代谢增加和糖酵解减少的代谢改变. | 研究主要集中在小鼠模型，可能无法完全反映人类的情况. | 评估中风后恢复期间代谢稳态的变化. | 使用实验性中风模型的小鼠作为实验对象. | 数字病理学 | 脑中风 | 液相色谱-质谱联用技术（LC-MS） | NA | 生物化学样本 | 每个样本检测707种生化物质，涉及大小鼠对照组和中风组的比较 |
| 18762 | 2024-08-05 |
Complement receptor C5aR1 blockade reprograms tumor-associated macrophages and synergizes with anti-PD-1 therapy in gastric cancer
2023-07-01, International journal of cancer
IF:5.7Q1
DOI:10.1002/ijc.34474
PMID:36799619
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研究论文 | 该论文探讨了C5aR1阻断在改善胃癌抗肿瘤免疫中的作用 | 发现C5aR1在巨噬细胞上主要表达，并且其阻断可以改善CD8 T细胞的效能 | 尚未明确不同癌症类型中C5aR1的作用及其潜在影响 | 评估C5aR1在胃癌中的作用及其与抗PD-1治疗的联合效果 | 胃癌相关的肿瘤相关巨噬细胞TAMs | 数字病理学 | 胃癌 | 流式细胞术（FCM）和单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 组织样本 | 新鲜的胃癌手术样本 |
| 18763 | 2024-08-08 |
Analysis of Single-Cell Transcriptome and Surface Protein Expression in Ankylosing Spondylitis Identifies OX40-Positive and Glucocorticoid-Induced Tumor Necrosis Factor Receptor-Positive Pathogenic Th17 Cells
2023-07, Arthritis & rheumatology (Hoboken, N.J.)
DOI:10.1002/art.42476
PMID:36787119
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研究论文 | 本研究通过分析单细胞转录组和表面蛋白表达，揭示了强直性脊柱炎（AS）中血液和滑膜细胞的免疫景观，并阐明了致病性Th17细胞的分子特征 | 本研究首次在单细胞水平上同时分析了强直性脊柱炎患者的转录组和表面蛋白表达，并发现了OX40和GITR阳性表达的致病性Th17细胞 | 研究样本量有限，且仅包括了活动期和稳定期的AS患者，可能无法全面代表所有AS患者的免疫状态 | 揭示强直性脊柱炎中血液和滑膜细胞的免疫景观，并阐明致病性Th17细胞的分子特征 | 活动期和稳定期的强直性脊柱炎患者、类风湿关节炎患者及健康对照者的血液和滑膜细胞 | 免疫学 | 强直性脊柱炎 | 流式细胞术 | NA | 单细胞转录组 | 共120名参与者，包括40名活动期AS患者、20名稳定期AS患者、40名活动期类风湿关节炎患者和20名健康对照者 |
| 18764 | 2024-08-08 |
Single-cell multi-omic topic embedding reveals cell-type-specific and COVID-19 severity-related immune signatures
2023-Jun-01, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.01.31.526312
PMID:36778483
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研究论文 | 本文提出了一种可解释的深度学习方法moETM，用于高维单细胞多模态数据的整合分析，并通过实验验证了其在单细胞转录组和染色质可及性数据分析中的优越性能 | moETM通过专家乘积在编码器中整合多种组学数据，并使用多个线性解码器学习基因调控程序的多组学特征，提高了分析的灵活性和可解释性 | NA | 探索单细胞多组学测序技术在细胞异质性研究中的应用，并开发新的计算方法以解决高维、离散和稀疏数据带来的挑战 | 单细胞转录组和染色质可及性数据，以及单细胞转录组和蛋白质组数据 | 生物信息学 | COVID-19 | 单细胞多组学测序技术 | 深度学习模型 | 多模态数据 | 涉及七个公开数据集，包括人类骨髓单个核细胞和COVID-19患者的数据 |
| 18765 | 2024-08-08 |
PKI: A bioinformatics method of quantifying the importance of nodes in gene regulatory network via a pseudo knockout index
2023-06, Biochimica et biophysica acta. Gene regulatory mechanisms
DOI:10.1016/j.bbagrm.2023.194911
PMID:36804477
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研究论文 | 本文提出了一种生物信息学方法，称为伪敲除重要性（PKI），用于量化特定基因调控网络结构中节点和节点集的重要性，使用时间序列单细胞RNA测序数据 | PKI方法通过设计基因伪敲除实验和定义基于决定系数的PKI评分评估标准，量化了节点和节点集的重要性，并将其描述为移除变量对ODE系统的影响 | NA | 量化基因调控网络中节点和节点集的重要性 | 胚胎干细胞的特定基因调控网络 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 时间序列基因表达数据 | NA |
