单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 27574 篇文献，本页显示第 18721 - 18740 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 18721 | 2024-08-08 |
Cell type-specific Interaction Analysis using Doublets in scRNA-seq (CIcADA)
2023-Feb-15, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.02.13.528326
PMID:36824707
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研究论文 | 本文开发了一种名为CIcADA的分析流程，用于在单细胞RNA测序数据中识别和分析生物学上的双细胞 | CIcADA通过多标签细胞类型评分识别潜在的双细胞，并通过与相同细胞类型组成的合成双细胞进行比较，来表征相互作用动态 | NA | 开发一种新的分析方法，用于在单细胞RNA测序数据中识别和分析双细胞，以揭示细胞间的相互作用和细胞过程 | 单细胞RNA测序数据中的双细胞 | 生物信息学 | 肿瘤 | scRNA-seq | NA | RNA测序数据 | 多个肿瘤单细胞RNA测序数据集 |
| 18722 | 2024-08-08 |
Differential Expression of LLT1, SLAM Receptors CS1 and 2B4 and NCR Receptors NKp46 and NKp30 in Pediatric Acute Lymphoblastic Leukemia (ALL)
2023-Feb-15, International journal of molecular sciences
IF:4.9Q2
DOI:10.3390/ijms24043860
PMID:36835271
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研究论文 | 研究分析了LLT1、SLAM受体CS1和2B4以及NCR受体NKp46和NKp30在儿童急性淋巴细胞白血病（ALL）中的表达差异 | 首次通过单细胞RNA测序数据分析了这些免疫受体在ALL患者中的表达模式，并观察到化疗前后表达的变化 | 样本量相对较小，且仅限于特定数据门户的数据 | 探讨特定免疫受体在儿童急性淋巴细胞白血病中的表达差异及其在免疫监视中的作用 | LLT1、CS1、2B4、NKp30和NKp46在ALL患者中的表达 | NA | 白血病 | 单细胞RNA测序 | NA | mRNA和细胞表面蛋白 | 42名ALL患儿和20名健康儿童 |
| 18723 | 2024-08-05 |
Unraveling Spatial Gene Associations with SEAGAL: a Python Package for Spatial Transcriptomics Data Analysis and Visualization
2023-Feb-13, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.02.13.528331
PMID:36824948
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研究论文 | 本研究介绍了一个名为SEAGAL的Python软件包，用于空间转录组学数据分析与可视化 | SEAGAL能有效检测与可视化空间基因相关性，填补了传统共表达分析在单基因和基因集合水平的信息利用不足 | NA | 开发一个工具，通过空间转录组学数据分析空间基因关联 | 空间转录组数据集，包括基因表达和对齐的空间坐标 | 数字病理学 | NA | 空间转录组学 | NA | 基因表达数据 | NA |
| 18724 | 2024-08-05 |
SINFONIA: Scalable Identification of Spatially Variable Genes for Deciphering Spatial Domains
2023-02-13, Cells
IF:5.1Q2
DOI:10.3390/cells12040604
PMID:36831270
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研究论文 | 本文提出了一种名为SINFONIA的新方法，用于识别空间变异基因。 | SINFONIA通过集成策略提供了一种可扩展的方法来识别空间变异基因，并能无缝集成到现有分析工作流程中。 | 尽管SINFONIA表现优越，但仍需验证在其他类型的空间转录组数据中的通用性。 | 研究目标是提高对空间转录组学中空间变异基因的识别能力。 | 使用15个不同协议生成的空间转录组数据集进行评估。 | 数字病理学 | NA | 空间转录组学 | 集成策略 | 转录组数据 | 15个空间转录组数据集 |
| 18725 | 2024-08-08 |
The Application of Single-Cell RNA Sequencing in the Inflammatory Tumor Microenvironment
2023-02-10, Biomolecules
IF:4.8Q1
DOI:10.3390/biom13020344
PMID:36830713
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研究论文 | 本文总结了单细胞RNA测序（scRNA-seq）在炎症性肿瘤微环境（TME）中的应用 | scRNA-seq能够检测单个细胞水平的转录水平，揭示浸润免疫细胞和癌细胞的异质性和进化轨迹 | NA | 解释肿瘤的启动和进展，并指导抗癌免疫治疗 | 炎症性肿瘤微环境中的细胞组成和功能 | 数字病理学 | 肿瘤 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 转录组数据 | NA |
