单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
18641	2024-08-08	Single cell RNA-seq resolution revealed CCR1+/SELL+/XAF+ CD14 monocytes mediated vascular endothelial cell injuries in Kawasaki disease and COVID-19 2023-06, Biochimica et biophysica acta. Molecular basis of disease DOI:10.1016/j.bbadis.2023.166707 PMID:37001702	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术探讨川崎病和COVID-19中血管内皮细胞损伤的分子机制，并通过体外实验验证结果	首次揭示了CCR1+/SELL+/XAF1+ CD14单核细胞在川崎病和COVID-19中对血管内皮细胞损伤的作用	研究样本量较小，且仅限于儿童患者	探讨川崎病和COVID-19中血管损伤的分子机制	川崎病和COVID-19患者的免疫反应及血管内皮细胞损伤	数字病理学	川崎病	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	共分析了22个样本，包括6个川崎病患儿、3个健康对照、6个COVID-19患者、3个流感患者和4个健康对照
18642	2024-08-08	Transcriptome identification of genes associated with uterus-vagina junction epithelial folds formation in chicken hens 2023-Jun, Poultry science IF:3.8Q1 DOI:10.1016/j.psj.2023.102624 PMID:37011465	研究论文	本研究通过形态学和发育学研究，对白来航鸡的子宫-阴道连接处（UVJ）上皮褶皱的形成进行了分类和基因表达分析	首次在蛋鸡繁殖领域对UVJ上皮褶皱的发育调控进行研究，并使用单细胞RNA测序技术揭示了不同细胞类型间的显著差异	研究仅限于白来航鸡，可能需要进一步研究以验证这些发现是否适用于其他品种的鸡	探讨雌性鸟类性成熟过程中子宫-阴道连接处上皮褶皱的发育调控及其对成年鸟类精子储存时间和受精能力的影响	白来航鸡的子宫-阴道连接处上皮褶皱的形态和发育	发育生物学	NA	RNA测序（RNA-seq），单细胞RNA测序（scRNA-seq），免疫组织化学	NA	RNA	多个白来航鸡样本
18643	2024-08-05	Single-cell transcriptomics reveals the interaction between peripheral CD4+ CTLs and mesencephalic endothelial cells mediated by IFNG in Parkinson's disease 2023-05, Computers in biology and medicine IF:7.0Q1 DOI:10.1016/j.compbiomed.2023.106801 PMID:36989741	研究论文	本研究探讨了帕金森病中外周CD4+细胞毒T细胞与中脑内皮细胞之间的相互作用及IFNG的介导作用	首次揭示了外周CD4 CTLs在帕金森病中影响血脑屏障功能的具体机制	尚未明确CD4 T细胞类型在系统性炎症中的确切表型特征	阐明T细胞在帕金森病中如何影响血脑屏障的机制	帕金森病患者的外周CD4 CTLs及其与中脑内皮细胞的相互作用	数字病理学	帕金森病	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	细胞	NA
18644	2024-08-05	scBKAP: A Clustering Model for Single-Cell RNA-Seq Data Based on Bisecting K-Means 2023 May-Jun, IEEE/ACM transactions on computational biology and bioinformatics DOI:10.1109/TCBB.2022.3230098 PMID:37015596	研究论文	本文提出了一种基于分裂K均值的单细胞RNA测序数据聚类模型scBKAP	scBKAP结合了自编码网络与MPDR模型，能有效解决现有方法的高遗漏率和高维度问题	本文未提及对不同类型数据集的适应性和泛化能力的验证	发展一种新的聚类方法以改善单细胞RNA-seq数据的处理和分析	针对单细胞RNA测序数据进行集群分析	机器学习	NA	RNA-seq	自编码器和分裂K均值	基因表达数据	21个公共单细胞RNA-seq数据集和模拟数据集
18645	2024-08-05	ITGA5 promotes tumor angiogenesis in cervical cancer 2023-05, Cancer medicine IF:2.9Q2 DOI:10.1002/cam4.5873 PMID:36999964	研究论文	本研究探讨了整合素α5（ITGA5）在宫颈癌中的肿瘤血管生成作用	证实了ITGA5与宫颈癌患者预后之间的相关性，并揭示其在肿瘤细胞中的血管生成机制	研究可能受限于样本选择以及对ITGA5功能的细致机制阐述不足	探究ITGA5在宫颈癌进展中的作用及其对患者预后的影响	155例人类宫颈癌组织样本及单细胞RNA-seq数据	数字病理学	宫颈癌	免疫组化法、qRT-PCR、西方印迹、ELISA、免疫荧光	NA	组织样本、基因表达数据	155个宫颈癌组织样本