| 18766 | 2024-08-08 |
Low TCR Binding Strength Results in Increased Progenitor-like CD8+ Tumor-Infiltrating Lymphocytes
2023-05-03, Cancer immunology research
IF:8.1Q1
DOI:10.1158/2326-6066.CIR-22-0761
PMID:36787375
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研究论文 | 研究了T细胞受体（TCR）与肽-MHC抗原复合物的结合强度如何影响肿瘤微环境中内源性多克隆T细胞反应的蛋白质和转录组学特征 | 首次展示了高亲和力和低亲和力的肿瘤浸润淋巴细胞（TIL）在已建立的肿瘤微环境中可以分化成具有多种抗原特异性转录组学特征的细胞，并发现更多祖细胞样表型偏向于低亲和力T细胞 | 研究仅限于特定的肿瘤相关抗原和特定的TCR亲和力，可能无法完全代表所有T细胞反应的复杂性 | 探讨TCR结合强度对肿瘤微环境中T细胞功能的影响 | 肿瘤浸润淋巴细胞（TIL）及其在肿瘤微环境中的分化和功能 | 免疫学 | 肿瘤 | 流式细胞术，单细胞RNA测序 | NA | 蛋白质和转录组学数据 | 使用了TCR转基因小鼠模型和多克隆T细胞反应的数据 |
| 18767 | 2024-08-08 |
Single-cell Deconvolution of a Specific Malignant Cell Population as a Poor Prognostic Biomarker in Low-risk Clear Cell Renal Cell Carcinoma Patients
2023-05, European urology
IF:25.3Q1
DOI:10.1016/j.eururo.2023.02.008
PMID:36801089
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序技术分析了低风险透明细胞肾细胞癌患者的肿瘤内异质性，并探讨了特定恶性细胞群体作为不良预后生物标志物的潜力 | 首次利用单细胞RNA测序技术揭示透明细胞肾细胞癌中的表达异质性，并设计了一种基于去卷积的策略来风险分层低风险患者 | 研究样本量较小，仅包括五名患者，且结果需要在更大规模的研究中验证 | 探索透明细胞肾细胞癌中的表达异质性，并评估其对低风险患者预后的影响 | 透明细胞肾细胞癌患者的肿瘤样本 | 数字病理学 | 肾细胞癌 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 5名未治疗的透明细胞肾细胞癌患者 |
| 18768 | 2024-08-08 |
Single-cell transcriptomic analysis reveals the developmental trajectory and transcriptional regulatory networks of pigment glands in Gossypium bickii
2023-04-03, Molecular plant
IF:17.1Q1
DOI:10.1016/j.molp.2023.02.005
PMID:36772793
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析了Gossypium bickii中色素腺的发育轨迹和转录调控网络 | 发现了三个影响色素腺形成的新基因：GbiERF114、GbiZAT11和GbiNTL9，并验证了光和赤霉素促进色素腺的形成 | NA | 理解色素腺形态发生的生物学过程及其相关的分子机制，以促进培育具有无腺种子和有腺植物特性的栽培棉品种 | Gossypium bickii种子中的色素腺细胞 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | RNA | 12,222个原生质体 |
| 18769 | 2024-08-08 |
Multiomics uncover the proinflammatory role of Trpm4 deletion after myocardial infarction in mice
2023-04-01, American journal of physiology. Heart and circulatory physiology
DOI:10.1152/ajpheart.00671.2022
PMID:36800508
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研究论文 | 本研究探讨了TRPM4在心肌梗死后炎症反应和组织修复中的作用 | 首次研究了TRPM4在心肌梗死后由内皮细胞、免疫细胞和成纤维细胞介导的炎症过程中的作用 | 未来需要仔细评估抑制TRPM4对炎症和纤维化的影响，才能进行转化研究 | 评估TRPM4在心肌梗死后生存、心脏功能、炎症和愈合中的作用 | TRPM4在心肌梗死后对心脏的影响 | NA | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 蛋白质组学数据 | 154只野生型或敲除小鼠 |
| 18770 | 2024-08-08 |