| 18726 | 2024-08-08 |
Identification of an Autophagy-Related Signature for Prognosis and Immunotherapy Response Prediction in Ovarian Cancer
2023-02-09, Biomolecules
IF:4.8Q1
DOI:10.3390/biom13020339
PMID:36830707
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研究论文 | 本研究通过分析卵巢癌患者的基因转录组数据，识别与自噬相关的预后标志物，并探讨其对免疫治疗反应的预测价值 | 首次筛选出与卵巢癌预后和免疫治疗反应相关的自噬核心基因，并构建了自噬相关预后标志物 | 需要更多的验证来确认自噬相关标志物的预测准确性 | 探索自噬相关基因作为卵巢癌预后标志物和免疫治疗反应预测因子的可行性 | 卵巢癌患者的基因转录组数据和免疫微环境 | 数字病理学 | 卵巢癌 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq）、免疫组化（IHC）、基因集富集分析（GSEA）、ESTIMATE和CIBERSORT分析 | 机器学习、逐步Cox回归和LASSO-Cox分析 | 基因转录组数据 | 374名卵巢癌患者和7名卵巢癌患者的单细胞RNA测序数据 |
| 18727 | 2024-08-05 |
The "3Ds" of Growing Kidney Organoids: Advances in Nephron Development, Disease Modeling, and Drug Screening
2023-02-08, Cells
IF:5.1Q2
DOI:10.3390/cells12040549
PMID:36831216
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综述 | 本文概述了肾脏类器官的研究进展，重点关注肾小管的发育、疾病建模和药物筛选 | 文章介绍了利用微流控生物反应器、单细胞转录组学和生物信息学分析加速发展肾脏类器官的技术进展 | 尽管取得了一些进展，仍面临将肾脏类器官应用于肾脏替代疗法的显著挑战 | 探讨肾脏类器官在肾脏发育、疾病建模和个性化药物筛选中的应用 | 研究对象包括从干细胞和患者细胞衍生出的肾脏类器官 | 数字病理学 | 肾脏疾病 | 微流控培养技术、单细胞转录组学 | 肾脏类器官 | NA | NA |
| 18728 | 2024-08-08 |
Transcriptome analysis creates a new era of precision medicine for managing recurrent hepatocellular carcinoma
2023-Feb-07, World journal of gastroenterology
IF:4.3Q1
DOI:10.3748/wjg.v29.i5.780
PMID:36816628
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综述 | 本文综述了转录组分析技术在管理复发性肝细胞癌中的应用，包括实时定量逆转录PCR、微阵列和RNA测序等方法，以及单细胞RNA测序技术在研究癌细胞与免疫环境相互作用中的革命性作用 | 单细胞RNA测序技术的发展为研究癌细胞与免疫环境的复杂相互作用提供了新的视角，有助于进一步探索不同免疫细胞在肝细胞癌复发中的作用及潜在治疗靶点的识别 | NA | 总结转录组分析在复发性肝细胞癌诊断、监测和治疗中的主要发现和见解 | 复发性肝细胞癌的病理机制、诊断、监测和治疗 | 数字病理学 | 肝细胞癌 | 转录组分析技术，包括实时定量逆转录PCR、微阵列、RNA测序和单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | NA |
| 18729 | 2024-08-08 |
Identification and Biological Validation of a Chemokine/Chemokine Receptor-Based Risk Model for Predicting Immunotherapeutic Response and Prognosis in Head and Neck Squamous Cell Carcinoma
2023-Feb-07, International journal of molecular sciences
IF:4.9Q2
DOI:10.3390/ijms24043317
PMID:36834729
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研究论文 | 本研究旨在建立一个基于趋化因子/趋化因子受体的风险模型，以改善头颈鳞状细胞癌患者的免疫治疗反应和预后 | 开发了一个基于六个基因的趋化因子/趋化因子受体风险模型，通过LASSO Cox分析对患者进行分层，并在多个维度上验证了筛选出的基因 | NA | 建立一个基于趋化因子/趋化因子受体的风险模型，以预测头颈鳞状细胞癌患者的免疫治疗反应和预后 | 头颈鳞状细胞癌患者 | NA | 头颈鳞状细胞癌 | RT-qPCR, scRNA-seq | LASSO Cox分析 | 基因数据 | TCGA-HNSCC队列中的患者 |
| 18730 | 2024-08-08 |
Neonatal Plasma Exosomes Contribute to Endothelial Cell-Mediated Angiogenesis and Cardiac Repair after Acute Myocardial Infarction
2023-Feb-06, International journal of molecular sciences
IF:4.9Q2
DOI:10.3390/ijms24043196
PMID:36834610