18646	2024-08-08	KRT13-expressing epithelial cell population predicts better response to chemotherapy and immunotherapy in bladder cancer: Comprehensive evidences based on BCa database 2023-05, Computers in biology and medicine IF:7.0Q1 DOI:10.1016/j.compbiomed.2023.106795 PMID:36989746	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术评估了高表达角蛋白13（KRT13）的上皮细胞群对膀胱癌（BCa）治疗反应的预测能力，并构建了基于KRT13群体基因特征的人工神经网络预测模型。	首次发现KRT13高表达的上皮细胞群能预测膀胱癌患者对新辅助化疗和免疫检查点治疗的更好反应，并开发了一个开放访问的BCa数据库。	NA	研究KRT13表达的上皮细胞群在膀胱癌治疗中的预测作用。	膀胱癌患者对新辅助化疗和免疫检查点治疗的反应。	数字病理学	膀胱癌	单细胞RNA测序	人工神经网络	基因数据	NA
18647	2024-08-08	Comprehensive analysis of arachidonic acid metabolism-related genes in diagnosis and synovial immune in osteoarthritis: based on bulk and single-cell RNA sequencing data 2023-May, Inflammation research : official journal of the European Histamine Research Society ... [et al.] IF:4.8Q2 DOI:10.1007/s00011-023-01720-4 PMID:36995411	研究论文	本文通过综合分析探讨了花生四烯酸代谢相关基因在骨关节炎滑膜中的作用，并基于大量和单细胞RNA测序数据构建了骨关节炎的诊断模型。	本文首次揭示了花生四烯酸代谢途径相关基因在骨关节炎滑膜炎症中的作用，并构建了基于这些基因的骨关节炎诊断模型。	NA	探讨花生四烯酸代谢相关基因在骨关节炎滑膜中的作用及其在骨关节炎诊断中的应用。	骨关节炎滑膜中的花生四烯酸代谢相关基因。	数字病理学	骨关节炎	RNA测序	NA	RNA	30名骨关节炎患者
18648	2024-08-08	CCL17 acts as an antitumor chemokine in micromilieu-driven immune skewing 2023-May, International immunopharmacology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.intimp.2023.110078 PMID:37001380	研究论文	本文研究了CCL17在肿瘤微环境中的抗肿瘤作用及其机制	首次提供了CCL17通过招募传统T细胞、NKT细胞和NK细胞发挥抗肿瘤功能的直接证据	研究主要基于小鼠模型和数据库分析，需要进一步的人体临床研究验证	探讨CCL17在肿瘤微环境中的直接作用及其功能状态	CCL17、CCL22及其受体CCR4在肿瘤微环境中的作用	数字病理学	淋巴瘤	scRNA-seq, bulk RNA-seq	NA	RNA序列	使用了Balb/C小鼠、Nude小鼠和NSG小鼠三种模型，以及TCGA数据库中的癌症患者数据
18649	2024-08-08	Systemic immune dysregulation in severe tuberculosis patients revealed by a single-cell transcriptome atlas 2023-05, The Journal of infection IF:14.3Q1 DOI:10.1016/j.jinf.2023.03.020 PMID:37003521	研究论文	本研究通过单细胞转录组图谱揭示了严重结核病患者中的系统性免疫失调	首次通过单细胞RNA转录组和T/B细胞受体测序，全面分析了不同严重程度的结核病患者的免疫景观	研究样本量相对较小，可能需要更大规模的研究来验证结果	旨在揭示结核病，尤其是严重结核病患者的免疫机制，为治疗策略的设计提供依据	27个样本中的213,358个细胞，包括健康捐赠者和不同严重程度的结核病患者	数字病理学	结核病	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	27个样本，包括6名健康捐赠者和21名活动性结核病患者（6名轻度，6名中度和9名重度病例）