OX40 agonism enhances PD-L1 checkpoint blockade by shifting the cytotoxic T cell differentiation spectrum
2023-03-21, Cell reports. Medicine
DOI:10.1016/j.xcrm.2023.100939
PMID:36796366
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研究论文 | 本文通过高维单细胞分析技术，研究了OX40共刺激和PD-1抑制通路联合靶向治疗对T细胞状态的影响，并探讨了这些变化与免疫检查点治疗反应的关系。 | 首次揭示了OX40激动剂通过改变细胞毒性T细胞分化谱增强PD-L1检查点阻断的效果，并发现了与治疗反应相关的NK细胞受体表达的CD8 T细胞。 | 研究主要在肿瘤小鼠模型中进行，需要在更多癌症患者中验证这些发现。 | 探究OX40和PD-1通路联合治疗对T细胞状态的影响及其在免疫检查点治疗中的作用。 | 肿瘤小鼠模型及免疫治疗反应的癌症患者。 | 免疫学 | NA | 单细胞RNA测序和质谱流式细胞术 | NA | 单细胞数据 | 肿瘤小鼠及免疫治疗反应的癌症患者 |
| 18771 | 2024-08-05 |
Identifying spatial domain by adapting transcriptomics with histology through contrastive learning
2023-03-19, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbad048
PMID:36781228
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研究论文 | 本文提出一种新方法ConGI，通过对比学习将基因表达与组织病理图像结合，准确识别空间域 | 该研究提出三种对比损失函数，使得基因表达和图像数据的共同表示得以学习，从而增强了空间域识别的准确性 | 本文未详细探讨提出的方法在大规模数据集上的表现 | 研究空间转录组学中通过结合组织病理图像来准确识别空间域 | 本研究对象包括肿瘤和正常组织的空间转录组数据集 | 数字病理学 | NA | 对比学习 | NA | 基因表达和图像数据 | NA |
| 18772 | 2024-08-08 |
Multi-omics analysis reveals Mn exposure affects ferroptosis pathway in zebrafish brain
2023-Mar-15, Ecotoxicology and environmental safety
IF:6.2Q1
DOI:10.1016/j.ecoenv.2023.114616
PMID:36796209
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序和代谢组学分析，探讨了锰暴露对斑马鱼大脑中铁死亡信号通路的影响。 | 本研究首次揭示了锰暴露通过影响铁死亡信号通路导致神经毒性的新机制。 | NA | 探究锰暴露引起的神经毒性机制。 | 斑马鱼大脑中的不同细胞类型及其转录组和代谢过程。 | 数字病理学 | 神经毒性 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据，代谢组数据 | 斑马鱼大脑中的10种细胞类型 |
| 18773 | 2024-08-05 |
Trajectory Inference for Unraveling Dynamic Biological Processes from Raman Spectral Data
2023-03-07, Analytical chemistry
IF:6.7Q1
DOI:10.1021/acs.analchem.2c04901
PMID:36788139
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研究论文 | 本文提出了一种基于Raman光谱数据推断动态生物过程的轨迹推断方法 | 该研究将轨迹推断方法扩展到Raman光谱，探索脂肪细胞分化的动态 | NA | 研究细胞异质性在生物医学问题中的作用 | 脂肪细胞分化的动态 | 数字病理学 | NA | Raman光谱 | 轨迹推断模型 | 光谱数据 | NA |
| 18774 | 2024-08-05 |
Exploring the Mechanism of Microfracture in the Treatment of Porcine Full-Thickness Cartilage Defect
2023-03, The American journal of sports medicine
DOI:10.1177/03635465231153630
PMID:36802853
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研究论文 | 本研究探讨了微骨折在治疗全层软骨缺损中的机制 | 利用单细胞转录组测序技术，识别了微骨折后不同修复阶段的特征细胞亚群 | 未提及具体的样本量或临床试验数据 | 阐明微骨折治疗软骨缺损的修复机制 | 对巴马小型猪的全层关节软骨缺损和微骨折进行研究 | 数字病理学 | NA | 单细胞转录组测序 | NA | 细胞数据 | 巴马小型猪的右膝关节建立的全层软骨缺损和微骨折模型 |
| 18775 | 2024-08-05 |
Single-cell RNA-seq data analysis based on directed graph neural network
2023-03, Methods (San Diego, Calif.)