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研究论文 | 研究探讨了新生儿血浆外泌体在急性心肌梗死后通过内皮细胞介导的血管生成和心脏修复中的作用 | 构建了外泌体配体与心脏内皮细胞之间的系统性通信网络，揭示了28种外泌体配体通过识别五种心脏内皮细胞受体促进血管生成的效果 | NA | 探索急性心肌梗死后新生儿血浆外泌体在心脏修复中的作用及其机制 | 新生儿血浆外泌体、心脏内皮细胞及急性心肌梗死后的心脏修复 | 数字病理学 | 心血管疾病 | 蛋白质组学和单细胞转录组学分析 | NA | 蛋白质和转录组数据 | 新生儿小鼠血浆外泌体及成年小鼠心脏组织 |
| 18731 | 2024-08-05 |
Contribution of Retrotransposons to the Pathogenesis of Type 1 Diabetes and Challenges in Analysis Methods
2023-Feb-04, International journal of molecular sciences
IF:4.9Q2
DOI:10.3390/ijms24043104
PMID:36834511
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综述 | 本文回顾了反转录转座子在1型糖尿病发病机制中的作用及分析方法的挑战 | 探讨了病毒和反转录转座子在1型糖尿病易感性中的作用，提出了它们可能为遗传易感性与环境因素之间的缺失环节 | 对反转录转座子分析方法的挑战进行了探讨，但未提供具体的解决方案 | 研究反转录转座子与1型糖尿病之间的关系 | 反转录转座子、人内源性逆转录病毒和非长末端重复反转录转座子 | 数字病理学 | 1型糖尿病 | 单细胞转录组学 | NA | 基因组数据 | NA |
| 18732 | 2024-08-08 |
Preparation of a Non-Cardiomyocyte Cell Suspension for Single-Cell RNA Sequencing from a Post-Myocardial Infarction Adult Mouse Heart
2023-02-03, Journal of visualized experiments : JoVE
DOI:10.3791/64290
PMID:36805629
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研究论文 | 本文介绍了一种从心肌梗死后成年小鼠心脏中制备非心肌细胞悬液用于单细胞RNA测序的实验方案 | 设计了一种改进的实验方案，通过选择温和的消化酶、控制消化时间和应用荧光激活细胞分选（FACS）来提高细胞活力 | NA | 研究心肌梗死后心脏微环境 | 非心肌细胞 | 数字病理学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 细胞 | 心肌梗死后成年小鼠心脏中的非心肌细胞 |
| 18733 | 2024-08-05 |
A combined analysis of bulk and single-cell sequencing data reveals metabolic enzyme, pyruvate dehydrogenase E1 subunit beta (PDHB), as a prediction biomarker for the tumor immune response and immunotherapy
2023-Feb, Heliyon
IF:3.4Q1
DOI:10.1016/j.heliyon.2023.e13456
PMID:36816316
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研究论文 | 本研究通过综合生物信息学分析，揭示了代谢酶丙酮酸脱氢酶E1亚基β（PDHB）作为肿瘤免疫反应和免疫疗法的预测生物标志物 | 本文首次系统性地研究了PDHB在多种人类癌症中的表达异常及其与患者预后的相关性 | 研究主要基于已有数据库的生物信息学分析，缺乏临床实验验证 | 探索PDHB在肿瘤免疫反应和预测免疫疗法响应中的潜在作用 | 研究对象包括多种人类癌症以及肾透明细胞癌和肾乳头状细胞癌患者 | 数字病理学 | 肾癌 | 生物信息学分析 | NA | 临床数据 | 多个癌症数据集中的患者临床数据，具体样本大小未详细说明 |
| 18734 | 2024-08-05 |
Single-cell transcriptome sequencing of macrophages in common cardiovascular diseases
2023-02-01, Journal of leukocyte biology
IF:3.6Q2
DOI:10.1093/jleuko/qiac014
PMID:36822177
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综述 | 本文总结了单细胞转录组测序在常见心血管疾病中研究巨噬细胞变化的应用 | 强调了单细胞RNA测序在发现巨噬细胞异质性方面的优势 | 未涉及具体实验结果，聚焦于已有研究的综述 | 深入了解巨噬细胞在心血管疾病中的功能和特征 | 研究了动脉粥样硬化、心肌梗死和心力衰竭等常见心血管疾病中的巨噬细胞变化 | 数字病理学 | 心血管疾病 | 单细胞转录组测序 | NA | NA | NA |
| 18735 | 2024-08-08 |
"Spatial transcriptomics for respiratory research and medicine." S. Curras-Alonso, J. Soulier, T. Walter, et al. Eur Respir J 2021; 58: 2004314
2023-Feb, The European respiratory journal
DOI:10.1183/13993003.54314-2020
PMID:36822638
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 18736 | 2024-08-08 |