18650	2024-08-08	Live-attenuated vaccine sCPD9 elicits superior mucosal and systemic immunity to SARS-CoV-2 variants in hamsters 2023-05, Nature microbiology IF:20.5Q1 DOI:10.1038/s41564-023-01352-8 PMID:37012419	研究论文	本文比较了mRNA疫苗BNT162b2、腺病毒载体疫苗Ad2-spike和减毒活疫苗候选物sCPD9在叙利亚仓鼠中的免疫反应和临床前疗效	研究表明，减毒活疫苗sCPD9诱导了最强大的免疫反应，包括快速病毒清除、减少组织损伤、快速分化前浆细胞、强烈的系统性和黏膜体液反应，以及在挑战异源SARS-CoV-2后快速回忆肺组织中的记忆T细胞	NA	研究旨在比较不同COVID-19疫苗对SARS-CoV-2变种的免疫效果	叙利亚仓鼠	疫苗学	COVID-19	单细胞RNA测序	NA	RNA	叙利亚仓鼠
18651	2024-08-08	Integrative analysis of multi-omics data to identify three immune-related genes in the formation and progression of intracranial aneurysms 2023-May, Inflammation research : official journal of the European Histamine Research Society ... [et al.] IF:4.8Q2 DOI:10.1007/s00011-023-01725-z PMID:37014439	研究论文	本研究通过综合分析多组学数据，识别与颅内动脉瘤形成和进展相关的三个免疫相关基因	构建了一个由三个基因（CXCR4、S100B和OSM）组成的模型，该模型在鉴别动脉瘤与对照样本方面显示出良好的诊断价值	NA	识别与颅内动脉瘤形成相关的关键生物标志物	颅内动脉瘤的形成和进展	生物信息学	颅内动脉瘤	多组学数据分析	LASSO逻辑回归	基因表达数据	NA
18652	2024-08-08	Clustering Single-Cell RNA Sequence Data Using Information Maximized and Noise-Invariant Representations 2023 May-Jun, IEEE/ACM transactions on computational biology and bioinformatics DOI:10.1109/TCBB.2022.3227202 PMID:37015582	研究论文	本文提出了一种名为sc-INDC的深度神经网络，用于学习单细胞RNA测序数据的信息最大化且噪声不变的表示，并进行聚类	sc-INDC模型通过学习信息最大化且噪声不变的表示，有效克服了单细胞RNA测序数据中的噪声影响，并显著降低了时间复杂度	NA	克服单细胞RNA测序数据中的噪声和计算挑战，提高聚类效率	单细胞RNA测序数据	机器学习	NA	单细胞RNA测序	深度神经网络	RNA序列数据	14个公开可用的单细胞RNA测序数据集
18653	2024-08-08	MCPIP1 restrains mucosal inflammation by orchestrating the intestinal monocyte to macrophage maturation via an ATF3-AP1S2 axis 2023-05, Gut IF:23.0Q1 DOI:10.1136/gutjnl-2022-327183 PMID:37015751	研究论文	本文研究了MCPIP1在调节肠道巨噬细胞分化和功能中的作用，以及其在炎症性肠病（IBD）发病机制中的影响。	揭示了MCPIP1通过ATF3-AP1S2轴调控肠道巨噬细胞成熟的新机制。	NA	探究MCPIP1在调节肠道巨噬细胞功能中的作用及其在IBD发病机制中的影响。	MCPIP1在肠道巨噬细胞分化和功能中的作用。	免疫学	炎症性肠病	ScRNA-seq, RNA-seq, 荧光素酶 assay, CUT&Tag assay, 蛋白质印迹	NA	单细胞RNA测序数据	Mcpip1 ∆Mye小鼠和Mcpip1 fl/fl同窝小鼠，以及IBD患者。
18654	2024-08-05	Universal recording of cell-cell contacts in vivo for interaction-based transcriptomics 2023-Apr-18, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.03.16.533003 PMID:36993443	研究论文	本文报道了一种新的通用方法uLIPSTIC，用于记录细胞间的物理相互作用	uLIPSTIC能够独立于受体和配体，记录免疫细胞与非免疫细胞间的相互作用	原有的LIPSTIC方法仅限于测量CD4助手T细胞与抗原呈递细胞之间的相互作用	研究细胞间相互作用对免疫功能的影响	研究细胞间接触的不同免疫细胞及其与非免疫细胞的相互作用	数字病理学	NA	酶转移标记技术	NA	单细胞转录组数据	NA