DOI:10.1016/j.ymeth.2023.02.008
PMID:36804214
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研究论文 | 本研究开发了一种基于定向图神经网络的单细胞RNA测序数据分析方法 | 提出了图自编码器和图注意力网络，以解决单细胞RNA测序数据分析中的稀疏性和基因表达复杂差异模式 | 样本数量和数据集类型可能限制了方法的普遍适用性 | 提高单细胞RNA-seq分析的准确性和效率 | 单细胞RNA测序数据 | 计算机视觉 | NA | NA | 定向图神经网络 | RNA测序数据 | 四个具有金标准细胞标签的单细胞RNA-seq数据集 |
| 18776 | 2024-08-05 |
scMAGS: Marker gene selection from scRNA-seq data for spatial transcriptomics studies
2023-03, Computers in biology and medicine
IF:7.0Q1
DOI:10.1016/j.compbiomed.2023.106634
PMID:36774895
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研究论文 | 提出了一种用于选择空间转录组学研究中标记基因的新方法scMAGS | scMAGS通过在标记基因选择步骤之前识别候选基因的过滤步骤实现了创新 | 该研究未提及具体限制因素 | 开发一种用于空间转录组学研究中的标记基因选择方法 | 标记基因的选择，基于单细胞RNA测序数据 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 (scRNA-seq) | NA | 基因表达数据 | 处理包含数百万个细胞的大型数据集 |
| 18777 | 2024-08-05 |
Soluble adenylyl cyclase coordinates intracellular pH homeostasis and biomineralization in calcifying cells of a marine animal
2023-03-01, American journal of physiology. Cell physiology
DOI:10.1152/ajpcell.00524.2022
PMID:36779665
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研究论文 | 该文章探讨了可溶性腺苷酸酰化酶如何协调海洋动物矿化细胞的细胞内pH稳态和生物矿化 | 首次阐明了可溶性腺苷酸酰化酶在海胆幼虫矿化原始间充质细胞中的时空表达及其对pH调节和生物矿化的影响 | 未具体提及本研究的局限性 | 研究可溶性腺苷酸酰化酶在海洋动物矿化细胞中的作用及机制 | 海胆幼虫的矿化原始间充质细胞 | 数字病理学 | NA | 单细胞转录组学，原位杂交，免疫细胞化学 | NA | 图像，转录组数据 | 具体样本量未提及 |
| 18778 | 2024-08-05 |
Comprehensive landscape of the IPAF inflammasomes in pan-cancer: A bulk omics research and single-cell sequencing validation
2023-03, Computers in biology and medicine
IF:7.0Q1
DOI:10.1016/j.compbiomed.2023.106622
PMID:36780800
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研究论文 | 本文对IPAF炎症小体在33种肿瘤中的综合分析进行了研究 | 研究首次探讨IPAF炎症小体在多种肿瘤中的作用及其在肿瘤免疫中的潜在价值 | 尚不清楚IPAF炎症小体在所有类型肿瘤中的具体机制和影响 | 分析IPAF炎症小体在全癌症谱中的作用及其对免疫治疗的潜在影响 | 33种不同类型的肿瘤中IPAF炎症小体相关基因的表达 | 数字病理学 | 多种癌症 | 基因表达分析和单细胞测序 | NA | 基因表达数据 | 33种肿瘤 |
| 18779 | 2024-08-08 |
Heterogeneity of macrophages in atherosclerosis revealed by single-cell RNA sequencing
2023-03, FASEB journal : official publication of the Federation of American Societies for Experimental Biology
IF:4.4Q2
DOI:10.1096/fj.202201932RR
PMID:36786718
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综述 | 本文综述了利用单细胞RNA测序技术在动脉粥样硬化斑块中揭示巨噬细胞异质性的最新进展 | 首次全面绘制了斑块中巨噬细胞亚群和表型的图谱，并更新了巨噬细胞亚群的定义和分类 | NA | 探讨动脉粥样硬化中巨噬细胞的异质性及其在疾病发生发展中的作用 | 巨噬细胞在动脉粥样硬化斑块中的亚群和表型 | 数字病理学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | NA |
| 18780 | 2024-08-08 |
Single-cell profiling identifies T cell subsets associated with control of tuberculosis dissemination
2023-03, Clinical immunology (Orlando, Fla.)
DOI:10.1016/j.clim.2023.109266
PMID:36796469
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组和T细胞受体测序，分析了结核病患者和健康对照者的T细胞亚群，以识别与结核病控制相关的T细胞亚群 | 首次通过单细胞技术揭示了结核病患者中特定T细胞亚群的变化，特别是GZMK表达的CD8细胞毒性T细胞和SOX4表达的CD4中心记忆T细胞的减少，以及MKI67表达的增殖性CD3 T细胞的增加 | NA | 识别与结核病控制相关的T细胞亚群 | 结核病患者和健康对照者的T细胞 | 免疫学 | 结核病 | 单细胞转录组测序, T细胞受体测序 | UMAP聚类 | 转录组数据 | 结核病患者和健康对照者的总T细胞 |