Identifying key multifunctional components shared by critical cancer and normal liver pathways via SparseGMM
2023-01-23, Cell reports methods
IF:4.3Q2
DOI:10.1016/j.crmeth.2022.100392
PMID:36814838
|
研究论文 | 本文介绍了一种名为SparseGMM的统计方法，用于从多组学数据中发现基因调控网络 | SparseGMM通过结合共表达模式和贝叶斯框架，定量测量调控因子的置信度和目标基因分配的不确定性 | NA | 提高对具有遗传基础的疾病的理解 | 肝癌和正常肝组织 | 生物信息学 | 肝癌 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | 高斯混合模型（Gaussian mixtures） | 多组学数据 | 未明确提及具体样本数量 |
| 18737 | 2024-08-08 |
Graph embedding and Gaussian mixture variational autoencoder network for end-to-end analysis of single-cell RNA sequencing data
2023-01-23, Cell reports methods
IF:4.3Q2
DOI:10.1016/j.crmeth.2022.100382
PMID:36814845
|
研究论文 | 本文介绍了一种名为autoCell的深度学习方法，用于单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据的丢失填补和特征提取 | autoCell结合了图嵌入和概率深度高斯混合模型，用于推断高维稀疏scRNA-seq数据的分布 | NA | 开发一种端到端的分析工具，用于处理和分析scRNA-seq数据 | scRNA-seq数据，特别是人类胚胎植入前发育轨迹和与疾病相关的星形胶质细胞（DAAs） | 机器学习 | 阿尔茨海默病 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | 变分自编码网络 | 基因表达数据 | 模拟数据集和生物学相关的scRNA-seq数据 |
| 18738 | 2024-08-08 |
scDR: Predicting Drug Response at Single-Cell Resolution
2023-01-19, Genes
IF:2.8Q2
DOI:10.3390/genes14020268
PMID:36833194
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研究论文 | 本文提出了一种名为scDR的精确单细胞药物反应预测方法，该方法通过整合药物反应基因（DRGs）和单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据中的基因表达来计算每个细胞的药物反应分数 | scDR方法在预测药物反应方面具有更高的准确性，并能用于识别内在耐药细胞亚群及探索其潜在机制 | NA | 阐明单细胞分辨率下的药物反应 | 单细胞RNA测序数据中的药物反应基因和基因表达 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 基因表达数据 | 53,502个细胞来自198个癌细胞系 |
| 18739 | 2024-08-05 |
Identification and validation of neurotrophic factor-related gene signatures in glioblastoma and Parkinson's disease
2023, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2023.1090040
PMID:36825022
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研究论文 | 本文识别并验证了与神经营养因子相关的基因特征在胶质母细胞瘤和帕金森病中的作用 | 本研究通过机器学习技术确定了与帕金森病诊断相关的4个可靠的NFRG，并构建了基于NFRG的风险评分模型来预测胶质母细胞瘤患者的预后 | 本研究可能受到样本大小和外部验证队列有限的影响 | 探讨与神经营养因子相关基因在帕金森病和胶质母细胞瘤中的病理作用和预后意义 | 研究聚焦于2601个神经营养因子相关基因及其在胶质母细胞瘤和帕金森病中的作用 | 数字病理学 | 胶质母细胞瘤, 帕金森病 | LASSO回归, 随机森林算法, Gene Set Enrichment Analysis (GSEA) | NA | 基因表达数据, 多组学突变分析, 单细胞测序 | 基于TCGA数据库的胶质母细胞瘤队列 |
| 18740 | 2024-08-05 |
Deciphering the sequential changes of monocytes/macrophages in the progression of IDD with longitudinal approach using single-cell transcriptome
2023, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2023.1090637
PMID:36817437
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研究论文 | 该研究通过单细胞转录组分析阐明了单核细胞/巨噬细胞在间盘退变（IDD）进程中的变化 | 首次采用纵向研究方法系统描述了IDD进展中的免疫反应及单核细胞/巨噬细胞的不同亚群的变化 | 缺乏对其它免疫细胞类型变化的深入分析 | 研究IDD进展过程中单核细胞/巨噬细胞的时序变化及其与氧化应激的关系 | 针对退变的椎间盘组织中的不同细胞群体 | 数字病理学 | 间盘退变 | 单细胞测序，RNA测序，WGCNA，免疫浸润分析 | NA | 转录组数据 | NA |