18655	2024-08-08	An immunometabolism subtyping system identifies S100A9+ macrophage as an immune therapeutic target in colorectal cancer based on multiomics analysis 2023-04-18, Cell reports. Medicine DOI:10.1016/j.xcrm.2023.100987 PMID:36990096	研究论文	本研究通过免疫代谢分型系统，在结直肠癌中识别出S100A9+巨噬细胞作为免疫治疗的新靶点	开发了一种免疫代谢分型系统，并发现S100A9+巨噬细胞在免疫抑制的肿瘤微环境中起关键作用	NA	研究肿瘤微环境中的免疫代谢及其对结直肠癌免疫治疗反应的影响	结直肠癌患者及其肿瘤微环境中的免疫代谢特征	数字病理学	结直肠癌	多组学分析	NA	单细胞转录组	训练队列和验证队列的结直肠癌患者
18656	2024-08-05	Temporal tracking of microglial and monocyte single-cell transcriptomics in lethal flavivirus infection 2023-04-04, Acta neuropathologica communications IF:6.2Q1 DOI:10.1186/s40478-023-01547-4 PMID:37016414	研究论文	本研究首次定义了小胶质细胞和单核细胞在致命黄病毒感染过程中单细胞转录组的响应	揭示了小胶质细胞和单核细胞在严重神经炎症中的时间特异性转录适应及其在抗病毒免疫反应中的作用	目前尚未明确定义小胶质细胞在此反应中的具体贡献	探讨小胶质细胞和单核细胞在西尼罗病毒脑炎中的免疫反应	研究小胶质细胞和单核细胞在神经炎症中的不同角色	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	小鼠模型	RNA序列数据	NA
18657	2024-08-05	Structure-preserving visualization for single-cell RNA-Seq profiles using deep manifold transformation with batch-correction 2023-04-04, Communications biology IF:5.2Q1 DOI:10.1038/s42003-023-04662-z PMID:37016133	研究论文	本文提出了一种通用的可视化方法，称为深度可视化（DV），用于处理单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据的降维和可视化	该方法能够在统一框架中同时处理数据的固有结构和批次效应，适用于不同应用领域和数据规模的多种数据集	尚未提及具体的限制	研究旨在提供一种能保持数据结构并处理批次效应的可视化方法	本文研究对象为不同应用场景的单细胞RNA测序数据集	数字病理学	NA	深度可视化（DV）	结构图学习	数据集的2D或3D可视化	九个复杂组织数据集
18658	2024-08-08	Kernelized multiview signed graph learning for single-cell RNA sequencing data 2023-Apr-04, BMC bioinformatics IF:2.9Q1 DOI:10.1186/s12859-023-05250-y PMID:37016281	研究论文	本文提出了一种基于多视角带符号图学习的联合估计多个基因调控网络的方法，用于单细胞RNA测序数据	本文创新性地采用了图信号处理（GSP）和核化方法，通过优化基因表达的总变化并确保学习到的网络之间的相似性，提高了基因调控网络恢复的性能	NA	旨在更好地描述在不同但相关条件下单细胞基因调控网络	单细胞基因调控网络	系统生物学	NA	单细胞RNA测序	带符号图学习	基因表达数据	NA
18659	2024-08-05	Retinoic acid signaling modulation guides in vitro specification of human heart field-specific progenitor pools 2023-04-03, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-023-36764-x PMID:37012244	研究论文	本文研究了视黄酸信号调节如何指导人类心脏领域特异性前体细胞的体外特化	揭示了视黄酸信号调节如何指导人类多能干细胞形成具有不同命运潜力的心脏领域特异性前体细胞	未提及	提高对人类心脏发育与先天性心脏畸形的理解	研究了来自患有左心发育不全综合征患者的前体细胞的转录调控失调	数字病理学	先天性心脏病	基因标记、单细胞转录组学、外源性人鼠胚胎嵌合体	NA	细胞数据	NA
18660	2024-08-05	Single-cell RNA-seq of heart reveals intercellular communication drivers of myocardial fibrosis in diabetic cardiomyopathy 2023-04-03, eLife IF:6.4Q1 DOI:10.7554/eLife.80479 PMID:37010266	研究论文	本文研究了糖尿病心肌病中心肌纤维化的细胞间通信驱动因素	首次在单细胞分辨率下识别了促纤维化微环境中的关键配体-受体相互作用，提出了新的治疗靶点	研究主要基于小鼠模型，可能不完全适用于人类疾病的情况	探讨糖尿病心肌纤维化的发病机制及治疗靶点	糖尿病小鼠心脏中的纤维母细胞和巨噬细胞等细胞类型	数字病理学	糖尿病心肌病	单细胞RNA测序	NA	NA	糖尿病小鼠的心脏细胞样本